2W79A

Establishing wild-type levels of catalytic activity on natural and artificial (ba)8-barrel protein scaffolds
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
241
structure length
241
Chain Sequence
MLVVPAIDLFRGKVARMIKGRKENTIFYEKDPVELVEKLIEEGFTLIHVVDLSNAIENSGENLPVLEKLSEFAEYIQIGGGIRSLDYAEKLRKLGYRRQIVSSKVLEDPSSLKSLREIDVEPVFSLVTRGGRVAFKGWLAEEEIDPVSLLKRLKEYGLEEIVHTEIEKVGTLQEHDFSLTKKIAIEAEVKVLAAGGISSENSLKTAQKVHTETNGLLKGVIVGRAFLEGILTVEVMKRYAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Establishing Wild-Type Levels of Catalytic Activity on Natural and Artificial (Beta Alpha)8- Barrel Protein Scaffolds.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 1-(5-PHOSPHORIBOSYL)-5-[(5-PHOSPHORIBOSYLAMINO) METHYLIDENEA
molecule tags Isomerase
source organism Thermotoga maritima
total genus 91
structure length 241
sequence length 241
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.16: 1-(5-phosphoribosyl)-5-
pdb deposition date 2008-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00977 His_biosynth Histidine biosynthesis protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2w79A00
2DJLA 3I65A 1AL7A 2P1FA 3UXAA 4Z1AA 3MUXA 4UFKA 3I7SA 1ZNNA 4PL1A 2C13A 3GIYA 4MLRA 1EUNA 4JY8A 3TAKA 5D2TA 5FF4A 2H3BA 4UFMA 3EX3A 3P74A 5D37A 3A24A 2ATMA 4P2VA 2V8ZA 3WK1A 2GJLA 3HPSA 1SO6A 2WOQA 2TRSA 3HJZA 2ABAA 3D0CA 2E6FA 1I2OA 3DXIA 3IGUA 4O57A 5I3KA 3A5VA 4UTLA 1H50A 2X16A 3G24A 2A5HA 3NDOA 4FIQA 1CX9A 4FO4A 3UWQA 1W5MA 3L5LA 5LNUA 2W0UA 4Y90A 1C9DA 1YYAA 5K9XA 3LHZA 1H61A 2PCQA 2FQIA 4E2DA 2A0NA 1PL9A 2OCZA 2Y85A 4FX7A 4O52A 3HPZA 3L0NA 3TW7A 1G67A 1CW2A 1S5WA 3GAKA 1RQHA 3HG3A 4MZ8A 3QEZA 3DI0A 4LVBA 1QPRA 4POCA 4JTHA 3UXDA 4O19A 2QCFA 1ZFJA 3UWWA 1E51A 2RDWA 5FEWA 4DBEA 1NFBA 1D9EA 1WXJA 4RZ5A 4ICNA 1MEIA 2H6RA 4H3DA 3W72A 2ZZ7A 3CU2A 5BRBA 4ZQOA 2Z2UA 1UUOA 3INPA 3Q37A 2GQ9A 4ZMGA 1Q6RA 2Y70A 4Y96A 