2WHK | Genus

Total Genus 128

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	128
sequence length	336
structure length	332
Chain Sequence	HTVSPVNPNAQQTTKTVMNWLAHLPNRTENRVLSGAFGGYSHDTFSMAEADRIRSATGQSPAIYGCDYARGWLETANIEDSIDVSCNGDLMSYWKNGGIPQISLHLANPAFQSGHFKTPITNDQYKNILDSATAEGKRLNAMLSKIADGLQELENQGVPVLFRPLHEMNGEWFWWGLTSYNQKDNERISLYKQLYKKIYHYMTDTRGLDHLIWVYSPDANRDFKTDFYPGASYVDIVGLDAYFQDAYSINGYDQLTALNKPFAFTEVGPQTFDYSLFINAIKQKYPKTIYFLAWNDEWSAAVNKGASALYHDSWTLNKGEIWNGDSLTPIVE

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__136394551033712__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__136394551033712__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2WHK/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__136394551033712__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"136394551033712","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2WHK/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__136394551033712__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfdca573af69c25ea16aea8/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfdca573af69c25ea16aea8/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfdca573af69c25ea16aea8/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfdca573af69c25ea16aea8/pdb.gz): 340 ms

reading 332 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

332 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:331});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Bacillus subtilis
publication title	Understanding How Diverse -Mannanases Recognise Heterogeneous Substrates. pubmed doi rcsb
molecule keywords	MANNAN ENDO-1,4-BETA-MANNOSIDASE
total genus	128
structure length	332
sequence length	336
ec nomenclature	ec 3.2.1.78: Mannan endo-1,4-beta-mannosidase.
pdb deposition date	2009-05-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02156	Glyco_hydro_26	Glycosyl hydrolase family 26

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2whkA00

