2Y88 | Genus

Total Genus 95

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	95
sequence length	244
structure length	244
Chain Sequence	MPLILLPAVNVVEGRAVRLVQGKAGSQTEYGSAVDAALGWQRDGAEWIHLVDLDAAFGRGSNHELLAEVVGKLDVQVELSGGIRDDESLAAALATGCARVNVGTAALENPQWCARVIGEHGDQVAVGLDVQIIDGEHRLRGRGWETDGGDLWDVLERLDSEGCSRFVVTDITKDGTLGGPNLDLLAGVADRTDAPVIASGGVSSLDDLRAIATLTHRGVEGAIVGKALYARRFTLPQALAAVRD

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__726180365858446__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__726180365858446__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2Y88/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__726180365858446__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"726180365858446","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2Y88/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__726180365858446__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Mycobacterium tuberculosis
publication title	Bisubstrate Specificity in Histidine/Tryptophan Biosynthesis Isomerase from Mycobacterium Tuberculosis by Active Site Metamorphosis. pubmed doi rcsb
molecule keywords	PHOSPHORIBOSYL ISOMERASE A
total genus	95
structure length	244
sequence length	244
ec nomenclature	ec 5.3.1.16: 1-(5-phosphoribosyl)-5-
pdb deposition date	2011-02-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00977	His_biosynth	Histidine biosynthesis protein

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2y88A00

2VFDA 1UUMA 4AWSA 1TPH1 4I7WA 4JIQA 1OJXA 5F2LA 3W7EA 1OYCA 4NJIA 2GQ9A 1O5XA 2BWGA 3LLFA 4OWGA 3W71A 3DFNA 3S1VA 1R46A 4O18A 3L21A 1JCJA 1LORA 4NJJA 4O0ZA 5CGQA 3O16A 4JY9A 3LRKA 3O63A 4FB7A 5J5DA 1LRQA 4PL1A 1M5WA 2A4AA 1Q6QA 3LDVA 2CLKA 4DO5A 1AK5A 3DFTA 3UWWA 2PURA 3W9ZA 3C2VA 4CCDA 1H51A 2WQPA 2ALDA 1RQHA 4KFNA 4JX6A 3PUOA 3WJYA 4J9JA 4U4MA 1TIMA 2H3BA 1OFOA 3U8GA 3VKJA 1SZEA 3TQVA 4NJKA 2OCZA 5DCEA 1K8YA 1QOQA 3M5YA 1NF7A 2R91A 5H91A 1OK4A 3G22A 4HSOA 4L4MA 2X16A 3P74A 2NWRA 1M7PA 2QCMA 4FIRA 4HNTA 3A22A 3KVJA 1LBFA 1QO5A 3TA6A 3L2IA 3GDKA 3LHYA 3FA5A 2WPBA 3NOEA 5CZJA 3TQ0A 3LCLA 3OG3A 