2XFF | Genus

Total Genus 188

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	188
sequence length	486
structure length	486
Chain Sequence	NVKGNYVQVYVMLPLDAVSVNNRFEKGDELRAQLRKLVEAGVDGVMVDVWWGLVEGKGPKAYDWSAYKQLFELVQKAGLKLQAIMSFHQCGGNVGDAVNIPIPQWVRDVGTRDPDIFYTDGHGTRNIEYLTLGVDNQPLFHGRSAVQMYADYMTSFRENMKEFLDAGVIVDIEVGLGPAGEMRYPSYPQSHGWSFPGIGEFICYDKYLQADFKAAAAAVGHPEWEFPNDVGQYNDTPERTQFFRDNGTYLSEKGRFFLAWYSNNLIKHGDRILDEANKVFLGYKVQLAIKISGIHWWYKVPSHAAELTAGYYNLHDRDGYRTIARMLKRHRASINFTCAEMRDSEQSSQAMSAPEELVQQVLSAGWREGLNVACENALPRYDPTAYNTILRNARPHGINQSGPPEHKLFGFTYLRLSNQLVEGQNYANFKTFVDRMHANLPRDPYVDPMAPLPRSGPEISIEMILQAAQPKLQPFPFQEHTDLPVG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
publication title	Chemical Genetics and Cereal Starch Metabolism: Structural Basis of the Non-Covalent and Covalent Inhibition of Barley Beta-Amylase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	BETA-AMYLASE
total genus	188
structure length	486
sequence length	486
ec nomenclature	ec 3.2.1.2: Beta-amylase.
pdb deposition date	2010-05-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01373	Glyco_hydro_14	Glycosyl hydrolase family 14

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2xffA00

4CVUA 1CGVA 2J8FA 1KWGA 2ZUNA 3WMSA 5AYBA 3SUUA 2Y5EA 3L2MA 4PTMA 2FH8A 3VX1A 2DDXA 3MUZ1 2CESA 3PZVA 1KXHA 1GPFA 4ACZA 2VQTA 1V03A 1UR0A 5CQ1A 4UFIA 1FHLA 4AZCB 2XVNA 4P8XA 2BHUA 5A6LA 3AMDA 4ZE5A 3ARQA 5I78A 2XIBA 1DEDA 1R7AA 2WZEA 1LF1A 1TVPA 4WKFA 3MU7A 5JIPA 1LWHA 3ZT6A 4B16A 4E8CA 5EBAA 5HBFA 1CZ1A 4UOZA 5FIPA 1JNEA 3EMQA 1GOQA 5BWFA 3EDDA 4AIUA 7TAAA 1XH1A 1OIFA 1W3KA 1FFQA 1CXKA 4U2YA 4DWSD 4QDMA 5BXPA 1MXGA 3L4ZA 3F5KA 1H0IA 2J74A 1WZAA 4ZE4A 3ZM8A 3CO4A 1N82A 1GQJA 4E8DA 2WWCA 3WMCA 2EPNA 1W9XA 2D1ZA 4CKQA 1KXTA 1JAEA 1HJXA 3AOFA 2Y4SA 1C8XA 2ZX5A 1GOIA 1W2VA 5CGMA 4XUYA 2NT0A 3PTKA 1DWGM 2BVYA 3PZ9A 4HOWA 3MUAA 1US2A 2X2YA 3UR8A 5A8MA 3OLIA 3N17A 3VGGA 1HVXA 4HP5A 4NZCA 1IT0A 1PX3A 1QHZA 4HPHA 3KL0A 2WHKA 2HISA 2J7DA 2XVKA 5IXEA 4U5IA 4Z2IA 4ATLA 4U3AA 2WKGA 4UQ9A 3VDHA 1J9YA 4QLJA 3GNOA 3WDHA 3WF0A 3L2LA 