2X8RA

The structure of a family gh25 lysozyme from aspergillus fumigatus
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
209
structure length
209
Chain Sequence
TTVQGFDISNHQKSVNFEAAKKDGAQFVMIKATEGTTYKDTVFNSHYTGATKAGLLRGGYHFARPDKSTGSTQAKFFLKNGGGWSDDNRTLPGMLDIEYNPYGATCYGLSHSQMVAWIHDFVNEYHHATSRWPMIYTTADWWNRCTGNAKGFGDKCPLVLAAYSSSPPKTIPGDWKTWTIWQNSDKYKHGGDSDKFNGPMTQLRKLASG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Structure of a Family Gh25 Lysozyme from Aspergillus Fumigatus
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords GLYCOSYL HYDROLASE
total genus 69
structure length 209
sequence length 209
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-03-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01183 Glyco_hydro_25 Glycosyl hydrolases family 25
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2x8rA00
5D9NA 2FH6A 5A6SA 1MYRA 4J3TA 2VMFA 5A2BA 3GTNA 4LGXA 1GHSA 1OT1A 3EMZA 2JF6A 3FW6A 2D23A 4AC1X 3WKZA 1J0IA 3U5UA 4W87A 2CBJA 3CZGA 1KFWA 3CMGA 3NSMA 1VENA 1GHRA 3EDEA 2XVLA 4CU8A 3GH7A 1C92A 5HOSA 4CCEA 4IPNB 4UFHA 4HOWA 8A3HA 1KR1A 4OIFA 5I78A 3WY1A 1NP0A 1OSEA 4PEEA 1KQYA 2HVMA 5M03A 1E3ZA 4M81A 3OIHA 3WNKA 3MUAA 2HISA 5E70A 4OKDA 5TD4A 2E4TA 3UERA 3LPOA 2WWCA 2CYGA 1MQRA 1H5VA 4D1JA 1MXGA 4FLSA 3ALFA 2NT0A 1UWIA 3WH7A 2ZUMA 5D8ZA 2WSKA 3W6MA 1R8LA 4PTVA 2W91A 3J7HA 4CN1A 3WBAA 4GI8A 1MVYA 2CBVA 4CD7A 1JYNA 3AHVA 4W84A 3TOPA 3BAJA 1CXEA 1JI2A 1NH6A 4XB3A 1DEDA 4NF7A 1EDGA 4LQ1A 2XSBA 3OGRA 2ZUTA 1L8NA 2VUYA 1U30A 4QDMA 4MTVA 3WNMA 4Q7NA 1HJVA 3WEZA 1XYFA 5GPRA 1QPKA 2X05A 1DWIM 1PJ9A 4TTUA 3KE0A 4F66A 3VX0A 2DGAA 1CPUA 2WLZA 3U7VA 4UFKA 3RM9A 5E6ZA 3THCA 2VVSA 5JIPA 3IK2A 1HIZA 2WBGA 1PAMA 2QPUA 5BYWA 1QVBA 2J8GA 2GUYA 4PBGA 3MSDA 2Y8VA 2AOSA 1UKPA 3CO4A 3RPMA 3NDZA 1HJQA 1XD1A 3DYMA 3ZJ6A 2PF0A 2CBIA 4GQRA 5A8MA 2CKSA 3GNPA 3AHYA 