1RD6A 1C7TA 2DH2A 3AIUA 3UR8A 1ZBCA 1Q6FA 4PMDA 4JKLA 2YBTA 3WNNA 1CGWA 4W8BA 5CPSA 3K4AA 3AIRA 4X0VA 2VZVA 4L4OA 3CH9A 5A6KA 4A4AA 1SMDA 2XUCA 3TTSA 1ISVA 3POCA 1J12A 1GOWA 2F61A 1TVPA 3UR7A 4XZBA 1NQ6A 2ZUVA 4ZEPA 2W5FA 4HA1A 2WK2A 1PPIA 3IAQA 3QGVA 2D22A 1E9LA 1V6YA 1JD9A 5KZ6A 4V27A 1UD4A 3QOKA 2CBUA 2J25A 3U7VA 3VIPA 1OBAA 5I24A 4HOWA 1H0IA 1HNYA 3WQ8A 5A6BA 3BXWA 4OOZA 4HOZA 3BGAA 3VILA 1US2A 2ZX7A 4ZXLA 5DF0A 4UOJA 2GJPA 3OGSA 1HXJA 2X05A 1E4LA 2CESA 1CLXA 2Y4SA 4BQ3A 2WZEA 3I3BA 5FKYA 1F4AA 3IJ7A 1UR4A 2IXUA 3VIJA 1LG2A 3BMWA 5BWFA 1X1NA 3A4AA 2GVYA 1FH9A 3CLWA 4QP0A 5AC5A 3SCTA 1ESWA 4JFUA 4PMZA 1IT0A 4P8VA 5LA2A 2WMKA 4U5KA 1J0JA 2XSBA 3W26A 5A2BA 2VRJA 3AICA 2EXOA 3TTYA 4CU6A 2Z1KA 1XYFA 1GORA 2ZUNA 1OGGA 3RMEA 3FHAA 4JIEA 1ZU8A 1CLVA 2O9OA 4DM1A 3OLDA 2YA1A 3CIVA 4GZJA 1V0KA 4TOQA 4BQ5A 4DUXA 4M8UA 3W6MA 3PZOA 4XZWA 4TUFA 4GPNA 4PEEA 3WDRA 4AZ6A 4GKLA 4AWEA 3RDKA 5F7UA 4ACZB 3SCOA 3EMCA 1ECEA 1W9UA 4AZ7A 2UY3A 2PBOA 4LPCA 1RP9A 2J7DA 4HP5A 1KQZA 2XVPA 4PSPA 3ZMRA 1LL4A 1WDPA 3VINA 5E0CA 5HNNA 1GNXA 2EPOA 2J7CA 4DWSC 5IFPA 1SFSA 4CD8A 1I1WA 1CWYA 3AHYA 1VENA 1GOMA 1GONA 1LL7A 3WMSA 4PMXA 4J3TA 2YJQA 4P7RA 7CGTA 4CGTA 2OSWA 1E70M 4W8LA 4JL2A 2ZXAA 1J11A 4E2OA 4TVDA 3OLEA 2OSYA 1EHNA 2OWXA 2ZUWA 3EYPA 2GUYA 2VCCA 4MDOA 1VEPA 3AYRA 1OM0A 2J8GA 3CMJA 2YL6A 2PF0A 7TAAA 2Q8XA 1C3FA 1HP5A 3RM4A 1R7AA 5D4YA 5LA1A 4P7LA 1H49A 3UG5A 4J27A 4PMUA 4WIWA 5GNZA 1JDAA 3ZM8A 2YDQA 3O6AA 3POHA 1UR9A 4A3HA 4Z2GA 1XH2A 1V0NA 3WF2A 5BRPA 3PTMA 5A6AA 1GHRA 3AS1A 3W37A 4KGLA 1JGIA 3MV11 1CECA 3L2MA 1UD3A 2VR5A 4YHEA 4H8UA 3ECQA 1TR1A 2PWGA 4Y7EA 1CXHA 1VAHA 2WC7A 1E56A 2JEQA 5DT7A 4CN4A 1DWHM 4M80A 1NOUA 5A8PA 1B31A 5E70A 4BQ4A 3BAIA 4QLLA 5EFFA 3VD3A 4W7UA 2OSXA 1ISWA 1BGAA 1TUXA 3M7SA 4CCDA 4JHOA 5ABFA 2WLYA 1M04A 4ATLA 2BVTA 2GDVA 1JFXA 4GINA 3AZTA 1UZ4A 1H2JA 4UOZA 5DEZA 1ODUA 5KEZA 4F9DA 4B9YA 2O9RA 4UTFA 5BCAA 3WL1A 3OB8A 4NRSA 3AXHA 4B15A 6CGTA 4UNIA 1E72M 5I2UA 2VZOA 1WZLA 2V3FA 3OGVA 1B0IA 2VT0A 3WDHA 3ZQ9A 2FHBA 4AMCA 3MO4A 3CPUA 4KRUA 1EO7A 2TAAA 1JFHA 1V6WA 