2XFFA

Crystal structure of barley beta-amylase complexed with acarbose
Total Genus 188
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
188
sequence length
486
structure length
486
Chain Sequence
NVKGNYVQVYVMLPLDAVSVNNRFEKGDELRAQLRKLVEAGVDGVMVDVWWGLVEGKGPKAYDWSAYKQLFELVQKAGLKLQAIMSFHQCGGNVGDAVNIPIPQWVRDVGTRDPDIFYTDGHGTRNIEYLTLGVDNQPLFHGRSAVQMYADYMTSFRENMKEFLDAGVIVDIEVGLGPAGEMRYPSYPQSHGWSFPGIGEFICYDKYLQADFKAAAAAVGHPEWEFPNDVGQYNDTPERTQFFRDNGTYLSEKGRFFLAWYSNNLIKHGDRILDEANKVFLGYKVQLAIKISGIHWWYKVPSHAAELTAGYYNLHDRDGYRTIARMLKRHRASINFTCAEMRDSEQSSQAMSAPEELVQQVLSAGWREGLNVACENALPRYDPTAYNTILRNARPHGINQSGPPEHKLFGFTYLRLSNQLVEGQNYANFKTFVDRMHANLPRDPYVDPMAPLPRSGPEISIEMILQAAQPKLQPFPFQEHTDLPVG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Chemical Genetics and Cereal Starch Metabolism: Structural Basis of the Non-Covalent and Covalent Inhibition of Barley Beta-Amylase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-AMYLASE
molecule tags Hydrolase
total genus 188
structure length 486
sequence length 486
ec nomenclature ec 3.2.1.2: Beta-amylase.
pdb deposition date 2010-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01373 Glyco_hydro_14 Glycosyl hydrolase family 14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2xffA00
2BHYA 2OSWA 2J62A 3VD4A 3ZJKA 3BMVA 3SCNA 3W82A 1HF6A 2GJPA 1VJSA 3N11A 3KEHA 5I3DA 3M07A 3WD4A 1LG2A 4W8LA 4J3SA 4PSRA 5GPRA 1OGBA 2W5FA 4TX6A 2OSYA 4PMOA 2BS9A 1BYDA 1OT2A 5EFDA 2WZEA 4H04A 3QHNA 1W9BM 2IXVA 2CBIA 4J3VA 4ACZA 1BAGA 2CIPA 4H8VA 2WNWA 2WXDM 4HMCA 2YDQA 1TE1A 3GH7A 5ABHA 3WDHA 2CYGA 3K46A 3MV11 2XWDA 3OBAA 2VZUA 2GSJA 2J77A 2JFEX 1UH3A 1ZBCA 3ARZA 2Y4SA 1C90A 3GBDA 1JYWA 4WF7A 1CXFA 1KCLA 1H5VA 4AD2A 1E55A 4AW7A 2A3HA 4W89A 3BAYA 4J3WA 2HVMA 3ZJ8A 5EMYA 5CPTA 3WUGA 