2YR1A

Crystal structure of 3-dehydroquinate dehydratase from geobacillus kaustophilus hta426
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
257
structure length
257
Chain Sequence
MNISPKAIKVRNIWIGGTEPCICAPVVGEDDRKVLREAEEVCRKQPDLLEWRADFFRAIDDQERVLATANGLRNIAGEIPILFTIRSEREGGQPIPLNEAEVRRLIEAICRSGAIDLVDYELAYGERIADVRRMTEECSVWLVVSRHYFDGTPRKETLLADMRQAERYGADIAKVAVMPKSPEDVLVLLQATEEARRELAIPLITMAMGGLGAITRLAGWLFGSAVTFAVGNQSSAPGQIPIDDVRTVLSILQTYSR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of 3-dehydroquinate dehydratase from Geobacillus kaustophilus HTA426
rcsb
molecule keywords 3-dehydroquinate dehydratase
molecule tags Lyase
source organism Geobacillus kaustophilus
total genus 94
structure length 257
sequence length 257
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date 2007-04-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01487 DHquinase_I Type I 3-dehydroquinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2yr1A00
4UTHA 3PBVA 3TXZA 5FESA 2DZWA 5D32A 3HGSA 3MP3A 2X16A 4DBDA 1YTDA 4HN4A 4NX0A 3R5EA 3KVKA 3W72A 3DFNA 4MY8A 1SSGA 3B05A 2ISVA 3EEGA 4JYEA 4HNUA 5D05A 2F7FA 5HINA 3GXTA 3W88A 1IXNA 3RK8A 1S3HA 3N9RA 4E2DA 2A85A 4PFMA 4WX2A 4MPQA 3MUXA 3O06A 3GAKA 1M7OA 2Y7DA 1EEPA 3MMTA 4QISA 3GXPA 5BNKA 1TRDA 3HG2A 1H63A 5CPLA 3HQ1A 3TROA 2WOQA 3A21A 3OEXA 4TMBA 3A9IA 2KZHA 5LNWA 1A5SA 2XFWA 5I3HA 3IIZA 3RNDA 1JCMP 3TIMA 1WX0A 1JRBA 3M43A 4UFHA 1Q6OA 1QNVA 3SY5A 4EVZA 1D3HA 2YYUA 3ABSA 2GJNA 1OK4A 5DCEA 4MZ1A 1Q6QA 4A2RA 4Z1DA 4O28A 1VGAA 3DHDA 4UFLA 3WJXA 5TBOA 4R7JA 1QO5A 1AW1A 3W1RA 1FQ0A 2Y89A 3VNDA 4OQVA 3UWQA 3PF3A 1SUXA 1QPQA 4OGZA 3QSRA 1OFBA 2ZDRA 3RU6A 1FWWA 3P80A 3G8EA 3P67A 3QW3A 4FB7A 3FEMA 3S1XA 4ZVJA 3TNOA 3W22A 2X2GA 2CLLA 2RKXA 4MZ8A 4ZQPA 1G4TA 3O16A 3W23A 1XUUA 4JDBA 2GQ8A 1FX6A 4ZZ9A 3G0XA 4E38A 4QIUA 3N2XA 1TPC1 4MIMA 4JY9A 5F4XA 2WNZA 2QJGA 2V30A 