2VXN | Genus

Total Genus 93

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	93
sequence length	249
structure length	249
Chain Sequence	AKPQPIAAANWKCNGTTASIEKLVQVFNEHTISHDVQCVVAPTFVHIPLVQAKLRNPKYVISAQNAIAKSGAFTGEVSMPILKDIGVHWVILGHSERRTYYGETDEIVAQKVSEACKQGFMVIACIGETLQQREANQTAKVVLSQTSAIAAKLTKDAWNQVVLAYEPVWAIGTGKVATPEQAQEVHLLLRKWVSENIGTDVAAKLRILYGGSVNAANAATLYAKPDINGFLVGGASLKPEFRDIIDATR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Atomic Resolution Crystallography of a Complex of Triosephosphate Isomerase with a Reaction-Intermediate Analog: New Insight in the Proton Transfer Reaction Mechanism. pubmed doi rcsb
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags	Isomerase
source organism	Leishmania mexicana
total genus	93
structure length	249
sequence length	249
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2008-07-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2vxnA00

4RX0A 3INPA 3PS7A 1TTIA 3W76A 4ZQRA 5DY3A 3ANYA 1O5KA 2C18A 1KV8A 1KM5A 4RXFA 4AF0A 1K8YA 2ZBTA 3EXTA 1A5SA 2PRLA 2W0UA 1F73A 2GPTA 3SSJA 3NM1A 3HJZA 2JGYA 2Z6JA 4DO5A 3G1DA 2QJHA 3DKLA 1T0OA 4AF0B 3S6DA 4O1CA 3CU2A 3QF0A 3S5ZA 2QCHA 5EBUA 1ZY9A 4RCXA 3O15A 3O16A 5DELA 3I7RA 2ISWA 1GQNA 1K03A 3MHFA 4DQWA 3HG4A 1IGSA 3B05A 3GXTA 3LI0A 3KOFA 1VHCA 3C61A 3NYZA 4Z0JA 1GZGA 4GFSA 3P60A 2RFGA 4NQ1A 5FF7A 2VENA 1JCLA 1KM2A 3DHFA 3S1XA 1CX9A 1ME9A 1X7FA 2B0MA 5LGXA 5HWMA 1MSSA 4CLMA 4S1FA 2A2IA 3MYOA 2HSAA 4LUIA 3CM4A 3W1NA 4KKXA 1IXOA 1VCFA 2ZRXA 1AK5A 4GUGA 2V9DA 3QYQA 4JS3A 4ZMGA 3O6DA 1DQXA 3BVJA 4OV4A 1GVQA 1LBMA 1BEUA 3TIMA 4HHPA 2O7SA 3NPXA 1KTCA 3FKRA 5L9FA 1QCWA 4MUZA 4NVTA 2ZFAA 3HG3A 3PSVA 5F4SA 2QCDA 1SO3A 2VFEA 3R89A 1T99A 1EP2A 3LCLA 4GUFA 1X6UA 4P2VA 3CWNA 3RMJA 4NX5A 1TTPA 3MW7A 1SFLA 4FIQA 2QCDB 1BWLA 5DXYA 1KFEA 1K7EA 1RQBA 3W2UA 3ABOA 2GQ8A 3N9RA 4AWSA 1H7PA 4JX4A 4O16A 1DVJA 4LY8A 4MYAA 1RPXA 4JN6A 4O14A 2QJIA 3W2KA 4MY8A 1UBSA 4OHQA 1SSDA 1SO5A 4CQ9A 4IPIA 2IQTA 4UTTA 3UXDA 1FWTA 4JYEA 3STGA 5D2TA 3BG5A 2NX3A 1GTEA 4O4WA 2Q3OA 3BW4A 1AW1A 2DZUA 4BR1A 2VFHA 