3UR7A 3ZQ9A 2J7DA 3RO8A 1LL6A 1E6ZA 4E2OA 5I77A 1VIWA 3VD5A 5M17A 4S3JA 1CEOA 1E73M 1OD0A 4JFSA 5CSYA 4DWSB 4D6JA 4P8WA 4AZHA 2WMIA 3VIJA 4B3KA 2X0HA 6TAAA 3QGVA 3WH8A 4F8XA 3NUKA 1KR0A 1G01A 4PMQA 1OCQA 3U57A 1E4IA 2C0HA 3AHZA 2CNCA 2BVYA 2DSUA 2QMKA 4H04A 4F9DA 1XHGA 3CZJA 2OYLA 2CXGA 1QW8A 3T0BA 2O9OA 2VCCA 4GPNA 2VI0A 5CLTA 1JZ4A 3E1F1 1B3ZA 1CZ1A 4TX8A 4B15A 1FH7A 1H0IA 2JE8A 1ISWA 2W63A 3KWXA 1XRVA 3VDBA 3II1A 1E70M 1J9YA 1GOKA 1J11A 5A8NA 3PZOA 4CVWA 2VR4A 2VNCA 2DDXA 3N17A 4J3XA 5DT7A 3VGHA 5JBDA 2OWXA 2XWEA 1B3XA 3WDJA 2VJXA 5IHSA 2ZXAA 2PBGA 4TOQA 1CGUA 3K4DA 4UTFA 2OYMA 4HMDA 3IJ7A 2G3MA 3MKKA 1NWTA 2BHYA 5HXMA 3SCNA 4HA3A 1HX0A 3ZM8A 1GZJA 4P8XA 4WSKA 3NSXA 3SUTA 3CHDA 4DWSC 5E0FA 1YQ2A 2E3ZA 4TVUA 3W26A 4D6CA 1JDDA 1FP9A 1B3VA 1EXPA 2YLLA 2XFRA 1JZ8A 1UZ4A 1XCWA 2ESCA 2EPKX 5A6BD 3AHXA 4AD2A 1TA3A 3VIHA 4KH2A 1HL8A 1E6NA 1QW9A 3LMYA 2BVTA 3AZRA 3SCVA 1XH0A 1XSJA 3WD1A 3N18A 1V02A 2ZX5A 5I24A 1X6LA 1B2YA 4D72A 5AYBA 3AHTA 3AS3A 3O9NA 1KCKA 5CG0A 4DWSD 4D6FA 3G6MA 1ITCA 4A3HA 3HN3A 3N15A 1BVZA 4CD5A 3BXWA 1JF6A 1KXHA 2WMHA 3W81A 3TTOA 3GXFA 4NI3A 5IFPA 1GVYA 1QNSA 3W0KA 3WMBA 1TG7A 1EDQA 1E0WA 2YLAA 2QV4A 3A4XA 2YOCA 5A94A 2WZEA 4QP0A 1NARA 4B16A 2VX4A 3WIJA 4P7RA 1BG4A 3CZKA 1Q4NX 5A8QA 3VMPA 4YHGA 3CMJA 3VOCA 1UH2A 3I3DA 3MMUA 3ZT6A 1DWJM 1CTNA 1R85A 3W29A 1RH9A 2IUZA 1E0VA 2E9BA 1XYZA 2A3BA 5HBFA 1X6NA 1YHTA 1E0XA 2O9PA 1CBGA 3QHMA 5A6JA 4EAMA 1CLVA 1UKTA 3BAXA 3APGA 1WCGA 1HXJA 1ISVA 1AQHA 1GQLA 3MO4A 1XSIA 3ZOAA 1WDPA 4MPKA 1Q6GA 3PZVA 4UCFA 3AISA 3SCQA 3OLDA 5CPQA 4UFIA 5EMYA 2WANA 4MNLA 3IANA 4FMVA 2WMIB 3B8SA 4JFUA 3WQ6A 2UY3A 3AJ7A 1LG1A 3WSUA 1R86A 3HJEA 2WW5A 3AIVA 3SUSA 4KGJA 3W37A 1E43A 2DSVA 1JAKA 3PN8A 4FLOA 1H09A 3ALGA 2GJRA 2XIIA 1I1WA 5A6AA 3BCFA 1CXFA 5I6SA 2FDMA 4X9YA 3AIQA 1C3FA 2WB5A 1HJUA 7A3HA 1V0MA 2XPKA 3WL1A 1V3LA 2Q8XA 4JL1A 