2XFYA

Crystal structure of barley beta-amylase complexed with alpha- cyclodextrin
Total Genus 191
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
191
sequence length
486
structure length
486
Chain Sequence
NVKGNYVQVYVMLPLDAVSVNNRFEKGDELRAQLRKLVEAGVDGVMVDVWWGLVEGKGPKAYDWSAYKQLFELVQKAGLKLQAIMSFHQCGGNVGDAVNIPIPQWVRDVGTRDPDIFYTDGHGTRNIEYLTLGVDNQPLFHGRSAVQMYADYMTSFRENMKEFLDAGVIVDIEVGLGPAGEMRYPSYPQSHGWSFPGIGEFICYDKYLQADFKAAAAAVGHPEWEFPNDVGQYNDTPERTQFFRDNGTYLSEKGRFFLAWYSNNLIKHGDRILDEANKVFLGYKVQLAIKISGIHWWYKVPSHAAELTAGYYNLHDRDGYRTIARMLKRHRASINFTCAEMRDSEQSSQAMSAPEELVQQVLSAGWREGLNVACENALPRYDPTAYNTILRNARPHGINQSGPPEHKLFGFTYLRLSNQLVEGQNYANFKTFVDRMHANLPRDPYVDPMAPLPRSGPEISIEMILQAAQPKLQPFPFQEHTDLPVG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Chemical Genetics and Cereal Starch Metabolism: Structural Basis of the Non-Covalent and Covalent Inhibition of Barley Beta-Amylase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-AMYLASE
molecule tags Hydrolase
total genus 191
structure length 486
sequence length 486
ec nomenclature ec 3.2.1.2: Beta-amylase.
pdb deposition date 2010-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01373 Glyco_hydro_14 Glycosyl hydrolase family 14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2xfyA00
2WB5A 3AXIA 1SYTA 1EO5A 2PI6A 3L4WA 4CVUA 1WP6A 4ACZA 3K4AA 3PZTA 3VVGA 1CZ1A 5E0FA 1Q6EA 1UA3A 1OIMA 2CKSA 4WSKA 1CGWA 4R5EA 3HU7A 1DWAM 2WC3A 3ZJKA 4WJXA 3A4AA 4ML4A 1TR1A 5A6AA 1MQRA 4JFUA 3WBEA 1AQ0A 3GZAA 3SCRA 5BRQA 5JUVA 1CNVA 2CBUA 2WPGA 2WK2A 5D9MA 4AZGA 2DPEA 3O6AA 2XVNA 4P7OA 2BY0A 3S2CA 1BTCA 4U2ZA 2XWEA 4AWEA 2OYMA 5BRPA 1C8YA 1R86A 4PMXA 3IAQA 3MV01 4UZSA 1JZ2A 1E6XM 3CPUA 2AAAA 3N15A 3WEZA 4Y7EA 3K8LA 2YKKA 5I78A 1UH2A 2F8QA 1BG9A 3DHUA 3TONA 3VIIA 4CD4A 1V3HA 2WCGA 1K9EA 2VCBA 2WMKA 1OT1A 4B9YA 3VKKA 4M8UA 4H41A 2X09A 2EPLX 4FLQA 4E4PA 4WIWA 4RE3A 3VDHA 4A3YA 1L0PA 5BXRA 1E6SM 3A47A 3L2MA 1UQYA 3SCVA 