2YSWA

Crystal structure of the 3-dehydroquinate dehydratase from aquifex aeolicus vf5
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
MLIAVPLDDTNFSENLKKAKEKGADIVELRVDQFSDTSLNYVKEKLEEVHSQGLKTILTIRSPEEGGREVKNREELFEELSPLSDYTDIELSSRGLLVKLYNITKEAGKKLIISYHNFELTPPNWIIREVLREGYRYGGIPKIAVKANSYEDVARLLCISRQVEGEKILISMGDYGKISRLAGYVFGSVITYCSLEKAFAPGQIPLEEMVELRKKFYRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of the 3-dehydroquinate dehydratase from Aquifex aeolicus VF5
rcsb
molecule keywords 3-dehydroquinate dehydratase
molecule tags Lyase
source organism Aquifex aeolicus
total genus 86
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date 2007-04-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01487 DHquinase_I Type I 3-dehydroquinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2yswA00
3I7SA 5D2XA 2QCDA 1OJXA 3TFXA 5HWJA 3G1AA 2Y7GA 4U4MA 3C6CA 5H91A 2XN0A 3SW6A 3WK1A 2Q8ZA 1H63A 1I4NA 1WYIA 1JCYA 2E5DA 3GAKA 3NQ2A 3NQEA 2E68A 4MFDA 4O1CA 4A29A 4MPQA 3QJAA 1EA0A 3W2UA 2RFGA 2GJLA 1GQNA 3O06A 4XKYB 4HNVA 1FWTA 4E0CA 2Y7EA 1KV5A 3UY7A 3HMJG 2A1YA 4XUGA 4FEZA 3CC1A 4LNYA 3O07A 1QO2A 1TQXA 1YYAA 3R12A 2Y70A 3EXTA 3MI6A 4Z0JA 3NDOA 3W7IA 3T78A 5CKSA 2EGZA 4AWTA 2X1UA 3T4CA 3E49A 4YCOA 2I9EA 1I2PA 1H1YA 3C2FA 2EPHA 1LBFA 1X1ZA 3QPYA 4AWUA 5EY5A 4IQLA 2AQWA 4JX6A 3TA6A 4CCDA 3UPWA 3LB0A 1VYPX 1X6UA 3Q94A 4FB7A 4FNTA 4FNSA 3A9IA 2EAWA 1Q6QA 2FQIA 2Y6ZA 5D2WA 4WQ6A 1F2JA 3LHVA 3H54A 4MZ8A 2CW6A 2DZSA 3IVTA 4JTJA 4OU1A 1EP2A 2GVJA 3NZRA 2GVLA 3IGXA 2X1TA 3HJZA 1GVRA 4K39A 1FXQA 1S5VA 3I6RA 5CSSA 4ZQOA 4LOCA 1DQXA 3LHYA 4O50A 3EEGA 3CTLA 3L21A 4KFOA 3UNDA 4NNCA 4MIMA 3BK0A 3W6YA 1Q45A 1SSGA 3N14A 4BFAA 4HKPA 4IGHA 3RF9A 1PE1A 1KM3A 3Q58A 3W23A 4YXGA 4GXMA 4UUIA 1GPWA 3JRKA 1EWDA 3F1QA 5HWNA 3O15A 5G4WA 3TK7A 4ADTA 3EB2A 3QW3A 3NM3A 5FF3A 1AL8A 2WNNA 1O95A 1WDWA 4WY0B 1FBAA 4UFMA 3MHFA 4RJEA 1G4PA 4O15A 5TQLA 2Y62A 4MOZA 4DF2A 4O14A 5KINA 3LGEA 5K9XA 1PCWA 4JTKA 4JGDA 1QNVA 4PCFA 1KFEA 4XWUA 1SU5A 3UD6A 1JCNA 2CLEA 1O4UA 2EF9A 1SO6A 