2X30 | Genus

Total Genus 83

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	83
sequence length	240
structure length	233
Chain Sequence	MSKLELLPAVDVRDGQAVRLVHGESGTETSYGSPLEAALAWQRSGAEWLHLVDLDAAFGTGDNRALIAEVAQAMDIKVELSGGIRDDDTLAAALATGCTRVNLGTAALETPEWVAKVIAEHGDKIAVGLDVRGTTLRGNGWTRDGGDLYETLDRLNKEGCARYVVTDIAPNLELLKNVCAATDRPVVASGGVSSLDDLRAIAGLVPAGVEGAIVGKALYAKAFTLEEALEATS

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__6367130005477524__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__6367130005477524__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2X30/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__6367130005477524__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"6367130005477524","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2X30/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__6367130005477524__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfddaa1d61b3b3d1a03b82f/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfddaa1d61b3b3d1a03b82f/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfddaa1d61b3b3d1a03b82f/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfddaa1d61b3b3d1a03b82f/pdb.gz): 152 ms

reading 233 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

233 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 22 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:232});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Streptomyces coelicolor
publication title	Identification and Analysis of Residues Contained on Beta --> Alpha Loops of the Dual-Substrate (Betaalpha)(8) Phosphoribosyl Isomerase a (Pria) Specific for its Phosphoribosyl Anthranilate Isomerase Activity. pubmed doi rcsb
molecule keywords	PHOSPHORIBOSYL ISOMERASE A
total genus	83
structure length	233
sequence length	240
ec nomenclature	ec 5.3.1.16: 1-(5-phosphoribosyl)-5-
pdb deposition date	2010-01-20

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00977	His_biosynth	Histidine biosynthesis protein

