2XGBA

Crystal structure of barley beta-amylase complexed with 2,3- epoxypropyl-alpha-d-glucopyranoside
Total Genus 192
50100150200250300350400450050100150200
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
486
structure length
486
Chain Sequence
NVKGNYVQVYVMLPLDAVSVNNRFEKGDELRAQLRKLVEAGVDGVMVDVWWGLVEGKGPKAYDWSAYKQLFELVQKAGLKLQAIMSFHQCGGNVGDAVNIPIPQWVRDVGTRDPDIFYTDGHGTRNIEYLTLGVDNQPLFHGRSAVQMYADYMTSFRENMKEFLDAGVIVDIEVGLGPAGEMRYPSYPQSHGWSFPGIGEFICYDKYLQADFKAAAAAVGHPEWEFPNDVGQYNDTPERTQFFRDNGTYLSEKGRFFLAWYSNNLIKHGDRILDEANKVFLGYKVQLAIKISGIHWWYKVPSHAAELTAGYYNLHDRDGYRTIARMLKRHRASINFTCAEMRDSEQSSQAMSAPEELVQQVLSAGWREGLNVACENALPRYDPTAYNTILRNARPHGINQSGPPEHKLFGFTYLRLSNQLVEGQNYANFKTFVDRMHANLPRDPYVDPMAPLPRSGPEISIEMILQAAQPKLQPFPFQEHTDLPVG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
publication title Chemical Genetics and Cereal Starch Metabolism: Structural Basis of the Non-Covalent and Covalent Inhibition of Barley Beta-Amylase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-AMYLASE
total genus 192
structure length 486
sequence length 486
ec nomenclature ec 3.2.1.2: Beta-amylase.
pdb deposition date 2010-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01373 Glyco_hydro_14 Glycosyl hydrolase family 14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2xgbA00
1V0LA 3WDPP 2OWWA 3FAWA 1EQPA 2E0PA 1EHNA 2WCAA 2PI6A 3MV11 2YL9A 2PWFA 3WEOA 2CITA 2X0HA 2EEXA 1TUXA 4P7QA 3VMNA 1BAGA 3L4YA 3MUIA 1HL8A 1KWGA 3VGEA 4AD0A 3WFZA 3T2QA 4A3YA 1MW1A 3EDKA 1UQYA 3ZT7A 5M3WA 3BMVA 5EMYA 3AIUA 2ZUUA 3PZMA 2BY2A 1FH8A 3VPLA 5BCAA 3CO4A 3EMZA 1BFNA 3OGSA 5DFAA 3UEQA 3HU7A 1I1XA 3SCOA 3AZRA 3WDIA 3CZGA 1UR0A 2WAGA 2W91A 4P8XA 3SCRA 4D6EA 1KGWA 5A8MA 1UH3A 1J18A 2QV4A 4NI3A 4GI6A 3VD3A 8CGTA 1UD3A 3GNPA 3SURA 1KXTA 1O7AA 3FHAA 4PBGA 3VDBA 1JAKA 3TP4A 2DT0A 3OGRA 3NYDA 3POHA 4PMUA 4ZEPA 3WEZA 2J75A 2WBGA 5GNYA 5A94A 1UOKA 1ZBCA 2WVVA 2PBOA 2WMIB 5CGTA 1PEZA 2ZX5A 