2VXN | Genus

Total Genus 93

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	93
sequence length	249
structure length	249
Chain Sequence	AKPQPIAAANWKCNGTTASIEKLVQVFNEHTISHDVQCVVAPTFVHIPLVQAKLRNPKYVISAQNAIAKSGAFTGEVSMPILKDIGVHWVILGHSERRTYYGETDEIVAQKVSEACKQGFMVIACIGETLQQREANQTAKVVLSQTSAIAAKLTKDAWNQVVLAYEPVWAIGTGKVATPEQAQEVHLLLRKWVSENIGTDVAAKLRILYGGSVNAANAATLYAKPDINGFLVGGASLKPEFRDIIDATR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Atomic Resolution Crystallography of a Complex of Triosephosphate Isomerase with a Reaction-Intermediate Analog: New Insight in the Proton Transfer Reaction Mechanism. pubmed doi rcsb
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags	Isomerase
source organism	Leishmania mexicana
total genus	93
structure length	249
sequence length	249
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2008-07-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2vxnA00

4O18A 5F1VA 4A22A 4BR1A 3S1XA 4Y96A 3DFTA 4ONVA 4LUJA 3GR7A 4K37A 4IX2A 3NOEA 5A5WA 3MI3A 1B57A 3C56A 4RK8A 3MYPA 3G24A 2DZUA 3EX3A 2AAMA 4PCFA 2YW4A 1H61A 1K7XA 3B0VC 1A5AA 3DKLA 4Q33A 3C2RA 3UYCA 3N9SA 4P61A 5CZTA 1W5NA 4NJJA 4GXMA 1GTEA 3E96A 3MP4A 3D0CA 3PUEA 5K7JA 1T8XA 2G96A 3O15A 1YPFA 2I14A 2LLEA 1TV5A 3O6DA 2QDHA 3G1AA 3S1VA 5AYYA 3NM1A 4O14A 3IGSA 4K7YA 3P84A 5D09A 2ZRXA 3GNNA 3O63A 3QEZA 4FEZA 3OVRA 1FXPA 3RF9A 1DKWA 1JRBA 5LHFA 3LRMA 3QQ1A 1YXCA 4EF8A 1I2PA 3HGOA 3NQ8A 2ZTKA 4Y6GA 3ELFA 3MW7A 4JTIA 4AHPA 4HNUA 1O5XA 1TYGA 3FFSA 4FNSA 1ICPA 3G0SA 2PE4A 4RV8A 4CQ8A 4MYAA 3M44A 2Q3RA 4L4LA 3UWYA 4HSOA 2Y7GA 3QM3A 3UWVA 4BWLC 4UFKA 1IGSA 5BRBA 3N2XA 3B06A 1FBAA 5I3IA 2ATSA 1THFD 1OYBA 4IXHA 1Z41A 3TFXA 3KOFA 1LBFA 2VKZG 4NU7A 2NZLA 3NVTA 1H7PA 2RDWA 3UWUA 1OHLA 4JYFA 5DELA 1TRIA 4QITA 1H7RA 3Q2DA 3NR0A 1OFEA 4JEQA 2ZA1A 2DZTA 4UIOA 1KM6A 4LY8A 1A50A 2EGZA 3W7EA 3LCGA 4GE8A 3L2IA 3LHWA 2PCQA 2GOUA 2FPYA 4JTTA 4QISA 3QFEA 1ME9A 1L6SA 2C3ZA 3L9CA 2QAFA 1TPFA 3OA3A 1BWKA 1JR1A 1KBIA 5L6UA 1SFJA 2YPIA 5F4XA 3EKLA 2QEZA 5E93A 3W1RA 3MJYA 2G97A 3UQNA 3NAVA 3NQAA 4FX6M 3NQDA 1KFCA 