1ODZA 1E72M 3AS3A 1Q6CA 3WH6A 4F66A 2PBGA 3VUPA 4GZEA 4UOZA 3TTOA 4D6EA 3WSUA 5IDIA 1KXQA 1IV8A 4OBRA 1RPKA 3MO4A 2CESA 4IUGA 3SEPA 3N9KA 3B8SA 4BZYA 1JXJA 5BXTA 2ZX8A 2ZUVA 2GSJA 5D9NA 2J7CA 3ECQA 1NWUA 2CBVA 1XHGA 2V3GA 2YDSA 5A8QA 5HOSA 5CQ1A 3IJ7A 5IFPA 1C7TA 2D24A 1PBGA 1ZL1A 3VNZA 3T0BA 1ITXA 3GH5A 2EPMX 3G6MA 4HPHA 3W25A 4UQCA 2ZOXA 2OYKA 1ZU8A 2PWGA 5TD4A 1UG6A 4M80A 4IISA 4DWSD 1CXLA 1J0IA 4MB5A 2OWWA 2XGIA 4H2CA 1TUXA 3VOCA 1H1NA 2WZHA 2XJ7A 1GQJA 3FXYA 1UQZA 4MB1A 3QOMA 1OWQA 1MW1A 1SFSA 2UY2A 1UD3A 3CMGA 4S3JA 1H11A 3WUGA 5A3HA 2GFTA 3SCUA 1E73M 3VILA 2OSYA 2J74A 3IANA 2WSPA 4W89A 3WL0A 1WDPA 1J11A 4GO9A 1ISYA 4Z2JA 1KCLA 5EBAA 2QPUA 2VNCA 2DH3A 3AXHA 2V5DA 4Z2GA 1JD9A 2XFRA 4B3LA 2W4XA 1JDCA 4MNJA 1MQQA 4JFTA 2FGLA 4OUEA 3K1DA 2VTFA 3QHNA 4CCDA 2Y2WA 2VX6A 4MB4A 1E1FA 1V3IA 5AC4A 1JI1A 5IHSA 3NSXA 3F5KA 3ZO9A 5HDRA 1JL8A 1X1NA 1KXTA 5I6SA 4A3HA 1JAEA 1UWSA 2VI0A 4TX6A 1J0KA 4BF7A 3WNLA 3PZUA 2YA1A 3CZGA 4FLRA 3WENA 1B3VA 4ATLA 1CGVA 4HA1A 4PMOA 4BS0A 1EOMA 1S46A 4PBGA 2G4FA 2FDMA 1PAMA 1GOIA 2CERA 1C8XA 1WE5A 4P7QA 3F4VA 4UR9A 3ARSA 2WMGA 3W0KA 4QAWA 1AVAA 3II1A 4PCTA 4MADA 4DUXA 4D72A 1V6YA 1TA3B 1VFFA 4KGLA 2BS9A 2DSZA 2J78A 5A1AA 1UHVA 4W8AA 4TOQA 1BSIA 1ISVA 4BQ3A 1BHGA 2Y8VA 5CSUA 1TMQA 4U5IA 3TOPA 3OB8A 1QHZA 4W5UA 2G3MA 1MFUA 3AIBA 3BLKA 4PYSA 3WIJA 1V0MA 2OLHA 1F4HA 3ARXA 5E70A 4GKLA 5A6LA 1VEPA 1E5NA 4LQ1A 2ZUMA 3OBAA 2VJXA 1XC6A 2YDQA 1E0WA 1KFWA 1E1EA 3WDHA 5HPCA 1QNQA 2JIEA 2B31A 1TE1A 1D2KA 1FP8A 3UG3A 4AZHA 3NDZA 4ZENA 3T2OA 3AFBA 4HP5A 1E3ZA 4M56A 1BVZA 1KWKA 2GUYA 2WW5A 1JYVA 2WZEA 2DIJA 2BVTA 3ZR5A 1Z32X 3VIPA 3BLPX 1R85A 3L4ZA 4QLLA 2UWFA 2JEPA 5CGMA 1GOWA 2ZX7A 4LX4A 1WAWA 1B31A 5AY7A 3W28A 1H4PA 3UESA 2JE8A 2YA2A 1EDGA 4IM4A 1GHRA 3N17A 3WL1A 4D1IA 2OSXA 4U5KA 1VRXA 2VL4A 2WWCA 1BYDA 1UKOA 4PMZA 1J12A 2WVVA 2ESCA 1W1VA 1UD8A 3A4XA 2E0PA 1EQPA 5A95A 3NIYA 4MAZA 2J25A 4HMDA 3CZ8A 5M03A 1CBGA 4K68A 3WUFA 2VMFA 1HKIA 