2YCE | Genus

Total Genus 92

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	92
sequence length	250
structure length	250
Chain Sequence	NLTEKFLRIFARRGKSIILAYDHGIEHGPADFMDNPDSADPEYILRLARDAGFDGVVFQRGIAEKYYDGSVPLILKLNGKTTLYNGEPVSVANCSVEEAVSLGASAVGYTIYPGSGFEWKMFEELARIKRDAVKFDLPLVVWSFPRGGKVVNETAPEIVAYAARIALELGSDAMKIKYTGDPKTFSWAVKVAGKVPVLMSGGPKTKTEEDFLKQVEGVLEAGALGIAVGRNVWQRRDALKFARALAELVY

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__6094032340013587__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__6094032340013587__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2YCE/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__6094032340013587__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"6094032340013587","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2YCE/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__6094032340013587__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfe07338a85c4c507e830ce/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfe07338a85c4c507e830ce/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfe07338a85c4c507e830ce/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfe07338a85c4c507e830ce/pdb.gz): 80 ms

reading 250 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

250 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 22 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:249});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Thermoproteus tenax
publication title	Mechanism of the Schiff Base Forming Fructose-1,6-Bisphosphate Aldolase: Structural Analysis of Reaction Intermediates. pubmed doi rcsb
molecule keywords	FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS 1
total genus	92
structure length	250
sequence length	250
chains with identical sequence	B, C, D, E, F, G, H, I, J
ec nomenclature	ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date	2011-03-14

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01791	DeoC	DeoC/LacD family aldolase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2yceA00

