2WNN | Genus

Total Genus 110

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	110
sequence length	296
structure length	295
Chain Sequence	HHHHATNLRGVMAALLTPFDQQQALDKASLRRLVQFNIQQGIDGLYVGGSTGEAFVQSLSEREQVLEIVAEEAKGKIKLIAHVGCVSTAESQQLAASAKRYGFDAVSAVTPFYYPFSFEEHCDHYRAIIDSADGLPMVVYNIPALSGVKLTLDQINTLVTLPGVGALQTSGDLYQMEQIRREHPDLVLYNGYDEIFASGLLAGADGGIGSTYNIMGWRYQGIVKALKEGDIQTAQKLQTECNKVIDLLIKTGVFRGLKTVLHYMDVVSVPLCRKPFGPVDEKYLPELKALAQQLM

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__9428587897593004__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__9428587897593004__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2WNN/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__9428587897593004__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"9428587897593004","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2WNN/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__9428587897593004__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Escherichia coli
publication title	Structural Insights Into Substrate Specificity in Variants of N-Acetylneuraminic Acid Lyase Produced by Directed Evolution. pubmed doi rcsb
molecule keywords	N-ACETYLNEURAMINATE LYASE
total genus	110
structure length	295
sequence length	296
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date	2009-07-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2wnnA00

3EX1A 3HO8A 5LKYA 3TE9A 2ZRWA 1TRIA 4UFHA 1FXQA 3STGA 5J5RA 2XFWA 5KITA 3IIPA 1JCYA 4ZQRA 3W9ZA 5EPDA 1FDZA 3GVGA 3W7DA 3LHZA 3W7IA 1DORA 2QCDA 4O8RA 2OT1A 4LUIA 3V1PA 4IUOA 3FLUA 2WPBA 1G4PA 3NL5A 3CLMA 2E6DA 3G8RA 5H2ZA 4NUWA 4N9BA 2O7QA 2CLMA 3FKRA 4DELA 3B0UX 2CLLA 1TPUA 5FF0A 3S5NA 3DBPA 3O6DA 3O15A 4H3DA 5DCEA 4X2RA 3BG9A 2QCFA 1D3GA 5F1UA 4L4LA 3GDTA 3CIWA 1P5BA 1IIGA 2H3DA 4RZ5A 3G18A 1SUXA 3F4WA 4ZQOA 3HBLA 3JS3A 1QFEA 3W7PA 4O17A 1KFCA 4N2YA 