1Q6OA 4XQ6A 2OT1A 1MEHA 3KVLA 1O60A 3FJ6A 4IQLA 1EWEA 5G4EA 3BV4A 3GK0A 2B7QA 3OVQA 4DF2A 2E77A 1J5TA 4CNNA 3PUEA 3TCEA 2TYSA 4NVTA 2QUUA 2C15A 2JKAA 4ALDA 4DF1A 4YCPA 3MI3A 1GWJA 2JBMA 3M7WA 4WOQA 3RF9A 2NX9A 2ZA3A 1F6PA 4PA8A 2D73A 4XKYB 3G3DA 1TMHA 1W37A 4CCEA 1KLYA 3PS7A 3EXTA 1P4CA 1RR2A 4WOZA 3KFTA 2Q3OA 4LS1A 4O12A 1MXSA 3NQGA 4LWWA 4UMCA 2R14A 1W3IA 2ZZ1A 3QPYA 3NQFA 1VZWA 2NXGA 3CHVA 5ABTA 2FB3A 1GT8A 2GVLA 5EPDA 3TSDA 3LHYA 4FNQA 1KW1A 4JX5A 3KX6A 3PBVA 6ALDA 2J9ZA 3AO0A 4M6PA 3SI9A 1KFCA 3STFA 3UD6A 5CZTA 2O7SA 4AWTA 4FXRA 1H7OA 3B04A 1XBYA 2J9XA 2G95A 2WV8A 5IBXC 3S5NA 3S5YA 4NT0A 3T55A 3SECA 1W5PA 3TA6A 5LZLA 3RU6A 1VCVA 1SZGA 1SSGA 5KITA 2VC6A 1TO3A 3GNDA 3DFQA 3QYQA 4QSHA 3M43A 3LTSA 4DEFA 4LC8A 5BNKA 1Q45A 1GTEA 1OX6A 4O53A 4IMCA 3NGJA 3P61A 3S5ZA 1OYAA 3P81A 4LV9A 5CZJA 1VPXA 3A9IA 4Z0JA 2QDGA 1U5JA 4G1KA 5CKSA 5AN7A 3HGSA 5LKYA 4MFDA 3B0UX 3G1YA 5HINA 3B8DA 3UWYA 2C19A 2QR6A 5LNSA 4MLJA 4BI7A 1S3HA 4ADSA 4TMCA 2X1UA 4MJMA 3UYCA 4LT9A 1TPFA 1LROA 4HNNA 4IXHA 5A8GA 1UBSA 3QC3A 1SW0A 4ZQPA 1YXYA 2QCDB 5AHNA 3TDFA 3W87A 5F1VA 1DVJA 3QRHA 3LI1A 1B9BA 1OFRA 4AF0A 3E0IA 3OIXA 1TJPA 2O7QA 1EP2A 3TJLA 3TQVA 4FNTA 3W75A 1A5AA 3GB6A 3NAVA 3GVGA 2NWRA 3NM3A 3W1AA 3C4UA 2QJHA 3LDVA 2PE4A 3W86A 2ZZ2A 2OMAA 2CLLA 1SO3A 3N9RA 2DZVA 1ZAHA 3CLMA 2BXVA 2YSWA 3DHDA 3PBYA 4UTTC 5CPNA 5T26A 2E68A 3B0PA 3PSWA 2QCCA 4UFLA 1NEYA 1AMKA 1SZEA 1O94A 1FUYA 1B4KA 3L66A 2ISVA 5KZMA 4K6AA 3FIGA 4LV4A 3ANYA 1IXNA 3TFXA 3BLEA 1SW3A 2Y7FA 4WQ6A 5J5RA 4QM1A 4GXMA 2CZ5A 5G5IA 4UTWC 1LZOA 4JEQA 3VCRA 3RMJA 4O16A 4EOUA 3F03K 1K03A 4MFEA 1R46A 3FKRA 3KRSA 2GQAA 2NXHA 2TMDA 3IIVA 4JTJA 3LRLA 1VYSX 1I45A 3KVKA 1F6KA 3M6YA 3TC7A 2HMCA 1A50A 1NVMA 3O05A 4ML9A 3N9SA 2EF9A 3I7QA 2RHGA 3T7VA 1H7PA 4TX9A 4RV8A 3DHFA 4E2BA 3G3MA 3GR8A 3VE9A 3A21A 3NXFA 4JR5A 4UFJA 3MYPA 1FQ0A 4N2YA 3C2EA 1AG1O 3W22A 2QKFA 3NPXA 3KRUA 4O28A 3S6DA 4FNUA 4BF9A 