1TQJA 4MZ1A 3UWVA 1FXPA 1Z48A 3W73A 1G4PA 4N9EA 2YXGA 3R12A 3W2MA 2FIQA 2A7RA 1R2TA 1EIXA 1OJXA 4Q4KA 3HGJA 3G0UA 2HMCA 5D04C 1VQTA 3NPXA 4Y9AA 1GTEA 2YW4A 3W2KA 2R91A 2C16A 4O17A 4X3ZA 5AFDA 3IIVA 5CG7A 3W7IA 1DBTA 3PG8A 4NJGA 2E77A 1PIIA 1XXXA 2DJLA 4MJMA 3M0ZA 4HNTA 4QJ1A 4M6QA 5F4XA 4ML9A 2RFGA 4PH6A 1N55A 1EUNA 2ZZ1A 4FNSA 1H63A 2A4AA 3EWZA 1IXQA 1T8XA 3PB0A 2Q8LA 3BG5A 3EWWA 4MY9A 2GQ9A 4O4WA 2Y7GA 3W9ZA 1IGSA 4NX0A 2J88A 4PC8A 5EPDA 3HGSA 1DJQA 2W0UA 2GVJA 3C61A 4JEQA 4YCPA 5LSMA 1LZOA 3DKLA 3YPIA 4E38A 3R89A 1TTIA 4NZJA 1KM4A 2QCFA 4RK8A 4NZFA 5CKSA 1WYIA 4AWUA 5K9CA 5TQLA 3NQGA 2QDGA 1TQXA 2PRLA 2ZZ4A 3DXIA 2RKXA 2CLFA 1F6PA 3AO0A 5LNRA 1LLZA 1MEHA 3G1DA 2VEMA 2ATSA 2FPTA 1WDWA 4HN4A 4DO4A 3IVTA 4IPIA 2JKEA 3OEXA 3EX4A 4MPQA 3B06A 1K03A 4LY8A 5HJLA 2YFNA 3FKKA 3LXBA 2DU2A 4TMBA 3FYPA 1GYLA 3L67A 2B7NA 2YPIA 1WQ5A 4O10A 2GUUA 4MYAA 1O95A 4XUGA 1GTHA 4QSHA 3IV3A 3QW4B 1NF0A 3W1MA 3BPWA 3GR8A 3PY2A 4JDBA 1RV8A 3A22A 3QMTA 5F1UA 4AMAA 3WJZA 1GT8A 1A5AA 1JCJA 4O15A 1EB3A 1G7VA 2I14A 4N9BA 2ALDA 1E51A 1WX0A 3TA6A 3NQFA 3W7EA 4N9CA 2C15A 3G8RA 3HGRA 1SUXA 3WK0A 1H7NA 2FB3A 3RNDA 3F03K 5K4ZA 1KFBA 2V9DA 4JTGA 4J9JA 2B7OA 3G1HA 4UTTC 4JTIA 2Y88A 3NPWA 4PL2A 5TIMA 3PUOA 3EXRA 3JR2A 2YR1A 3HIJA 4ZZ9A 1NAL1 1ONRA 2AQWA 5CZTA 3E49A 5K2ZA 3GZ3A 3LI0A 2TMDA 1KV5A 4BWLA 1K8YA 4OE7A 4CQAA 3FKRA 3WJWA 1OFEA 1YXDA 1DL3A 3MW7A 2OZ0A 1F76A 2X1SA 3H54A 3W85A 3KRUA 4GUFA 3IIPA 1N7KA 2ZRUA 4JYDA 4AEOA 4ONVA 3HPSA 2NUWA 2ISSA 4JIPA 1HG3A 4HKPA 1I2OA 3KVJA 4WY0F 4I7UA 3NZ1A 3W84A 2RDUA 2JGQA 1SO3A 3M5ZA 4AXKA 3ABQA 4BR1A 4QISA 3M1ZA 1TPB1 2I9EA 1AW1A 5LNWA 1ZHAA 3N19B 2VFIA 1JCYA 3DI0A 3I6RA 3BW2A 1PCWA 1VH7A 5F1VA 5LHFA 3PF3A 2Y6ZA 3LCXA 1NF7A 3IGXA 3NZRA 5I3HA 4S1FA 2NXHA 3N34A 4M19A 1C8VA 4XBSA 4RCXA 2R14A 1QO5A 4JGDA 3UNDA 3NPVA 1JRCA 3PSVA 2ZCGA 5F4WA 3T40A 4XTIA 1XKYA 1IXOA 4UTUA 2CZFA 1RZMA 4UTIA 3EWBX 3TIMA 5LNVA 2YX0A 3Q94A 5C55A 3B0PA 4JX6A 3TXZA 2A6NA 3W07A 3USBA 5KZMA 