1SR0A 1VF8A 2VTFA 2JEQA 1W3JA 1VFFA 1KB3A 1Y7VA 2XSAA 1UQZA 1LG1A 4H41A 5C8BB 1V6UA 2YBTA 1UD8A 1J0KA 2E9MA 1E40A 5GNXA 1PIGA 5GPRA 1W1VA 5HBFA 1CGVA 1KXQA 4QP0A 2WHLA 4TVUA 2XTKA 5E70A 4AD1A 2CBJA 1UKPA 1PAMA 3AMCA 3F5LA 4TX6A 1C8YA 4AZHA 4PMZA 1CXLA 1WDSA 1LWHA 4D1JA 1SFSA 1HJQA 1ITXA 2EXOA 4B9ZA 3SEPA 2YL5A 4RE4A 2QMJA 4UZSA 1OINA 3QOMA 1GZJA 4R5EA 4EAMA 4TVDA 1VBRA 1ZL1A 2YDSA 3VNYA 1JGIA 1H1NA 4BS0A 2D1ZA 1UR2A 2DSWA 3IJ9A 3LPGA 4GZJA 2G3MA 4K68A 4AZIA 5AYIA 2BFGA 4JKMA 3ARZA 3WF0A 3CZJA 2NSXA 2FH8A 2CHNA 2DIEA 3BSGA 3RDKA 1FP8A 3WNOA 1J9YA 1CNVA 3JUGA 4DUWA 2J78A 1M53A 4DWSB 3FHQA 3IAPA 5I78A 2IXUA 4L4OA 3WEMA 3VX0A 2X8RA 4D6JA 5LA0A 3AROA 4JL1A 2BVTA 3W4RA 3AYRA 4ZENA 5CSUA 4GI8A 1QI3A 1OT2A 1BVNP 1VAHA 5CJ5A 2G3JA 3AXHA 1EOKA 4QLJA 1RD6A 4GO8A 5JBDA 5DO8A 4D1IA 2DSKA 3BC9A 3BAJA 3DHUA 1BYDA 3M6DA 3TTOA 1UUQA 2XFYA 5DT7A 3M46A 1EQCA 1KWKA 4BZYA 1AQ0A 3WKZA 4HZ6A 3VD7A 1QHOA 2J7BA 4JFUA 1FFRA 2WC7A 3AS0A 4PTXA 5A6SA 1NOWA 2BVDA 3ARTA 3EDDA 4J3VA 1BQCA 1EO5A 4HA4A 1JD7A 3PN8A 2XVKA 3SUTA 3THCA 4EK7A 2VCCA 4AD2A 2PBGA 1TE1A 4UOJA 3WN6A 5JBFA 2V3FA 3VKKA 3RO8A 1EGZA 1TR1A 1HNYA 1TFVA 1J01A 3T0BA 1A47A 1CDGA 1JFHA 1BPLB 5LA1A 3BXWA 3PHAA 4BQ3A 1UWSA 4URIA 3T0AA 1GQJA 4UQAA 1J10A 2G3NA 3AMLA 5EFFA 2D23A 2WSKA 4XUYA 3VO0A 4ZFMA 5A6LA 1N82A 4PMDA 5CLTA 2VZSA 4P8WA 4PUEA 4QLKA 1DWAM 4OOUA 4AZCA 1AMYA 1E43A 1JAEA 4UQEA 1OM0A 2BY1A 2XIBA 1QI0A 2FGLA 1E4IA 4HPHA 2VQTA 2E3ZA 4FLQA 1HKJA 1NARA 4UOZA 1E72M 4OZOA 1ZS2A 4MB3A 4Z2IA 2WKLA 1E4MM 3GXMA 1M7XA 2WC3A 2X05A 3FNDA 2B31A 3SCPA 2E9BA 2VCBA 4P7NA 4WKFA 1OSEA 3D5HA 4PMOA 2CHOA 3CTTA 1US3A 2AOSA 1LWJA 3N1AA 1TZ7A 4KMQA 1W9BM 1EO7A 1JFXA 4W87A 4FMVA 3IANA 2DDXA 3ZM8A 1ZBKA 3BCDA 1DWJM 1CGTA 1JF5A 5D9OA 1CXEA 3W38A 1QNRA 4A3HA 4ML4A 2Y8VA 2J74A 4LYRA 2IUZA 3ARUA 3RMEA 1GONA 2ZUWA 4C7FA 5AC5A 1QHZA 3BAYA 3CLWA 1ZU8A 1E4NA 4UQCA 1E3XA 3WENA 5IXEA 4CKQA 2ZOXA 1DP0A 3T2OA 3LPFA 3VGBA 3VGHA 2RGLA 4C7DA 1BVZA 2XGIA 