2XFR | Genus

Total Genus 191

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	191
sequence length	487
structure length	487
Chain Sequence	VNVKGNYVQVYVMLPLDAVSVNNRFEKGDELRAQLRKLVEAGVDGVMVDVWWGLVEGKGPKAYDWSAYKQLFELVQKAGLKLQAIMSFHQCGGNVGDAVNIPIPQWVRDVGTRDPDIFYTDGHGTRNIEYLTLGVDNQPLFHGRSAVQMYADYMTSFRENMKEFLDAGVIVDIEVGLGPAGEMRYPSYPQSHGWSFPGIGEFICYDKYLQADFKAAAAAVGHPEWEFPNDVGQYNDTPERTQFFRDNGTYLSEKGRFFLAWYSNNLIKHGDRILDEANKVFLGYKVQLAIKISGIHWWYKVPSHAAELTAGYYNLHDRDGYRTIARMLKRHRASINFTCAEMRDSEQSSQAMSAPEELVQQVLSAGWREGLNVACENALPRYDPTAYNTILRNARPHGINQSGPPEHKLFGFTYLRLSNQLVEGQNYANFKTFVDRMHANLPRDPYVDPMAPLPRSGPEISIEMILQAAQPKLQPFPFQEHTDLPVG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Chemical Genetics and Cereal Starch Metabolism: Structural Basis of the Non-Covalent and Covalent Inhibition of Barley Beta-Amylase. pubmed doi rcsb
molecule tags	Hydrolase
molecule keywords	BETA-AMYLASE
total genus	191
structure length	487
sequence length	487
ec nomenclature	ec 3.2.1.2: Beta-amylase.
pdb deposition date	2010-05-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01373	Glyco_hydro_14	Glycosyl hydrolase family 14

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2xfrA00

1QHPA 5LA2A 3AHXA 4BS0A 1EDQA 1HL8A 4L4PA 4AZBA 1AVAA 3MUAA 3MV01 3W25A 5BWFA 2J74A 1SR0A 3LPFA 4M81A 1TUXA 3S2CA 2ZX7A 2PWHA 1GUVA 1VFOA 1Q6CA 2HISA 5A6JA 3IAPA 3ZSSA 2JEQA 1FFRA 3OIHA 1HX0A 4F8XA 4JAWA 2NW0A 1LL6A 1VJSA 1QW8A 3WUFA 4KH2A 1JZ4A 1WAWA 4ATDA 1MFVA 2EO7A 1CIUA 1V03A 2JF6A 4CUCA 4J3UA 3K1DA 1B1YA 3OGSA 3VMNA 4W7VA 5BYWA 2DIEA 3TA9A 3FHQA 4LGXA 4J3XA 2RGLA 2WKLA 5M17A 4HU8A 5EFDA 4UFHA 3GBDA 2ZUUA 1EOKA 2GDUA 3F5JA 1BYBA 2DIJA 5I6SA 3RMEA 3VIPA 7CGTA 4CKQA 1UWUA 2D2OA 1NH6A 2PB1A 3EBVA 2CKSA 2GDVA 3WD1A 1ZBKA 4OBSA 3QOKA 3WBAA 1CBGA 2VR4A 3KE0A 1US2A 3OLEA 4W89A 4J28A 1W1PA 4V2XA 2YLLA 1UWQA 2J7FA 4UQEA 2BY2A 4MNKA 1UD4A 1V3IA 5A94A 1G94A 5LYRA 3WDQA 2W92A 5D9NA 3VU2A 4TX8A 3QHNA 2IUZA 1XD0A 1UKTA 4W86A 5BXRA 2VOTA 3CZKA 4F66A 1JIBA 5M3WA 4P8XA 4XZBA 2WMFA 1E5NA 3DHUA 4QCEA 4GIAA 2C7FA 3AROA 2X1IA 4PYSA 3FY1A 1CXFA 3U5UA 1XCWA 3MO4A 4W7UA 1V6UA 4AZGA 2BHUA 5E70A 