2XGBA

Crystal structure of barley beta-amylase complexed with 2,3- epoxypropyl-alpha-d-glucopyranoside
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
486
structure length
486
Chain Sequence
NVKGNYVQVYVMLPLDAVSVNNRFEKGDELRAQLRKLVEAGVDGVMVDVWWGLVEGKGPKAYDWSAYKQLFELVQKAGLKLQAIMSFHQCGGNVGDAVNIPIPQWVRDVGTRDPDIFYTDGHGTRNIEYLTLGVDNQPLFHGRSAVQMYADYMTSFRENMKEFLDAGVIVDIEVGLGPAGEMRYPSYPQSHGWSFPGIGEFICYDKYLQADFKAAAAAVGHPEWEFPNDVGQYNDTPERTQFFRDNGTYLSEKGRFFLAWYSNNLIKHGDRILDEANKVFLGYKVQLAIKISGIHWWYKVPSHAAELTAGYYNLHDRDGYRTIARMLKRHRASINFTCAEMRDSEQSSQAMSAPEELVQQVLSAGWREGLNVACENALPRYDPTAYNTILRNARPHGINQSGPPEHKLFGFTYLRLSNQLVEGQNYANFKTFVDRMHANLPRDPYVDPMAPLPRSGPEISIEMILQAAQPKLQPFPFQEHTDLPVG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
publication title Chemical Genetics and Cereal Starch Metabolism: Structural Basis of the Non-Covalent and Covalent Inhibition of Barley Beta-Amylase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-AMYLASE
total genus 192
structure length 486
sequence length 486
ec nomenclature ec 3.2.1.2: Beta-amylase.
pdb deposition date 2010-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01373 Glyco_hydro_14 Glycosyl hydrolase family 14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2xgbA00
1UWIA 2Q8XA 2YJQA 1GORA 1E5JA 1R85A 3CHCA 1GOQA 5I78A 2VTFA 3TTYA 3GNRA 4Z2IA 4WKFA 1EO5A 5A2BA 3EDJA 5I24A 1ZBVA 4D6DA 3AZRA 1KCKA 4AD4A 4MNJA 1JGIA 1V3JA 3BXWA 4HZ7A 5JIPA 4QAWA 3T2PA 1BFNA 1I1XA 4GO9A 1MYRA 3ZJ7A 4MTVA 1GUVA 1OGSA 3CUGA 4GZIA 2DT0A 2CHNA 2G4FA 2RGLA 4WSKA 4ATLA 1UD8A 4Y7EA 3UERA 2F61A 1JF5A 1P6WA 1X1NA 3DC0A 2VRJA 2DT1A 2EPLX 3L4UA 4GI8A 1V0NA 1UKQA 3PZUA 1OD8A 2NSXA 4UQAA 2ZXAA 1VJSA 1BLIA 1XSKA 4GPNA 3WSUA 4B15A 4CN4A 2CYGA 2MANA 1BG9A 1M53A 2BFGA 5E9AA 3ZJ8A 5I2UA 3AIBA 3M07A 1ZL1A 3F4VA 5A95A 3HMCA 4J28A 2QMJA 3VGFA 5BXSA 4D6EA 2X09A 1MWOA 4V2XA 5C70A 3GXIA 4IUGA 1SR0A 2WCAA 1XSIA 3WNKA 2YKKA 4R27A 3L4TA 