2XUCA 3TOPA 3M46A 2WBGA 3VX0A 3CTTA 3CMGA 3AFBA 3WDJA 1E3XA 2BFGA 3UERA 2OSWA 1X6LA 4J28A 3CHCA 1VENA 1HJVA 1UH3A 4DWSC 1NARA 1FP8A 3N9KA 1UR4A 3A47A 2BHYA 5E0CA 1A47A 5IFPA 4HU8A 1QNRA 1Q6CA 2EPKX 2J7CA 1NOWA 1KXVA 3NSXA 3GDBA 4P7LA 3MKKA 1FP9A 3LPGA 1I75A 3SUVA 1J0IA 2E8ZA 4LQ1A 3VIGA 3VIKA 2ZUTA 1E4IA 4BQ5A 1IV8A 1V6UA 2J62A 3CZLA 1SYTA 1KCLA 1FOBA 4C7DA 4W93A 1ODZA 2D0HA 1EOMA 1EQCA 1EHNA 4GQRA 5FKYA 2WYSA 3AS1A 2PWFA 4FK9A 3D5HA 4OUEA 1LG2A 4GPNA 5FD0A 4EAMA 1J10A 3LPFA 1CBGA 1PJ9A 2PI6A 1B3WA 3O9NA 1JYNA 2V3GA 1W1VA 3UCQA 2Z1SA 2D3LA 2VRQA 1CIUA 2VT0A 1G5AA 3NSMA 1BSIA 4D6FA 4CCCA 3WQ8A 3WUEA 3SIMA 4PMUA 1C7TA 1GCYA 4MB3A 3DYPA 3T08A 2EPLX 4M80A 2PF0A 1LL7A 2PBGA 5DMYA 2ZXBA 4W8BA 4PEEA 4H04A 4Z2JA 1UWIA 4MDOA 4PTXA 1JGIA 1OGBA 3L4VA 4HPGA 2VCAA 2RGMA 1NH6A 3WNLA 4GO8A 4XZWA 5A6KA 1E43A 2VZVA 4UOJA 1FA2A 1LLOA 2W63A 3WH8A 3VOCA 2BXZA 1WKYA 4TVCA 3BAXA 3PZNA 1OT1A 2QLYA 2O9OA 2WK2A 3NYDA 3K8KA 1CEOA 1TFVA 4QAWA 1PZ2A 4RE3A 2E9LA 3VIPA 3QHMA 3THCA 1ZJAA 1EOKA 4DM2A 4K68A 3APGA 2VOTA 4OJYA 4R27A 1WZLA 6A3HA 5A94A 2JALA 4GI6A 4Z2GA 5E6YA 1CNVA 4PMXA 1CENA 1ESWA 4UQCA 3VILA 3AIUA 5I3DA 5TD4A 3BXWA 2XWDA 2J77A 3GZAA 3SCUA 4E4PA 4PMDA 4KGLA 2XIIA 1UR8A 1OGSA 1V3LA 2W4XA 4M1RA 1CXLA 4X0NA 3AXHA 4UQEA 1GONA 4JKKA 3WH9A 1DP0A 2X05A 3UR7A 2YBUA 4A3YA 2A3CA 3GM8A 4H2CA 3ZSSA 1QW8A 2PWDA 4R5EA 3GXMA 3ZR6A 3AHYA 4LX4A 1H3GA 1BTCA 5E9AA 1GOWA 3WKZA 1BF2A 3VGBA 1W9UA 4BA0A 1B3YA 3VDCA 1UKOA 4BQ3A 1UWQA 3RM4A 2XWEA 4CU8A 2WMFA 4GZIA 5D9PA 2IXUA 3ZT7A 2VZOA 1XSIA 1G94A 2EBNA 1V6YA 5HDRA 3ZJ6A 4UZUA 3BAYA 1KQZA 1JZ8A 1UH2A 2WM0A 4HMDA 5CZKA 5A2BA 1HX0A 1ISWA 1BFNA 1CXEA 3UG5A 2WVVB 1W91A 1R7OA 2EO7A 1JZ6A 3SCWA 4AIOA 1TVNA 4Y7EA 3VD5A 1PX4A 4KRTA 1BYDA 4ATDA 1H1NA 8CGTA 4AYSA 3GBEA 1VEPA 5HPCA 2E4TA 1B9ZA 2D20A 1JZ2A 5AC4A 2GK1A 2D22A 2PWHA 1OGGA 1V3HA 3AZRA 4KRUA 3MANA 4P8VA 3QOMA 3VD4A 4U33A 3K8MA 3VUPA 2D0GA 1HJQA 1KGXA 5I24A 2WBKA 1CLXA 3IJ9A 3VD7A 3WMBA 1HP5A 3WELA 3ZJ8A 2Y24A 4LPCA 1PIFA 2VVNA 2YKKA 1B1YA 2GVYA 3WFZA 1E70M 1KGUA 4TX6A 1NOUA 4WKHA 4AIEA 1WP6A 3LPPA 4J3WA 1DTUA 1LG1A 3K4DA 3WD1A 1CPUA 