2XGIA

Crystal structure of barley beta-amylase complexed with 3,4- epoxybutyl alpha-d-glucopyranoside
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
487
structure length
487
Chain Sequence
VNVKGNYVQVYVMLPLDAVSVNNRFEKGDELRAQLRKLVEAGVDGVMVDVWWGLVEGKGPKAYDWSAYKQLFELVQKAGLKLQAIMSFHQCGGNVGDAVNIPIPQWVRDVGTRDPDIFYTDGHGTRNIEYLTLGVDNQPLFHGRSAVQMYADYMTSFRENMKEFLDAGVIVDIEVGLGPAGEMRYPSYPQSHGWSFPGIGEFICYDKYLQADFKAAAAAVGHPEWEFPNDVGQYNDTPERTQFFRDNGTYLSEKGRFFLAWYSNNLIKHGDRILDEANKVFLGYKVQLAIKISGIHWWYKVPSHAAELTAGYYNLHDRDGYRTIARMLKRHRASINFTCAEMRDSEQSSQAMSAPEELVQQVLSAGWREGLNVACENALPRYDPTAYNTILRNARPHGINQSGPPEHKLFGFTYLRLSNQLVEGQNYANFKTFVDRMHANLPRDPYVDPMAPLPRSGPEISIEMILQAAQPKLQPFPFQEHTDLPVG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Chemical genetics and cereal starch metabolism: structural basis of the non-covalent and covalent inhibition of barley beta-amylase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-AMYLASE
molecule tags Hydrolase
total genus 193
structure length 487
sequence length 487
ec nomenclature ec 3.2.1.2: Beta-amylase.
pdb deposition date 2010-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01373 Glyco_hydro_14 Glycosyl hydrolase family 14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2xgiA00
3IJ9A 5AYIA 2PWHA 1V6VA 5A8PA 4AEFA 3PTQA 2X09A 4ZXOA 3UERA 1MVYA 1GJWA 1WDPA 3TTYA 1V08A 3ZT6A 5LA2A 2XUCA 3N13A 3CGTA 3VX0A 3NCOA 4B9ZA 1CGYA 2WVVB 2VCBA 4A3YA 4CVWA 3A4AA 4L4OA 4D6EA 1ODUA 3FY1A 2J7GA 1O7AA 1GOWA 3D5HA 2EEXA 3CUHA 4QFUA 4XB3A 4D1JA 8A3HA 3IJ8A 1X1NA 2RGMA 1KR1A 1B3YA 1KXVA 5M3WA 3MSGA 5D8ZA 1WDRA 1V03A 4PTXA 2IUZA 1BVNP 1UD6A 2CBJA 3WBEA 3OA5A 3AHTA 2W62A 1OIFA 5CZKA 1W9UA 3W0KA 4H2CA 2J4GA 5A3HA 1KB3A 3NUKA 4FLQA 1E0XA 4HU0A 4JKLA 5A95A 1DWAM 4ACYA 5I77A 3VTRA 1MQRA 3EMCA 3A4WA 3S2CA 1FH7A 1HJSA 3DHPA 3U57A 2Z1KA 3UETA 2XVPA 2CXGA 3ARTA 3UG4A 3LPGA 2A3HA 3K1DA 3T09A 2FHCA 1BAGA 1GQJA 2QF8A 3WMBA 1FFRA 1E6NA 