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2x30A00

4O1AA 1IIHA 3PG8A 1SW7A 1A5AA 3WK3A 4JEQA 2DJLA 1ZHAA 1HO1A 4XBSA 1H63A 1TTJA 4N4PA 4BI5A 3S1XA 1QWGA 4ZQRA 4QISA 1G69A 3QFEA 4O11A 1RV8A 2QUUA 5G2IA 4LRSA 1MEIA 4UTWC 2BWGA 5I3KA 1PV8A 1EIXA 3G0XA 3S42A 3ANYA 2J88A 3W2JA 1JR1A 4AAJA 4K7YA 2HS8A 3L5LA 5DY2A 1OFEA 3IIXA 3NL5A 4UCGA 1E51A 1GVSA 1Y0EA 3PR2A 2ZZ7A 3P81A 3LTPA 4QSHA 3TDFA 4CNPA 5KZMA 2QDGA 2J24A 3TQ0A 4ZZ9A 3C2OA 1VHNA 5D30A 5AOUA 3FYOA 1WA3A 3W7OA 3Q2DA 1YTEA 4OV9A 4O50A 1UUOA 1GEQA 2Z2UA 3DFQA 3KOFA 5AHLA 3W7DA 4I7VA 4QM1A 1N55A 1QPQA 3KHJA 4RZ4A 7TIMA 3HG3A 3P8IA 3ABOA 3UXDA 2R94A 1G67A 1OF6A 4A22A 3LV5A 4LS2A 1RVGA 3N73A 1B9BA 3SI9A 1IIGA 5AHEA 1AW1A 3ZFHA 4CNNA 3MYPA 5G4WA 4L4MA 3TSDA 1PS9A 3IVSA 3F4WA 4MZ1A 1F05A 4O13A 6ALDA 4HIBA 1TPFA 1R2RA 1W5MA 1Q6QA 1FWSA 3SR7A 1TTQA 2J27A 2O7SA 3OA3A 1JULA 2ZZ5A 3I7RA 3W83A 3QYQA 2Y6ZA 1OJXA 1OG0A 2DZSA 2Q3OA 3EEGA 1O5KA 2FDSA 3N14A 3KVJA 2FIQA 3PWAA 1F74A 1N8FA 3G1FA 5SWUA 3O15A 1EA0A 2D73A 3F03K 3NYZA 2Y88A 4N9DA 2CZDA 5LNUA 2CLHA 2QUTA 4G1KA 2A21A 5K7JA 3TH6A 5LNWA 1TTIA 2V9DA 4LOCA 3MHFA 3IGSA 4ZQNA 2RHGA 3L0KA 3EWWA 1T8XA 1KFLA 4P2VA 2YR1A 4UTTC 4JX4A 3O1NA 4Y9AA 3Q94A 1OHLA 2ALDA 5HULA 2GQ9A 2G97A 1EUAA 5CZJA 3W7JA 1F2JA 2FPTA 4FXSA 3W84A 4E2BA 4N9CA 1LLWA 1IXQA 3HPXA 4GUGA 4FO4A 3TV8A 1NSJA 5G2HA 1FUYA 4O19A 4TIMA 2QCGA 4LC6A 5G2WA 1A5CA 4NJKA 1SSGA 4NT0A 2FTPA 3O06A 5CZ0A 4RK8A 3M5YA 4LS1A 2J9XA 5TQLA 4OQVA 3S5ZA 4E2DA 4LVFA 2GJLA 2V2CA 3TW7A 4AHOA 3NG3A 5IBXA 4KWWA 3P60A 4QIUA 4X22A 3PSWA 5BMWA 2V0TA 2NXIA 1GZGA 5FF0A 3BG3A 4FF7A 2ABAA 1QNVA 3NL2A 2ZDRA 2E5DA 1LOLA 5C5YA 2JKAA 4GNJA 1TPEA 3ATYA 2HMCA 1NF7A 1LM1A 1YDOA 2LLEA 4K7VA 5AFDA 4Y8FA 3E02A 3QEZA 1KM3A 1H5YA 5HR6A 2V82A 3PAJA 1OFBA 5AC6A 5EKYA 3GLCA 3N2XA 5F4SA 3OVRA 1KBIA 4CLMA 1ZFJA 1XBYA 4M6VA 4JTJA 4O0KA 3IEBA 3UXAA 2ATSA 3G1AA 4O0ZA 1OFPA 1Q3NA 1W8SA 1GG1A 1KM2A 1QPNA 3A9IA 3R2GA 4IMGA 5BOOA 4LY8A 4UMCA 4RJEA 3C61A 4LC8A 4YLWA 3TR2A 3M1ZA 1TQXA 4M7SA 2GOUA 2WSQA 3PUDA 3M0ZA 3P8JA 5I3IA 2B7PA 4WX2A 3H53A 4O12A 1TSIA 3IIPA 3MJYA 1JQXA 3PUEA 4C1KA 3IIOA 1ZY9A 1SFLA 3HG2A 3GNDA 1EWDA 3IIVA 4XZ9A 