2XFF | Genus

Total Genus 188

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	188
sequence length	486
structure length	486
Chain Sequence	NVKGNYVQVYVMLPLDAVSVNNRFEKGDELRAQLRKLVEAGVDGVMVDVWWGLVEGKGPKAYDWSAYKQLFELVQKAGLKLQAIMSFHQCGGNVGDAVNIPIPQWVRDVGTRDPDIFYTDGHGTRNIEYLTLGVDNQPLFHGRSAVQMYADYMTSFRENMKEFLDAGVIVDIEVGLGPAGEMRYPSYPQSHGWSFPGIGEFICYDKYLQADFKAAAAAVGHPEWEFPNDVGQYNDTPERTQFFRDNGTYLSEKGRFFLAWYSNNLIKHGDRILDEANKVFLGYKVQLAIKISGIHWWYKVPSHAAELTAGYYNLHDRDGYRTIARMLKRHRASINFTCAEMRDSEQSSQAMSAPEELVQQVLSAGWREGLNVACENALPRYDPTAYNTILRNARPHGINQSGPPEHKLFGFTYLRLSNQLVEGQNYANFKTFVDRMHANLPRDPYVDPMAPLPRSGPEISIEMILQAAQPKLQPFPFQEHTDLPVG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
publication title	Chemical Genetics and Cereal Starch Metabolism: Structural Basis of the Non-Covalent and Covalent Inhibition of Barley Beta-Amylase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	BETA-AMYLASE
total genus	188
structure length	486
sequence length	486
ec nomenclature	ec 3.2.1.2: Beta-amylase.
pdb deposition date	2010-05-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01373	Glyco_hydro_14	Glycosyl hydrolase family 14

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2xffA00

2BHZA 4XX6A 3EBVA 4XZWA 1V08A 1E6ZA 5I78A 2AMGA 2DSVA 2FGLA 5GQBA 5D9PA 1ZBVA 4DWSB 3PZOA 1GHSA 3PZMA 1WAWA 3AHYA 3WNNA 1FH7A 1Y7VA 1E6QM 1ITCA 5DFAA 1UQYA 2A3AA 1HXJA 4HOWA 2G41A 1Q4NX 3IAPA 3WUBA 1UOKA 2WM0A 1FH8A 2JFEX 1SMDA 4B9YA 3AROA 4J28A 2G3MA 3UG3A 9CGTA 1TCMA 3PZ9A 5DF0A 3A4WA 5TD4A 1E6PA 4FLOA 2DT3A 4ZENA 5CSUA 3AHTA 1V0KA 1JIBA 3MV01 4TVDA 4Q22A 1JZ6A 1E4NA 2X1IA 3ARVA 3PZGA 3W6LA 3BH4A 3CIVA 3QGVA 3MUIA 1EOKA 1OM0A 1D2KA 2V3GA 2WCSA 3VIOA 1UWQA 2VVSA 2GDUA 4XB3A 2E8ZA 2VR4A 3GBDA 3AMKA 4MB5A 4GI8A 3E1F1 5IHRA 4U31A 1FP8A 1R7OA 3AIRA 4M81A 4U33A 4ZFMA 2ZOXA 1EO7A 1I1XA 1MFVA 3AHZA 1H4PA 