4X3ZA 3F1QA 3DU0A 4ZL1A 4UIOA 2Y85A 5FESA 2Q8LA 4DF1A 1KFJA 2FFCA 1CW2A 2XFWA 4BK9A 3LCGA 2G97A 4GJ1A 4Y9AA 2AGKA 2ZRZA 2A7PA 2F7FA 1H7RA 5HJLA 5KTLA 1G7UA 4LT9A 3B4UA 1QNVA 4Y8FA 4KWWA 3EB2A 3MHUA 1FXPA 5BRBA 3NOEA 3NQ2A 4YMZA 1H62A 3SY5A 2VFDA 3S8HA 4A2RA 4QNWA 3NQMA 3VE9A 3LCXA 5HNRA 1YTEA 3HIJA 3PF3A 1GVRA 2E5BA 2Q3RA 1DQWA 4AHQA 1BTMA 3TQ0A 3IVTA 4LV9A 4U28A 4IX0A 3DGRA 3S9YA 3NO5A 4UTUA 3VKJA 2WPBA 3BK0A 1WDWA 1G4PA 1EPXA 3EEGA 4AWUA 3P62A 2V30A 5D37A 1ZCOA 3OVRA 4K7VA 4Z1AA 2VFIA 4TX9A 2ZQ0A 1KFKA 4IUOA 3A5FA 1FWNA 4O53A 4A21A 1UASA 1TV7A 4JX5A 1FCQA 3HPZA 3L21A 2DZWA 2Y7GA 1Q3NA 2JBMA 4HN4A 4M6QA 3WJXA 3NL3A 5EA9A 1YXDA 1KW1A 4MLJA 1TPFA 3TSBA 5AYXA 1D3GA 3UNDA 1I2PA 1BKSA 4Z0SA 3UYCA 4JTKA 1RZMA 1ZAHA 4PEKA 2KZHA 4HNUA 1D3HA 3PUOA 2QCFA 2A85A 3R5EA 1OYCA 3G1FA 4RLIA 1LORA 1FWRA 5FF2A 3LCIA 3C52A 1Z41A 3HBLA 3GKFA 2LLEA 2CLEA 3M41A 1YXYA 3LV6A 3O1NA 1PCKA 1TCDA 4AEOA 4LC6A 1SZFA 1K7XA 2E1DA 4WXYA 3EWXA 4NNAA 3TA6A 4TO8A 4ZZ9A 2EPHA 1ADOA 4GUHA 3UY8A 4Z1DA 3E49A 3GR8A 3MI3A 4OV9A 4UTTC 2R8WA 3W7RA 3FLUA 2HMCA 1FWSA 2C1HA 1SSGA 2FPYA 2ALDA 3ELFA 5G1YA 1VLIA 3W2NA 5HWJA 5C5YA 3HQ1A 5AOUA 4IQLA 3O6CA 1F74A 4PL1A 3F4WA 4N2YA 2CZDA 2VFGA 4EVZA 1OFBA 2X16A 1YPIA 2NX1A 3JR2A 1KM6A 4N4QA 3IGUA 3O8AA 3BPWA 4LTSA 4NX0A 3STFA 5I3JA 4LU0A 1CI1A 2V2CA 1TPH1 1S5WA 3M44A 1LOQA 4FO4A 5FF0A 5AFDA 1W3NA 4RV8A 4ADSA 3LM7A 4JTIA 3NEVA 2AAMA 3P7YA 5D2XA 4AHOA 4MZ8A 2ZZ4A 1VS1A 1EP1A 5CGQA 5LNUA 3LHVA 3RLUA 2FB3A 1C9DA 4TU1A 4QM1A 2TPSA 3E02A 4WY0A 1ALDA 4O54A 3C4UA 1R46A 1U5JA 2QEZA 4XZ9A 4C1LA 1L6YA 2G95A 3UXAA 1QO5A 5FEXA 5K4XA 1GVOA 4UFMA 4JIPA 4DPQA 5ABTA 4WY0B 1G6CA 1PVNA 1WAUA 2C13A 1S5VA 5DBUA 3HOJA 4WZHA 3KVJA 4IPJA 2NWSA 3SGUA 1JCNA 4GWEA 2YFOA 1O95A 1Q6OA 1QO2A 2FPTA 3LRMA 4O17A 4ZQOA 1G4EA 4DO4A 4I7UA 2CLMA 1N8FA 4NU7A 1GT8A 2NLIA 2NUXA 1MEIA 3CIXA 3G24A 1IF2A 3R2GA 4JTGA 1DJNA 2EAWA 2ZA2A 4BI6A 3NQGA 3LTSA 2Y88A 3PM6A 1YLVA 1K02A 2Y89A 1EWEA 3QMRA 4KWVA 4FHAA 3T44A 1Z48A 1W5QA 3DFNA 3SW6A 2J6XA 3GVGA 3KRUA 2V82A 4LS1A 1B9BA 1HL2A 4IX2A 2VEPA 2H3DA 4WX2A 2VXNA 4FX6M 