2WO5 | Genus

Total Genus 103

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	103
sequence length	299
structure length	299
Chain Sequence	HHHATNLRGVMAALLTPFDQQQALDKASLRRLVQFNIQQGIDGLYVGGSTGEAFVQSLSEREQVLEIVAEEAKGKIKLIAHVGCVSTAESQQLAASAKRYGFDAVSAVTPFYYPFSFEEHCDHYRAIIDSADGLPMVVYNIPALSGVKLTLDQINTLVTLPGVGALKQTSGDLYQMEQIRREHPDLVLYNGYDEIFASGLLAGADGGIGSTYNIMGWRYQGIVKALKEGDIQTAQKLQTECNKVIDLLIKTGVFRGLKTVLHYMDVVSVPLCRKPFGPVDEKYLPELKALAQQLMQERG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Escherichia coli
publication title	Structural Insights Into Substrate Specificity in Variants of N-Acetylneuraminic Acid Lyase Produced by Directed Evolution. pubmed doi rcsb
molecule keywords	N-ACETYLNEURAMINATE LYASE
total genus	103
structure length	299
sequence length	299
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date	2009-07-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2wo5A00

1KM0A 4POCA 3NQGA 4HNTA 1TCDA 1GJPA 3P8IA 2ZZ7A 1RR2A 2QCLA 5FEPA 3NQ8A 4XBKA 3S0CA 3EX6A 1NFBA 3VE7A 2VEIA 1FWTA 2WJZA 1HO1A 4NJHA 1W5QA 2FB2A 4AF0B 1EEPA 1IXPA 1FCUA 3MI2A 4MFDA 3NL5A 3FKRA 1XXXA 4QQ3A 2QAPA 4ZQNA 3T4CA 5LNRA 1W56A 1AK5A 3MI6A 5CG7A 4L4LA 5EPDA 1H7XA 4PL1A 3UYCA 4Y9AA 2CWNA 2FB3A 2JGQA 3HPSA 4LTSA 2Z1BA 2Y63A 3NVTA 5T26A 3CIXA 1TTJA 4G1KA 2B7OA 2CLKA 1OFPA 2WQPA 2RDUA 1M7PA 2Y7FA 1SW7A 2G95A 2QKFA 3LDVA 4JYDA 4NX0A 2EF9A 3M5XA 3M7WA 1B4EA 1L9WA 3PG9A 4JTKA 3RK8A 4P2VA 1WYIA 1KM2A 4UMAA 5FF2A 1ADOA 1T99A 5AHNA 5AN7A 3DAQA 4GE8A 1H63A 5TIMA 4K37A 3LCFA 1X7FA 4IGHA 4MYAA 3Q58A 4E38A 1FY6A 2LLEA 3S1XA 1JRBA 5F4WA 2ZA3A 5BMXA 4UFJA 4JYEA 5F1VA 4N02A 4HSNA 1KM4A 4Q32A 1B3OA 4ZQMA 3GB6A 4GUJA 5HR7A 3NQCA 4WOQA 3NQMA 1QPRA 3OG3A 3W7GA 1GYLA 2BX7A 1BKSA 1MXSA 3THQA 3PB0A 3G8RA 2A7RA 3TQVA 1O94A 3M47A 4K36A 2VEPA 2Z6IA 1E51A 4EVZA 3QC3A 1F5ZA 4QM1A 3C3NA 1VLWA 5KZEA 4M19A 2VENA 3L9CA 3PUDA 1XDLA 4UMBA 3DGRA 2G5WA 3PBVA 4MFEA 3GXTA 3NM3A 3QEZA 4O1AA 3EKLA 2QEZA 4K39A 4K38A 1QOPA 3HGRA 5D02A 4O28A 4O0KA 4OQVA 1OYCA 2QR6A 1P0KA 5J5RA 4MVAA 1AMKA 2VFHA 3DKJA 3CM4A 4GFSA 1Z41A 1NF0A 3EWWA 