2HVMA 2WMFA 4GI9A 3VO0A 1B0IA 4MAZA 3WF0A 3RM9A 1JXKA 1CTNA 2XVLA 5AYBA 5BROA 2C8NA 2A3EA 4E8CA 2YLLA 4OOZA 5A6AA 2ZX7A 1DWFM 2XWEA 4CKQA 1QHPA 1LG1A 1EDQA 4MB5A 4WSJA 2OLHA 1C8XA 2WKLA 1VFMA 2J7HA 2VCCA 3K4DA 3BCFA 2WM0A 4W5ZA 1HKMA 1JZ6A 2DH3A 4PSRA 2VT0A 5ABHA 3ARWA 1EQPA 1UKSA 4H7VA 1OWQA 1LJYA 1V0LA 4PMQA 1Q4NX 1UR0A 1M01A 1OM0A 3UEQA 1KWKA 2VR5A 3WNLA 1GW1A 2VRKA 4AIUA 3ARQA 3VIFA 3VIHA 1V0KA 1BGGA 4J3XA 2D0GA 1BG9A 1BYCA 1V6WA 3AHZA 4GZJA 1HVXA 2NSXA 2D22A 2G3JA 2E9MA 1WP6A 4PBGA 1CGXA 2DIEA 4KMQA 5D8WA 1PZ2A 3WQVA 2FH8A 2W92A 1H0IA 1ZBWA 2VZVA 3PZ9A 3VD3A 3AROA 2Y4SA 1VBRA 4WKAA 1M7XA 1PX3A 4AZCA 2CCRA 4PMVA 1K9TA 3CO4A 5GNYA 2OYMA 5HXMA 2DSVA 2A3CA 2X0HA 1JF6A 4BF7A 5AC4A 1EO7A 3OG2A 2NW0A 3AZRA 3BAYA 1D2KA 1BYDA 3KL3A 3T2PA 3CHEA 1IV8A 3L4UA 3WQ6A 3HJEA 3OLIA 1OINA 1HNYA 5CG0A 2DGAA 3ZO9A 1CXLA 2CBVA 2G8ZA 2ESCA 2VZOA 1AQHA 4PRWA 1U33A 1BYBA 5DEZA 2WAGA 1ITCA 1E5NA 3K46A 1QW8A 2OYKA 1QNRA 3F5JA 2BHYA 3TOPA 2GJRA 5HBFA 1UOKA 1W9VA 4KRUA 5M5DA 1W1PA 3RILA 1R85A 2G3IA 5E9AA 1XSJA 4UQBA 3ARRA 3ZSSA 1JAEA 1DWIM 4AMCA 2TAAA 1EDTA 2BY1A 1TR1A 2W63A 2Q8XA 1R86A 1UZ1A 3NDZA 2OWXA 2D1ZA 3RM8A 1UD3A 1B9ZA 4WK9A 2XVGA 3L4YA 3VU2A 2J8FA 2V5CA 1ZB5A 4M80A 4OOUA 1I75A 5FL1A 5FD0A 5HDRA 4GO9A 4PTMA 2IXUA 2ZUNA 3GNPA 5EBAA 2DEPA 1E55A 1TMQA 4HA3A 4YPJA 1M04A 5I79A 2ZX8A 4GQQA 2WHMA 3VIPA 2EJ1A 3ZT5A 5CPSA 1TA3A 2J62A 3ZM8A 4DUVA 5FOOA 3WDRA 3WEMA 3MUAA 1UH3A 5ABEA 3KZSA 1CNVA 4GZIA 4PMOA 4TXEA 4UFLA 5D4YA 4PN2A 4AZIA 4JKMA 4MJ4A 1JGIA 3CUFA 5HPCA 4B16A 4F9JA 4JCLA 4MDOA 3RDKA 3BLPX 8CGTA 1PPIA 1TCMA 1A3HA 1NP0A 3WNOA 1DEDA 4H8UA 1MQPA 3KE0A 2PF0A 3UG3A 1JL8A 2DSKA 3QR3A 3WSUA 3U5YA 1V6XA 1JYXA 1MXDA 2YL6A 1JNEA 2PWEA 1V6UA 1PBGA 1ECEA 4P7QA 3CMGA 3T2OA 3GXFA 4WKHA 3W26A 5DF0A 5A6BA 3LPPA 1KFWA 2WWDA 3ZSTA 3NJ3A 2E9LA 3SURA 3TP4A 1V0NA 4W7VA 4DWSD 3PZIA 3GNOA 1EDGA 3WY1A 2DIJA 2CEQA 5D9MA 5HPOA 3GZAA 3N11A 2WVSA 2XG9A 3APGA 1JZ5A 3AMCA 4FF5A 5A6KA 