1RH9A 1KXQA 1WZAA 5ABFA 1F4HA 1KR0A 4H8UA 3W38A 5BWFA 1UR0A 3VIOA 1J0JA 1V02A 2WC4A 1SFSA 3W53A 2YL9A 4DWSB 4UFLA 1GQKA 1OT1A 4E4PA 2Z1KA 2VR4A 3AIEA 3VO0A 1BYCA 1DWJM 3OB8A 4RE2A 2WMHA 4CN1A 5I77A 1OSEA 2W92A 1B90A 1C92A 3BCFA 4HU8A 3OGSA 5DT5A 5IHRA 2WW5A 4EE9A 5GNZA 3EMCA 1J0ZA 2IXUA 1EO5A 1JFHA 1QOXA 1WAWA 2VJXA 4F66A 3LPGA 2J74A 1JFXA 2YOCA 3ALGA 3AQUA 3GNPA 3VD3A 1JNEA 3A4AA 3NYDA 3GH4A 3OA5A 4KRUA 1US3A 3SEPA 3AIWA 4OIFA 1M04A 4MB1A 2PWFA 3HN3A 3WNKA 2DQXA 1MYRA 3RJYA 4W7WA 5CLWA 1GPFA 3BLKA 4UOQA 2DDXA 2G4FA 3QHMA 2OYMA 1HL9A 2ZX7A 1CENA 2EPLX 1NOWA 2Y8KA 7CGTA 3SUVA 3POHA 3WMCA 3N17A 1LG1A 3VM5A 3W37A 4UTFA 2C0HA 4MNMA 4XUYA 4FLRA 1XYZA 5A2BA 2UY4A 1B3VA 3CHCA 1JAKA 4X0VA 3OLIA 4AXNA 4IPLA 2O9PA 3PZVA 3VGBA 5I0DA 1IT0A 3WDQA 1GVYA 2E9MA 2VCBA 4PTXA 1DTUA 5HNNA 2DSVA 5FKYA 1V3JA 3CZKA 1WDQA 3AISA 4XV0A 1W1PA 2EEXA 1C7TA 1CEOA 1XYFA 3LPFA 2OYKA 1V0LA 3EDJA 2ZWYA 2E4TA 2VX7A 3AIQA 1C93A 1XGZA 4D6DA 3ARXA 4NSBA 4W93A 1JYNA 1NARA 4RE3A 2ZX9A 1V6UA 5A94A 2PB1A 7A3HA 4Z2KA 1GJUA 4PBGA 1W9VA 5I6SA 2J79A 1SYTA 3NDZA 4TVUA 4PSPA 1A3HA 5I79A 1DEDA 1B31A 4UQAA 3IK2A 4JZ5A 4AD4A 2ZE0A 2UY5A 4J3TA 1J10A 3AYRA 1V6WA 2V38A 4LX4A 5A6JA 1GOMA 4WKHA 3GTNA 5FD0A 3N13A 4PMYA 3WH9A 4AY1A 4U31A 3WDRA 2J7FA 2WMIA 2XGIA 3VD7A 2PBOA 4H41A 3WEZA 4FF5A 2O9RA 5A6KA 2CBUA 2VOTA 5M5DA 3VDCA 1W3JA 4UQBA 5CGMA 1CPUA 3ZO9A 4D71A 1OINA 2XFFA 2A3CA 3N9KA 2WVVB 1HNYA 1JZ7A 1WZLA 2NT0A 1QNPA 2YJQA 1UZ4A 2VVSA 4IUGA 5A8QA 2AAAA 4AZIA 3J7HA 2CETA 2WHKA 4CVUA 1E56A 4AMCA 4QLLA 2G8ZA 1JG9A 2X8RA 2X1IA 1TZ7A 4LYPA 2GVYA 5IDIA 2WKGA 3TTSA 4AZ5A 5LA1A 4GO9A 1W3KA 3WDJA 2MANA 4FLSA 2VX6A 1O6IA 4AZCA 2Y24A 4UOZA 1X6LA 1SMAA 1R85A 2DEPA 1TR1A 3ARPA 2OWXA 1H2JA 3AMCA 3GBEA 1CTNA 2QLYA 1UUQA 4CD5A 4R27A 3ZSSA 2UY2A 5CXPA 1TVPA 5A6MA 1EOMA 