3CB8A 3BW2A 4IX0A 5LGXA 3KVKA 3HGOA 2NXIA 5K4ZA 3UZ5A 5HQEA 1KM5A 3C3NA 2QCDB 2FPYA 1WQ5A 4BR1A 4PEKA 4CNPA 1EP3A 3THAA 1W3NA 3HPXA 2R14A 3P82A 3TQ0A 3T44A 4RLIA 5LNWA 4O8RA 3S6DA 4O16A 2VFDA 3O8AA 2V81A 1M7PA 3A21A 1W5NA 3PWAA 3ZFHA 2C3ZA 3LERA 4OWGA 1SO3A 5AB3A 1Z41A 3W87A 1GZGA 3LDVA 2QCGA 3WJWA 3NQCA 4JYFA 1ZAIA 1EWEA 1LLWA 3OBKA 2QCHA 2OT0A 3FYPA 5EBUA 3NQAA 4QITA 3UZJA 3BVJA 3C56A 4O4VA 1R47A 1RR2A 3S0CA 3QFEA 1OFQA 3L9CA 1YXCA 1QPNA 1F73A 2FFCA 2OMAA 1LLZA 4POCA 4BF9A 4E38A 1FQ0A 4NNAA 2O7QA 1PCKA 2NUXA 4BI7A 2R8WA 3QYQA 1SZEA 1Z44A 4FX8A 5F4WA 3P84A 3DI1A 4RR4A 2CZDA 3PB2A 1XKYA 1YPFA 3W75A 1T96A 2OX1A 1W3TA 3LCIA 3BV4A 1SZNA 1A5CA 4DXVA 1GJPA 2BLEA 4FNPA 2H90A 4DO4A 3ZR4A 1B4KA 3WJZA 3PVFA 3W73A 2P1FA 2R94A 3KVJA 3W7RA 1D3HA 3SECA 3NQFA 3L68A 2YFOA 2NXHA 4LY8A 3Q2DA 1FDZA 4FNQA 2J27A 2WQPA 3EXSA 1UUMA 4RV8A 1ME9A 5F2GA 3S5NA 1ZNNA 3IIPA 2ZRYA 4RZ6A 4WY0F 2NXGA 1OYAA 3UXDA 3FYOA 3KRSA 4LV4A 3M1ZA 3FKRA 3GNNA 1YXDA 1EPXA 4AMAA 3VKJA 3STEA 1H7OA 3Q37A 5EYWA 1TYGA 4FXRA 3P7YA 2X1SA 4I7UA 4LWWA 3LX9A 3LHWA 3H55A 3HG3A 1SW0A 1TTQA 3W1XA 3LRMA 1B4EA 1AW2A 1TTJA 4ZMGA 2E6AA 4UTWA 4AHPA 1RZMA 4ALDA 5DCBA 4QISA 1T8XA 3RFAA 1FWNA 4IWWA 2ZBTA 1X7FA 1QWGA 1GG1A 1KFKA 2ISSA 4GJ1A 4MJMA 3TX9A 4UFHA 3P61A 3VI2A 2NWSA 5FF2A 1VHCA 4JX5A 4N9DA 1YDOA 2DU2A 3W7HA 3S42A 3DGRA 4LS1A 4ORIA 2DP3A 4ZQNA 3W1TA 4O1DA 1EB3A 1EIXA 3WK2A 3ANYA 1OF6A 2C15A 1XBZA 1G4TA 3N2MA 4C1KA 3I65A 1OVDA 2CWNA 2JGQA 1EP1A 4JTEA 2RHGA 4S2BA 4UTTA 2ALDA 1MEWA 1SQ7A 3A5FA 5G5IA 1HO4A 3F03K 1TMHA 3LCFA 3W7NA 2RKXA 4NJHA 1WBJA 1ADOA 3OEXA 4HN4A 4N2YA 1GVFA 3DFPA 2WJZA 4NZJA 3ATZA 3K30A 5E93A 2WKJA 2GUUA 3G3MA 3G1YA 1DVJA 1ZAHA 4O57A 2QUUA 5F4SA 3CM4A 1AK5A 1UUOA 5I3FA 4FO4A 4Y6GA 4GC4A 3OG3A 2QEZA 2Q3RA 3MO7A 3G8EA 2VXNA 1DORA 2DZPA 3SIZA 2GQ9A 1L2UA 7TIMA 3M7WA 5HULA 2C19A 4GBUA 1FDJA 4IPIA 4Z0SA 5I3KA 4IX2A 5DBTA 2H8XA 3GVGA 3P80A 1B9BA 3OHIA 3W1MA 3LCGA 1IGSA 2HTMA 3FFSA 4X2RA 4M6QA 4YLWA 3F4NA 4TMBA 2ZA2A 2F84A 3A23A 2CZFA 3CIXA 3M44A 3W7EA 4N4PA 2X30A 4JTSA 1A53A 1OYCA 4OE7A 