1E4MM 3DHUA 3WH5A 4AD2A 1E15A 3SCNA 4KRTA 4H8HA 2V5DA 3WMCA 3PTMA 3IANA 3BAXA 4GINA 5HNNA 2VO5A 2WWCA 3ZT7A 1JD7A 3OGRA 4PMYA 3VKKA 2BVYA 2X0YA 1FH8A 1VFUA 1VEPA 2VCAA 3OLEA 4ML4A 3SCPA 4AYSA 4D72A 4CD5A 4F9DA 4GKLA 4Q22A 1GJUA 1H4PA 1JG9A 4XUYA 3AFBA 3WEOA 1J0HA 1S46A 3WNMA 4PSPA 4TUFA 1NM9A 4E2OA 3GH5A 3SUTA 1W1TA 1B90A 3M7SA 4AZCB 4TX6A 1UA7A 3EBVA 4UR9A 2VURA 1PIGA 2BFGA 1EGZA 4UZSA 3AICA 4BQ5A 3AS2A 5M17A 1XRVA 3OGSA 7CGTA 2CKRA 2VQTA 5I0DA 5IXEA 3VNZA 3K8MA 2PWGA 6CGTA 4AD4A 4CGTA 1QHOA 5ECUA 4PMXA 1G1YA 1YQ2A 4CCCA 1J18A 3A6OA 1W9XA 2ZX6A 5A6MA 5LA0A 1JYNA 3GYCA 3MKKA 3SCUA 3VINA 4YHEA 4F79A 5A8OA 1NOWA 4JFSA 5AC5A 2CKSA 3EMZA 2O9TA 3QGVA 1GQKA 4QP0A 4NSBA 3SUVA 1VENA 3THCA 2FHBA 3WD0A 1WKYA 2DT1A 3SCOA 1PIFA 1SMAA 5HOSA 2MANA 4JL1A 4RL3A 5KEZA 3AIWA 5JIWA 3O9NA 4D6DA 3W29A 2GVYA 1TZ7A 4ACZA 4J3SA 3ALGA 2ZOXA 2ZIDA 1HJWA 4AC1X 2BHZA 2G41A 4C7DA 2WHKA 2WMGA 4OKDA 2G3NA 3TTSA 5FCZA 1QI5A 3PTKA 4AZ7A 1MW2A 2OSWA 3BCDA 1OGBA 1WZAA 1UYQA 2XFFA 2D23A 2XHYA 4XX6A 1BPLB 1FOBA 5LYRA 4AZGA 2QLYA 2OSYA 3CUIA 1E73M 3SCWA 2VX4A 1CXKA 1VB9A 1VRXA 1E3XA 1CXHA 4UQDA 3HU7A 5ABGA 4HU8A 2D3LA 3OB8A 1CIUA 1KGUA 2BXZA 3N12A 5A6JA 4HZ7A 1CXFA 1DHKA 5EFFA 1CBGA 2DPEA 4GI8A 2PI6A 4IPNB 1RD6A 2X1IA 4EKJA 1Q6CA 1BHGA 2YA2A 4HMEA 5GPRA 1WE5A 2WHJA 3VILA 1VIWA 3WD1A 4JFTA 4MNKA 4Z2HA 1GONA 3AHYA 4DM1A 1ZS2A 1V0MA 4V28A 1GOIA 3RO8A 3KWXA 1TVNA 2E9BA 2WMIB 5JUVA 1HX0A 2UY3A 2G3MA 2F8QA 1DP0A 5E0CA 1UHVA 1LLOA 4J7RA 5EFDA 1JDDA 1W1VA 5A69A 4ATLA 2CYGA 4J3WA 3UG5A 1V6YA 2BNJA 5A6SA 3OGVA 2AMGA 1UH4A 1QHZA 1X6LA 4J28A 1E0VA 2CPUA 2XGIA 1B3ZA 4UTFA 3MO4A 3VDHA 1KQZA 3CHCA 1W9BM 4UZUA 5CSUA 1V3KA 3UR7A 4UOZA 4OBRA 2C7FA 2VJXA 2ZUVA 5I6SA 3VDAA 5A94A 1NWTA 1E40A 3WKZA 2VZUA 2V3DA 3OLGA 1HL8A 3TA9A 3AI0A 4N42A 5DT7A 2EO7A 2YJQA 5I23A 2V38A 1TE1A 3AYRA 1F4HA 3MU7A 1ISXA 5GNZA 4GO8A 1E6ZA 1KCKA 2FGZA 3ARVA 5GQBA 1BYAA 4HOWA 3VGEA 3QHOA 1KGWA 1NP2A 2A3BA 2X2YA 1WNOA 1FFQA 4TOQA 