1KGWA 1PEZA 5HPOA 1JYXA 2X1IA 2YJQA 3MMWA 1NWSA 1YQ2A 1UD6A 3ARTA 1E6QM 1VEOA 1UZ1A 4OBSA 2J7GA 3RO8A 1E73M 3ARVA 4J3VA 1XCXA 3OA5A 3VNYA 1WPCA 4Z2KA 1BVNP 3SCQA 3QHNA 3VPLA 3AMCA 4PMZA 1V3KA 1IZJA 2CYGA 3GNPA 1BG9A 5JUVA 3RM8A 2BY0A 1E6ZA 1RP9A 1VFOA 3W26A 4V28A 3NDYA 4S3KA 3SUSA 1L8NA 3QOKA 4EK7A 2JFEX 4J3UA 3WNMA 3FHAA 5D8ZA 1OBAA 1JZ4A 1I1WA 3UESA 5HOSA 3K4AA 5D9NA 1NP0A 1OB0A 3QHOA 4AEEA 4GIAA 4TTUA 2GJRA 4D6CA 2VVSA 1DWAM 3GH7A 4OBRA 1IZKA 2WANA 4TXEA 3FAWA 3W37A 2GJPA 3MO4A 3WL1A 5BRPA 4FMVA 4M56A 1QI3A 5I6SA 6TAAA 5GNYA 3ARXA 4JFTA 4RE4A 2J7FA 1UD8A 1CGUA 3M07A 1C90A 3CZ8A 2YA1A 3OG2A 2X0YA 1C92A 3UG3A 2YBTA 3GYCA 4WJXA 4JHOA 3WQ4A 2WSKA 1VIWA 4J7RA 1UWTA 2DT0A 3II1A 1ISYA 3VTRA 4HU0A 1WNOA 3WF3A 1JFXA 2VC9A 4BF7A 1YHTA 2WZHA 3PZUA 1H49A 1J11A 3CUIA 3AIVA 1G0CA 5D8WA 3S6TA 5A8PA 2J75A 1ISXA 3VM5A 4YN5A 4PMOA 1AQMA 4DWSB 1OM0A 1J0HA 2JE8A 1GNXA 1V08A 3WIJA 1MFUA 3VGHA 4YHEA 3SCPA 1QOXA 3POHA 1W1TA 1JDAA 3AHZA 1B2YA 2V5DA 3OLEA 5GQBA 2A3AA 1EDQA 2YL5A 3HMCA 1NWTA 5CGTA 3LMYA 3BCFA 2DSWA 5E09A 1OINA 1BG4A 2EXOA 1TMQA 1EA9C 1MW1A 3B9AA 3PZIA 3VIJA 4M8UA 4AMCA 5A8NA 4AW7A 5I77A 1E6RA 2ZX8A 1K6AA 4QFUA 3I3BA 1AQHA 4MB4A 1LWJA 2GDUA 4AD0A 3M7SA 3GTNA 2C7FA 1EO5A 5ABFA 1XH2A 2XFYA 3AQUA 1W9DM 2CBVA 1J0JA 1HKIA 1W9PA 3AICA 1C8QA 4JCLA 5AYIA 3W82A 4PMQA 3ARSA 1E72M 2YDQA 4H8VA 1VJZA 4JCMA 4PRWA 3WQVA 5IHSA 3AI0A 2WCAA 2W62A 4D6GA 1WDRA 1RD6A 3OLGA 1PAMA 2ZX6A 3WN6A 4D1IA 3N11A 4TX8A 2J4GA 4TUFA 2XJ7A 1WAWA 2XM1A 2ZOXA 1E71M 2CEQA 1W9BM 3WDPP 4AD1A 4JZ5A 3U7BA 4MPKA 5CLTA 3ZMRA 7CGTA 2W61A 2FHFA 1C3FA 1X6NA 1VBRA 3BAKA 1ECEA 1Q6DA 3ARPA 2J79A 3VNZA 5DT5A 3WEOA 3DHPA 2GSJA 2DPEA 3AZTA 4H8HA 2V3EA 1ZBVA 5M3WA 3RDKA 1E9LA 1UZ4A 4BZYA 2J25A 3WD3A 2VO5A 3CUHA 1HJSA 1UUQA 5GNXA 5M5DA 3OLDA 1M7XA 1UG6A 1CWYA 2WW5A 5I23A 1VAHA 2CITA 2W67A 2CBIA 5CXPA 1B30A 3FNDA 1JFHA 5D9MA 1EGZA 2G4FA 3WF1A 2BS9A 5C8BB 1XC6A 2WHJA 4XB3A 1HJUA 3DHUA 1UKPA 5HNNA 1EQPA 4YPJA 4YHGA 4MJ4A 4Q22A 1CLVA 4E2OA 1ZJBA 3KE0A 2VX5A 1TZ7A 1E4LA 1XYFA 2QPSA 2XSAA 4AZBA 3NDZA 1GVIA 2YL6A 1W3LA 2ESCA 1QHPA 3EDFA 5DO8A 2WB5A 1R85A 