3IIVA 1KW1A 3LOTA 4Z08A 4OV4A 1H7NA 4RCXA 5DY2A 4N9EA 3TFXA 1LROA 4NXSA 3DI1A 3CTLA 2DZTA 4DBDA 5CPOA 4UFLA 3QFEA 3G1DA 1KFCA 4XZ9A 2F84A 5KTLA 3R13A 3M5ZA 1SUXA 4O13A 2DU2A 5K4ZA 2NX9A 6ALDA 1TREA 3BARA 2YYUA 3NEVA 1OFQA 3G1YA 2CZEA 1THFD 3LTPA 4FNQA 5LNWA 5BMWA 2ZRXA 5FF3A 4A22A 3LI1A 2H3DA 4AXKA 4NJGA 3LRMA 4QNWA 4OBTA 2D73A 5CKSA 3LHTA 3Q37A 4BR1A 1WQ5A 5G2IA 3PUOA 5HWNA 2O7QA 3MBDA 3SR7A 5EL1A 1H7WA 5FI8A 3LGEA 4Y90A 1OX4B 4ML9A 3GKFA 4DF1A 3KX6A 1I2QA 3PWAA 1IIHA 1XM3A 4LV9A 3PSWA 4K7VA 3WJWA 4RXFA 2VEMA 5EYWA 5G4EA 4IMCA 2CZ5A 2DORA 1QO2A 5G2HA 1QPNA 1JCLA 5F1UA 1FDJA 3TXZA 1JCMP 4JTGA 3EX3A 3LLFA 2I1OA 3VI2A 2OMAA 1ME9A 2H8XA 1SZEA 4TMCA 5I3IA 1C29A 2QF7A 3EX1A 4LV4A 1ZCOA 1TPH1 4LY8A 1QWGA 5GVJA 1ALDA 4NNBA 1DV7A 5CZ0A 3QF0A 2NWRA 3LHVA 1O60A 4KFPA 1KM5A 4O57A 4O1DA 2OCZA 2R94A 3IGXA 2ISSA 4UTUA 1A5SA 4R7JA 2X1UA 5LNUA 5LGXA 2VKZG 2J24A 2Q8LA 1NEYA 3NG3A 5LKYA 1YTDA 1HO4A 1VGAA 1R2TA 5HULA 2J6XA 3C4UA 3TXVA 2ZZ3A 4O12A 3W1MA 1QFEA 4WY0F 5FF7A 3GYEA 4C1KA 2E1DA 5H91A 1LTDA 1K7XA 3P84A 4AVFA 1L6YA 8TIMA 3N2MA 2BLEA 4MOZA 5SWUA 5D32A 3MMTA 3HG4A 3O6CA 1UB3A 2HMCA 4NJIA 3CEUA 2RDTA 1SO4A 5C55A 3CHVA 3RMJA 2GQ9A 3K30A 1OF6A 4ADUA 3W9ZA 1K3UA 1TV5A 2YR1A 1QPQA 3GR7A 4HNNA 5MHBA 3G1FA 2TYSA 5CZSA 4XUGA 3DH7A 2JKEA 3TU9A 2VEKA 1I2PA 2WSQA 2EKCA 3S42A 2ZZ5A 3KVJA 2GUUA 1ZENA 4O54A 1EPXA 5AC6A 4NVTA 5BOOA 1FWRA 2H8ZA 2JGYA 3OA3A 5DLCA 2A5HA 5DXYA 5LSMA 3FJLA 2R14A 3MI3A 3W1NA 4Y6GA 4E2DA 1JCJA 1R2SA 4JTJA 2A1YA 4JTLA 4RXGA 3W7JA 2E6DA 3O6DA 4DPQA 1EP1A 1KTNA 4NU7A 3GXPA 4CCEA 1H7RA 1VYPX 2I9EA 5BNKA 2ISVA 1EP2A 4JY9A 4ADSA 1GWJA 1H1YA 3U8GA 3P60A 5HQEA 3LCWA 3NQVA 4JS3A 3A21A 1WBJA 1BWLA 2VFFA 5K4XA 1TJPA 4PEKA 3TK7A 4DXVA 1ZAJA 4UTWC 3MJYA 3W2JA 2ALDA 3W1UA 1AL8A 1LZOA 4N4PA 1D3HA 4UFKA 3HJZA 5KSWA 4LOCA 2C6QA 3PS7A 3R5EA 5AHIA 4JIQA 3W7EA 3IRDA 1EP3A 1ZAIA 3TMLA 4FO4A 2RFGA 1LRNA 3W1RA 3B0PA 2Z6JA 4PC8A 4QAIA 2X1TA 4JGDA 1VLIA 4JTFA 5CPNA 4AAJA 3NZ1A 3TSBA 1YDNA 4UTHA 4XQ6A 1TJRA 4CQAA 2A6NA 1SU5A 3N3MA 4TO8A 4M6QA 2J9ZA 2NWSA 2P1FA 3TMQA 2DZUA 1G4EA 3G1HA 2I14A 1WAUA 2AGKA 3ANYA 