2YDAA

Sulfolobus sulfataricus 2-keto-3-deoxygluconate aldolase y103f,y130f, a198f variant
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
292
structure length
292
Chain Sequence
PEIITPIITPFTKDNRIDKEKLKIHAENLIRKGIDKLFVNGTTGLGPSLSPEEKLENLKAVYDVTNKIIFQVGGLNLDDAIRLAKLSKDFDIVGIASYAPYFYPRMSEKHLVKYFKTLCEVSPHPVYLFNYPTATGKDIDAKVAKEIGCFTGVKDTIENIIHTLDYKRLNPNMLVYSGSDMLIATVASTGLDGNVAFGSNYLPEVTVTIKKLAMERKIDEALKLQFLHDEVIEASRIFGSLSSNYVLTKYFQGYDLGYPRPPIFPLDDEEERQLIKKVEGIRAKLVELKILK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Sulfolobus Sulfataricus 2-Keto-3-Deoxygluconate Aldolase
rcsb
molecule keywords 2-KETO-3-DEOXY GLUCONATE ALDOLASE
molecule tags Lyase
source organism Sulfolobus solfataricus
total genus 114
structure length 292
sequence length 292
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.2.55: 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate
pdb deposition date 2011-03-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2ydaA00
3CT7A 1TJPA 3W87A 3W1XA 2G96A 3EWXA 2WSYA 4UFKA 3LHTA 4Z08A 5G2WA 3IIPA 2WSRA 3NZ1A 3NQGA 1NEYA 3LI0A 2YR1A 1L6WA 1VH7A 2ZFAA 1SQ7A 3TXZA 4A3UA 3WFAA 5C2XA 1YTEA 1P4CA 2ZZ3A 4N9BA 1QCWA 5HMSA 3TAKA 2YYTA 4KFOA 4JX4A 1ICQA 3P81A 1C8VA 3DKJA 1FX6A 3E49A 1B4EA 5I3JA 2FJKA 4PL1A 2EKCA 3L65A 3P84A 4ZVJA 4CNPA 1SU5A 1VGAA 3M7WA 2HSAA 4H3DA 3MMTA 4JY9A 1XBVA 3P5ZA 4I9AA 3L21A 3S1UA 4UTKA 4H6KA 1F7BA 1LOLA 4CQ8A 4XTDA 4X3ZA 3HPZA 3QQ0A 1K3UA 2ZQ0A 3G0UA 3NQVA 3SSJA 3IGUA 4UMBA 1YXCA 1C9DA 2B4GA 1N55A 1GG0A 1SFLA 3B04A 5IBXC 3G3DA 3STEA 4UFHA 2H8ZA 3C56A 3SGUA 2YW3A 3CWOX 5F2IA 4HT3A 1AMKA 4PCFA 4LV9A 4ONVA 1IGSA 2NWSA 2HS6A 3DFPA 3PG9A 2FPTA 1MO0A 3GAKA 1DBTA 1TYGA 3M0ZA 1OK6A 3TXVA 5EPDA 3TE9A 3LXCA 3SIZA 4DPPA 5IBXA 4CNNA 1Q45A 4UTJA 3P62A 2CZDA 3DU0A 4X2RA 1IXQA 1WBJA 1JCYA 3M16A 3SFKA 3UXAA 2DZTA 2A7NA 4O14A 3CIXA 1XBYA 3W3OA 4PTNA 1LBFA 3GXPA 4MY9A 4MFDA 2OJPA 3W2JA 4TR9A 3M47A 5CKSA 1SZEA 3E9AA 1OX6A 5CPNA 3QSTA 4O8RA 3VKJA 1RR2A 4K7YA 4O53A 5D02A 2ZRZA 2E6FA 2NXGA 4MKNA 2X1SA 5CPLA 3PB0A 5EKYA 2QDHA 3B4UA 5T26A 1J2WA 2I14A 3BARA 