1GOOA 2EPMX 3CUIA 1OIFA 2V5CA 4HA1A 4U31A 4MAVA 1OGSA 3M6DA 2J7BA 2YL6A 5D9OA 2QHAA 5FL1A 1VEMA 2ZXBA 1JZ7A 1HKJA 1B1YA 1Y7VA 2TAAA 4PYSA 2A3AA 4YN5A 4PRWA 1BVNP 2IXVA 1BFNA 1W3HA 4N0RA 1ODZA 4EE9A 2GDVA 3VGDA 3SCUA 1UD4A 4AZBA 3W82A 2WMFA 4KGLA 3NDYA 1BGAA 1JXKA 2W62A 4P7NA 2WC3A 1JNDA 4ZXLA 3VD3A 1BLIA 4AXNA 1KBKA 1CNVA 3WUFA 2YJQA 1Q6EA 1GNXA 4L4OA 5A1AA 4H2CA 1JZ3A 2ZUNA 4WKHA 3CHCA 1TA3B 1UR4A 3SCRA 2JEQA 2YA0A 3IJ9A 1ZBVA 3VMNA 3B9EA 1M53A 2XFYA 1W91A 4AD4A 1NP2A 2CEQA 1WZKA 1V02E 5E6YA 4F9JA 3F5LA 3ZO9A 5CSUA 1KB3A 1QBBA 3VIGA 4JFWA 3VM5A 1E6PA 3WUGA 2BY0A 4MADA 4AIOA 2XSAA 5A6BA 4HU0A 1H41A 2D24A 3PZIA 1SFSA 4PSPA 1B9ZA 1ZJAA 3PZMA 3WNNA 2WCGA 2CKRA 4BZYA 4PN2A 1NOUA 3ZSSA 1QNOA 3QOMA 2YKKA 3VD9A 4W5ZA 5LA2A 3PTQA 3KL0A 4IM4A 3SCSA 4PTWA 2FH8A 2JF7A 1W3LA 1W9BM 3OLEA 1M01A 1AVAA 1ZS2A 1R7OA 3BAIA 1BG9A 3D5HA 4B9ZA 4UZUA 2GSJA 1TCMA 2X2YA 4B3LA 1JIBA 1W9PA 3W6LA 4BCEA 5DF0A 4CD6A 1WDQA 4U5IA 2QLYA 4PMOA 4EKJA 1E1EA 1C93A 2CCRA 4QAWA 5JUVA 1UR8A 2PB1A 1PZ3A 1C7SA 4XV0A 3SURA 1US2A 2XVPA 3OA5A 1JYVA 2WMKA 1LWJA 2D0HA 3ZR6A 3ZIZA 4KMQA 2XM2A 5C70A 5JBEA 3AQUA 3VIFA 5KZ6A 3ZR5A 1FP8A 4JFTA 1MFVA 5A3HA 3I3BA 4AYSA 3WF1A 2BY2A 1SMDA 3IJ8A 1MQPA 3WF2A 3T2QA 2J7EA 2WVVB 1JNEA 1CGVA 2X8RA 2FGLA 4JFVA 3UG3A 4UOQA 1W2PA 2B31A 1UD8A 1Q6CA 4JKMA 1UR2A 3WNPA 4LYPA 1EQCA 4N42A 3B9AA 5DEZA 4M29A 3WH6A 4UZSA 3NJ3A 1EOKA 3VDCA 2YL5A 4JL2A 3K8MA 4CN6A 3ARRA 1JD9A 1HKKA 1J0YA 4CCCA 2EEXA 2XM1A 1S46A 3VU2A 3WD3A 4AW7A 1TMQA 3TTQA 4U3CA 5FL0A 3HU7A 3W28A 3GNRA 5A8PA 1LL4A 1OBAA 5KEZA 1XH2A 4BQ3A 4DUXA 3WL0A 2ZX7A 4BQ5A 4HTYA 2UY4A 4KRUA 1PZ2A 3PTKA 4UNIA 5DO8A 1J0ZA 2WMGA 1KXTA 2VQTA 4PCTA 3M07A 1BPLB 4A4AA 2DT3A 1E56A 1VFFA 1EDTA 3EDJA 1E6SM 3O2LA 4PMZA 2XIBA 1UWTA 1JXJA 3WELA 4ZE4A 1E40A 1U33A 5GQBA 4AD3A 1E4MM 5A6LA 2D3LA 4E8DA 2XHYA 1JDCA 3VNYA 3CUHA 1CIUA 4OOUA 3L4ZA 3DHPA 1W1VA 