2YGYA

Structure of wild type e. coli n-acetylneuraminic acid lyase in space group p21 crystal form ii
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
299
structure length
299
Chain Sequence
HHHATNLRGVMAALLTPFDQQQALDKASLRRLVQFNIQQGIDGLYVGGSTGEAFVQSLSEREQVLEIVAEEAKGKIKLIAHVGCVSTAESQQLAASAKRYGFDAVSAVTPFYYPFSFEEHCDHYRAIIDSADGLPMVVYNIPALSGVKLTLDQINTLVTLPGVGALKQTSGDLYQMEQIRREHPDLVLYNGYDEIFASGLLAGADGGIGSTYNIMGWRYQGIVKALKEGDIQTAQKLQTECNKVIDLLIKTGVFRGLKTVLHYMDVVSVPLCRKPFGPVDEKYLPELKALAQQLMQERG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
publication title Pathological macromolecular crystallographic data affected by twinning, partial-disorder and exhibiting multiple lattices for testing of data processing and refinement tools.
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-ACETYLNEURAMINATE LYASE
total genus 119
structure length 299
sequence length 299
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date 2011-04-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2ygyA00
1MZHA 1DL3A 1NFBA 3M5YA 5AC8A 2H3BA 3TXZA 3GXPA 3GR7A 3UNDA 2ZRWA 4MOZA 3HPZA 5I3KA 3ABSA 4EOUA 4LV4A 3QYQA 4GXMA 3C3NA 2Y63A 1XFBA 3MO7A 3E9AA 2QCLA 3LI1A 3W84A 1OABA 1P5BA 1I8JA 1CW2A 5LKYA 5CSSA 2E68A 1P4CA 2YFNA 1VS1A 3M47A 3R13A 3W1RA 2B7NA 4GUIA 3MMTA 5HNRA 3N34A 4BI5A 5FEPA 4ADUA 3GVGA 1TPB1 3RMJA 3PF3A 2YX0A 3R8RA 2HS6A 4RR4A 3UWUA 1OG0A 2YR1A 4LNYA 5HULA 4GNJA 3TW6A 4FXSA 2QDGA 4PFMA 4DF1A 5AHNA 1G7VA 1GZGA 1RR2A 1LBFA 5CZTA 1V7YA 3H54A 1X6UA 1ONRA 1KA9F 3KRUA 4LS0A 2X1UA 2ZRVA 2VFIA 1RQHA 1WV2A 4IMCA 3HG2A 5I3GA 3IEBA 2A7PA 3NQFA 3CEUA 4O52A 4GJ1A 3CTLA 4R33A 5TBOA 4OV4A 2FPYA 5LNUA 3C2EA 5E93A 3A22A 4ICNA 5DXYA 3NPUA 4WUIA 1UASA 3PR2A 4YXGA 4NVTA 3S5OA 1ZENA 4M6PA 2GOUA 3W23A 4CQ9A 2A2IA 4JY8A 1SR9A 2DZUA 5EA9A 3W2MA 4JGDA 4IX0A 3WK1A 2HS8A 2X1SA 4TO8A 1WBHA 4O0KA 1FDYA 3LHUA 1GT8A 1FWSA 4POCA 1W5PA 