2X8RA

The structure of a family gh25 lysozyme from aspergillus fumigatus
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
209
structure length
209
Chain Sequence
TTVQGFDISNHQKSVNFEAAKKDGAQFVMIKATEGTTYKDTVFNSHYTGATKAGLLRGGYHFARPDKSTGSTQAKFFLKNGGGWSDDNRTLPGMLDIEYNPYGATCYGLSHSQMVAWIHDFVNEYHHATSRWPMIYTTADWWNRCTGNAKGFGDKCPLVLAAYSSSPPKTIPGDWKTWTIWQNSDKYKHGGDSDKFNGPMTQLRKLASG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title The Structure of a Family Gh25 Lysozyme from Aspergillus Fumigatus
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLYCOSYL HYDROLASE
total genus 69
structure length 209
sequence length 209
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-03-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01183 Glyco_hydro_25 Glycosyl hydrolases family 25
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2x8rA00
3MV01 2VZVA 5ABFB 1DWJM 2DT0A 3FAWA 1MW2A 2GDVA 5KEZA 5IFPA 2GK1A 2UY5A 1Z32X 3BXWA 4AZIA 4EE9A 2O9RA 5M5DA 2E9LA 1OGGA 2WLYA 3PTKA 3SIMA 1QI2A 2EJ1A 3ZT5A 5A6MA 1E6QM 1PZ2A 1VRXA 5JIWA 3NSMA 1O7AA 2BNJA 2J7GA 2GFTA 3VKKA 1P6WA 2ZX5A 2IXUA 3RIKA 3EDEA 4P8WA 3TTQA 1UA3A 1UD4A 3ZSSA 3VD3A 1V0MA 3FXYA 4OOUA 1Y7VA 4AC1X 1E71M 4XB3A 1CXFA 4AIEA 3UG5A 4UFHA 2J79A 1JZ7A 3O6AA 3DYMA 1NARA 2D3LA 3ALGA 3SCOA 4LYRA 5CG0A 1UWSA 1KGWA 2PWGA 3TTYA 3KZSA 4PTMA 4QCFA 3BSHA 4JCLA 2J7EA 1XC6A 2EPNA 3LPPA 2WKGA 1HJXA 4JFUA 2ZX8A 2V5CA 2QPUA 2YL9A 4PTWA 2OSXA 3VX1A 3VU2A 3WDQA 1BYCA 1UH2A 3M07A 1XD1A 5AC5A 1KXHA 4NI3A 2PF0A 4R5EA 4CU6A 2YL8A 3GH7A 4W84A 1UR2A 4UOJA 1GOMA 1KBKA 3THDA 4MDOA 5E6ZA 1GORA 4U33A 4MDPA 3CUIA 4MB3A 1GW1A 2D0HA 2X05A 4ZE5A 3WNLA 2ZUNA 3DYPA 3N13A 1NWRA 1J0HA 2ESCA 4LYQA 1E4NA 4B3LA 1BGGA 1ZBCA 1NOFA 5DFAA 4D6FA 5A6KA 2XPKA 4PMOA 2DDXA 4H2CA 2J4GA 4HU8A 4FLOA 1E6PA 3VDBA 3ARZA 3BLKA 1I1WA 1HKKA 1K9FA 1FP9A 3W38A 2ZUTA 1TG7A 