3MMTA 2E5DA 3FS2A 3CEPA 2CFFA 3S1VA 1H7PA 4O0KA 2VELA 2QJHA 3STEA 3LRMA 2FJKA 1H7WA 3MWAA 5D09A 5FF0A 4LUJA 3SGUA 2WSRA 4LTSA 1NVMA 4IQLA 1YDVA 4O57A 1XM3A 4UMBA 5EBUA 3CIWA 4DELA 3GYEA 3W7NA 2P0OA 2EKCA 2BWGA 1K7EA 1SO4A 2XN0A 3B4UA 3L21A 2I1OA 4WJEA 3UQNA 2ZYFA 3WK3A 1FDYA 4ADSA 1GYNA 1ICSA 2E6AA 2NZLA 4EVZA 4FNPA 2BX7A 1JCNA 5DLCA 2OMAA 3QPYA 4Q33A 4M7TA 1TMHA 4CQ9A 4MZYA 4ZQPA 3PB2A 1AMKA 2CU0A 2E68A 1XCFA 2TSYA 3T7VA 3LV6A 4HSNA 4TX9A 2Y61A 2Q3RA 4H4IA 3GKAA 1ZALA 3SSJA 3W88A 1L6SA 2DP3A 2HS6A 3CIXA 1KW1A 3W1NA 2YYUA 1I8JA 2Z2UA 2EHHA 3HGOA 1TJRA 5D05A 1OVDA 4HT3A 3W1TA 2F84A 4IX0A 2NV2A 3KVMA 3O16A 1AG1O 1XFBA 4R33A 3LTPA 4FB7A 1MZHA 1OFDA 5D2WA 3PULA 2VC6A 3G1AA 1MSSA 5HULA 3U8GA 4JR5A 4EF8A 3TH6A 4WQ6A 4LC6A 1RQBA 3O06A 3P80A 3GDMA 2G5WA 1SZNA 1HO4A 3QQ1A 1WXJA 3W7CA 3UXDA 3W7RA 1JRBA 3GB6A 3TQVA 2E6YA 1GVQA 2Z6IA 4JS3A 3TQKA 4DEFA 2ZTKA 3TC7A 3W7DA 1O94A 1KBJA 3M5YA 4YWIA 5AYZA 4RV8A 3HG2A 4EOUA 3HQ1A 2JK2A 1YLVA 1WOBA 4ZQOA 3NYZA 1QPRA 4ZQCA 3UZ5A 2HSAA 3O8AA 1P4CA 1FWNA 4UFJA 3W1UA 4BWLC 3IIOA 3P7YA 4R34A 2LLEA 2RHGA 1D9EA 2V2HA 4FNUA 3QEZA 3NNTA 3DFTA 4R53A 4WD0A 4UTKA 1DQWA 4S2CA 1SPQA 1OYAA 2QCGA 3RLUA 3B04A 4O18A 1JJKA 2Y89A 4LUIA 2HTMA 3MI3A 1LTDA 3E9AA 3T4CA 4U4MA 1GWJA 5FF3A 2Q8ZA 2ZRXA 3DH7A 3TSDA 1G7UA 1TV8A 3V75A 1FWSA 1H51A 2A5HA 1EPXA 4CCDA 2WNNA 4I7WA 1R46A 2VFFA 1H60A 3AJXA 4AF0B 3G24A 1KM3A 3WFAA 2FFCA 1WOAA 2ZZ5A 4OGZA 3TV8A 4UMAA 5BMWA 2YFOA 2ABBA 3MO7A 4E2DA 1AW2A 4JX5A 3M43A 1SQ7A 1G67A 2CWNA 2QCDB 1A53A 4DF2A 2CLOA 3EEGA 3OVRA 3WK1A 3LHZA 5A5WA 3V1PA 1D3GA 4GFSA 3DHDA 4JYFA 1A5SA 3W7KA 1AL8A 3W70A 2V8ZA 1L6YA 2NLIA 4NU7A 4O8RA 3LCLA 5BW6A 1YTKA 6ALDA 1R2RA 2QCMA 4UTHA 4CLMA 3W1LA 2V5BA 2H3BA 5AHEA 3MP4A 3HG4A 3HG3A 4N4QA 3LRLA 1XBXA 3L0GA 3IGSA 3C6CA 1TB3A 3IIZA 4RZ5A 2B7PA 4ZQNA 5BRBA 1XBYA 3S5ZA 5BOOA 4OT7A 1W37A 2QUTA 5I3FA 1TREA 3OVPA 5LGZA 1QAPA 4UXDA 4FNTA 3G1VA 5AOUA 5FEXA 2J9YA 3P81A 4FHAA 3TMLA 5C2XA 4K39A 5G2IA 4IMFA 1XUUA 4NXSA 4UFMA 5DXXA 2A2IA 3TU9A 4GUGA 4LWWA 4E0CA 1CX9A 1FCUA 3A9IA 