2WC3A

Structure of family 1 beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with 3-imino-2-oxa-(+)-8-epi-castanospermine
Total Genus 182

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
182
sequence length
444
structure length
442
Chain Sequence
NVKKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKLGVKAYRFSISWPRILPEGTGRVNQKGLDFYNRIIDTLLEKGITPFVTIYHWDLPFALQLKGGWANREIADWFAEYSRVLFENFGDRVKNWITLNEPWVVAIVGHLYGVHAPGMRDIYVAFRAVHNLLRAHARAVKVFRETVKDGKIGIVFNNGYFEPASEKEEDIRAVRFMHQFNNYPLFLNPIYRGDYPELVLEFAREYLPENYKDDMSEIQEKIDFVGLNYYSGHLVKFDPDAKVSFVERDLPKTAMGWEIVPEGIYWILKKVKEEYNPPEVYITENGAAFDDVVSEDGRVHDQNRIDYLKAHIGQAWKAIQEGVPLKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYSTQKRIVKDSGYWYSNVVKNNGLE
50100150200250300350400400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Thermotoga maritima
publication title Glycosidase Inhibition by Ring-Modified Castanospermine Analogues: Tackling Enzyme Selectivity by Inhibitor Tailoring.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE A
total genus 182
structure length 442
sequence length 444
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2009-03-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2wc3A00
1WB0A 1G0CA 4CCEA 3CHCA 3ARQA 3WDQA 3VUPA 5A6MA 3CUJA 5FL0A 2OYKA 1C8YA 3L4VA 3CZJA 2WCGA 3SCOA 1UZ4A 3AMCA 1ZBCA 1N82A 3MUZ1 5C71A 4JFTA 4XX6A 3BCDA 3OLEA 4CD8A 2DPEA 3OB8A 4UQEA 3HN3A 4ZXLA 4W89A 5CSYA 2WVTA 1HX0A 4PTXA 2XFFA 2BS9A 1BLIA 2WMJA 3TP4A 4PMNA 2W67A 4P7OA 4PTWA 3PTQA 3MMWA 2ZXBA 4PMUA 4YN5A 4D72A 4MNMA 4QCEA 4WKFA 2W66A 4XUYA 2CBIA 4WJXA 3THCA 4D6DA 1GHRA 2WZEA 5CSUA 3ARYA 1VFUA 4EAMA 3WMBA 1Q6CA 3KWXA 3EYPA 3WH9A 1KWGA 2GDUA 4KMQA 3O2LA 3VNYA 4S3KA 3OLGA 1HIZA 1V3LA 1DWGM 4J3UA 4LYQA 1WDQA 3BMWA 2NSXA 3T09A 3N11A 1QNSA 1G9HA 1EO7A 1R85A 3PZQA 3TTOA 4PMYA 2E9MA 3VD9A 5IDIA 2E4TA 1DEDA 4Q22A 3CZ8A 2DIEA 2WC3A 4M56A 3CZEA 1HT6A 4M29A 3VGHA 3WIJA 1GOWA 1HKKA 