1JQVA 3WJZA 4ZL1A 4NJIA 1UJPA 1HTIA 3EWBX 4FEZA 3S8HA 1QMLA 5U7SA 2QKFA 4LV9A 4UUIA 4QAIA 1K8XA 2GVGA 1D9EA 2JKEA 5D02A 3LTPA 4MUZA 2OX1A 1LLZA 4IGHA 2HS8A 1HO1A 4HPXA 4BK9A 3DZ1A 4UNLA 3TC7A 3O15A 5CZJA 1L9WA 2B0MA 3LHWA 2OJPA 3W7DA 5DELA 1K03A 4O0KA 1AW2A 4O14A 1W3NA 1ZAJA 2NV1A 1TV7A 3NQAA 3UWZA 3TFCA 1FUYA 3HPSA 5HR7A 4R53A 4AWTA 2WPBA 2R14A 1DQWA 2W6RA 2G97A 3KRSA 4B5NA 4FXRA 3U2OA 5AYYA 5LHEA 4O1BA 1Z44A 2X1UA 1I2NA 2Y7GA 2V5LA 5C5YA 4O53A 1SFJA 3L9CA 2B4GA 1SO6A 1TPH1 3B0PA 4NU7A 2AQWA 1YPFA 2ZZ3A 1C9DA 3M5XA 2EGZA 1K7EA 5AFDA 3LXBA 3L0GA 4UMBA 3B0VC 3IGUA 4Z1AA 1MXSA 3LTSA 2PRHA 3GB6A 1T96A 1JCJA 2XN2A 3PUOA 2CZ5A 4JTTA 2VKZG 1SR9A 3NDOA 2A4AA 2ABAA 5LHFA 4UTTA 2V81A 4DPQA 4NQ1A 3CB8A 1EP2A 4I9AA 2HS6A 3TSDA 3NAVA 3V75A 4WD0A 3LRLA 1H50A 4IMFA 4ADTA 1B57A 3CEUA 2B7NA 4NT0A 2CLKA 2A5HA 3D0CA 5E0KA 1O5XA 1ICSA 3W2MA 3USBA 1EPXA 3B8DA 4LC8A 3C8FA 4LS2A 4UC5A 3TSMA 1I4NA 4LUIA 5J5RA 1VJIA 2D73A 1X6UA 5BRBA 1B3OA 2Y85A 1WXJA 4N9DA 1TTIA 1K8YA 1K02A 2QAPA 3L21A 4Q32A 1FWTA 1H7WA 2VFFA 3AJXA 3MP4A 2FJKA 1LOLA 3CT7A 4HNTA 2G95A 4O54A 3KFTA 1KFBA 2GVLA 2Y70A 3FYOA 5D2TA 1KFCA 3EKZA 3PUDA 3QPYA 3MHGA 4JTUA 1YYAA 2ZZ7A 3UXDA 1C8VA 1VHCA 5E1QA 3GAYA 2QJIA 3CLMA 4EF8A 5L9FA 4MY1A 3W7GA 3DH7A 4DO5A 1NSJA 2ZBTA 2Q8LA 3GDLA 2NWSA 3FJ6A 2QDHA 3LX9A 3W70A 1KM1A 3SZ8A 4UTUA 4R34A 2VOMA 2J27A 1SZGA 3PB2A 1R47A 1RQHA 3HPXA 3B04A 3QPZA 1O4UA 4YCOA 1EUNA 1XUZA 5AC7A 5KTLA 1FY6A 4I7WA 1QWGA 5KZDA 1TV5A 1YDOA 1NF0A 3BG9A 3BW4A 1THFD 1UUOA 1VC4A 1SO3A 3GDRA 3KOFA 1GTHA 2CZEA 3VFLA 4UIOA 4GUHA 4FNPA 3LBMA 3NQCA 4AXKA 3W7QA 3GKFA 3NQEA 1JCYA 4JYFA 3F03K 5LGZA 4NVTA 3LRMA 3G18A 3W83A 3I7SA 4JTEA 4POCA 2RH9A 3CPRA 3QM3A 3PB0A 1TPVA 5D37A 2QCLA 3BARA 3F1QA 1SSDA 4JIQA 2ZA2A 1C29A 1NAL1 1LZOA 3R13A 2B7PA 4PODA 5HJLA 1VCFA 2FIQA 2VEIA 2WJZA 3W7JA 3RFAA 1YADA 2BTMA 3QMRA 3S5YA 4O4WA 4KFPA 5HWMA 1FCBA 2P1FA 4TU1A 