1H7XA 5AC7A 4Z1AA 4ZZ9A 3STFA 1YTEA 3M5ZA 4HPJA 3Q2DA 2AQWA 4RCXA 2NLIA 1T0OA 4KFOA 3W2UA 4EVZA 1AG1O 3PC0A 4EIVA 3QW4B 1K8ZA 5G4WA 3W1TA 8TIMA 3C8FA 3M7WA 3W70A 1OFOA 3G1SA 5G1TA 4EF8A 4YWIA 3FKRA 3MWAA 4DF2A 4FNRA 1TTPA 4DBEA 4LC6A 1LYXA 3CHVA 3Q37A 4JR5A 3G18A 4QNEA 3W74A 3VFLA 3W7KA 4O8RA 3M44A 4OWGA 3FIGA 1Z48A 3ZFHA 4MJMA 4N9EA 4GFSA 3SY5A 2Q3OA 3NZRA 4HN4A 4GUJA 1OFBA 1B9BA 3U2OA 3W1XA 5HQEA 1H7RA 3O06A 3NPVA 3W7NA 1KM1A 4LS1A 1S5TA 4AXKA 1GYLA 3SI9A 3G1DA 4PC8A 2XN2A 3L0NA 3SR7A 4LVGA 1DKWA 2PE4A 2QKFA 4LVFA 5HR6A 2DJLA 3W3OA 2V5LA 2B7PA 3N19B 3H53A 3LCHA 4UTWA 3SW6A 2E5CA 3EWYA 5HMSA 1GG1A 5EL1A 3M43A 4LVBA 5IM51 4O12A 2C15A 2WKJA 1DJQA 3QRHA 1H1ZA 4MVAA 3EEGA 1JCXA 4NJGA 1G69A 1K8YA 3JR2A 1ML1A 3IIZA 1QCWA 4UMBA 1UJPA 3L67A 4R34A 4JX4A 3EXTA 4WOQA 3GAYA 3PBWA 4C1LA 2F84A 1WBJA 2G97A 2CW6A 3W1NA 3P5YA 5DBTA 2J88A 4U4MA 3W9ZA 1BKSA 2ZCGA 4PL2A 1QR7A 3ZR4A 4HT3A 1EWDA 1OJXA 3PBVA 4JIPA 3L5AA 4K8EA 1U83A 1N8FA 3INPA 4GUFA 5CG7A 2WPBA 4QSHA 2ISSA 3EWBX 4MFEA 2E09A 5CGQA 3CC1A 3NAVA 4X22A 2VKZG 4DEFA 1TPH1 1JQVA 4PTNA 5CZSA 3KRZA 4UFLA 1CI1A 1JUKA 3LV6A 2G95A 2QCFA 3NZ1A 4Z1CA 1KBJA 5LNRA 4JIQA 1XDLA 3W88A 1OFAA 1IGSA 1ZCOA 4I7WA 3DFPA 2YPIA 3NPXA 2YCEA 1G4SA 4MYXA 1ZAIA 3H55A 1ALDA 2B0MA 2C3ZA 1HTIA 3DKLA 3GX9A 2P10A 2VFGA 3O6YX 1W54A 3P60A 5AHEA 1Z42A 4Y6GA 3W75A 1NSJA 4AVFA 1DV7A 2JKPA 3NOEA 3NL3A 4JICA 4ZQNA 3ABOA 2A7RA 5K9DA 1H7WA 3MYOA 1VLWA 2ALDA 3GK0A 2ZTJA 1TTIA 2NUXA 5AOUA 3ZWSA 1NF0A 4YCOA 3B0UX 3TC6A 5AHLA 4O0ZA 3TSMA 1TSIA 1HL2A 3P67A 1YPFA 3C52A 3PUDA 5AYXA 1IIGA 1WAUA 1QPNA 3QSTA 6ALDA 4ADSA 1BEUA 4P2VA 3W87A 1XBYA 1IF2A 1ZJIA 4BF9A 3NM1A 3CLMA 5AHMA 3L66A 4S2BA 1W5NA 3TROA 4YL2A 4IWWA 3EB2A 4O28A 3KVLA 5C55A 1NVMA 2J9YA 1W0MA 3QSRA 5F2IA 1FX6A 3UY8A 4DO6A 2PCQA 3W7JA 1D9EA 5ABTA 3KFTA 3ATZA 1O5XA 1LZOA 1P1XA 1G4PA 1LLZA 5A8GA 2C16A 3IIPA 1GJPA 4N9BA 5DY2A 1TQJA 1UBSA 5AHFA 2A4AA 