2YR1A

Crystal structure of 3-dehydroquinate dehydratase from geobacillus kaustophilus hta426
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
257
structure length
257
Chain Sequence
MNISPKAIKVRNIWIGGTEPCICAPVVGEDDRKVLREAEEVCRKQPDLLEWRADFFRAIDDQERVLATANGLRNIAGEIPILFTIRSEREGGQPIPLNEAEVRRLIEAICRSGAIDLVDYELAYGERIADVRRMTEECSVWLVVSRHYFDGTPRKETLLADMRQAERYGADIAKVAVMPKSPEDVLVLLQATEEARRELAIPLITMAMGGLGAITRLAGWLFGSAVTFAVGNQSSAPGQIPIDDVRTVLSILQTYSR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of 3-dehydroquinate dehydratase from Geobacillus kaustophilus HTA426
rcsb
molecule tags Lyase
source organism Geobacillus kaustophilus
molecule keywords 3-dehydroquinate dehydratase
total genus 94
structure length 257
sequence length 257
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date 2007-04-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01487 DHquinase_I Type I 3-dehydroquinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2yr1A00
2NUYA 1OX6A 4E2DA 5IBXC 3L0KA 3W7RA 4LC8A 1U83A 3EX1A 1QPOA 3UY8A 3E49A 1H50A 1VLIA 1K7FA 3NDOA 4NJHA 3MBFA 5DY3A 3G1DA 3LBMA 2A0NA 3M43A 5F4WA 1KTBA 5AN7A 3WK3A 4FX8A 1ZFJA 1KLZA 1Q6QA 1X7FA 1H1YA 4O4WA 1ME7A 3CWNA 4P61A 1WOAA 1FDZA 3H53A 3UWUA 4XUGA 1O60A 4PL2A 4ZQNA 2QCLA 2H8ZA 1XDMA 4NX5A 5I3JA 2W79A 1X1ZA 1W5QA 2QJHA 3W3OA 5FEZA 5AC7A 1OFAA 3HIJA 4LU0A 2X2GA 1QPNA 3NPVA 1D9EA 1I2QA 4WOQA 5FF4A 5LNVA 1F5ZA 3STEA 3R8RA 1JCNA 3OEXA 4FF7A 4UTJA 3GAKA 1K02A 5LGXA 3EKLA 4DBDA 4HNUA 3IIPA 3TSMA 3N9RA 1G4TA 2ZA3A 3WJSA 1J5TA 2VEIA 4NXKA 3BARA 4O1CA 2GUUA 3S6DA 2A85A 4Z1AA 1WAUA 3MUXA 3TQKA 1I2RA 3NZ1A 4ZVJA 2CW6A 5F4XA 3PBYA 3WFAA 1ZJIA 3EX2A 4DF2A 3OVPA 4GUGA 5KTLA 4LTSA 1GG1A 3L67A 2EHHA 3BLIA 3O15A 4FIRA 3LHZA 1YDNA 4DPQA 2ZRWA 1GG0A 1RQBA 2RH9A 3M5VA 1FCQA 1F6KA 4O54A 3N14A 3FOKA 1K3UA 4JTHA 2ZDRA 1LBMA 3QMTA 2VFIA 3CIXA 3W2NA 5BMWA 2BSLA 1Y0EA 3MP5A 4FB7A 5AHEA 1TPWA 3W1PA 4FX7A 1Q6OA 4JR5A 3LTSA 1JUEA 4AMAA 1VHCA 3MHUA 2V0TA 3PB2A 2DZWA 3N9SA 3W7DA 2VKZG 2WNZA 3NQAA 1W8SA 3PSVA 4DO6A 4LOCA 1OFQA 1DJNA 1PL9A 2WSYA 4OGZA 5HR6A 3BG5A 3QC3A 