2VX5 | Genus

Total Genus 143

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	143
sequence length	367
structure length	367
Chain Sequence	LPALIDTQATAETRALYRNLAKLRYKHLLFGHEDSLAYGVHWEGDMDRSDVRDVTGANPAVYGWELGGLELGHTANLDAVNFEKMQHWIKAGYSRGGVITISWHVFNPVSGGNSWDKTPAVHELIPGGARHATLKAYLDTFVAFNEGLADVDAQGNKHYPPIIFRPWHEHNGDWFWWGKGHASEQDYIALWRFTVHYLRDEKKLRNLIYAYSPDRSRIDMANFEAGYLYGYPGDAYVDIIGLDNYWDVGHEANTASADEQKAALTASLKQLVQIARSKGKIAALTETGNNRLTIDNFWTERLLGPISADADASEIAYVMVWRNANLAREKSEQFFAPFPGQATADDFKRFYQSEVVLFEDELPPLYR

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__8681979917432292__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__8681979917432292__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2VX5/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__8681979917432292__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"8681979917432292","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2VX5/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__8681979917432292__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Cellvibrio japonicus
publication title	The Cellvibrio Japonicus Mannanase Cjman26C Displays a Unique Exo-Mode of Action that is Conferred by Subtle Changes to the Distal Region of the Active Site. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CELLVIBRIO JAPONICUS MANNANASE CJMAN26C
total genus	143
structure length	367
sequence length	367
ec nomenclature	ec 3.2.1.-:
pdb deposition date	2008-07-01

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2vx5A00

1PPIA 3WDHA 4LXFA 1JXJA 4RE3A 1BYBA 3GNRA 1B3VA 5BYWA 4Y7EA 2D22A 1GOMA 2GDUA 5E09A 2DSWA 3U7VA 1EHNA 2ZUUA 5CLTA 2OSXA 4B3LA 4B9YA 1GOWA 2VTFA 1CLXA 3ARUA 3RO8A 1JDCA 2VRJA 4ZXLA 3WKZA 2WHLA 4JKKA 5AYBA 3KL0A 2D3LA 4U2ZA 1H0GA 1K6AA 4AD1A 5LA0A 2D1ZA 4MNMA 4MAZA 5CPSA 4E8CA 4K68A 4LX4A 3W24A 3FW6A 3VGDA 1FA2A 3GBEA 3OBAA 1BSIA 4UFMA 1Y7VA 4D6FA 2FHCA 3LPFA 5FL1A 3CUFA 