2ISVA 2VEKA 1IXQA 1OJXA 3UWZA 2BTMA 3CHVA 3RU6A 1H1YA 3BLEA 1WXJA 1T8XA 4X9SA 1XUUA 3G1YA 3LLDA 1SO4A 1XBZA 1GTHA 4UMBA 2JKAA 4WD0A 1A5CA 3TE9A 1N55A 4N9EA 3NQ8A 1DKWA 4WJEA 1KFLA 3NL2A 3M5ZA 5I3HA 4QIUA 2WV8A 5F1VA 1LOLA 3HGRA 3NQFA 4R53A 4K38A 2NXHA 3IIVA 5EPDA 1SZEA 3GAYA 1Q6RA 2ZRWA 1WQ5A 3M47A 1XCFA 5HINA 4O1AA 1YTDA 5D32A 4IMFA 2CFFA 4LRSA 2G5WA 3W7KA 4XWUA 4K7YA 1OF8A 5CZTA 2X2GA 3EX2A 3DFSA 3HF3A 3P81A 3TUUA 5K2ZA 3M7WA 1GVSA 3BW3A 1AW5A 5AC8A 4ZQMA 4IMCA 4H3DA 2CZ5A 2A5HA 5I3FA 3RLVA 1NF0A 3KXQA 1H51A 2E6AA 3OG3A 3NPVA 1AL7A 4MKNA 4DXVA 2CLHA 1SW0A 1H7NA 3GXNA 4JNMA 2NXGA 3IEBA 5HUOA 3DFQA 5EY5A 4AH7A 3S0CA 3ZFHA 4NJIA 4IWWA 5I3IA 2YZRA 4ZVJA 1KM3A 2W79A 1Z42A 3F4NA 2ABAA 4FF7A 4ZQCA 3EXSA 2DZTA 5LNWA 2CLFA 4Q4KA 3W7HA 4YXGA 3EX4A 3BGJA 3CLMA 4ML9A 4XBSA 3CIWA 4FXSA 1B3OA 5D38A 5T26A 4IOTA 3QQ0A 1JUEA 4Q32A 4M7SA 3EKZA 5D2YA 4UMCA 3TR2A 2V0TA 3LGEA 1ICSA 2GOUA 3IIOA 3PVFA 3T4CA 3P8IA 3TX9A 2Z1BA 1ME7A 3N19B 4PC8A 2B7NA 1E51A 3C2VA 1LOSA 3W7PA 4Y6GA 1IXNA 2NX9A 5HULA 5FEZA 2NV1A 1I2RA 5G1TA 1EA0A 3PBYA 4ORMA 3MUXA 3C6CA 3Q58A 4K39A 2OT0A 1H63A 1O94A 5CPOA 4JYFA 4HPXA 1V5XA 3DI0A 3HPXA 1ZAIA 3M43A 2ATMA 4MOZA 1LP6A 4UCGA 5AHFA 1FCBA 2Z2UA 4JTHA 1I45A 4XTIA 3CB8A 2QKFA 3G22A 5DN1A 3Q37A 5DXXA 4RXGA 3TC7A 2B7OA 3FS2A 2CLKA 1KTBA 5CZSA 5FF3A 3EX1A 1SR9A 1TIMA 2YPIA 3I65A 4JDYA 1LM1A 4O4VA 1HUVA 3L9CA 5HR6A 4OBTA 4NZJA 3N73A 4WOQA 2I1OA 1HO1A 2QCNA 3W2JA 1UCWA 3N14A 2E5DA 1KFBA 1O4UA 1SW7A 1KTNA 4A22A 1TRDA 3G1HA 4NJGA 3UPWA 1FUYA 1U83A 4MY9A 1TV8A 3TXZA 2A6LA 3ZWSA 4JEQA 1XDLA 3WK2A 2ZTJA 3G1VA 3G0UA 4N02A 1VH7A 4OWGA 5AC6A 3IGSA 3TV8A 1TB3A 4I7VA 4UMAA 1WOAA 1KLZA 5KSWA 1ONRA 5DLCA 5K3VA 2OX1A 1EUAA 4UFJA 2ZYFA 4P61A 3LERA 5G2IA 3O05A 3EWYA 2X1SA 3W7OA 2WNQA 3LI1A 8TIMA 2TRSA 2R91A 1J4EA 1QPRA 4AAJA 3L0NA 3L66A 1J5TA 2AQWA 4HIBA 4O0ZA 1AG1O 3LRKA 1OVDA 3L0GA 1XDMA 4S2CA 3QZEA 4O50A 3E96A 3DHDA 5HMSA 3LX9A 1C29A 1JCYA 5LSMA 5SWUA 3SGZA 5BW6A 2WNZA 3ATZA 4UFIA 1Z44A 4RJEA 3G8EA 4J9JA 5HWNA 4O18A 4Y90A 2CLLA 3LCHA 4JDBA 1WX0A 3LLFA 1JULA 4FIRA 3TQKA 4WY0F 1VCGA 