1S5VA 5F1UA 5C5YA 3A9IA 2V9DA 5AHIA 4NX0A 4MZ1A 2FPVA 1W0MA 4K36A 1O94A 3W83A 5HWMA 3PS7A 1F6PA 1JUKA 4NNCA 3W2LA 5BW6A 1GJPA 3FLUA 4N2YA 2EGZA 2Y6ZA 5DELA 4AVFA 1LORA 2BZNA 3LM7A 3S1UA 2E6FA 4PTNA 2VXNA 2C15A 2B0MA 3PM6A 3N2XA 2DORA 1KFKA 1H51A 2YSWA 5LNWA 4ADTA 2VEMA 3UQNA 1TV5A 3IIZA 3PBVA 2R91A 5HJLA 4B5NA 1W54A 4PL1A 4MVAA 5DLCA 1QOQA 2ZQ0A 1KM3A 2YXGA 2LLEA 4DXVA 2ZRUA 4I7VA 3W7IA 1RQEA 3TJLA 2GJNA 3IVTA 5A5WA 4DF1A 1BTMA 1JCYA 4IX0A 5AC6A 3GDLA 3W71A 3KRZA 5D2YA 4M6VA 3W7OA 2ZZ2A 3M5YA 3QPZA 2P1FA 2H90A 1W31A 3QMRA 1OX5A 3TW6A 1RD5A 2AGKA 5AHMA 4WY0F 3T7VA 1HTIA 3D0CA 1WXJA 1H5YA 4UMCA 3DAQA 2FPTA 4Z1BA 4UMAA 2GOUA 1L6WA 3C56A 3S5NA 4IUOA 2R14A 3QYQA 2B7PA 2DU2A 5EPDA 3RK8A 3LX9A 4JTGA 4RZ4A 5D02A 5KZEA 5G2HA 4RKAA 4NJKA 2GQ9A 3NA8A 3NZRA 1YDOA 4PFMA 4ZQRA 5K4ZA 4HSOA 3P74A 3F1QA 4LVBA 5IBXA 1OX4A 2RFGA 4A3UA 4FNUA 3DI0A 2NXGA 1QAPA 4CNPA 1OFBA 1L2UA 3USBA 2VFGA 3LCFA 4IMGA 4RZ5A 1O5KA 2W6RA 3RLVA 1SU5A 2QJIA 5CKSA 4YL2A 1TPC1 1TTIA 3OA3A 3LCIA 3S0CA 4ZQOA 3W1NA 1FXQA 1OHLA 2CLKA 5ABTA 4TIMA 3PUEA 4UR7A 1WBHA 3IGSA 5C54A 4N02A 1ML1A 1WOBA 3H54A 3EWWA 1XXXA 4R34A 1T8XA 1YXDA 3LCLA 1FDJA 1BEUA 1Q6LA 2CLEA 2QCDB 3LLFA 1SFLA 1LOLA 1GYLA 3W1MA 4HHPA 1I8JA 3SR7A 2OCZA 4GNJA 2CLHA 4UNLA 4WOZA 1OG0A 2CZDA 5D09A 3LCWA 2ZRVA 6TIMA 2VELA 1R30A 4E38A 2QUUA 5HULA 1MEWA 2YCEA 2AAMA 3NQ2A 4IXHA 1FBAA 4JD4A 2OMAA 3TAKA 1KM6A 4HNNA 1GWJA 2VFFA 1LOSA 5DCDA 1FCVA 4JNMA 1F76A 4A29A 1DKWA 1VYSX 3HB9A 1KTCA 3LI0A 3QM3A 4N9DA 4C1LA 1VPXA 2I9EA 1LZOA 1SZEA 4HN4A 2ATSA 2B7NA 3NQEA 1W56A 3BLFA 4H4IA 1KA9F 3TCEA 3UWVA 2DZTA 1TPH1 3L68A 5G5IA 1DV7A 2NX1A 3TR2A 3NAVA 2JBMA 4UFHA 4XBSA 1QDSA 1FWWA 3FJLA 3TX9A 3MI6A 3B04A 3NM1A 2A2IA 4AHQA 3W9ZA 1UCWA 4O18A 1G6CA 2ZZ5A 4JXCA 3GXPA 3BK0A 4UCGA 2P10A 5AYZA 3P8JA 1QR7A 4JIPA 5D30A 3KRUA 1W5OA 3R2GA 4X2RA 2NXIA 2QKFA 3S42A 2Y88A 1FXPA 5DBUA 1SZNA 3MBDA 1YXYA 3QJAA 4Y96A 2QCCA 1IXPA 4H3DA 2DZXA 4UXDA 1QPRA 4LVAA 3S5OA 3I7SA 2TYSA 1K8ZA 3S5YA 2C13A 4ADUA 1RZMA 1WDWA 1MZHA 2G5WA 2ZYFA 3BW2A 3EXSA 5HQEA 1YDVA 2ISSA 1YTDA 2RDWA 1QNVA 2DJLA 3PUOA 3TIMA 