2XFR | Genus

Total Genus 191

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	191
sequence length	487
structure length	487
Chain Sequence	VNVKGNYVQVYVMLPLDAVSVNNRFEKGDELRAQLRKLVEAGVDGVMVDVWWGLVEGKGPKAYDWSAYKQLFELVQKAGLKLQAIMSFHQCGGNVGDAVNIPIPQWVRDVGTRDPDIFYTDGHGTRNIEYLTLGVDNQPLFHGRSAVQMYADYMTSFRENMKEFLDAGVIVDIEVGLGPAGEMRYPSYPQSHGWSFPGIGEFICYDKYLQADFKAAAAAVGHPEWEFPNDVGQYNDTPERTQFFRDNGTYLSEKGRFFLAWYSNNLIKHGDRILDEANKVFLGYKVQLAIKISGIHWWYKVPSHAAELTAGYYNLHDRDGYRTIARMLKRHRASINFTCAEMRDSEQSSQAMSAPEELVQQVLSAGWREGLNVACENALPRYDPTAYNTILRNARPHGINQSGPPEHKLFGFTYLRLSNQLVEGQNYANFKTFVDRMHANLPRDPYVDPMAPLPRSGPEISIEMILQAAQPKLQPFPFQEHTDLPVG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Chemical Genetics and Cereal Starch Metabolism: Structural Basis of the Non-Covalent and Covalent Inhibition of Barley Beta-Amylase. pubmed doi rcsb
molecule tags	Hydrolase
molecule keywords	BETA-AMYLASE
total genus	191
structure length	487
sequence length	487
ec nomenclature	ec 3.2.1.2: Beta-amylase.
pdb deposition date	2010-05-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01373	Glyco_hydro_14	Glycosyl hydrolase family 14

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2xfrA00

4D72A 4AZ5A 2FHCA 1BTCA 1CECA 1C8XA 3WD0A 4E2OA 2ZXAA 2WNWA 3VINA 2J7DA 4AZCA 1HVQA 2CEQA 3RPMA 2GJXA 2FH8A 4HZ8A 3VKKA 1V6UA 3WQ4A 3W29A 2XIBA 1E4MM 1K6AA 1XCWA 1QHOA 5I23A 2ZE0A 4ATLA 3N15A 4WSKA 3BMVA 2CHOA 2A3CA 3WNPA 2DH2A 3U7BA 3EDDA 2WMJA 3O6AA 1WKYA 2Z1KA 1VFFA 3CIVA 4UCFA 3VGFA 2UWFA 3L4VA 2VI0A 3A4XA 5HBFA 3WL0A 2E8ZA 4YPJA 1EQCA 4W84A 2C7FA 3NSNA 1SMAA 2DSUA 2J7CA 2VRQA 4P8UA 3OLGA 2XGIA 4W7VA 5M5DA 1FFQA 3WDJA 3L4ZA 1TVNA 1DWJM 1GONA 1X6LA 3BAYA 2GFTA 2EPMX 6CGTA 1MXGA 3ZM8A 1PAMA 1H09A 3B9EA 4DUWA 1FA2A 2XIIA 1JGIA 1KFWA 1ZU8A 1W1TA 4JKMA 2WHMA 4D6CA 3UG4A 2X2YA 1ITCA 3DHPA 4TVCA 1HKKA 4CU8A 4RE4A 1VJSA 2XVKA 1A3HA 3AIQA 3WY1A 4KH2A 4OUEA 1PZ2A 3GBEA 7CGTA 1UA7A 