2PWHA 1E43A 4UFKA 3AS1A 1WPCA 5F7UA 4AZHA 3VIFA 3WQ5A 3WUBA 1V0LA 3NSNA 2W63A 3VDHA 4B3KA 4ACZB 2QF8A 2ZXBA 5A8MA 4W86A 4U3CA 2EXOA 2RGLA 5D4YA 4EAMA 4CVUA 1HL9A 3WEMA 5C70A 3OLEA 1JXKA 2VL4A 5M03A 2WVSA 1DHKA 2VC9A 2D1ZA 2E9BA 1XCXA 3AHXA 3GBDA 5ECUA 6A3HA 2J77A 1CBGA 3NSXA 1TUXA 3BAWA 4HA3A 3MUIA 1WP6A 1IZKA 4C7DA 2D20A 2J7FA 1ISWA 2VZTA 4C7FA 1NM9A 2XVLA 1DTUA 1SR0A 3AIEA 1XYZA 3AS3A 2ZE0A 1HP5A 2Q8XA 4HZ8A 1D3CA 2O9TA 4JL1A 3AIRA 2ZXAA 4WK9A 3B9DA 4CCCA 1N82A 2XWDA 3W25A 2YA2A 4EKJA 5FL1A 3CTTA 4JKLA 2XSBA 2ZWYA 1GHSA 1TMQA 1AQHA 3UEQA 2YA1A 2VZOA 4URIA 4MNKA 1OT1A 2CESA 4ACYA 4KGLA 5CSUA 1E5JA 2XVNA 2W62A 2GSJA 2PWEA 2XM1A 5CXPA 1E6RA 1HNYA 2XWEA 3TP4A 3AMGA 3KL0A 3WD3A 1UR9A 5DF0A 1C91A 3CH9A 4UFLA 4DUWA 1NOWA 1UH3A 1G0CA 1E4LA 4QAWA 4HOWA 3BGAA 3CPUA 3F4VA 5DEZA 5CGTA 3W4RA 2CBJA 1YHTA 1U2YA 3NDZA 3L4YA 3S2CA 4IM4A 1R87A 1UKOA 1XSIA 7A3HA 4J27A 3WDIA 3BMWA 4X0VA 5GNYA 1KXQA 2D3NA 1ITCA 2Y24A 5E09A 3VUPA 2VRJA 1RP8A 1HXJA 5D9PA 1NP2A 3N04A 4PTVA 1ITXA 3M46A 2WCGA 4CGTA 3BAXA 3QR3A 1BLIA 1US2A 2IXVA 2D22A 4P7LA 1EQCA 1JI2A 3VM5A 1VJZA 2FGZA 4J28A 4Z2JA 1FP8A 3F5JA 3FHAA 3L2MA 3T0AA 4ZXOA 2F8QA 1OGSA 3WQWA 1QPKA 3WEOA 4AXNA 1CXLA 3TTSA 3L4ZA 4DM2A 1X1NA 1H11A 4MB1A 3N17A 5D9NA 4HMEA 5I24A 4QLJA 1CLVA 4B15A 1FOBA 1MYRA 2IUZA 2G3NA 1LL4A 1W9DM 3VNYA 1J18A 1UD3A 3DHUA 1MFUA 3B9EA 2WSPA 2DIJA 3WH8A 1W1PA 3AHTA 4MNLA 4CN4A 3AZRA 4RE4A 7TAAA 1V3KA 1WAWA 3IJ7A 2J62A 1VBRA 5I3DA 2YIHA 4OJYA 1HKJA 2WK2A 1WO2A 2QHAA 1JAKA 1CNVA 1E6XM 1JZ5A 4DUVA 1UQYA 4FLQA 1C3FA 3PTQA 3VMPA 4WSJA 1HJQA 2JFEX 3MMDA 4PYSA 1JZ8A 2WCAA 5A2BA 4HA4A 3ZJ6A 2O92A 2BHUA 4JFWA 3BAIA 5A6BA 3UCQA 3AXHA 2XVKA 3GXMA 3OZOA 1IV8A 3WELA 4YHEA 2CBUA 1HT6A 1HIZA 2OSYA 1EHNA 2A3HA 5BRPA 3RJYA 3D5HA 1QNPA 1Q6GA 2WHKA 2WHMA 4PMUA 2FHBA 3PZUA 1SMDA 2WHLA 4AISA 3PZTA 1QI5A 4TXEA 1QHPA 4B9ZA 3VD5A 4Z2GA 1EOMA 4UQAA 