1JUKA 3W7LA 5AC6A 2Z1BA 5K7JA 5DBUA 4JTLA 5HMSA 3C4UA 1YPFA 3NOEA 4ZQMA 3NQCA 2ATMA 3KAOA 4I7VA 3GVGA 3TW7A 5G2WA 3M5VA 4LVBA 2A0NA 3DKJA 3QM3A 1UUOA 4LV4A 1F2JA 4P61A 4LVGA 1T0OA 3UZJA 2CLLA 3O1NA 2TYSA 1FBAA 1R47A 3TJLA 2DORA 1A50A 3NAVA 4JY9A 5K9DA 4WXZA 3MYOA 5C5YA 2VFGA 2J24A 4L4MA 2H90A 4LRTA 4ORIA 3LOTA 1G4TA 3LXAA 1FDZA 3CWNA 2ZZ6A 5CPLA 1XDLA 2P1FA 3Q2DA 3TR2A 4JTKA 2A6LA 5G5IA 3EX1A 3BLFA 5G1YA 3VE9A 1UBSA 1LRQA 5I3JA 1T99A 4MIMA 2WOQA 1W8SA 2X30A 3W7PA 1SZEA 1U83A 2FTPA 2B4GA 2VFEA 3HPXA 3O63A 4GNJA 2C3ZA 5D2XA 1B3OA 4LRSA 1TPUA 2Y63A 4NQ1A 4LVAA 3W86A 2QCLA 2ZZ7A 5HWMA 3P84A 1OX6A 3PBWA 4AF0A 4A2SA 1OK6A 4EF9A 4O16A 4O1DA 1SW3A 2B7QA 3BG3A 1R2SA 3NQ7A 3LV5A 3U2OA 3NL2A 4ZL1A 1O60A 3OVQA 3P5YA 1TV7A 3B0VC 1KFLA 3BLIA 2O7QA 2VEIA 2Y7EA 5FF7A 1VCFA 3OHIA 4LU0A 4HHPA 2W6RA 1GVOA 3K30A 2QCDA 4JNMA 3G1YA 3BO9A 3OA3A 3L66A 2QUUA 3IVUA 3I7QA 3GDKA 4KFOA 3NG3A 3I7SA 1H7OA 1CW2A 4ZVJA 3HO8A 1GPWA 3GAYA 3W7HA 3NA8A 4D2JA 2ZA2A 1FUYA 1A5BA 1KLYA 1XL9A 4HPXA 3O05A 4Y8FA 4MKNA 4O19A 4ADTA 2QKFA 1IF2A 4PFMA 4BFAA 2DZPA 5FEPA 2QR6A 2X2GA 4PCFA 4JTEA 4OWGA 1EP3A 4QAIA 1OX4B 2QCHA 2O7SA 1YTEA 2RDWA 4OHQA 4DF0A 4RXFA 4RXGA 5F2LA 1OF8A 3G1SA 1QPOA 4UC5A 3LBMA 5D2YA 1PCKA 4DPQA 3L5MA 1RPXA 5CPMA 5EY5A 1VYSX 1FCVA 2CLMA 3G22A 1W3TA 2X1TA 2NX3A 4FEZA 3LCWA 3ABSA 3A23A 4GXMA 1SFJA 1VCVA 4PEKA 2GQAA 5DY2A 4Q32A 4UFLA 3SIZA 5AYYA 2VEPA 4JTFA 5HWJA 2WO5A 5AYXA 2ZBTA 1JUEA 4K38A 3S42A 4OU1A 4HNVA 3H55A 3W2LA 3FA5A 5DN1A 4WXYA 5HR7A 1C29A 1JQXA 3QZEA 1PV8A 4M6VA 3W1XA 2KZHA 4FX7A 4PA8A 4TR9A 1BWKA 3NL5A 4BI6A 1TPFA 3MJYA 1QR7A 2YCEA 1SW0A 3P82A 1NEYA 3ELFA 4ICNA 1P1XA 4O4VA 4UNLA 1OYCA 3UY7A 1WV2A 3KHJA 3GXTA 4XWUA 1FX6A 2Z0IA 3W75A 3STGA 3QQ0A 4PL1A 3CQ0A 2VKZG 1LDCA 5AHMA 5IM51 3G8EA 1XBZA 3NQVA 3S5NA 3FOKA 3SI9A 2BXVA 3PVFA 3A5FA 4LS0A 2R94A 4OV4A 4QNWA 4WY0B 1ALDA 4FNRA 4GE8A 4ZQRA 1GG0A 2EF9A 4K36A 3Q37A 1KBIA 2ZRVA 2GPTA 3HJZA 2WJZA 4N6FA 2AGKA 4R7JA 3QYQA 2EGZA 2FQIA 1JULA 4EIVA 2GJLA 4MYXA 2J27A 3BVJA 4Y96A 1F6KA 1QWGA 1WAUA 4AH7A 4K8HA 1LRNA 