2X1S | Genus

Total Genus 90

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	90
sequence length	238
structure length	231
Chain Sequence	SKPQPIAAANSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAGNADALASLKDFGVNWIVLGHSERRWYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLAGLKPEFVDIIKATQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystallographic Binding Studies with an Engineered Monomeric Variant of Triosephosphate Isomerase pubmed doi rcsb
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE, GLYCOSOMAL
molecule tags	Isomerase
source organism	Trypanosoma brucei brucei
total genus	90
structure length	231
sequence length	238
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2010-01-04

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2x1sA00

2ZCGA 4GBUA 1FBAA 3QH2A 3ZR4A 4LV4A 4IPIA 1W31A 2NXHA 2RDWA 5D03A 2ATSA 1Z44A 3G3DA 2GJNA 3IGUA 5F2GA 1TTPA 3P5YA 3PWAA 3ZWTA 1H1YA 2DZUA 1I2NA 4QQ3A 2DZWA 1YXYA 2HTMA 5HNRA 1XCFA 1LRTA 4IX0A 1IF2A 3QRHA 2I14A 1KFEA 3EX6A 3HPSA 3WK3A 3L67A 3OVRA 1LOLA 1JCNA 4PTNA 3F4NA 1OX6A 1BWKA 3E0IA 3W7NA 3KRSA 4G1KA 3LOTA 1L2UA 4P61A 1KTNA 3NL2A 2YYTA 1AW5A 3LHZA 4ZL1A 1ADOA 1Z41A 3A5VA 3LV5A 4YXGA 1JQVA 3S1VA 5CKSA 1VCFA 2F84A 3ABQA 1SO3A 3NQ2A 1SW0A 5C5YA 1K7XA 5F1VA 5DBUA 1KV5A 1G6CA 4NJJA 3H53A 1SU5A 3UNDA 4GFSA 4Z08A 2QUUA 5AHIA 2NUXA 5K3VA 1OFAA 4H4IA 4HNVA 2A7PA 4UNKA 1P0NA 3LBMA 5LNUA 1VRDA 5DLCA 1M6JA 3G0UA 1WDWA 4K8EA 2ISSA 3W7PA 5H2ZA 3P67A 2CFFA 4KFOA 1OFEA 3U6WA 3R2GA 3NAVA 4TO8A 1ZALA 4UTWC 2PRHA 2TMDA 3NDOA 1K7FA 3MP3A 4LS2A 3TJLA 2FFCA 5I3KA 1I2PA 2GUUA 3I7SA 7TIMA 3GIYA 4QSHA 5L6UA 4MFEA 3W2MA 1IXOA 5K9DA 5K9CA 1KFBA 1RQEA 2J88A 3C52A 4JD4A 2YW3A 3B8DA 4GRSA 4OGZA 2HMCA 3DI1A 4UXDA 2QDGA 4MVAA 4OE7A 2Y7FA 1F6KA 2XN0A 1SSGA 1TB3A 3N2MA 1H50A 3P7YA 4QM1A 1HO1A 2C15A 1WBJA 