5ABFA 5M03A 3ZSTA 1HVQA 3ARXA 4X9YA 4HPGA 4TUFA 4J3TA 3UCQA 2CYGA 1CTNA 1VEPA 2ZUNA 4W85A 3WMSA 3MO4A 2DPEA 2YL8A 5EBAA 2VRKA 4P7OA 4PUDA 4S3JA 1J0YA 3HMCA 2WPGA 5EB8A 2DSUA 1UZ1A 1KQYA 3M07A 4HMEA 5FOOA 1UKSA 1NH6A 1UA3A 3EDEA 5A6KA 4CU7A 2XFFA 5HNNA 3AS2A 2CCRA 2CIPA 4HMCA 2Y4SA 4N42A 1EA9C 2BNJA 1BLIA 3NDYA 2YIHA 5A6AA 3GXDA 1HL9A 1E6XM 2PB1A 1E6QM 2F2HA 2UY2A 3L2MA 1WZMA 3VOCA 1JG9A 1UWUA 3BMWA 1OWQA 1CPUA 1HF6A 4LXFA 1QOXA 4HA3A 2VMFA 2ZXQA 3VVGA 4IPNB 2QHAA 1IV8A 5DT5A 4PMYA 3KL0A 1B0IA 2QF8A 5ECUA 3IK2A 4E8CA 1XSKA 2E9LA 7TAAA 1VEMA 1ODUA 1FHLA 2W66A 4JZ5A 5CSYA 1E3ZA 3ZQ9A 1W9XA 4V28A 5A95A 6CGTA 4PCSA 3W29A 3KE0A 2C8NA 2ZWYA 1MVYA 2EJ1A 4AMCA 1JXKA 2WCSA 3AFBA 1Q4NX 1GORA 1MFVA 2DSZA 1JYNA 1CGUA 2WZHA 4R27A 2W67A 1BSIA 3GM8A 1F4AA 2G41A 5DF0A 4AZGA 4QAWA 4UQDA 2J4GA 2YA0A 2E40A 3ARWA 2D24A 1KCLA 3L2LA 1X6NA 4QDMA 2BY0A 1NWSA 1FHDA 1H49A 4UNIA 5M17A 1F4HA 2VX5A 3FXYA 3VINA 2OWXA 3VDHA 1PJ9A 2G8ZA 3FAXA 1MFUA 4NZCA 3WNNA 4QFUA 4CU8A 1DWFM 4JFSA 2OSXA 3U7VA 4MNLA 4PMNA 3SUWA 3GBDA 2WWCA 2IXVA 3RIKA 2J7EA 3WL1A 3CUHA 3MMWA 4KGJA 1LLOA 2YBUA 4HOXA 2J25A 2XM1A 1B90A 2XM2A 3DYOA 2XUCA 2AMGA 3VMOA 1CIUA 1G1YA 2F61A 1OB0A 1IZJA 3VD4A 1JYVA 3AIBA 1WZLA 4CD7A 4RE2A 4WIWA 3F4VA 1V0KA 1V6XA 1B3WA 1QNOA 1A3HA 4U3AA 4KRUA 1OD8A 1GPFA 4UFHA 5ABFB 4U33A 4Q7NA 3BAXA 1I75A 2A3CA 5BYWA 1W3LA 4WK9A 5D8WA 3WUEA 1V3LA 4UOQA 1B3YA 5FL0A 3QHNA 4LQ1A 7A3HA 5JBEA 3N15A 1V3HA 3WNMA 5EFDA 3LMYA 3DC0A 3W0KA 3W6LA 1VFMA 2EPKX 1PZ2A 4U5IA 1MW3A 1B3ZA 3MUZ1 5I2UA 1W1YA 2GFTA 1E71M 1WP6A 3RM8A 2WKGA 4AD4A 1UD6A 5BXTA 1CXIA 2O9PA 1OBAA 1V02A 3CBWA 1HP4A 1PBGA 5DEZA 4KWUA 1WCGA 2VO5A 1AQMA 3N18A 4AY1A 4IISA 1V0MA 1UKTA 2V5DA 1G01A 4FLRA 2WSPA 3N11A 3KL3A 1HN1A 2A3BA 1PX8A 1CYGA 3U57A 1HJWA 3ZR5A 1GQKA 3ZOAA 5E6ZA 1VFUA 1TA3A 2WW5A 1ISWA 1Q6CA 3WD4A 3AOFA 3WBEA 2DEPA 4N0RA 3T08A 3WQ8A 1E6PA 3ZO9A 3WDJA 3TOPA 1CGYA 1WDRA 3AHYA 3VIJA 2J7CA 2EPNA 3OLEA 3PZVA 2X0YA 1E0WA 4DWSD 2BXZA 