2YSWA

Crystal structure of the 3-dehydroquinate dehydratase from aquifex aeolicus vf5
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
MLIAVPLDDTNFSENLKKAKEKGADIVELRVDQFSDTSLNYVKEKLEEVHSQGLKTILTIRSPEEGGREVKNREELFEELSPLSDYTDIELSSRGLLVKLYNITKEAGKKLIISYHNFELTPPNWIIREVLREGYRYGGIPKIAVKANSYEDVARLLCISRQVEGEKILISMGDYGKISRLAGYVFGSVITYCSLEKAFAPGQIPLEEMVELRKKFYRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Aquifex aeolicus
publication title Crystal Structure of the 3-dehydroquinate dehydratase from Aquifex aeolicus VF5
rcsb
molecule keywords 3-dehydroquinate dehydratase
total genus 86
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date 2007-04-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01487 DHquinase_I Type I 3-dehydroquinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2yswA00
2RDTA 3TCEA 2DORA 5LNWA 3OA3A 2WNQA 4K8EA 4KFOA 4KWWA 1OX4A 2QCFA 4RZ5A 3W3OA 1E51A 1KFCA 1H1ZA 1RVGA 3NZ1A 8TIMA 1IXNA 4NXSA 3SJ3A 4MFEA 5K4ZA 3EWZA 1QPNA 1XBZA 1SO4A 1VC4A 3BVJA 4JTHA 4MPQA 3W73A 3S0CA 1BTMA 1BKSA 4LY8A 1K7EA 1DBTA 1UUMA 3EEGA 3CC1A 4AVFA 3VNDA 1U83A 2E77A 4EIVA 1DOSA 2Z0IA 4JN6A 1JCLA 2ZRVA 3W7EA 2Q3OA 3PR2A 1GVQA 1S5VA 4O53A 4FB7A 3DKLA 3PB2A 3CWOX 4GUFA 4DEFA 3W7PA 1W5QA 2A2IA 3P82A 1DQWA 2TSYA 4FXSA 5L9FA 4LS0A 2FIQA 3TSBA 1LLZA 1J5TA 5BRBA 3LI0A 4O0ZA 5GVJA 3W84A 1ML1A 2YW4A 2R94A 5U4NA 5HWNA 1PCWA 1IF2A 1LOSA 1H62A 3DXIA 4JDYA 1TQXA 2CZFA 1YTKA 5FEXA 1JCXA 2BZNA 4IMEA 4BI5A 4GUHA 1TO3A 3UZJA 2VXNA 2CZDA 5LHFA 4GBUA 1H7RA 4UTUA 4O57A 4O10A 1PCKA 4IMDA 2G96A 1GT8A 4X22A 2ZRYA 4BI7A 4DPQA 5KSWA 3R5EA 4WD0A 3LLFA 1VLWA 1I8JA 1T0OA 2OMAA 3P5YA 3PB0A 4Y8FA 3G1SA 4JX5A 3T4CA 3TSDA 4UFKA 4AWUA 1TTIA 2P10A 4IUOA 1FDZA 1I2QA 1OFPA 3W1QA 3W1UA 4UR8A 3LHUA 2BX7A 2CFFA 3UNDA 2FB2A 3NM3A 2JGYA 3SFKA 3LHWA 5D2WA 1MEHA 5D2VA 5LNVA 3TC7A 5EA9A 5KITA 1C29A 3S5ZA 3QH2A 3BGJA 1LDCA 1N7KA 1L2UA 3GDRA 