2X16A

Crystallographic binding studies with an engineered monomeric variant of triosephosphate isomerase
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
238
structure length
225
Chain Sequence
SKPQPIAAANSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAGNADALASLKDFGVNWIVLGHSERRWYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLAGLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Binding Studies with an Engineered Monomeric Variant of Triosephosphate Isomerase
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE, GLYCOSOMAL
molecule tags Isomerase
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 85
structure length 225
sequence length 238
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2009-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2x16A00
2ZTJA 3DI1A 2GVGA 3HG5A 3LHTA 3DAQA 3RK8A 4KWWA 4IX2A 3FFSA 4K8HA 2OT1A 2R14A 1R30A 4UR8A 3N9SA 3NQFA 3QW4B 2FPVA 3TKFA 4XTDA 3L5LA 5C54A 1R2TA 2B7NA 4EWND 2TRSA 2V81A 4ZQPA 1W5QA 3HPZA 4UTWA 3TCEA 4A29A 4CCDA 1VH7A 2Z0IA 3B0PA 2A7PA 1KM4A 3OVRA 1C9DA 4CQ9A 4FIQA 3E49A 1MSSA 3BW2A 2FJKA 3W7GA 3UY7A 1H5YA 3SW6A 1JUEA 3TA6A 4TU1A 3I7SA 3C8FA 1W0MA 1RPXA 3U2OA 1L6SA 1V5XA 3EXTA 3SJ3A 4A3UA 1A50A 2I9EA 3UPBA 4GJ1A 2KZHA 4MZ8A 1P5BA 4FIRA 4WJEA 4CCEA 4JR5A 2X30A 3EWYA 5G5IA 3LLDA 3O8AA 4NVTA 3GB6A 4JYEA 1P4CA 2ZBTA 1FWWA 3IVTA 5FF7A 1A5SA 3G8RA 2Z6JA 2RDUA 1HL2A 2RHGA 1FDJA 3NQCA 3W23A 4EVZA 5DBTA 1JCMP 1SO3A 4WY0B 4UTTA 1QNVA 4Z1BA 2JK2A 2ZA3A 1X1OA 1RZMA 3W74A 4MJZA 1VZWA 1UCWA 3B03A 2YPIA 4FNUA 2EAWA 4A22A 5EPDA 1S5VA 5K4ZA 2C13A 2HTMA 1L6YA 1KFCA 1KFLA 2XFWA 3TAOA 5I3GA 4IMCA 4O8RA 1QCWA 4BF9A 4D2JA 4DBEA 2RFGA 2EGZA 1TPEA 3NQGA 1Y0EA 3W1LA 4JTJA 1HG3A 3GKAA 3IIVA 4U4MA 5AN7A 3TJLA 1YPIA 4UXDA 1V7YA 2P1FA 3W2MA 2NX1A 5K7JA 2C0AA 2B7QA 2PC4A 2Y88A 3GR8A 2V2DA 2VEMA 4X9SA 3GR7A 4LRTA 2YCEA 2Q8LA 3LTPA 4QISA 1TPH1 5G2HA 1VYPX 2DJLA 2C1HA 1GTHA 4NU7A 4JEQA 4LOCA 2VEKA 4LS0A 4MIMA 3USBA 4E2BA 3B8DA 3UXAA 3GYEA 1GQNA 4NNAA 4DBDA 4POCA 3EKLA 3FEMA 4TR9A 1SSDA 1I4NA 3IGUA 