2WPBA

Crystal structure of the e192n mutant of e. coli n-acetylneuraminic acid lyase in complex with pyruvate and the inhibitor (2r,3r)-2,3,4- trihydroxy-n,n-dipropylbutanamide in space group p21 crystal form i
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
302
structure length
301
Chain Sequence
HHHHHHATNLRGVMAALLTPFDQQQALDKASLRRLVQFNIQQGIDGLYVGGSTGEAFVQSLSEREQVLEIVAEEAKGKIKLIAHVGCVSTAESQQLAASAKRYGFDAVSAVTPFYYPFSFEEHCDHYRAIIDSADGLPMVVYNIPALSGVKLTLDQINTLVTLPGVGALQTSGDLYQMEQIRREHPDLVLYNGYDNIFASGLLAGADGGIGSTYNIMGWRYQGIVKALKEGDIQTAQKLQTECNKVIDLLIKTGVFRGLKTVLHYMDVVSVPLCRKPFGPVDEKYLPELKALAQQLMQERG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Insights Into Substrate Specificity in Variants of N-Acetylneuraminic Acid Lyase Produced by Directed Evolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-ACETYLNEURAMINATE LYASE
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
total genus 116
structure length 301
sequence length 302
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date 2009-08-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2wpbA00
1WOBA 2VFIA 3B0UX 4S2BA 5EY5A 3NPXA 3W88A 3W72A 1W56A 4UMBA 2DZTA 1EEPA 1KLYA 1TB3A 3R12A 1TCDA 1LROA 1G69A 3EKLA 3PWAA 3M44A 3B0PA 4WXZA 3LCFA 1KFCA 1SU5A 2ZYFA 2G97A 4Q32A 3W2UA 3KRZA 3CM4A 3NM1A 3TNOA 4AMAA 5KITA 5FEZA 3EB2A 3HG4A 3G3DA 1M7OA 2BTMA 5CSRA 2DU2A 4HNUA 3A22A 5TQLA 5DXXA 2NXHA 3G0XA 4IMEA 1H51A 4IMDA 1AG1O 3EWBX 1I4NA 4EOUA 4PEKA 4A3UA 5K4ZA 2YYUA 1ZENA 2J24A 4DBEA 4HPJA 1S5TA 1FDYA 1ZALA 5KZDA 2Y61A 1UUMA 4GUIA 4IJBA 3TQKA 3ABSA 3TX9A 3SZ8A 2OX1A 1ZAIA 3EXSA 3DBPA 1SO5A 3TROA 1P4CA 4ICNA 3GZ3A 3G1VA 2A21A 4E38A 4LRTA 5LZLA 1KTNA 4UUIA 3MBDA 2CU0A 4UFIA 3TXVA 1TQXA 1LCOA 4MYXA 3IIXA 1B9BA 3NAVA 2GQ9A 5C5YA 4NUWA 1N8FA 1YYAA 3UY7A 1SW3A 3QEZA 2ZRXA 1XKYA 4CQ9A 4J9JA 3NO5A 3MP4A 4WY0A 5HUPA 1IF2A 1TPFA 4R53A 3N14A 3NL2A 5DCEA 4L4MA 2CWNA 