2VX7 | Genus

Total Genus 143

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	143
sequence length	367
structure length	367
Chain Sequence	LPALIDTQATAETRALYRNLAKLRYKHLLFGHEDSLAYGVHWEGDMDRSDVRDVTGANPAVYGWELGGLELGHTANLDAVNFEKMQHWIKAGYSRGGVITISWHVFNPVSGGNSWDKTPAVHELIPGGARHATLKAYLDTFVAFNEGLADVDAQGNKHYPPIIFRPWHEHNGDWFWWGKGHASEQDYIALWRFTVHYLRDEKKLRNLIYAYSPDRSRIDMANFEAGYLYGYPGDAYVDIIGLDNYWDVGHEANTASADEQKAALTASLKQLVQIARSKGKIAALTATGNNRLTIDNFWTERLLGPISADADASEIAYVMVWRNANLAREKSEQFFAPFPGQATADDFKRFYQSEVVLFEDELPPLYR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__3803188321839608__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__3803188321839608__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2VX7/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__3803188321839608__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"3803188321839608","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2VX7/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__3803188321839608__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Cellvibrio japonicus
publication title	The Cellvibrio Japonicus Mannanase Cjman26C Displays a Unique Exo-Mode of Action that is Conferred by Subtle Changes to the Distal Region of the Active Site. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CELLVIBRIO JAPONICUS MANNANASE CJMAN26C
total genus	143
structure length	367
sequence length	367
ec nomenclature	ec 3.2.1.-:
pdb deposition date	2008-07-01

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2vx7A00

4AZGA 3WDQA 1O6IA 1VFUA 2WC7A 5E6ZA 1HKMA 3VIGA 4BA0A 3DYOA 4JFWA 4P7RA 1KBKA 4JL1A 3D3AA 4AYSA 2VCBA 3WF1A 1ITCA 4AZ6A 2PF0A 1PZ3A 1W9DM 1KQZA 3PHAA 1BTCA 2WBGA 1UR1A 5CPTA 2QLYA 4F79A 3CZ8A 1LWHA 2VVNA 3PZTA 1OGGA 3WEMA 1WDPA 2XVGA 2D0FA 3NUKA 3VIPA 1E5JA 2O9RA 4PCTA 5CLWA 3CMJA 4AC1X 3IAPA 2VX6A 3WN6A 1H5VA 4XB3A 2YLLA 2OYLA 4GI8A 3OLDA 2ZOXA 1E6ZA 4AD1A 2ZUTA 1VFOA 3J7HA 3RO8A 3SUUA 3AHTA 2CNCA 