1HKKA 1UUQA 4B3LA 1XD1A 4P8VA 1AQMA 1R7OA 3LPGA 4JFTA 3AQUA 3N12A 1C91A 2DDXA 3GXIA 4QCFA 3T0DA 4B9ZA 1SMAA 1NOFA 1B3ZA 1FOBA 2PF0A 4A3HA 1OD0A 3M46A 3ZR5A 4QLLA 3WDHA 4PBGA 1QNRA 1E40A 4QLKA 2PC8A 4PTXA 2YBTA 3WQVA 1V3LA 3A6OA 2EPOA 5I2UA 3VD9A 1UOKA 1E5JA 1JDCA 1XCXA 2CYGA 4JCLA 3N11A 3MS8A 2EPLX 3VIMA 3FN9A 1V08A 4M29A 1G01A 1WNOA 3ARSA 4W5ZA 1HP4A 3RIKA 1LJYA 3AMGA 1UKOA 4HP5A 2ZUMA 1WCGA 1XYFA 4JHZA 2VZSA 1UR2A 1E3XA 1HJQA 1J0ZA 2Y2WA 1J12A 2J75A 3OBAA 3N04A 3L4XA 4OZOA 5A6AA 1MWOA 4MB4A 3AHZA 2D24A 2J4GA 4J7RA 2WMHA 2RGMA 3NDYA 1M03A 3WNLA 2BVTA 3AOFA 2ZUVA 3U5YA 1E15A 2JFEX 2WC7A 4PSRA 4ZXOA 4DUWA 5E0CA 3PN8A 1FP9A 4TTUA 3A4AA 4M56A 4FLRA 1ODZA 4Z2HA 3THCA 2QPUA 1BG9A 4GQQA 1CGUA 2XVNA 3MMWA 4U5KA 2FDMA 4P7RA 4MAZA 2UY5A 2YA0A 1OT2A 4ACYA 5A2AA 5IHSA 1R86A 7A3HA 4LXFA 1WPCA 3GH7A 1V0NA 1QNPA 3WY1A 3AIVA 3ZO9A 4XX6A 2J7GA 2ZXDA 3BMWA 3M07A 2UY3A 3WQ8A 5LA1A 3OGRA 4XUYA 3RJYA 1JYXA 2XHYA 4FK9A 3QHOA 1UR0A 4QP0A 3W6LA 5I77A 2F8QA 3FAWA 4ML4A 2VCBA 3SIMA 5ABGA 2J7DA 1US3A 1MW3A 2TAAA 1VEMA 5DT5A 3HJEA 3CH9A 5EBAA 1ZJBA 1WP6A 2BY1A 3UETA 1ISYA 1FHLA 3UR7A 4MADA 3T0AA 4WK9A 1K9TA 4DM1A 1PEZA 3NSNA 2FGLA 4XV0A 2W61A 1S46A 1QBBA 2EPKX 1NWUA 4HOXA 3QOMA 3K46A 1WZKA 3OA5A 4HMCA 4IM4A 3VTRA 1UKPA 2GSJA 5I3DA 2XFYA 1VRXA 4AZ7A 3VD7A 3TTSA 3W37A 3AHVA 3WELA 1QPKA 3GTNA 1Z32X 4L4OA 4RE2A 1PIFA 3PZOA 4U2YA 3WF4A 2WMIB 1E56A 1HIZA 1BYCA 5HNNA 5I78A 1GOWA 4X9YA 1XSKA 1ZBWA 3AIWA 1XH2A 3ARRA 4CD5A 1B3WA 3MSDA 5FCZA 1EDGA 1VAHA 2XWEA 1B0IA 3T2PA 3JUGA 1JZ5A 1EH9A 4KRTA 3LMYA 2D3LA 3WNOA 1V02E 4MNMA 1J0YA 3F5KA 2BXZA 3MSGA 2WSPA 3NUKA 4CGTA 3CHEA 4UQCA 4PCSA 3RPMA 1E43A 2OSWA 1F4HA 2GJXB 3G6MA 5AC4A 8CGTA 1V6WA 3U7BA 4W85A 3T2QA 1HVQA 4Z2LA 4HMDA 3GZAA 4AD0A 1QHZA 3WMSA 2ZXAA 1KGWA 3VX0A 1E6XM 1B30A 4MJ2A 3SCUA 2DSKA 2BVDA 1E4MM 1BTCA 1TZ7A 5A95A 5E0FA 3RJXA 4PMRA 5CPTA 3S6TA 2C8NA 1OM0A 2EJ1A 1QI3A 1B2YA 1OIFA 3N15A 1GW1A 3ARZA 4IISA 3CIVA 3VGFA 3PZUA 4LPCA 2NT0A 3PTKA 3CLWA 4D1JA 1H4PA 1J10A 1CXEA 2JE8A 4JFUA 1E6RA 1OCQA 3RM4A 3LPPA 1ZJAA 2W66A 3MKKA 5DF0A 3EMQA 4D6JA 1NM9A 1EOMA 4RE4A 4GI8A 1QI2A 1CPUA 2PBGA 2J77A 4N0RA 4C7FA 1CXIA 3GNPA 3AXHA 