3PBYA 2YW4A 1YXDA 4CQAA 2Z6JA 3MBFA 2FFCA 4UTUA 1B4EA 1XM3A 2WNNA 2FJKA 2ATSA 4O11A 4MYAA 3WK1A 3NQCA 2CW6A 2WO5A 3TMLA 5KINA 5J5DA 4N9DA 4UMAA 4HHPA 3C6CA 3RLVA 3B04A 2ABBA 5AFDA 3MO7A 2QCFA 4NJKA 5U7SA 4RXFA 4Z08A 3MMTA 4LNYA 4I7VA 3LHWA 3LHTA 4UFMA 2ZFAA 4OHQA 3F1QA 2NZLA 3M7WA 3SFKA 1BWLA 3LM7A 4UNKA 3O6YX 5EL1A 1ME7A 4KWWA 4DPPA 3TAOA 5D32A 5I3KA 1X1ZA 2FLIA 3W1AA 3HG3A 1ML1A 5CZJA 5D2YA 4MY8A 1XBXA 4UR8A 3QFEA 5EBUA 1PS9A 3LDVA 4AF0A 4R34A 2XN2A 3W1UA 3KOFA 1OFBA 4QSHA 2Y7FA 3LCXA 1PVNA 4GWEA 3HMJG 1PIIA 4NZFA 5LNWA 1ZCOA 4ZQNA 5G2IA 3W70A 3QW4B 4G1KA 1LRNA 4C1LA 4AWTA 3TQVA 3CWNA 5CZTA 2OCZA 4CLMA 1HFBA 1SO3A 1XBVA 3UWVA 3S5YA 4JTGA 4KFOA 3BO9A 1THFD 1SW7A 2GJLA 4O16A 1PV8A 2CZDA 1ZFJA 3Q58A 1W5QA 3U2OA 3LCHA 2TMDA 3W7EA 4M7SA 4Z1AA 3UPBA 3MI2A 1VR6A 4LV4A 4QJ1A 1KM4A 2QAPA 1IGSA 3L9CA 1GYLA 2OJPA 4NQ1A 4I7WA 4LW7A 1KBJA 1JRBA 3MYPA 4O8RA 4O10A 3STEA 3IVUA 4Q4KA 2QJIA 3W3OA 1FXQA 1CI1A 3PBWA 3GR7A 1SUXA 3NQ8A 3DI1A 3O8AA 1W1ZA 3P60A 1TPVA 4IX2A 4UTMA 3BGGA 1ZHAA 4JTKA 2ZZ4A 4MKNA 4FHAA 5KSWA 2BWGA 3G1SA 4JIQA 5SWUA 2ABAA 2JKAA 5CGQA 3K30A 4ZQRA 3TR2A 3NQ7A 2GPTA 4MY9A 1W5OA 2Y7GA 2GVJA 3P74A 3G8RA 1RD5A 3NOEA 4HKPA 3TCEA 2AGKA 3S5ZA 1GJPA 1Q6RA 1VHNA 5G2WA 1SPQA 3ATYA 5F4XA 2V2DA 1KM5A 4IPIA 1H50A 1KM2A 4O17A 1O60A 2B7NA 3THAA 3QSRA 1RVGA 2J6XA 3ELFA 5KZEA 2AQWA 3H54A 3M9YA 3OVPA 2CLFA 1TIMA 3EWYA 3EKZA 3EX2A 3S42A 3NL6A 2QCCA 3GXPA 1Q6QA 1R2SA 2DZSA 3OIXA 1FY6A 3CB8A 3W1PA 4E2BA 4M19A 2XN0A 2Q3OA 3QRHA 4GUGA 1W5NA 5DXYA 3MHFA 3DXIA 1L6YA 5FEWA 1ZJIA 4TMCA 2A7NA 4YCPA 4OV4A 1GOXA 4M6PA 1F73A 3PVFA 2ZBTA 3G18A 3RFAA 3HGOA 3N34A 4LVAA 3C2FA 2QUUA 4Z1CA 4GUHA 3S8HA 1KM1A 3DFTA 4DXVA 1MSSA 3O07A 3B05A 3TC6A 1JCYA 2J9YA 4O0KA 1DVJA 4XWUA 5FF2A 5TBOA 1WAUA 3NR0A 2G95A 3M5XA 2YXGA 3HIJA 4JTFA 2V9DA 4MIMA 1H7PA 4TIMA 2RDTA 1FQ0A 2RHGA 2YGYA 3N9RA 3W1QA 1LRQA 3T4CA 1H1ZA 1EWDA 2E5DA 3UXAA 4JYEA 2O7SA 3UWYA 4GJ1A 