2XFF | Genus

Total Genus 188

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	188
sequence length	486
structure length	486
Chain Sequence	NVKGNYVQVYVMLPLDAVSVNNRFEKGDELRAQLRKLVEAGVDGVMVDVWWGLVEGKGPKAYDWSAYKQLFELVQKAGLKLQAIMSFHQCGGNVGDAVNIPIPQWVRDVGTRDPDIFYTDGHGTRNIEYLTLGVDNQPLFHGRSAVQMYADYMTSFRENMKEFLDAGVIVDIEVGLGPAGEMRYPSYPQSHGWSFPGIGEFICYDKYLQADFKAAAAAVGHPEWEFPNDVGQYNDTPERTQFFRDNGTYLSEKGRFFLAWYSNNLIKHGDRILDEANKVFLGYKVQLAIKISGIHWWYKVPSHAAELTAGYYNLHDRDGYRTIARMLKRHRASINFTCAEMRDSEQSSQAMSAPEELVQQVLSAGWREGLNVACENALPRYDPTAYNTILRNARPHGINQSGPPEHKLFGFTYLRLSNQLVEGQNYANFKTFVDRMHANLPRDPYVDPMAPLPRSGPEISIEMILQAAQPKLQPFPFQEHTDLPVG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Chemical Genetics and Cereal Starch Metabolism: Structural Basis of the Non-Covalent and Covalent Inhibition of Barley Beta-Amylase. pubmed doi rcsb
molecule tags	Hydrolase
molecule keywords	BETA-AMYLASE
total genus	188
structure length	486
sequence length	486
ec nomenclature	ec 3.2.1.2: Beta-amylase.
pdb deposition date	2010-05-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01373	Glyco_hydro_14	Glycosyl hydrolase family 14

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2xffA00

4AD1A 2VI0A 1PIFA 2WKGA 4D1IA 5FCZA 1I1WA 2PBOA 1MYRA 1B3WA 3MMUA 4YHGA 1KBBA 3W38A 2GJPA 1HP4A 4WJXA 4UTFA 5A3HA 1Q6DA 5BYWA 1OINA 1E70M 4J3TA 4UCFA 1WZLA 2J77A 4AZ7A 4JHOA 1VEMA 5JUVA 3KL3A 5JIPA 4GINA 4GI9A 4PMRA 3T0AA 2VX5A 1C8YA 3WNPA 4JKLA 4J3WA 1BQCA 2VCAA 2ZUSA 4C7DA 1GONA 1HX0A 5A6SA 4PYSA 4H2CA 4TVCA 2XVPA 3WEZA 4E8CA 4GI6A 1FHLA 2WHKA 3AS0A 3CGTA 1TUXA 1ZB5A 2PWDA 3APGA 1BGGA 2YL5A 2BHZA 1FA2A 2XM1A 3WSUA 1B0IA 3NDZA 1KR0A 2EPLX 4BS0A 5JIWA 3WD1A 3WH7A 2E9BA 5IHRA 5LA0A 3EDDA 3MUY1 1E4IA 3CIVA 3GM8A 3FNDA 1HVXA 3L2LA 4MDPA 3RJYA 2VZOA 3RM8A 1JZ5A 5M03A 1OWQA 2J62A 2DT0A 5C70A 3MO4A 1ODZA 4UOJA 1EHAA 3VNZA 4GPNA 2WC4A 3NSNA 2VZUA 2YOCA 1GQIA 2VCBA 3VDCA 3K4AA 2G8ZA 4JCMA 1HF6A 1UKPA 3SCQA 1PEZA 4AD4A 3VD9A 4HMCA 2XVKA 2XVGA 1B31A 2ZX7A 3WF1A 2YKKA 1CLVA 3AMGA 2JE8A 1WNOA 3WF4A 1XSIA 5JBFA 1JDAA 1M53A 2Z1SA 4HZ6A 5LA2A 4OBSA 5BRPA 1Z32X 3WQ4A 5GQBA 3CHEA 1RH9A 1UZ1A 