1E73M 5CZKA 5A95A 5IHRA 1B3XA 3ARUA 4TVDA 1V0NA 2ZX7A 1ODZA 1ZJBA 3VM7A 3GBDA 4HMDA 4UR9A 1E0XA 1R8LA 5A8NA 1UUQA 3NSMA 3QHNA 4MNMA 3W6LA 2DSVA 5JBFA 1GORA 2BXZA 1H0GA 4L4PA 1XH1A 2BVYA 2BVDA 4HA4A 4PTVA 3F5LA 3WNMA 1Q6CA 1JYNA 2ZX6A 3L4UA 1KXQA 4UOJA 2BS9A 3T2QA 2VJXA 3WN6A 3KE0A 4Q22A 1TVPA 1XYZA 1D7FA 3QHMA 1NARA 1W1PA 2CBJA 1CLXA 4D71A 4QDMA 1RP8A 5TD4A 1KQYA 3CZLA 1PX8A 1J0IA 2XPKA 5CPQA 1KBKA 1PIGA 2IXUA 2DH3A 4K68A 4H8UA 2ZUNA 4AZCB 1BVNP 2GJXB 5BRPA 1RP9A 4D6DA 2WC7A 5D9PA 1GZJA 4AD2A 1C7SA 1UWIA 3ARVA 1J10A 2DT1A 2VR5A 3AZSA 4C7GA 1EGZA 1IZKA 3VMPA 5A6SA 1MYRA 2JIEA 1E70M 2DSWA 3PZIA 1UG6A 4AD1A 3D5HA 2J47A 1XHGA 1VFOA 5E09A 4CD8A 2XVLA 1CGUA 4PSPA 4TXEA 4D6EA 5JBEA 2FH6A 2E40A 3RJXA 3AMDA 1HJVA 4EE9A 1Z32X 4MNKA 1GVIA 5EFFA 8CGTA 1V02A 1BFNA 3AHYA 1HJSA 2WXDM 1V6WA 1TR1A 1QPKA 5D8WA 3AIEA 2G4FA 1C92A 4WKHA 2BHUA 2E4TA 5ABEA 1CXEA 2QPSA 3ARYA 1EO7A 1UZ4A 1QBBA 2D0FA 2BFGA 2QMKA 1W1YA 3PZUA 1UKQA 1GQJA 4HMEA 5EB8A 3MMUA 3K8LA 3L2MA 1QHZA 2ZX8A 4CKQA 1KGWA 1JYXA 3MUZ1 5GNXA 2XM1A 3M6DA 4U2YA 4LX4A 3U7VA 4J27A 1V3LA 1EHNA 2BV9A 3WMCA 4U31A 1H3GA 5E0CA 1ISWA 4JAWA 4MB4A 5IFPA 2V5DA 2CBIA 4D6GA 3A3HA 4D1IA 1V08A 1DWGM 1JG9A 4YHEA 4CD6A 1J0JA 1U2YA 3VMOA 1QNOA 2GJRA 2PBGA 1K9TA 2WMKA 4LYQA 4Z2LA 3BLPX 3WMSA 2PWHA 2ZUMA 3EYPA 1ZS2A 2VX7A 2W4XA 3SCVA 1NOFA 3W82A 4WKAA 5CPTA 1GQLA 5AYBA 1VEOA 2QPUA 3BGAA 2BXYA 2VZSA 2WMFA 1W32A 4EK7A 3K46A 3K4DA 3FHQA 1WNOA 5M3WA 5AC5A 3CGTA 3CO4A 1UQYA 2OLHA 3QHOA 1JZ7A 1W9UA 2BNJA 3UEQA 1H11A 1VJZA 1XYFA 2OWXA 1EH9A 4GZJA 4FLSA 2WM0A 3SCPA 5FCZA 3EBVA 4LYRA 1UR8A 1L0PA 3BSGA 2ZXBA 1B0IA 3TA9A 5M17A 2AAAA 1R85A 1W2VA 2CERA 5A6MA 1Q6FA 1E6XM 4QCEA 4WK9A 2XJ7A 5AYIA 3VIGA 4U5IA 4PBGA 4P7RA 2X05A 4DWSC 2EEXA 3POCA 2D3LA 3BH4A 1OT2A 1BGGA 2ZUUA 3WBAA 4WJXA 2E9MA 1QW9A 7A3HA 5I6SA 4D6JA 3KL3A 5KZ6A 5HPOA 1V3KA 2XVGA 1UD6A 2D24A 4Z2KA 2EPKX 4KRTA 1QBAA 4W8AA 3AFBA 3VGHA 1QNRA 1OWQA 1TE1A 2NT0A 3AXIA 2NSXA 1E3XA 