3DFNA 4O4WA 2V2CA 4RZ4A 5FI8A 4NNBA 3FS2A 5AB3A 1RQEA 4AHQA 3TX9A 4UR7A 4N9DA 5AC6A 5LGZA 4JTJA 2GVGA 2YFOA 3O6DA 3S42A 5HJLA 1B4EA 2AAMA 1UUMA 3T78A 4FX8A 5FEWA 3L5MA 4N6EA 1LRQA 2VFFA 1AL7A 3QH2A 4O1AA 5LSMA 2LLEA 2P1FA 4LOCA 3RFAA 1TPDA 1E51A 3HF3A 3NQEA 5MHBA 2Z0IA 4BR1A 3FKKA 1VYRA 3S5NA 1QO2A 5D2TA 3LCFA 3UXDA 2ABAA 3W2NA 1H50A 2NWRA 2B7QA 2JGQA 4WY0B 3GXNA 3L9CA 3KVJA 4UR8A 3O15A 2E5DA 2EHHA 5I3FA 1IXQA 5IBXC 4BWLC 4IPJA 3S6DA 4LTSA 1SU5A 5KSWA 3LRMA 1W37A 1K7XA 1W56A 2G5WA 1ME9A 3MHFA 3A5FA 1YYAA 2WV8A 1KV5A 1OX6A 5DBUA 5KZDA 2QCGA 4WX2A 4MZ8A 5J5RA 2Y7GA 3C2FA 1PCKA 4YCPA 3HGRA 1F7BA 1QFEA 1ME7A 2BWGA 5CPOA 4DQWA 3WK3A 3NR0A 2W6RA 2XN0A 3W1MA 2GQAA 1W3TA 5J5DA 3LHVA 2H8XA 4KFNA 3TE9A 3KHJA 3Q58A 4JN6A 3MP5A 5H2ZA 1FY6A 4CLMA 1OHLA 3C6CA 2A5HA 4AHPA 1PV8A 3OVRA 5K3VA 5FESA 3P74A 4JXCA 4JYEA 3VCRA 4W9TA 4CCCA 2ZA3A 3EWWA 3STCA 3CB8A 2QAPA 3G24A 4X9SA 4LU0A 5D30A 1WX0A 1THFD 1SO5A 1FWTA 4K37A 2EAWA 3NQ2A 2WSYA 3TCEA 3TQKA 1TREA 1H62A 3G1VA 1KTBA 1KM5A 4U28A 1ME8A 1RPXA 2D73A 5D2VA 3T4CA 2VOMA 4ML9A 1A53A 2OT0A 2WSRA 4LVDA 4PODA 3CIWA 2A85A 2V2DA 4OV9A 3HG5A 2VFDA 4E38A 1J5TA 3FJ6A 4TU1A 3MUXA 5K2ZA 1XBZA 5DY3A 4TMBA 5LGXA 2ZZ4A 2ZZ2A 1KM3A 1H7PA 3LCGA 4YMZA 3QW3A 2ISVA 3KXQA 2Y7DA 2QCDA 3HIJA 1OX5A 2J27A 1EP3A 3A21A 3RLVA 3EKZA 3LRLA 1FCUA 2ZZ3A 1TB3A 2FPVA 1YXYA 1KFKA 1QPQA 4UMCA 4IMGA 2NZLA 2ZRUA 3IGXA 2H3DA 2VEMA 2PURA 3MHGA 4GUHA 4CQAA 1KTCA 1F2JA 3W85A 3FA5A 3W7GA 2GVLA 2QR6A 4KFPA 1TJPA 1FCVA 2A6NA 4ZQRA 3LCIA 1JR1A 4NX0A 1P0KA 4RV8A 4FNPA 4MJZA 4KWVA 3BK0A 4AF0B 1SO4A 3UY7A 1L6WA 3W7PA 2OJPA 1PS9A 3LCLA 4JTIA 1VPXA 3R89A 3T55A 1GVSA 1DHPA 1FWRA 2RHGA 4AF0A 1O4UA 4FNUA 2RH9A 3MJYA 4MKNA 2BLEA 2E6DA 3UZJA 2YW3A 3W2JA 2BX7A 2ZTKA 1LM1A 4XKYB 3USBA 2ZBTA 3NL6A 5DCBA 2DZPA 3GDTA 4XTDA 1GPWA 3U6WA 1H7OA 1QOQA 4O57A 4MZYA 1DQXA 5D02A 4N4QA 4WXZA 3GB6A 3NQ8A 3BG3A 3OVQA 3EX4A 4XKYA 5LNWA 