1SFJA 3B0VC 4JGDA 3DHFA 3CC1A 3EWZA 1WX0A 3PULA 4HNTA 3TSBA 2ZRUA 1O5XA 3GX9A 3LTSA 1OJXA 2XN2A 3GDKA 2PC4A 3C4UA 4BK9A 3VCRA 5DELA 1FUYA 5C2XA 4HHPA 5BW6A 3NM3A 4LVDA 2YX0A 4RZ4A 2EF9A 4DPPA 1Z48A 2CW6A 4PCFA 4AVFA 2A21A 5L9FA 3L5MA 3QF0A 3FIGA 3TUUA 4N6EA 4DELA 3A9IA 4LOCA 3STCA 1YDVA 2H3DA 1R46A 4DXVA 1F74A 4MPQA 1NAL1 1YPFA 4NVTA 3G0XA 3W7DA 2QCGA 3E02A 3GXNA 3O07A 3L9CA 4ADUA 1KM6A 1YYAA 4RZ5A 3FA5A 3DKJA 4LUJA 5FESA 1X1OA 4O4WA 3BGGA 1FCQA 3QEZA 3G1HA 2FB3A 1G4PA 3W83A 5DN1A 3UD6A 3W7CA 4X2RA 1D9EA 4FXSA 2ZBTA 4PL1A 3KVLA 3E12A 1Q6QA 1YXDA 2VC6A 4JTTA 2GPTA 4M6QA 2H8XA 1I4NA 3RLVA 4TU1A 3MYOA 3UWVA 3F1QA 1YDOA 2O7SA 3QW4B 1JCYA 3EKZA 4AMAA 1H61A 2A85A 5DCBA 2VOMA 2R94A 1A5AA 1PVNA 3L0KA 3PB2A 3DFSA 4IJBA 3SI9A 3BGJA 5FF7A 3HMJG 3W1QA 4O1BA 3W7OA 1LOQA 1EX5A 3TAKA 2ZA2A 1S5VA 1EUNA 4UTMA 1VLIA 1EP3A 4NJHA 2EGZA 4OV4A 1UB3A 3LHWA 3R13A 3M5XA 5EL1A 3O15A 5FF2A 2OT0A 1XUZA 3B03A 5AYYA 2QCCA 3W3OA 3DFQA 1KM3A 3NQDA 4UTIA 5CZJA 4EWND 1CW2A 1OFBA 1BTMA 2FPTA 4IXXA 1F73A 3W7HA 4UTHA 5EA9A 3V75A 3TAOA 3BW2A 3CB8A 1KM2A 1LM1A 3O06A 2FDSA 5DCEA 4FHAA 3C2OA 3G1SA 1LBFA 1SO4A 4ORIA 2BZNA 2VXNA 2VFEA 4K37A 3LHYA 3IIZA 2ZRYA 3M5VA 1LRQA 1VLWA 3UY7A 3KOFA 1JVNA 3NG3A 2ZRWA 3O63A 1B4KA 1FDYA 1LOSA 2YGYA 4N9BA 4UFHA 1XC4A 3S5YA 1VCVA 3GNDA 3NQFA 3W71A 3QMRA 4RZ6A 5F2MA 1C29A 3M0ZA 3W7QA 2C14A 2C0AA 2ZA3A 1G4EA 3DZ1A 4PH6A 5I3HA 3HPXA 3TSMA 4FIQA 2H8ZA 4HKPA 4JXCA 3WJYA 3PR2A 2YW4A 4O1AA 3OHIA 4M5PA 1ZCOA 1AG1O 3PBVA 1U83A 3PC0A 1LTDA 1VZWA 4UTTC 3QW3A 3LERA 4FB7A 3AO0A 1GYNA 4J9JA 3TQ0A 3Q2DA 4AH7A 3W72A 5LNRA 1TTQA 3P60A 4NXSA 4O19A 1UBSA 3HG2A 2YYUA 1G67A 4BF9A 1LRNA 4NUWA 4O17A 2ABBA 2ZZ4A 4JTIA 4DO6A 4XWUA 1GWJA 3W1PA 3NXFA 2W6RA 5TQLA 5HWMA 3UY8A 2DZSA 3VNDA 3MBFA 1F05A 3IRDA 1XDMA 4JTEA 3FJLA 3EX1A 2B4GA 2V2CA 3WK0A 3TH6A 1LROA 1IXPA 4OU1A 5D2WA 