3HQ1A 2ZRUA 4JD4A 1VCFA 3NQ6A 4NNBA 4Z1BA 2DZXA 5G2IA 3VFLA 4C1KA 3T4CA 1F05A 4GUHA 4MFEA 3I7QA 3LI1A 3NQEA 2YR1A 4O19A 5HR6A 5AOUA 3S5YA 4QQ3A 2V0TA 1HL2A 3F4WA 3SW6A 2FLIA 4JX5A 4N9CA 3WJXA 2DJLA 5DBTA 2DU2A 4N9DA 1FUYA 2C19A 3UWUA 1ZHAA 1K7FA 4AHPA 1EUAA 3LV5A 5AHMA 1OF8A 4UR8A 4O50A 4O11A 3LHZA 1PCKA 3NQ7A 2WJZA 3N19B 4AF0B 3NNTA 4K7VA 3G24A 4MKNA 1J5TA 3VE9A 3MUXA 1OABA 3B06A 3IGSA 1LROA 2QUVA 5D2YA 4O0KA 2DORA 3LGEA 4JNMA 4OT7A 4I7UA 3G1HA 1ZFJA 4WY0B 3CU2A 3NGJA 1KW1A 3LCIA 1G6CA 3IIZA 1W5PA 4O13A 2VEMA 4GC4A 1OYBA 3LV6A 1TPB1 4WJEA 4IJBA 2VEKA 3OVPA 2ZZ3A 5LNSA 1B4KA 3G1DA 3W7OA 1WAUA 3RMJA 2QCCA 1SW0A 3C52A 3LB0A 1SU5A 4LRTA 4WZHA 4HNNA 4JTFA 5EMUA 3G18A 2EPHA 3NM3A 4YMZA 5KMYA 2QAFA 1JQXA 3BARA 1OHLA 1QMLA 3GAKA 2GOUA 3N73A 4ICNA 4RX0A 5K9XA 4JTSA 4RV8A 1FQ0A 4KFOA 3L68A 4E2BA 3W7RA 2V9DA 3MI3A 2ZDRA 5HQEA 3N14A 2ZYFA 1YTEA 1W5QA 2VFIA 3PSWA 4K8HA 2CZEA 4QNWA 2GJLA 1XBYA 1W3IA 4O1DA 4A22A 4M19A 4O16A 2WNNA 3VE7A 3LHTA 5I3HA 2O7QA 3PUDA 4QAIA 1K7EA 1LRNA 4UFMA 4TMCA 5MHBA 1LOSA 4AWUA 5F2GA 4FX6M 3IRDA 4ALDA 1JVNA 3WK1A 4NU7A 5KITA 2H8XA 2X1SA 4JIPA 3EEGA 4LT9A 4BWLA 4YCOA 5FF7A 5D2TA 2FPVA 4BR1A 1H7NA 3SR7A 2J88A 2ZRYA 3QJAA 2CLHA 4O4VA 1G7VA 4X22A 3QEZA 3NR0A 4E2DA 1LDCA 5EL1A 3HPSA 2Z1BA 3A5VA 4W9TA 4LU0A 1CI1A 1YDOA 3MHUA 2G96A 3BVJA 1Q6OA 3E12A 3EKZA 4O8RA 4WUIA 3EWUA 5KINA 2Q8ZA 1H7RA 1RQBA 3C6CA 2BSLA 3VI2A 3A5FA 4JDYA 3QZEA 4POCA 2B0MA 3W83A 2WNZA 3GNNA 3ABQA 1BTMA 5D2XA 1TRIA 3SY5A 1SQ7A 2NZLA 3CC1A 3CHVA 3SZ8A 1VGAA 3W22A 2QCGA 3B8DA 1X8FA 3IV3A 3A9IA 4DBEA 1QFEA 1A53A 1XM3A 4HPJA 2AGKA 3HGRA 3KFTA 2V5LA 4N6EA 2XFWA 3GZ3A 2CZ5A 2TMDA 2GVGA 4WY0F 5HR7A 1LOLA 1VCVA 2R94A 4GXMA 3EWWA 1GPWA 1SW7A 1TCDA 3QFEA 3TXZA 3DXIA 4RKAA 1YDVA 3P62A 1L6WA 3DH7A 4UMAA 2PRLA 1L6SA 4A2SA 4UIOA 3NYZA 5G5IA 5HUOA 3G1AA 2VENA 1VZWA 1UUOA 3NA8A 5I3GA 1BEUA 1EP2A 3EX3A 3UPWA 1A50A 1W3TA 3STGA 4JR5A 3NQ2A 3W07A 4JTJA 1TV8A 2YXGA 3NQAA 3W7JA 4IX2A 4DXVA 4A2RA 1LLWA 3IVTA 3P84A 1TTIA 3PB0A 3NAVA 4MUZA 4K39A 2CU0A 2QCEA 4DO4A 1ME9A 3M41A 2JKAA 4DF1A 3W2JA 1AL7A 4PC8A 2Y7EA 1PS9A 3BW4A 3SSJA 5FEWA 1G69A 1M6JA 3EWZA 2X1RA 3W7MA 2V30A 