1WCGA 3BH4A 2YLLA 1EOKA 1ISXA 1V02E 2VX6A 1E55A 5A6BD 1UR1A 1QBBA 2GDUA 1SYTA 4KWUA 3PZMA 3K4AA 1GNXA 2JIWA 2V3DA 1LJYA 1G94A 4D6JA 2UY3A 2PBGA 1UG6A 1UKPA 2WAGA 3L4TA 1GONA 3O2LA 3WMCA 1LLOA 1D2KA 4UQDA 3VX0A 4PMVA 1PIGA 3ALFA 2G3MA 1DEDA 1V08A 2PBOA 2V3GA 2O9OA 4WSKA 5CLTA 1QHZA 2X0HA 1HF6A 1J0IA 3ARPA 5BROA 1QHOA 5AYIA 5I6SA 4XV0A 5HPOA 4J3TA 4H41A 1F4HA 1US3A 2OWCA 3WH7A 2WVTA 4Q7NA 2V3EA 1VAHA 3W53A 4XX6A 3CBWA 3PN8A 4UOQA 1TA3A 4Z2LA 1QI4A 3FNDA 1CPUA 3QHMA 4E4PA 3CMJA 1B31A 1AMYA 1MVYA 1B0IA 1J01A 1W32A 2J78A 1GOIA 2DGAA 2JALA 3DC0A 3BCFA 2EO7A 4CU8A 1XSJA 1AQ0A 4Q22A 1CENA 5I23A 5CPTA 2VI0A 3BAYA 1MW0A 1M53A 3EDKA 1CGVA 4PBGA 3ZR5A 2WVVB 2FH6A 5ABGA 2DEPA 2CKSA 4GXPA 3ZT7A 1LL7A 3ARXA 1B3VA 3WN6A 3WFZA 4MJ2A 1C93A 1EO7A 1TR1A 2UY2A 1LWHA 4GQRA 1BQCA 4P7RA 3ARWA 3EDJA 1OIMA 1LF1A 1W9PA 2VUYA 3ZJ8A 1U30A 1E72M 4PEEA 2VQUA 1KXTA 3MSGA 1V3JA 1ECEA 1R85A 2E0PA 3L2LA 1V6UA 1KQYA 1K9DA 5AC4A 3CHCA 1GOQA 2J75A 1UWIA 4U5KA 3F5KA 2WXDM 1G1YA 2WHJA 3NYDA 2DSWA 3DECA 1OWQA 3W28A 5M3WA 3IJ9A 5CQ1A 1OSEA 3DYOA 4TTGA 2WANA 3AISA 3IK2A 1UD5A 3L4UA 2J74A 4HP5A 1JZ4A 3RO8A 3APGA 2V38A 4MAZA 5IFTA 1FFRA 1CXKA 1QNOA 2CBIA 1CXEA 1IZJA 3N15A 3VO0A 4MPKA 4DUXA 3N1AA 5ABHA 4UCFA 3F5LA 2VVSA 4QCEA 2YBUA 2GJXA 4ZENA 3RILA 2BXZA 4HA1A 1JYNA 1ZU8A 4P7QA 2RGMA 1W9UA 3GNRA 1CDGA 5I0DA 4BCEA 3OBAA 3VILA 1CEOA 3NDYA 1KGUA 2DT1A 3N9KA 4IPLA 3VINA 3AMDA 1BAGA 4P7NA 5EMYA 2A3CA 4HZ6A 4UQCA 2WZHA 2Z1SA 4L4OA 3UG4A 2CIPA 3UESA 3VD7A 4ZEPA 3LPGA 4KH2A 4HPGA 2WMIA 5BXRA 1B1YA 3FW6A 3GXDA 9CGTA 2G4FA 2FH8A 1M04A 4GKLA 2J25A 1RH9A 4CU7A 1H3GA 2BV9A 3CUJA 4BS0A 1G9HA 3CZ8A 4AWEA 3QHNA 2E40A 1MXDA 4NRRA 5E0FA 3T2QA 4BQ4A 4AZ5A 1VFMA 2HISA 3HJEA 3WUEA 5I5RA 4JZ5A 4GZEA 1M7XA 5BCAA 1CLXA 1Q4NX 1BG9A 3W6LA 3T2OA 1HVQA 2YJQA 3QOKA 3CZGA 1ZS2A 1WB0A 3NIYA 1JDAA 1WDQA 2VZSA 1BHGA 1V6YA 4LXFA 4M24A 2PWFA 