1B0IA 1WPCA 2DSKA 3VO0A 1B31A 5D9PA 3ARXA 1LWJA 5E0CA 2VX6A 4AD4A 2CPUA 2DT1A 2OWWA 2D0GA 3AYRA 1CECA 1JAEA 1E4NA 3N18A 2CKRA 1JYWA 1DWAM 3F4VA 5A6LA 1V3HA 3NYDA 2VNCA 2D20A 3ARTA 1B3XA 4U3CA 4UFKA 3VIKA 3AOFA 2WSPA 2VI0A 8CGTA 2XM2A 4FLQA 3GYCA 1WZAA 3RM8A 1MW2A 3WNMA 4UFIA 1RPKA 3WEZA 1H2JA 2WMIB 4M8UA 4UQ9A 5HPCA 5BRQA 5LA0A 4N42A 3WF1A 4P8XA 4D6FA 1SFSA 2WVVA 3OGSA 2PF0A 1K9FA 2VMFA 4CUCA 1HN1A 4LQ1A 4GO8A 3F5JA 4ZEPA 4GZJA 4DUWA 1UKPA 1JNDA 1WNOA 3GH4A 3VNZA 2A3HA 1QHZA 5A8MA 5DEZA 1W9UA 4AEFA 2ZUWA 3AMLA 3WENA 1E56A 2VL4A 2W63A 1JDCA 3TOPA 3OA5A 1BYAA 1GQKA 3POHA 5A3HA 1MFUA 5A8NA 1QW8A 4UFMA 1E6NA 2C0HA 3UESA 2J7GA 2CIPA 1UR4A 4JKKA 1UH3A 1UR1A 2O9TA 3SCUA 5ABFA 3EDEA 3VVGA 3FAWA 4FLOA 1WKYA 4P8UA 5IHRA 1PBGA 1KFWA 3DYMA 1E0VA 1UR2A 3W6LA 2AOSA 5DF0A 3UG5A 1GQIA 2WMHA 3EDDA 1HL9A 3A4WA 3U5UA 3SUSA 3FNDA 1Q6GA 1RD6A 4B16A 1UWUA 2CBJA 1NARA 1NM9A 1XRVA 2C8NA 3VD3A 4DWSD 2YL8A 1JZ6A 1GJWA 1XYFA 3RM9A 4Z2KA 2WW5A 3WNPA 3BCFA 1TUXA 3NCOA 2G3MA 3ZJKA 1L0PA 3FY1A 4FLRA 4BZYA 5A6JA 3FAXA 3N17A 3U5YA 4PBGA 4IISA 1IV8A 3UEQA 3ZJ7A 5D4YA 2XUCA 2V5CA 3WNKA 5JBDA 4UCFA 3VIIA 3KL5A 2XFRA 4CVWA 1TG7A 5A1AA 3GH7A 4HOWA 2VZUA 4CVUA 1V02A 4C7GA 1G1YA 2VC9A 4MAZA 3N04A 1UD8A 2BVTA 4TVCA 1KCKA 2BHZA 2DSVA 5KZ6A 3BSHA 1QPKA 2YA2A 2WVUA 4U5IA 3IANA 2JIWA 4DUVA 3CHFA 4AMCA 2BHYA 5E70A 4FK9A 3W25A 4UNIA 1NOFA 3AS0A 3A3HA 3QHMA 3M6DA 3KL3A 2QV4A 4W7WA 2QPUA 3EDJA 2YLAA 1HL8A 4HMCA 1QI3A 4LXFA 4H8UA 1X1NA 1FH9A 3MV11 2V5DA 3L4WA 4JAWA 4HU0A 5DT5A 1QHPA 1ZBWA 1E0XA 3II1A 4U5KA 1VFFA 2GFTA 3AIUA 1XSJA 2CESA 1OCQA 4UFJA 4QP0A 4ZE5A 3FN9A 1AQ0A 1LL6A 1BGAA 1QI5A 1J01A 3K1DA 2WSKA 2BFGA 2EPLX 3BSGA 1W91A 3CHDA 1MYRA 1H4PA 4PMXA 2UY4A 3GNOA 5D9OA 4ATDA 3VGDA 3EDFA 3VMPA 1D7FA 1F4HA 4W5UA 3WNLA 2J79A 5AC4A 2WHLA 2W61A 1ZBVA 3AISA 1UWIA 4BQ3A 5FD0A 2GVYA 1WZLA 4JL1A 1H41A 2VZTA 1EGZA 4TX6A 2GJXB 4QFUA 4AZCA 1CLXA 1GHSA 1GOOA 1R86A 4OBRA 5CJ5A 4H8VA 1M53A 