2E3ZA 1TMQA 1ODZA 1H09A 4BF7A 5CG0A 1PX8A 2Y8KA 3FHQA 1BYCA 1HKJA 2CEQA 3APGA 1JZ4A 1W2PA 1TZ7A 4PMVA 4JCLA 2ZOXA 1XYZA 3N17A 1OINA 3L4ZA 3A4XA 3AHZA 4U2YA 4WF7A 3WFLA 1HL9A 2VJXA 5IHRA 1BPLB 3AHTA 1UZ1A 1PIGA 2VL4A 1KBBA 3WF3A 2A3AA 5I23A 2B31A 1US3A 4UQCA 1MW0A 2EBNA 3M46A 3WUEA 2WNWA 2CIPA 2IXVA 1HJXA 2G3NA 2V3DA 2G4FA 3VIOA 1LF1A 7A3HA 4U5IA 3RIKA 1TFVA 2ZUMA 2VRQA 3ARYA 2G8ZA 4AD3A 2VQUA 3ZR5A 3THDA 2EO7A 1MFUA 1W3KA 3AS0A 3VD7A 3VGBA 1JL8A 1UA7A 1K6AA 4W89A 3PZIA 4D6FA 2VCAA 4AZHA 3VGDA 1JF6A 1R86A 2BV9A 3LPGA 3N11A 2ZE0A 4FLQA 5A8QA 1C8XA 2UY5A 1HIZA 3ARVA 5ABEA 4MB4A 4LXFA 5I77A 2J77A 1GJWA 3AMKA 3SUUA 2XM1A 2Y5EA 3VMNA 1XCXA 5CSUA 2XSAA 1JNDA 1H3GA 1R87A 3AZSA 5M17A 1E6XM 3GH4A 3ZJ6A 3WF4A 3VGGA 4ZE4A 4GIAA 3VIKA 3ARXA 1B90A 2W63A 1LWHA 3VIGA 1NWUA 9CGTA 2HVMA 3VDHA 1BLIA 4JFVA 4HMCA 1NARA 3L2LA 1OGSA 3N13A 2J62A 1B1YA 1E40A 1WP6A 2OWCA 1XSJA 1UD6A 2CBVA 2WMGA 1HP4A 1KXQA 3VD4A 5D9MA 3W25A 3CZJA 1WNOA 1S46A 1W3LA 1J10A 1NWRA 3VDCA 1K9FA 4MNMA 3N15A 1KWKA 1UWRA 1PX4A 6A3HA 3EMZA 4CU7A 2A3EA 2VVNA 1VB9A 1JIBA 3BH4A 2E9LA 3B9AA 2NT1A 1TA3B 3D5HA 4NRRA 4LQ1A 3SCVA 3VX1A 3OZPA 5JUVA 5E09A 1XD1A 3WEMA 2V38A 4U31A 1DWFM 5GQBA 4UR9A 1Q4NX 3ZT7A 2XG9A 2VX7A 4D71A 4BS0A 4PSRA 4W84A 3PZVA 1B3WA 3EDEA 5DMYA 1WCGA 2PWDA 1HJVA 3KZSA 3E1F1 3CHCA 2WLZA 2DSKA 4QLJA 5M03A 1BHGA 3SCRA 1KXTA 1GVYA 3LMYA 5CZKA 3QHNA 3KL0A 4X9YA 4EAMA 1HKMA 1QNOA 1HF6A 5I79A 1GJUA 4ZE5A 1E0VA 4Q22A 4YHGA 4WSJA 2YLAA 3PZ9A 4MNJA 4H8VA 3O2LA 4RE2A 1DP0A 3AS3A 4UFKA 2VMFA 3RJXA 2CXGA 1CEOA 1GCYA 4M1RA 2VURA 1BSIA 2WM0A 1UR1A 3W28A 5A94A 2VZSA 3HJEA 1EA9C 3VKKA 3MS8A 4M82A 3CHEA 3VVGA 1XRVA 4HPHA 3BLPX 1J0IA 3GBEA 4GI8A 2FHCA 3I3EA 1G9HA 4QFUA 2NW0A 1XH1A 3WIJA 2YL9A 3BCFA 3MUAA 4LGXA 2J74A 4IPNB 4W85A 2YBUA 1PBGA 4URIA 3MSGA 3WEOA 5E9AA 5E6YA 1V0MA 2Z1SA 3AHXA 4UFJA 1UKTA 3OA5A 1L8NA 4HZ8A 4CUCA 1CZ1A 3NSMA 1M01A 3ARQA 2WZIA 4W87A 1X6NA 4M56A 1B3XA 3AFBA 3T0BA 8CGTA 1K9DA 3UESA 3WDPP 4OBRA 2FHFA 4NSBA 3AMLA 5CGTA 4HMDA 3ARRA 3WH9A 1MW2A 1NOWA 4BA0A 1FP8A 2RGLA 3BC9A 2W91A 