2YR1A

Crystal structure of 3-dehydroquinate dehydratase from geobacillus kaustophilus hta426
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
257
structure length
257
Chain Sequence
MNISPKAIKVRNIWIGGTEPCICAPVVGEDDRKVLREAEEVCRKQPDLLEWRADFFRAIDDQERVLATANGLRNIAGEIPILFTIRSEREGGQPIPLNEAEVRRLIEAICRSGAIDLVDYELAYGERIADVRRMTEECSVWLVVSRHYFDGTPRKETLLADMRQAERYGADIAKVAVMPKSPEDVLVLLQATEEARRELAIPLITMAMGGLGAITRLAGWLFGSAVTFAVGNQSSAPGQIPIDDVRTVLSILQTYSR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of 3-dehydroquinate dehydratase from Geobacillus kaustophilus HTA426
rcsb
molecule keywords 3-dehydroquinate dehydratase
molecule tags Lyase
source organism Geobacillus kaustophilus
total genus 94
structure length 257
sequence length 257
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date 2007-04-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01487 DHquinase_I Type I 3-dehydroquinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2yr1A00
3P74A 3NL5A 1TRDA 4RCXA 3UWVA 1H1YA 1OFDA 3NGJA 3GR7A 5IBXC 3IGXA 4LVDA 1S5TA 1R2RA 3TMQA 2P0OA 2ZA2A 2YXGA 2I14A 1R2TA 1TV8A 2WO5A 4UTHA 2DJLA 4X2RA 3STEA 4O12A 3GXPA 3GDLA 2ZZ1A 2YW4A 3HIJA 1JQXA 4IXXA 2TRSA 3PG9A 4S2BA 3A22A 3FA5A 3P80A 5G2IA 3L65A 1MEWA 3C52A 1KM4A 3BV4A 3CHVA 3THAA 3USBA 3A5FA 1OFAA 4A22A 2R91A 1OABA 3FKRA 3EXRA 3O8AA 5HNRA 1VCGA 1QDSA 4ADTA 3O6CA 1XI3A 4DF2A 2RKXA 1JUEA 3F4WA 3P67A 4IMDA 3HPZA 3ZWSA 1QO2A 1FQ0A 1KM0A 3HG4A 3P7YA 4JR5A 2V81A 4LUJA 1PVNA 1JCJA 3W7JA 1ZFJA 3ATZA 1OFOA 3RK8A 2A0NA 4JIQA 4AEOA 1EUNA 2E5DA 1KTNA 4EVZA 1GYLA 1OK4A 5HMSA 4OHQA 1GVRA 2E1DA 2J6XA 1GEQA 1G6CA 3CEUA 3IVSA 4HNNA 1GVQA 4R33A 3NQ2A 4Q32A 3S8HA 1W5MA 2DORA 4LRSA 1PV8A 1FWTA 2QJHA 3GKFA 1TPUA 3NO5A 4PL1A 4CCEA 4E2DA 3G1FA 4I7UA 5D02A 1A5BA 3RFAA 2C16A 3MHFA 2YFOA 5BMXA 1YPIA 2QR6A 2A85A 4YLWA 3F1QA 3TQ0A 1FCUA 3BLFA 3L21A 3PUOA 3WJYA 4JTLA 4M5PA 1OFPA 4O19A 1UJPA 5AHEA 4AF0B 2BWGA 4N4PA 2CZ5A 4RZ4A 3L66A 2FPYA 2E6YA 3W72A 3TW6A 5KMYA 1UASA 3FYOA 2ZZ2A 1KBIA 3HB9A 5FF3A 3EWYA 3HPSA 1BTMA 4QAIA 2RH9A 4UTIA 2H6RA 1LORA 2CLHA 1H5YA 1YXCA 