1QCWA 1BWLA 1AL8A 2E1DA 3WJXA 3DFQA 4JX6A 3AO0A 3KXQA 1FDZA 3CTLA 2ZFAA 2CLOA 2NXIA 1AK5A 1JCLA 2V5BA 1NSJA 4E2DA 1Q6OA 4JTJA 1O94A 1YXYA 2VENA 3LTYA 1TJPA 2YFOA 2HMCA 1FWRA 2W6RA 1R2RA 1GVQA 4Y90A 2B4GA 4HKPA 2VOMA 5F4SA 3DH7A 1QMLA 1VS1A 3B0PA 3A23A 3PG9A 3W73A 2I1OA 1KFBA 1FWNA 2WNZA 4OHQA 3W7DA 3DI1A 3LHTA 4MYXA 1C8VA 5H91A 3W1PA 2ABAA 2VFDA 5T26A 2RFGA 1O60A 3TROA 3W7JA 2Y61A 1A5BA 1OK6A 3M5YA 3DGRA 1T0OA 5F1UA 3LRKA 1ADOA 2CW6A 5IBXC 5EBUA 2PRLA 1TPC1 2ABBA 4WZHA 2DZPA 3W7KA 4NJKA 3NQFA 3N3MA 1F2JA 3GIYA 2PC4A 1LORA 4CCEA 3A22A 4Z1DA 1N8FA 4UMAA 2YSWA 3KRUA 3V75A 3GDRA 3A21A 1SPQA 2Y89A 5A8GA 1PCWA 1WOAA 3STGA 4MY8A 4UFJA 1LLZA 3DU0A 3KVJA 4KFPA 3U2OA 4UMBA 3PUOA 4KWWA 3E49A 3E02A 1X1ZA 2TYSA 4RZ6A 1W56A 1FCVA 3NYZA 1LP6A 3TCEA 3NG3A 2F84A 2WO5A 3DAQA 1OFQA 1SW0A 3M16A 2O7QA 1WQ5A 4DF0A 4LU0A 3U6WA 2GVGA 4EOUA 2CLFA 1JJKA 5G1YA 3B03A 3GR8A 5CPOA 1W0MA 1XC4A 4UMCA 1DHPA 3RU6A 3CM4A 3L65A 1VHNA 4UTMA 4O1CA 2ALDA 5FEZA 3TAKA 3W85A 3OVPA 1K8ZA 1KTCA 4GBUA 4JTUA 5BMXA 5IM51 3A5VA 4MZ8A 4N9EA 5G1TA 4JDYA 2QCLA 1UUOA 2C16A 3QSRA 3NZ1A 3ABSA 4Z1AA 2A6LA 2B7NA 3S1UA 2FIQA 3PBWA 5G4WA 3UY7A 3SR7A 4Z08A 5TBOA 5HWMA 3G1XA 5DBUA 1VCGA 3ATZA 3PM6A 3PUDA 2H8XA 5C6MA 1ML1A 4DO6A 3W7IA 4IMCA 4NVTA 1Y0EA 3KRSA 4QAIA 1EUAA 2HSAA 3EXTA 1WAUA 2WNNA 3LCLA 1EPXA 1D3GA 4Z1BA 1I45A 3CIWA 5LZLA 5SWUA 1QPQA 3R13A 1W3NA 2YCEA 3JS3A 2E77A 2CLMA 3CWNA 4FX7A 4Z1CA 5EPDA 3I65A 3LTPA 2WSRA 4UFIA 1LM1A 4LUIA 4JXCA 3KVLA 1G69A 2G95A 3BG9A 5KZDA 4R33A 1VQTA 4UTKA 4S1FA 3CC1A 2Z1BA 2E6AA 1HTIA 4CNOA 5LSMA 1VYRA 3CHVA 2P1FA 4E0CA 2V30A 1YDVA 4LV4A 1FUYA 2Q8ZA 4UTTA 3M5XA 3ZWSA 3MP3A 2NWSA 2H90A 3YPIA 1SFLA 1PS9A 2YYTA 5FF0A 2R91A 3O16A 1ME8A 3PG8A 4CQ9A 2BLEA 5HNRA 5K3VA 3TQKA 4O15A 3TXZA 2B0MA 2CZ5A 1SO3A 3SI9A 3SJ3A 1E51A 3GVGA 4AWSA 3M5VA 1ZAJA 3QQ0A 4W9TA 4O0ZA 3WK3A 3W1AA 1EEPA 2VC6A 2WSYA 1YDNA 4UTTC 3P8JA 4UTWA 1G67A 4TX9A 4UFHA 3UWQA 3BLEA 1V5XA 2BX7A 3T40A 3STCA 5L9FA 2DJXA 4LRSA 3P81A 2X1RA 5F2MA 3BGGA 4IMEA 1XUZA 5AYZA 4UTLA 3P80A 4PH6A 5J5DA 1RQHA 4O17A 6ALDA 4JTGA 1QPNA 2E5CA 3QYQA 2VFGA 1O4UA 2CZDA 