4CLMA 3A9IA 3L67A 3LBCA 3O06A 1T8XA 2E5CA 2Y89A 1NSJA 1N55A 5D09A 1UASA 1TRIA 4JDBA 3IEBA 2VC6A 2TMDA 2R91A 1FDZA 4RZ6A 3R8RA 1GG1A 3NXFA 1LOLA 1S3HA 2C1HA 1VJIA 1TB3A 5CGQA 3S5OA 1QAPA 3NPVA 2GPTA 1H5YA 3SIZA 1TTQA 3A5FA 2YXGA 3NPXA 2FPYA 3I68A 3IIOA 2JKAA 5FEXA 2PRMA 3C2OA 3E0IA 3C2EA 3KOFA 3S8HA 5HMSA 1EWDA 3HBLA 2VFEA 1F6PA 1TSIA 3JRKA 2WOQA 3L68A 4IUOA 3CC1A 4O17A 1VYRA 1WX0A 5AYZA 2Y88A 3EWUA 1G7UA 4QJ1A 4ZQPA 2ZYFA 3MP4A 3LCLA 3N73A 1GT8A 4HPJA 2ZCGA 1HUVA 4WXYA 1XBVA 5HWMA 4UNLA 1OYBA 3PBUA 2GJNA 1W3IA 3H53A 2IQTA 1DJQA 4DO6A 1KFBA 1F76A 4Z1CA 1B57A 5C6MA 3WK3A 3MO7A 3QW4B 4FX8A 2NX3A 1WXJA 2E5DA 2AQWA 1YXDA 3CB8A 4TR9A 1ME7A 1OX6A 1EX5A 1OK4A 3LLDA 3EXSA 3P8JA 2PC4A 3BG5A 3TSMA 4QNEA 5DCEA 4MLJA 4AH7A 2DJXA 3DFTA 3QM3A 2ZRWA 3W6YA 1SR9A 3W86A 3HMJG 4XKYA 1SO5A 2QJIA 1G7VA 1OFEA 3WJZA 5F2IA 5BW6A 3E02A 2ZBTA 3B0VC 1VH7A 2Y7EA 4FF7A 1C8VA 3C2VA 2E5BA 1HTIA 1U83A 1FWWA 1MSSA 4PH6A 3B8DA 3RFAA 1JULA 1PCWA 4LRSA 1GVFA 3W72A 3GDMA 1DQXA 3DXIA 4MLRA 2Y7GA 4DBEA 1OG0A 2C3ZA 4Y96A 4ALDA 3NAVA 4UNKA 1EA0A 4KWVA 1I8JA 3TAKA 2CLLA 3QQ0A 3M0ZA 4KFNA 2EAWA 3EX2A 3UNDA 1H61A 4DF2A 2XFWA 3TCEA 1XUZA 1GOXA 3TC7A 4YWIA 1SSDA 1RQEA 3I6RA 4LC6A 3U6WA 3BPWA 3W1TA 4MZYA 2NX1A 5K7JA 4FNPA 3MYOA 1LYXA 4ONVA 1F74A 4D2JA 5AHEA 3UD6A 1KTCA 2ZRVA 3F4WA 4AWSA 4LVDA 1ZNNA 4BF9A 1ZAHA 4UFMA 3FOKA 4HN4A 4HPXA 2C16A 2CLEA 2WNZA 4MJZA 4JXCA 2OT1A 1AW1A 3PAJA 4UXDA 1UUOA 1RVGA 2FDSA 3W07A 2BZNA 4O10A 4NZJA 1A50A 3OVPA 5FEWA 3C6CA 5D2WA 3TH6A 3KHJA 5U4NA 4GWEA 3HPXA 3DI0A 2W79A 2YFNA 2Z0IA 1G67A 3EXRA 1G69A 1UUMA 1O95A 3SGZA 4UTMA 1A5BA 1XCFA 5C5YA 3B0UX 1JUKA 2P10A 5HUOA 5F2MA 3A23A 1ONRA 4AB4A 3L65A 4GNJA 2RH9A 4OV9A 2Y7DA 3MP3A 4NQ1A 4U28A 4JD4A 4CCCA 4ADTA 4RR4A 3P67A 3NQ6A 4HHPA 2H90A 3WJYA 2FPVA 4N2YA 4DF0A 3G22A 3UWVA 3Q94A 5F2LA 5DCBA 3G3DA 3W1PA 2V9DA 3KRZA 4ZQOA 1AW2A 3G1VA 1U5JA 5TBOA 3IVTA 1H7PA 1DOSA 1LCOA 2A85A 4M7TA 1TO3A 3N34A 4EF8A 2V5BA 1XBYA 2OT0A 3SFKA 1W3TA 4Z1BA 5E93A 5DBUA 4YXGA 1OJXA 1BTMA 5AYYA 1EUAA 4MIMA 1G4PA 3UXAA 4O53A 1TTIA 1ICSA 2DZPA 2YYTA 4I9AA 4JEQA 3QW3A 2ZZ4A 2Y61A 