2Z1SA 2FHFA 4U2ZA 3CO4A 1W3KA 3FAXA 4GPNA 1FFQA 2V3GA 3CHFA 1GPFA 1CPUA 3EDEA 3B9EA 4ZFMA 2W4XA 4HMDA 3L4ZA 3DHPA 3VD4A 1K9TA 3O9NA 1HF6A 2PI6A 5A2BA 4YHEA 3AIWA 3OGSA 1ZBVA 3MU7A 4PTVA 4N0RA 3T2PA 2WVSA 1ZJBA 1HT6A 1J0HA 1J0YA 1PEZA 4NI3A 5EB8A 1B3ZA 3VINA 1KQYA 2JALA 4AY1A 1CECA 3W26A 4PMXA 2VL4A 3CBWA 5CQ1A 3MSGA 4OJYA 1QHPA 1V6VA 4BCEA 1UWIA 3K8LA 1BYBA 2BY1A 2W66A 3N9KA 3BLPX 1JAKA 3AHXA 2XM2A 3PZNA 3EDFA 3SCPA 1ZJAA 3GH7A 2EPKX 3MSDA 3ARQA 1B2YA 3POCA 4CN1A 2C7FA 1M53A 6TAAA 1BG4A 3QGVA 1DEDA 1QHOA 3OA5A 3OZPA 5EFDA 1W3JA 2FGZA 1VFMA 3QHMA 4U33A 3OLIA 2E9MA 4E8DA 1H09A 3WD2A 1TA3B 1RPKA 1OT2A 1ODUA 1OSEA 1UH3A 3CGTA 3GH4A 3BAIA 1AQHA 3AZRA 2X2YA 4PMRA 4RE2A 3T08A 2CETA 1WZAA 4PTXA 1JZ4A 4J7RA 1OIMA 1JI2A 1Z32X 4PCSA 2VMFA 4PEEA 2QF8A 1JZ5A 5I77A 3WIJA 4W8LA 1OGBA 1K9FA 2BY0A 1TA3A 5BROA 2D22A 2VOTA 2WAGA 2VRKA 3WEZA 4W5UA 1GCYA 1CGUA 1ZU8A 3EDKA 3FXYA 4PMQA 2X09A 1ZL1A 1E3ZA 2VC9A 1Q4NX 1SMAA 1VJSA 1CXHA 3SCTA 1C91A 1Q6GA 2J74A 4PMUA 3SCQA 4F8XA 2GJXA 5FL0A 5DF0A 2VQUA 1HJSA 2E4TA 3BC9A 4XZWA 5FD0A 4W5ZA 1GZJA 1E4LA 4LPCA 1BYDA 3WFLA 3BH4A 3W27A 1V6WA 4UFLA 1NWUA 1E6QM 8CGTA 3RMEA 3MMWA 4J3XA 1C7TA 3S2CA 2WZEA 1V6XA 2ZUUA 1G01A 1TCMA 4M80A 1JD7A 3GTNA 3WBEA 4CD5A 4UFMA 2GDUA 1ISXA 2GJPA 1C8QA 4MNLA 3D5HA 1NWTA 1QI0A 1AQMA 2EPLX 3CMGA 4WLCA 7CGTA 4TVDA 1UWTA 3TTYA 4WKFA 2J7FA 3FN9A 2QV4A 1NH6A 3WY1A 4BZYA 2ZWYA 3AMDA 4CCEA 3N18A 3T0AA 3VDAA 2F61A 1OINA 1JYXA 3VIMA 1JXJA 3AXHA 4ACZA 3CZEA 3GH5A 1PIFA 1X1NA 2DGAA 3ZMRA 4HU8A 4ATDA 4B15A 5CSUA 4L4OA 3MO4A 2D20A 1XHGA 2O9PA 2ZE0A 1DHKA 3GNRA 5E70A 4MNJA 1VIWA 3CUJA 3VD3A 2XJ7A 3ALGA 1G9HA 1UKOA 2IXVA 5I23A 2BVTA 3W37A 1DWGM 1J0ZA 2VR4A 4Z2JA 4TX6A 1WB0A 1QNRA 1GVIA 3AZSA 4UFHA 2ZUNA 4QDMA 4KRUA 2XGIA 1QVBA 1CXLA 1JZ7A 1M03A 3BAYA 3W81A 3SEPA 2YDSA 3CUFA 1C7SA 3GXDA 4E2OA 4UQDA 4LYPA 1E0VA 3WF3A 2WK2A 1C8XA 4M56A 1JZ3A 1W9XA 4H04A 1PJ9A 3WH5A 1EDQA 1JYVA 1MFVA 2X05A 3AIVA 5KEZA 1GOOA 4H8VA 3AS2A 5D8WA 2X8RA 2BXYA 2DT1A 8A3HA 3UG4A 