1B4KA 3W7RA 2X1SA 5AN7A 1FCQA 2B4GA 2ZA3A 1DKWA 3NL5A 1K8XA 4OE7A 3I65A 3DFPA 5K9XA 2C18A 4DELA 2ZA2A 4BF9A 3NM3A 1EX5A 2EKCA 4RJEA 3TIMA 1LBMA 2B7PA 2E68A 3N9SA 2NV1A 1YTKA 1RR2A 4MZ8A 3L67A 1T0OA 3P80A 4RV8A 1GVFA 1QMLA 4K8HA 1I2PA 4FIQA 2P0OA 4QIUA 3TAKA 2TSYA 2FPYA 4OQVA 2WSRA 3C61A 4E2DA 1FDJA 1A50A 3LOTA 4LS1A 1H5YA 2JGYA 4OBTA 5H91A 2A1YA 1BKSA 1SO6A 4H6KA 4QQ3A 4AWUA 5D2TA 3ATZA 3DH7A 1XUZA 4DO5A 1Q3NA 2NUXA 3DFSA 2V82A 3I7SA 4OT7A 4A22A 1E51A 5HWMA 1W8SA 2O7QA 4Y96A 3NQAA 1VCFA 3STGA 1XDLA 5D2VA 3W86A 3EX6A 2GJNA 3TW6A 1G4PA 3EWWA 3NNTA 1G4EA 2E6DA 3I6RA 3UNDA 2BX7A 3LGEA 5FI8A 5G1TA 1FWNA 2TRSA 3PM6A 3LCIA 5GVJA 3LBCA 4QITA 1OFQA 4PL2A 3NPVA 4BFAA 4XKYA 2YZRA 4O4WA 1QOPA 2A6LA 4Z0SA 3MUXA 3FEMA 3TSBA 3CU2A 1M5WA 3IGSA 1KBIA 4FF7A 2WJZA 1O4UA 5DELA 5DY3A 3BGJA 2YFOA 2NX9A 2ISWA 1MEHA 1WDWA 4N6EA 3BLIA 3QQ1A 2G5WA 4LVDA 1CW2A 4B5NA 5G4EA 3U8GA 1G6CA 3D0CA 3O16A 2DJLA 5LNSA 2YDAA 2WNQA 3W07A 4UTHA 2QEZA 4XUGA 4WY0B 3EX3A 4FNSA 3LRLA 4FX7A 1HUVA 5LGXA 1JUBA 4O19A 3PSVA 3RF9A 3ZS4A 3W71A 3LBMA 3N2XA 4M7TA 3VCRA 3PULA 5DBTA 2NUYA 4K7YA 3QSTA 4OGZA 5DCBA 2NWSA 2WV8A 2B7QA 1H62A 3HBLA 3MP3A 3TJLA 2FIQA 3FJLA 5EPDA 4PTNA 4YLWA 1LTDA 3P61A 2OMAA 3VNDA 3N3MA 2B7OA 2V2CA 2CLEA 2ZZ6A 3CPRA 1AW2A 1SW0A 3W22A 1GEQA 4AVFA 4LU0A 5DN1A 4LUJA 2I1OA 2DZXA 3ZWTA 3W23A 2BXVA 4ZQCA 2QUTA 4JEQA 4UXDA 2VFGA 1F7BA 1KA9F 1BEUA 2GVLA 2HSAA 4AF0B 1W3IA 3PG9A 3H53A 1K7XA 1EP1A 3ABQA 3E0IA 3G1YA 3G22A 5I3HA 4CQ8A 3DGRA 3NQ6A 4MJZA 3CT7A 2UV8G 1OF8A 1XBZA 5F2GA 3KRUA 5D02A 3B03A 3UWZA 1TTPA 4HSNA 2BSLA 1H7NA 1TQJA 3SW6A 3VFLA 1HTIA 3HG2A 3PSWA 2DORA 2A7PA 2ZRZA 2E5CA 3FS2A 1MEIA 2YW3A 4N02A 4IMGA 2QJGA 1DORA 1U83A 3HB9A 5HINA 4E0CA 1TTIA 3QPYA 2A5HA 4NU7A 5AB3A 4X9SA 3LB0A 3S1XA 5BOOA 3C2RA 4JTLA 4N9BA 5AHEA 1V7YA 1YTEA 1LLWA 2JBMA 4NNCA 1ADOA 3M5YA 1P0KA 5G5IA 3B06A 1TREA 2ZRVA 1JR1A 3NQGA 5HWNA 3GXTA 2I9EA 5K9CA 4X22A 3QF0A 4O28A 