1XCWA 3W24A 1NOFA 4HU8A 2V5DA 2EPKX 1BVNP 2J7GA 1FHLA 2C7FA 3W0KA 1OB0A 1KCKA 1UWTA 1BQCA 4JAWA 2O9PA 3FW6A 3W38A 1PIFA 1UKPA 2ZUTA 5E0FA 1CYGA 5EFDA 5FIPA 2J7HA 1QI4A 3CHFA 3T2QA 3RILA 1V08A 1J0YA 2BY2A 1RH9A 3CBWA 3WNMA 4EANA 1E6ZA 1LQ0A 3QR3A 1VRXA 4FLRA 2XJ7A 1BGGA 1HJUA 1JXKA 2VX5A 3SUTA 2WMFA 1MWOA 1H1NA 2V3EA 4EK7A 5IDIA 3CO4A 4U33A 1IZJA 1DHKA 1J0ZA 1E4IA 1OWQA 2BVYA 2WCGA 3TOPA 5HPCA 2J78A 5BYWA 3SEPA 5D8ZA 1XV8A 4HU0A 3RM8A 4ACZA 4BQ2A 1EDQA 4M24A 1B2YA 4M81A 1MQRA 4H7VA 5DT5A 1OIMA 2BY3A 2WVVA 4CN1A 1UD8A 3AYSA 2EQDA 3WY1A 3KE0A 3VIIA 3S6TA 4DUVA 2VZTA 3SUSA 2D24A 1VIWA 1SR0A 3FY1A 2VQTA 2AMGA 1EDGA 1D2KA 1UA3A 4HOXA 2VOTA 4J3VA 1UD2A 1UD5A 1V03A 3UEQA 2G3IA 5FOOA 3MMDA 4B3KA 2VUYA 4AC1X 4PYSA 2V5CA 3WDQA 4JKKA 1WE5A 4P7NA 4A3YA 4TTGA 2VVSA 3EDFA 4J3UA 3WUFA 4R5EA 5AY7A 3ZIZA 4UQEA 3FAWA 3NSNA 3RO8A 2W66A 3A47A 4TVCA 5JIPA 4J7RA 5DO8A 4BZYA 1SYTA 2VX4A 3PZTA 2CBIA 2XIBA 1RPKA 3W27A 4AZIA 4ZENA 1E6PA 3GH7A 5A1AA 3DYOA 4AIUA 4CVWA 1FHDA 2D3NA 3OGRA 2WC3A 4X0NA 2J7BA 4Z2KA 4UFLA 2EPMX 5A6BD 3K8LA 1UWIA 1MYRA 2X0HA 1SMAA 5JBEA 3MV01 1KR1A 3PN8A 1U2YA 2O9TA 3HN3A 2WMIA 1HKKA 5C8BB 2QV4A 3O9NA 3PZUA 1OT1A 1W32A 1CGXA 5FL1A 1WKYA 1WO2A 2WVVB 4HPGA 4HA3A 4DWSA 3GXIA 1OCQA 5D8WA 3CTTA 3AZRA 1ITXA 1GZJA 3DHPA 5BRQA 1VFMA 4GO8A 4W7VA 2JF6A 3PZMA 1IV8A 1UWSA 1GOOA 2WW5A 2MANA 4WLCA 1EOMA 1FOBA 3ARSA 2BFGA 4JL1A 3WBAA 3WH7A 2G41A 4EE9A 3VOCA 3N1AA 2DSVA 1MXGA 1QHZA 2CETA 4WJXA 1JZ3A 1VBRA 1HT6A 1NWTA 3IJ9A 4D6JA 2E40A 4D72A 3NSXA 3AMCA 1WDRA 5CLTA 1DWGM 2W67A 4NZCA 4PTXA 3WQ5A 2GJRA 1E6RA 1ZJBA 4W7WA 2Y24A 5ABGA 5C71A 2ZUSA 1GQKA 2OWWA 1OD0A 2JFEX 1QW9A 5EB8A 1VJSA 1B3VA 2WVUA 3AMDA 2G3JA 3IJ8A 4B16A 1KB3A 1DWIM 3RCNA 2WMIB 1E15A 1N82A 2J7EA 1OGBA 1BYBA 2YKKA 3VMPA 4CD6A 5D9PA 2NSXA 3SUVA 2JEPA 2XYLA 4L4PA 2GDUA 1H5VA 3N9KA 4DWSB 1E4MM 1V6VA 1JI1A 4OOUA 1V3KA 3U7BA 1NP2A 3PTQA 1UQZA 3WNPA 1C93A 1C8QA 1G01A 2WWCA 1GOKA 4E8DA 2WXDM 1XGZA 2CBJA 2QF8A 4TX6A 3ZT6A 2PB1A 2ZX9A 4AZCB 1C8YA 4F79A 1DWAM 4KWUA 4J3XA 1VBUA 2DSUA 4E8CA 3KEHA 3ARUA 3F5LA 