1NOWA 5LA2A 2CHOA 3EMZA 5D9PA 2WW5A 2VI0A 1PZ3A 3VIIA 1Y7VA 2W66A 5CQ1A 1TE1A 1C8XA 3IAQA 4MB1A 1ODZA 1IZKA 3POCA 2G3MA 3J7HA 5CPSA 4FK9A 2C7FA 2QF8A 3MMDA 4AD5A 1PBGA 2YL8A 3SCPA 1JIBA 4Z2GA 1WDRA 1Q6CA 2YA2A 1H4PA 3OZOA 1CDGA 1E0WA 1E6NA 1VEOA 4KRTA 2XFYA 1C93A 3PZMA 4UOZA 2VC9A 4E8CA 3BGAA 5M17A 4FLRA 3KZSA 2WM0A 4B3LA 5HNNA 3EYPA 4TXEA 1NWSA 2CESA 5AYIA 4UQEA 4BCEA 2VURA 4JL1A 4AZIA 2IXVA 5M3WA 4A4AA 1TA3A 3VD3A 3FAWA 4BZYA 1RP9A 2BVTA 4PRWA 1QNOA 1J0YA 2DSWA 1JAEA 1E72M 3IANA 3WDHA 1R86A 2XTKA 9CGTA 5E6ZA 1UHVA 1V6UA 1C90A 2D20A 4PMOA 4J3XA 1GOIA 2JEQA 1ZJAA 1VFMA 4W7WA 3AHTA 2FHFA 4MB5A 1GOMA 1GPFA 1HNYA 3VX1A 1DWHM 3GH4A 4CU6A 2VX6A 3PZTA 2W91A 3BMVA 1HJSA 4MAZA 1JD7A 3EBVA 3CH9A 4DUWA 1E1FA 4Z2KA 4ZXLA 2BHUA 1E6XM 1W32A 1JZ7A 1GVYA 1GJUA 4P7OA 1CGXA 3S6TA 2E3ZA 2XJ7A 2XWDA 3AS0A 1AMYA 1UR8A 3VDHA 3DYOA 3CO4A 3VD7A 1E0XA 3M7SA 1HIZA 3BH4A 4R5EA 2Z1SA 3UR8A 5D9OA 2E4TA 2XVLA 4RE3A 4CCDA 4PTVA 1BYBA 4WSJA 4JL2A 1UR1A 3VGHA 3WNLA 1EQPA 5KEZA 1MFUA 1OCQA 4XZWA 4JHOA 3LPOA 1GCYA 3ZQ9A 4Q7NA 4PUEA 4YPJA 3NDYA 3U57A 3WEOA 3K4AA 3POHA 2BVDA 3RO8A 5CJ5A 3WENA 2ZUMA 2EEXA 1CIUA 4DM1A 1K9DA 3WFZA 4LXFA 4MB4A 3O2LA 4J27A 3THCA 2D2OA 1V6VA 3MMUA 4P8XA 2WZEA 1W3JA 5IHSA 2WHLA 3RILA 1UWTA 3RCNA 4E4PA 3VMNA 4QP0A 4GI9A 4IPLA 3OIHA 3AXIA 1M04A 1B3VA 2ZXBA 1UR9A 2FHBA 2PC8A 1V3MA 1EHNA 5A6BD 4BA0A 4WF7A 2OSYA 3CUJA 2BNJA 4EAMA 2D3NA 4UZSA 1E6QM 4F8XA 3FHQA 4M82A 1J9YA 3D3AA 1KGUA 3AFBA 3AXXA 2DSVA 3EMQA 3AS3A 4PTMA 4CN6A 3WDQA 5GPRA 1FFQA 1C7TA 7CGTA 1XCWA 1JDDA 4QFUA 4KWUA 1LLOA 1QNQA 1K9TA 2ZX7A 3I3BA 2WYSA 3ZM8A 3WNMA 2FH8A 4ACZB 4DWSB 3NYDA 3BLKA 3TOPA 1X6NA 3BAWA 2E0PA 3UR7A 3PTMA 1QHOA 1XRVA 2RGMA 3ALFA 1FH7A 2WMGA 5ABGA 1LWHA 5M5DA 2J79A 3VUPA 5A1AA 1AQHA 2OYLA 1W9PA 2CIPA 2VO5A 3E1F1 3VPLA 4NI3A 4H7VA 1PX8A 1KQYA 1MQPA 2QPUA 1VRXA 3PZVA 4NSBA 3IJ9A 3RJYA 3AISA 1QVBA 1EHAA 2XVGA 3B9DA 3GH5A 1WDPA 3BCDA 1UD2A 3CHDA 3ZMRA 1VAHA 4HU8A 1QPKA 3L4WA 4J7RA 