1ONRA 4HHPA 3E9AA 3LCHA 1PIIA 3A5FA 1QOQA 5D32A 5J5DA 5BRBA 1RR2A 4DPPA 1UASA 4Y6GA 4NU7A 1IF2A 5CPOA 2NX1A 2WV8A 7TIMA 2CWNA 2CLKA 2CLOA 3P8JA 1HG3A 2YDAA 1S5WA 1OX4A 1W3TA 3W70A 2I9EA 1AW5A 3KRUA 1VJIA 3A22A 5EL1A 3W74A 3C52A 2GQ9A 4ORMA 5L9FA 3W86A 2A7RA 4JNMA 3LHUA 4UNLA 5LNWA 4N9CA 1OFEA 1D3HA 4ZQPA 1PCWA 1TCDA 3Q58A 4UFJA 3MBDA 1C8VA 1QO5A 2VEPA 4NX0A 1T99A 1VH7A 3IV3A 1YADA 4LS2A 2VFGA 1TPEA 1GTEA 3QMTA 4QIUA 3NOEA 2QDGA 4OV9A 2NXGA 3KVMA 4FX8A 1R46A 3DKJA 3N14A 3QPZA 2E68A 1XUUA 4JS3A 1HFBA 4X3ZA 4UTWA 2NZLA 2GOUA 2OX1A 3N9RA 1RQHA 3W2NA 3IGXA 2ZRXA 4JICA 1ZAHA 4YMZA 2YXGA 5FF4A 3P67A 1CW2A 4LVBA 2B7QA 1LM1A 3H55A 4RXFA 5HJLA 4BI7A 1SZFA 2ZZ5A 2J9ZA 2RDTA 1UBSA 3LCGA 4IPIA 3NQ7A 4O1CA 2HMCA 4BI6A 3TV8A 3NZ1A 3Q2DA 5LNRA 2C16A 1ME9A 2E09A 4OHQA 4EF9A 3BLEA 3IIOA 1TPVA 4KFPA 5FF7A 4RX0A 4WY0F 3B0VC 3IIVA 1VHNA 2A85A 1YPIA 1LOLA 3L67A 1K8ZA 1KFKA 1PL9A 4DXVA 3BVJA 1R47A 3BLIA 4GBUA 1RV8A 4M6VA 3OVPA 1SQ7A 2Q8ZA 3IVSA 2RFGA 4M6QA 4O4VA 1SW3A 3NQCA 5D04C 4IMEA 3GIYA 4BF9A 3M41A 2JKEA 1JCXA 4WUIA 3STFA 3VNDA 4IJBA 4JYEA 2G5WA 4JXCA 4WY0A 1J5TA 3G1SA 2G96A 3LB0A 3I68A 2Y63A 3LCIA 1QMLA 3PBWA 1S5VA 2Y88A 1A5AA 3UXAA 1W3IA 2DZPA 1M7PA 4IX0A 1ICSA 3S1VA 4RZ4A 1KM5A 3GKAA 2CLIA 5KZDA 1A50A 4HPXA 4PTNA 5F2LA 3RMJA 1H7PA 3W76A 1FBAA 3TQKA 3QRHA 2FPVA 4BWLC 3MP3A 4FNTA 3M47A 5HWJA 4UTMA 1KFEA 3NQ6A 4LVDA 4K39A 3PC0A 1ICPA 3MBFA 4DPQA 1KM6A 4LS1A 3HPZA 5TQLA 2ZA2A 1ALDA 1AW1A 1FUYA 3W1TA 4DO5A 3B4UA 3VFLA 4NXKA 2Y7EA 2CZEA 1EPXA 1UB3A 2XN1A 2E6FA 2E6YA 1VZWA 1WBHA 1F7BA 3C56A 4LV4A 1C9DA 2JBMA 4UFLA 4O50A 1TPC1 3TKFA 3LRMA 4TMBA 2ZTKA 1C29A 3HQ1A 4NZJA 4C1LA 3NAVA 3CU2A 1W5MA 6TIMA 3W85A 2VFHA 2PC4A 1WOAA 2H8XA 2NUYA 3N2MA 1TJPA 3W1XA 5MHBA 2WJZA 1H1YA 1P4CA 1K7FA 1KLZA 2V9DA 3G1FA 5CPNA 1DKWA 1ZALA 2BSLA 4AHPA 4QJ1A 2YR1A 2X16A 4UTTC 2PURA 3LI1A 3PF3A 2YFNA 3HG3A 2BXVA 5FEWA 5AHNA 5FEXA 1NF0A 3P8IA 3CHVA 