1K6AA 1VJZA 2CBUA 4MNMA 4D6CA 1LF1A 1Q4NX 4ACZA 1B30A 4AZBA 3WBAA 3KEHA 3WEMA 1HL8A 1UZ4A 2QMJA 2J8FA 1OGBA 2EPKX 2WSKA 1KB3A 2WZHA 2XJ7A 2ZX5A 4ZENA 5F7UA 4M8UA 1DWFM 3VOCA 3CLWA 1ZBCA 3IJ7A 4AIEA 3ARQA 4CUCA 3CHDA 4AZ5A 1BG9A 2CXGA 5HOSA 3SUTA 4U2ZA 3OB8A 1GZJA 3VIKA 2FH8A 4PMXA 2NSXA 5HPCA 2WC3A 1JZ6A 3QHOA 1UR2A 1EQPA 3SUVA 1UG6A 3VDAA 4CVWA 3ZM8A 3K46A 1K9DA 2CERA 4Z2GA 4J7RA 2YIHA 3QHNA 2DQXA 1XD1A 1X6LA 4B16A 1UR9A 1R86A 3L4VA 4YPJA 3WF0A 4XX6A 4XZWA 3WUBA 1J0YA 5CG0A 2XWEA 3B9DA 2IXVA 1H09A 8A3HA 2GDUA 1D2KA 1EA9C 3AS3A 3UESA 2YDSA 3NSMA 1V08A 1B9ZA 3RMEA 3W53A 4FLRA 1VBRA 3PZ9A 2D0HA 4C7FA 2DH2A 4MAZA 1ZJAA 4NZCA 1QOXA 1WZKA 4DM2A 2ZX8A 4EANA 4CGTA 3O9NA 5CZKA 1JAKA 1E4LA 1H0GA 4GKLA 4M56A 4D72A 3LMYA 3CPUA 1JFHA 3CBWA 2DSWA 1B2YA 2ZICA 3I3DA 1AVAA 2CPUA 3WF3A 2CKSA 2FHBA 4U5KA 1TMQA 2ZX9A 2O92A 2YL9A 1UR4A 3EDFA 1HL9A 3SCOA 1H0IA 3RCNA 3ARUA 2WVVA 3WY1A 1HJWA 5A2BA 4MB5A 3ZJ8A 3WMSA 2DH3A 2NW0A 4HA1A 5AYBA 4D6JA 2WYSA 1RPKA 2JFEX 1QBAA 1LWJA 5CXPA 1IT0A 1WDQA 2O9PA 2DDXA 4AIUA 1KR1A 3DC0A 2EPNA 5TD4A 3ZT6A 2WLZA 1CXKA 2YJQA 2CBIA 4Q22A 1TFVA 3ZJ7A 3UG5A 1H2JA 3ZR6A 3MUZ1 3CHCA 3ARWA 3WH8A 5CLTA 1J0KA 1CYGA 3WL0A 3WDRA 3PTMA 4A3YA 4UFKA 1AQ0A 3RILA 3OA5A 4QFUA 2BY1A 3M46A 2A3AA 3FAWA 3AZSA 3WD2A 1V6WA 1TR1A 2BHUA 2O9TA 2WMGA 3HMCA 4N42A 5AC5A 2WANA 3N1AA 2ZUVA 1TVNA 1W9BM 4UZSA 4FMVA 2XFYA 3ZT7A 4GXPA 4AC1X 1QVBA 3WNLA 4DWSD 1FFQA 4HU8A 5BROA 3TTOA 9CGTA 2Y8KA 1V6UA 5A8OA 3FXYA 3RPMA 1W9VA 3VD3A 4HOXA 2JEQA 4W8AA 3THCA 2YDRA 1VFOA 5D8WA 3ARRA 3SUUA 1G9HA 3WBEA 1TE1A 2VRKA 1EO7A 1LLOA 1NOUA 1JIBA 5D9MA 5A6AA 2D0GA 4AD0A 3RM9A 1W9PA 1HVQA 4PTVA 1ZBWA 3AXXA 1WKYA 4WSKA 4S3KA 1ZBKA 4TX6A 4CD7A 3A4XA 2CCRA 2QHAA 1CGVA 3WNNA 4IM4A 3AHTA 4Z2KA 1UUQA 1X1NA 1C8QA 4HOZA 1OGGA 3CZGA 4UOQA 1YHTA 4AEFA 1UH3A 2X1IA 4DUVA 3GXDA 3WENA 4E8DA 2CBJA 4F66A 2ZXQA 2DSKA 4ZE4A 1CGTA 3J7HA 3O2LA 4NRRA 8CGTA 2UY2A 2WMFA 1BGAA 3CUJA 2GK1B 4WLCA 2BVDA 1R7AA 1IZKA 3N9KA 4H8HA 2J79A 1JZ4A 1E9LA 1XCWA 1CXIA 1J12A 1UD4A 4JCLA 1H5VA 2QF8A 3CZLA 3N12A 2Y5EA 5GNXA 3WUEA 1E73M 5GNZA 4BA0A 4LYQA 2BXZA 3PZOA 4TOQA 1KQYA 1VEOA 4NF7A 1HJSA 4DWSA 3WDHA 2XIIA 