1R2SA 3SZ8A 1SW0A 2YDAA 3S1WA 3IIVA 3A23A 1JQXA 3LTSA 1D3HA 3L21A 5CKSA 1MEIA 2QCHA 1JCLA 5C5YA 3HGJA 5T26A 3PS7A 2A0NA 2EKCA 2VEIA 3KRSA 3LLDA 1RVGA 1SQ7A 1FWNA 3T40A 3PBUA 3LB0A 2CU0A 4RKAA 1VCVA 3QPZA 2NXGA 3W7EA 4M6VA 4TIMA 2YYTA 2IQTA 3RF9A 3P80A 5FF2A 4LT9A 4Z0JA 2ZYFA 5EMUA 1VCFA 1AK5A 3N2MA 1Q6LA 3S1VA 4ZQMA 1YTDA 3CPRA 1TQXA 4RZ6A 3P8JA 3LXAA 1XBVA 3VE9A 1A5BA 1LBMA 3HPSA 3PSWA 4A3UA 4L4MA 3TA6A 2TYSA 3DFSA 4JTKA 5FEXA 1SZFA 4IJBA 3BLEA 5G1YA 4N9CA 4DPQA 1L9WA 1TPC1 2NX1A 4M7TA 1WQ5A 1KV8A 4ALDA 3LHYA 3NYZA 1K02A 3B4UA 1VZWA 3L65A 3PB2A 2DZSA 1H61A 1TPFA 2CWNA 1I4NA 4DXVA 1H63A 1GTEA 3BVJA 3UXAA 1SW3A 4QNWA 2CLIA 3WFAA 4O16A 4PH6A 1RQBA 3GZ3A 4OGZA 4LY8A 4YLWA 3WJSA 2YSWA 4HSOA 4LRSA 4ZVJA 4C1KA 2YGYA 3QMRA 1QNVA 3G3DA 1FDJA 3P81A 1EWEA 1VHCA 4X3ZA 1GVRA 1M6JA 3PG8A 2ZZ6A 1SUXA 1F6KA 3TW7A 1VR6A 3CU2A 3P7YA 1R46A 1IIHA 1GVOA 3DKJA 3R12A 3KVKA 1KM4A 2V5BA 3HBLA 4XTIA 3N9SA 5KITA 4NZJA 1VLIA 1YLVA 4IPIA 4NT0A 5KINA 3F4NA 2QDHA 2J24A 3A9IA 3LRKA 3EWXA 1IXNA 4EF9A 4GBUA 1WOAA 3GDRA 2V82A 1LP6A 3I7RA 3QMSA 2Z1BA 3MP3A 2GJLA 1ZNNA 3WK2A 5C2XA 5D32A 1MXSA 3RU6A 3N73A 4QQ3A 1KM6A 1AW2A 3DFTA 3F4WA 2ISWA 3HB9A 3UWZA 2Z2UA 2O7SA 3G8RA 3SFKA 3G3MA 4UTIA 4ZQOA 2G96A 1U5JA 2NV2A 4OE7A 3VKJA 2ZRZA 1UUOA 5FF0A 1GG0A 2PC4A 2ZDRA 5F1UA 3NA8A 1J2WA 4O1DA 3GAKA 5G2WA 3LX9A 1TPEA 3NEVA 3TH6A 1OFEA 1XI3A 1XBXA 1A5SA 1FWWA 2GVJA 1PIIA 4O17A 3EX6A 3W71A 1SZNA 4FNQA 5G4EA 1W5MA 2CZEA 3DGRA 1KBIA 3C2VA 4RX0A 3O1NA 4HKPA 4NNAA 3KX6A 4FX7A 4QITA 4D2JA 4MY8A 2VELA 2X16A 3TQ0A 4JYDA 3GNDA 1WXJA 4NQ1A 2NV1A 1Z41A 4N2YA 4M6QA 3LTPA 4WQ6A 3UD6A 1GEQA 4HNVA 2VENA 3CEPA 3I68A 1FCBA 3Q94A 1T99A 3QM3A 2V8ZA 1LRTA 3QFEA 3BV4A 4NJJA 3SGUA 2KZHA 5BMXA 4Z1BA 1JULA 1V5XA 2Z6IA 5BMWA 3ZS4A 3W1LA 2C18A 3HGSA 3ATYA 2BSLA 3S1XA 3FLUA 3W7MA 1YDOA 3PUOA 2QCEA 3E12A 1MEWA 1T96A 1PL9A 1TPUA 2B7OA 1VJIA 2Y7EA 4JTHA 3FJLA 4UTMA 2PRHA 3TU9A 