5I3HA 3UZJA 3VE7A 5LGXA 1KFJA 1P1XA 1VCVA 4R7JA 4GUHA 3L5AA 2WNNA 1I2OA 4UUIA 4MY9A 1THFD 3M5YA 4LWWA 5AC6A 3EXRA 3MJYA 4UTKA 1KM1A 2X1UA 2X2GA 3TAOA 2A21A 3M5VA 3YPIA 3BPWA 4R53A 3GB6A 2C1HA 1M6JA 1QNVA 1PV8A 4RJEA 2ZRYA 1SZNA 4O53A 5DY2A 2C15A 4S1FA 3B06A 2G97A 3W7MA 3OA3A 4OV4A 3E49A 4RZ6A 1G6CA 1KTBA 2IQTA 4GUIA 4ML9A 2GQAA 2ISWA 1VCGA 3EXTA 5EA9A 1H7XA 3G3MA 3N2XA 4TU1A 2RKXA 3PS7A 4HPJA 1ZJIA 1ZCOA 1SZEA 4O12A 2W0UA 3O06A 2YSWA 3OEXA 3WJYA 1CI1A 3LDVA 4UNKA 2BZNA 4LVGA 3LX9A 1JCNA 1OABA 2ZFAA 2C3ZA 2RHGA 2VXNA 2DZUA 3C2OA 5D02A 3M9YA 4Z1AA 1TJRA 2R94A 3HF3A 4JTFA 3TCEA 3RU6A 4JTJA 3PG9A 4ZMGA 2FJKA 2D73A 3NL3A 3EKZA 1VYPX 1X6UA 3F1QA 2TYSA 3G8EA 2I1OA 5HULA 1HO4A 3GDKA 1L6YA 4JTKA 1RPXA 3IIXA 4FXSA 2CZFA 4LS0A 4UTLA 4H4IA 2FTPA 2HSAA 4UMAA 1G4TA 1B9BA 3S1WA 3UWQA 4CLMA 3CQ0A 2P1FA 1KFBA 2X30A 3VCRA 1F76A 1OFDA 1IXQA 3MI3A 1GWJA 3QZEA 2QCGA 3AJXA 3R5EA 4MZ1A 4OGZA 2EGZA 3QW3A 4DF1A 4UR8A 3NQ8A 5DXXA 3SJ3A 2XN2A 4YCPA 2AQWA 4X22A 3W1LA 5KZEA 1A5BA 3NM3A 1BWKA 5DCBA 3RLUA 1YLVA 2ZZ6A 3B04A 4GUJA 4JY8A 3M16A 1H5YA 1VPXA 1SU5A 4TIMA 3NG3A 2OJPA 3LERA 3WJWA 1QDSA 4LC8A 1GT8A 3CTLA 3TSBA 3G1AA 2VELA 4RV8A 1WBJA 5K9DA 1VLWA 3MO7A 3W7KA 4RR4A 4TX9A 1XFBA 1DQWA 3P7YA 1JCJA 2BLEA 4IWWA 1E51A 2QCHA 1XUZA 4K7YA 3GXPA 3H53A 3ZR4A 2A1YA 4FNPA 3TQ0A 3GDMA 2WSRA 3TR2A 3UWWA 4A22A 4YL2A 4L4MA 2VEMA 4WXYA 3T78A 4ALDA 3OBKA 5C6MA 3BARA 1X1ZA 4HIBA 2V5LA 4MY8A 1N7KA 2E77A 4QITA 3QSTA 4DQWA 4CNPA 3SECA 3UXDA 1WQ5A 1V7YA 3M5XA 3W1NA 1J2WA 3PUDA 4PL1A 3WJZA 1N55A 2CZDA 2YPIA 4FEZA 2QUTA 3OHIA 1TPFA 1KLYA 1ZENA 5DCDA 3ATZA 1JVNA 5G4WA 2PRHA 3LV6A 1ML1A 1UUMA 4S2BA 1K8XA 3NXFA 1G7VA 1HO1A 2QCDB 4JEQA 3N9SA 3OG3A 4HNVA 1XKYA 2QCNA 5AHFA 1QAPA 2NXIA 1KW1A 1GG1A 1H7WA 4O13A 3A9IA 1IXOA 5G2HA 4X9SA 4U28A 1XC4A 4E0CA 3ZFHA 1TYGA 2J9YA 5DELA 2ZTJA 4NNCA 2CFFA 4D2JA 4K7VA 4XZ9A 2WNQA 4O1DA 4UFMA 4E2BA 1W5PA 3UYCA 5BNKA 1W3NA 1MZHA 