1JYVA 3PTMA 4MDOA 1L8NA 5TD4A 2WMFA 4QLJA 1QNQA 3TTOA 3W25A 1GOWA 2X0YA 2JIEA 4GI9A 3BH4A 4UR9A 2ZX6A 1HP4A 3CMJA 2NT1A 1X1NA 1MQRA 5I78A 1DP0A 4FLOA 1UYQA 4PMNA 3O6AA 1QVBA 2XVGA 3QHOA 1J0YA 4H2CA 3UCQA 2EJ1A 2V5DA 1PEZA 3OLGA 1TVNA 5D4YA 4D6FA 4CVWA 1B3XA 1B3YA 4BCEA 1OCQA 2CKSA 4IISA 4URIA 4CN4A 1Q6DA 3MU7A 1BG9A 1JZ4A 3WF3A 2DH3A 5LA0A 1Y7VA 1ODUA 5CLTA 3MANA 3ARQA 2V5CA 4L4OA 3W29A 1Q6CA 1E72M 1QBAA 2YBUA 5I2UA 4UOJA 1K6AA 1WB0A 2WZIA 2QPSA 5C8BB 2E8ZA 2FHFA 3BSGA 2BV9A 3CUFA 2AOSA 3B9DA 4XZBA 4J28A 3RIKA 4M80A 4D6CA 2QMKA 4JIEA 4MB4A 2G3IA 3VM7A 3W27A 1XCWA 5I24A 4CU8A 4PTMA 4M24A 1W2PA 2CBVA 1ESWA 3WKZA 1CGYA 1VJZA 4PMXA 4B3LA 1KWGA 4UFHA 1UA3A 2XVPA 5KEZA 1VFFA 1QBBA 3VIIA 2YKKA 2EXOA 4ACYA 1NP0A 2WMKA 1RP9A 4HZ7A 4AD0A 3I3DA 1MXGA 3S6TA 1PBGA 3WL1A 4F9DA 4IPNB 2C7FA 2WBKA 4UQEA 4DUWA 3AHYA 4DM2A 3E1F1 3II1A 5A8OA 3MUY1 4PCTA 3VIPA 5E0CA 1WNOA 4M1RA 1XHGA 4OUEA 3CO4A 3WQWA 3AZSA 1H3GA 5JIWA 4AEFA 1KBKA 4JKKA 1CGVA 4PMRA 3PTQA 1KQZA 1Q6EA 3SCTA 1BTCA 1CBGA 5KZ6A 4KGLA 2VL4A 4Q22A 1EHAA 4PMZA 2YL8A 1JDAA 4CD7A 4OBSA 1W1TA 3BCDA 5CGTA 1VB9A 1UR8A 3QGVA 4MTVA 3ARTA 3VIGA 2IUZA 3L4XA 2EPKX 4MPKA 3ZR5A 3W0KA 2VZSA 3N04A 3CUIA 2WSKA 1XV8A 3BMWA 4AZHA 1C8XA 2A3BA 1E4NA 4C7GA 2W66A 2ZXDA 5IFTA 3VIJA 5FL0A 5JBFA 2J47A 4MNLA 2W4XA 1GOIA 5E6YA 1UD3A 1HJUA 1PPIA 1V03A 1VEPA 3SUSA 4AC1X 2FH8A 3EDEA 3VTRA 3KE0A 3T2QA 2PWEA 1CXHA 4AYSA 2G3MA 5EBAA 2WWCA 1K9TA 2DIJA 2WLZA 3VDHA 1ZS2A 1LQ0A 2EO7A 3DHUA 1KGXA 1GQLA 2EBNA 5BRQA 4HTYA 1DWIM 1DWAM 1UD8A 1E1EA 5EFFA 1HKMA 1P6WA 2JEQA 4D6EA 2BXZA 3PZMA 1KR1A 5A2CA 3WD3A 1J01A 4TVDA 2XHYA 1V0NA 5HXMA 3GXFA 4GIAA 1CIUA 3CZGA 5DEZA 4OKDA 3WQ8A 2CPUA 3WNOA 1JAEA 2OLHA 1C91A 4P8XA 3F4VA 3MKKA 1BLIA 3THDA 1V0MA 4TUFA 3NSXA 4KWUA 2FGLA 4D6IA 3MMDA 4PMUA 7TAAA 1AQ0A 4UQ9A 1JD9A 