1UR0A 3AHVA 3TTQA 4NRSA 1DWHM 1JDAA 1ITXA 5LA1A 2ZWZA 2ZX9A 1PJ9A 3HJEA 1CXFA 1DP0A 3MU7A 1V3HA 4WKAA 3WMCA 1XYZA 1ESWA 1E1FA 4CCCA 3FXYA 4AZCB 1J0YA 1GONA 3K46A 3M7SA 2XVLA 1BGGA 2J7HA 2JF7A 3AIWA 3TA9A 2E9BA 4DWSC 8CGTA 1WCGA 3W28A 4C7DA 2DT1A 3OZPA 3L4VA 3AS0A 4JIEA 1KXVA 3FN9A 3WQWA 1CXKA 4YHEA 4M1RA 3ARUA 4PMYA 5M03A 3TTSA 3UG5A 5EFFA 3ZSTA 1JI1A 7A3HA 1OGBA 1E6XM 3ARQA 1CBGA 2ESCA 1W1TA 1GPFA 1C7TA 1MVYA 3VMNA 1RP8A 1JGIA 3PHAA 3II1A 1VBRA 4YPJA 2YDRA 3EDEA 2BFGA 1YQ2A 2D22A 2VZVA 4MB3A 1NOFA 4CD6A 3L2MA 4M56A 1X6NA 5FL0A 3SCVA 1CENA 4AZ7A 3AMCA 4C7GA 5ECUA 1EA9C 2YLAA 3BLKA 4DWSA 2GJPA 4DUXA 1E0WA 4TX8A 1ISXA 3NSXA 4LYQA 3TONA 3BAKA 3T2PA 2YDSA 3WEMA 4EKJA 1GORA 4TVUA 2XFFA 1US3A 3B9DA 3AICA 2GJXB 2FDMA 1W9DM 2PB1A 1GOWA 3VMOA 3MMUA 1IT0A 3WNMA 2J7BA 1ZBWA 4AIUA 5C8BB 4PTWA 1VEMA 1CGUA 3T0AA 2E3ZA 3OLDA 5FKYA 3MUAA 5I24A 5EB8A 3AXXA 1GNXA 2ZXDA 4GKLA 1CGVA 2XPKA 5DO8A 3TP4A 3MSGA 1JXJA 4W93A 4B16A 1F4HA 4BCEA 4GO8A 4FK9A 3FNDA 4QCFA 4OZOA 4OOUA 1NP0A 2WW5A 3SUUA 2YBUA 3WNLA 2ZX8A 1E4MM 4CD7A 2VCBA 1QI2A 4J7RA 1BHGA 1H3GA 4LPCA 4CVWA 2G8ZA 2DDXA 4ZE5A 2CXGA 3VUPA 1QI4A 1UR2A 3K1DA 1JYWA 3OA5A 1BFNA 3T08A 3D3AA 1ODZA 3ARYA 2VO5A 4TX6A 2OWXA 1U30A 3U5UA 3WY1A 3PZNA 1H49A 5D9NA 3IJ7A 1C92A 4CN1A 1W1PA 2CETA 3THDA 3IAQA 1C7SA 4UQDA 3EDFA 2BVYA 1DWJM 1XSIA 3ZJ7A 1NH6A 2YL8A 2JEPA 1OIFA 4AZCA 2VRJA 3WF3A 1B3YA 1EOMA 4LGXA 4H04A 4H41A 1J9YA 2YOCA 2WB5A 2ZUSA 1VIWA 4AY1A 3MMWA 1KQYA 4A4AA 4AZ5A 5FOOA 2QLYA 1HF6A 1J18A 2ZXBA 4CU7A 4WF7A 4EANA 4UNIA 1CGWA 1V3IA 2VT0A 5D8ZA 5BXTA 2XSAA 3PZTA 1B0IA 2WYSA 4CN6A 4AD3A 2W5FA 2VJXA 3CGTA 3PN8A 3WDPP 4AZ6A 2VX7A 2J4GA 5IXEA 1GOIA 3EMZA 5E6ZA 1ZJAA 2CPUA 5A6AA 3WBEA 3ZT7A 1V6VA 3PZUA 1R87A 2GUYA 4W88A 1HKIA 2CBJA 3OLGA 1QNPA 1UG6A 4A3HA 1LF1A 2A3EA 4NF7A 3UR8A 5FCZA 2XG9A 4FLQA 2GJXA 1TFVA 3L4ZA 2JE8A 1TUXA 2WHMA 3WNPA 4D1JA 1DWGM 