4WUIA 4AHOA 4P2VA 1G4EA 3TAKA 1C9DA 1XL9A 1Y0EA 1OF8A 3W86A 4MY9A 1UCWA 5DLCA 4LS2A 1G67A 2YYTA 1MZHA 3MBFA 3FJ6A 3NGJA 4UTJA 1DHPA 4A21A 5FEPA 3G1DA 3LCXA 2QCEA 5A5WA 2ZZ6A 3GB6A 4RKAA 4Q4KA 2VELA 3W7MA 3DBPA 4OHQA 1H60A 3L0GA 3PC0A 3GKAA 4MKNA 1KV8A 1V7YA 3RU6A 4UTIA 1VQTA 3LXAA 1TCDA 5L6UA 3C52A 1TJRA 4IJBA 4EF9A 2E5CA 1K7EA 2V2HA 3KHJA 4R53A 3PS7A 3TCEA 2CFFA 2J9ZA 1QCWA 4AB4A 4M5PA 4JR5A 3LCHA 1MO0A 1P0NA 5HUPA 2J9XA 4GE8A 1R2RA 3V1PA 1TV8A 2C14A 1YTKA 2WO5A 3LV6A 4LUIA 1W31A 3W7GA 1LP6A 4UMAA 2WSYA 3MP4A 3U6WA 5D04C 4CQ9A 4EWND 4NZFA 3A24A 4NVTA 4ADUA 3G24A 4ORMA 1W1ZA 2ABBA 2QUVA 4NUWA 3NL3A 2G96A 2VFEA 1KM6A 3EWUA 3EXRA 4PC8A 3IIXA 1DV7A 3W84A 3DHDA 4UR8A 3GR8A 2HMCA 1TRDA 1OHLA 1DBTA 3HOJA 1L6YA 2C1HA 4UFJA 1SR9A 2B4GA 5I3HA 2C16A 4RZ4A 1W8SA 4Z1DA 4IMFA 5K3VA 4TU1A 5D32A 3L0KA 3PSWA 4O0ZA 2ZZ4A 4FX7A 4ICNA 4R33A 4AXKA 1KM4A 3S5OA 3G1XA 1JVNA 3A5VA 1FWRA 3W7OA 3NQGA 3TDFA 3UXAA 5ABTA 4H3DA 1KLYA 1XBYA 5F4XA 4RK8A 1AW1A 1R2SA 4K8EA 3WJXA 5K9DA 3T40A 3NVTA 4KKXA 2QJIA 3UWUA 1PVNA 3WJSA 3NQ8A 3I7QA 4YCPA 3W1AA 4IUOA 2E6DA 4LRTA 2WSQA 1FCQA 4KFPA 1YADA 3E02A 3S1WA 1U5JA 3QMSA 1VS1A 3PUOA 1FY6A 3SFKA 2C6QA 4IMDA 3FS2A 2V9DA 4K7VA 5D03A 1HL2A 3UQNA 5BOOA 2ABAA 3LLFA 3LBMA 3HPZA 5EA9A 1O60A 3L0NA 4JTLA 4TX9A 4Y8FA 3ELFA 1EUAA 1K03A 4O10A 5D37A 1HUVA 3CWNA 1OFAA 3TMLA 3LRLA 3W22A 3SI9A 3H53A 3TW6A 3M47A 4UTMA 3SR7A 4UMCA 2C13A 1VGAA 2JBMA 2R91A 4N02A 4WX2A 3PY2A 2DZVA 3MP5A 3IGSA 3W88A 2FDSA 4Z1BA 2WOQA 3E12A 4S1FA 4ADSA 3IVUA 4ZQPA 1VZWA 2RH9A 1JRBA 3PG9A 3PM6A 4M6PA 3LXCA 4FNRA 5C6MA 1QPOA 3MJYA 1XFBA 2A85A 3W1RA 2A6NA 1TSIA 2X16A 4MLJA 2PRLA 5D2YA 1GTHA 5FEXA 3HGSA 1LRTA 2BXVA 1SPQA 1IXNA 3HPSA 2TYSA 4UCGA 3R89A 4AVFA 3W7CA 5C2XA 2QJGA 5I3GA 1PL9A 3TUUA 4GUGA 3TQVA 4EF8A 3EWBX 3MHUA 5CPMA 1CI1A 4G1KA 3GYEA 4NXKA 1RV8A 3PBYA 3NOEA 3TV8A 2CLIA 1JQXA 4N9BA 1FWWA 4MY1A 2DJLA 3O1NA 1R2TA 5U4NA 2ZFAA 2HSAA 2AGKA 3BG3A 3O16A 1YTDA 2HS6A 1NF0A 5CPNA 5D2VA 3C2EA 3L5LA 4YL2A 3P81A 4H6KA 4LTSA 3ZWTA 3TQKA 3W70A 4MFEA 4OV9A 3NL5A 1VCGA 3W1UA 3QSRA 