1SMDA 3MUAA 3W6MA 4X9YA 3WNKA 5C8BB 2GK1B 2EPNA 3OGRA 1H09A 2YL5A 2J77A 3N18A 1FOBA 4FLSA 2FHCA 4V2XA 2E9LA 1JYWA 4JAWA 2WMIB 1RH9A 3WD4A 3N11A 2YOCA 3WH5A 2TAAA 3FY1A 2PWEA 1EXPA 1B3WA 5E09A 2VZVA 1MWOA 3CUFA 5ABGA 2WCSA 1QNPA 1RP8A 2ZUUA 2JIWA 4AD3A 2CXGA 3B9DA 3ZR6A 1U30A 1XGZA 2YDRA 3AROA 1LWHA 2DT1A 5GNXA 2VR4A 3AMLA 3PZNA 3GXFA 1ESWA 4E8DA 1BFNA 1KB3A 5A2AA 1ZS2A 2VX7A 8A3HA 3TP4A 1G9HA 1W1PA 1FH7A 3CHCA 3WDQA 3QR3A 4CD8A 4D6HA 2A3CA 1QI4A 1H0IA 3EDKA 1VENA 3RM9A 1FFQA 4TXEA 4JZ5A 1JD7A 3AS2A 1XH0A 2XSBA 3SUUA 1V02E 5AYIA 3AYSA 1CLVA 2XIBA 3LPPA 2WHLA 3ARQA 1V6UA 3RM8A 4PTVA 1ZJBA 3JUGA 3VGFA 4B3KA 4CD7A 4MAVA 4H8HA 4ZFMA 3NUKA 2UY5A 4F79A 5CXPA 1E0VA 4XB3A 3E1F1 1KQYA 1E55A 3AMGA 3PHAA 2E8ZA 1O6IA 2ZXBA 4J7RA 3ARTA 1UWQA 2XFFA 4M24A 1MXDA 3EDDA 4PEEA 4PTXA 3ARPA 3SUVA 5A6MA 2ZUTA 1KCKA 3VNYA 1WPCA 3QHMA 1MFVA 4LYQA 1CEOA 5CG0A 2JFEX 3NSNA 2D20A 4PMQA 9CGTA 4B9ZA 1BPLB 2QLYA 2YA0A 3WMCA 2J7EA 3KE0A 3GBDA 1AQMA 3CH9A 4P7LA 1NP0A 1W2PA 1B2YA 1G01A 3W81A 1QBBA 4AIOA 3M7SA 3SURA 1BAGA 1CGTA 2EXOA 3ZJ7A 5D8WA 3N1AA 3L4UA 3MS8A 7CGTA 1JNDA 1HKJA 1BF2A 1J10A 4D6DA 1JDAA 1J0HA 4AZ5A 4AIEA 4UQDA 2J8FA 1EOKA 4P8UA 2BV9A 3KWXA 1RP9A 1EO7A 3BSGA 1EQCA 4W85A 3BAWA 4MDOA 4Z2HA 1QHOA 1W9DM 2C8NA 5ECUA 4KWUA 4W8BA 1JI2A 1NH6A 4YN5A 4J3UA 1XV8A 3WD2A 3CZKA 3GBEA 2D22A 4W5ZA 1QNRA 1LL6A 1SR0A 1P6WA 4PMUA 4KGJA 2FH6A 4GO8A 4DM2A 4UQ9A 1WZMA 2Y5EA 3VGHA 1CPUA 1E70M 1V3KA 4LPCA 3U5YA 3I3EA 1FHDA 1UH3A 1HVQA 3AHXA 4PUDA 5A6BD 1GUVA 3PZOA 4GZIA 4CCEA 2OWXA 1JG9A 1K9FA 2ZUSA 2C0HA 2HVMA 4QP0A 4BQ4A 1KR1A 1WDSA 3OIHA 1VB9A 4Q22A 1LQ0A 3WFZA 3RILA 1KQZA 4PSRA 1FA2A 3MU7A 1AQHA 1JZ5A 1UWIA 3BH4A 4AMCA 1GW1A 1KGWA 1B1YA 3T2QA 4TX8A 2E8YA 2GJRA 2MANA 3MUIA 5JBDA 3K4DA 1UYQA 2PWHA 2ZX6A 4UCFA 3WDRA 1JZ6A 3WD3A 2W61A 4D6CA 1CXEA 4C7GA 1UR9A 1J0YA 3EMZA 1J9YA 2YBTA 3WFLA 3L4YA 2Y24A 4FMVA 7A3HA 5LA1A 2FHFA 1QI2A 2XHYA 5ABEA 4AEEA 2WBKA 2X0HA 4CN4A 2V3EA 1QW8A 3T09A 1EHAA 