3Q58A 3W7OA 1FDJA 3BG5A 4N9BA 4O28A 4UC5A 4O11A 5TQLA 1AW1A 3CT7A 1SSDA 5EMUA 1XI3A 3IEBA 2FFCA 4O1BA 4ML9A 4MUZA 1FWTA 1HL2A 3TC6A 3M9YA 5D2WA 1GQNA 2QDGA 3MUXA 1F74A 2VEKA 3TFCA 3TJLA 3THQA 2NUYA 3HGSA 2GQ8A 1HUVA 1MO0A 4IXXA 3PSWA 4DBEA 1LYXA 4OV4A 2E6YA 4LRTA 1XM3A 3LCIA 1IF2A 4H4IA 3LM7A 3JR2A 5G2IA 1F73A 1YLVA 2QJGA 1CX9A 2DJLA 3HJZA 3PULA 4OT7A 3LI1A 1HO4A 5GVJA 1H7OA 1L6YA 1VHCA 4O4VA 1OX4B 3QH2A 2CU0A 1WYIA 1H51A 2ZZ2A 2QUTA 2A0NA 3HMJG 5K9CA 1Q6RA 3FJ6A 5KZMA 4AWTA 2NX1A 5KTLA 1X1OA 1GZGA 4JIPA 1RPXA 2WPBA 1QNVA 1EIXA 4ZQNA 2C14A 1GWJA 2V9DA 2C18A 1KA9F 4FIRA 2CLEA 2Q8LA 1L2UA 1K8YA 1LZOA 3KAOA 3OEXA 4BF9A 3SGUA 3A9IA 4MJMA 3QJAA 4JGDA 4HNVA 1P4CA 4AF0B 4A21A 2CFFA 1IXOA 3E12A 1KFKA 4ICNA 1DQXA 4JNMA 3N19B 4O0KA 3GAYA 2WQPA 3UXDA 4POCA 4IWWA 1OFPA 3M7WA 3LTSA 3MYOA 1W54A 3GNDA 5H2ZA 3QMTA 3TJXA 5EKYA 3LBMA 5FEPA 2NV1A 3TMLA 4JY8A 3R2GA 2ZA2A 3G1YA 4M6VA 3W7QA 1JCJA 4A2RA 1J2WA 1H7NA 3SY5A 4LC6A 3O6CA 2ZBTA 4JN6A 3DFOA 2A7PA 3BV4A 1L9WA 3TUUA 3WK0A 1EUNA 4UNLA 4TMBA 4O50A 2ISVA 1I2OA 1GPWA 3L5MA 3W2KA 4LTSA 1TV8A 1N7KA 3EWXA 4OQVA 1LDCA 1QFEA 5D03A 3B05A 3TV8A 3KVMA 2OT1A 2X2GA 2YX0A 3G22A 3W84A 1XL9A 4EVZA 1YPIA 4HN4A 3UWWA 4MZYA 3TQ0A 1A5SA 3W74A 3THAA 3KHJA 1A53A 1TIMA 5CSSA 5CZ0A 1JCMP 3W2LA 4LVAA 3S8HA 2YFNA 1JULA 5LNUA 1RD5A 3VNDA 4FXSA 3P7YA 2I9EA 4C1KA 1PCKA 1K3UA 2DZXA 4GFSA 4S2CA 4NNBA 4IMDA 4UXDA 4AH7A 2UV8G 4WD0A 1ZCOA 1SW7A 4O1AA 1YTEA 1UASA 4RXGA 3I6RA 4O10A 4IJBA 4BI6A 1W1ZA 1FY6A 3TR2A 5DLCA 1ICSA 1AW5A 2FPTA 3WFAA 1OFBA 1TTJA 4FNRA 3MBDA 3LXBA 4S2BA 3CB8A 2EKCA 1EA0A 1O95A 1A5CA 4LS2A 3HG2A 1VLIA 4RXFA 3M1ZA 4LVBA 4K8EA 1P5BA 4O13A 4HNTA 1OX4A 1X8FA 4ZQCA 2B7OA 1GVSA 1YXDA 4UTUA 3NO5A 3LCHA 3ABQA 4N2YA 2V2DA 3SGZA 3FOKA 2NV2A 2C19A 3R12A 3DI0A 1LBLA 1J5TA 3IV3A 1ZAIA 3P60A 3CQ0A 4Q4KA 5E0KA 2ISWA 5LNSA 3TSDA 2VEMA 5LKYA 3L68A 5DY3A 1F6PA 2VFEA 4JTSA 4A29A 3H54A 4UUIA 4DPQA 4J9JA 4JTEA 3STEA 1EP1A 1MXSA 4LOCA 4OBTA 3MHUA 1WXJA 5HWJA 2CZEA 3BARA 3C2EA 4N02A 3B8DA 2KZHA 3NXFA 3KRZA 1TREA 4NJGA 4AB4A 2Y7EA 3L66A 3EWBX 2GVJA 3MHFA 1PE1A 2DU2A 3GDMA 2PRHA 