4MVAA 3W7DA 3QQ1A 1B4EA 1W5OA 1AW2A 4CCCA 4S1FA 5K9DA 3T78A 1LTDA 3BO9A 4QQ3A 3HGJA 4KKXA 3IRDA 3TA6A 3SI9A 1B4KA 2ZBTA 5TIMA 3TAKA 3L9CA 1LDCA 3HGOA 4FX8A 2FIQA 4DPQA 5I3GA 3EKZA 4JN6A 3G8RA 3DENA 3VKJA 1NAL1 1H7OA 1IF2A 5TQLA 3JRKA 3STFA 1YPFA 2CZFA 4JICA 2Q3RA 5CGQA 3LOTA 1UBSA 3O06A 1RV8A 4LY8A 3MI3A 4POCA 1K7XA 3W2JA 4LNYA 3DKLA 5F2IA 3M5XA 3TAOA 3VCRA 3LCLA 2ZZ5A 4K8EA 4UTJA 1WQ5A 2ZRUA 4NXSA 1FY6A 4LRTA 6ALDA 1VCFA 4H6KA 5FF2A 1DL3A 4OT7A 1KLZA 4MJMA 4DBEA 1OFEA 1VRDA 2WQPA 4AHOA 1YYAA 2X1RA 3MBDA 5AHLA 1R30A 2PRMA 5D33A 5K9XA 3MJYA 3G22A 3LHWA 1T8XA 3QRHA 2CFFA 4AWTA 4LC6A 2ZDRA 1TV7A 3QC3A 3Q37A 1H50A 5A8GA 2PRHA 3DFTA 3NA8A 4UFLA 1O4UA 3TSMA 2NX3A 2QCMA 2GJLA 4O50A 3M47A 3IGSA 4JTUA 2QJGA 4GUGA 1EX5A 1FXQA 5J5DA 1DJNA 2JKEA 4GWEA 1KBJA 1NF0A 1J4EA 4Z0JA 1EWEA 4FNUA 1NSJA 2Z2UA 3N3MA 3DFPA 3ABQA 1ZCOA 4Z08A 2J9ZA 4ZMGA 3RNDA 3E02A 3RU6A 1G67A 5AC7A 3YPIA 2B7NA 3HG3A 3KFTA 3G1SA 4N02A 2E09A 3IIOA 5FESA 4RV8A 3W85A 3W7HA 3HJZA 4LU0A 3L67A 1DV7A 2QCHA 4QJ1A 1DVJA 1PCWA 1QCWA 1TJPA 4DO4A 1H61A 2V82A 3W7LA 1TQJA 1ZHAA 2A5HA 1R2SA 3TQKA 3ABRA 2ABBA 4NJKA 3S1WA 3LXAA 2PE4A 1G4TA 2WJZA 5EMUA 3W70A 3GX9A 4TIMA 3TC6A 3ZFHA 2V2HA 4N9EA 2FLIA 4IMGA 3EKLA 2WNQA 2V2CA 4PTNA 2YGYA 4FB7A 4LS2A 1HTIA 4IX0A 3FIGA 2VXNA 1HO4A 1S5VA 4CCDA 3W83A 2FB3A 2BLEA 3V1PA 3W1UA 5D37A 4BI7A 1YXDA 2JKAA 3L5MA 3W1NA 1I2OA 1DQWA 2A21A 3CIWA 8TIMA 1O95A 1FWNA 3WJSA 1VR6A 3LCFA 3PULA 5K7JA 4O16A 2X2GA 5F4XA 4Y90A 3TW7A 4NNAA 1SZNA 4YXGA 4R34A 5LNRA 2VFHA 2FQIA 4O10A 4WOQA 1RZMA 3G8EA 3DAQA 4WY0F 3NL3A 3OA3A 4N9DA 3GDMA 1IXOA 4LUIA 1W8SA 3WJZA 1NFBA 3I7SA 4EOUA 2YZRA 3O05A 4O14A 4LT9A 2WSQA 3Q94A 2P1FA 3M44A 3WK3A 1EP3A 4ZQMA 4LS0A 5A5WA 4RX0A 4HNTA 1I2QA 2QCLA 3S1VA 1H60A 3S5OA 4PCFA 3N2MA 3NQ8A 5FEWA 1GPWA 3O1NA 1CX9A 3LXBA 4S2CA 4MYXA 1JRBA 5G4EA 3P84A 3M0ZA 4HNVA 1K02A 3QF0A 1BWKA 4KFNA 2A7NA 2VFDA 3QMTA 1MXSA 4HSOA 4U4MA 4FIQA 2HMCA 2C19A 2VFIA 3SFKA 3LV6A 1GWJA 1DKWA 3GNNA 3NL2A 4HPXA 3IVUA 4TX9A 1WBJA 4HNUA 2CLLA 3U2OA 4WOZA 1I2RA 3QQ0A 1IIGA 1U83A 1UCWA 2FJKA 2W79A 3GIYA 4FXSA 3O16A 5KSWA 