3L4VA 3WD0A 3GNPA 4CU8A 4AIEA 4OBSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3TTO A;  1MW1 A;  4D6E A;  3U5Y A;  1FH8 A;  1XC6 A;  4W86 A;  1D7F A;  1JAK A;  3VUP A;  3DYP A;  2E8Y A;  2D23 A;  1LLO A;  2D3L A;  4OJY A;  1CIU A;  4MTV A;  1CXL A;  2A3C A;  3BLK A;  3K4D A;  2XII A;  5FCZ A;  5GNY A;  4CVU A;  4FMV A;  1UKS A;  3L4X A;  2YDS A;  2WSP A;  2J47 A;  2Y8V A;  1O6I A;  2D1Z A;  1JYV A;  4F66 A;  1BF2 A;  1UR8 A;  4WKA A;  2UWF A;  2J7F A;  3K1D A;  1HKI A;  2E8Z A;  2F8Q A;  1R7O A;  3EMQ A;  3MKK A;  2PWE A;  2YL5 A;  2XVL A;  4F9J A;  3WD2 A;  1HJW A;  4AZG A;  3MMW A;  2WCA A;  1GW1 A;  3SUW A;  2XVK A;  5CQ1 A;  3VD9 A;  1GOI A;  4JZ5 A;  4MB1 A;  5A8M A;  5CXP A;  1CXF A;  1V0L A;  1ZB5 A;  1U30 A;  1G94 A;  3FN9 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3AUJ A;  3UR2 A;  1C7T A;  1VBG A;  3BG5 A;  4D2J A;  2QCH A;  3AIU A;  4QE4 A;  5XIM A;  3UR8 A;  3BLF A;  5AC7 A;  2BB0 A;  1FWN A;  1WXJ A;  5CZS A;  3Q58 A;  4ZTX A;  3H23 A;  3S4T A;  2W9M A;  2CLE A;  1W3T A;  3T78 A;  2C14 A;  4X0V A;  3CAV A;  3CH9 A;  4A4A A;  1XIJ A;  3IVT A;  2QEZ A;  4DIA A;  4KWV A;  2B4G A;  2W5F A;  3NXF A;  4GJJ A;  1PPI A;  3KP0 A;  4WDX A;  1Q7M A;  3IAQ A;  1A0E A;  1V6Y A;  1YBQ B;  5T8G A;  3TSB A;  2CBU A;  3U7V A;  1DXE A;  4BEU A;  1IZC A;  1NFG A;  1OBA A;  3EB4 A;  2L5H A;  1XIM A;  4OOZ A;  3BGA A;  2QZR A;  4MFE A;  4B5W A;  5DF0 A;  2GJP A;  4I90 A;  2HE5 A;  1E4L A;  4NKC A;  2CES A;  2Z6J A;  2Y4S A;  2PP1 A;  3SM0 A;  1LOL A;  1G7U A;  3VIJ A;  4YTS A;  3QBU A;  2KAU C;  3A4A A;  2GVY A;  2Y8U A;  3GHS A;  1ESW A;  4PRT A;  4O1F A;  3LCW A;  1J0J A;  4RV8 A;  3B4U A;  3LCL A;  3SSZ A;  3N9S A;  3RME A;  4CQC A;  4XVD A;  2B0M A;  3MCM A;  4JIE A;  2O9O A;  1DXI A;  1ICQ A;  4ONV A;  4K8E A;  2PDN A;  5CEW A;  3TC6 A;  4DUX A;  4TUF A;  1F6K A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2WHKA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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