4M82A 3WD2A 1UWUA 2ZICA 4UFIA 2Q8XA 1E4LA 2VC9A 5JBEA 4LPCA 1ISYA 3APGA 1UR2A 3TA9A 2WC7A 3L2MA 1BYBA 5D9NA 3W26A 5BXPA 3CHDA 2EPNA 3LPOA 3NDYA 4HA3A 4OZOA 4ATWA 3UESA 3N12A 1E6PA 1TUXA 3WNNA 1QW8A 1FH7A 1HJXA 1HIZA 4R5EA 4C7DA 4KGJA 5D9PA 3FAWA 1CZ1A 1VRXA 1VIWA 4ML4A 4PRWA 3VKKA 1JF5A 3B8SA 4ATLA 1FFRA 3AROA 1ISZA 3T2PA 1WP6A 4TVCA 4J3UA 2AMGA 1J0KA 3K4DA 3O9NA 1BVNP 2CERA 5A6LA 1G0CA 2D20A 1MW3A 3L4TA 1ZJBA 3ZT6A 3AXXA 4JFUA 3L4YA 1HJWA 2DSZA 1QHPA 4QLKA 3AHZA 3FHAA 5IXEA 1KFWA 3ZIZA 2F2HA 1EXPA 1QPKA 1B9ZA 3CUGA 5A3HA 3N1AA 1U30A 4RE4A 3RM9A 3GDBA 1KBBA 2WC3A 2XVLA 2JF6A 2XFYA 1G5AA 3EDKA 4Z2HA 1CGTA 1NP2A 3A6OA 5ABEA 1E0XA 1QNRA 5ABGA 1GOQA 2WHLA 4MNKA 3L4UA 2B31A 2ZXAA 4D1JA 3A4WA 4ZE5A 4MNJA 4QCFA 1UG6A 3ECQA 1UR9A 4LGXA 2FGZA 2D2OA 2BVYA 3OGRA 4N0RA 2Y8VA 5E70A 1CGXA 4U33A 1VFMA 2CESA 1RP8A 2JIWA 5FL1A 1C8QA 1W9DM 3PZGA 4ACZB 1KXVA 2D0FA 1B30A 4TTGA 2DT1A 1JZ6A 1O7AA 1MW1A 3RJXA 2E0PA 2VI0A 1DWGM 1GW1A 4C7FA 1E6SM 3CUJA 3CUHA 1I1WA 1W3LA 4A4AA 2F61A 2ZUWA 3AIBA 3AS3A 1LL4A 1B1YA 3B9EA 4WSKA 1BVZA 3ARSA 3CH9A 2QPUA 3F5JA 2BY0A 3UG4A 4CD6A 2WPGA 3SCOA 1JZ5A 5A8PA 4B15A 3WSUA 3WUEA 5ABFB 2YLLA 1BG4A 3ZR6A 4IM4A 4DUVA 2ZUTA 3GZAA 4A3YA 2J7CA 4W7VA 2VZVA 2BHUA 3L2LA 5CPSA 1ISVA 3VVGA 1US2A 1AVAA 2G3JA 2VX4A 4DM1A 4AD5A 4PN2A 3WQ4A 3WFLA 1K9FA 1HVXA 1GVIA 3NUKA 1AQMA 1PZ2A 1ZB5A 1UD4A 3F5KA 3KL0A 4B9ZA 4OOUA 4BZYA 2Z1SA 1LWJA 3VX0A 2VRKA 4F79A 1CECA 4YPJA 3WQVA 4WIWA 1G01A 2EQDA 4JFTA 2YLAA 3JUGA 5DF0A 1CXEA 2VT0A 3VOCA 2CITA 1CLVA 5F7UA 2XG9A 1TA3A 3AFBA 1XH0A 4CGTA 3UG3A 2XJ7A 1BGGA 1JI1A 4CU6A 2YA0A 1EHNA 4NRRA 3VGFA 4V27A 1HKKA 1C3FA 2WVTA 1W1VA 4Y7EA 4GI8A 1VAHA 4XX6A 4YHEA 3AHTA 3CHEA 4WJXA 4JKLA 3WH7A 3FXYA 2WKLA 3ZSTA 3WL0A 4BQ2A 1GJWA 4HZ8A 5CPQA 3T08A 3WD1A 5AC5A 4Z2JA 1EQPA 3WF2A 1FOBA 