1OBAA 1PAMA 2FH6A 2UY2A 3OIHA 1GOKA 1NOFA 1HJVA 5JBFA 1B3VA 4P7OA 4P7LA 3DYPA 1WDQA 3MUZ1 3NSNA 5BCAA 1H49A 1CLXA 3RJXA 3KL5A 3WBAA 3WEZA 4UFIA 5BXTA 2W91A 3EDKA 4K68A 3GBEA 1UR4A 2CERA 4W84A 4B9YA 3GH4A 1J0IA 1E6QM 3ZJ8A 3CZGA 4W86A 3AHVA 3OZPA 2Y8VA 3ARUA 5M03A 3WH8A 2WZIA 1JDAA 4X0VA 3GBDA 1EXPA 4MB4A 4UQCA 4W7WA 3ARXA 1MXGA 3CUGA 1QVBA 3AJ7A 2D20A 3T2QA 3WDHA 3VDBA 3FAXA 4TX8A 1WZKA 2VQUA 1CDGA 2ZX5A 4V2XA 4F8XA 4QLJA 4W7UA 3VD9A 3U5UA 4LYQA 1GOOA 4ACZB 1US2A 1QBBA 1H1NA 2J25A 4JL2A 1B1YA 2G4FA 4HOZA 1W32A 3BAJA 1JF5A 3WFZA 1E1FA 1UR9A 1E6RA 4D6IA 3BSGA 1TG7A 2BXYA 1GQLA 1UWUA 5CSYA 4J3UA 1XV8A 3AIQA 2XM1A 5D9OA 1Q6DA 5C8BB 2CIPA 5DT5A 1XSIA 3AMKA 5ABFA 1GVYA 3FW6A 2O92A 5E0FA 3AHXA 1NARA 2O9RA 2PC8A 3VM7A 1WO2A 3VIGA 2ZUMA 2DT3A 3WIJA 5GNXA 4LYRA 4JAWA 3N1AA 1J0KA 5FL0A 4JKKA 1GQIA 1MW3A 2JEPA 2J75A 1LWHA 4JFWA 1HN1A 1CGVA 3QHNA 4WJXA 4CU6A 3MMUA 2JF6A 3L4VA 2XTKA 4UFMA 5EMYA 3SCSA 3WD3A 3RCNA 1US3A 2X05A 3FHQA 2OWWA 1IZJA 4U5KA 2XVKA 4WKFA 2J78A 1OB0A 3M6DA 1W2PA 4HZ8A 4S3KA 1UR1A 3VIKA 3F5KA 4J3TA 1QW9A 4J3VA 1CENA 3MUY1 2A3AA 5CPTA 2YIHA 4HPHA 1PX8A 2QPSA 5CLWA 5A8MA 1FP8A 1K6AA 1V3IA 1E5JA 3KEHA 1KWGA 4D6CA 1E6XM 4KH2A 4LQ1A 1J10A 1VEOA 1TFVA 3F5LA 3WF2A 3GXMA 2FHFA 1W3LA 2IXVA 4EAMA 2DDXA 3ZJ6A 2CBIA 2EPNA 4UOQA 1E43A 1CECA 1HP5A 3OLDA 1PJ9A 4UFJA 3W4RA 1VJZA 1UWSA 4M29A 2VX5A 2GJPA 4MB3A 4CN4A 2CHOA 3L2MA 4ZENA 3CMJA 1QNPA 1CZ1A 2ZICA 3WD2A 3BC9A 3K4AA 1NWRA 3B9AA 4IM4A 4NRSA 1EOMA 1MFVA 3N17A 4FK9A 3ZR6A 4GPNA 1XCXA 5A6BD 1QBAA 3B9EA 4P7NA 2WHLA 1AMYA 1BFNA 3D3AA 1JZ8A 5CLTA 4P8WA 1V3LA 1C93A 4HTYA 2E3ZA 1XD1A 4M24A 1BF2A 3AXIA 4HMDA 3VPLA 1UQYA 1ZBCA 3EDEA 1HT6A 3T08A 2AAAA 3SUSA 1JZ7A 1U2YA 3GXDA 3WMSA 3POHA 4UOJA 3CHDA 5F7UA 1DWJM 2JF7A 1PX4A 2WMIA 2V3GA 4MNJA 3FXYA 4MTVA 1JNDA 1E0WA 1AQMA 3ALFA 2YA0A 4ATWA 2CBUA 1QI3A 2GJXA 1JYWA 3LPFA 1Q6EA 4U5IA 1W3HA 3ZOAA 3WL1A 1AVAA 3K8LA 2EXOA 2W61A 2ZWZA 2CESA 1OT2A 4HA1A 4ZFMA 1JFHA 