3UPBA 5AC8A 3P8IA 4UTLA 5G1TA 2EAWA 5D38A 1FQ0A 4UTWA 4JX4A 3TC6A 3VFLA 1TTJA 1W5PA 2TRSA 1S5VA 3GK0A 5EA9A 3L9CA 1FDJA 1YDNA 5C54A 1DJNA 1W5OA 3C2FA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4C6L A;  1US2 A;  1L2Q A;  1MRA A;  4H9Z A;  4ZXL A;  2D1Z A;  1M7J A;  4Q6J A;  4POC A;  3MO4 A;  1W3L A;  1JYN A;  2WSP A;  3OQ8 A;  3BAW A;  4PTN A;  1UZD A;  5BOE A;  1H2J A;  3T0D A;  3FGC A;  1LYX A;  3TFX A;  1DP0 A;  1NFP A;  4AG0 A;  4D8A A;  2JF7 A;  3C2O A;  3NQB A;  1MFV A;  4INF A;  1V3K A;  4TVU A;  3QH2 A;  4JNY A;  5E9X A;  3E38 A;  2XH2 A;  5DXY A;  1DWI M;  4FNQ A;  3ZT5 A;  2YB1 A;  5T8G A;  2VXN A;  3IJD A;  3RK8 A;  2ZVI A;  2V3D A;  4H8N A;  1KM5 A;  1OHL A;  2YKK A;  1XR2 A;  3WUB A;  1YHT A;  3RX2 A;  6A3H A;  8XIM A;  1BGA A;  5K9X A;  1MW0 A;  5HNT A;  3MUA A;  3LUT A;  3W3O A;  1DE6 A;  3NZQ A;  4L6D A;  4DZA A;  4WLC A;  3SM0 A;  1GZG A;  1F74 A;  4QFU A;  4Z1Y A;  1QHO A;  1XFC A;  2CET A;  3CAV A;  2OCZ A;  4MPK A;  4MY8 A;  1FFR A;  1D8W A;  4C6M A;  3ATY A;  5AC7 A;  5FJJ A;  4YHG A;  2WMF A;  3TWB A;  2CZD A;  1A3X A;  5JBD A;  4L80 A;  3QY7 A;  3DFP A;  4K7V A;  1UKP A;  3BMW A;  4EWJ A;  2ZXB A;  1F8M A;  1JAK A;  2Z7K A;  1KRM A;  4H2H A;  3RIL A;  3CAQ A;  4DUX A;  4QE1 A;  3JU2 A;  3SAZ A;  3TTS A;  2HVN A;  2Y4S A;  4AYS A;  4F0K A;  4ALD A;  4UOJ A;  3ABX A;  4KIE A;  4DO5 A;  2IQD A;  4ZSU A;  1WA3 A;  1LWH A;  2VDI A;  1PKN A;  4W5Z A;  1YAD A;  3OLD A;  4IIS A;  4MOZ A;  4Z0J A;  4XIS A;  2OJP A;  1IT7 A;  4MAZ A;  1KXQ A;  3GBD A;  3SFW A;  1PIF A;  4IZG A;  1O5R A;  1QHP A;  2PD5 A;  1BEU A;  4ZGY A;  2VWS A;  3TQ0 A;  3IWP A;  2YL9 A;  1ZB5 A;  4PUW A;  1W9B M;  3MC5 A;  7REQ B;  4FPS A;  1E6Q M;  4ACZ A;  2YIH A;  5HWN A;  3IJL A;  4L9Z A;  1NDY A;  4Q6X A;  2W3Z A;  1EDT A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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2YCEA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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