3ZR4A 1O5XA 3JS3A 3QZEA 3W7HA 2VXNA 4R33A 2VEIA 3PY2A 1H61A 1JQXA 2Y7DA 2C6QA 1QWGA 3OG3A 1LDCA 2V2HA 4JY8A 4DO4A 1T99A 3TUUA 1OFDA 3NQMA 3IIPA 2C13A 3DENA 1KV5A 4UTIA 2C15A 1HO1A 1RQBA 1HO4A 4PL1A 1U5JA 3LHZA 5D33A 4HNTA 4LY8A 3EWXA 2W0UA 3KX6A 4N9CA 3TSDA 4A21A 2JK2A 5IBXC 2QDHA 5ABTA 3UD6A 2C19A 3WJWA 1RQHA 5F1UA 3FLUA 3RK8A 1EP2A 1GWJA 4POCA 2A6NA 1NEYA 2CFFA 2VELA 4XBKA 2Q8ZA 4MUZA 1TTQA 2E77A 3NPWA 1TV8A 3UWQA 3H55A 4HNVA 4N4QA 4RK8A 4PODA 1VRDA 1QPNA 4UTTA 1EUAA 1OABA 4O1AA 3P7YA 3A21A 3TSMA 3STCA 1ZNNA 3BG9A 5CG7A 3S0CA 3CWOX 1TJRA 3QMRA 1OYBA 1UJPA 2ZTKA 4O18A 1PCWA 4Y9AA 4A2RA 4QM1A 1OYCA 2QCHA 1KM3A 3W7JA 1C9DA 1R46A 4OU1A 1SO4A 2QKFA 5HJLA 4HIBA 1EIXA 2R91A 3DKJA 4N9EA 1DJNA 1YPIA 3PC0A 1SFLA 1Y0EA 1T8XA 3QMTA 1V5XA 3L0NA 2H90A 3MYOA 3MW7A 3C0JA 3TK7A 3DAQA 2VENA 5I3JA 1Q6LA 3FA5A 2YCEA 2TPSA 2C0AA 4BI6A 3STFA 1WBHA 2G96A 3M16A 3W2NA 1K3UA 4BK9A 3THQA 2YYTA 2VEPA 1XL9A 3W75A 3W9ZA 4IOTA 5AOUA 3KFTA 4U4MA 2F84A 1YDVA 3OBKA 2X2GA 4IUOA 5L6UA 4P61A 3C52A 4MY1A 2EGZA 3MHGA 3W2KA 5BNKA 1F2JA 3CEUA 1LOLA 1S5WA 3LX9A 3OVQA 3BPWA 5HMSA 4UFLA 3IEBA 3PG8A 1VS1A 1DV7A 5F1VA 3GIYA 5C2XA 3PB2A 4O15A 4ZL1A 2KZHA 2PURA 4Z0JA 1ICQA 3S1UA 1GZGA 2LLEA 3HF3A 4AEOA 2QCDB 3W7CA 3C56A 4FX8A 3WK3A 3NL3A 4NX5A 3V1PA 2P10A 3NQ2A 2WSYA 1S3HA 3TKFA 3U6WA 1KV8A 3GDKA 4LT9A 3CC1A 3P62A 4RLIA 3PB0A 4GC4A 2JGQA 4H4IA 1DQXA 1KTCA 3VKJA 4QAIA 3LERA 1LYXA 4GFSA 3NZRA 2J9XA 2WKJA 3BG3A 4IXHA 4MZ1A 4KKXA 1QO5A 1WA3A 1OG0A 4CNPA 5D09A 2AAMA 1LP6A 3W2MA 3P5YA 3W83A 4Y6GA 1L6WA 2NXIA 1JJKA 4GBUA 4PFMA 1VYSX 3E96A 4JR5A 1C8VA 4JY9A 5DCDA 4XKYB 3TFXA 2A85A 3BVJA 3IGXA 3RMJA 4ML9A 3GVGA 4O1CA 2EHHA 1VCGA 4FX6M 2WOQA 2FB2A 4JICA 1FXPA 3G1FA 1VHCA 4RR4A 4ORMA 4ADSA 1A5AA 1YTDA 4O12A 3GYEA 2BLEA 1EWEA 2NXGA 3NZ1A 1WV2A 1ONRA 1IXOA 3F4NA 2H6RA 1QR7A 2V0TA 2H8XA 3LTPA 1G7VA 2QCNA 4RCXA 1GT8A 1J2WA 4JX5A 4EF9A 3LHVA 5TIMA 4U28A 2Q3RA 3B4UA 1JUEA 