3OVPA 1I45A 1FDZA 3MHUA 4HT3A 4MKNA 3RFAA 2AAMA 4N9EA 4S1FA 1EPXA 1R2SA 5FEZA 3HG5A 3LCFA 5LGZA 1DBTA 3TQVA 2ZZ6A 2IQTA 1JR1A 3W07A 2PRMA 4FNSA 1ME7A 4O0ZA 2KZHA 2VELA 4KWWA 1UASA 2Y62A 4JX5A 4M7TA 1TO3A 3UYCA 3P62A 4MYXA 4PL2A 4C1LA 3GZ3A 4GE8A 4Q32A 1HL2A 2GQAA 5LNSA 3NVTA 4PFMA 3EXSA 3S42A 1FXQA 4WD0A 1PE1A 2CZ5A 2QJHA 5KITA 2E6AA 1FX6A 3UPWA 4PODA 2OCZA 3ATZA 3N34A 3HO8A 4EF9A 3T40A 3S6DA 2Y7DA 5D05A 3HGOA 3JRKA 1EWDA 5HR6A 2B7QA 5CPOA 2JKAA 2CLLA 3W22A 3Q94A 3I68A 3INPA 3P8JA 4LNYA 1TPVA 1W1ZA 4TIMA 1W5PA 3KVJA 3C2FA 1HG3A 1VH7A 1KV8A 2Q8LA 3N73A 3HF3A 2HS6A 2P1FA 5U7SA 1EB3A 3DHDA 3W1TA 3LHUA 2RKXA 2QKFA 4K7YA 4MZ1A 3W1RA 4FX7A 2XFWA 4LVFA 1QO2A 3THAA 3GXPA 2NX1A 2ALDA 3PSWA 3W1NA 3E96A 4MLRA 3VFLA 3PF3A 4JN6A 4UFLA 3JS3A 3WJZA 4WQ6A 3FKRA 3SGZA 4HSOA 3G1DA 2DU2A 2Z2UA 5EYWA 1W5MA 5AHNA 3IVTA 3QMTA 3ANYA 3P61A 4A3UA 4Y8FA 3N19B 3KX6A 2NX3A 4IMCA 4UCGA 3WFAA 3N14A 1KA9F 2E5DA 3VE9A 3BARA 2OX1A 5FF0A 1KTCA 3IEBA 2V9DA 5CSRA 4JTUA 3PG9A 4Z0SA 3TU9A 5AC6A 3BV4A 1GOXA 1WAUA 5K4XA 5BMXA 4IGHA 1GPWA 3SIZA 3O6DA 3QPZA 1JUEA 1OF6A 4ZQOA 3LI0A 4UFIA 4WOZA 5TIMA 2H90A 3RK8A 5K7JA 3MP4A 1C8VA 2QCDA 1EUAA 4DO4A 4ORMA 4GJ1A 4N6FA 1AL7A 3W2LA 4R34A 2E09A 1VC4A 1K8YA 2FPYA 3MP5A 3NEVA 4O12A 2ZZ3A 2E68A 3LCWA 3BVJA 2QJIA 1SSDA 3U2OA 2Y63A 4IPJA 3M47A 2JBMA 1OFQA 3OBKA 4Y90A 1DJNA 3KVKA 4UR7A 5A8GA 2X1TA 4CNNA 3CLMA 1F76A 1SR9A 4QISA 2YZRA 2WV8A 4X9SA 3H55A 1AMKA 1GT8A 2VFFA 1FCBA 2WQPA 4N4PA 2QCFA 5CPMA 4HN4A 4WOQA 5F4WA 1TREA 3GKAA 4IMGA 4OHQA 1W37A 1Q45A 1H51A 1GVOA 4LVGA 3EXTA 3A5FA 2FTPA 3O6YX 5EPDA 3W85A 3IVSA 1EA0A 4LC8A 1QO5A 4RJEA 3USBA 4YCPA 3IVUA 3LHVA 3BG3A 1GYLA 3RLUA 5AYZA 4AWUA 4IMFA 3L68A 5EKYA 1HFBA 3LDVA 3TDFA 3K30A 4C1KA 4CQ9A 2WO5A 3RU6A 4ML9A 3LCGA 1DJQA 3SZ8A 4D2JA 5DXXA 4O28A 1KM0A 1SFLA 2GVJA 4MY9A 1M7PA 3G24A 5CSSA 2Q8ZA 1X1ZA 3MO7A 