1E5JA 3GXDA 4P8WA 1ISWA 3K8MA 3PZIA 3U5UA 1NOFA 2BHZA 2XVNA 1UD2A 1XSKA 1HJVA 6CGTA 1E6ZA 1WZKA 1V3KA 2RGMA 2ZUUA 3EDFA 3VMNA 5DO8A 3VILA 2J7GA 2BVTA 1G9HA 2GJRA 4GINA 1UWQA 1W2VA 4ZXLA 1ECEA 3DYMA 2DPEA 1UD6A 1CXKA 1Q4NX 3SCVA 3N18A 2YDSA 4UNIA 3WNLA 4CUCA 2GJXA 2YA2A 3FN9A 4MB3A 1UOKA 4D1IA 1E5NA 1VF8A 4MB5A 2X09A 1EIBA 4PMDA 4ZFMA 4PEEA 2WMIB 3WD0A 4AZBA 4AZ6A 1W3HA 2XM1A 2VNCA 1RPKA 2YL5A 1H49A 4JHZA 3THCA 1UKSA 4MJ2A 3EMZA 4YN5A 2XSAA 3VNZA 4Z2LA 8A3HA 4PUDA 2GUYA 2VQUA 3WQ6A 5CZKA 1I1XA 4P8UA 1WDSA 1OIFA 1W91A 1FP9A 1E9LA 3SCWA 3WY1A 1HKJA 4DWSC 1VEOA 3AS0A 2CHOA 4WKFA 2VURA 4CD4A 1G94A 1GHSA 4A3HA 1JL8A 5A1AA 2V3EA 3CZEA 3RM8A 6TAAA 5GNYA 1BQCA 1MFVA 3VIKA 3AIUA 1IV8A 4NZCA 1A47A 2GK1A 1H11A 1MQPA 1V6XA 3A47A 4W5UA 4PCSA 3IJ8A 1E1FA 3WH5A 3RM4A 1UWRA 4AEEA 4AZCB 4UFMA 2OSXA 3BAWA 1BHGA 3U7VA 3AHXA 5AYIA 3UG5A 2UWFA 3PZ9A 1B3WA 1GNXA 1ZU8A 4AIEA 2D0GA 3HMCA 5A6BA 1BSIA 3L4ZA 4H8HA 1WCGA 3MMWA 5BXTA 3BAJA 1TG7A 2YA1A 1UR1A 3CZLA 1BF2A 2ZUMA 3WFZA 1CWYA 1FP8A 3U7BA 2VQTA 3ALFA 1FFQA 2J78A 1W1YA 3AS1A 2DSUA 1CYGA 1CGWA 1WZMA 3ZMRA 5BROA 3AXIA 2XYLA 3WQ5A 5FOOA 4UZUA 2VMFA 1NH6A 2HISA 3PZTA 1GQIA 2PWGA 3PZNA 4PMQA 3VIMA 1OBAA 2E9LA 3VIFA 1C7SA 3VIHA 3PHAA 4JL2A 1QI4A 2ZXQA 3CZ8A 2WMGA 4HP5A 1R87A 2EPMX 3WBAA 1NWUA 1VBUA 1PX8A 3UEQA 2JALA 4KMQA 2J7HA 2XM2A 2W61A 4UQDA 3AMLA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2BHY A;  2OSW A;  2J62 A;  3VD4 A;  3ZJK A;  3BMV A;  3SCN A;  3W82 A;  1HF6 A;  2GJP A;  1VJS A;  3N11 A;  3KEH A;  5I3D A;  3M07 A;  3WD4 A;  1LG2 A;  4W8L A;  4J3S A;  4PSR A;  5GPR A;  1OGB A;  2W5F A;  4TX6 A;  2OSY A;  4PMO A;  2BS9 A;  1BYD A;  1OT2 A;  5EFD A;  2WZE A;  4H04 A;  3QHN A;  1W9B M;  2IXV A;  2CBI A;  4J3V A;  4ACZ A;  1BAG A;  2CIP A;  4H8V A;  2WNW A;  2WXD M;  