4V27A 2CESA 5AC5A 4XUYA 1WAWA 2YL8A 3WMCA 4HTYA 3AMCA 4BQ5A 1IV8A 5E70A 4PMYA 3RM4A 3A6OA 1W3KA 4D71A 1AMYA 2XVNA 4PUEA 5FKYA 4QP0A 1EIBA 3BSGA 4J3WA 4U33A 7TAAA 1MXDA 1KCKA 2CHOA 1LQ0A 3O2LA 1GONA 3RILA 3BAXA 3BMVA 1FHLA 4WLCA 3U7BA 7A3HA 1M7XA 3OZPA 1CGXA 4H2CA 1M01A 1JYNA 4HMCA 4CKQA 3D5HA 3QOKA 4UFIA 1BVNP 3WUFA 4AZ6A 3MU7A 3AMDA 4F9DA 1EHAA 1GUVA 4YHGA 2XM1A 4UFHA 4TVUA 2WB5A 1GQJA 1HKMA 3DYMA 3W0KA 2WSKA 4OBRA 5I79A 3W26A 2EEXA 1UH2A 4TXEA 4W5UA 1W2PA 3T0AA 3THCA 3BLPX 2ZUMA 3CO4A 1SFSA 3AS0A 4UQ9A 5BRQA 1HXJA 3CIVA 3AROA 4D6IA 1EH9A 3BMWA 1SMAA 3ZIZA 1XV8A 3POCA 1FH9A 1DWFM 2YJQA 1R7AA 4AXNA 5DFAA 1HJXA 1UWTA 3ARPA 2CCRA 2WM0A 3K8MA 4DWSA 1ODUA 4M29A 4ZEPA 3AMGA 2DH3A 1OD8A 4H41A 1KR0A 3SUTA 3VGFA 2JF7A 1JNDA 2WC4A 4AZGA 3VU2A 4JL2A 2GJXB 3AXHA 3WIJA 5I23A 5BXPA 2PWHA 1HL9A 4D6DA 2YLAA 1I1WA 4D72A 2VI0A 2VL4A 4W8BA 4D6GA 3WDPP 1PX3A 2WMIA 3DHUA 2PBOA 1JZ8A 1E56A 3SCVA 1J01A 3UESA 1JFHA 3PZOA 2CIPA 1H2JA 1E0XA 1Q6GA 2DSUA 2OYLA 1CBGA 3RDKA 1WZAA 2YKKA 3SCNA 4AIEA 1HVQA 4TX6A 1NQ6A 4N42A 1CWYA 3VIOA 2WC3A 3WH6A 1HVXA 1VF8A 2GJRA 2UY3A 1CNVA 4CVUA 3IAPA 1OGSA 3FNDA 3W25A 1KBBA 2V3DA 3MUZ1 2BS9A 3ZJ7A 4A3HA 3ZT7A 1J0HA 3AS3A 3QGVA 4A3YA 1UWIA 1ODZA 3A4XA 4V28A 2W92A 4LYRA 2VZSA 3N12A 2VCAA 4F79A 1QNSA 5CPTA 1CGWA 2BHUA 1HP5A 3VD7A 3CHCA 3AXIA 1CYGA 1CXFA 3VGGA 1UR0A 3N13A 1HJQA 4DUWA 1RP9A 2WMGA 1JGIA 1ZL1A 1BAGA 3CHFA 1JIBA 4IM4A 4IPLA 5DT5A 3VM7A 2XGBA 1JYWA 3AQUA 5E0CA 3GTNA 3NCOA 4JHZA 2XSBA 3BLKA 2JEPA 2DIEA 1OSEA 2NT1A 3AIVA 3HJEA 1V02A 1J11A 5M5DA 2F8QA 4BA0A 1J12A 1WZMA 2GK1B 1HT6A 1GOKA 3VX0A 1N82A 4PTMA 1V0MA 1XSIA 3WUEA 2X8RA 4MTVA 1VB9A 1W9XA 2VZOA 2ZXAA 2EBNA 2ESCA 1EGZA 4FLOA 2DT0A 3CUHA 1AQ0A 4V2XA 3AIEA 4DM2A 4EE9A 2ZUVA 4QLJA 4KGLA 2BVYA 2ZX5A 1W91A 1QI2A 7CGTA 5A69A 1CXHA 1L8NA 3EDEA 1CGVA 1KXQA 1H09A 1PX8A 1EDGA 1E71M 2JALA 1OD0A 3GM8A 2IUZA 1H0IA 1Q6FA 2A3HA 2Z1KA 3WQVA 5A6LA 2VX6A 2F61A 3SCQA 1K9DA 3VGHA 1ISVA 1BYAA 5I5RA 4GINA 