1N55A 3HG3A 2ATSA 1ADOA 3NPWA 2AAMA 2ZFAA 5T26A 3EX4A 4MJMA 4FX7A 3GNDA 1OFAA 3OVQA 3PS7A 1AW5A 1PV8A 1VLWA 2VFIA 3UPWA 1FWNA 1H7OA 1SZEA 3NA8A 3PC0A 4UTMA 4NNAA 1B4EA 1PHQA 4O10A 2I14A 4FF7A 2ZYFA 3H53A 3EX6A 2BLEA 3TKFA 3CC1A 4LRTA 1TQJA 4RXFA 2TSYA 1DOSA 1FBAA 3W87A 4GE8A 4OBTA 3G0UA 4BFAA 2FPYA 3SGZA 1Q6RA 2QCFA 3W2NA 3IEBA 2VXNA 1G4EA 1RVGA 2C13A 2Y61A 3LRKA 5D09A 3CWOX 3OVRA 1VYSX 3DFPA 3QYQA 2A6LA 3B03A 3W7CA 1KM3A 1ZNNA 3IVSA 1LP6A 3HGOA 1QDSA 4UMAA 4AF0B 1JUBA 1XL9A 2VELA 2ATMA 1LLWA 3DFSA 1F2JA 3MYPA 2VFDA 3OHIA 1TPUA 3IIXA 3T4CA 4AHPA 5LNUA 4ORIA 4KWWA 3R12A 1G7UA 4JICA 2C16A 1G6CA 2QDGA 4WQ6A 1KFLA 4A29A 2A21A 4X3ZA 3M16A 5EYWA 4N4QA 2DZPA 3I6RA 4CQ9A 1SFLA 3GDKA 1GG0A 3UD6A 5ABTA 1JCXA 3V1PA 3M6YA 1EP1A 3NM1A 5HNRA 3P61A 4EIVA 2EF9A 5AHMA 2H90A 4CNPA 4DO6A 1NF7A 5HUOA 1IXPA 1I45A 1JJKA 5CPNA 4JN6A 1NEYA 1EX5A 3LLFA 3MBDA 5I3KA 5K3VA 1TJPA 3GZ3A 4LRSA 2H6RA 4S1FA 4ADUA 1W54A 1TTQA 2ZZ1A 1YTEA 4JTSA 1F05A 1IXQA 4O11A 1M6JA 5EMUA 3PR2A 4N02A 3SSJA 1JVNA 3G1SA 2GQ9A 3VKJA 1G4PA 4IPJA 4UNKA 2VENA 2FPVA 1XBZA 3P7YA 4DF2A 1XBVA 3BG3A 3ABQA 2YSWA 2AGKA 3ZFHA 4JX4A 1R2RA 3QZEA 3HIJA 3W76A 2YFNA 1EB3A 3L0KA 4GBUA 2Y88A 4ALDA 1OYCA 2YCEA 4M7SA 3W7KA 4HT3A 4MYAA 3L5MA 1UASA 4FO4A 2NXGA 1LROA 1H7RA 1TPWA 4LTSA 5HWJA 3G1XA 4LVGA 4O15A 2A6NA 2RDTA 3BW3A 2WO5A 1WYIA 1OJXA 1EIXA 3O6DA 2J9YA 5DY2A 4OT7A 4PCFA 2RHGA 4Y6GA 2CZFA 2FDSA 4AMAA 2CLMA 4RK8A 2ZRYA 3KVJA 1YTKA 2CFFA 2E5DA 3C2FA 1FDYA 1P0KA 3ELFA 3DI0A 4FX8A 3SFKA 4CQ8A 1OK6A 1I8JA 3W75A 4LVAA 4IMEA 5AC6A 3HBLA 3B0UX 1VLIA 2JKPA 3RMJA 2V0TA 1GVOA 4ZQRA 5MHBA 3DBPA 1E51A 3UWVA 3I65A 4JDYA 3LHUA 3W1NA 3P8IA 2ZRUA 5K9XA 4H3DA 3G1AA 4BI7A 2H3BA 3L65A 5FEWA 3QEZA 3RLUA 4HNNA 1DBTA 5FI8A 3GR7A 1ME9A 2DU2A 3WK2A 4TR9A 2VEKA 3OA3A 1JR1A 1OHLA 3HB9A 5E93A 2QEZA 4IX2A 4KKXA 2E6YA 5KINA 4UXDA 1YXCA 3E0IA 5FEZA 3TJLA 5KSWA 4GXMA 1G4SA 5LGXA 1SW3A 