3B0UX 3KXQA 3TNOA 3W88A 2IQTA 2NWRA 1FDYA 1FCVA 3P62A 5HUPA 2ZRVA 4LVBA 1M7PA 1YLVA 3MP4A 2B7QA 2CLEA 3W7GA 3W2LA 4NZFA 2EPHA 3EXRA 4DO6A 3CIXA 5K3VA 3W7CA 3RFAA 1EP2A 4OGZA 1L6WA 3W1AA 3BLEA 1VPXA 3B06A 1ZJIA 4OV4A 1KM6A 3OVPA 1GVFA 5FEZA 3MMTA 5AC8A 2YPIA 3T40A 3O6CA 4Q33A 3WJXA 1VRDA 3B0PA 1L6YA 3FKKA 3M7WA 5K4ZA 1QO2A 5E0KA 2BXVA 1MO0A 4IPIA 4FX8A 4DF1A 1YTKA 3G24A 1D3GA 5AC7A 3S1WA 3TSMA 2Y85A 3W86A 1FCQA 4CCCA 3DZ1A 4JN6A 4PCFA 3M43A 5D32A 3NQGA 3W23A 4O17A 5G1YA 2ISSA 1VS1A 4XUGA 1XFBA 4O14A 3SSJA 4PTNA 1EUNA 1W37A 3DGRA 3RLUA 3T78A 1QPRA 4IMCA 3CC1A 1W0MA 1FY6A 4WOQA 5I3JA 4YMZA 3W7EA 1J4EA 5D2TA 5K2ZA 3R8RA 4JTUA 3FJLA 4BK9A 3SZ8A 2B0MA 3M5VA 1SO4A 4N6EA 1KA9F 4ZVJA 2YDAA 3DI0A 1MSSA 4JYFA 3LHZA 1X1ZA 3M41A 2CWNA 3SFKA 2CZEA 3DH7A 5FF2A 1XCFA 3U8GA 5DBTA 3THAA 3S0CA 2E68A 2QCMA 4FHAA 4A3UA 3I65A 4HNVA 3DFOA 1O95A 3HO8A 4JTTA 3W2MA 3W7IA 1A53A 4I7WA 2NZLA 1GG0A 1KW1A 4UNLA 3L65A 1FWTA 3I6RA 3UY8A 2YYUA 2RH9A 2NUXA 2X1RA 3GKAA 4UTWA 2NV2A 2V8ZA 2YFOA 2VFHA 1NAL1 4FNPA 5DY3A 4RCXA 3BVJA 3QM3A 5DCBA 2YX0A 4O1DA 4UFLA 3DAQA 1OX6A 1EB3A 4O4VA 2B7NA 1VH7A 3RMJA 5DELA 3QQ1A 1ICQA 2XN1A 1DVJA 3FS2A 1KV5A 2Z6JA 1D3HA 4WZHA 4O8RA 4ADSA 4W9TA 3B05A 4BFAA 1SR9A 1T96A 2BSLA 3LLDA 2QCLA 5T26A 2DORA 1P0KA 3NDOA 1MEHA 3HMJG 4JNMA 4OBTA 4BI6A 1OX4A 5GVJA 3UNDA 3P74A 4WQ6A 1UUMA 2YCEA 1I4NA 1U5JA 3G0UA 1C9DA 4GRSA 1TPWA 2RKXA 1DJNA 3I7SA 3P82A 1OFOA 2H6RA 4BI7A 1WX0A 3NVTA 5LNVA 1K8ZA 2FPVA 3C56A 1F6PA 1RR2A 2EAWA 3DHDA 3F1QA 5D37A 3STEA 1H1ZA 2QAFA 1M7OA 3E9AA 1KTNA 4QJ1A 3D0CA 1ADOA 4IMDA 3QRHA 3S1UA 1AL7A 1KV8A 1QMLA 4I7UA 3CIWA 1TB3A 3NO5A 2ZBTA 5CG7A 3G3MA 1KLYA 4E0CA 1LP6A 3NQDA 2W6RA 3W07A 3HB9A 1O5XA 5HINA 3BV4A 3W7QA 3C2EA 1RPXA 4TU1A 1JCYA 3SECA 1JQVA 1H61A 2TSYA 2O7QA 3GXTA 1B3OA 4NX5A 1KTCA 4NU7A 3LERA 1OFDA 4UC5A 4AB4A 2PCQA 3UPBA 4IJBA 4EF9A 4JD4A 2A1YA 2VFDA 4YL2A 1H7WA 4ZQOA 2ZTJA 5CSSA 5CZTA 2WOQA 1K7FA 3G18A 4UMBA 1FWWA 2ZYFA 4O1BA 2GJNA 3BW4A 3HQ1A 4ZMGA 2P0OA 3KRSA 2VENA 1OFRA 4FEZA 4MLJA 5KZEA 3B0VC 2JKPA 3NAVA 3DI1A 2OMAA 3NOEA 2A0NA 4NJIA 2FB3A 3NQ6A 3W76A 2XN2A 3UZ5A 3PG9A 4N4QA 2H90A 2Y63A 2ATMA 2VEIA 2E5CA 3FYPA 2Y70A 