4OE7A 1WA3A 3WK1A 3VI2A 1QWGA 3NM1A 1TPDA 4RK8A 4UTWC 2WKJA 1VLIA 5CZSA 5AYXA 3FS2A 1SO5A 4M7SA 5D2XA 1G69A 4IPJA 2NWRA 2F84A 4AHQA 1YDNA 2A0NA 5FF3A 4E38A 4JX4A 1OX4B 2CW6A 2QKFA 4W9TA 3NL6A 5IBXC 5AN7A 4WJEA 5BW6A 4IGHA 4LY8A 6ALDA 1TQJA 1CX9A 1UUOA 3THQA 1H51A 4MYAA 3W7EA 3PVFA 1T96A 4HKPA 3U2OA 2JK2A 3G1VA 2E5BA 2QCLA 3DHDA 3R12A 1IIHA 1KV5A 3EX3A 3W2UA 3I6RA 1JULA 4TMCA 4PH6A 1RVGA 2FQIA 4MIMA 4EWND 3STCA 4P2VA 5FF2A 4ICNA 3K30A 5CSSA 3KRSA 4DO4A 1XBZA 1LTDA 4CQ8A 2QCMA 3NZRA 3W1RA 4WOZA 5HUPA 3TH6A 1LORA 4TO8A 1F05A 2YFOA 3UQNA 5K9XA 1RZMA 3MP5A 3HGSA 5F2IA 3B0PA 5HWNA 1LROA 1G4SA 1W5NA 1VGAA 5EBUA 1LBFA 4N02A 3P80A 2B7OA 3SFKA 4AVFA 2RH9A 1O94A 3NA8A 1KM2A 3MHFA 3SI9A 4UTIA 3W7OA 2Q3OA 4N9DA 3TUUA 2WOQA 3NQEA 5H91A 2VENA 2FLIA 1LRNA 1OK4A 4DBEA 3BLFA 4O0ZA 1AL7A 3OVRA 1L6SA 3M7WA 3UWVA 1YXCA 3R2GA 3EX4A 3T55A 4UTHA 2EPHA 1G67A 2J9XA 4LTSA 1KTNA 2Y85A 5KINA 4PEKA 3UY8A 1Y0EA 1SR9A 4BK9A 1MO0A 1T0OA 2EHHA 1LYXA 4K6AA 4NNBA 1FDJA 5DBTA 4AHOA 5FESA 2DJLA 1TRDA 1WX0A 3GNDA 3GZ3A 1OJXA 3B8DA 4NJHA 2ZRVA 1K8YA 5C55A 3M1ZA 3QW4B 3IIZA 5IBXA 1QCWA 4FB7A 2NUXA 4WY0B 5D05A 3M0ZA 3C0JA 4M7TA 1OHLA 1GEQA 2Y89A 3L68A 4ADSA 3WJSA 5EMUA 1KM3A 3HGJA 2ZA1A 1KTCA 1SZGA 4JYDA 3Q37A 4QAIA 1TIMA 1H61A 3HG4A 2J27A 3L2IA 1TTJA 1VHCA 4GE8A 3EX6A 4Q33A 1KA9F 1I4NA 1I45A 1EUAA 1JQVA 3ZWTA 1I2NA 3BW3A 4MLJA 4WX2A 1FCUA 1DV7A 2ZZ1A 1EB3A 1LZOA 1AW2A 1RQBA 4HSOA 3EXSA 1R2RA 5LNSA 3NDOA 4JDYA 3M43A 2ISVA 4XWUA 2ABBA 1TTQA 5G1YA 3G1DA 1Q6RA 3GXNA 4N6FA 4O16A 1ICQA 3G0XA 4LVAA 1T8XA 3NNTA 1XBXA 3SY5A 1RQEA 3V75A 1AG1O 5LNUA 1FXPA 2TPSA 2V2HA 5TBOA 4NJGA 1OYCA 3O8AA 2DP3A 2A2IA 4MLRA 3SZ8A 3I7SA 3T40A 2J24A 3CIXA 3L0GA 2YYUA 5EKYA 1GOXA 2JGQA 1Q45A 4O10A 2Z0IA 3PSVA 1LLWA 2HS8A 4FO4A 8TIMA 4FXRA 1W5OA 3LRKA 2V0TA 1TB3A 3L5LA 2OMAA 4PFMA 1OF8A 5CSRA 4QISA 5ABTA 3W2MA 4K37A 5I3GA 3TW6A 3W73A 3W75A 2H3BA 4CQ9A 4UMBA 1GYLA 5DXYA 1SW0A 