3T40A 1JCNA 5EPDA 2YX0A 3FLUA 3KAOA 1LTDA 1IGSA 3N73A 4K8HA 3P8JA 4XKYA 1RQEA 1FWSA 2P0OA 4WJEA 5CGQA 5K4ZA 2HSAA 1UUMA 1OX5A 3A5FA 1SO5A 4DEFA 3W7IA 1BKSA 2A2IA 2ZRZA 2OCZA 4YXGA 4UTTC 1OFOA 1ZHAA 5FEXA 4IUOA 3PSWA 3TW6A 3HG4A 1A5AA 1AK5A 5BOOA 3DKLA 5I3FA 3PBYA 2BWGA 3L68A 4O17A 4LWWA 3O8AA 5CKSA 4IOTA 3ZWTA 5FF3A 1LRQA 1PL9A 4XUGA 5EKYA 4LV4A 1H7NA 2HMCA 2V2DA 3M5ZA 4MJZA 1RR2A 4CLMA 4JTFA 4JX5A 2QAFA 3STFA 4MOZA 3PULA 2BXVA 3I7RA 2R8WA 2VFHA 4Q4KA 5AB3A 1KV8A 1VPXA 3TU9A 3S0CA 3QC3A 5U4NA 1ZY9A 3F4NA 2WNNA 1JCLA 1K3UA 1CI1A 3HMJG 1HO4A 4UTIA 1FDZA 4O16A 4IJBA 5C6MA 5I3IA 1GZGA 2B7QA 2QCDA 2JK2A 2ALDA 1LBFA 2A7RA 5G2WA 4PL2A 2O7QA 3DFTA 3Q2DA 1KW1A 2DZSA 4PEKA 4NNBA 1D3GA 3FKRA 5AHNA 2GUUA 1IIHA 4JD4A 5D2VA 1DV7A 2QR6A 4Z08A 1O94A 4H4IA 2NXHA 1A5CA 1KA9F 4QNWA 4JGDA 4PL1A 1PHWA 3NZ1A 3O6CA 3ABRA 1M7PA 3TXVA 3IIOA 5F4SA 1SW0A 1DJNA 3DHFA 3QJAA 5CZTA 1HL2A 1XBXA 3DAQA 3FIGA 3M44A 3Q94A 2DORA 1GVRA 2DZUA 4HSOA 1WOAA 2G5WA 4RLIA 5K2ZA 1OX4B 3SJ3A 1JULA 3HGJA 2NX1A 3KRZA 1TPDA 5K9CA 1TTPA 3EXRA 3LCGA 5DXYA 1KM0A 4OHQA 3FKKA 4OU1A 5IBXA 3W1QA 3HO8A 5D2WA 1W3TA 2XN1A 3A24A 3O05A 4MLRA 1F5ZA 3G1HA 4DXVA 3E02A 1L6WA 4MLJA 1GVFA 2CW6A 4JTIA 4IMCA 2WV8A 1PIIA 3W71A 5CSSA 5EA9A 3BK0A 5BW6A 4QITA 5A5WA 3GXNA 4R33A 1KTCA 1RV8A 1LRNA 2ZA1A 1F73A 1O5KA 4LT9A 4C1LA 3M5VA 1QAPA 1KLZA 3P5YA 4UFMA 4FNSA 4XQ6A 4O50A 4CNNA 3GIYA 3TUUA 3SECA 4NXSA 3VI2A 4YCPA 1TPEA 5K7JA 2EAWA 1W1ZA 4UR8A 1U83A 4YL2A 2CLHA 4S2BA 4CNOA 3OIXA 2G96A 2UV8G 1LCOA 3W84A 1H1YA 1I2QA 4QJ1A 3W1MA 4L4LA 4M5PA 3LHYA 4WY0A 4NZJA 4K37A 4WY0F 1JUEA 2E6AA 4O8RA 2A7PA 4HIBA 1GYLA 3EWWA 2W79A 1MZHA 4LS0A 3NQ2A 1TO3A 4NXKA 3LV5A 3W74A 2CLEA 4M6VA 4ADSA 2Z6JA 3E12A 1YXDA 3R89A 1AG1O 2WSRA 4LVBA 4ZMGA 3NPXA 7TIMA 3CTLA 1IIGA 1WQ5A 2GPTA 1I2OA 3UPBA 3KVLA 3GR8A 1GYNA 1XKYA 2ZRVA 3MBFA 4ICNA 3TK7A 2XN0A 4PA8A 4IX0A 2ZZ2A 3ZWSA 2W0UA 2P10A 4UFKA 