3LB0A 5AYZA 3TU9A 1EX5A 3QMRA 1OYBA 1DJNA 3TFCA 3NOEA 3TIMA 4HNTA 3PBUA 1I2PA 2FIQA 3W3OA 4HHPA 2V0TA 4DPPA 3NQ7A 4O54A 3NQMA 3P84A 2NUWA 1V7YA 3SFKA 4QITA 1C8VA 2B0MA 1R2RA 1FWSA 3C8FA 1FDJA 3HF3A 5EBUA 3S1UA 3LCLA 3NQVA 3OVRA 3W84A 3LGEA 3O6YX 1BWLA 1XL9A 4JIQA 2WPBA 1OX4B 4WY0B 1YTKA 3USBA 3SGZA 5F2IA 3TNOA 3L21A 4Z1CA 3PB2A 5CPOA 3IIOA 2V2HA 4JNMA 5FF2A 2VEKA 4ZL1A 3PY2A 1J4EA 2VENA 2C0AA 2W79A 5HUPA 4O4VA 3I68A 3PUDA 4UFHA 1KTNA 1GJPA 1HO4A 1G4PA 1SSDA 2ZZ4A 1YTDA 2ZRXA 1K02A 5AC8A 3P82A 1GYNA 1N7KA 4AH7A 3M5YA 3DBPA 4O0KA 1JULA 2DZUA 3M0ZA 1H60A 4NQ1A 1IIGA 3FFSA 3QQ0A 3HMJG 7TIMA 3L2IA 1OK6A 1A5CA 3P67A 3T4CA 4DPQA 5CPLA 2UV8G 1KTBA 2ATSA 1QPOA 1IF2A 5K4XA 3DI1A 4CQ9A 1KM6A 2CZEA 3LHVA 2CLOA 3NZ1A 1Q6LA 3NO5A 4OQVA 2NX3A 1UASA 3BW3A 1EUAA 3QMSA 3W7HA 3W1UA 4PL2A 1K3UA 3L0KA 3HO8A 3OHIA 3TROA 3N73A 1VLWA 4N9CA 4AHQA 2P10A 5KSWA 1O5KA 2YW4A 2ABBA 1DBTA 1L6SA 4ADTA 3W83A 1FXQA 3C0JA 1F5ZA 4UXDA 3PWAA 1UUMA 1UB3A 2PRMA 3PB0A 5BW6A 1KFEA 4QNWA 3UZJA 4KFNA 1JCLA 3MHUA 4DXVA 4N4QA 2ZTKA 1VLIA 3HG5A 1OFBA 1AK5A 2A7PA 3P62A 3HPXA 2A6NA 4OBTA 3C3NA 3LCHA 5HR6A 3R2GA 3L65A 4HSNA 4K7VA 5EYWA 2AAMA 5D2VA 3VKJA 3MP4A 1YXDA 4CQ8A 2DZTA 4B5NA 1I2NA 4DF0A 3GDKA 4CQAA 5U4NA 1LRQA 3JRKA 4M6VA 4EF9A 5HWNA 2C1HA 2VKZG 3KHJA 2Y6ZA 3R89A 1XDMA 1VGAA 1X6UA 1JQVA 1S5VA 2QDHA 3WJYA 4N4PA 3GXPA 3TQKA 4RKAA 2CLIA 4HKPA 1GOXA 3N34A 1QOPA 4N6EA 3W2NA 1H63A 3G0XA 5K2ZA 1DQWA 3EWZA 2GPTA 5AC6A 2A7RA 3C52A 4JXCA 3EX1A 4UIOA 3KVMA 4WUIA 3W1LA 1OK4A 4U4MA 3FLUA 4X2RA 1YPIA 4UR8A 4LS0A 4GJ1A 4KFPA 5CG7A 2VEIA 1QOQA 3DFPA 4UUIA 5IM51 4RR4A 5G1YA 1DJQA 2VFFA 5HNRA 3W7OA 5J5DA 1RD5A 5LNVA 4PTNA 3O16A 4PODA 3FEMA 4ZZ9A 1I2QA 2XN2A 4WY0F 4WX2A 1EWDA 4N6FA 5FF0A 3SZ8A 1M7PA 3NA8A 4UMAA 1WBJA 3W74A 3P8JA 4JS3A 1KTCA 1QPQA 3F4NA 3W70A 4JTKA 5K9CA 5DCEA 2DU2A 1FXPA 4HNVA 3NPVA 5C54A 3CIXA 3CEPA 3UWZA 2ISWA 2XN0A 1PCWA 1Z44A 3W76A 4JY9A 4QAIA 1SO4A 