2A7RA 2XN1A 3A24A 4MZYA 3NPWA 1MEHA 5D2WA 2J9YA 2B7PA 4MZ1A 2QCCA 3EWBX 3Q2DA 4E2BA 2A4AA 3QH2A 3H55A 1TV5A 5TQLA 2JK2A 3TU9A 1FBAA 4WXZA 1F6PA 3PAJA 1BWKA 3DH7A 3CEUA 3W7CA 3G1AA 3G0SA 4TMBA 4E38A 1D9EA 4AMAA 1XBXA 4M7TA 3NNTA 3B8DA 3GB6A 3P8JA 1LYXA 3EWWA 3VE7A 2QF7A 3GLCA 2I14A 1JJKA 1FDYA 4FNQA 5DY2A 2WJZA 2YYUA 3KVLA 2A21A 2FTPA 3LV5A 3QMSA 1HTIA 1A5AA 4I9AA 4CCCA 1M7PA 4O1BA 3B03A 3UD6A 2BXVA 3M5XA 4CQ8A 3W7MA 1DV7A 4JGDA 3KFTA 3K30A 1W5NA 4OT7A 4XKYA 2ZA1A 3NQ6A 3FFSA 3IV3A 4JICA 3O06A 4W9TA 2V8ZA 3N2XA 5BOOA 4FNUA 1W37A 4GUIA 1M5WA 4G1KA 2YR1A 1LRQA 4HNNA 3TDFA 3TMQA 1JRCA 3GNDA 4IMDA 3UQNA 2GQ9A 4DF0A 4XKYB 1G4TA 1OK6A 4HPJA 3TKFA 2J24A 1EX5A 1Q6LA 2YW3A 1JCMP 3M0ZA 3W7DA 4N6EA 2QUTA 4FNSA 3O6YX 4UTHA 3W70A 4KFNA 1LTDA 1TPEA 1LRTA 3QSTA 3DFTA 3WJYA 3W84A 2FLIA 3EWZA 2H3BA 3QFEA 1GYNA 3OVPA 1OFDA 2UV8G 1OK4A 4R7JA 5IBXA 2DJLA 3FA5A 1JRBA 3LXAA 4QAIA 5DCBA 2E68A 1R2RA 3T7VA 1H5YA 4K36A 1JUKA 3W1XA 4LOCA 5U7SA 3QRHA 4NT0A 3B04A 3GYEA 1O60A 3TQVA 4N9CA 1XI3A 1QPQA 2PE4A 1SU5A 1TJRA 2WKJA 4NUWA 5I3KA 1WOBA 3UY7A 2XN2A 3PB0A 1VPXA 4AHPA 4JR5A 2E5CA 4RK8A 3FJ6A 1RVGA 1WV2A 2J9ZA 2Y7DA 2VOMA 1HG3A 3W6YA 1SO6A 1RQEA 2V2HA 4JTUA 5L6UA 1QOPA 3M9YA 4RZ5A 1C8VA 3MI6A 5U4NA 5F4XA 4UC5A 3OA3A 3CEPA 1DORA 5BMWA 3TK7A 4EIVA 1VQTA 5HUPA 2VFFA 5FI8A 5C6MA 3KRZA 1QPOA 2FDSA 2E6FA 3OHIA 3W7EA 4LVBA 2ATSA 5AN7A 2G96A 1OF6A 1VRDA 3S1VA 3QJAA 1FDZA 2B4GA 3W86A 7TIMA 1H7XA 5AYYA 1PS9A 1OFEA 3W88A 3UWQA 5LGZA 2WSYA 4PFMA 4R34A 3NQCA 1AMKA 2VEIA 2ZRVA 3H53A 5DCDA 3P61A 3GNNA 3PWAA 3TROA 3OBKA 5KMYA 2ZZ5A 3W1UA 3RNDA 1FQ0A 1HFBA 4UFHA 2X1UA 5D2VA 3W7QA 3W87A 3LHTA 4A3UA 3THQA 1L2UA 1GPWA 5IM51 3HB9A 2CW6A 3L5MA 4JTSA 3B0VC 4DPPA 4PL2A 4PODA 1AW2A 3GAKA 1W0MA 3TSMA 5C55A 4UXDA 1QWGA 1H7WA 2Y70A 3R8RA 3NQVA 1UUOA 3MBDA 2P0OA 3ABQA 2R14A 3A9IA 4O8RA 1UJPA 5KZEA 1FY6A 2BLEA 5LNVA 3C2RA 3OEXA 3MP3A 3PUEA 2CLOA 2FB2A 4N4PA 3QW4B 3BO9A 3C2EA 3VI2A 3N34A 4FNRA 3UZJA 3NQ7A 4I7WA 3TJXA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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