4XKYA 3E96A 1EP2A 3THQA 2WNZA 3B8DA 3ZR4A 1MEHA 4WQ6A 4HPJA 5IBXA 2KZHA 1GYNA 5KZMA 4O11A 1F05A 2A2IA 1ME9A 2C0AA 3GNDA 1O5KA 4FO4A 4RXFA 5HULA 4M7SA 3QW3A 1IXPA 5HUOA 3LCXA 1QAPA 2CWNA 3PBYA 3VE7A 5DBUA 1SFJA 2Z6JA 1QR7A 1W0MA 3DXIA 2C3ZA 5CZJA 3EX6A 3P8IA 3LCIA 2YSWA 4B5NA 1KM1A 1FUYA 3NL6A 4ZQCA 1TQXA 1XBYA 2NUYA 4GRSA 3BK0A 1FDZA 5C2XA 3TFCA 1Y0EA 5KINA 4XQ6A 3BW3A 4O52A 3W1QA 2X1SA 4UFHA 4O28A 3EEGA 3W2MA 3NQMA 4M6QA 4O17A 1KFCA 4NZFA 3WJWA 3F03K 1VYPX 3BLIA 4DO6A 4RK8A 2TYSA 1GVFA 3LTYA 1PS9A 1WOBA 3W2LA 5C54A 2E6DA 4HHPA 4FHAA 4MY9A 3HG5A 1VHNA 3WK1A 4XBSA 3UZ5A 3LB0A 3CLMA 2DZSA 1EUAA 1JCNA 1VCVA 3NQFA 2QKFA 2VEKA 3NYZA 3CEPA 1K7FA 3N2XA 5CZ0A 3STGA 1KW1A 1W1ZA 2DZPA 2WOQA 4P2VA 4UTTC 2E5CA 3LXCA 2QAPA 1LRQA 1SFLA 3I6RA 2Y89A 4UFJA 5FI8A 3PG8A 5U4NA 4OGZA 4BWLC 2NXGA 3KRUA 3BG3A 6TIMA 3EWWA 2NUWA 4OE7A 3CU2A 1XUZA 1TSIA 5CZTA 1GZGA 1H7XA 4JGDA 3LI1A 1KM6A 3OVQA 5LSMA 1LOLA 1W3TA 5EBUA 4K8HA 2V0TA 2QUUA 2Y88A 4JTEA 4O15A 4O13A 2JGYA 1KTBA 3PB0A 3W7RA 1JRCA 1KA9F 2QCDA 5D2XA 3PUDA 3TNOA 2J24A 2VKZG 3HGSA 4M7TA 3N19B 1T99A 1RQBA 4NT0A 4ZQRA 1TPEA 3CC1A 3W2UA 2B7PA 5G2HA 1XFBA 5K4XA 4NJGA 3PAJA 2Y63A 4JTTA 2C15A 2PURA 3BW2A 1M5WA 3NPXA 2BTMA 5BOOA 2QF7A 2YDAA 4UC5A 1JUBA 3A9IA 4MIMA 5DY3A 1JCLA 1AMKA 1FCBA 2EHHA 1WYIA 2H3DA 3LHTA 1DQXA 2A6LA 3UPWA 2C13A 1GT8A 4JDBA 1KV8A 1F76A 2H8XA 5I3KA 3VNDA 3G0UA 4UTKA 5D09A 2A4AA 1VC4A 3L5LA 2C1HA 2NX9A 3NOEA 3NXFA 4AHQA 1EEPA 3FFSA 4EWND 3M5ZA 1HO1A 3UQNA 5FF4A 4WD0A 2H3BA 4IPJA 1G7UA 2V8ZA 4K37A 5HJLA 2ZZ6A 1KFBA 5I3FA 3GR8A 2Q8LA 2ZRWA 5K9CA 4KFOA 3BG5A 1G4PA 5C5YA 1FCQA 1ONRA 3C8FA 3M5VA 3INPA 5DCDA 5CPOA 2Z6IA 3G1XA 5FEXA 2ZFAA 4ZQNA 1IXQA 1K8XA 1H51A 4LOCA 4LWWA 4DXVA 1FCVA 2G97A 3TX9A 4IX2A 2QDGA 4UCGA 1TCDA 3NQGA 1LRNA 4H4IA 5G1YA 2CLMA 3TSDA 1JJKA 2O7SA 3ZWTA 2WSYA 1WA3A 3NQEA 1TPWA 2QUVA 2XN2A 1CI1A 3CQ0A 1TO3A 1GVOA 4ZQPA 4ORIA 3V75A 5BW6A 3G3DA 4M6VA 3BARA 5F1UA 2ZTJA 4FNRA 5AC6A 1S5WA 2W0UA 2YR1A 3K30A 4OV4A 3MHGA 5HWNA 2GOUA 3TROA 3M9YA 3GXNA 1F5ZA 1KLYA 1Z44A 5DCBA 1PHQA 1YTKA 5FEZA 2C6QA 4UTMA 2QCEA 4RXGA 2RFGA 4CNNA 