3W1MA 1KM3A 1UJPA 3LCGA 2J9YA 3KVJA 3DKLA 4W9TA 1P5BA 3E49A 4TMBA 2PRLA 1PE1A 1G7VA 3QJAA 4BFAA 1SR9A 4JICA 3NYZA 1JRBA 1JCXA 3LV5A 3NL2A 5FEXA 3S0CA 3E9AA 1G69A 1K8XA 1VCGA 1L2UA 3ABOA 2DJXA 3ABQA 2FPVA 1VH7A 3SGUA 1IXPA 4BWLA 3MHGA 4UR7A 4U28A 4AHPA 3SIZA 3WJWA 1XBXA 5D33A 1YDOA 2P0OA 4OV9A 2RH9A 5C2XA 3OA3A 4OHQA 1W0MA 4GC4A 5FF3A 3F1QA 1U83A 3GDTA 1PCKA 1Z42A 1FWRA 3NEVA 3UWUA 2WNNA 4J9JA 5I3HA 2A2IA 1PIIA 3U6WA 3M47A 3PAJA 4O50A 1CI1A 3N3MA 3PBWA 3W1PA 2OZ0A 3DGRA 1QMLA 3E02A 4I7WA 1FX6A 4O10A 2V82A 2ZYFA 2QCEA 3BO9A 3BLIA 3FOKA 1P0NA 4MZYA 3W1NA 4FF7A 4OE7A 3W23A 3IIZA 3W7KA 4OU1A 1TPVA 2QF7A 3GKFA 1H7RA 4MIMA 2CLFA 1ONRA 1LOQA 3W07A 4DELA 2VEPA 3MHFA 3RK8A 4Y9AA 3NQ8A 2CZDA 4WXYA 4AWUA 2V30A 2QEZA 2DZWA 3NQ2A 4UNLA 4OGZA 2QJIA 2OT0A 5D02A 2YYUA 2J27A 3EKLA 1OVDA 3JS3A 4JTFA 2Y7EA 4YWIA 1TQXA 2RDUA 4C1KA 5BOOA 3TQ0A 1GZGA 4IWWA 4O11A 5HMSA 1XI3A 3DFTA 2QCLA 1OFDA 1S5TA 2EPHA 2ZDRA 3NPUA 4XUGA 1WYIA 2TPSA 4MPQA 1TPC1 3G1SA 3O8AA 1TV5A 4LRTA 1KM0A 1TV7A 1GVQA 3IVSA 5AHFA 2E6AA 3M5XA 2X1TA 4NXSA 5E0KA 4IMFA 1TRDA 5AOUA 1X1OA 1QAPA 1ZY9A 3OVPA 3MMTA 3PULA 3G18A 1OG0A 2BTMA 5F2MA 2X30A 3TSMA 3JR2A 3NL3A 4UTKA 3M5VA 1LLZA 4NZFA 4RXGA 1OABA 2C3ZA 1SO5A 1QO5A 3GLCA 2F7FA 4AB4A 1K7EA 3OG3A 1PS9A 1ZJIA 5HUOA 1NAL1 1GG0A 2NV2A 4QISA 5D32A 1BTMA 5EA9A 3C61A 3TXZA 3TK7A 3UZ5A 3P8IA 1JQXA 1THFD 4HT3A 5DLCA 2ZTJA 1VHCA 4FB7A 1XC4A 4PC8A 4GUJA 1FCQA 4XKYA 1K8YA 2Y7GA 4I7UA 2XN1A 2JGQA 5FEZA 4OT7A 3TUUA 1RQBA 1H51A 3CIWA 1PHQA 3PG9A 3VE7A 4CCDA 4EIVA 2Y61A 4IUOA 2CLKA 4JIPA 4LVGA 1W31A 2CU0A 4NNBA 3THQA 3UPWA 1SUXA 4LY8A 3KOFA 4NJJA 3SSJA 4JDBA 1GVOA 3HGRA 1SFLA 4ZQNA 5F4WA 3MW7A 3NQ6A 2Z1BA 2NUXA 2HS8A 1ALDA 2BX7A 1N55A 2VFDA 2YXGA 4EF8A 3UQNA 3W1QA 1EPXA 1P1XA 5HWMA 1NF7A 4ADUA 5EKYA 2YW3A 3P80A 3PSVA 3H53A 4FX8A 5KINA 2FLIA 2GVGA 2GUUA 4E38A 4O13A 1JRCA 1W3TA 1OFQA 3LCFA 2JGYA 2G96A 1WOAA 3NPWA 4FXSA 4KWWA 2VELA 2WSYA 