2QCDB 1SZNA 4NXSA 4MY1A 3UY8A 5HJLA 4EIVA 2RDUA 1RQBA 3O6YX 1YTKA 2E09A 1YADA 3TMQA 1IXNA 3TU9A 5C2XA 3GK0A 3IIZA 3TKFA 4ADTA 4H6KA 2E6FA 1F6KA 3W70A 3MWAA 4ZVJA 3MI6A 3MP5A 1JQXA 1TTIA 5AHNA 1TV7A 3LB0A 3K30A 1DBTA 4IQLA 4FNPA 3MBFA 2A2IA 3I7RA 4MFEA 4YCOA 1I4NA 5BNKA 5U7SA 3W71A 1I2QA 1FQ0A 1KTBA 4LS1A 5DCDA 1TPVA 3LLFA 4QNWA 1C9DA 3W1UA 4JYDA 1KTNA 4Y9AA 5FF4A 5BW6A 5D02A 3W83A 4P2VA 1SO6A 3FJLA 3W86A 2NLIA 1GG1A 1QPRA 4UTJA 3S6DA 5I3HA 5LGXA 1EB3A 5EA9A 2DP3A 1IXQA 5CGQA 1FXQA 4NX0A 2NUXA 1PHWA 3VI2A 8TIMA 1TO3A 1KM3A 4A3UA 3G1SA 1F76A 2V5LA 1G4PA 1GVOA 2JGQA 3PBVA 3E9AA 4MKNA 3GDTA 1JCYA 3RLUA 1DL3A 5EY5A 1ZENA 3NQGA 4JDBA 4WXYA 3IGUA 2GJLA 4DBDA 4RX0A 4RZ4A 4KWVA 4GUFA 4O8RA 3NPWA 1GT8A 3P62A 2QCNA 1ZJIA 4JTHA 4UNKA 1FCUA 2JK2A 4AAJA 3ZR4A 1EP2A 1G6CA 3C3NA 1PHQA 5AHFA 4E38A 4XBKA 4HNNA 4N9DA 4WY0B 1OFRA 1R30A 3W9ZA 4MPQA 1H63A 5AOUA 4IOTA 4ORIA 2J24A 1ZHAA 4UR7A 3W87A 1KFEA 2QCEA 3W1QA 4CQAA 4QJ1A 4QQ3A 1OFOA 4O53A 3EKZA 3HBLA 4M7TA 5DXXA 1K02A 3DENA 1MSSA 1KM0A 2IQTA 3CIXA 3QZEA 3IIOA 3LGEA 3S5ZA 4AHQA 2QUVA 4A2SA 4DXVA 3LBCA 4X9SA 5HUPA 4O12A 5C54A 2RDTA 4PFMA 5KINA 3HG3A 4PTNA 4FIQA 4IPIA 3CWOX 3NPVA 3SIZA 3GAKA 2WSQA 5D05A 1N55A 3MHGA 1IXPA 2Y7DA 4NZFA 1JUKA 1K03A 1ZY9A 4DEFA 2X1SA 1LOQA 4GUHA 4CNNA 3O06A 3LI0A 2ZDRA 1XBXA 2JBMA 3TDFA 3CPRA 1RR2A 4UTHA 3W2MA 4K39A 5I3FA 2QCDA 3STFA 4I9AA 2VEPA 2ISSA 3LV5A 3CLMA 2QJIA 4GWEA 4YL2A 5D37A 3NQVA 1GYLA 3NQ6A 3PBYA 2X1TA 4QSHA 3FYPA 3JRKA 3TAOA 3G0UA 3PSVA 1XCFA 1WBHA 1VC4A 5HINA 3VE9A 4FXRA 1Q45A 4AXKA 3UNDA 3TW6A 3UXAA 3G1HA 3P67A 5D2YA 5DCEA 1P1XA 3GKAA 5D04C 2QCCA 1S3HA 4CLMA 4JTFA 4OU1A 4H3DA 2ZRWA 5J5RA 3T44A 1BKSA 2V82A 3AJXA 1VZWA 3BW2A 3GDLA 5HULA 2JKEA 2ZRZA 1LRNA 4WJEA 1KLZA 4IX0A 4WQ6A 2QUUA 3VE7A 5F2IA 1Z44A 3VKJA 3PR2A 2A4AA 3NA8A 4U28A 1WV2A 4DO5A 4HHPA 4K8HA 3LXCA 2FJKA 3WK1A 2E6DA 3M5ZA 3EX2A 1KFLA 2EHHA 1HO1A 3QC3A 1EP3A 3S5OA 5HUOA 1W8SA 1M6JA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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2VXNA

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