4QCFA 1HNYA 2D24A 1GORA 3AIVA 3MMUA 3AMGA 4CCDA 2QMJA 3WUGA 5BRPA 2JIEA 3VMNA 2XVLA 2X0YA 4MNJA 4JCMA 1PX3A 1FFQA 1UYQA 4B9ZA 2AMGA 2O9OA 2GJPA 3CUFA 4CD6A 3W53A 1NP0A 5EB8A 1V3IA 5BWFA 3WD0A 2E40A 3WQ6A 2VQTA 4AEEA 2JEQA 3W28A 3VIMA 1E5JA 1UD2A 3VDHA 3GZAA 3WD3A 1DWHM 4CD4A 4X9YA 1CGVA 1FH7A 2WMKA 4NZCA 1JD7A 5JBFA 3APGA 4NRRA 4HMDA 4KRTA 1BYCA 4RL3A 3W24A 1QI4A 4UR9A 3U7VA 2VTFA 3TTQA 1ITCA 3W4RA 1RH9A 3AIQA 4CU7A 3WD1A 5HDRA 4AWEA 2PWEA 3D3AA 3AICA 1ISYA 1UG6A 1AVAA 1J9YA 1Q4NX 4AZ7A 1PZ3A 3K4AA 6TAAA 2ZX9A 4PTMA 1A47A 1TZ7A 3KZSA 3SCSA 5E09A 5ABHA 1UQYA 5A8OA 1CENA 2CEQA 3KEHA 1J0ZA 1JZ2A 4DM1A 5A6BD 1EQCA 5HXMA 1ZJBA 2VJXA 1U2YA 5E6YA 3OZOA 4AZIA 3CGTA 1MWOA 3AIBA 5CLWA 1JGIA 4HA4A 3BXWA 2WB5A 3G6LA 2EXOA 1VENA 4PN2A 1E43A 4LYPA 3WD2A 3SEPA 2XG9A 5CPSA 1XYZA 2A3BA 3QHOA 5CG0A 3I3BA 1HXJA 1VEOA 1TMQA 2XVPA 1TCMA 5LA1A 1GW1A 1B90A 1C91A 3IJ9A 4RE2A 4B3LA 1U30A 1XHGA 1W1PA 4MAVA 3LPOA 3CUGA 3N9KA 1GVYA 1PAMA 1Q6FA 4WSJA 3WH6A 1R87A 2ZX6A 1B3VA 1V0NA 1DHKA 4HOZA 1MQPA 5KEZA 4GIAA 1H0GA 2J8GA 4MB5A 3WSUA 2AAAA 4A3HA 4KGLA 4W85A 1UWQA 4UOQA 1X6LA 3AXXA 3NDZA 4D6JA 1J0JA 1OIMA 1VEMA 5CXPA 2CHOA 3LPPA 3M46A 3RO8A 1VFMA 2J7CA 3UG4A 1O6IA 5DFAA 5EFDA 1TFVA 4AZHA 3WDIA 4P7RA 4V2XA 4CD7A 1GONA 2PB1A 4DWSA 4JCLA 2DT2A 2DH2A 3MKKA 3G6MA 5BXTA 1E1EA 3SUWA 4W8BA 2J47A 1GOMA 2X1IA 3B9DA 4QLLA 3WUBA 1R7AA 4D71A 2DDXA 4MJ2A 1TVNA 2XWEA 4CCCA 3CMGA 2WHMA 3WDJA 4W5ZA 1DWJM 3FXYA 4HMEA 3WUFA 2V3EA 4XZWA 2DQXA 2W92A 2XGBA 1VF8A 1JFXA 5IHSA 4E4PA 1GQJA 2TAAA 2QMKA 2YDSA 2VURA 5CQ1A 3CZKA 5A2AA 2Y4SA 2CITA 2ZUMA 2ZXQA 4UFHA 1CXFA 3NSXA 3WY1A 3CTTA 4H41A 1UA3A 2CKSA 1HJXA 1V08A 2VZOA 5A8QA 1XCWA 3VTRA 5AY7A 1MW0A 4AZGA 1W9PA 2CYGA 3WDPP 4UZUA 1H5VA 1XH2A 1E6RA 1MW1A 3ZM8A 5JIWA 1CDGA 1E55A 5AC5A 1KB3A 3MMDA 4V27A 3NIYA 4PMOA 2XSAA 3K8KA 3WF3A 3VMOA 2VX7A 1UD6A 1SMAA 3VPLA 3L2MA 1GUVA 3CO4A 3L4XA 3PHAA 3ZJ8A 1PIFA 3SCQA 1UD4A 4U33A 4WLCA 2EPMX 4L4OA 3VIGA 