1F05A 3R2GA 2VELA 2CLLA 4QM1A 1QOQA 4Y90A 2VFEA 3L67A 3QJAA 4UFIA 2I1OA 4NZJA 4JIPA 4EIVA 1TREA 2C3ZA 3S6DA 1EEPA 1EPXA 1R47A 3CC1A 3M5YA 3LTYA 1IXNA 2CLFA 5G5IA 3MI2A 3LLFA 1DVJA 1S5VA 3LCFA 1VJIA 1FCUA 2A0NA 1LBMA 4S2CA 4YWIA 1ICSA 2Z6IA 3NG3A 1Z48A 4KWVA 4ADUA 4A29A 2BSLA 4NNBA 1U5JA 3L5AA 4OT7A 3I68A 3S1VA 3A5VA 4CCEA 2F7FA 1UASA 4JTLA 4A2RA 4AF0B 1WA3A 1BKSA 3AJXA 3HIJA 4GWEA 1EWDA 2ISWA 2YDAA 2X1TA 4LW7A 3P80A 2NZLA 4RLIA 3FYPA 3YPIA 4Z1CA 4PH6A 2CW6A 4X9SA 1U83A 3C2FA 3DHDA 5BRBA 3G18A 4DO6A 1XCFA 1VCVA 3A22A 4NQ1A 1LYXA 1DKWA 1FCBA 1TV7A 1YTDA 4Z1AA 3O16A 4IPJA 3QEZA 3NQ7A 3QPZA 3R8RA 4GUHA 3OVQA 3GDRA 1FQ0A 3IRDA 3C0JA 2GJLA 3TSMA 4LVGA 3GVGA 1DHPA 3ATZA 4O11A 4Z1BA 3ZR4A 8TIMA 5CSRA 1AW1A 3EKLA 5HWNA 3JRKA 2Q8LA 1O94A 3DH7A 4IMCA 4N9CA 3CPRA 4O19A 4AF0A 2Y6ZA 1QPQA 4MJMA 3TUUA 4DF0A 4UMCA 1H1ZA 1RQHA 4MZ8A 2JKAA 3ZFHA 5FF0A 4DO5A 2H3BA 3L68A 5AYXA 2NUXA 3W7JA 2E6DA 2QUVA 1ADOA 2GVJA 1XKYA 1NF7A 3UZ5A 1H7RA 1EIXA 1I8JA 4Z1DA 4IXHA 4QNWA 1OFBA 4QNEA 4WJEA 1W37A 4RK8A 1Q6LA 1TPB1 1VPXA 3G1AA 4FX8A 2A7PA 1SZNA 2FLIA 1H5YA 3NL2A 4EF8A 3UWYA 1OK4A 2RFGA 3I7SA 1VCFA 1FXQA 1B9BA 1H7WA 4AEOA 1X7FA 2W79A 4FX7A 1G7VA 1NSJA 2A85A 2DZXA 3TC6A 4MFEA 3F03K 2ZZ6A 4RXGA 2ZRXA 3HJZA 1FDYA 2PRMA 5EY5A 3WK3A 3FFSA 1TCDA 4UTLA 2B7PA 1OG0A 5AHNA 1E51A 5BW6A 4QISA 2C16A 3Q58A 1EWEA 2OMAA 3QH2A 5F2MA 4Y9AA 1JCNA 4OWGA 5G1YA 3W7LA 1LLZA 3ABQA 1K7EA 5CZJA 2QCNA 3H54A 1Z41A 3TSDA 3W73A 5KMYA 2DZWA 5CZSA 2C0AA 1XDLA 1VC4A 1F74A 2CZFA 3MUXA 3VE9A 3W72A 2VKZG 3HOJA 3RU6A 3UNDA 2ZTKA 3L0GA 5FEZA 1OFDA 3T78A 3LCXA 3SW6A 4WX2A 3MBFA 3N2MA 3DI0A 2CWNA 4NT0A 3BVJA 5CPMA 1JCXA 1KTNA 3CEUA 2XN2A 4UC5A 1TPDA 2Q3RA 3G1DA 3W7NA 2G5WA 5EL1A 4D2JA 3MYOA 1DQWA 4O1AA 6ALDA 3W6YA 2P10A 4IMGA 5DELA 3PB2A 3LX9A 1YDNA 4E2BA 3NQDA 2V82A 2OCZA 2VFIA 3EWZA 4AWUA 2ZBTA 1QPNA 4NX0A 4S1FA 5CGQA 1CI1A 4NXSA 4WUIA 1ME7A 3EWUA 5LNRA 1VQTA 1G4TA 1VS1A 3W7CA 5ABTA 5AYZA 4FNUA 3RF9A 3W1NA 1XBZA 3GXTA 3R13A 4EWND 1FDZA 3LM7A 4NX5A 3LCHA 4CLMA 3UD6A 3I7RA 3OVPA 5AC6A 5F1VA 1ZY9A 2C15A 1G4EA 4JYEA 1NF0A 4MY8A 3QW4B 3TU9A 2ZZ5A 