3DYOA 4TUFA 1KGXA 1H4PA 1BVZA 1DWAM 3N15A 3MMDA 3F5KA 2VX4A 4FLOA 2E9LA 2E40A 3WEOA 4UQBA 1P6WA 5CPTA 5IHSA 3CUHA 2NT1A 1V02A 4AISA 4CVUA 1G0CA 2FH6A 1V02E 1CPUA 2QMKA 5CSYA 1GQJA 2NT0A 4J3UA 3T09A 1DHKA 4OZOA 5E09A 4EK7A 1PAMA 3BLKA 1VFMA 1U30A 4MNKA 2WMIB 2JALA 2XGIA 2OYKA 5A2CA 1UWUA 2AOSA 3B9EA 1UKSA 1F4AA 3BAKA 3TOPA 4JKKA 1JXKA 2VX6A 1U33A 3VIOA 1W9UA 4CD8A 2YBUA 5IDIA 4UR9A 3W6MA 3LPOA 3N13A 3MUAA 1C7TA 2Y4SA 1NOFA 2DPEA 2YA1A 5D9OA 2BV9A 2WXDM 3U57A 3WMBA 1GHSA 3GZAA 2D23A 1V3JA 2OWWA 5CJ5A 1Q6FA 2B31A 2A3BA 3WQ5A 3ARVA 2VRJA 1FHDA 3UCQA 3VO0A 3ARYA 3EDEA 3BMWA 1E5JA 3VUPA 1WB0A 1E6PA 5I79A 3FY1A 3W6LA 3SEPA 4BF7A 3AIUA 3AIEA 2XUCA 4OOZA 4M24A 1GOWA 4OJYA 4TVUA 1V0KA 1E3ZA 3AHXA 4W86A 2X0YA 1FH7A 2W62A 4PRWA 3AQUA 4KMQA 3A3HA 4R5EA 4QLKA 1R7OA 3AMLA 2CYGA 4HZ8A 1ZJBA 3UEQA 1HKMA 1YQ2A 3D5HA 4DM1A 3T2QA 2WVTA 4AD2A 4PUEA 1H49A 3BXWA 1BFNA 2QLYA 2E9MA 1J18A 2WVUA 3A47A 2CEQA 4LYRA 3L4ZA 3MSGA 2OSWA 2D20A 4IPLA 4CCDA 4ML4A 1UOKA 3VIIA 1GCYA 3FW6A 3WQWA 3WDPP 3POHA 5A2AA 1KGWA 3OLIA 3OLEA 5ABEA 1XH2A 4XB3A 3AIWA 1KQZA 2DSUA 5BCAA 3G6MA 2EPOA 3AZRA 4AZCB 3UETA 4GQRA 4AW7A 3AXHA 1WDSA 2VRQA 1JDDA 1NWTA 2GVYA 1WPCA 1CXLA 2CESA 2GJXA 3CZKA 4U31A 2ZUMA 5KEZA 4UQDA 2DEPA 1CZ1A 3VGGA 5BXSA 1K9EA 3BAYA 3QOMA 3CZJA 4MAVA 1R87A 4ZXLA 3SCSA 3PZQA 1C90A 3WN6A 2J47A 3DYMA 1KCLA 4MB4A 4D6EA 3VKKA 2J25A 3S6TA 1CXFA 3PZNA 2BNJA 2J74A 5CSUA 1KGUA 3VD5A 3WL1A 1XC6A 1E43A 1KXVA 4AMCA 4EE9A 3AIRA 5HNNA 3AJ7A 2WNWA 2W4XA 1JNEA 1JG9A 2WZIA 3A4AA 5A94A 4B3LA 4ATWA 4CN4A 4WKHA 2D1ZA 1QI3A 2VZSA 1W2VA 3U7VA 1QI2A 3FHQA 1OB0A 2ZWYA 4H7VA 5I5RA 2DGAA 2W5FA 4BCEA 3PTKA 3MMWA 3GH4A 1EIBA 3N11A 1ISYA 1BVNP 4W93A 3OGSA 4W87A 1GVIA 3AHYA 1CGWA 3UR7A 1E4NA 4X0VA 1OD8A 3E1F1 2UY4A 4PMUA 3UG4A 4M1RA 3QOKA 2BY3A 3WKZA 4MTVA 1E4MM 2FHFA 3VGBA 3EMCA 3AHVA 3AMDA 5CPSA 1JYWA 3A6OA 4D6GA 4ATDA 5EFDA 4DWSC 4KRUA 1E71M 3AS2A 1W3LA 2J7GA 1XHGA 4BZYA 4HOWA 1W3KA 2PC8A 3AXIA 5FL0A 1G1YA 4MB3A 4JZ5A 2GDVA 3ARPA 3L4XA 3LPPA 2PB1A 3CHFA 3EMZA 5A8PA 3WQ8A 3PZMA 2VCCA 2VJXA 1QBBA 2FHCA 4A3HA 1JI1A 3VVGA 2GUYA 1EH9A 1B3XA 2JIWA 2FGLA 2VVNA 3AIVA 3WD0A 3MV11 3TTYA 4PMVA 2WK2A 