4AF0B 3IVUA 1XBVA 4CCDA 1GZGA 4HSNA 5EBUA 3M9YA 3FFSA 1H63A 5AYYA 3EWZA 4Q33A 4R7JA 4Z0JA 1SR9A 1ZALA 4ZQPA 1FCBA 2PRMA 3UZ5A 4NNAA 1VQTA 4MYXA 5EYWA 3LHTA 3EWUA 2J6XA 3W2KA 3TW7A 5FEWA 3WJWA 2C18A 3O8AA 5LHFA 1EPXA 3PG8A 1TJPA 2ISWA 4H6KA 2V30A 3VCRA 1W5NA 2G97A 2YZRA 4JICA 3HG3A 3CPRA 4FEZA 4JX4A 2NX3A 4CLMA 1GEQA 4UR8A 1RPXA 4MJZA 1NF7A 3DU0A 3LERA 1LBLA 4RJEA 2QCDA 3E02A 3F4NA 4K6AA 3LHYA 3HPSA 2C19A 4O14A 5DCBA 1FWRA 1ZNNA 4KFNA 2JGYA 2OZ0A 3SSJA 1AG1O 2IQTA 3LV5A 1DQWA 2TRSA 5LGZA 3GKAA 4N9BA 1F2JA 3Q58A 2J9XA 1YPFA 4NNBA 1KTNA 3JR2A 1I45A 2E5CA 4FNRA 1AW1A 4Z0SA 1OK6A 4JTLA 1TCDA 4O50A 2V8ZA 1EP1A 4IMEA 4XZ9A 2FQIA 5C55A 2B4GA 2A6LA 3DHDA 3HGRA 4RXFA 1YTKA 2CLMA 1YTEA 4MY8A 4JX5A 3MHFA 5CZJA 1PE1A 2QDHA 3HMJG 1LRNA 3OHIA 4LUIA 2VC6A 1EUNA 3GVGA 3W7PA 2ZRZA 3PAJA 4GWEA 3IRDA 3TV8A 3W88A 1ZENA 4NT0A 1Z42A 2RDUA 4MJMA 2YDAA 3GDMA 1ALDA 1GVOA 4MZYA 4WXYA 3TUUA 4MZ8A 4OBTA 4C1KA 4IJBA 1CI1A 2HS8A 5D2TA 4AH7A 1GPWA 1NSJA 4YCPA 4ICNA 4S2BA 4LW7A 1GQNA 3KFTA 4HPJA 4ORIA 5LHEA 3Q2DA 3CC1A 3ABQA 4YMZA 2Y7FA 3G0UA 4MUZA 3CM4A 4AXKA 5LNRA 3QZEA 1R2SA 3O63A 2ZRXA 1H7RA 3STCA 1TJRA 1P5BA 5HMSA 5AFDA 5H91A 1I2PA 2V5BA 4JDYA 2ZZ4A 1K8XA 1SO4A 3NEVA 4RV8A 3G3MA 1R2RA 5TIMA 3HGOA 3P5YA 1KM0A 1R47A 3GIYA 3IIOA 3NG3A 1F7BA 3GNNA 1JRCA 4BWLA 4MKNA 5FESA 2JKEA 4LNYA 3RU6A 3YPIA 4EWND 4N6EA 2JGQA 3OIXA 1NF0A 2RDTA 2J24A 4XTIA 3M5ZA 1OYCA 3C2EA 3NPXA 1OJXA 4WUIA 4LT9A 3KOFA 4UUIA 2Y70A 8TIMA 3E9AA 2TPSA 1W3IA 4AHPA 1ZAIA 4Z1CA 4RLIA 3NPWA 2A1YA 2HSAA 4LV9A 3W22A 1KV5A 1G4EA 2JKAA 3W7GA 2TSYA 4MY1A 1H61A 1VYRA 2GPTA 1K03A 5CG7A 2ZCGA 5E1QA 3HG4A 4JTJA 3UWQA 5LZLA 2YR1A 1DHPA 5DXYA 1SW7A 4MLRA 3IV3A 4CNOA 3QEZA 4UFIA 4QNEA 3P7YA 4O53A 1UASA 3C52A 2CLLA 4FNTA 4LRTA 2QF7A 4UTMA 1IXOA 2HTMA 4P2VA 4UTTA 2FB2A 4POCA 4RR4A 1M7OA 3IGXA 4WJEA 3FIGA 3QSRA 1M6JA 3MJYA 2FLIA 3PG9A 1TPUA 3W7MA 3G1SA 3QPYA 2NLIA 3EEGA 3G8EA 5CGQA 3RLUA 3DKJA 1WQ5A 5D04C 4L4MA 1OX4B 3PUDA 3HO8A 4GE8A 1N8FA 3HG2A 4TMBA 3W6YA 3P67A 1YPIA 3NQVA 4FNQA 4BR1A 1ZCOA 2D73A 1JR1A 3L0NA 1IIHA 5FI8A 3UYCA 1ONRA 3NL2A 1SFJA 2X16A 4CCCA 