1CDGA 5JUVA 4CD4A 1QW9A 5E6YA 1FP8A 3MKKA 5JIPA 4L4PA 1W9UA 3WF3A 1I75A 1E6PA 5HOSA 1BLIA 1US3A 1E6NA 5JBFA 2J7DA 2DDXA 4KH2A 1C93A 1VENA 4RE4A 1EOKA 5A8MA 1JFXA 4HU8A 1R85A 3CTTA 2X05A 1CENA 4HZ8A 3EYPA 1JZ5A 1BGGA 2JF6A 2DQXA 1SMDA 1KWKA 3ZMRA 1E70M 2PB1A 4ACZA 1XSJA 2O9OA 4P8VA 2D24A 1MWOA 2E9LA 1BPLB 4U5KA 3SCTA 4PYSA 4BQ4A 1BTCA 4JFVA 4XZBA 3CUIA 1PZ2A 2EQDA 5IHSA 3MV01 4B9ZA 3KL5A 1UD4A 4NI3A 3N11A 5F7UA 3HMCA 2ZXDA 2QMKA 4AZHA 1NWTA 3NJ3A 4CCDA 4D1JA 2PI6A 3WNLA 4W7VA 1OB0A 4KGJA 2A3EA 1TVNA 3WH8A 2BY0A 1JZ3A 1E73M 1A3HA 5CZKA 4OUEA 2OWCA 1IZJA 1OINA 1TUXA 4J3VA 1R86A 3WDIA 2VX5A 1GHSA 2BHZA 2UY2A 2XGIA 4J7RA 4B3KA 3ZT6A 5BROA 4GO9A 1KXVA 1VEMA 1H49A 5HXMA 2J4GA 2JIWA 2RGMA 4R5EA 1WP6A 1B31A 3VMOA 2WMKA 5JIWA 1UA3A 3SCWA 1C91A 3PTQA 1J0IA 1V3KA 1X6LA 1W1YA 1UQZA 2AMGA 1QPKA 5GQBA 2WCAA 4UQEA 3WD2A 2J7HA 1UD6A 3VGEA 1GVYA 1E6RA 1BG4A 2WCGA 3UERA 3ZJ6A 2VCBA 1UH3A 3AXXA 3L2LA 2XFFA 2IXUA 4CGTA 2G41A 1E4MM 4W85A 5A6SA 4UZSA 3VX1A 2DT2A 5CJ5A 2JFEX 5ABGA 1F4HA 1JD9A 2W67A 1H4PA 4PMRA 1UG6A 2FGZA 2BY1A 2WVVA 3QHOA 3MMWA 3IJ9A 4GI9A 3WF0A 4HPGA 1Q6CA 4MJ4A 3N04A 4PMUA 4D6CA 3PZTA 4Z2LA 3K1DA 3WEMA 5A2BA 3MANA 1MFUA 1WDPA 2YL9A 4ZENA 3AYSA 3MSGA 3AIWA 2D0HA 3N1AA 3AS1A 1EA9C 3AZTA 2CBUA 2XFRA 3PZGA 4B15A 1HF6A 5ABHA 2W63A 5CGTA 1CGUA 8CGTA 1KB3A 1M53A 1NM9A 2OWXA 2Q8XA 2J79A 2XIIA 4JAWA 1UD2A 1M04A 1QNQA 2CKRA 4FMVA 3VDBA 4X0VA 4HPHA 3WNOA 5DT7A 1HP4A 3LPOA 2XJ7A 5FCZA 3TTOA 1FOBA 5I77A 4WSKA 2DT3A 1E43A 4PSPA 1HNYA 1WZLA 3WF4A 4WKHA 2YL5A 4OBSA 1ESWA 3ARRA 4AY1A 4HA3A 5D4YA 1RPKA 5FL0A 3TOPA 2WVSA 2O9TA 3PTKA 3UR7A 3B9DA 3OLDA 1B1YA 1O6IA 3GNOA 4E2OA 1BYCA 2OSYA 2J8FA 2J47A 1E40A 1KQZA 4QLLA 1KGUA 1GORA 2ZXBA 3CZKA 2W4XA 1IZKA 3RM8A 1GQLA 4IISA 4PMOA 2Y8VA 4UCFA 3WQ5A 4W93A 1BG9A 1LF1A 3SCUA 1G94A 3W82A 4MDPA 3N17A 4PBGA 5A6AA 2J7FA 1J9YA 4GZEA 2VQUA 3GH7A 4FLQA 1E3XA 3LPGA 4FLRA 2J74A 4OZOA 1IT0A 3CHDA 3N15A 3BCDA 1TCMA 2J62A 1QHOA 5HNNA 2E0PA 5I78A 4M82A 