4YLWA 3DKJA 4Y96A 1KV5A 3T78A 3NO5A 4RV8A 3E9AA 4XWUA 1TREA 1QPRA 3JS3A 3B06A 1ZALA 4TIMA 3C2VA 3L5LA 2E77A 5HULA 2YW4A 2JBMA 2BZNA 3MWAA 1L6SA 2ZRXA 1YXYA 1F76A 4Z0JA 3DXIA 3HOJA 3NYZA 3NQGA 3GDTA 1G69A 5G4EA 2NX9A 2YFOA 3C2OA 3LCIA 4AHQA 3YPIA 4KFNA 4LOCA 4RZ4A 1YDVA 3R2GA 1OFQA 1VR6A 4HSNA 1H1ZA 1RZMA 2CLFA 1VQTA 3UXAA 1WDWA 5G4WA 2BX7A 5D04C 2Z0IA 1LDCA 2ZZ6A 1I2PA 3THQA 5LZLA 1Q45A 4DF1A 3SGUA 2Y62A 1X7FA 4A2SA 3UY8A 4LU0A 4JTKA 4RZ5A 4RKAA 1HUVA 4NZFA 1ME8A 3OG3A 3BG5A 1UBSA 4FHAA 3NPVA 3G1VA 3EX1A 1YLVA 3BPWA 4UTKA 4RX0A 1OFRA 4UTWA 3W86A 4O1AA 4O52A 4QSHA 1FXQA 1CW2A 4TMCA 4U28A 3W1UA 3GYEA 3U6WA 1KM4A 1QCWA 1IF2A 1KTNA 3B4UA 4WXYA 1J4EA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3J7H A;  5D32 A;  1UKP A;  3HGS A;  4K1W A;  1UWS A;  1YTD A;  1KWK A;  1AH3 A;  5C7V A;  3R5E A;  5FJI A;  5HA7 A;  4AW7 A;  3DFN A;  1EGM A;  2J75 A;  3AMG A;  3CIV A;  2AAA A;  5LIU X;  4JYE A;  4HNU A;  1KD0 A;  5D05 A;  3SJN A;  3AHV A;  1DTU A;  3B8T A;  1XYM A;  1ZGD A;  3P2V A;  3W88 A;  1S3H A;  3U48 A;  1Z7A A;  1RLC L;  3ZM8 A;  2Z2B A;  3EEZ A;  4H2C A;  1NWT A;  2GJR A;  4KRT A;  4QE1 A;  3SBF A;  3MUX A;  3O06 A;  2VZO A;  3GAK A;  4AVN A;  2Y7D A;  3COT A;  5H8P A;  1US3 A;  2PU0 A;  3HQ1 A;  1XPY A;  3TRO A;  2GGI A;  1W32 A;  2WOQ A;  4W93 A;  3OEX A;  3A9I A;  1XRF A;  1XSI A;  2C1G A;  4BZY A;  5BRQ A;  3IIZ A;  3RND A;  1JCM P;  2XTK A;  2PDF A;  3NFU A;  1JRB A;  4PMX A;  2HVN A;  4P8V A;  4Q8Q A;  3ABS A;  2GJN A;  5DCE A;  4RNJ A;  4A2R A;  4Z1D A;  1VGA A;  3CZL A;  3WJX A;  1REQ A;  1QO5 A;  2AGT A;  4NSB A;  3ZO9 A;  1AW1 A;  3WNM A;  2Y89 A;  4KES A;  4QG6 A;  1QPQ A;  1O7A A;  3QSR A;  2XVL A;  3P0W A;  1XD0 A;  4ZFM A;  2EJ1 A;  4FXJ A;  3P80 A;  3G8E A;  3WDI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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