4HMC A;  2YDQ A;  1TE1 A;  3GH7 A;  5ABH A;  3WDH A;  2CYG A;  3K46 A;  3MV1 1;  2XWD A;  3OBA A;  2VZU A;  2GSJ A;  2J77 A;  2JFE X;  1UH3 A;  1ZBC A;  3ARZ A;  2Y4S A;  1C90 A;  3GBD A;  1JYW A;  4WF7 A;  1CXF A;  1KCL A;  1H5V A;  4AD2 A;  1E55 A;  4AW7 A;  2A3H A;  4W89 A;  3BAY A;  4J3W A;  2HVM A;  3ZJ8 A;  5EMY A;  5CPT A;  3WUG A;  1RH9 A;  1KXQ A;  1WZA A;  5ABF A;  1F4H A;  1KR0 A;  4H8U A;  3W38 A;  5BWF A;  1UR0 A;  3VIO A;  1J0J A;  1V02 A;  2WC4 A;  1SFS A;  3W53 A;  2YL9 A;  4DWS B;  4UFL A;  1GQK A;  1OT1 A;  4E4P A;  2Z1K A;  2VR4 A;  3AIE A;  3VO0 A;  1BYC A;  1DWJ M;  3OB8 A;  4RE2 A;  2WMH A;  4CN1 A;  5I77 A;  1OSE A;  2W92 A;  1B90 A;  1C92 A;  3BCF A;  4HU8 A;  3OGS A;  5DT5 A;  5IHR A;  2WW5 A;  4EE9 A;  5GNZ A;  3EMC A;  1J0Z A;  2IXU A;  1EO5 A;  1JFH A;  1QOX A;  1WAW A;  2VJX A;  4F66 A;  3LPG A;  2J74 A;  1JFX A;  2YOC A;  3ALG A;  3AQU A;  3GNP A;  3VD3 A;  1JNE A;  3A4A A;  3NYD A;  3GH4 A;  3OA5 A;  4KRU A;  1US3 A;  3SEP A;  3AIW A;  4OIF A;  1M04 A;  4MB1 A;  2PWF A;  3HN3 A;  3WNK A;  2DQX A;  1MYR A;  3RJY A;  4W7W A;  5CLW A;  1GPF A;  3BLK A;  4UOQ A;  2DDX A;  2G4F A;  3QHM A;  2OYM A;  1HL9 A;  2ZX7 A;  1CEN A;  2EPL X;  1NOW A;  2Y8K A;  7CGT A;  3SUV A;  3POH A;  3WMC A;  3N17 A;  1LG1 A;  3VM5 A;  3W37 A;  4UTF A;  2C0H A;  4MNM A;  4XUY A;  4FLR A;  1XYZ A;  5A2B A;  2UY4 A;  1B3V A;  3CHC A;  1JAK A;  4X0V A;  3OLI A;  4AXN A;  4IPL A;  2O9P A;  3PZV A;  3VGB A;  5I0D A;  1IT0 A;  3WDQ A;  1GVY A;  2E9M A;  2VCB A;  4PTX A;  1DTU A;  5HNN A;  2DSV A;  5FKY A;  1V3J A;  3CZK A;  1WDQ A;  3AIS A;  4XV0 A;  1W1P A;  2EEX A;  1C7T A;  1CEO A;  1XYF A;  3LPF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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