1W32A 3WELA 1BYDA 3ZR6A 1XCWA 1JL8A 1V3IA 1TMQA 2CNCA 1ZBKA 1NP0A 2XTKA 4A4AA 1JF6A 1GQIA 3WF1A 4J27A 2Z1SA 3VNYA 2G8ZA 1HJSA 3VD9A 1UH4A 1GZJA 4MNLA 4IPNB 4AYSA 1TVPA 4J28A 1KFWA 4AZ5A 4AWEA 4CN4A 2BV9A 1W3JA 5E0FA 2J8GA 2GFTA 3FAWA 3WMSA 1QNPA 5BXRA 3VIIA 1MVYA 2WKLA 1VBUA 3MUAA 1DHKA 5IHRA 4JCMA 1JZ7A 3PHAA 2YIHA 3T0BA 2CITA 5D9OA 4PEEA 2V3EA 3T09A 1JAEA 2ZXQA 5D8WA 4UQDA 2WW5A 5IFTA 4AEEA 4M56A 4DUVA 2OYMA 3CMGA 1RH9A 4YPJA 1E4LA 1JI2A 2CYGA 1FFQA 3SCRA 3VTRA 2GUYA 1ZBVA 2XVKA 1WZKA 3PTMA 3AIBA 4TX8A 1ZB5A 4NRSA 4TOQA 2A3CA 1HKIA 3ARTA 4AC1X 4PMVA 5LYRA 2WMFA 4B16A 3VD4A 1KBKA 2ZUWA 3WFZA 2W62A 1AVAA 2EPOA 4GI6A 2WK2A 1CGTA 2WZIA 1HIZA 1KGWA 5I24A 3ALGA 2VVSA 1FFRA 3NUKA 3RIKA 3VDAA 1TZ7A 1BF2A 4X9YA 1C8YA 2E8YA 1HJUA 1XC6A 1QHPA 2Y8KA 3VIPA 5A6BD 4DWSB 1UWUA 3AIUA 1W2VA 1JI1A 3S2CA 3WNKA 4JFSA 3RCNA 2YA2A 1VFFA 1ZBCA 2A3AA 2XPKA 1PJ9A 1QNOA 3BSHA 2BY3A 3BAKA 1E6XM 4GKLA 5IDIA 4BQ2A 3OG2A 4R27A 4AD4A 1B3ZA 1V3LA 3VPLA 1H1NA 4F9JA 1GCYA 3NIYA 2WMIB 2PWEA 4LQ1A 1UQYA 1VJSA 1QHZA 3ZT5A 4GO8A 4MB4A 5BRPA 3WNPA 1B90A 1GOIA 2DEPA 3AHVA 5BWFA 6TAAA 3AZSA 2XSAA 3A4AA 4W87A 4D1IA 1VEPA 1G01A 1F4AA 4HP5A 4S3JA 4OOZA 1PZ3A 1DEDA 2YBTA 3T08A 2X09A 5D8ZA 4CD5A 3HU7A 2G3NA 1GHRA 3FXYA 3OGVA 4BZYA 2QLYA 4HMDA 2BFGA 2X1IA 3QOMA 1LWJA 3OGSA 2PF0A 4NF7A 4Z2JA 2YA1A 3UG3A 2CPUA 3WH9A 3U5YA 3G6LA 2EPNA 1MXGA 2D3NA 4MB1A 1FP9A 1H11A 3SIMA 2W61A 3GYCA 1CECA 2FGLA 4W7UA 4PMQA 2XIBA 1DWAM 2JE8A 3BH4A 4WSJA 1GJWA 1WKYA 1BFNA 3QR3A 3F5JA 3AMLA 4AW7A 3AI0A 1QW8A 1JZ4A 2Y2WA 4MNJA 3VNZA 3WFLA 1W9PA 1Q6EA 1GW1A 2TAAA 1E55A 2VOTA 4JL1A 5EFDA 1E72M 1R7OA 1E15A 1ISZA 1W1PA 1QOXA 4FK9A 2BXYA 4HA1A 1RP8A 3W28A 2VX7A 3B9EA 3ARSA 4LYPA 4AD0A 3W27A 2XM2A 1XH1A 3ZM8A 2E9BA 1MQRA 3VDHA 3DHPA 4UTFA 2ZUNA 2BVTA 4BCEA 3AHYA 4P7OA 2VVNA 3KEHA 4AZBA 1WDRA 2VQTA 3WBEA 3CHEA 2ZX7A 1ISYA 2FH6A 2DSKA 3DYPA 1WDQA 2XWEA 4WF7A 1C7SA 4CU6A 3ZJ8A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3E1F 