2Y61A 2X1RA 4JX6A 2G95A 4IX2A 2ZRVA 3I6RA 4M19A 5AHEA 3S0CA 3TXVA 1KM5A 2Z1BA 4A29A 3PBUA 3HGSA 3ZWSA 1MO0A 5F2IA 1YPIA 3UQNA 3P84A 4N4QA 2I1OA 3G1YA 1AL8A 4CLMA 1YADA 2Z6JA 1K03A 4O52A 4XKYA 2QCEA 3MJYA 4H6KA 4EOUA 1Y0EA 1FWNA 4YMZA 4U4MA 3QM3A 8TIMA 2C16A 5A5WA 2V81A 1MEWA 3GNNA 4NX5A 5KSWA 4UTLA 1OG0A 2NLIA 4LS1A 1DORA 3WJSA 1LORA 1UUMA 4AWTA 4WX2A 5DXYA 3R12A 4JYDA 2GVGA 5BMWA 3LM7A 1ME9A 4JX4A 3L66A 3TV8A 4AWSA 5G2IA 4FX8A 2QAFA 2X1SA 3IIPA 1EWEA 1J5TA 4UTKA 4UR8A 3TR2A 3W2NA 4UFKA 1KBJA 4UTWA 5EMUA 4GC4A 4O1CA 2CZEA 1ML1A 5D02A 3FFSA 3S1UA 3KRUA 1K8ZA 5K4ZA 1BKSA 3HJZA 1THFD 3P74A 3P80A 4UTUA 3DH7A 5LSMA 3JR2A 1ZNNA 4MIMA 4TX9A 3F4WA 1XUUA 2EKCA 3NO5A 4X3ZA 5HJLA 4HNNA 1R2TA 3NOEA 3RF9A 1WV2A 2FPVA 3M7WA 1T99A 4FEZA 1KM1A 1VCGA 3W1MA 3CM4A 2R8WA 3DENA 3A24A 4ZQPA 5G5IA 1S3HA 3HG3A 5IM51 1RQHA 1Q3NA 5DY2A 3TC7A 3W7GA 4XTDA 4O0KA 1IGSA 2CWNA 3I65A 2VEIA 4DPQA 3MBDA 1PCKA 2Y89A 3NPUA 4TMBA 2HSAA 1TPC1 3R8RA 1L6YA 1VR6A 1TTJA 3QSTA 5LNWA 5AHFA 3GKFA 3STGA 1F5ZA 2VEMA 3M9YA 2VFGA 4M7SA 4DBEA 4LTSA 3VI2A 1O94A 1SPQA 3IGXA 3PSVA 1IIHA 3EWUA 4IXHA 1W0MA 2A0NA 2V0TA 2ISWA 3GAKA 2EAWA 4UTJA 3UWQA 1GG1A 1OHLA 3TX9A 2PCQA 4NXKA 2AGKA 1TRDA 1UJPA 3EB2A 2J27A 3W87A 5LKYA 3L0NA 3NPVA 2Y6ZA 1QPNA 1W5NA 3G22A 3ATYA 2X16A 3SR7A 2A2IA 4L4MA 3QSRA 1ZAJA 3W75A 2Y85A 1SUXA 4NX0A 3QJAA 4AF0A 2ZRZA 3G3MA 3NQMA 2WNZA 2Z6IA 4A2SA 1JCMP 3CT7A 3DBPA 4RKAA 1V5XA 1YTKA 3W7IA 3NQCA 1TIMA 4K38A 3ZFHA 3UPBA 4MUZA 1VHNA 1VHCA 4S2CA 3N9RA 2HS8A 3EWXA 1FDJA 3RNDA 1W54A 4BWLA 1PCWA 2YSWA 4E0CA 4JYEA 3YPIA 4O1DA 2DZVA 5T26A 1A5CA 1CX9A 5J5DA 4N9DA 1H7WA 4ZMGA 4FNQA 2H3BA 2E6YA 3L21A 1MSSA 3SFKA 3BK0A 1RZMA 2NXGA 5FI8A 3V1PA 3CU2A 4LY8A 1OX4B 3W7MA 1N8FA 4RX0A 4QIUA 1SZGA 1XDLA 2DZTA 3UWWA 5G4EA 2CZDA 1IIGA 1P5BA 4LRSA 3G8RA 3S1XA 1PHWA 4MLJA 1DOSA 3FOKA 4UFJA 3W7RA 2ZRXA 1KBIA 