3MSDA 1WDPA 4W7WA 3PZUA 2XVPA 4IPLA 3AIEA 3S2CA 5FCZA 2A3HA 1WZKA 2EPMX 4U2ZA 1B31A 2CESA 1C90A 1MQQA 3GH7A 2CBIA 3MU7A 2XIIA 1B3VA 1H4PA 3S6TA 1JDCA 2FHBA 4S3KA 2NT1A 1QNSA 2CEQA 5CXPA 2ZICA 4DUVA 2BS9A 2Y2WA 4F9DA 4P8UA 4AC1X 1Z32X 1KGUA 3WQVA 1GOMA 1HKIA 4UR9A 3K8LA 5A6BA 4D72A 4AISA 4E2OA 4CD5A 1GCYA 5HOSA 1VJSA 2UY5A 1DHKA 3AI0A 3CZKA 1E15A 4W8AA 5FKYA 4RE3A 4UFLA 2DT3A 1W32A 3KEHA 1GHSA 1EHAA 4M56A 1ZBVA 5A8PA 1VENA 3OIHA 1CECA 1S46A 5I24A 4PMVA 3ARSA 1HP5A 4ATWA 2W61A 4NRSA 2D0GA 4BQ5A 2DH3A 3WH6A 4YHEA 3SCTA 4J27A 5BWFA 1WO2A 6TAAA 1X1NA 4BA0A 1OIMA 2GDUA 1E55A 3GYCA 1VJZA 2D0HA 1DTUA 1JDDA 1DWHM 3VILA 1GNXA 4Q22A 4AW7A 1GOQA 1BG9A 3K8MA 5FIPA 2PWGA 1W2VA 1KCKA 1V6WA 3I3BA 4JFWA 4H8UA 1CXKA 2D3NA 3VD9A 1NWRA 1CENA 5BRPA 1JI2A 4FLSA 3WNPA 3HN3A 4IM4A 3QR3A 5I23A 2VNCA 1UZ4A 1LL7A 1XH1A 4HMDA 3SCQA 4GQRA 1OCQA 5HDRA 3U7BA 3BAKA 3CUJA 4HZ8A 4WSJA 3ZT6A 2J8FA 5JIPA 4H2CA 3WMCA 4PTVA 4YPJA 1JYWA 1W1TA 1UR9A 2WYSA 6A3HA 1L8NA 3IJ8A 1JNEA 5CQ1A 4Z2KA 3AZSA 1JL8A 3WD2A 3RJYA 4DWSC 3GNOA 3N04A 4JIEA 2WHMA 3GH4A 1LG2A 1XYFA 3BSHA 1TVPA 1XGZA 2ZX8A 1KXVA 1XYZA 5E9AA 3CHEA 3BH4A 2XSBA 4AD5A 4AZ6A 2Q8XA 3VIMA 1HT6A 4W84A 3T09A 1ESWA 1V6VA 1Q6DA 1MXGA 1M03A 4UFMA 1QI4A 1J0HA 3LPOA 1E1FA 4RL3A 4JCMA 1W91A 4GINA 4Z2GA 2GJXA 1U33A 3WD3A 2EPOA 2XVLA 2YOCA 1OGBA 4UCFA 4MAVA 4PTWA 2C7FA 2W5FA 3F5KA 2CBVA 1CLXA 2J77A 4QLLA 1PX4A 3MUY1 3WH8A 1JNDA 3G6LA 3NJ3A 5KZ6A 1D3CA 3WDRA 2DQXA 1PX3A 5A6JA 1XH2A 3ARVA 3ARQA 2QPUA 2YDQA 2PC8A 4BF7A 5JIWA 3AS1A 4V27A 5A1AA 2FDMA 3NSXA 2GDVA 2WVVB 3E1F1 1LL6A 4PMXA 4PSRA 3L4XA 1IZKA 2WVTA 3WUBA 3WNKA 2GJPA 2ZUMA 4H7VA 4KRTA 2VRQA 4W7VA 3FY1A 4PN2A 3LPPA 1BGAA 1B3XA 4AZ5A 3OBAA 1UWTA 5I5RA 1UKQA 3RM4A 2PF0A 1UH2A 4FK9A 3IAQA 1ZJBA 3WH7A 3CH9A 4MB4A 1H0GA 2VR4A 3AHXA 3W24A 5CPTA 1NOFA 2J62A 4J3XA 2X1IA 1ISYA 1KFWA 2XJ7A 2VOTA 3ZJ6A 4GKLA 3B9EA 2J7HA 2WK2A 1K6AA 3A4WA 3I3DA 2OYLA 4WSKA 1FH7A 1GVYA 1NP0A 3KZSA 3VM7A 4ZE5A 3SUVA 3BCFA 5C70A 