4W7VA 4LYPA 4UQEA 1Q6EA 3ZQ9A 1MFVA 4PMDA 2EPMX 2IUZA 1VRXA 4WKAA 3BSGA 1JZ3A 4EKJA 5A6JA 3VD7A 1JD7A 3VIGA 1E40A 2YLLA 3BCDA 3BCFA 4HTYA 3GYCA 4J27A 5FL1A 2W66A 4U5IA 4ATLA 3SURA 1EOKA 3W82A 2ZX6A 1XGZA 4GI8A 3B8SA 2V5CA 4L4PA 3SCUA 2ZUTA 3OG2A 3VIPA 3AZTA 1TG7A 3MS8A 7CGTA 4H8UA 3GNPA 4B15A 4Q7NA 1BHGA 4CN6A 4AZ6A 4D6IA 2WBGA 4MNJA 4PCTA 3S2CA 1R85A 3SCPA 1QPKA 2X2YA 2YA2A 2WZEA 3U5UA 3PN8A 3L4YA 3TTSA 1KWGA 4KH2A 4JFWA 1H1NA 1TA3B 4HU0A 3WH5A 1E6SM 3WH9A 1L8NA 3VM7A 5A8MA 3OZOA 1F4HA 1VIWA 2TAAA 3ZJKA 3BGAA 3GNOA 5EB8A 4TX8A 1J10A 4F8XA 2EJ1A 1PZ3A 3TONA 3POCA 3GXIA 3M6DA 4BQ3A 3OBAA 1C91A 4UQ9A 1WAWA 1MQPA 1V6YA 1DWGM 5A6MA 1EOMA 5A8NA 1W1VA 1E3XA 5A95A 3M7SA 2OLHA 1BYBA 1E6ZA 2JF6A 3WNMA 1CXEA 4CKQA 1JGIA 2WVSA 3W29A 4U33A 2G3MA 5A6KA 1BYAA 5FOOA 1QHOA 4AWEA 4UQCA 4CU6A 1EDTA 3RIKA 3HJEA 4WKFA 1V3MA 3II1A 4NSBA 5A6BA 1H3GA 4BQ5A 4GO9A 5CLWA 1V0MA 1FP9A 3B9AA 1HJXA 2CETA 3VM5A 1UKTA 4RE3A 1CGUA 4M81A 2VQUA 2G4FA 1N82A 1E15A 5C8BB 3VGFA 3M07A 1HKIA 2OYMA 1H11A 4B9ZA 1QHPA 1ZBVA 3UG3A 1XH1A 1VBUA 4AIOA 2WHLA 1SMAA 3PZGA 4AD5A 2WMJA 1HKKA 3VIJA 3VDBA 1B3ZA 1Y7VA 1JNDA 1K9TA 1CBGA 4F9DA 2YL6A 5HPOA 1PZ2A 3SCVA 2WCGA 4W85A 1UD2A 3MKKA 1V3IA 1CGXA 3I3EA 6TAAA 2D3LA 2WMHA 4P7RA 2BHYA 4P8XA 2EEXA 3W26A 1XYZA 1V6VA 4B3KA 3BH4A 3GXFA 2WKLA 4V28A 1KCKA 3DHPA 4Y7EA 4DUXA 1E72M 3HN3A 3NDYA 4TXEA 5D4YA 4MADA 4CD4A 2X09A 3ARSA 2WBKA 3IAPA 3OLGA 4KWUA 5BXTA 3WDJA 1VFFA 3WDQA 1ZS2A 5C71A 5ABFB 1BYDA 3SUSA 3SUWA 3VU2A 3L4UA 3WD4A 2OYLA 4PMZA 4BQ2A 3VX1A 3AS1A 4ZFMA 2J78A 1PIGA 2YDQA 5AYIA 1MQRA 1TCMA 2AAAA 3W24A 3AISA 1K9FA 3ARZA 4AZIA 2PWEA 2GFTA 4PTXA 1I75A 2OSXA 4YHEA 3ALGA 1NH6A 1E1FA 3OGRA 4J3VA 2HVMA 4PCSA 3PZVA 1GORA 5I24A 4WSJA 2O9RA 2V3GA 2X0HA 5BWFA 1MVYA 1HXJA 5E0CA 1D7FA 4RE2A 1ISZA 1J0ZA 1HT6A 2VC9A 1BSIA 1LJYA 1NQ6A 1J01A 2WPGA 5DFAA 3VMNA 3TTQA 3WDIA 3VGEA 1UA3A 1UR1A 3AYRA 2XVNA 1GOMA 1HP5A 1V3KA 3U5YA 1IZJA 2YBTA 2XIBA 1TVPA 1J0IA 4NRSA 3DYPA 4ZE5A 1WO2A 3BMVA 1IV8A 2YL8A 3OZPA 4V27A 2YLAA 2J7DA 2WHMA 3EBVA 3AOFA 4UOZA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2XFFA

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