1PL9A 4XQ6A 4NJJA 2C18A 5AC7A 1LOSA 5K9CA 1TPFA 1AG1O 2A5HA 3C2FA 3HQ1A 3R89A 4FB7A 2EPHA 2NXGA 5G1YA 4UFHA 3MMTA 4MFDA 3LXCA 3LCIA 2W6RA 3NPWA 1SSGA 3PBVA 5D04C 5DY2A 3S1VA 4NJIA 4YWIA 1G4EA 1H50A 1FWSA 1GT8A 2Y89A 4J9JA 5CPLA 5KZDA 3LHWA 3M5XA 3BG5A 1TREA 3E9AA 2CLFA 4A2RA 3N2XA 3QFEA 3O06A 1YADA 4FXSA 2C3ZA 3LM7A 2JKPA 3S8HA 3H54A 2A6LA 5HR6A 4UTUA 1R47A 3ABSA 5KSWA 1YDVA 2TYSA 4O13A 4S2BA 1TPWA 2QUUA 2Q3OA 3TIMA 1IXNA 1CX9A 5D2VA 1LORA 4NJKA 1W3TA 4P2VA 3P67A 1FWNA 2CZEA 3PG9A 1Q45A 1QDSA 4JY9A 3MI2A 2CFFA 1MEIA 4IMDA 3CEUA 1C8VA 3EEGA 2JBMA 3W83A 2ZZ1A 4N6FA 4XBSA 3P82A 5IBXA 1K7EA 1FXPA 2ATSA 3E02A 3BW3A 4BFAA 1AW1A 1OYAA 5L9FA 4O4WA 2G5WA 1W8SA 4JTGA 3LCXA 2A4AA 1ICSA 1J2WA 2QCCA 3PY2A 2E77A 1M6JA 1BKSA 4AAJA 3W2KA 3L5AA 4AF0A 2A7RA 3CHVA 5I3FA 3HBLA 1O60A 4KFPA 4GUHA 2I1OA 1PHQA 4MKNA 1ZAJA 1K7FA 3BW4A 3P61A 3G22A 4JX6A 1DQXA 2X1SA 3G1XA 1QWGA 5HWNA 1O5KA 2RH9A 1SW7A 5K3VA 1XBYA 5K9XA 1A5BA 2V2CA 4WD0A 3GDKA 3FLUA 5DLCA 4Z1AA 2DJXA 4LC6A 5AOUA 5HULA 1OF6A 1EUNA 1ONRA 1U83A 1SR9A 5LNVA 3W75A 4JTFA 2WNZA 3C6CA 3KVLA 5L6UA 2NWRA 5BRBA 3NR0A 4BWLC 3L68A 1VCGA 1Q6LA 4Z0SA 3A21A 1NSJA 4FO4A 3WJXA 4KFOA 1UJPA 2O7SA 3W7MA 3WK1A 1Z48A 1SZEA 5TIMA 3NOEA 3UWZA 3G8EA 3KXQA 2ZCGA 3KRUA 1R2SA 4Y96A 2QAPA 3MP5A 3W7KA 3M5VA 1W5MA 2VEPA 2ZZ3A 5KZEA 4RZ6A 3GZ3A 1YTDA 3HPSA 2JKEA 1H51A 3NL2A 3G1SA 3HOJA 4CNOA 3S1XA 1OVDA 4UMAA 1DOSA 4QJ1A 4UFKA 1JRCA 3CQ0A 1HUVA 4RKAA 5D2YA 1GG1A 3QC3A 5FEZA 2H6RA 1FXQA 3BO9A 3GAKA 1ZFJA 4O11A 1K03A 2YW4A 3GDRA 5AHNA 3T44A 3HB9A 4Z0JA 1KFEA 3S5NA 3GKFA 3W7EA 4CQ8A 5E93A 3EX4A 4GUJA 3L0NA 4LUIA 3UPWA 1X6UA 3KX6A 4NQ1A 4GNJA 3RLUA 2ISWA 4JS3A 3PM6A 1Q3NA 2YSWA 3B04A 4OT7A 3B4UA 3IRDA 3BLEA 5LHEA 4H4IA 3W2UA 3M9YA 4K6AA 5G1TA 4TMCA 4RXFA 2FB3A 2CLMA 1TSIA 3U6WA 3WFAA 1TTIA 3ZWTA 1TMHA 2V82A 4UC5A 6TIMA 4AWTA 1TTQA 4NNCA 4RK8A 4IOTA 4A21A 3MWAA 3W1NA 3MHFA 3HG3A 1RVGA 3HF3A 1LYXA 1ZCOA 3TROA 4N9DA 2ZZ4A 1VJIA 1W37A 4JDYA 3LV6A 2W0UA 3IIZA 3PB2A 3CU2A 3WK0A 4BI5A 4MY9A 2ZZ5A 1B9BA 5A8GA 3T78A 4PODA 1PCWA 3A22A 1GVFA 3NPXA 