4Z0SA 2RHGA 4U4MA 1TMHA 4DEFA 5D2XA 5HJLA 5E1QA 1TPC1 4NXKA 3FS2A 3TW7A 3BW4A 4DQWA 2WNNA 3L0KA 1KA9F 1X8FA 3W74A 4IX2A 4WY0A 3TROA 3W3OA 1PVNA 1GG0A 1ME8A 2VFGA 3E12A 3C56A 2GVJA 5G1YA 3P5ZA 1R2RA 2V82A 1WOAA 3GDLA 4HT3A 5I3HA 4YCOA 3IIZA 3BLIA 2VFIA 4NJJA 2ZRYA 1K7EA 4ORIA 1IXOA 4ZZ9A 3L0GA 1R46A 4A29A 2J9XA 2A2IA 2DZWA 4XBSA 4YL2A 3C2RA 4FXRA 1Q3NA 1TV8A 2X1RA 5K9XA 4BFAA 5EY5A 2VOMA 2A7PA 3TA6A 1J5TA 1TRDA 2VFDA 3LTYA 4S2CA 4YMZA 3MHGA 3HB9A 3LBMA 1FQ0A 4XWUA 4KFOA 3GK0A 4X2RA 1LOQA 4OWGA 1C9DA 3H55A 3LB0A 2V2HA 2FPTA 2EHHA 5EA9A 4RZ4A 5D2YA 1K03A 2VELA 2NZLA 3UWUA 3DFNA 4AWUA 2KZHA 3P81A 4LVBA 3NGJA 1NF7A 3S5NA 3W7DA 3B03A 1OFRA 1H60A 1TPUA 3DFPA 3NQ7A 3LRKA 4ZVJA 1MEIA 3VFLA 2NXHA 4NZFA 1TV7A 3DZ1A 1K8YA 3OIXA 3M43A 4O0ZA 3VNDA 4QIUA 2E6AA 2NXGA 3T55A 3PG8A 1YTKA 3RNDA 1EUNA 2VXNA 4S2BA 2CFFA 3R12A 3GVGA 5CPMA 5KINA 1G6CA 1HFBA 2HSAA 3NYZA 3OVQA 3HF3A 1RQBA 1QR7A 3MW7A 4K6AA 4BWLA 4AMAA 3NQFA 3CU2A 4P61A 3EWBX 4MZ8A 1Q45A 2QCNA 3W2KA 4WD0A 1LBFA 3W73A 2P0OA 1JUBA 2ZRUA 3IGSA 1MEHA 3JS3A 4M6VA 4OE7A 4WOZA 3STCA 1PHQA 1TIMA 4FEZA 3G1XA 4AF0A 4FB7A 6TIMA 1XBZA 3VCRA 4O14A 2C19A 2RDWA 1FXPA 2QCDB 3HG3A 1DQWA 4UFIA 4UR8A 2GVLA 1H51A 1MO0A 1DHPA 3M9YA 5LNVA 1HL2A 4O19A 3N14A 4NNCA 2DZXA 1LORA 2BTMA 2ZTKA 3FYOA 3PC0A 3S5YA 3HOJA 5IBXA 5L6UA 4JTTA 2V5LA 1SO6A 1T0OA 5K9DA 4OGZA 1NAL1 4IMDA 4DPPA 4NX5A 3SGUA 3LXCA 1YYAA 2F7FA 4LWWA 2X1SA 1W0MA 2Q3OA 3INPA 1YTEA 4O11A 2YCEA 3CWOX 3OBKA 5DBTA 3QYQA 3TQKA 3NL2A 2FJKA 2WV8A 3NQDA 3WK1A 1GVRA 3L21A 5U7SA 1OFDA 3VKJA 2YX0A 2V0TA 1KM3A 1JQVA 4UCGA 4LU0A 2XN0A 3W87A 5F2GA 1VS1A 3W84A 1KLZA 1I2NA 5I3JA 3MHUA 4H3DA 4XTIA 5D33A 3NA8A 4N4QA 3V75A 3I7SA 3DHFA 1LRTA 4R33A 3GNNA 4AHOA 1IXQA 3PSVA 4PTNA 1ZHAA 1EWEA 1PIIA 2B0MA 4DELA 1F73A 3QMSA 1K8ZA 4CNNA 3O05A 3AO0A 4RZ5A 3DFSA 2GJLA 3W7IA 4FHAA 1SO3A 3VE9A 1B4KA 1QNVA 4RJEA 1KBIA 3WJSA 1SW3A 1KTBA 4PA8A 1X6UA 4IJBA 5F4SA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2WO5A

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Chord Diagram

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