1LWJA 4HZ8A 2ZUWA 3EMCA 4AISA 1DP0A 1QVBA 4J3TA 4PMNA 2VZSA 2QV4A 3S6TA 1E4LA 1CXKA 1B3ZA 1MQPA 3CHFA 3SUSA 1C7SA 1R7OA 4NZCA 3ARRA 1HNYA 1GPFA 1KGXA 2WKLA 2BVDA 2XTKA 5A8PA 3N12A 3CUIA 1CGXA 5A8NA 2CBIA 4AZBA 1GJUA 4QLJA 1JF6A 5CJ5A 4GI9A 2WVUA 1E6QM 2X8RA 2E9MA 3CBWA 4AXNA 1V02A 4HZ7A 4XUYA 1EDTA 3AIUA 2WSKA 4TTUA 3VD3A 3N04A 1CECA 1UWUA 2XM1A 4PMDA 1W9XA 1WB0A 1K9DA 2O9TA 1XD1A 4JFVA 2VT0A 5A2BA 4PSPA 3PTQA 2YJQA 1VBRA 2V38A 5I3DA 5BXPA 5A2CA 1QPKA 1PX4A 1H41A 1CTNA 1BGGA 3RPMA 1KWGA 3ZMRA 1M01A 2BY1A 2BFGA 4TVDA 3RMEA 2G3NA 5A94A 2UY3A 1ITCA 1YQ2A 2DDXA 5CLTA 4W8LA 1HT6A 2DSUA 4WLCA 4UFIA 1LG1A 2X0YA 2CCRA 4P8XA 3W4RA 4R27A 1W9VA 4PMYA 3QGVA 3GDBA 1BG4A 2XGBA 3BAKA 3AS0A 1HL9A 2CHOA 3GNPA 2WVTA 4LXFA 1GQIA 1WCGA 4QCEA 1QNOA 3VX1A 1E5JA 2D0HA 3BAXA 3F5LA 4HPGA 3VGDA 5A6SA 5M5DA 4JKKA 4W7WA 3GXMA 1W1YA 3BCDA 2J7BA 1PJ9A 2J75A 1V0KA 1JZ7A 1VFMA 3W26A 4HOXA 4AZCB 4DWSB 2FH8A 3ARWA 3CZEA 1OINA 1EIBA 1XRVA 3VD7A 3WQVA 1Q6FA 1QNSA 1E15A 2D3LA 3WD0A 2V5CA 4CKQA 1K6AA 1ZB5A 1KXHA 1OB0A 3BMWA 2VR5A 3UG5A 1VEMA 4EKJA 2A3EA 4Z2KA 1PEZA 5E6ZA 4HA4A 4ZEPA 3O9NA 3CGTA 1MVYA 1HX0A 2CEQA 1CXIA 3VMNA 3VGGA 2GJXB 2NW0A 1WDRA 5DEZA 4AZCA 2FGZA 2WAGA 3UR7A 4FLOA 3GYCA 4CU8A 3SCNA 5EFDA 1VJSA 1NWTA 2J8GA 4AZ6A 1KXVA 4U33A 1JFXA 3SCPA 3SIMA 3UG4A 3AMKA 3MUZ1 1M7XA 1UKQA 2OYLA 2WCAA 2WLZA 5CPQA 4AC1X 3PZIA 3WDIA 2WLYA 2C7FA 2O9RA 4KH2A 1VF8A 5FCZA 3RM4A 5EMYA 4GQRA 1A3HA 3PZ9A 5I79A 5CZKA 5GQBA 3W29A 3WQWA 3KL0A 1QHPA 5A69A 2ZXDA 3A4WA 1V6XA 2DGAA 4LYRA 2VX4A 2IUZA 3CIVA 2EO7A 3NJ3A 3AHZA 1E9LA 4W87A 5KZ6A 5JBEA 3GNOA 1KR0A 3HJEA 3I3BA 4CVWA 1DHKA 4J3WA 1JAKA 1TA3A 2CNCA 1MW3A 2WM0A 3VO0A 4NRSA 2UY4A 1V08A 4W7UA 2J7FA 2VZTA 3VDAA 3PTKA 3AISA 3FN9A 1UKTA 1E4NA 2XIIA 2A3AA 2W91A 1UWTA 1RD6A 4WK9A 1TG7A 1KBBA 1WO2A 2J7HA 2WMFA 3VD5A 3MMWA 2E4TA 3T0AA 1PX8A 2NT1A 1W3HA 2NSXA 3WH9A 2XPKA 5JBFA 5D9OA 5KEZA 3WUEA 3PTMA 3VM5A 2VRKA 1Q6DA 2XYLA 2ZXQA 2FHBA 3WEOA 4UOJA 1NOFA 