2CLOA 1LP6A 1QPQA 3G1XA 1SO3A 1YXDA 2B4GA 5TIMA 3U2OA 3KXQA 4NUWA 3CEUA 4FNPA 1WX0A 1GVSA 3TUUA 2Y85A 2OJPA 3UYCA 3W75A 3N3MA 1P4CA 2YSWA 3DKJA 2JGQA 1EWDA 4EF9A 1SSDA 2QCHA 1XC4A 1DQWA 1I2QA 3PULA 3LXAA 3P7YA 1WA3A 5I3JA 3UWVA 3W2KA 3MYPA 3L5LA 4CNNA 5TQLA 3W2LA 2E6DA 4PFMA 1FBAA 3HG3A 4NQ1A 1B57A 1QAPA 1KTBA 3AO0A 3R89A 1OFDA 1TPC1 3MP4A 4UTTC 4AVFA 3TXVA 2AAMA 1P5BA 2J24A 3W7IA 3OEXA 4HNVA 2DJXA 3BG9A 5AB3A 4O10A 1GYNA 3IVUA 3NL3A 2CWNA 3TAOA 1KM0A 1O5KA 1OG0A 5C5YA 5DY3A 2HMCA 4XBSA 1K8XA 4QJ1A 3QQ1A 1TPFA 4TU1A 2CZDA 4FNUA 4UUIA 2ZZ7A 1SZNA 4GFSA 1KM5A 3INPA 3DI0A 3CTLA 2YYUA 2ZRVA 4Q33A 1RV8A 3N2XA 1X7FA 1YADA 4UMBA 3WJWA 4K7YA 5TBOA 3W7KA 1WXJA 4ORIA 2Y63A 4YCPA 1G4EA 3B04A 2VFGA 3SJ3A 2KZHA 3LX9A 3C61A 1WBJA 2YFOA 4AHOA 2TPSA 2BZNA 1TPEA 5AC6A 3K30A 2H3DA 4ZVJA 1F6KA 3TSMA 4LTSA 4IMFA 2HS8A 1AW2A 1VYPX 1S5VA 3FIGA 3GDLA 4O54A 4QNEA 4RR4A 3BLIA 3W2UA 1XFBA 2VXNA 5F1UA 2XN0A 1O60A 3BPWA 4EF8A 1IXQA 1TTJA 1DQXA 3G0XA 5FF0A 3PUEA 3KRUA 4TIMA 3EX6A 4FX7A 1IIHA 1FY6A 1KM1A 1YTKA 3NQ8A 4IMCA 1YYAA 3LM7A 1KFKA 3SIZA 5DCBA 3M44A 3M0ZA 4H4IA 2EF9A 2Q3OA 4IMDA 2A0NA 1DL3A 5HWMA 4K37A 4Z08A 3BV4A 4AMAA 4AEOA 1C8VA 3O6CA 1OX5A 2EGZA 3CWOX 1TMHA 2A21A 3S1UA 3DI1A 4IWWA 1DOSA 3TK7A 3L0NA 4EOUA 3W7DA 1VLWA 3GNDA 4HN4A 5FEZA 3ZS4A 1WQ5A 4UCGA 2YCEA 1W56A 2WV8A 5T26A 5K3VA 2RDWA 2V2DA 3A23A 4MLRA 3SECA 2CLMA 4JTUA 3PSVA 4XKYB 1JR1A 5A8GA 3W7CA 1IGSA 1UB3A 4UTJA 2GJNA 2VFHA 5DY2A 3GKAA 3CEPA 3M5VA 4NNAA 3HBLA 2J27A 4AXKA 2F84A 2VKZG 3GB6A 3RU6A 4LV9A 4FXSA 1Z48A 1JQVA 3LLDA 3W1UA 3P67A 3LCWA 3EXSA 2WOQA 1LCOA 4AHQA 3W70A 1QPNA 2RFGA 1KV5A 1NFBA 1VYRA 3MWAA 4N02A 1D3HA 4N9EA 5J5RA 2PRMA 3ATYA 3W88A 2E68A 1QOPA 3QMTA 1PV8A 4O57A 2G95A 4D2JA 3I7RA 1EX5A 2CZFA 1TREA 4IXHA 3DAQA 3NPWA 1NAL1 2QDGA 4UFLA 1I2NA 1DJQA 2ZTJA 4YXGA 3KOFA 1OF6A 4MY9A 1VYSX 5DELA 5EA9A 3MI6A 5K9DA 3LI0A 2GPTA 4BF9A 1IXPA 1H63A 7TIMA 4OQVA 2YW3A 4GE8A 4Q4KA 5DBUA 3STEA 3UD6A 4JTGA 4UTIA 3DFQA 4LS2A 4ADTA 1GVQA 4NJGA 3LTSA 3CM4A 1G4SA 1ICSA 3M16A 5CG7A 3F1QA 1TQXA 3C56A 1X1ZA 5C55A 4FX8A 3W7HA 3NL6A 3FYPA 3GR7A 1GTHA 2ZFAA 3W1QA 4I9AA 3PS7A 2E6FA 5LNUA 4NVTA 5LZLA 3O6YX 