2J9ZA 3KVMA 2CLMA 4H4IA 3NEVA 4GNJA 1JCJA 2GUUA 3SR7A 5D03A 4IUOA 1BEUA 4S2BA 1SO6A 4ADSA 3A9IA 2JGYA 2DJXA 3DHFA 3KFTA 4ZQOA 4A21A 4XKYB 3W1AA 4UTMA 5F1UA 1GVSA 2X2GA 2GVGA 3ZWSA 1NVMA 2Y7GA 1DOSA 5FF7A 5TBOA 1I45A 2B7OA 5I3FA 1B57A 2QCGA 4LTSA 3CM4A 2WQPA 3TIMA 2NX1A 3T55A 2A5HA 4AHOA 3RK8A 4MZ1A 3C2RA 2ZZ2A 5D2XA 4GXMA 3HBLA 1OX4B 2D73A 1PHQA 3L5LA 3MHGA 4HNNA 2H6RA 2QJHA 1G7UA 5HQEA 2WJZA 1ZAIA 4A22A 3G22A 3GDLA 1H1YA 1H51A 4JX5A 3VNDA 3QMRA 4FO4A 2FIQA 2QEZA 2EHHA 3TV8A 2PRHA 3GR7A 1B3OA 3NNTA 1IXOA 3E12A 1YDVA 4WY0B 2V5BA 2C13A 3NPXA 2ZTJA 4U4MA 1OFOA 4DBEA 3TR2A 3B06A 3LRKA 4EVZA 3LXBA 3W76A 1HO1A 3SGZA 1NAL1 2GQ9A 1M6JA 5KZDA 4K8EA 3WJSA 1N8FA 1OX4A 3F1QA 1Y0EA 5E0KA 4NU7A 1T8XA 5LKYA 2WSQA 4UCGA 4TX9A 3NOEA 1DORA 1WAUA 2NLIA 2Z6JA 5U4NA 5AHLA 2J27A 1EX5A 4LT9A 5FI8A 4L4LA 1H63A 7TIMA 2RH9A 1H7PA 1KM1A 2AAMA 1GVRA 5G4EA 5DCDA 3W7RA 4ZQPA 3KHJA 1JULA 1D9EA 1F6KA 4B5NA 4WY0A 3D0CA 4O0KA 5FF3A 1QFEA 4GBUA 1VLIA 4UNKA 1TO3A 1RPXA 4GJ1A 4ML9A 3HG5A 2RDUA 3NM3A 4JXCA 1KM6A 1OVDA 3CB8A 4LNYA 1EA0A 3NQ8A 2WNQA 2BTMA 1MZHA 3F4WA 5HJLA 1VYPX 1VHCA 1WXJA 4JTUA 2C19A 4EOUA 4CNOA 1H61A 2V2DA 4OV9A 5HWJA 4GUIA 2IQTA 3W1LA 4OU1A 3L5MA 1K8XA 4O15A 4XBSA 3B0UX 1THFD 5I3GA 1JJKA 2A2IA 2Y62A 3KX6A 1SZFA 3LCGA 3PY2A 4UFMA 3O6DA 4IPIA 4JTGA 2DZVA 4MYAA 2W6RA 4M19A 4NZFA 2BLEA 1A50A 3W9ZA 4BR1A 3W2MA 3CQ0A 4E0CA 3W7DA 4JDYA 3UXDA 4HNVA 3PAJA 5K9DA 4AH7A 5HR6A 1FCQA 1JUBA 2Y7FA 4GRSA 1LRTA 4TIMA 3DENA 5GVJA 1A5BA 1EP3A 2WOQA 1O60A 1OF8A 3G3MA 4FF7A 3KRZA 2NUWA 1W5OA 4FNSA 3I6RA 3S5NA 1ZAHA 3SECA 2E68A 4QITA 3ANYA 4LWWA 2ATSA 3LHVA 3NPUA 3MI3A 3PM6A 1TQXA 3BW3A 2RKXA 3B03A 4QSHA 4R53A 3VI2A 3SZ8A 3BK0A 3NPVA 3OA3A 1QDSA 1W0MA 3OG3A 3HGSA 1JUEA 4G1KA 2OT1A 3UY7A 1K8ZA 2QAPA 3HG3A 1ZHAA 2A4AA 1G6CA 1QAPA 2V8ZA 3BV4A 2V81A 3LCIA 4BK9A 4R33A 4RX0A 2JBMA 3OEXA 1YADA 2QCHA 1YDOA 1LZOA 2YFOA 4K36A 5D09A 1W3TA 2RHGA 3KRUA 4PL2A 5KSWA 1M7OA 4FXSA 3GDMA 3NQEA 3W23A 4O54A 4W9TA 4IGHA 5G2HA 3VCRA 2VFFA 1V5XA 3BLEA 3C2VA 4BI6A 1TTQA 3P8JA 1OHLA 4DBDA 1YLVA 3LV5A 5DN1A 3G8RA 3S8HA 1CW2A 1W56A 2GQ8A 1KTCA 