4JXCA 3LTSA 4CCDA 5G1YA 3I7RA 3W74A 1OFAA 2GQAA 2OT1A 3I68A 3O6CA 1D3GA 1SZEA 3TC7A 3G3MA 3A23A 2R8WA 3GXNA 1M7PA 3QMSA 3NQVA 3JRKA 1W3NA 3TQ0A 3DKLA 1EP3A 2RKXA 4JX6A 1VLWA 1XC4A 1GPWA 5AHFA 1DL3A 5HWJA 5FF0A 2YSWA 3V75A 1W5PA 2Z6IA 3BG5A 3PBUA 3USBA 3QJAA 2ZCGA 4XTIA 4IPJA 4N6FA 1LM1A 1X7FA 2EAWA 3DHFA 1K8YA 1Q45A 5F4SA 5HR7A 2H8ZA 1B57A 4JDBA 4GUFA 2V5BA 2DZPA 1PE1A 4UTKA 1TPWA 2JKPA 3VE7A 1WXJA 3L5MA 3HGJA 3NPUA 5CPMA 3WK2A 3LHUA 2GUUA 1P0NA 3FFSA 1VYPX 3P5ZA 4MFDA 7TIMA 4O52A 2CLLA 3S1WA 5D03A 3TU9A 2CLIA 5L9FA 4O1BA 3WJZA 3GLCA 2ISSA 3P84A 2ZRWA 4XBSA 3C4UA 1F74A 1L2UA 3N19B 1I2OA 1W0MA 3GX9A 3W7DA 4PCFA 5LNVA 3LLFA 2QCDA 1A5SA 1ME9A 2ZZ3A 3HPZA 3M6YA 3UQNA 1X1OA 1UB3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2X0H A;  4LSB A;  2E9M A;  3REQ A;  4ATD A;  3U0H A;  1I6N A;  4Y9N A;  1BQC A;  1TA3 B;  1J12 A;  3PWA A;  1YKW A;  4WXZ A;  4J40 A;  4HA0 A;  3URA A;  3UJS A;  4Q32 A;  1JZ6 A;  4NAF B;  3ITC A;  1EJU C;  2FZN A;  3NM1 A;  3TTY A;  3TNO A;  1E3Z A;  3WKZ A;  5FEZ A;  2YDR A;  5CBB A;  4G7E A;  3A22 A;  3UZX A;  1J0Z A;  4K1W A;  3WG6 A;  5JUV A;  4IMD A;  1AG1 O;  3BOX A;  4HOZ A;  5I00 A;  2J24 A;  5CAH A;  1ODU A;  3N29 A;  4GY7 A;  1YPX A;  3MS8 A;  5FOO A;  1UUM A;  3VKA A;  2EPL X;  1VIW A;  3TQK A;  3VK5 A;  2OX1 A;  3AUO A;  3MU7 A;  1F8I A;  4Q22 A;  3H7R A;  5I02 A;  5CLW A;  3MBD A;  2CU0 A;  5A6B A;  3QGK C;  3MSR A;  4HYW A;  1TQX A;  4FOJ A;  4G6C A;  1B9B A;  2BP1 A;  3NIY A;  1PZ1 A;  3OZY A;  1JD7 A;  1N8F A;  5HNU A;  3R58 A;  1XV8 A;  3QEZ A;  4D9P A;  1XIF A;  4O0Q A;  3SN0 A;  3AU2 A;  1B9Z A;  1XR2 A;  3NO5 A;  3VNI A;  2PDU A;  5BZA A;  1L8P A;  1RAK A;  1F07 A;  5HUP A;  1TPF A;  4W89 A;  3N14 A;  1MXD A;  2QGY A;  4L4M A;  2CWN A;  2XII A;  3PBY A;  1UP0 A;  1UG6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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