1WDQA 2V3DA 1E71M 3THCA 3EDEA 4J28A 3SUTA 1VBUA 4P7NA 3OLDA 4UTFA 4UFKA 5IHRA 2DT3A 3AI0A 1ODUA 1US3A 1NWRA 3AIEA 4JL1A 3VIFA 4XX6A 2G41A 2W63A 1ZBKA 4GI8A 4UQBA 1NP2A 1X6LA 4W86A 4LGXA 5CGTA 4YHGA 3TA9A 2WBGA 3SCTA 3U57A 1FH9A 3AIRA 3U7VA 2PF0A 4PN2A 4H04A 4QFUA 1ZJAA 4L4PA 3MSDA 3K46A 1BGAA 1CGUA 1LL7A 4FF5A 3VIMA 1OM0A 5M3WA 3M07A 1OGGA 4ZE5A 4L4OA 3DYOA 2XWDA 2EBNA 3M6DA 4JCMA 3NSMA 1WKYA 1UR1A 4HMEA 1UD5A 3DYPA 1HJWA 2PC8A 3ARZA 1EDQA 1E40A 4OIFA 1MXGA 3VIJA 2BHZA 1BLIA 2G8ZA 2OWCA 4AD5A 1W1TA 2GK1A 1PZ2A 3W37A 4HOZA 1OGBA 4PCSA 2WMIA 3LMYA 4HU0A 3GXIA 1XSJA 1VFOA 5BXSA 1DWGM 4X0VA 3UERA 4OKDA 4ZXOA 3VDCA 1E4IA 1C90A 4H8VA 2RGLA 2G3JA 4ZXLA 1IT0A 5CLWA 1NOUA 1PX3A 5A8OA 4D6FA 1TVPA 4MDPA 4HZ6A 1ISZA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2WB5 A;  3AXI A;  1SYT A;  1EO5 A;  2PI6 A;  3L4W A;  4CVU A;  1WP6 A;  4ACZ A;  3K4A A;  3PZT A;  3VVG A;  1CZ1 A;  5E0F A;  1Q6E A;  1UA3 A;  1OIM A;  2CKS A;  4WSK A;  1CGW A;  4R5E A;  3HU7 A;  1DWA M;  2WC3 A;  3ZJK A;  4WJX A;  3A4A A;  4ML4 A;  1TR1 A;  5A6A A;  1MQR A;  4JFU A;  3WBE A;  1AQ0 A;  3GZA A;  3SCR A;  5BRQ A;  5JUV A;  1CNV A;  2CBU A;  2WPG A;  2WK2 A;  5D9M A;  4AZG A;  2DPE A;  3O6A A;  2XVN A;  4P7O A;  2BY0 A;  3S2C A;  1BTC A;  4U2Z A;  2XWE A;  4AWE A;  2OYM A;  5BRP A;  1C8Y A;  1R86 A;  4PMX A;  3IAQ A;  3MV0 1;  4UZS A;  1JZ2 A;  1E6X M;  3CPU A;  2AAA A;  3N15 A;  3WEZ A;  4Y7E A;  3K8L A;  2YKK A;  5I78 A;  1UH2 A;  2F8Q A;  1BG9 A;  3DHU A;  3TON A;  3VII A;  4CD4 A;  1V3H A;  2WCG A;  1K9E A;  2VCB A;  2WMK A;  1OT1 A;  4B9Y A;  3VKK A;  4M8U A;  4H41 A;  2X09 A;  2EPL X;  4FLQ A;  4E4P A;  4WIW A;  4RE3 A;  3VDH A;  4A3Y A;  1L0P A;  5BXR A;  1E6S M;  3A47 A;  3L2M A;  1UQY A;  3SCV A;  1ODZ A;  1E72 M;  3AS3 A;  1Q6C A;  3WH6 A;  4F66 A;  2PBG A;  3VUP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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