3TXVA 1A50A 3ZWTA 4U4MA 5U4NA 3S1WA 4KFPA 4M19A 1RVGA 3R12A 1G7UA 4BI5A 3OVQA 3S8HA 2UV8G 1JCJA 5CZ0A 4GUJA 1O5XA 1VS1A 3O05A 3NM3A 1FWSA 1P1XA 4IPIA 4NXSA 3NL6A 3GLCA 2A5HA 4JTIA 5FF0A 4I7WA 2CLFA 3INPA 3TE9A 3DENA 4JTFA 1W3TA 5I3KA 2BLEA 3GXNA 5HNRA 5HINA 4HKPA 3MW7A 1JQVA 3LHUA 1SO6A 1KBJA 5DBTA 2V2DA 3HF3A 2YFNA 4FX6M 4O28A 2BWGA 3G0XA 4QNWA 3A21A 3TC7A 1EA0A 4ZL1A 4A2SA 1ME8A 3NR0A 4ML9A 1JCXA 5K9CA 5KSWA 1C9DA 2Q8LA 3PSWA 1TIMA 3O16A 1KW1A 3SGUA 5E93A 4JX6A 5AYXA 2Q3OA 1TQXA 4GFSA 3BPWA 3L21A 1ZHAA 3LBCA 4K8EA 4KWWA 3UWYA 4K7VA 2OT0A 4Y6GA 3VE7A 2CU0A 2E5DA 3LTYA 4MFDA 5T26A 3VKJA 3OBKA 4WD0A 1IF2A 1JUBA 3THQA 5G4WA 2YPIA 5L9FA 4LUJA 2E68A 3N2MA 4IOTA 4BI7A 3QF0A 4LVFA 3SIZA 3LCHA 1VC4A 4LY8A 4I7UA 3BVJA 2VENA 4LC6A 3GNDA 4XQ6A 3T4CA 2FB3A 3CWOX 3GYEA 1NAL1 2WOQA 2Q8ZA 4UTHA 3GZ3A 4NUWA 1OF8A 5I3HA 4PODA 5TBOA 1GYNA 4IPJA 3W2MA 3HGSA 3UD6A 2E6AA 4W9TA 3DFOA 2HS6A 5BOOA 4ZQCA 2X1RA 5LNSA 3M47A 1KM5A 3QW3A 1D3HA 1IXNA 1XBZA 2V82A 3MWAA 2NWSA 5I3FA 5FF2A 5K2ZA 3B8DA 3FA5A 2YGYA 4X22A 5EY5A 2CWNA 1XBXA 1DORA 3G1HA 3N73A 4QIUA 3BW3A 3LTPA 5G1YA 3NPUA 4NZJA 1O4UA 2XFWA 3L65A 3UXDA 1G4SA 1TSIA 1TYGA 4QM1A 3LCXA 2RKXA 2W0UA 4K7YA 1GT8A 1J2WA 3P8IA 4FXRA 5U7SA 3CIWA 4K39A 3TQ0A 1ZAJA 3M44A 3TROA 4OV9A 3IVSA 3CU2A 1FWNA 3O6YX 3W7LA 1VGAA 2E6YA 2H3BA 1B4EA 3S1VA 3L5LA 4EVZA 3PY2A 1JULA 4M7TA 5J5RA 2J9YA 3RNDA 3QW4B 2GVJA 1YADA 2WNQA 3JRKA 4EF9A 2Q3RA 2QEZA 2ZTJA 4NQ1A 3TMQA 4LWWA 3G18A 3K30A 3GXTA 3GR7A 3TFCA 1WV2A 1LDCA 4BWLC 3L5AA 1D3GA 4R33A 3W7HA 4A21A 2NZLA 1FQ0A 4IXXA 3W7CA 3U6WA 3DBPA 1G7VA 4R53A 1BWLA 3TKFA 4O0KA 3HQ1A 4UC5A 2R8WA 3C2OA 5LKYA 4DEFA 3EX4A 3DHFA 2CZFA 1Q45A 1L6SA 4QAIA 3L0GA 3BW4A 3QH2A 1P0NA 2WSRA 3W73A 2WPBA 2WSQA 3CQ0A 5AC8A 5HR7A 3G0SA 3FYOA 1GVQA 5K9DA 1R46A 2ZFAA 3BGGA 3ZR4A 5G2IA 3SZ8A 3DKLA 4MOZA 1CW2A 4X3ZA 1GTEA 5DN1A 4IQLA 1EWEA 3ZS4A 1TMHA 3WJYA 1IGSA 1SUXA 3C0JA 4LS2A 5K4XA 4O1AA 3PB0A 4AWTA 3ANYA 4UTTC 1KFBA 2YW3A 2ZA2A 3UY7A 1VJIA 4TR9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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