4PUEA 2D3NA 3VILA 1HJXA 4J3SA 2NW0A 3GH4A 1J0ZA 4HA3A 5HNNA 1BYAA 3CTTA 1MQPA 1XD0A 2VZOA 4W5UA 2A3EA 4MDPA 1BAGA 4MJ4A 1LL6A 1BG9A 4WIWA 1MQRA 4PEEA 1SFSA 3J7HA 3T0AA 2O92A 1QI4A 4LPCA 3VIHA 4UQEA 3MV11 2O9TA 4H2CA 4QAWA 4M82A 1VAHA 5FIPA 1M7XA 2X0YA 2XWDA 4AZ6A 1FHLA 3ALGA 2WB5A 3TONA 3OIHA 3POHA 2FGLA 3FN9A 3WUBA 3WF2A 1E4IA 2CCRA 3VGEA 4M29A 2DIEA 1BSIA 3WUGA 1TG7A 3HMCA 3MUAA 5BXSA 2A3AA 5E6ZA 1DWHM 2GVYA 3SCTA 1V03A 1B3ZA 1HVXA 5A6LA 2V3DA 3BCDA 3EMCA 2D2OA 3WH8A 1AQHA 2DSZA 2D0GA 3RM8A 2W92A 3WEOA 2W91A 1XSKA 3AS1A 4MNLA 1UKTA 3AI0A 1GOKA 2YA2A 1WP6A 4NZCA 1WZKA 1E72M 5A6BA 5GPRA 5A6KA 4PCTA 3WF0A 3UETA 3ZT5A 4UFIA 5M03A 3VTRA 3WH9A 1JDDA 1DWFM 1TUXA 5D4YA 4AZ7A 2XG9A 1J12A 2D20A 5C71A 2F2HA 1ZB5A 3KL0A 1UH3A 1JYVA 3FY1A 2VOTA 3RO8A 3RMEA 4J3VA 4CVWA 2EJ1A 1G1YA 4HOXA 3CH9A 4ZFMA 4B9YA 1MW3A 3KL5A 1HP5A 1E1FA 1KBBA 1DTUA 3T2OA 4B3LA 4ZENA 3WBEA 2TAAA 5A8PA 1JAKA 4ZXOA 1EA9C 3UCQA 1NP2A 4P7NA 1WZMA 3HJEA 4UOQA 4CN1A 4CN4A 5I0DA 1H41A 4P7QA 2VZUA 1CXIA 2Y2WA 3U57A 4PMUA 4GKLA 1HJWA 5JUVA 2BY1A 5D8ZA 4TX6A 2XTKA 1JD7A 1CGWA 4NI3A 3THCA 3ZSSA 4CCEA 4AIEA 4OJYA 1JDCA 4OIFA 1HN1A 1LWJA 2VMFA 4C7DA 3ZT6A 1TA3A 4M80A 1W9DM 3CZJA 2PB1A 1UYQA 4NF7A 3WQ6A 1GPFA 1HJUA 1KR1A 4IPNB 1UR1A 2D1ZA 2B31A 3PZOA 3VD3A 2J74A 3WD4A 2YIHA 4TTUA 1V6VA 2VZTA 4A4AA 1E6RA 1B2YA 3AXHA 1Q6DA 1BYDA 1FHDA 1GHSA 5BXPA 4HZ6A 3LPFA 2Y24A 3VNZA 2QMJA 2HISA 3AICA 1LL4A 4AD3A 4LXFA 1EDQA 5A1AA 1XCXA 1RPKA 1NWSA 3DYMA 1FH7A 1GOWA 3A47A 4NSBA 2GJPA 3TP4A 1HL8A 2DDXA 5DMYA 1HT6A 2RGLA 5GNYA 4ZE5A 1UWQA 1GOMA 4J3WA 1DWAM 3AMKA 3F5KA 4DWSD 3NJ3A 4CVUA 2XSBA 1OT1A 3O2LA 3IJ7A 5CGTA 5C8BB 4GXPA 1UOKA 4PMOA 3AQUA 1GOQA 1UQZA 3TTSA 3UG5A 1W2PA 1C3FA 1OB0A 5JIWA 3ZJ8A 3N11A 2CYGA 1CXFA 3AS0A 3PZTA 4PMZA 2YDQA 1NQ6A 1LG2A 5ABGA 4H8HA 2WLZA 2YL5A 1B31A 5BXRA 3WH5A 2XFYA 2WVUA 5KEZA 3KWXA 4GI6A 1E55A 3VD9A 3UERA 4URIA 2CETA 1O7AA 3PTKA 2BY3A 2IUZA 4W87A 1V6YA 2YL9A 4QFUA 4PSRA 