1SQ7A 5F2GA 2X1UA 5AC6A 2DZUA 5CG7A 5LSMA 2JGYA 1PHWA 2EF9A 2B7PA 4M6QA 1H7RA 2OT0A 2QCGA 5D32A 3DGRA 1VQTA 5H2ZA 3EX2A 2QUTA 4IWWA 3DFOA 5I3KA 1TPC1 4OGZA 1RQBA 2YX0A 1VHCA 4DPQA 5TBOA 4JYFA 3NZRA 2HSAA 3M1ZA 4LV4A 4FX6M 1TPVA 1FDZA 4O1CA 3RU6A 4DPPA 3O15A 3QSTA 4Y8FA 4RR4A 1AL8A 3G1HA 4MY1A 1WXJA 3W88A 3THQA 4AH7A 3EX3A 1ICPA 4MZ1A 4HNVA 3NQAA 3FOKA 2X1TA 1F74A 5TQLA 1KTCA 1PIIA 1TTJA 2Q8ZA 4UFIA 3TUUA 4K38A 5D30A 3ZFHA 2VXNA 4E38A 1GEQA 1IXQA 3M7WA 4UUIA 1OK6A 2ZTKA 3ANYA 1CW2A 2A85A 2OMAA 4EOUA 1U5JA 3B0VC 3TC6A 1S5TA 2CLIA 4JX5A 4RXGA 3UXDA 4AHQA 1ALDA 3UZJA 2ZRWA 3HO8A 4AMAA 1LOQA 1JULA 2GQ8A 1EUAA 1M5WA 3BVJA 3L9CA 4KKXA 4UTIA 1IXOA 1LRQA 2I14A 3GXTA 4HT3A 3S5YA 3GXNA 5DCEA 2PRMA 3T40A 3WJWA 4FX7A 3GDTA 4CNPA 3GNNA 1KW1A 2WV8A 1FQ0A 1H7OA 4Z1DA 1FCBA 4BR1A 3Q58A 4OQVA 4MOZA 3IIXA 1LRTA 3MW7A 3W1MA 3QZEA 3NQDA 3L0GA 3TDFA 1ADOA 3EXRA 3W2NA 4CLMA 4JTHA 1K8YA 5CSRA 3ABQA 3W7PA 4N2YA 1EPXA 5KTLA 3CC1A 3L21A 3ZWSA 2CLLA 3MJYA 2C6QA 2OJPA 3LTSA 1IIHA 3C56A 4AB4A 4JICA 1TTPA 3CWOX 3TSDA 1KV5A 3TC7A 2TPSA 2H90A 5EL1A 1RR2A 2ZA1A 5G2WA 4I7WA 2E6DA 1QPOA 5EYWA 4QAIA 3HG4A 5CPMA 5KITA 4EF8A 4ZQNA 1PS9A 3HGOA 5LGXA 3W6YA 5K2ZA 1RQHA 1PCKA 1G67A 3C3NA 1B4EA 4O4VA 1OX5A 1SO5A 1KM5A 4DO5A 5E1QA 3F4WA 4S1FA 3OEXA 2XN0A 1LBLA 4N4QA 4O52A 5FEXA 1VHNA 4MLJA 3C52A 2X1RA 5BNKA 4RX0A 1VYSX 3NNTA 1FBAA 1OF8A 4JIPA 4LTSA 1WQ5A 3I7QA 3VNDA 3E96A 3W7DA 3PG8A 1BTMA 4WQ6A 1JRBA 1VCFA 2Y7DA 1NFBA 3NQ7A 1DV7A 4XUGA 2GPTA 1EX5A 5D05A 1VLWA 1EP2A 3UWWA 3CIWA 4NJHA 2NXHA 2C16A 3L2IA 3CB8A 3FYPA 3W07A 1K02A 1T8XA 2HMCA 5GVJA 2A2IA 2WJZA 3NL6A 4BI6A 2OCZA 3PC0A 2BTMA 2RDTA 1G7VA 4WZHA 5AYXA 1WOAA 3UYCA 1VPXA 2H8ZA 2Y7GA 1XI3A 5J5DA 1DHPA 2E09A 3Q94A 3I6RA 3GVGA 2ZZ7A 3QPYA 2GVJA 1MEHA 1KLZA 3EWZA 3G18A 5EBUA 4XTIA 4GXMA 4UNLA 1GYLA 1P0KA 4UCGA 2ZA2A 1KM6A 3L0KA 4O54A 1YTKA 4M6PA 2CZFA 4HPJA 3KRSA 2WSQA 3STFA 1TPB1 3ATYA 4JX4A 3STCA 3WJYA 1SZNA 5HJLA 2NXIA 1SU5A 3NAVA 5F4XA 5D37A 1GYNA 2WSRA 1OYCA 3GIYA 1PV8A 3P5YA 2V5BA 4PFMA 4MUZA 3THAA 3BGJA 1ZY9A 2FDSA 3KVKA 1DJNA 