4ACZB 2E40A 3D3AA 4UR9A 4WKAA 2W61A 4HA4A 5BXTA 1V6VA 5E0CA 1CXLA 4M56A 1E6XM 5AC4A 3UCQA 2OSXA 3K46A 2WVTA 1JAEA 5BXRA 3AMGA 5F7UA 4RE4A 3WDQA 2VZSA 4AMCA 3NYDA 4Q22A 3UETA 4U2YA 1EA9C 5M3WA 1VRXA 4ATDA 2EPOA 4H7VA 1FA2A 1RPKA 4UOZA 1PX8A 1UHVA 3MU7A 1UKQA 1QBAA 3AMKA 4HOXA 2DSZA 4W88A 3VGEA 3OGSA 1EOMA 2D0FA 3L2MA 2DIJA 3MV11 4WLCA 1KQZA 3WNOA 2Y5EA 3GNOA 4GINA 1TE1A 3UG4A 3W24A 2ZUWA 1IZKA 1UQYA 5CLWA 2OYKA 1BF2A 2F8QA 4PTXA 1UKOA 5A8OA 1G9HA 1QHOA 5BROA 4M1RA 1BYDA 4NRRA 1C90A 3OLIA 1F4AA 3OGVA 4MJ4A 2WM0A 1VBRA 3HMCA 3S2CA 2BV9A 1K9EA 3L4VA 1ISXA 2WPGA 4LYQA 1UA3A 1JF5A 1V6WA 4PCSA 2YL9A 1UR1A 5ABHA 2ZWYA 3G6LA 5A2CA 5I0DA 1E71M 1UWRA 4AIEA 3FNDA 3WENA 1D3CA 3BSGA 2DSKA 3PZGA 4H8HA 3BMVA 1BQCA 3VMOA 2NSXA 3VINA 4ML4A 5D9MA 4QLJA 1LF1A 4CKQA 1JYXA 4HP5A 3AIWA 1UD3A 3GBDA 4MB4A 2QPSA 1KGUA 2PWEA 3BC9A 1XGZA 3F4VA 2WXDM 4H41A 3VGBA 4CN4A 4HMEA 2YDRA 2O92A 3CTTA 3U7BA 2GDUA 3NSNA 1A47A 4PMRA 1IZJA 2C7FA 3K1DA 1WE5A 1D7FA 4MDPA 1E6QM 1HJWA 1EH9A 1UUQA 3FN9A 2VX5A 1HF6A 2J7CA 3WEMA 3T2PA 1O6IA 4UQCA 2D0GA 1C8YA 3F5JA 4W7WA 1G0CA 4AD5A 4E4PA 1GJWA 4PMXA 1L0PA 4RE3A 2OSWA 2WNWA 1JDAA 1UD6A 2XGBA 3PTMA 1LG2A 4UFJA 3GXIA 3KL3A 3SEPA 4MJ2A 5D4YA 1CENA 5CPTA 3ARVA 4AZGA 5I3DA 1Q6DA 3W25A 1ECEA 2CESA 2D2OA 1TZ7A 2J7HA 2WYSA 4JKLA 4M80A 3RMEA 3WQ8A 1J0HA 3ARPA 3OZPA 5LA0A 3AMDA 3VUPA 2CERA 2WSPA 1W1PA 3KZSA 4B9YA 1V3MA 2DH2A 4LXFA 2E0PA 4M24A 1V6UA 2XWDA 1Q6FA 1W2VA 3EDDA 3WH9A 1ZBCA 1EHNA 1WNOA 1GOWA 1QI4A 3DC0A 3CH9A 3AMCA 2ZXQA 2EXOA 4C7FA 2VQUA 5M5DA 3SUVA 3VD4A 1C8QA 3O6AA 1EHAA 1FOBA 1IT0A 2G3JA 3LPGA 1W1TA 1WDSA 1CGYA 1VBUA 1OB0A 1K6AA 1IV8A 4QCEA 1UG6A 2J8FA 1VFMA 3U5YA 3SCTA 3RM4A 5HPCA 1UR0A 2ZUVA 2UWFA 3AS1A 1UH4A 4W8BA 5HNNA 1E3XA 2ZUUA 3IAPA 1FH8A 1VF8A 2FHCA 1AQMA 3MANA 2ZX9A 1HJXA 4OJYA 4WKFA 1C7TA 3ARWA 3BCDA 1UQZA 1OIMA 2WVVA 3T0AA 2WLYA 3RM8A 2EPNA 4UQAA 