3I7SA 3O05A 5LHFA 3B05A 3TFXA 5IBXA 4AMAA 1W3NA 4BWLA 1W5OA 3UZ5A 1B57A 4PL1A 3ELFA 1EEPA 1EA0A 3BPWA 3CWOX 2NX3A 3HG3A 1YDNA 1KW1A 4K6AA 1I2QA 2WO5A 1A5CA 4AH7A 1K03A 3GR8A 5DCDA 1W3IA 4O1BA 5SWUA 3N9RA 3FOKA 2B4GA 1GVFA 2QCCA 2FDSA 4UTTA 2W79A 3CM4A 3L5LA 3M6YA 3I6RA 2XN1A 4QIUA 3PY2A 5K9CA 1WDWA 4ZMGA 1L6YA 3QJAA 3DI1A 1Z44A 5DELA 4UTHA 4MPQA 5G2HA 1R2TA 3TIMA 2X30A 1ZHAA 3ZWTA 1DORA 3B03A 5LZLA 4NU7A 3G0UA 3A24A 2E77A 1QDSA 2BZNA 3G22A 5D2YA 1VGAA 1XC4A 3PUEA 3LV5A 4K38A 3A5VA 5KMYA 4JTUA 2Q3RA 2R91A 5HINA 3TUUA 3LHWA 3P61A 4H4IA 3M9YA 2FIQA 1TV5A 3RLUA 2J9XA 4FEZA 7TIMA 1UCWA 4Q4KA 1LCOA 3IIOA 2Y89A 3CT7A 4JY9A 1P0NA 1AMKA 5KTLA 1FUYA 1F05A 1GTHA 2H8ZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1MZH A;  2XIQ A;  1NFB A;  2H3B A;  4OZO A;  3T05 A;  1W9V A;  1ZBK A;  1VPY A;  3UND A;  5BXT A;  3U3H A;  4C7G A;  3AHV A;  4L4P A;  1ZLP A;  4TTG A;  3E9A A;  2QCL A;  3LI1 A;  1XSK A;  1P5B A;  3LBO A;  1I8J A;  2WXD M;  3UR5 A;  1J9Y A;  1XS2 A;  5AYI A;  3BSH A;  3R11 A;  2WZM A;  1AJZ A;  4D9P A;  4GUI A;  1XG3 A;  5M17 A;  5HNR A;  3W02 A;  3AZR A;  1V3M A;  5LIY X;  3TYU A;  2E7F A;  5FEP A;  3RMJ A;  2YX0 A;  2IUZ A;  1VBR A;  4GXP A;  1PO9 A;  3VCC A;  3DYO A;  4NZ1 A;  1DWH M;  3BLD A;  2YBU A;  1TX0 A;  1LBF A;  2OSX A;  4LS0 A;  2X1U A;  4IQJ A;  3CMJ A;  3N6H A;  2VFI A;  9CGT A;  3HG2 A;  1S2A A;  1BYB A;  1UWA A;  1BD0 A;  1DWF M;  4O52 A;  3CTL A;  4R33 A;  4Y8E A;  5TBO A;  2HE8 A;  1Q2R A;  4QDP A;  2QXW A;  1TJ1 A;  1OM0 A;  4ICN A;  1QHP A;  4QS5 A;  3PR2 A;  3I10 A;  3WQD A;  1NOU A;  2XVL A;  3DC0 A;  4HTY A;  3K8L A;  4PRW A;  4CQ9 A;  1ZU8 A;  3I6E A;  2FVL A;  4U31 A;  1J79 A;  1SR9 A;  4JGD A;  1LWI A;  3WK1 A;  3ARX A;  4TO8 A;  1TWS A;  1V77 A;  1FWS A;  4KW2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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