4MZYA 5CPLA 3W6YA 3SW6A 2I9EA 4O16A 1EIXA 4CNOA 2V5BA 3QQ1A 2Y7GA 2BXVA 3HG4A 3S5ZA 1O95A 3LCIA 3LTYA 4H3DA 1JJKA 3HIJA 4GNJA 4ZQRA 3MI6A 3PUDA 4K6AA 4BI7A 2E1DA 1H7XA 2WSYA 4I7UA 1NSJA 2D73A 3TCEA 3G1FA 1PIIA 1K8XA 2CLEA 2VFHA 4JY9A 4DF0A 3I7QA 1TYGA 3NNTA 3CIWA 5CZTA 4JR5A 1P1XA 4E38A 1L9WA 1NEYA 4ZZ9A 3GLCA 3NPWA 4NJGA 4ICNA 1VS1A 3WJWA 1DQWA 1G69A 3G8EA 3L0GA 2XN1A 3KXQA 5D2TA 2A7NA 4JIPA 4DO5A 1X7FA 1B9BA 3BO9A 5D32A 1I8JA 4K7VA 3HPZA 1JULA 1ZHAA 1XKYA 4LVAA 4KKXA 3UZJA 3B06A 3W1UA 3TW6A 3W1XA 4GUJA 1SZEA 2RHGA 4UTTA 1QPRA 1TPB1 4NNBA 5TBOA 2QCHA 2E6DA 2A6LA 2WOQA 3L65A 1LYXA 1WA3A 1LCOA 2E77A 4K8HA 5C55A 5KZEA 4LRTA 4JTKA 5EY5A 1YTEA 3DFTA 4UNLA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2ZCG A;  4GBU A;  1FBA A;  3QH2 A;  3ZR4 A;  4LV4 A;  4IPI A;  1W31 A;  2NXH A;  2RDW A;  5D03 A;  2ATS A;  1Z44 A;  3G3D A;  2GJN A;  3IGU A;  5F2G A;  1TTP A;  3P5Y A;  3PWA A;  3ZWT A;  1H1Y A;  2DZU A;  1I2N A;  4QQ3 A;  2DZW A;  1YXY A;  2HTM A;  5HNR A;  1XCF A;  1LRT A;  4IX0 A;  1IF2 A;  3QRH A;  2I14 A;  1KFE A;  3EX6 A;  3HPS A;  3WK3 A;  3L67 A;  3OVR A;  1LOL A;  1JCN A;  4PTN A;  3F4N A;  1OX6 A;  1BWK A;  3E0I A;  3W7N A;  3KRS A;  4G1K A;  3LOT A;  1L2U A;  4P61 A;  1KTN A;  3NL2 A;  2YYT A;  1AW5 A;  3LHZ A;  4ZL1 A;  1ADO A;  1Z41 A;  3A5V A;  3LV5 A;  4YXG A;  1JQV A;  3S1V A;  5CKS A;  1VCF A;  2F84 A;  3ABQ A;  1SO3 A;  3NQ2 A;  1SW0 A;  5C5Y A;  1K7X A;  5F1V A;  5DBU A;  1KV5 A;  1G6C A;  4NJJ A;  3H53 A;  1SU5 A;  3UND A;  4GFS A;  4Z08 A;  2QUU A;  5AHI A;  2NUX A;  5K3V A;  1OFA A;  4H4I A;  4HNV A;  2A7P A;  4UNK A;  1P0N A;  3LBM A;  5LNU A;  1VRD A;  5DLC A;  1M6J A;  3G0U A;  1WDW A;  4K8E A;  2ISS A;  3W7P A;  5H2Z A;  3P67 A;  2CFF A;  4KFO A;  1OFE A;  3U6W A; 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