3EMZA 3D3AA 3FHQA 5E6YA 3A6OA 2F2HA 2JF7A 4ATWA 3AZSA 3ZQ9A 1NP0A 3T0BA 3WQ4A 5C71A 3W26A 1ZJBA 3MUAA 3SCPA 4X9YA 3HN3A 2C0HA 2VT0A 1AQMA 2DT3A 2XIBA 3PZIA 4U31A 1V6XA 2WC7A 2Y2WA 4OZOA 3W27A 5BXTA 3VNZA 1GJWA 2VCBA 2JE8A 2XYLA 4PSRA 3RCNA 1E0WA 2WMFA 3G6MA 4W85A 1H0IA 4P8XA 3TOPA 5CPQA 1ZB5A 4JL2A 3U7BA 4UOZA 3WH9A 2CERA 5LA2A 1RP9A 4AY1A 5A8PA 3SURA 4HU0A 1CGUA 1LWJA 4RL3A 3ZM8A 4J3WA 1XCWA 4LYPA 3OB8A 4M81A 3CZKA 3M7SA 3PZ9A 3EMCA 4UZUA 1QW8A 3AFBA 4W8LA 4E8DA 1H1NA 1E6ZA 1H2JA 2VR5A 4NZCA 5LA0A 2DH3A 5I77A 3EDFA 2Y5EA 4OIFA 4Z2HA 2VURA 2QLYA 2WMJA 4PN2A 5AY7A 4UFMA 3QOMA 2DSVA 4W5UA 4U2ZA 4BQ2A 4PMNA 3CZLA 2ZX7A 4V28A 1TE1A 3ZO9A 1HL8A 4X0NA 2XFRA 1E4IA 1WE5A 1V02A 1FH7A 4PRWA 1J0YA 2EBNA 1JI1A 4PMDA 1OCQA 1J11A 2PC8A 1EGZA 1XH2A 1V6VA 4W93A 3SCWA 1QNQA 4QLKA 2OWWA 1XHGA 3VDCA 3ZIZA 4TVDA 6TAAA 2W91A 1UQZA 4H8UA 3AZTA 3SEPA 5ABFA 7CGTA 3ECQA 2YDRA 4U5IA 4F66A 3PZVA 3W6MA 5A95A 2XG9A 1FH8A 1W3HA 3WBEA 1B3WA 4PTXA 1UD6A 6CGTA 1WZMA 4ML4A 1W2PA 4OBRA 2TAAA 3WDJA 3OLIA 4OUEA 5CSYA 5JBDA 1V3MA 1GVYA 4FF5A 3GNPA 4PMQA 1VENA 2VCAA 2XFYA 3ZSTA 1NH6A 1C7SA 4YN5A 3ZT6A 1DWGM 5HDRA 4EANA 2XGBA 2W4XA 2WSKA 4HMDA 1ZBVA 1V6WA 4UTFA 1XRVA 1BPLB 1KQZA 2CYGA 3K4DA 2G3JA 3CHEA 3WY1A 1B2YA 1B3YA 1E5NA 3CHFA 4TVCA 1E3XA 5LA1A 2QMJA 1EA9C 1UHVA 3WD2A 1TZ7A 4J3XA 3CHDA 1J12A 3U5YA 3GBEA 4AW7A 2ZX6A 1QI0A 5JBEA 2DSUA 4LGXA 1WNOA 3MUY1 3U7VA 2OYMA 5EBAA 4QDMA 4AEEA 3VIKA 1JGIA 1K9TA 2W92A 2XVGA 4BA0A 1ISZA 2ZX9A 3W82A 1GQJA 4KGJA 4A3YA 4W88A 5KZ6A 3SCVA 3SUSA 5CLWA 2J7CA 1KR1A 1I75A 3PZGA 2WBKA 2X1IA 1HP4A 3WEZA 1K6AA 4GZIA 4NSBA 3WFLA 1W1TA 4WIWA 2X09A 4D6GA 2BY0A 3J7HA 3I3BA 4DWSB 2E3ZA 5HPCA 3WL1A 4MNMA 4PCSA 4MJ4A 5E9AA 1H41A 1FA2A 2WCSA 5A6AA 3B8SA 2BFGA 2GJPA 2XUCA 4CVWA 1QNSA 2VX5A 3CUGA 5BYWA 1MFVA 1OB0A 3TA9A 3WQ6A 1HVXA 4MTVA 5A8OA 2EQDA 4P7OA 1E15A 3CMGA 3KEHA 1UUQA 4JFSA 2UY4A 