4AIEA 1B2YA 2DEPA 2NT1A 4JCLA 2DSUA 1XSJA 2VNCA 2CKSA 2OWCA 3GYCA 2PWHA 5TD4A 5JBFA 2VX7A 2O9RA 1B3YA 1QNSA 2QPSA 3U7VA 3A47A 1TFVA 4L4PA 2A3BA 3VDAA 2A3EA 1XHGA 4ATWA 4ZE4A 2VRQA 3G6LA 3SCUA 5I77A 2DIJA 1KWGA 3VNYA 2DQXA 3IJ7A 4AZHA 2YA0A 2BVYA 2CITA 4U3AA 4UZUA 3RJXA 1C3FA 1GONA 1NH6A 4AW7A 1UH2A 4W7UA 1JG9A 3MS8A 4UQCA 2WMHA 3SUTA 3MKKA 2CKRA 4AD1A 2WMFA 1JD9A 2J77A 4GI6A 4HOZA 3DHUA 3N12A 2ZICA 1MW2A 4PMQA 4ML4A 2D3LA 2DH3A 1UYQA 1JF6A 3N18A 1OT1A 1QI5A 2J7EA 3T08A 1CPUA 4L4OA 5CLTA 3AMLA 2DT2A 5ABHA 1JNDA 5JBDA 1ISYA 3WUGA 1U33A 3UG5A 1ZB5A 2OLHA 4YHEA 2E9MA 3K4DA 1G9HA 1GJWA 2E9LA 5I6SA 3CPUA 3GM8A 1WZLA 4U33A 3AI0A 1VFOA 1GQKA 1UKTA 4DWSD 3KL5A 1J11A 3PN8A 3CIVA 2W61A 2CNCA 3ZR5A 4PYSA 1L8NA 4MNKA 5AY7A 1F4HA 4MPKA 4PN2A 1TZ7A 2A3HA 1JL8A 3QOKA 4P8VA 1CYGA 1HJQA 2X05A 1TCMA 4W93A 1FP8A 3TA9A 4XZBA 3CMGA 3K8LA 4AIUA 1MVYA 4QLJA 1OIMA 3K46A 4WIWA 1G1YA 4KGLA 4AWEA 4LYQA 3BLPX 2XSBA 2YDRA 1HT6A 5IDIA 4TTUA 3VD5A 1E55A 2C0HA 4W8BA 1E56A 1PJ9A 1V3HA 1JXJA 4P7QA 3ZO9A 1J18A 1CXLA 3U5UA 5IXEA 3GNOA 1UR4A 3MSGA 1WPCA 3WQ8A 5LYRA 3VO0A 3SURA 2WVVA 6TAAA 1WNOA 1HKMA 3N1AA 2PWDA 2WLYA 3NCOA 4RE2A 3WN6A 4TUFA 4HPHA 1BF2A 3AMDA 5JUVA 1V03A 1VFFA 4M8UA 5AC4A 4S3JA 1EH9A 5BXRA 3L2MA 2F2HA 5D8ZA 1WE5A 3WDIA 4HOXA 3MUAA 4J3WA 2ZUUA 2OWWA 5E70A 1EOKA 3ARPA 2OYMA 1XD1A 3MU7A 2CBIA 3RM9A 5IFPA 1OGBA 3CUIA 2J7DA 3SCNA 4AEEA 3VTRA 4XX6A 2O92A 3WQ5A 3MV01 1ISZA 1SMAA 1AVAA 3ZR6A 5A8OA 1KCLA 1EXPA 1YQ2A 1I1WA 1HP4A 2J8GA 4HU0A 3SUSA 2Y8VA 3IK2A 3AYSA 2XSAA 1CGTA 1EDTA 1NOUA 2XFRA 3ARUA 1J10A 1RD6A 3B9EA 1G5AA 1HL9A 4P8UA 5IHRA 4W86A 1D3CA 1E5NA 2ZWYA 4M1RA 2D24A 2WMIA 1TVNA 1W9BM 2EBNA 1PX4A 1SYTA 5A94A 1PEZA 4CU7A 2FGZA 3TTQA 3CBWA 4Z2JA 1ISWA 1GNXA 3M46A 4CKQA 1UWQA 5BXPA 3WNPA 3S2CA 1O7AA 1W3KA 2ZUTA 3VGBA 3ZIZA 4WKAA 4WLCA 3VKKA 2G3IA 3AMKA 1EIBA 3A6OA 3WEZA 3WQWA 5C8BB 2YL9A 4UCFA 3AIUA 2BHYA 3WNNA 1PIFA 3AMGA 1W9XA 1S46A 1VF8A 1U2YA 1QNPA 1KXQA 2GK1B 