4TXEA 4LX4A 4D6GA 1KGXA 1GQKA 2VOTA 1JZ6A 3WF0A 4P8UA 3GYCA 2WCSA 2F61A 1E72M 1QI3A 2CIPA 5ABGA 2XYLA 4OBRA 1MXDA 2YBTA 5AYIA 1B3WA 1QNRA 4TVDA 2FHBA 3SUWA 2PWFA 1CWYA 2J62A 3AIBA 3PZUA 1K9FA 2ZX6A 4CU6A 3M46A 1CGTA 3ARQA 3CUFA 3FXYA 3TONA 5A2AA 2VC9A 3ZT7A 1DP0A 1QNPA 1AQ0A 1EQPA 3KL5A 5CXPA 3QOKA 4AY1A 1SR0A 3ARXA 2IXUA 1R87A 1WKYA 1E5JA 3VTRA 1PIGA 1DWFM 4BA0A 2DT1A 5E09A 1DWAM 2WAGA 1QNQA 2VCAA 3NIYA 2CHNA 1CGWA 1JG9A 2J7GA 3A4WA 4MAZA 2OLHA 3ZT5A 3ZSTA 4GI6A 1DTUA 1UA7A 4P7OA 2PC8A 2VRQA 1E55A 3L2LA 8CGTA 5ABFB 4MB5A 4HZ7A 1EO7A 1H1NA 1OINA 2JIEA 5CJ5A 2DEPA 3CHFA 4J7RA 3VX1A 4PMVA 1MQQA 5FOOA 1BYBA 3MUY1 4D6DA 3AICA 3BAWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5D9N A;  2FH6 A;  5A6S A;  1MYR A;  4J3T A;  2VMF A;  5A2B A;  3GTN A;  4LGX A;  1GHS A;  1OT1 A;  3EMZ A;  2JF6 A;  3FW6 A;  2D23 A;  4AC1 X;  3WKZ A;  1J0I A;  3U5U A;  4W87 A;  2CBJ A;  3CZG A;  1KFW A;  3CMG A;  3NSM A;  1VEN A;  1GHR A;  3EDE A;  2XVL A;  4CU8 A;  3GH7 A;  1C92 A;  5HOS A;  4CCE A;  4IPN B;  4UFH A;  4HOW A;  8A3H A;  1KR1 A;  4OIF A;  5I78 A;  3WY1 A;  1NP0 A;  1OSE A;  4PEE A;  1KQY A;  2HVM A;  5M03 A;  1E3Z A;  4M81 A;  3OIH A;  3WNK A;  3MUA A;  2HIS A;  5E70 A;  4OKD A;  5TD4 A;  2E4T A;  3UER A;  3LPO A;  2WWC A;  2CYG A;  1MQR A;  1H5V A;  4D1J A;  1MXG A;  4FLS A;  3ALF A;  2NT0 A;  1UWI A;  3WH7 A;  2ZUM A;  5D8Z A;  2WSK A;  3W6M A;  1R8L A;  4PTV A;  2W91 A;  3J7H A;  4CN1 A;  3WBA A;  4GI8 A;  1MVY A;  2CBV A;  4CD7 A;  1JYN A;  3AHV A;  4W84 A;  3TOP A;  3BAJ A;  1CXE A;  1JI2 A;  1NH6 A;  4XB3 A;  1DED A;  4NF7 A;  1EDG A;  4LQ1 A;  2XSB A;  3OGR A;  2ZUT A;  1L8N A;  2VUY A;  1U30 A;  4QDM A;  4MTV A;  3WNM A;  4Q7N A;  1HJV A;  3WEZ A;  1XYF A;  5GPR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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