1MSSA 2AGKA 1WX0A 1SZFA 2V30A 4WXZA 1QPQA 5C6MA 2B4GA 3L0GA 4XBKA 5AN7A 4MUZA 2FB2A 3O15A 4LC8A 4RLIA 4FNQA 1ZALA 4ML9A 3W6YA 4P61A 3KVLA 1X7FA 1W54A 3LHZA 1RR2A 4DPPA 1DORA 3P8JA 4PH6A 3NEVA 3W7EA 3KOFA 3KRSA 1K8ZA 3R8RA 3UPBA 2CZEA 1FDYA 1SZEA 2EAWA 1M6JA 2QUTA 4UNLA 1THFD 4A2RA 3B0UX 4FEZA 2DJXA 1A5CA 1KTCA 4UTWC 4ZVJA 3W1PA 3SSJA 5HR7A 2JK2A 3TR2A 5DXYA 1QPRA 1Q6QA 5I3IA 5LZLA 1X6UA 2WKJA 4GC4A 4EIVA 3G24A 2A1YA 2B7QA 1B3OA 2ISSA 5H2ZA 5HINA 1VQTA 3PF3A 3QMSA 1XM3A 3SW6A 3W76A 3R12A 3UWWA 3HF3A 1W37A 1LM1A 3NPVA 4MKNA 3O6YX 3QW4B 3QMRA 5CZSA 3W07A 3P62A 5KTLA 2E6FA 3W22A 4RKAA 3W1MA 3KVKA 4ZL1A 3M6YA 4M19A 2ZRZA 1QNVA 4E38A 4ICNA 3LCWA 5KITA 4H3DA 4Y96A 3HMJG 1SZGA 4JTIA 4RZ5A 3N34A 4ORMA 3UY7A 3QSRA 3F4NA 2RHGA 4XUGA 3R2GA 1Z48A 4KWWA 4EF9A 3W88A 1HL2A 1SW0A 2X1TA 3TK7A 3PSWA 2I9EA 3IIZA 3SJ3A 4TU1A 2OT1A 3EX2A 3NM3A 3O07A 5E0KA 1TB3A 5CSSA 1KFJA 3TUUA 1H7PA 3Q2DA 3T55A 3MP5A 5LGZA 1TJRA 4AWSA 1ICQA 3ATYA 1PE1A 2QCGA 2VEMA 1RD5A 1N7KA 4JDYA 3OVPA 1ZJIA 4O0KA 3W23A 4I7VA 5HQEA 3LI0A 1XXXA 1Q6LA 2B0MA 5EY5A 2Y7EA 1VPXA 3T7VA 5LKYA 2CLFA 4QSHA 2QAFA 1ME7A 2V2DA 1EWDA 4PL2A 4DELA 4FX6M 3LBCA 4C1LA 3ABOA 3DI1A 5D2WA 1SW7A 1G4SA 4PFMA 1L9WA 3VE9A 5FF7A 1F2JA 3CTLA 4LVBA 3PS7A 2CW6A 4IPIA 4JTFA 4A2SA 4FX7A 4OWGA 5AFDA 1SSGA 4YCPA 3L0KA 1CW2A 1QO5A 4MY8A 1RPXA 3HQ1A 3QFEA 4MFDA 1YDVA 4GXMA 3CPRA 2Y7FA 5FEPA 3TIMA 1XCFA 3N73A 3FJLA 2ATSA 3E0IA 2EF9A 1OHLA 5AYZA 1GQNA 1LP6A 4XZ9A 5D04C 3TC7A 2AQWA 5AYXA 3KHJA 3FS2A 4Q4KA 1HG3A 4CQ8A 1DHPA 1A53A 3LV5A 3CM4A 1OF6A 5K4ZA 2PRLA 1F73A 2WSRA 5MHBA 3GYEA 4NJJA 1X1ZA 3EB2A 3PBUA 4OQVA 5HWMA 3W9ZA 1TPDA 1W3IA 3PWAA 2VELA 2C14A 3B0PA 1SO3A 3B05A 3IVTA 3UWUA 1K8YA 4NJIA 3TXVA 1XC4A 1EA0A 1DJQA 3G1YA 4Z1CA 1XDLA 5D30A 3BG9A 3B06A 4XTIA 1JULA 4K39A 2WPBA 3G0SA 4JYEA 2RDWA 4ALDA 3S1UA 4G1KA 3IGUA 3G0XA 2XN0A 2EPHA 3LGEA 1MO0A 1P5BA 3FOKA 4N2YA 3LX9A 4O1DA 3RMJA 1JUKA 2J88A 4YWIA 3W87A 1WXJA 4PODA 3S5ZA 5KZDA 4NUWA 3TFXA 2W6RA 3NVTA 3W7GA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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