1CWYA 4XZWA 2GK1A 3TOPA 4A3HA 1ISZA 4JCMA 5DT5A 3CMJA 1CGXA 3AOFA 1J0HA 3VO0A 4H41A 1DWIM 4E8DA 4S3JA 1TMQA 1CPUA 2JALA 2ZICA 3EMQA 3ARQA 2Z1SA 1DP0A 3BC9A 1SYTA 2PC8A 5JIPA 4UFKA 4GIAA 3GZAA 2J7HA 2E9LA 3SURA 1PZ3A 3SEPA 3DYPA 3ECQA 1FH9A 4XX6A 2XWEA 2V38A 1BPLB 4N42A 4Z2HA 4UFHA 1QI5A 1LQ0A 3KEHA 3PZNA 4QP0A 3ZJ6A 3GM8A 1VBRA 1PPIA 4HA1A 1U33A 1QNPA 1ODUA 4AZHA 1B90A 4AD5A 1IZJA 1TA3B 5A2AA 5I5RA 1GW1A 3MS8A 5HXMA 3QGVA 4WLCA 3PHAA 1LJYA 4PTMA 2PWFA 3VNYA 4PMXA 1HKMA 3CMGA 5DF0A 3MV01 1VFUA 3GXFA 2YJQA 1I1WA 3TTQA 4W5ZA 5I79A 2JFEX 3FNDA 1V3JA 1OD8A 3AIVA 2CIPA 2EPOA 3IAPA 1IV8A 1GVYA 2NT1A 1OGBA 1JXKA 5BXTA 1G94A 3B9DA 3WF3A 3IANA 3GYCA 4M1RA 3WH6A 2XVPA 2Y8KA 1JXJA 4BZYA 4OBRA 5FD0A 3VDBA 1TZ7A 1BG4A 1QHPA 2Y5EA 2CXGA 1W3JA 3I3DA 4CCDA 1VEPA 2UY5A 1NWTA 4GQQA 5I2UA 5A6JA 3CZGA 2XUCA 2J8GA 1IT0A 1C8YA 3VGBA 3WNOA 2W5FA 3AHZA 4CU7A 1FFRA 3VIJA 1N82A 2F8QA 4JZ5A 2VL4A 2VRJA 4MNJA 4AISA 1L8NA 2PWDA 3EMZA 2PWGA 3VDHA 3NIYA 4GPNA 5AC4A 3WF4A 3AROA 4UTFA 1NOWA 4MADA 4W89A 4CUCA 4AIOA 3IJ9A 1JZ2A 3LPOA 2IXVA 1X1NA 2GK1B 4XZBA 2RGMA 1JNEA 4QCFA 3RM9A 2O9PA 3CZKA 3RILA 2V3GA 3W25A 2OYLA 1H0IA 3BAIA 4V2XA 1Y7VA 3E1F1 4QLKA 3VOCA 4ZE4A 2JIWA 2XFRA 3CUHA 1C7TA 4OOZA 1ZJAA 3MO4A 5CLWA 1KB3A 4JKLA 1TFVA 2YA1A 5A8MA 1CGVA 2VCCA 2DSKA 2VTFA 2J79A 4D6IA 2VT0A 4UFLA 1B30A 3VDCA 1J18A 3GNRA 3AHVA 5JBDA 4AZIA 1CNVA 3OZPA 4ACYA 3EDEA 4U2ZA 1E6QM 1E6NA 3AIUA 4JFTA 3ARXA 3IJ8A 3T08A 5E6YA 3GH5A 3L4WA 5ABFA 2PI6A 2YKKA 4P8VA 4DUVA 5GNZA 1S46A 1UD3A 5IHSA 2DT2A 1OGSA 1UWSA 3I3BA 1XSJA 3MUY1 4HP5A 5I24A 2WCGA 4H04A 1LF1A 2XVNA 1UD8A 4UFJA 3K8KA 2WAGA 1W9VA 3PZMA 3WH7A 3HU7A 4OBSA 2ZUWA 3F4VA 4HU8A 4ACZA 4GI9A 1K9FA 3SCQA 2WVSA 1P6WA 1UWRA 1MVYA 2EBNA 3RIKA 4EAMA 4FF5A 4D1JA 3WD2A 5HDRA 1KWKA 3FAWA 1JL8A 3A6OA 3MU7A 2WMIA 3PN8A 2VO5A 3NSXA 3SCRA 5A8QA 3N12A 3SCNA 1W1VA 1E0VA 4MB1A 1US3A 1H1NA 3SUVA 4AIUA 3NUKA 3ZT7A 2WKGA 2VC9A 3FXYA 1MW0A 1W91A 1K9DA 2WSKA 