4ZE4A 3L2LA 1UQZA 1JI2A 3SUUA 5A6LA 5BRQA 3IJ7A 1E3ZA 1WDSA 1LG2A 2YL9A 3VX1A 4FMVA 2BV9A 4MDPA 7TAAA 1Q6GA 1V3JA 3AIVA 4R5EA 3I3BA 1XSKA 1DTUA 5BXSA 3ZQ9A 3AMDA 3A47A 3WFLA 2WC7A 3FAWA 1CXIA 1OSEA 4UQ9A 4D6GA 3SEPA 4M81A 3G6LA 2J7EA 3A4XA 1GOMA 1GPFA 2PBOA 1H09A 2EPMX 3U7VA 4DWSC 1Q6FA 5A2BA 4LGXA 2PBGA 4JFUA 3VM5A 3ZMRA 2QPUA 4F66A 3CTTA 1H3GA 4HA4A 2VMFA 2E8ZA 3SCRA 5ABFB 2DSWA 2JE8A 1UKOA 4AZ5A 4PEEA 1OGGA 4UQEA 3N15A 4CN6A 3AS3A 4PUDA 3VIOA 1OD8A 3HN3A 1G94A 2WZHA 3AS1A 2YBUA 1ZBKA 4CD6A 1HP4A 2OSXA 3CZ8A 1CGUA 1FH9A 2ZX9A 4S3JA 1E9LA 1QPKA 1FHDA 4DWSA 2XVNA 1MW1A 2BY2A 2WXDM 1XH0A 3BMVA 3BXWA 5BXRA 4Z2GA 4WLCA 2VC9A 2V3EA 3SIMA 1MQQA 4D6FA 5AY7A 2VX6A 5A8QA 4KGJA 4LX4A 3W81A 3ZIZA 3A3HA 4AD1A 1K9EA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3IJ9 A;  5AYI A;  2PWH A;  1V6V A;  5A8P A;  4AEF A;  3PTQ A;  2X09 A;  4ZXO A;  3UER A;  1MVY A;  1GJW A;  1WDP A;  3TTY A;  1V08 A;  3ZT6 A;  5LA2 A;  2XUC A;  3N13 A;  3CGT A;  3VX0 A;  3NCO A;  4B9Z A;  1CGY A;  2WVV B;  2VCB A;  4A3Y A;  4CVW A;  3A4A A;  4L4O A;  4D6E A;  1ODU A;  3FY1 A;  2J7G A;  1O7A A;  1GOW A;  3D5H A;  2EEX A;  3CUH A;  4QFU A;  4XB3 A;  4D1J A;  8A3H A;  3IJ8 A;  1X1N A;  2RGM A;  1KR1 A;  1B3Y A;  1KXV A;  5M3W A;  3MSG A;  5D8Z A;  1WDR A;  1V03 A;  4PTX A;  2IUZ A;  1BVN P;  1UD6 A;  2CBJ A;  3WBE A;  3OA5 A;  3AHT A;  2W62 A;  1OIF A;  5CZK A;  1W9U A;  3W0K A;  4H2C A;  2J4G A;  5A3H A;  1KB3 A;  3NUK A;  4FLQ A;  1E0X A;  4HU0 A;  4JKL A;  5A95 A;  1DWA M;  4ACY A;  5I77 A;  3VTR A;  1MQR A;  3EMC A;  3A4W A;  3S2C A;  1FH7 A;  1HJS A;  3DHP A;  3U57 A;  2Z1K A;  3UET A;  2XVP A;  2CXG A;  3ART A;  3UG4 A;  3LPG A;  2A3H A;  3K1D A;  3T09 A;  2FHC A;  1BAG A;  1GQJ A;  2QF8 A;  3WMB A;  1FFR A;  1E6N A;  2HVM A;  2WMF A;  4GI9 A;  3VO0 A;  1B0I A;  4MAZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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