4MFDA 1DL3A 4JTSA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3TW9 A;  1XM3 A;  2GWN A;  3GUG A;  4UTT A;  3S6O A;  4JYF A;  3QC3 A;  1MEI A;  1XRV A;  4NKC A;  3OZO A;  3BIC A;  4I7V A;  4WSK A;  5G2I A;  2X1I A;  3OLE A;  5GNZ A;  2Y61 A;  2DVU A;  3VU2 A;  3KCL A;  2NQZ A;  3PUE A;  3P2V A;  3TX9 A;  2Z1S A;  4YVX A;  3GVW A;  5EY5 A;  3VAB A;  3DDM A;  4PTM A;  4C6Q A;  1XIF A;  1FWF C;  3HA1 A;  3L2L A;  4JTT A;  3BCJ A;  1UR4 A;  2ZXA A;  3KOF A;  3BAX A;  3W25 A;  4C1K A;  4WEV X;  2B0M A;  4LYK A;  4EOU A;  1NEL A;  3GXD A;  5AKQ A;  1SFL A;  2QDH A;  3MYO A;  2DT1 A;  3GIP A;  3WJX A;  4KT2 A;  4ZVJ A;  5M3W A;  2MUC A;  4AMA A;  4DN1 A;  4O57 A;  1RJQ A;  3ONB A;  1RHC A;  2QGH A;  3PN8 A;  3SUU A;  2H9A B;  3DYP A;  3T8L A;  4MJZ A;  2UZ9 A;  8A3H A;  2HZG A;  3CM4 A;  4JKM A;  4DJD A;  4FS9 A;  4GJJ A;  1OGB A;  2XTK A;  2V2C A;  1WP6 A;  4HU3 A;  5FJO A;  3GDL A;  1BWL A;  5HMS A;  2R82 A;  3ITY A;  3TAK A;  1Q6G A;  2ACS A;  1GQJ A;  3UZ5 A;  2OPJ A;  2OCZ A;  3NEV A;  2G3J A;  4FA3 A;  2C18 A;  3DN5 A;  3DFP A;  4KQN A;  2DSZ A;  3P82 A;  3SUW A;  2VFF A;  5FJR A;  1KBI A;  2PDL A;  3AU6 A;  3P14 A;  3W7G A;  4NYY A;  1YX1 A;  4GVH A;  4PMZ A;  5JBD A;  3STE A;  1HP4 A;  5CPQ A;  3LY0 A;  2BHZ A;  2QJM A;  4PCF A;  4FPS A;  2NW0 A;  4QE5 A;  2PDB A;  3S9Y A;  3BTN A;  3FEM A;  2HNE A;  3MI6 A;  4RPP A;  4AY8 A;  1FX6 A;  2J4G A;  1TQX A;  1SM9 A;  1E0X A;  5HME A;  3N2T A;  2OR2 A;  4CVU A;  5FAJ A;  2OZ3 A;  2FMN A;  4Q4K A;  4XUG A;  1YDV A;  2J8G A;  1EJV C;  2A4A A;  3GHU A;  3G1H A;  2WNZ A;  1HKJ A;  4JTH A;  3E3H A;  3H7V A;  1CB7 B;  4DYE A;  3VE9 A;  2VDG A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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2WNNA

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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