3WH9A 4GZEA 3WNOA 3W4RA 1TA3B 1HJXA 4GIAA 1WZMA 4QCFA 2WBKA 3RPMA 3TTOA 2ZIDA 5AYBA 1CXKA 1E70M 3B9AA 3QHOA 2GUYA 1V3IA 1B1YA 3HU7A 1KR0A 5A6AA 4UFJA 1J0HA 4W5UA 3A4AA 1NP0A 4PMZA 2B31A 1MXGA 3ARRA 4QCEA 1EOMA 1GOWA 2BXZA 1UD4A 5ABFA 5DMYA 4MDOA 5A6KA 3WDRA 6A3HA 1DWAM 1CLXA 1BQCA 4KGJA 1C8QA 5JBEA 4IISA 1G94A 4JFUA 1DEDA 1JZ4A 2WKGA 1K6AA 2OSWA 4AZBA 4JHZA 1MQQA 1RPKA 2E8ZA 3EDDA 3SIMA 1V3LA 5A6SA 5E0CA 4AISA 3G6MA 4GZJA 4JKMA 1NM9A 1C92A 1UUQA 4XUYA 1GQIA 1E6PA 1JFXA 4JCMA 1DWGM 2PI6A 5E0FA 4PSPA 1HN1A 3K8MA 3W37A 1M01A 2X0YA 1W9VA 3KWXA 5CSYA 2VX4A 4J3TA 3W6MA 2Y2WA 1DHKA 5GNZA 4IPNB 1KGWA 4JAWA 2YA1A 1JDCA 1FP9A 3WELA 2GJXA 4BF7A 1Q6FA 1V6XA 1UZ4A 3WMSA 5I3DA 3W0KA 3WQ4A 1WO2A 3GBDA 3DECA 3CZLA 4U31A 4CD5A 4AMCA 3AIEA 2V3EA 2XVNA 4PTXA 1GQJA 1OGGA 4UQ9A 2VZVA 4KMQA 1VJZA 4TX6A 5D9NA 1V0LA 1DTUA 1XV8A 4HZ6A 5A6BA 3VIHA 3PZNA 2YBUA 3VGDA 1M7XA 1H09A 3N13A 3QR3A 1TUXA 4JFTA 1JI1A 3SCTA 2G8ZA 2W5FA 3MUIA 1OM0A 3FW6A 5M03A 1HP5A 5A2CA 1Q6EA 2PWGA 2V38A 2YDSA 4UOQA 5EMYA 1R7OA 2EO7A 1E71M 3TP4A 4E2OA 3NSNA 4MNMA 4DUXA 2CERA 2CEQA 1CXEA 3W29A 2FHCA 4BQ5A 1W2PA 1WZKA 1SMDA 4J3SA 3W24A 4W88A 3QHNA 5I0DA 1QW8A 5A3HA 4JZ5A 2X2YA 3GXFA 4FMVA 2IXUA 5HDRA 1KBKA 4WK9A 3LPGA 4QLKA 2AMGA 1NWRA 1H41A 2CCRA 2XPKA 4BQ2A 1K9EA 2XGBA 3MMWA 1XCXA 4C7DA 2WHKA 2DSZA 4B9ZA 3MANA 3UCQA 5EFDA 2CBJA 1JZ6A 2Z1KA 1O6IA 5HPOA 4H8HA 2BY0A 4F9DA 1ZBWA 3NSXA 1UQYA 2OYKA 1FHDA 1FOBA 5I79A 3VIMA 3EDKA 3LMYA 1NQ6A 1E1EA 3CUFA 4M29A 3B8SA 3TTSA 1SFSA 3CZJA 3FHAA 2PWEA 4AEFA 4PMRA 3RMEA 1OT2A 3L4YA 2WWCA 2YL6A 1G01A 2XM1A 3WD1A 4JFSA 2WPGA 4LPCA 3W25A 1W1VA 3L4VA 4RE4A 4W89A 5DO8A 1HKJA 2ZOXA 5E6YA 1WB0A 1R87A 7TAAA 4ATDA 3AHZA 2UY3A 8A3HA 3ZT6A 4CVWA 3VM5A 1V08A 3QHMA 1W3HA 1HJWA 1NWUA 3W26A 3GZAA 1C91A 2D1ZA 1UD5A 5BRPA 1MQRA 1E4NA 4OKDA 4C7FA 1DP0A 3W38A 1OSEA 4PCSA 3BSHA 1E3ZA 3AHVA 1W1YA 4JKKA 1BGGA 3VD4A 1WP6A 3AHXA 3WMBA 2FGLA 5FOOA 3WQVA 2J25A 3NIYA 1MFVA 2YDQA 3N15A 