3THDA 2F61A 1D3CA 1TUXA 2X8RA 1H09A 3K46A 4UCFA 3TONA 1BVZA 1BAGA 3MV01 4IM4A 5KEZA 5ABEA 4PN2A 3T0BA 1K9DA 3PZOA 3QR3A 3CZGA 1E40A 2FGLA 5BXTA 2QF8A 4W85A 1AMYA 1DWFM 2VMFA 1KB3A 3WBAA 5CG0A 1MQQA 3HJEA 4UFLA 1EO7A 4NI3A 3VDAA 4U5KA 4UFHA 1CXIA 3N04A 3TP4A 2CPUA 3OGSA 3RM9A 3B9DA 1C93A 2E40A 3ARWA 1W32A 3POCA 3K8LA 3WF4A 2QMKA 1WCGA 4CVWA 4CU7A 4MNKA 1K9TA 3ARZA 4WKAA 1CGWA 1V3JA 1B31A 1HL8A 1HNYA 1XV8A 4HZ6A 5DT7A 3PTQA 4HMEA 4J3SA 1HT6A 2BV9A 2DIJA 3G6MA 3WD0A 4CD4A 1HXJA 4JKMA 5A3HA 5KZ6A 3BSHA 2CKRA 5A6BA 4W87A 1LQ0A 2J7HA 2DSVA 1H5VA 3GNRA 4ACZB 1GHRA 5CPSA 2GJXA 2E9MA 4UQDA 1ZBWA 4U2ZA 4PUEA 2UY2A 4CU6A 2WVSA 4IPNB 2DQXA 5DF0A 3T0AA 1B0IA 2WVTA 4WSJA 2BY3A 2BNJA 2GUYA 4GQQA 4OIFA 4UFKA 5AY7A 1QI0A 5IHRA 3FAXA 2VRKA 4L4PA 2ZIDA 3SCRA 4W88A 2CBJA 1FH9A 3L4TA 3VIOA 3SCOA 1JZ5A 2ZWZA 2WHMA 2D0FA 2E3ZA 1RH9A 4GZJA 1BYBA 1Q6EA 2XHYA 2ZWYA 3AISA 4B15A 1BGGA 1JIBA 4AZ5A 1EIBA 1LL6A 4NF7A 4RE2A 1J01A 1JZ3A 3GXIA 4DUXA 1B3XA 4TVDA 4PBGA 1J0KA 3W28A 5ECUA 1KBKA 3N18A 1JF5A 3AIEA 5LA2A 4QLLA 4GKLA 1NP2A 3SCTA 2FH6A 2XM2A 3OZPA 3WH7A 1JXKA 4UFJA 3CHEA 1OIMA 3FN9A 3RIKA 4HOZA 5A2AA 2J47A 4S3JA 1ZL1A 2WMJA 1B3ZA 2W91A 3W6LA 3WDRA 1UWSA 2XVGA 3W24A 3CH9A 1E6NA 4AWEA 2J7EA 3L4XA 2WMIA 5CLWA 3W4RA 4AC1X 1GJUA 3W81A 1Y7VA 3OZOA 3EYPA 2OYLA 3WUGA 1E56A 1G01A 4HTYA 4J27A 4W84A 1B3VA 1M53A 1VFMA 3VIMA 4MB5A 3RJYA 3U5UA 1E4NA 1VB9A 1ISZA 4ZXOA 2CETA 4HZ8A 3EDKA 2Y2WA 5FOOA 1H0GA 4U3CA 1HP4A 2DIEA 1BLIA 5A1AA 1UR2A 5JBFA 1UWUA 1JG9A 4MTVA 2XYLA 2DGAA 1E55A 4DWSA 3BSGA 2VX7A 3NUKA 2JF6A 3L4WA 1XD1A 5EB8A 1L0PA 1W1YA 2XGIA 1QNSA 4OKDA 4F9JA 3VDBA 5M17A 2XG9A 3VO0A 1V02A 5A69A 2IXVA 5F7UA 5I0DA 1P6WA 4KGJA 1RP8A 2PBOA 1BQCA 2W66A 3FW6A 2X09A 1VF8A 1Q6FA 3AMLA 3E1F1 1R8LA 5JIWA 1WDSA 3CIVA 2QHAA 5C70A 1V0NA 2DSUA 2E9BA 4MNMA 4ZENA 3OBAA 3BMWA 2VX4A 1GW1A 2CHOA 1HKJA 2W92A 3BMVA 4AZ6A 4IPLA 4CN6A 8A3HA 3WEZA 2A3EA 3AXIA 3ALFA 4QP0A 4W5UA 4CGTA 1SFSA 3AHXA 3AHTA 2G3IA 1M04A 3CZJA 4AZCA 4W5ZA 9CGTA 1KQYA 1PX8A 3ZJ7A 1VFFA 4D72A 2VR4A 1US3A 3BH4A 2DSZA 1HKMA 3UEQA 3NIYA 2EEXA 4CUCA 1UOKA 5LA0A 2WHLA 2VUYA 4ATWA 3B9EA 