5I3HA 1ONRA 4JYEA 3UWZA 1YPIA 2A2IA 3NPVA 4ZQMA 3HGRA 3W2KA 4WY0B 1WOAA 1HO4A 4KKXA 3TFXA 4N6FA 1KFCA 4WJEA 4ZQPA 1XBVA 3P61A 1GVQA 1L2UA 3W71A 1XM3A 4JR5A 3A5VA 2QAPA 3TQVA 2NUWA 1LDCA 4XKYA 1PCWA 2BLEA 1G4EA 2VFGA 4ZL1A 1EP3A 2OT0A 5DCDA 5EBUA 4IXXA 1G7UA 3GKFA 3QW3A 2GQ8A 3S6DA 2DZVA 4M6PA 3JR2A 5FEPA 2RDWA 3QQ0A 1XDMA 1O94A 4X2RA 2ABBA 2Y62A 2E1DA 2WO5A 5F1VA 4HSOA 3GR7A 2R91A 3GDMA 5E1QA 4ADUA 1XDLA 3B04A 2DZTA 3IVTA 4GC4A 2X30A 4ZQCA 2UV8G 3E0IA 1GVOA 1RQEA 2OCZA 1EP1A 1O4UA 2RFGA 5DBUA 2C1HA 3CPRA 4LV9A 3VFLA 3W22A 1SO5A 3L21A 4FXRA 4WY0A 1EX5A 1IXNA 1IXOA 2J9ZA 2NX3A 1HFBA 1SZGA 1M5WA 2QCHA 3LB0A 5F4WA 2OT1A 4XTDA 1RD5A 3C3NA 3I68A 4JS3A 1OF8A 1OK6A 4EWND 1H7PA 3TMLA 5AB3A 3EKLA 1KFJA 2P10A 4FX6M 4H3DA 2E6DA 2V5BA 1OFAA 5EYWA 3MWAA 1QFEA 4TMCA 4K36A 3TJXA 2XN0A 2JKEA 3QMRA 4AEOA 3NPXA 3W72A 3TA6A 5C6MA 2QCDB 1DOSA 3L2IA 3NNTA 3ZR4A 3STFA 4DF0A 1R2TA 2V81A 2ZA3A 5AHNA 3BPWA 5K9CA 5L6UA 2VOMA 4O16A 3BLFA 2OZ0A 5H2ZA 2VXNA 3TKFA 1LRQA 3DFSA 3NQMA 1VC4A 3USBA 3LTYA 3OHIA 3UWUA 1T0OA 3KX6A 4GXMA 3WJSA 2QEZA 5F1UA 4NUWA 3TAOA 1WDWA 3L0GA 1NEYA 3EX1A 5AHFA 3W73A 2AQWA 5J5DA 1ZCOA 4MZYA 4ADTA 3VI2A 3LBMA 4Z08A 2C0AA 1DV7A 5BNKA 1I2RA 3MYOA 3P67A 5HJLA 4AVFA 3B8DA 2ISWA 4O54A 4AF0B 1KFBA 3LDVA 4Q32A 3OVQA 1OX5A 4AH7A 2QCDA 1ME7A 2NUYA 5LZLA 4HN4A 5AYXA 3PM6A 4MLRA 4RZ6A 2YW3A 1ALDA 2ZCGA 2E6AA 3NQEA 3RF9A 3HBLA 4N2YA 5EMUA 1W54A 5D33A 1DL3A 3G22A 4H6KA 3QPYA 1YPFA 1DQXA 1H1YA 2B7OA 4TX9A 5FF4A 4FX7A 3DU0A 4UTIA 5G5IA 2ZQ0A 2C18A 4U28A 4JXCA 4ML9A 3CB8A 1ME9A 1TIMA 1TPH1 4LS0A 1DBTA 3YPIA 4O53A 1T99A 2FB2A 1QAPA 3T4CA 3TROA 4AWUA 4NXKA 1RQHA 1K8XA 5K4XA 2X1TA 4AF0A 4EVZA 1LOSA 1I8JA 5I3FA 1KFKA 4YCPA 4EOUA 3BGGA 3G1VA 1PL9A 2DZXA 4DBDA 1XC4A 3W7PA 3NA8A 3QZEA 3VKJA 5AYYA 4GE8A 3G1HA 2AGKA 4GUIA 1M6JA 3M16A 3T7VA 3NM1A 5BRBA 3H55A 3O05A 3L68A 4FNUA 1FWNA 2E5BA 3LCFA 2C14A 2G5WA 1ICPA 3EWUA 3EB2A 3PBWA 3L0NA 3S5NA 3QPZA 5KTLA 1SW0A 4ORMA 4O28A 4BWLC 5CKSA 2Y7EA 3GX9A 3U2OA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2X30A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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