1JDDA 4U3AA 2OSXA 5ABHA 1UWRA 3WMSA 4S3JA 4FLRA 1ISWA 2CBVA 4JAWA 2RGLA 1QOXA 3MV01 1US3A 3SCVA 4ZE5A 3VM7A 1V0KA 3BAKA 4JHZA 2WCAA 2V3EA 4W88A 4DWSB 2PWEA 3ARRA 2Z1KA 1NARA 2WKGA 4B16A 1W1VA 2XSAA 5DEZA 3WMCA 5D9NA 2CITA 3MANA 1PZ2A 3UEQA 1EHNA 5JIWA 3NSNA 3ZIZA 4CVWA 1BVZA 3ARVA 2FHBA 4MNMA 1R86A 1TFVA 5A6MA 3AS0A 1XD0A 1LWJA 4GZEA 4J3UA 2WMFA 2WXDM 4RL3A 2XUCA 4N42A 5CPSA 1TVPA 2EPOA 2D0HA 4ZEPA 1Y7VA 5A94A 3ZR5A 3TA9A 5ABEA 3OGRA 2OSYA 1XCXA 4A3HA 1UQYA 2OWWA 1E70M 4TUFA 4YN5A 1E55A 5A8QA 1WZLA 4J3VA 4P7NA 1J0JA 4UR9A 1UZ4A 1BF2A 4AEEA 1HJVA 2ZX6A 1J01A 4HOXA 1MFUA 2GFTA 3IJ7A 1GQJA 3AXXA 3L4XA 1JZ8A 3WDJA 1BG9A 2W92A 5AYIA 4V27A 4W7UA 2D23A 1WPCA 5A1AA 1TZ7A 5FCZA 5I79A 3MMDA 4HTYA 4R27A 3ALFA 5A8MA 3UCQA 4AZHA 2JIEA 2CHOA 3K4DA 4GXPA 4TTUA 2EQDA 2W61A 3CZKA 3ZJKA 4UTFA 2DQXA 3VIOA 4F9DA 2Y5EA 4YPJA 1CXKA 1GNXA 2E40A 1Q6FA 4WSKA 1XSIA 3ECQA 1UZ1A 1W91A 4MB1A 4DUXA 3CZJA 4XUYA 3VPLA 3NSXA 3EMZA 2VX5A 1LL7A 1WNOA 2BV9A 3WDIA 4IM4A 4D6EA 3ARTA 1PPIA 3WQWA 2WMJA 3AICA 2J8GA 1JI1A 2G3IA 2J7CA 3O6AA 4RE3A 1UD2A 1HL9A 1B3WA 5DT5A 2A3BA 4RE4A 2VZSA 3WQ5A 2W63A 5D4YA 4J3SA 1GJUA 4CN6A 1J12A 1CGYA 1E9LA 2FGLA 2ZUMA 2GK1B 3L4YA 5AY7A 3BGAA 3N11A 3ZOAA 2A3CA 5A3HA 5BXTA 5ABFB 3ARUA 6CGTA 3VX1A 4X0NA 2WM0A 3ZJ6A 4MNKA 3WQ4A 3F5JA 4JFUA 3GXFA 3UETA 2WMGA 3FNDA 5CJ5A 4FK9A 3ZJ8A 1IT0A 3VGHA 3QHOA 4TVCA 1CLXA 5IHRA 2ZICA 3A4AA 2GK1A 2CIPA 1XRVA 4UQ9A 1EO7A 4TVUA 5AC5A 1JF6A 2A3HA 3FW6A 1UKTA 2XFYA 5IFTA 1XSJA 2YLAA 5FOOA 1KGXA 1NOFA 5TD4A 2Y4SA 4AZCA 4AWEA 3N17A 1JNDA 4MADA 1W2PA 3AMLA 2X0YA 4CD8A 1B9ZA 1H1NA 3PZMA 1E43A 4W89A 1CXEA 3WF0A 2WSPA 3BCDA 4P7OA 1BQCA 1BPLB 2BXZA 4BQ3A 1NWRA 4FMVA 3WNPA 1ZB5A 3WUGA 1WP6A 3WQ8A 3VGGA 3VMPA 5I2UA 3W4RA 2XYLA 3THDA 4S3KA 4AZ7A 4GI9A 2XVPA 3A47A 3WUBA 3UG3A 3G6LA 1G94A 3VX0A 3WDRA 4LYQA 3VGFA 3CHEA 1UOKA 5BWFA 5HXMA 1ZS2A 1FA2A 3BCFA 4ZXOA 3MUAA 4UCFA 1UH2A 1BAGA 3ARPA 2XIBA 1SMDA 1B1YA 4DM1A 4CGTA 4V28A 2DT3A 1GQLA 4IISA 4V2XA 2VJXA 1E1EA 2QMKA 3RM4A 