4TTGA 4D6IA 3BAJA 1RPKA 1CNVA 1ZL1A 3T0DA 2WZEA 3GXFA 3A4AA 3W26A 3D5HA 2QHAA 2CCRA 3SCPA 1KR0A 3ARWA 3SCNA 1C90A 3VGEA 3OB8A 2WMHA 1XD0A 1IV8A 4W89A 3VD3A 4GI6A 1YHTA 2ZWYA 4OBSA 3GDBA 2V5DA 4DM1A 3AIVA 2ZE0A 4PCTA 3CPUA 1VRXA 4RL3A 2DQXA 1QBBA 1V02E 4AD1A 5CXPA 4L4OA 1V0NA 3AS3A 3TOPA 3WUFA 1PEZA 4Y7EA 2VMFA 2WMIB 3GNOA 5KZ6A 4MAVA 3VIJA 4OJYA 5LA2A 5HXMA 4WLCA 4F9DA 3N15A 4QAWA 1BGAA 3PTMA 1B3VA 3RIKA 1QVBA 3SUSA 4S3KA 4CD4A 1UR4A 4PMOA 1G5AA 1E55A 1PX4A 4IUGA 3PZIA 4HU8A 2F61A 1ISVA 4OBRA 1XV8A 2VRQA 2WMGA 2GK1A 1EHNA 1EXPA 2DH3A 1GQKA 2BVTA 3VD5A 4UCFA 1C93A 5I77A 1O7AA 1G01A 3CHCA 3OGVA 4CVUA 1BTCA 1MQPA 1Z32X 1GQJA 1CDGA 3B8SA 2PC8A 1E4LA 5IFPA 5A94A 1H0GA 1JNEA 1KXTA 4D72A 2WVTA 4PTMA 5BCAA 1EQPA 2CESA 4HZ8A 2FHBA 4U5KA 4HMDA 1W9VA 2OSWA 1XCWA 3AFBA 4CKQA 4U3AA 3VDBA 2DSUA 5BWFA 2XFYA 1VBUA 3KZSA 2UY4A 4ZXLA 1RD6A 1DHKA 3B9AA 3VDHA 1H11A 3TTYA 3RPMA 2XSBA 3BCDA 1SYTA 5IDIA 2W62A 5A6BA 1MW2A 4LYRA 2WAGA 4JFVA 1E6NA 1HJUA 1TA3A 4AISA 2EEXA 3AZSA 3POHA 2CBVA 3AQUA 2WCAA 4M82A 5D9OA 1BSIA 1KB3A 3BC9A 4AYSA 2WC3A 3AMDA 2JALA 5BROA 1EHAA 1GW1A 3VDCA 5CZKA 1UD4A 4PMNA 1QNQA 1GOQA 1LWHA 4W84A 1HP5A 4MPKA 2YL9A 3PZVA 3VIKA 2ZX7A 4AIOA 4MNKA 1XC6A 2E0PA 3BAWA 4KGJA 5A6JA 2W61A 4PBGA 1TVNA 5CQ1A 3N13A 3LPGA 2WC7A 1K9FA 3VIHA 3WD3A 4GZEA 1XH1A 1MXGA 2J7EA 1SMAA 1HNYA 1BLIA 2O9RA 2WMIA 4AEFA 2BV9A 1M04A 2YIHA 3MO4A 1HKKA 1WB0A 2DGAA 2VUYA 4E8CA 2ZIDA 3HU7A 1E0XA 4WJXA 1UYQA 4MNJA 2OSYA 1CPUA 4UFLA 2GVYA 1H5VA 5JIPA 3NJ3A 4NZCA 3W29A 1XYFA 3SIMA 5M17A 4B3KA 3M07A 4CD8A 4UZUA 4CGTA 2UWFA 1V3MA 4BQ2A 5IFTA 6CGTA 2YL6A 1LQ0A 4P8XA 4PMVA 4X0NA 1J01A 4LQ1A 1B2YA 5CPSA 4OOZA 3SCUA 1LL7A 1HJXA 4IISA 2Y5EA 1PPIA 1DWIM 5JBEA 4ATDA 5C71A 3VGHA 1OD0A 1HKJA 2VZOA 4HU0A 1L8NA 4KRTA 2ZUTA 3SCOA 2DSWA 3L4UA 2QMKA 5LA0A 2DT2A 2O92A 3VINA 1QBAA 1CXLA 3VIPA 1C3FA 1HVQA 2J25A 1EO5A 2J7GA 