1;  3W38 A;  2EPL X;  1C92 A;  1Q4N X;  3S6T A;  3BAI A;  5A3H A;  1JYX A;  2J75 A;  3AIC A;  1L0P A;  3UG5 A;  3W6L A;  4MNK A;  3ARZ A;  2D23 A;  4CN6 A;  1VJZ A;  4OIF A;  1OWQ A;  2WBK A;  1G0C A;  4KRT A;  1XYF A;  4P8U A;  3SCO A;  1Z32 X;  5I3D A;  1G1Y A;  2ZID A;  3WQ4 A;  4TTG A;  4QCE A;  1W9D M;  3AHZ A;  1KCL A;  1JYV A;  2EXO A;  1EO7 A;  4PUD A;  5ABF B;  2G4F A;  2YL6 A;  4DUX A;  2E9M A;  4KMQ A;  4UR9 A;  5C70 A;  4EKJ A;  1MQP A;  2ZWY A;  3UET A;  5I0D A;  4MPK A;  2RGL A;  4Z2I A;  1JD7 A;  3AS2 A;  4M8U A;  3KL3 A;  1W9B M;  4J3U A;  4H7V A;  5I2U A;  5HBF A;  3ARX A;  3EMZ A;  1D3C A;  3EDF A;  1JXK A;  1SR0 A;  4NSB A;  3THD A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4DHG A;  5FSD C;  3H55 A;  5BYW A;  1GOM A;  2PDC A;  3U7V A;  2ZUU A;  4IG2 B;  3EWY A;  1H7W A;  4PUM A;  1CLX A;  2Y63 A;  3ARU A;  2BAS A;  2VRJ A;  4XSL A;  5L6U A;  3WKZ A;  2WHL A;  3KL0 A;  1VBG A;  2D3L A;  4U2Z A;  4AD1 A;  5KMY A;  1FHV A;  3VI2 A;  5CPS A;  4EF9 A;  2POD A;  2X2G A;  2B81 A;  4K68 A;  4K37 A;  4FF7 A;  4QAI A;  3GDM A;  3RK8 A;  3WCZ A;  3ENL A;  2OGJ A;  3FEQ A;  5EL1 A;  1Y7V A;  3OU8 A;  4D6F A;  3Q2D A;  5FL1 A;  4HPX A;  3HQ1 A;  3E0V A;  4V27 A;  1PXG A;  2VFH A;  1IR1 A;  2YL8 A;  3WMC A;  4IPI A;  4Z1B A;  3AMC A;  4BQ5 A;  1KNW A;  3UY7 A;  2XVN A;  2D2G A;  4O1D A;  3U6W A;  3BSG A;  2VGG A;  3PJU A;  7TAA A;  1MXD A;  4WDU A;  4R34 A;  3N25 A;  3BAX A;  3NWR A;  2FZ9 A;  1ZAH A;  2PRL A;  3BMV A;  1SR9 A;  5CC5 A;  3LN3 A;  1CGX A;  1VRD A;  2QV5 A;  1BF6 A;  1M01 A;  2ZFA A;  3MWA A;  4H3D A;  3CEP A;  3QFE A;  1UP0 A;  2E77 A;  3TJI A;  3WUF A;  5DEL A;  3KOZ A;  1XI3 A;  3AMD A;  1EHA A;  1GUV A;  4YHG A;  5G1T A;  4TVU A;  3CXO A;  1Q2S A;  2GPT A; 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2VX5A

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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