3STEA 1EP1A 3M43A 3P5ZA 4UIOA 1F2JA 4QNEA 3W7NA 1XL9A 3LLFA 4Y9AA 3KFTA 4IXHA 2HS6A 2VFGA 3LERA 4PTNA 2ZRXA 3NL5A 2VFIA 3IIPA 4JTSA 2GUUA 1DKWA 3NQ6A 1P0NA 5AB3A 5CKSA 3TSMA 3W7CA 4O28A 4MJMA 1KA9F 2GVLA 3LRMA 4CQAA 4LC8A 5BMXA 3P84A 4WOQA 4GFSA 1GG0A 3O6CA 3PUDA 1LP6A 3TFXA 1S5WA 3G3DA 4O50A 4JD4A 2ZRYA 3PBUA 3P8JA 1THFD 2ATMA 4I7VA 1YXCA 2C15A 1ME9A 5D38A 1GOXA 4JTTA 4ORIA 4UTWC 4XZ9A 2NZLA 3PSVA 5F1UA 1VRDA 2J6XA 3QH2A 4HKPA 2O7QA 1I2QA 1GVQA 3G1DA 1N7KA 3LBCA 5AFDA 3JRKA 4JTUA 2XN2A 4FNTA 3VKJA 3ELFA 5K4XA 4PEKA 6ALDA 3C0JA 1G4PA 1ZJIA 3MHGA 3NXFA 3GDLA 4OWGA 1TYGA 3GLCA 1YDNA 3GK0A 3EWXA 2B4GA 4HN4A 3CIXA 1KV8A 1XBVA 2CW6A 2FIQA 1XXXA 1XFBA 2CLEA 1M7OA 3NG3A 3TK7A 4LRSA 2EHHA 1RV8A 4WY0A 4LV9A 2DZXA 4Z1CA 3SECA 4B5NA 1E51A 2B7OA 2JGQA 3E0IA 3DENA 3ABRA 1KFJA 5T26A 3VFLA 2FPYA 5DXXA 3NZ1A 4C1LA 5KMYA 3TX9A 3QM3A 3W71A 3W7RA 1Z42A 1QO2A 2V0TA 3O6YX 4UTTC 3RMJA 4WY0F 3VE7A 1JCYA 1QOPA 3W7OA 2YW3A 3LHYA 5KINA 2D73A 5FEPA 3BGGA 1OFPA 2QR6A 3NL3A 1NF7A 2J9YA 4O0ZA 3HGSA 4O18A 1DJQA 4JXCA 4O15A 1OFOA 3SIZA 1SUXA 1OX4B 4JYDA 1G6CA 3LHZA 5HUOA 2DZSA 2WKJA 3N14A 1I2OA 1TB3A 4NZJA 4HNTA 4LT9A 1FY6A 2FLIA 1TIMA 3A23A 2C14A 1AK5A 3LCHA 4K8EA 3LV5A 1H1ZA 1OFDA 1DQWA 3OBKA 3WK3A 3TQKA 4PL1A 5DXYA 5D09A 2J27A 4JGDA 1GJPA 1J4EA 5FF2A 4JNMA 1F76A 3MI3A 2DZPA 1K8XA 1IGSA 3HGRA 3DFQA 2W79A 3PAJA 3WJSA 3LBMA 4FNSA 5C55A 1JCLA 4QQ3A 4LS1A 3V75A 5EMUA 3W7QA 5KZMA 2QCHA 5LHFA 1PVNA 2VC6A 2CZ5A 3LCFA 2ABAA 2OX1A 3BV4A 4N9EA 3CEPA 3NM3A 1QPQA 1N55A 4ZL1A 1PE1A 1UB3A 1LLWA 1F73A 3Q37A 3KHJA 4IMEA 4O10A 4NT0A 2WQPA 4AHOA 3S1WA 3D0CA 2VFHA 3MYOA 3L66A 4IUOA 4LS2A 3W73A 4PC8A 4FHAA 4PL2A 1EA0A 4AWUA 4K39A 1XBXA 3QQ1A 4DELA 5HR7A 5AYYA 1WBJA 4XKYB 4DQWA 3MBDA 4UMBA 4H3DA 5BOOA 4JTLA 1LZOA 3C61A 3TW7A 3N73A 4MYXA 1TO3A 4MPQA 3DI0A 5F2IA 4M19A 2B0MA 5CGQA 3F4NA 3MYPA 2Y7FA 4O53A 1I2NA 1I2RA 5LKYA 4WOZA 3AO0A 3RNDA 1R2RA 1H7XA 1UUOA 1KFBA 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 4OU1 A;  2Y63 A;  2Y7E A;  3TW6 A;  3SY5 A;  3PS7 A;  3W87 A;  3EB2 A;  3R5E