1HKMA 4X0VA 1PIGA 3GXDA 4MNMA 3VIIA 4W86A 2YKKA 3WIJA 1H09A 5AY7A 3I3BA 4R27A 4Z2KA 1WDSA 7CGTA 1CECA 1NOUA 1CYGA 1UR1A 2XWDA 4BS0A 1DEDA 1C8QA 1E3XA 2BY3A 1CXHA 4CUCA 1QHPA 2VNCA 1UUQA 2WLYA 4AD2A 4AD0A 4EAMA 1OSEA 4UFIA 1HJSA 1CTNA 2QF8A 4H7VA 1XGZA 2VTFA 5CLWA 1UKOA 5E70A 3ZM8A 4CU6A 3ZO9A 1QW8A 1IZKA 1CXIA 3WF0A 3FAWA 4YN5A 1V6WA 2CHNA 2FH6A 1JAEA 1B3WA 1UWTA 4NRRA 3O6AA 5BXRA 4FLRA 1WZLA 8A3HA 1E4IA 3ALFA 1HN1A 3SEPA 1DWFM 4JZ5A 4Z2JA 1ZBCA 2X0HA 4W5ZA 2PWGA 4D6EA 5I0DA 1JZ5A 3JUGA 3OIHA 1E56A 2W63A 3ARXA 4IPLA 1KGWA 1WDRA 1GQIA 4D6HA 4ML4A 2BY2A 1UD5A 1WZAA 1GHRA 4QLJA 5HBFA 1CWYA 3RJXA 3CUHA 1GJUA 2J78A 4X9YA 2GDVA 3ARPA 4GINA 2XYLA 4F79A 1I75A 5A8QA 5M5DA 2DSZA 2Z1KA 5A69A 1V6UA 4OKDA 3VGDA 1ZS2A 5M3WA 3AJ7A 4KMQA 1UR9A 1ODUA 1QI3A 3WD2A 3IJ8A 3NUKA 2X05A 3OBAA 1J12A 5BRQA 1QI0A 3VIGA 1HJQA 5BRPA 2D20A 4GPNA 2BY0A 1DTUA 1W3LA 1BYCA 2XJ7A 3MUZ1 2ZX5A 4HOXA 3GM8A 3VPLA 3QHOA 1V3LA 4DM2A 1MW3A 2VQTA 5A2BA 2BXYA 4PTXA 1UZ4A 4FF5A 4V28A 2J62A 2O9TA 2WSPA 4BZYA 3ARZA 3WMBA 4E2OA 1VEPA 2Y2WA 5I23A 3WQVA 2D0FA 5A8PA 5CLTA 2EQDA 1OGSA 4P8UA 3UERA 3W38A 3ARRA 1W9PA 4PMQA 3ZT5A 2HVMA 3RDKA 3ZJKA 4ZE4A 1L0PA 1G1YA 4PRWA 2J77A 5HPCA 3NYDA 2V5CA 4U3CA 4Q7NA 1BG4A 1M01A 4BQ5A 2VCAA 3W4RA 3CHFA 1WKYA 2W4XA 2CKSA 4H8HA 2J7FA 2D3NA 5DT5A 4W7VA 3CUGA 3UR7A 3F5JA 2ZUVA 2BHUA 4W8AA 1UD8A 4GZJA 4UFKA 5JIWA 3VD7A 2X2YA 5F7UA 3AHXA 4RE4A 1KGXA 2EPMX 1B1YA 5FIPA 5KEZA 2XTKA 1HL9A 3WL0A 2WK2A 4UFHA 1HVXA 1XCXA 5AC4A 3WDQA 4J3WA 4TXEA 1AQ0A 2VCCA 1V02A 1KXQA 4BQ3A 3CHDA 3W24A 4BA0A 1QNOA 4PTVA 3CZJA 2OYLA 1AVAA 1C91A 2D24A 5A2CA 1GOKA 1JYXA 2PWDA 1BPLB 5A6BD 3AYSA 1IZJA 1V3JA 2VQUA 2ZICA 3BLPX 3CH9A 4XZBA 1TMQA 3WUEA 1J0JA 1B30A 2BY1A 2VVNA 3APGA 4CD5A 1HT6A 4M8UA 5GNZA 5BYWA 2J8FA 4KWUA 2XHYA 2G3NA 4UR9A 3HMCA 4UQEA 3UESA 2F8QA 3QR3A 3SURA 4FMVA 1NQ6A 3AS2A 5AYBA 3THCA 4AIEA 1O6IA 2WHKA 