4HPJA 1I2PA 2O7QA 5D32A 3DFNA 3QRHA 2TPSA 2RDWA 2BX7A 3LI1A 4KKXA 3LXAA 4JTFA 1R2SA 2CLHA 3S42A 1XUUA 3FA5A 1NFBA 1H7NA 1VLWA 2A6NA 1EUNA 2XN1A 2CLOA 4N02A 2V2HA 3TKFA 1AW2A 4M7TA 4DO4A 3A23A 3W1QA 3SY5A 4O57A 4IX2A 3Q2DA 4FNRA 2B0MA 4RCXA 4K39A 3UWWA 1GVOA 4MOZA 2KZHA 1UUMA 5F2LA 4FHAA 3BLFA 1OFQA 5AFDA 2ZZ7A 4FNPA 2B7NA 3G1YA 1FXPA 4Y6GA 3G1VA 2P1FA 2VENA 5LHEA 1EUAA 4NJGA 3CIWA 1KA9F 2FB2A 5A5WA 4TO8A 3S5YA 4UTWC 3W7IA 3TMQA 3TH6A 4POCA 1XM3A 1OABA 1P0KA 1VR6A 3BPWA 1L2UA 5G4WA 2YFNA 2GVLA 4A2SA 4IJBA 4OGZA 3CEPA 4YCOA 1JQVA 5D2VA 1ME9A 3MBDA 5LNSA 1VYSX 2ALDA 5KZEA 2VEIA 4OBTA 1IIHA 2J6XA 3TC7A 3UYCA 4JR5A 4I7VA 2EGZA 2FPVA 5KZMA 2X30A 4LS1A 3DXIA 3O07A 4IMEA 3TQKA 2GPTA 3GNDA 2TSYA 3BW2A 5J5RA 1Q6RA 2WNNA 3TQ0A 1PE1A 3ABOA 1WQ5A 4Q4KA 1ZCOA 5FEWA 3W88A 2OZ0A 1AL7A 3TMLA 4RZ4A 5AHFA 1FDJA 3G1FA 3G0SA 4K8HA 3W86A 2FFCA 2CFFA 4DQWA 3TJXA 3IIOA 3ZWTA 3BO9A 1WX0A 1GT8A 4AMAA 1W8SA 1S5TA 1ALDA 2V9DA 3NZRA 5KTLA 1H60A 3TQVA 4LOCA 6TIMA 4NJKA 5K3VA 1QMLA 3PWAA 4K7VA 4XTIA 4DEFA 1LP6A 3GDTA 1TQJA 2BZNA 1CX9A 4IOTA 1GYNA 4ADTA 4NXKA 3RLUA 3QM3A 3HMJG 1BWLA 1FWWA 4O50A 1FBAA 2QKFA 1WOBA 1OYBA 4N4QA 3S0CA 1S5WA 3HGJA 5U7SA 3NGJA 4O17A 3NQMA 1ICPA 4NNAA 3IIXA 3NL6A 4RKAA 3DZ1A 3E96A 1LORA 2NUYA 4J9JA 5D05A 4K37A 3C6CA 4GUGA 3N14A 3O63A 4UTUA 3O15A 1LM1A 1PS9A 3EXTA 3W71A 1ONRA 2Y63A 3ABRA 2GJNA 4R34A 4QQ3A 5L9FA 3R5EA 2LLEA 3TNOA 1YXYA 2F84A 1ZENA 2NXHA 3FJ6A 3A24A 5F4XA 1JRCA 1O4UA 5MHBA 3W7PA 3MHFA 4PA8A 4LU0A 3WK0A 5F4SA 3NYZA 3KOFA 2QUUA 1IF2A 4N9EA 1G69A 3BGGA 3MJYA 4LVBA 2VFHA 3M5ZA 4O16A 5K7JA 1LOSA 4WOQA 1XFBA 3PR2A 1GWJA 5SWUA 3CWNA 1S3HA 1I2OA 4DF1A 3FKKA 4O1BA 4DF2A 3GKFA 4JTKA 1RQBA 2AGKA 3MW7A 3N9SA 3LHUA 1SZGA 3KXQA 2QCCA 4Z0JA 1ZFJA 3GLCA 3T40A 5D2TA 3TAOA 5LHFA 2ZA1A 5DXXA 3MP4A 2E77A 3KVLA 3QSRA 1O5KA 1Z44A 2DP3A 3T44A 3P82A 3W1UA 2QJGA 1HG3A 1QO2A 3ELFA 5LNUA 3N73A 1T99A 3UPWA 2CU0A 1GPWA 1K8YA 5AB3A 1VZWA 2ZA3A 1QPOA 4N4PA 1GVQA 3RNDA 3GIYA 3HGRA 5G2IA 2UV8G 5K2ZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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