A;  4UFM A;  1ZAI A;  3W1Q A;  8TIM A;  4YXG A;  4GC4 A;  3G0U A;  4XKY A;  3N9R A;  1O95 A;  1NAL 1;  1TV8 A;  5DCB A;  3HG2 A;  7TIM A;  3KVJ A;  5D2T A;  3V1P A;  3FYO A;  4NXS A;  3ZS4 A;  4K36 A;  4N6E A;  4JIQ A;  2F84 A;  1NEY A;  5FES A;  3S1U A;  4MY8 A;  2AAM A;  4LU0 A;  3FIG A;  1VS1 A;  1UAS A;  1LTD A;  3CT7 A;  4FNQ A;  2G96 A;  1Z41 A;  4A2S A;  2CLH A;  2QCE A;  3INP A;  3LRL A;  3UWV A;  1K3U A;  2ISS A;  3LHU A;  2ZDR A;  3DHD A;  3IIO A;  3C2R A;  3R2G A;  2PCQ A;  3TAK A;  4ADU A;  3W2J A;  2QCD A;  3W76 A;  1L2U A;  3P60 A;  4QNW A;  3PB0 A;  3M5Z A;  3TE9 A;  1XKY A;  4AWS A;  3P8I A;  1H63 A;  2G97 A;  4IGH A;  1ICQ A;  1FUY A;  2A1Y A;  2G95 A;  5DEL A;  3NQ2 A;  4DF0 A;  2QUV A;  2VEI A;  4OBT A;  3LI1 A;  2VFF A;  4N4P A;  2BSL A;  4O1B A;  5C2X A;  1QOQ A;  3E12 A;  1LRN A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2ZTJ A;  3DI1 A;  3HG5 A;  3DAQ A;  5ABF B;  4KWW A;  2XH4 A;  3FFS A;  2R14 A;  3VU2 A;  4UB9 A;  4DJF D;  3NQF A;  2PDF A;  3HTW A;  4GYJ A;  1TA3 A;  4Q7B A;  4EWN D;  1XIH A;  4DJE C;  4ZQP A;  2GOK A;  1W5Q A;  3HPZ A;  4UTW A;  1CWY A;  4A29 A;  1GKR A;  3H2N A;  4FIQ A;  4IM4 A;  2WVV B;  2FJK A;  4FLO A;  3UY7 A;  3MV1 1;  2VZV A;  1JUE A;  4QP0 A;  5A6T C;  3EB4 A;  4IP4 A;  3EXT A;  1WXZ A;  5IDZ A;  3VX1 A;  1BF6 A;  2KZH A;  1CB7 B;  4O8A A;  2I56 A;  3VGH A;  3L4V A;  1WZK A;  1MFV A;  2VC5 A;  4LH8 A;  2W91 A;  4W7W A;  5AEC A;  5FF7 A;  1A5S A;  2Z6J A;  2CLP A;  1FDJ A;  4WVX A;  5EU9 A;  1JCM P;  1SO3 A;  4X2P A;  4Z1B A;  4P7N A;  2ZA3 A;  3W74 A;  3RM9 A;  1V93 A;  1TMQ A;  2OQH A;  4PFH A;  5EBA A;  3PPH A;  1AQH A;  1NM9 A;  3B03 A;  4MF4 A;  5JMU A;  5K4Z A;  1KGX A;  1L6Y A;  3KL3 A;  4J2M A;  4LJ3 A;  3PAO A;  4EWJ A;  4BF9 A;  4D2J A;  2RFG A;  1TPE A;  4DWS B;  4MDO A;  4U4M A;  4J7R A;  1ITC A;  2NX1 A;  3FDG A;  2C0A A;  3G1R A;  3EA2 A;  4HD5 A;  1B31 A;  4QIS A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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