2ZE0A 5A8PA 5A8QA 1LG1A 2D3NA 4OOZA 1TCMA 1MVYA 4UQBA 3W6MA 1HP5A 1ODUA 3SCRA 4ZE4A 2FHCA 3LPOA 1EXPA 4JL1A 1ZL1A 4OUEA 2DSWA 5AY7A 3ALGA 1UH2A 5DT7A 2OLHA 2WWCA 1JXJA 1GOMA 3THDA 4UFJA 4B3KA 1ECEA 4H8VA 5I23A 4S3KA 2AOSA 4A4AA 1NWTA 4GINA 2ZUNA 4U5IA 1W1YA 1VFFA 1QI4A 1DP0A 1JNDA 1CTNA 3WNNA 3VILA 1B3XA 1PIGA 4PRWA 4R5EA 1NP2A 2CITA 2OYKA 2V3FA 4PSPA 1XV8A 1YQ2A 2V3GA 4P7LA 2XVLA 3VMPA 1PJ9A 3VNZA 2OSXA 1OSEA 2VX4A 2VO5A 1PX4A 1KFWA 1H2JA 5D8WA 4AISA 3QHMA 1V6XA 4KGLA 5EMYA 3L4TA 1H3GA 3N9KA 4OOUA 3MV11 1LQ0A 2D0GA 4D6HA 1FH7A 5FD0A 4D1IA 5CPSA 1UWRA 4AZCA 1KGXA 1W3HA 3W26A 3GDBA 4AXNA 3FW6A 1W2VA 1B3YA 4QFUA 1M53A 1BHGA 1LWHA 4HMEA 2ZX6A 4CCEA 2O9PA 2WHLA 2WW5A 3ARQA 2DSVA 3GH4A 2G3IA 1B90A 3PZTA 2A3BA 4DUXA 4V27A 5I0DA 1L0PA 5DMYA 1GHRA 1Q6EA 2XVKA 5E6ZA 3WNPA 3ZJ8A 3PZGA 1JFXA 4JZ5A 4R27A 3ARPA 3K8MA 3RILA 1K6AA 3O2LA 1IZKA 1PBGA 1GQLA 1WDRA 3ZJ7A 5JBFA 2CXGA 3K4AA 2CBVA 3WDRA 3BAIA 3CZJA 2CNCA 1QOXA 1UA3A 5IFTA 2PWEA 3VM7A 2BS9A 1NQ6A 3WH9A 1ESWA 3AHTA 1DWIM 1MXGA 3AJ7A 4KMQA 2X0HA 2CESA 4QAWA 3QR3A 1H1NA 2YBUA 2G41A 2X2YA 1XYZA 4CVUA 5GNYA 5FL1A 2WHMA 1LF1A 2ZICA 4K68A 4CN1A 2OWXA 4J3SA 1DWAM 1UD2A 3L2LA 3GXFA 3KEHA 1UQZA 4PMYA 1MW2A 3CHCA 2D1ZA 4IPNB 3VD3A 2BNJA 1HKMA 3EDFA 5JIPA 5A6SA 4JKLA 1HKJA 4AD2A 4QLJA 2WCSA 1CNVA 3WH7A 3UG4A 1D3CA 1K9EA 1R7AA 2OYLA 4GZIA 1KR1A 1E6NA 2IXVA 1V0KA 4D71A 4OJYA 1W9UA 1WO2A 2WZHA 1CXKA 2XIBA 4W7WA 3CUGA 3ZT5A 5BRQA 4KGJA 3B9AA 1UWTA 3CZ8A 2VRKA 1W9XA 3BAJA 4NF7A 4MNJA 4GO8A 2WANA 3WKZA 5BROA 5JUVA 2VZTA 1JZ2A 2D20A 4WSJA 2XJ7A 3BMVA 4ZE5A 4E4PA 3L4YA 1V0MA 1BAGA 1HVXA 1B31A 4MB3A 4KRUA 3SCVA 1J0JA 1GPFA 4LYQA 4AC1X 4Z2GA 1C8XA 3MMUA 3UG3A 1C8QA 4H2CA 1DHKA 2VL4A 1WDSA 2D22A 4CD8A 1KB3A 1LL7A 3I3BA 2WC3A 1NP0A 5A2CA 1X6NA 3W24A 3SUSA 4PCTA 3AI0A 2CETA 2VR5A 4D6DA 1JG9A 1UD3A 3FNDA 1CGVA 2E40A 4E8DA 3VIKA 5DEZA 1PAMA 3F5LA 3ZSTA 4TXEA 1PX8A 1QI5A 4AZ5A 2D0FA 2W62A 3RDKA 4JCMA 2BFGA 2CBUA 1CGTA 3BGAA 5ABEA 1CDGA 2G3MA 2UY2A 1TVNA 1MQPA 1W3KA 3DECA 1GZJA 2DSUA 3SUTA 1JFHA 3AIUA 3BLPX 3WH6A 3AIRA 2DT0A 2J8GA 2JF7A 1BLIA 4W88A 2YL5A 1X1NA 4J3VA 2BY3A 3SCNA 2VCCA 3ZJ6A 4B15A 1UH4A 3L2MA 3TONA 2YL8A 