4CCEA 3RPMA 2WLYA 4HU0A 3O2LA 1W3KA 4M82A 5BXSA 4U3CA 1Q6EA 1UWRA 3ECQA 2VURA 3AHVA 4OKDA 3T2PA 1WZAA 5D9PA 1AQHA 1BYBA 4F9JA 2EO7A 3A4XA 1CXFA 1KR1A 3WF2A 2JIEA 5HPOA 2VZTA 3GXFA 3CHFA 3VNZA 1WDQA 4MNJA 3NCOA 3TONA 3EMCA 1E6RA 4EE9A 4HOZA 5A2CA 4MDOA 1JIBA 3ZR6A 2ZWZA 3OB8A 3AMDA 3CIVA 1W1PA 3A6OA 5CG0A 2PWEA 5AC4A 4D6GA 2GJRA 1V6YA 3GTNA 1CGXA 3SUSA 3VX1A 1VIWA 2D20A 4D6CA 3QHOA 2EBNA 3OLIA 5LYRA 1E5NA 1TG7A 3WUGA 2GUYA 5D9MA 2X2YA 4PRWA 3IJ7A 1KBBA 2XHYA 2WMHA 1B1YA 2J47A 2FH6A 2HISA 2FGZA 2WBKA 4XZWA 4UTFA 2J79A 1XD0A 4QCEA 3VD5A 3W37A 4JL2A 4WKAA 1EDTA 1SMDA 2GJXB 1TMQA 1Q6GA 1HVXA 3VIIA 4MTVA 5AY7A 4UFIA 3K4AA 3SCNA 2V3DA 3CPUA 1RP9A 2ZUVA 4U5KA 2BHYA 2VCAA 2CKSA 5AYBA 1UYQA 4AIOA 1WPCA 2XFRA 1PIFA 2WMKA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1V0L A;  3WDP P;  2OWW A;  3FAW A;  1EQP A;  2E0P A;  1EHN A;  2WCA A;  2PI6 A;  3MV1 1;  2YL9 A;  2PWF A;  3WEO A;  2CIT A;  2X0H A;  2EEX A;  1TUX A;  4P7Q A;  3VMN A;  1BAG A;  3L4Y A;  3MUI A;  1HL8 A;  1KWG A;  3VGE A;  4AD0 A;  3WFZ A;  3T2Q A;  4A3Y A;  1MW1 A;  3EDK A;  1UQY A;  3ZT7 A;  5M3W A;  3BMV A;  5EMY A;  3AIU A;  2ZUU A;  3PZM A;  2BY2 A;  1FH8 A;  3VPL A;  5BCA A;  3CO4 A;  3EMZ A;  1BFN A;  3OGS A;  5DFA A;  3UEQ A;  3HU7 A;  1I1X A;  3SCO A;  3AZR A;  3WDI A;  3CZG A;  1UR0 A;  2WAG A;  2W91 A;  4P8X A;  3SCR A;  4D6E A;  1KGW A;  5A8M A;  1UH3 A;  1J18 A;  2QV4 A;  4NI3 A;  4GI6 A;  3VD3 A;  8CGT A;  1UD3 A;  3GNP A;  3SUR A;  1KXT A;  1O7A A;  3FHA A;  4PBG A;  3VDB A;  1JAK A;  3TP4 A;  2DT0 A;  3OGR A;  3NYD A;  3POH A;  4PMU A;  4ZEP A;  3WEZ A;  2J75 A;  2WBG A;  5GNY A;  5A94 A;  1UOK A;  1ZBC A;  2WVV A;  2PBO A;  2WMI B;  5CGT A;  1PEZ A;  2ZX5 A;  1SR0 A;  1VF8 A;  2VTF A;  2JEQ A;  1W3J A;  1VFF A;  1KB3 A;  1Y7V A;  2XSA A;  1UQZ A;  1LG1 A;  4H41 A;  5C8B B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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