1OBAA 1JYWA 2VZUA 2VRQA 3SIMA 3T09A 4CKQA 2C0HA 1UUQA 2W91A 2DDXA 3KZSA 1ODZA 3GNOA 4TX8A 1X6LA 2YBUA 3ZT6A 4UQCA 2ZXAA 1GUVA 5GPRA 1CZ1A 3PZIA 4EKJA 1E6XM 4HMEA 2OYKA 4UQBA 2BHZA 1FP8A 3GBDA 4BF7A 1QHZA 1XV8A 2E8ZA 3VGEA 1QBBA 1E4NA 5ABGA 5M3WA 2ZXDA 1XCWA 4MJ4A 1C3FA 4MDOA 3AS3A 3MKKA 1M04A 3UR7A 2J78A 1MXGA 5KZ6A 1B90A 1RP8A 3TTQA 3PZUA 4GO8A 3NIYA 2YDQA 2VZTA 2DT0A 1EQCA 3VDHA 4AXNA 1HJUA 2D1ZA 2WHMA 4LQ1A 1KCKA 4BS0A 3SCOA 4UFKA 4CD6A 2HVMA 5A2CA 5GNXA 2FH8A 3SUWA 3LMYA 3PTKA 4U3CA 2VI0A 1XH0A 1MQPA 1HJWA 3VNYA 1JGIA 1V6UA 2WB5A 3SCUA 3VNZA 5A6LA 3PZOA 3WH9A 1Q6DA 2UWFA 3RIKA 5E9AA 3L4VA 5I6SA 4HP5A 1HL8A 1VBRA 3MMUA 4D6FA 1BYAA 4JKMA 2BS9A 1JYNA 3WNMA 2G41A 3PZGA 1PAMA 1V0NA 3WEOA 1CGTA 1VB9A 2E9LA 3SCSA 1XD1A 2ZIDA 1AQ0A 1VENA 3WF4A 2B31A 1UWSA 2Y2WA 1JD9A 4M82A 5A6KA 3OLGA 1KXQA 1QNSA 4Z2GA 1UD6A 1VBUA 5BXPA 2GJXB 4PUEA 4A4AA 2WKLA 4W8BA 1HJQA 1L8NA 3SUVA 1TE1A 3GM8A 7A3HA 1BHGA 4JIEA 1V08A 1FFRA 4P7QA 4PTMA 3U7BA 1GOWA 4AZ5A 1VF8A 3ZQ9A 4W85A 1TVNA 5CZKA 2CBUA 1S46A 4M81A 1UR2A 5CSYA 2Y8VA 2EPMX 4JKLA 2NSXA 3IANA 1NP0A 4AZIA 1JDCA 1KR1A 3T2OA 1LLOA 2ZX5A 3TP4A 4CN4A 4W86A 4GO9A 5D8ZA 1UQZA 2VQTA 2VZOA 4GZJA 4Z2HA 1HKKA 2WVVA 1R8LA 3WQ6A 1V6YA 3ZR6A 4PN2A 1EH9A 2WZHA 1GVYA 1C93A 1GONA 1O7AA 4Q22A 3N15A 1ZBWA 1JL8A 4FF5A 2W67A 1F4HA 2AAAA 3HMCA 5A6BA 5A6BD 2DH2A 2ZUSA 4UZUA 3LPFA 1H41A 5DFAA 4KGLA 3VILA 5E6YA 4ACZB 1FHLA 1OB0A 4HMCA 2E3ZA 1HIZA 1C90A 3ZT5A 4IPNB 4CU6A 3AI0A 1PIGA 2WVTA 1NOWA 1E5NA 4U31A 2J25A 3TOPA 4J28A 4PUDA 4QCEA 2JIWA 2O9TA 5JUVA 1JDAA 3UG5A 2XFFA 5LYRA 3AIUA 4B9ZA 1WAWA 2XVNA 1EDGA 4NRSA 1NOUA 4Z2IA 3CUGA 1LL4A 2F8QA 9CGTA 6A3HA 3KEHA 3M07A 2VO5A 2PWDA 1K9EA 3OG2A 3TTSA 4QAWA 4XZBA 1K9DA 2G3JA 1BSIA 2CKSA 4CD4A 1UD5A 2BNJA 5JBDA 3N13A 3LPPA 1E15A 1YHTA 5CGMA 4C7FA 4PSRA 1J11A 1WO2A 3K46A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2VX7A

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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