3CMJA 1WNOA 4BF7A 3CUJA 2WC4A 5EFDA 3VNZA 4D71A 3OGRA 3VU2A 2IXUA 4V27A 3WH9A 1WE5A 1FHDA 2WVSA 4WKHA 1U2YA 5HDRA 3LPOA 3GH7A 3PZQA 4J3XA 4XUYA 4WSKA 5E0CA 1W3HA 2UY5A 1OINA 2QMJA 2J79A 2WXDM 1PIFA 2GSJA 3AIUA 5EBAA 3MKKA 4JFWA 1QNSA 4NI3A 4CCEA 4HPGA 1B3XA 1SR0A 1V03A 2A3HA 1TR1A 2D1ZA 4J3VA 1BVZA 2VX5A 1E40A 3VO0A 3KL0A 3KL3A 3O9NA 4UQCA 3W82A 4HOZA 1EGZA 4W7WA 4WIWA 4V2XA 3W37A 1JFXA 3EMCA 1UR8A 1W91A 1VENA 4L4PA 2FHFA 4UTFA 2DPEA 3DHUA 3ARTA 3FHAA 3UETA 3K8LA 1UH4A 4R5EA 1QHOA 1XRVA 2YLLA 1UKPA 3WFLA 1EIBA 2PBOA 3VKKA 1NM9A 3ECQA 2Q8XA 1GZJA 1W3KA 4M80A 1I1WA 1V0MA 2WCGA 3N1AA 3WL1A 2UY2A 1B3ZA 5LYRA 1E73M 2Y4SA 4H2CA 3BAXA 3DYOA 1BVNP 2C8NA 1BF2A 5CJ5A 1FFQA 4AXNA 3BXWA 4HPHA 3W0KA 1KBBA 4UQ9A 1X1NA 3KE0A 1K9TA 1ISZA 4PSPA 2CBIA 2XGBA 3G6MA 1AQHA 1UH2A 1E6RA 2W92A 4J3SA 3WQ8A 4EK7A 3EDKA 3U5YA 3QOMA 3NCOA 2WZHA 1BG9A 1J10A 2W66A 2VC9A 1GUVA 4D6FA 1B90A 4LYPA 1EDTA 2JEQA 2PWEA 2WZIA 3PTKA 4ATWA 4P7OA 1JL8A 4D6CA 1SFSA 1W3JA 1J0IA 1J0ZA 1VEOA 4TTUA 1ISWA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3MSD A;  5I6S A;  3QHN A;  3POC A;  5CGT A;  4D6G A;  3ZOA A;  1UWI A;  5CSY A;  1W9B M;  2XVP A;  5I2U A;  2V3D A;  5ABF A;  4XV0 A;  4AZG A;  1N82 A;  1EH9 A;  1BYD A;  1R85 A;  2EPL X;  2IXV A;  2V3E A;  4JL1 A;  3BSG A;  4F8X A;  1XH0 A;  4ACZ A;  1UA7 A;  3ZMR A;  3CO4 A;  1GJW A;  1C8Y A;  3RCN A;  1ISY A;  3AZT A;  4GXP A;  1S46 A;  1W1V A;  5A6K A;  1J11 A;  4PN2 A;  4JHZ A;  4GI9 A;  3ZIZ A;  1MW1 A;  3N11 A;  2VX4 A;  4JKK A;  2PF0 A;  1VB9 A;  3OGS A;  1XSJ A;  4H8U A;  3EDD A;  2XUC A;  4MDP A;  4RE2 A;  4W85 A;  3ALG A;  3VGG A;  4BQ4 A;  4QLL A;  3MV1 1;  3F4V A;  1ZU8 A;  2AAA A;  3GNP A;  3WQ4 A;  1JFH A;  1V3K A;  2CIP A;  5C70 A;  2JIE A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2XFFA

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