3VGFA 4GINA 1KWKA 3CLWA 3N15A 2BVDA 1OGBA 1G5AA 4AZBA 1QNQA 1W1YA 3NDYA 3CPUA 3T0BA 5C8BB 2O92A 3OGVA 3WELA 3PTKA 4V28A 4AD0A 3ZSSA 4BA0A 4J7RA 1QNOA 4OOZA 1MVYA 1XH1A 4UOZA 3VD5A 5ECUA 3SCVA 2YA1A 1JZ3A 4D6EA 4QLKA 3AS3A 2PBGA 4WK9A 1JD9A 2W91A 4P8WA 1CXEA 5FCZA 3K8LA 1H3GA 1JG9A 2FH8A 4M1RA 1Q6EA 4ZE4A 1K9EA 4UZSA 4HA1A 1NP2A 3L4UA 3M07A 5HOSA 4AD3A 1LG2A 5BXPA 3RILA 4HZ8A 1VFOA 3LPFA 2J4GA 2DEPA 1QI0A 1VRXA 4XB3A 4C7DA 2J77A 2UWFA 4B3KA 4R27A 1JYXA 1BFNA 2XJ7A 4P7LA 2YDQA 1DP0A 3ARSA 4P7NA 4F9DA 3WBEA 1VB9A 3ZOAA 4J27A 3SUUA 3W26A 1JNEA 1KBKA 4PRWA 1V0MA 4MB1A 2FGZA 1V6VA 4N0RA 1EXPA 1JXKA 3WMSA 3WNOA 1ECEA 4AIOA 3PN8A 2JF7A 1JF6A 2J62A 3SCRA 2XM1A 3EMCA 3AHXA 2YA0A 5A6BA 2BY3A 2D22A 2D3LA 4ZFMA 5M17A 2EJ1A 1XD1A 4TVDA 4PTVA 1NH6A 3DC0A 3GNPA 1RP9A 1C7TA 3TA9A 3CH9A 2WCAA 3WKZA 2XTKA 1ODZA 1VEPA 4BQ4A 5ABGA 1J0YA 1TVPA 5GQBA 4JFWA 2PBOA 1TA3A 2WHJA 4Z2IA 1I1WA 4CN4A 3AZRA 2D23A 1C7SA 2OWXA 2UY2A 3MSDA 4PMRA 5I6SA 1UKSA 3MS8A 2EPKX 1U33A 1D2KA 2Q8XA 2V3FA 1UKQA 4CU6A 1JFHA 2VVNA 3J7HA 4AIUA 1GPFA 2B31A 1Z32X 3W0KA 4U31A 5EMYA 2EQDA 1H11A 3O6AA 3EBVA 3ALGA 1IZKA 1MXGA 2C7FA 1LG1A 5A6AA 3WBAA 1AQHA 1E6XM 4WKAA 3VGGA 2WMGA 1US2A 1V03A 2ZUTA 1XC6A 2YL6A 1E70M 4YHGA 3BAWA 4D6HA 3SCPA 2VCCA 3W82A 4AZ5A 4GQRA 4ACZB 5ABEA 3PZ9A 1VJZA 1BQCA 4A4AA 1WZKA 3B9EA 3PZIA 1MXDA 4PUEA 4FF5A 3RJXA 3D5HA 1KQYA 2J7HA 2E9LA 3MU7A 1W9VA 1VBUA 2CHNA 1W9XA 4NSBA 2J7BA 2D3NA 2D0HA 3AYSA 1E4IA 4W87A 3ZO9A 1WCGA 5I3DA 1H09A 2YOCA 1PZ2A 3VDAA 3SCWA 2HVMA 1HP5A 3W81A 1B3YA 4ATWA 3N13A 4MJ4A 4YHEA 3AMDA 1ODUA 3E1F1 2OSXA 5DO8A 1H1NA 1J11A 2DSZA 1WDRA 3MO4A 4GKLA 4B9YA 1KXHA 3RPMA 1JAKA 1C8QA 1HVXA 3AHVA 5A2BA 2GK1B 1WDPA 4JIEA 4M81A 4OKDA 3VILA 2IXVA 1J0IA 2XIBA 2VUYA 1QNPA 3GM8A 4Z2JA 5JIPA 2DT3A 4OBSA 1E9LA 5A94A 4M24A 5F7UA 1OSEA 1JZ7A 2VRKA 1LF1A 2CERA 1BPLB 4EKJA 5FKYA 4AISA 4IPLA 4W88A 1OT2A 3AXIA 1CZ1A 1AQMA 1GQLA 2NT1A 2WHKA 2EBNA 3WFZA 1SMDA 3BAIA 4KRUA 