4A2SA 2P0OA 3HO8A 2J9YA 1JUEA 4GNJA 4QNEA 1MEIA 3LRKA 5U7SA 2F7FA 4CCCA 1EEPA 4MZYA 4S2CA 3TKFA 3TXVA 3KRZA 4CLMA 4JTTA 1X1OA 4GWEA 1KBJA 1P4CA 3MBDA 4UTUA 4KFNA 1IF2A 4QM1A 3OVPA 2FTPA 4DPQA 3HG4A 1Q6LA 4JDBA 1F5ZA 2OZ0A 1LORA 3B06A 3EX1A 3W9ZA 5E0KA 3AJXA 5I3JA 1ZCOA 3EX6A 4O12A 4RCXA 4MYAA 4CNNA 3MW7A 4H4IA 5SWUA 3PBVA 1G69A 4UNKA 4UR7A 5LNSA 2GQAA 4OBTA 4ZL1A 1LZOA 3R2GA 1CX9A 1AG1O 4KWVA 1JCXA 4QNWA 3CIWA 4TMCA 3G1SA 1F05A 3TH6A 5AFDA 1XI3A 1W5OA 1RQHA 2CU0A 3NO5A 3RNDA 3GIYA 3DU0A 3BLIA 1W0MA 3W74A 2PE4A 3TU9A 1H5YA 3PR2A 2E1DA 3NQ6A 3CWOX 3LTYA 3GDTA 3EWWA 1OFPA 1TV7A 2QKFA 4HNUA 4NT0A 3ZS4A 3HIJA 3NL2A 1YXYA 4BI6A 2WNZA 5CG7A 4LVGA 3L66A 2Y63A 3GXNA 3M5VA 1XUUA 2RDWA 1T0OA 2V2CA 3I68A 3HF3A 3AO0A 1QDSA 2IQTA 1QOPA 3GAYA 1XDMA 4JN6A 5AHLA 4EVZA 1OX6A 4A2RA 1IIGA 1NSJA 1N55A 3ABSA 3TSMA 3IEBA 1ONRA 2A7NA 3BLEA 3KOFA 3BGGA 2ATMA 1GEQA 1VR6A 1AL7A 3HGRA 4BI5A 3O63A 2B7PA 4Q32A 2CZEA 1FWSA 3NQMA 2ZCGA 2DZTA 3MMTA 3NPXA 2ZRVA 3GNDA 1IXQA 2W6RA 5CPLA 2Y61A 4RX0A 3F4WA 1Z48A 1KM2A 4E2DA 3LI1A 4O28A 5EPDA 4MY8A 3INPA 1YPIA 1OX4A 2Z1BA 4PA8A 3W2KA 3OIXA 3BLFA 5FI8A 4JTGA 3W1PA 1AMKA 3CU2A 2QJHA 3W2LA 1O94A 4W9TA 2ZTKA 3E96A 1XUZA 3MHGA 4UFKA 1SW7A 5D02A 4O1BA 3W7KA 1F74A 1KFJA 3NA8A 3THQA 2ATSA 4UTHA 2QCLA 3W1NA 4JIQA 3W72A 5K4XA 4WZHA 4TIMA 3QQ0A 6ALDA 5KSWA 3IRDA 4JTUA 2A5HA 5H2ZA 2CLMA 2NUWA 4NNBA 1VRDA 4LU0A 1TO3A 4PL2A 2D73A 2QDHA 3TC6A 1ZY9A 3MUXA 5LHEA 1Z42A 3GZ3A 1S3HA 3M5XA 2NV1A 2NLIA 2VOMA 3EKZA 5CGQA 1JUBA 3TC7A 1H7RA 1M6JA 3N2XA 1JRCA 3WFAA 4HNTA 3LOTA 1MXSA 5C54A 5LGZA 3GR7A 5FF7A 1M7OA 1OFRA 5GVJA 3TJLA 1FXPA 4M19A 2W0UA 1LBLA 3NEVA 1XBVA 4M6VA 5HUOA 5MHBA 1NAL1 2I14A 1LOLA 3NZ1A 4ZZ9A 4QQ3A 1L9WA 3DKJA 4FXSA 4RZ5A 3TNOA 4NX0A 2E09A 3DH7A 1BKSA 3BO9A 3W76A 4RXFA 5HWMA 4K6AA 1TPUA 4JY9A 5D2TA 2QF7A 1I2OA 4ZQRA 3M43A 3IIOA 5FF4A 5KITA 2Q8LA 3BG5A 3KVLA 5K7JA 2VFGA 2X2GA 3CPRA 5LSMA 2YW4A 4JIPA 5AYYA 3UWZA 4XTIA 4DO6A 3W71A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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