5F4WA 3OHIA 2H6RA 5LGZA 3C2RA 3BK0A 1EWEA 5D03A 3OA3A 5I3FA 2J9XA 4GUGA 5KTLA 1TPDA 3P61A 3GLCA 4MYXA 4MOZA 5ABTA 4KWVA 3MHGA 3E02A 4BI7A 4GBUA 2C14A 3BO9A 4UMCA 2QCFA 3C2EA 1FCQA 4WQ6A 5FESA 1R2SA 3A24A 4X2RA 3HB9A 3W1TA 3L9CA 4P61A 3B0PA 5F2MA 3W1PA 5F1VA 1D3GA 3MP3A 5LKYA 2VEPA 5LNRA 5KZDA 3BLFA 3TU9A 3O07A 1TQJA 1SSGA 4LVFA 4XQ6A 4DPPA 2JKPA 1EPXA 2BLEA 1FWSA 1YXYA 4NX5A 2R14A 3W76A 2ABAA 3BG3A 4ZMGA 1SR9A 1VPXA 5EYWA 2Q8LA 3PM6A 2ZZ4A 5C2XA 3DZ1A 1EUNA 2QF7A 1D9EA 2UV8G 4RLIA 2YFNA 3EXTA 4QISA 5FF2A 5I3KA 4WOQA 1QO2A 3ABOA 4O52A 1BKSA 5U7SA 4EWND 4LUJA 2Z0IA 1JCXA 2ZRZA 3CIXA 3MYOA 4CNOA 2QJHA 1S5WA 1RD5A 2TSYA 1RVGA 3P8IA 5GVJA 2OT0A 1SW3A 3R5EA 4M6PA 1I2RA 3KAOA 3TCEA 2ATMA 2GVJA 4JYFA 3M43A 1ZCOA 2V82A 3GXPA 1JUEA 1RPXA 3WFAA 5DXYA 1V5XA 4Y6GA 2QDHA 3TJLA 1RR2A 4IPJA 3SI9A 1GVFA 4JY8A 1QR7A 3L65A 5AYZA 4N4QA 2OMAA 4XKYA 5LSMA 4O15A 4DELA 1LM1A 1KFEA 4OGZA 1OFAA 2PCQA 3FKRA 3W7GA 4E0CA 1K7XA 1DHPA 4CNPA 2XN1A 3QF0A 5L9FA 2W79A 4FNSA 1HTIA 3LBCA 3TH6A 2A7RA 3HGOA 2EKCA 2VELA 3H53A 1TJRA 3W1MA 2A1YA 3I68A 3FJLA 3IIPA 3W2NA 4MZYA 4RZ6A 3T40A 3M5XA 2A5HA 2FB2A 2HSAA 3BGJA 4NNCA 1W8SA 3V75A 1SO4A 3FLUA 3B0VC 2E77A 4MZ1A 3S6DA 3HJZA 3OVQA 1AL8A 1JCMP 1TV5A 5HNRA 5CPOA 2FDSA 3EXRA 4Z1CA 4HPXA 4KWWA 3C2OA 4GJ1A 1QDSA 4IPIA 1T99A 3FEMA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4V15 A;  3JZU A;  3P80 A;  3CWH A;  2VTF A;  3UXI A;  4LYP A;  1VLI A;  3W84 A;  4J4K A;  3PBY A;  1THF D;  4L6O A;  2NXI A;  3VIJ A;  1OGS A;  3GR8 A;  5ABE A;  3AHX A;  1AH4 A;  4H6Q A;  4LS0 A;  4X63 A;  3VU2 A;  4PTN A;  4DBD A;  3KE0 A;  3W28 A;  2F2K A;  3WQ8 A;  3GXM A;  4JEJ A;  1DXI A;  3P93 A;  2NXG A;  4MDO A;  4CD4 A;  2W67 A;  1OZQ A;  3SAD A;  2MAN A;  4YTS A;  2CKR A;  3C0L A;  4Y9A A;  4JL2 A;  3GVV A;  3SCO A;  5BU6 A;  3GYE A;  1LF1 A;  3EPM A;  4KW2 A;  1EP1 A;  1ZAH A;  2WMK A;  3G1V A;  4LUT A;  1AMK A;  2WKJ A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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2Y88A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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