4GQQA 2X09A 4W7VA 3MUY1 2VCBA 2VO5A 4QLJA 4X0VA 3AROA 1UWRA 4D6IA 3AXHA 1B1YA 2ZWYA 3DYOA 3UERA 2V38A 1CGXA 1E5NA 2J7EA 3OZPA 2DH3A 1OGGA 2WKGA 3ZJ6A 4UQDA 2VRJA 4TVUA 7CGTA 4ZENA 2E0PA 2VVSA 1UKTA 3BAXA 1BSIA 3AFBA 4X0NA 1BYBA 2WM0A 3GBEA 2RGMA 3AHYA 3PZGA 3WF4A 3NUKA 5C70A 2G41A 3WEMA 4E8DA 4AIEA 2WMIA 1WP6A 5BROA 1ZB5A 1M04A 4GZIA 1XCXA 3TTYA 2VT0A 2XHYA 3ZIZA 1BGGA 1FP9A 1V3MA 2X0HA 5D9NA 1YQ2A 3VGBA 1EO5A 3TONA 2CXGA 1KGWA 1QHOA 3PZMA 3VDBA 2V3GA 2F8QA 4GPNA 3WQVA 2WWDA 5I5RA 1CIUA 1HJVA 1QBAA 3ARPA 5M03A 4Q7NA 1E1FA 1W1TA 1LWHA 1XH0A 5CGTA 5GNYA 1JDDA 3M7SA 4BQ2A 2D0FA 2ZICA 3VDCA 1JI1A 1OINA 3GXIA 2JE8A 3ZT5A 1EHAA 1OD8A 2J78A 3ZR6A 2X8RA 1UR9A 3FHQA 4HA3A 5A69A 4HP5A 1GOKA 2ZUVA 2XVNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1WB0 A;  1G0C A;  4CCE A;  3CHC A;  3ARQ A;  3WDQ A;  3VUP A;  5A6M A;  3CUJ A;  5FL0 A;  2OYK A;  1C8Y A;  3L4V A;  3CZJ A;  2WCG A;  3SCO A;  1UZ4 A;  3AMC A;  1ZBC A;  1N82 A;  3MUZ 1;  5C71 A;  4JFT A;  4XX6 A;  3BCD A;  3OLE A;  4CD8 A;  2DPE A;  3OB8 A;  4UQE A;  3HN3 A;  4ZXL A;  4W89 A;  5CSY A;  2WVT A;  1HX0 A;  4PTX A;  2XFF A;  2BS9 A;  1BLI A;  2WMJ A;  3TP4 A;  4PMN A;  2W67 A;  4P7O A;  4PTW A;  3PTQ A;  3MMW A;  2ZXB A;  4PMU A;  4YN5 A;  4D72 A;  4MNM A;  4QCE A;  4WKF A;  2W66 A;  4XUY A;  2CBI A;  4WJX A;  3THC A;  4D6D A;  1GHR A;  2WZE A;  5CSU A;  3ARY A;  1VFU A;  4EAM A;  3WMB A;  1Q6C A;  3KWX A;  3EYP A;  3WH9 A;  1KWG A;  2GDU A;  4KMQ A;  3O2L A;  3VNY A;  4S3K A;  3OLG A;  1HIZ A;  1V3L A;  1DWG M;  4J3U A;  4LYQ A;  1WDQ A;  3BMW A;  2NSX A;  3T09 A;  3N11 A;  1QNS A;  1G9H A;  1EO7 A;  1R85 A;  3PZQ A;  3TTO A;  4PMY A;  2E9M A;  3VD9 A;  5IDI A;  2E4T A;  1DED A;  4Q22 A;  3CZ8 A;  2DIE A;  2WC3 A;  4M56 A;  3CZE A;  1HT6 A;  4M29 A;  3VGH A;  3WIJ A;  1GOW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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