2NX1A 2OJPA 3LRMA 4X22A 3WK0A 3G1HA 1W5OA 2G97A 1VYRA 4M19A 3TMLA 1ME8A 3PM6A 3U2OA 3QSTA 3UNDA 4S2BA 2H8ZA 1BWKA 3LCWA 4FNSA 3GAYA 4YMZA 4NUWA 4R34A 4K38A 3PUOA 1DOSA 3IVTA 3EXSA 2FDSA 3GYEA 3N2MA 2PURA 4IJBA 3SY5A 5A5WA 1TV8A 4FEZA 3W88A 1EA0A 4RLIA 2BWGA 4LTSA 5HJLA 1Q3NA 4LRSA 2NXIA 4XTIA 3IGXA 3C2VA 3P60A 3EXRA 3NL6A 2GJNA 3G1VA 2LLEA 1B57A 2A1YA 4GUFA 1KLZA 4AWSA 1O95A 1YADA 1XKYA 4RJEA 2ZRWA 1DV7A 5AC7A 3LI0A 2JKPA 3NG3A 3QH2A 1GVFA 4O8RA 3TW6A 1QNVA 3HOJA 3STCA 2X2GA 1KM5A 1XDLA 1I8JA 1JCJA 1VS1A 3N19B 3UY8A 5D09A 4LW7A 1TPH1 3LTYA 2NUYA 4K7YA 2Z6JA 3HIJA 3NQDA 4PEKA 2A6LA 2I9EA 3T78A 4LUJA 1FWNA 4NJKA 2NV1A 1P0KA 2QCGA 1JUEA 3P5YA 3MWAA 3STEA 1QCWA 5F1UA 4FHAA 3TX9A 2PRHA 1SW7A 2NWSA 3TXVA 1L9WA 1AL8A 4I7VA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2DJL A;  3H4W A;  1AL7 A;  2P1F A;  4HZ6 A;  3I7S A;  2GLK A;  3ZJK A;  1P0D A;  2C13 A;  3QV7 A;  1EUN A;  5C7V A;  4JY8 A;  3MJM A;  3P74 A;  3WK1 A;  2GJL A;  1JFH A;  2WOQ A;  2PGE A;  3EGJ A;  2TRS A;  4DZ5 A;  3IJD A;  1QAS A;  3SCU A;  4CEU C;  2E6F A;  3DXI A;  4O57 A;  2ZDS A;  1H50 A;  2X16 A;  1US0 A;  4HA0 A;  4FIQ A;  3UWQ A;  3FX4 A;  3PJX A;  1W5M A;  2V68 A;  2WC7 A;  4ZEN A;  4ZO9 A;  1FWI C;  5LNU A;  1PO9 A;  4GYJ A;  2PCQ A;  2FQI A;  5J8L A;  1AMY A;  2A0N A;  1L6G A;  1BSI A;  3SCQ A;  3HPZ A;  3L0N A;  3IJ6 A;  4ACZ B;  2QF8 A;  3G5E A;  1UJQ A;  4CNT A;  2WC4 A;  3QTG A;  4J35 A;  3HG3 A;  3VK5 A;  3UXD A;  4O19 A;  3HTW A;  1NOU A;  2VZO A;  2GJX A;  4MKS A;  1GQK A;  1ZFJ A;  3UWW A;  4XD6 A;  3R6I A;  3HV9 A;  4R9X A;  4RZ5 A;  5AVH A;  1MEI A;  3AIU A;  2V5C A;  5BRB A;  4KET A;  1UUO A;  2GQ9 A;  3TTS A;  1NDV A;  4HCH A;  5JIP A;  1EHN A;  4ZMG A;  1MDR A;  2Y70 A;  3Q4D A;  3BOX A;  1HF6 A;  4PUD A;  3BJF A;  4BY3 A;  4A05 A;  3BV4 A;  3OVQ A;  5A95 A;  4KEZ A; 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