4UQ9A 4RE2A 3SUUA 2WWCA 2JIEA 2VMFA 1E4MM 4UFIA 1E1FA 3WQVA 2WMKA 3AROA 3WNOA 1W9VA 3EDDA 5E70A 4ACZA 3PTMA 1CGYA 4HOZA 2YDSA 1OIFA 1JF5A 4TOQA 3TONA 1M01A 2OYKA 3EMQA 3SCNA 3BC9A 2BY3A 2WC4A 3UR7A 1EXPA 1S46A 3WNMA 4AZ7A 4D6IA 3BLPX 2OLHA 1PAMA 1Q6FA 3IJ8A 2Y4SA 3OIHA 1JF6A 2EPOA 1PIFA 5D8WA 1WDRA 4GI9A 4GZJA 1BF2A 3ARUA 3SUVA 1JXJA 2WB5A 1DWFM 1B90A 4BZYA 2GK1B 4PMYA 1GQLA 1DWAM 2D0FA 3ARQA 3ARRA 2CHOA 3GYCA 4BQ5A 4MAVA 2E8YA 3VIMA 4D72A 2DSKA 2VRKA 1JDCA 1DWHM 4W89A 1EO5A 2B31A 1HX0A 1NQ6A 1BYBA 3MMWA 4V27A 2BVTA 2CEQA 3PHAA 1DWIM 1OBAA 4KRUA 1UKTA 1JD7A 1UKSA 3IANA 1RD6A 1H4PA 2OYLA 3RM4A 3WD1A 4P8VA 2VCCA 2YDQA 2ZICA 4J3SA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3MV0 1;  2VZV A;  5ABF B;  1DWJ M;  2DT0 A;  3FAW A;  1MW2 A;  2GDV A;  5KEZ A;  5IFP A;  2GK1 A;  2UY5 A;  1Z32 X;  3BXW A;  4AZI A;  4EE9 A;  2O9R A;  5M5D A;  2E9L A;  1OGG A;  2WLY A;  3PTK A;  3SIM A;  1QI2 A;  2EJ1 A;  3ZT5 A;  5A6M A;  1E6Q M;  1PZ2 A;  1VRX A;  5JIW A;  3NSM A;  1O7A A;  2BNJ A;  2J7G A;  2GFT A;  3VKK A;  1P6W A;  2ZX5 A;  2IXU A;  3RIK A;  3EDE A;  4P8W A;  3TTQ A;  1UA3 A;  1UD4 A;  3ZSS A;  3VD3 A;  1V0M A;  3FXY A;  4OOU A;  1Y7V A;  4AC1 X;  1E71 M;  4XB3 A;  1CXF A;  4AIE A;  3UG5 A;  4UFH A;  2J79 A;  1JZ7 A;  3O6A A;  3DYM A;  1NAR A;  2D3L A;  3ALG A;  3SCO A;  4LYR A;  5CG0 A;  1UWS A;  1KGW A;  2PWG A;  3TTY A;  3KZS A;  4PTM A;  4QCF A;  3BSH A;  4JCL A;  2J7E A;  1XC6 A;  2EPN A;  3LPP A;  2WKG A;  1HJX A;  4JFU A;  2ZX8 A;  2V5C A;  2QPU A;  2YL9 A;  4PTW A;  2OSX A;  3VX1 A;  3VU2 A;  3WDQ A;  1BYC A;  1UH2 A;  3M07 A;  1XD1 A;  5AC5 A;  1KXH A;  4NI3 A;  2PF0 A;  4R5E A;  4CU6 A;  2YL8 A;  3GH7 A;  4W84 A;  1UR2 A;  4UOJ A;  1GOM A;  1KBK A;  3THD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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