4UQCA 4AY1A 4JFVA 1A47A 1CENA 4FLOA 2ESCA 5I77A 3WFZA 3W6MA 1WDQA 2O9RA 1UR9A 4UZSA 1QVBA 2EQDA 2E0PA 3N13A 4PCSA 2FDMA 2X0HA 1V0LA 3AMGA 3EDKA 5A8OA 2CESA 3EDFA 1ISVA 5CPSA 2FHBA 4TVUA 3MANA 4Z2IA 1ZBCA 2XSAA 4PUDA 2J78A 4MTVA 3WQ5A 2J75A 1J9YA 1UZ1A 1EO5A 1WPCA 4JL2A 4BQ2A 5BROA 1AQMA 5LYRA 1CIUA 4HOWA 1MW2A 1UR4A 1KXTA 3W4RA 3ZIZA 1JI2A 4PTWA 3QOMA 1QI0A 5FKYA 3ZR6A 3WNNA 3VD4A 1XV8A 3WQ8A 1OCQA 1R86A 1CBGA 2W66A 1EOKA 1E4LA 3N1AA 5CLTA 2CPUA 4LYPA 3W27A 2DQXA 5IDIA 4J3UA 4N0RA 1AVAA 1EQPA 4GO9A 1VIWA 1E3ZA 1AMYA 4BF7A 3ARSA 1NWRA 5CSYA 3BMWA 2X1IA 2VCBA 1JFXA 1F4AA 3MMDA 2WHKA 2Q8XA 3CLWA 5ABFB 1OD0A 4IM4A 4GZEA 1ZBWA 2YBUA 4S3KA 1VF8A 2V3FA 3WKZA 3A4AA 3AJ7A 1V02E 2A3BA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4D72 A;  4AZ5 A;  2FHC A;  1BTC A;  1CEC A;  1C8X A;  3WD0 A;  4E2O A;  2ZXA A;  2WNW A;  3VIN A;  2J7D A;  4AZC A;  1HVQ A;  2CEQ A;  3RPM A;  2GJX A;  2FH8 A;  4HZ8 A;  3VKK A;  1V6U A;  3WQ4 A;  3W29 A;  2XIB A;  1E4M M;  1K6A A;  1XCW A;  1QHO A;  5I23 A;  2ZE0 A;  4ATL A;  3N15 A;  4WSK A;  3BMV A;  2CHO A;  2A3C A;  3WNP A;  2DH2 A;  3U7B A;  3EDD A;  2WMJ A;  3O6A A;  1WKY A;  2Z1K A;  1VFF A;  3CIV A;  4UCF A;  3VGF A;  2UWF A;  3L4V A;  2VI0 A;  3A4X A;  5HBF A;  3WL0 A;  2E8Z A;  4YPJ A;  1EQC A;  4W84 A;  2C7F A;  3NSN A;  1SMA A;  2DSU A;  2J7C A;  2VRQ A;  4P8U A;  3OLG A;  2XGI A;  4W7V A;  5M5D A;  1FFQ A;  3WDJ A;  3L4Z A;  1TVN A;  1DWJ M;  1GON A;  1X6L A;  3BAY A;  2GFT A;  2EPM X;  6CGT A;  1MXG A;  3ZM8 A;  1PAM A;  1H09 A;  3B9E A;  4DUW A;  1FA2 A;  2XII A;  1JGI A;  1KFW A;  1ZU8 A;  1W1T A;  4JKM A;  2WHM A;  4D6C A;  3UG4 A;  2X2Y A;  1ITC A;  3DHP A;  4TVC A;  1HKK A;  4CU8 A;  4RE4 A;  1VJS A;  2XVK A;  1A3H A;  3AIQ A;  3WY1 A;  4KH2 A;  4OUE A;  1PZ2 A;  3GBE A; 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2XFRA

Total Genus

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