1ZU8A 4Q7NA 2DH2A 2YDRA 4DM1A 4PMVA 2OYKA 2VURA 2X0HA 2VNCA 3I3EA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1UA7 A;  1TCM A;  1BPL B;  5A6A A;  4CD5 A;  1D7F A;  1CXF A;  5GPR A;  1UD4 A;  2YLL A;  1TE1 A;  1U2Y A;  1UKT A;  3WBE A;  1OWQ A;  4UTF A;  2WZI A;  4AZ7 A;  3TTY A;  1ITX A;  1JD7 A;  3DC0 A;  1PBG A;  3AIW A;  4LGX A;  3LPO A;  2WMK A;  3BAI A;  3CUJ A;  2VQU A;  3AIR A;  3SCV A;  3WNK A;  4DUV A;  3W27 A;  3OGR A;  5E0F A;  5M03 A;  4GO9 A;  4MB1 A;  3DYM A;  1JXJ A;  4XX6 A;  2VX6 A;  2VTF A;  2VCB A;  1J0Y A;  3W6M A;  1BHG A;  3VMP A;  1WB0 A;  3CHD A;  3PZG A;  3PN8 A;  2OSX A;  3ARR A;  3FXY A;  5A2C A;  2CIP A;  4UR9 A;  3BCD A;  4GXP A;  4NRS A;  1KXQ A;  4AXN A;  4FLS A;  3S2C A;  3WD4 A;  1VRX A;  1W9V A;  2WKL A;  3CUG A;  1QPK A;  2WAG A;  1ITC A;  5BXR A;  1MQR A;  4PSP A;  4MNL A;  3PZQ A;  1BYC A;  2AOS A;  5A6B D;  2YDS A;  3ZIZ A;  1JI2 A;  3UET A;  1WZK A;  2OLH A;  3A4W A;  3VD3 A;  2WMI B;  4JKL A;  4WK9 A;  4JFV A;  1H2J A;  4CCD A;  3RME A;  5I5R A;  2WVU A;  1V0M A;  3EMC A;  3AS3 A;  4CD8 A;  2XFR A;  3TTO A;  2XFF A;  4TVU A;  2VCC A;  4ACY A;  5E6Z A;  5A95 A;  1MW2 A;  2PWE A;  2V5C A;  1QI4 A;  2J7B A;  4HMC A;  4W8A A;  4BCE A;  1C8Y A;  3WH5 A;  5AC5 A;  4X0V A;  3ARO A;  1O6I A;  4OOZ A;  4B9Y A;  1EDG A;  3VVG A;  3A3H A;  2WC4 A;  4DUW A;  1CDG A;  3WQ6 A;  2CER A;  1XRV A;  4HA4 A;  1E15 A;  1KR1 A;  2VJX A;  4PTV A;  2ZUU A;  1WO2 A;  1QNP A;  1CEC A;  3T2O A;  1HN1 A;  1ZBK A;  4F8X A;  4OZO A;  2XVL A;  1GOM A;  2XSB A;  1GVY A;  3DEC A;  2G8Z A;  2GK1 B;  4X9Y A;  2PC8 A;  2DT1 A;  4JL2 A;  2E0P A;  1C7S A;  2BVT A;  4PMN A;  1UD2 A;  3IAP A;  2YL8 A;  1W3H A;  4IIS A;  1W3J A;  3SUW A;  2JIE A;  4MAD A;  4GZE A;  4JAW A;  3N1A A;  2RGL A;  4AY1 A;  3L4U A;  3T09 A;  1OCQ A;  2VRJ A;  1UYQ A;  2XTK A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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2XFFA

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Chain Sequence

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