1WAWA 2HISA 4TVUA 4PMYA 3VGEA 2QMKA 7A3HA 3W81A 3DYMA 1B90A 2V3DA 3KL0A 5C71A 1Q6GA 1UA3A 4TX8A 6CGTA 4H8UA 1E43A 2ESCA 4BQ4A 2ZX6A 1MW3A 1W1TA 1V02A 4NZCA 1J0ZA 4AD2A 3KE0A 2J7HA 2XIIA 2A3AA 4PMVA 1KB3A 1TR1A 1KXTA 2VRKA 3LPPA 2D23A 1I75A 1GQLA 2C8NA 4UQDA 4HMCA 3BSGA 1CTNA 4CGTA 1ODUA 5A69A 1E9LA 3QGVA 1FHLA 1B3ZA 4LQ1A 2YLAA 3VIJA 3PTKA 2JEPA 3CMJA 1UR0A 3A4WA 2ZWZA 1NWTA 1D7FA 1PZ2A 4UFIA 2VZTA 1UQZA 4D6CA 3T2OA 1R7AA 1UA7A 1KQZA 1ZU8A 2O9TA 2UY5A 1FA2A 3NSMA 1DWIM 4JFWA 4HA4A 1E15A 3CZEA 1HKKA 3PHAA 3UEQA 1GVIA 1UWUA 2UWFA 1J0IA 1N82A 2JIWA 2J8FA 5A6JA 1EDQA 2WHMA 1QNRA 5BYWA 3WD3A 2ZX5A 3VD9A 4AZ7A 3VIOA 1XD0A 2UY2A 1B31A 2GDUA 4F66A 4MJ2A 2DSKA 2WHJA 3O9NA 4OIFA 3M6DA 1TVPA 4H04A 3BAIA 2VCCA 4QDMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1UWI A;  2Q8X A;  2YJQ A;  1GOR A;  1E5J A;  1R85 A;  3CHC A;  1GOQ A;  5I78 A;  2VTF A;  3TTY A;  3GNR A;  4Z2I A;  4WKF A;  1EO5 A;  5A2B A;  3EDJ A;  5I24 A;  1ZBV A;  4D6D A;  3AZR A;  1KCK A;  4AD4 A;  4MNJ A;  1JGI A;  1V3J A;  3BXW A;  4HZ7 A;  5JIP A;  4QAW A;  3T2P A;  1BFN A;  1I1X A;  4GO9 A;  1MYR A;  3ZJ7 A;  4MTV A;  1GUV A;  1OGS A;  3CUG A;  4GZI A;  2DT0 A;  2CHN A;  2G4F A;  2RGL A;  4WSK A;  4ATL A;  1UD8 A;  4Y7E A;  3UER A;  2F61 A;  1JF5 A;  1P6W A;  1X1N A;  3DC0 A;  2VRJ A;  2DT1 A;  2EPL X;  3L4U A;  4GI8 A;  1V0N A;  1UKQ A;  3PZU A;  1OD8 A;  2NSX A;  4UQA A;  2ZXA A;  1VJS A;  1BLI A;  1XSK A;  4GPN A;  3WSU A;  4B15 A;  4CN4 A;  2CYG A;  2MAN A;  1BG9 A;  1M53 A;  2BFG A;  5E9A A;  3ZJ8 A;  5I2U A;  3AIB A;  3M07 A;  1ZL1 A;  3F4V A;  5A95 A;  3HMC A;  4J28 A;  2QMJ A;  3VGF A;  5BXS A;  4D6E A;  2X09 A;  1MWO A;  4V2X A;  5C70 A;  3GXI A;  4IUG A;  1SR0 A;  2WCA A;  1XSI A;  3WNK A;  2YKK A;  4R27 A;  3L4T A;  1NOW A;  5LA2 A;  2CHO A;  3EMZ A;  5D9P A;  2WW5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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