4P8WA 1VEPA 1K9DA 2E8ZA 1LL4A 1M7XA 3RO8A 1W3LA 3GYCA 3FHAA 2PWFA 4BQ4A 2WMJA 1N82A 1HN1A 2OWCA 1TMQA 2VTFA 4W8BA 3NSXA 4UR9A 1BPLB 4DWSA 2X0YA 5CQ1A 3VKKA 4MNLA 1EGZA 1E6PA 1JD7A 3VOCA 2G3JA 4U3CA 1UKQA 5HDRA 1TR1A 2Y8KA 1BSIA 1W9BM 3CUJA 1NOUA 2ZX8A 3BAKA 3EMZA 3NYDA 1ISXA 1W9PA 4BZYA 1JZ6A 4D6EA 4M80A 4UCFA 1Y7VA 2WK2A 5BRPA 1UKSA 3GXDA 4PMUA 1ISZA 3CMJA 5A8NA 1UR8A 4HZ6A 3MUIA 1GJUA 2E4TA 2J47A 3W82A 3WUEA 3VGDA 3NDZA 1JL8A 4P7NA 3TOPA 2ZXQA 2CBIA 4JHOA 4AMCA 1ITCA 5CJ5A 1H11A 2OYMA 1VFMA 1UA7A 1UZ1A 3EDKA 3BCFA 5GNXA 3O9NA 3CUHA 1VB9A 2FHFA 1JF6A 2WKGA 5CGTA 2V5DA 3L4WA 1JI2A 1HJVA 5CPQA 2GJPA 3A4WA 4HA4A 1KWKA 4DM2A 1CGXA 3SCSA 1E55A 4HU0A 3EDEA 1KXQA 4AIOA 3AICA 1NWSA 1LG2A 1CXHA 1GVIA 3KZSA 5CSYA 2WVUA 2ZIDA 5HBFA 2XTKA 4B16A 2YA1A 4HZ8A 5GNZA 2XSBA 1PX3A 3VO0A 1MW0A 1JDDA 3ZQ9A 5E6YA 2NT1A 2XIIA 2GK1A 1UH3A 3AS0A 4TOQA 4NZCA 4Z2KA 4OBRA 5GQBA 2XM1A 2YDSA 5ABFA 3VD5A 3E1F1 3WH8A 3AS2A 4B9YA 2BV9A 2EQDA 1FA2A 2D23A 1V02A 2J62A 1P6WA 1XRVA 4URIA 1E6QM 5D9OA 3KL3A 1E72M 3CUIA 4H7VA 1DTUA 4BA0A 1IT0A 1JAEA 2E9LA 3DC0A 2EEXA 1ZB5A 2Q8XA 3AMDA 2J7EA 1NOWA 3KWXA 2BY0A 1I75A 2AMGA 1SMDA 2E9BA 4NI3A 4UOJA 3VPLA 1GNXA 2CBJA 4PMNA 3VUPA 1R87A 5M5DA 5HXMA 1VENA 3TP4A 1GVYA 2VQUA 3K8LA 1OINA 1VEOA 4FF5A 4ACZA 1B9ZA 3FAXA 3II1A 5FOOA 2D0HA 3WFZA 3L4UA 1KWGA 1VBRA 2Y4SA 1TG7A 3D3AA 1KBBA 4AIUA 1GOQA 2Y5EA 4UFKA 4CN4A 3BAWA 4MJ4A 4PMOA 5ECUA 4Y7EA 3ARVA 5EFFA 1PZ3A 1TFVA 3AIEA 1W1VA 1RD6A 2CCRA 4AZ6A 3N17A 2X09A 2VZUA 5TD4A 1MFUA 1MXDA 3APGA 1I1WA 2ZOXA 4WKAA 3VIHA 3NSMA 1EO7A 2DGAA 4UFMA 1AQHA 1CGYA 2WZEA 2VQTA 1E4NA 1BVNP 3EDDA 4X0NA 4UTFA 1OWQA 1XSJA 3WEZA 4HPHA 3DYPA 4IUGA 4TVCA 5A2BA 1E9LA 3SCWA 2JIWA 4WJXA 4E2OA 2WCAA 1XC6A 1QNOA 1Q6GA 4LX4A 2CIPA 2ZUSA 3MU7A 1IZJA 4H41A 3RM8A 2E0PA 1GOOA 3T0BA 1B3VA 3POCA 5BXTA 1TE1A 2GK1B 5A8MA 5HPCA 3AXIA 4CD4A 3WEMA 4DUVA 3SURA 1GORA 2J78A 1U33A 1H09A 1IV8A 3BCDA 3OLGA 4QDMA 1HL9A 5A6BA 2AAAA 3KL0A 4W8AA 1DWJM 1JZ7A 3OZPA 3WENA 4HOWA 2A3CA 4MB1A 1H5VA 5A6MA 1SYTA 3BSHA 1GOIA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2XFRA

Total Genus

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