2YCEA 4GFSA 4RJEA 3P81A 3UWQA 3NM1A 5AHMA 3N9RA 3R2GA 1HL2A 3GZ3A 4M19A 4UMCA 3GR8A 1VYPX 4A2RA 4S2CA 3C61A 2CU0A 5CKSA 1I45A 2F84A 3TNOA 4JTJA 2TYSA 3TC6A 2RDWA 1ME7A 4DBEA 1X6UA 4DO4A 2P1FA 3UY8A 1YXYA 3TJLA 2Z1BA 2Y70A 2V9DA 3NQ8A 2WV8A 4NJHA 4IWWA 3SGZA 5A5WA 3LI1A 3W1NA 3TU9A 1KBIA 3C52A 2A85A 3E02A 3EX2A 2NV1A 4CCCA 1IXOA 3LRMA 3FFSA 2JKAA 4FX7A 4AF0B 1Q6QA 4IGHA 2WOQA 3A9IA 1R47A 3FIGA 3GKFA 3PG8A 4HSOA 5HNRA 3NQDA 1XBXA 3IIXA 1B3OA 3EKZA 3OEXA 1UB3A 3ABQA 4LC6A 3MMTA 3QZEA 4JEQA 4N02A 3NQCA 4OV9A 5K9CA 2H90A 1XL9A 2QR6A 3ABOA 2B7PA 1G4TA 2A6NA 3C56A 4JTUA 1FCUA 2VFHA 2ZZ3A 3NPUA 1Z41A 4NQ1A 1Q6RA 4X9SA 2C1HA 3PAJA 4ML9A 3FOKA 4I7WA 2WO5A 3STCA 3G1HA 3MP5A 3THAA 1OFQA 4PEKA 3CTLA 2RFGA 1M7PA 1EWDA 2BWGA 3DGRA 1TPDA 1XFBA 3LERA 4IMGA 1GZGA 3CT7A 4L4LA 4WX2A 3IVUA 3W72A 3RNDA 3F1QA 4JTEA 1XI3A 4LUIA 5C5YA 1QDSA 1KFLA 2VKZG 3O6CA 1J2WA 3EX1A 1J4EA 4ZQOA 4MVAA 2QEZA 1XDLA 2ZDRA 4O18A 1ICSA 4LS2A 1ONRA 4A3UA 1KM0A 2NLIA 1ZCOA 3MUXA 1RR2A 2R91A 3M5VA 3OHIA 1L9WA 1VYSX 4OT7A 4ORIA 3HBLA 1A5BA 3M43A 3LCLA 4MJZA 1SSGA 4LRSA 1GTHA 3C3NA 4CNOA 5G2WA 1WA3A 4Y9AA 4QJ1A 1T96A 1KTBA 4LVAA 3STFA 1W8SA 4BWLC 4TIMA 2A7NA 1KM1A 1YPIA 2PRHA 1W31A 1KM5A 1THFD 2QAFA 2ZZ5A 1XXXA 4PA8A 3HGJA 5HR6A 1KTNA 1W5OA 1IXQA 2GQAA 3L0GA 5K2ZA 1SZEA 2OJPA 2TPSA 1LP6A 1SR9A 1YDNA 5G4WA 3YPIA 2E68A 4LV4A 3IEBA 4L4MA 3Q94A 4BWLA 3EX3A 1LLWA 4OGZA 1RPXA 3P67A 4AWSA 4O15A 3JRKA 4Z0JA 3G24A 1D3GA 1SFJA 4UMBA 4JS3A 4O19A 1QOPA 4BR1A 7TIMA 3TQVA 3TK7A 2DZSA 1K8ZA 3MHFA 1PL9A 3GAKA 4JICA 4KKXA 5K9XA 1F6PA 3MYOA 3O06A 1BEUA 1H63A 4UR7A 1H7WA 1XKYA 2PRMA 2WPBA 1NEYA 2ZRWA 3FKKA 4IX0A 2D73A 4K6AA 1TJRA 5E93A 4U28A 3WK1A 4QISA 3RLVA 5U7SA 4UTWC 5ABTA 4DO6A 1MEWA 2V82A 1QPRA 2QCHA 4LOCA 2V8ZA 3EX6A 4QITA 1IGSA 3EWUA 3RLUA 3G0XA 1TPUA 4JTGA 1W5MA 1WBHA 4MLRA 4NJKA 1L6SA 4ZQCA 4N2YA 3QW4B 4TMBA 3HJZA 2UV8G 3T44A 3V1PA 2G5WA 3W75A 1M6JA 1O4UA 4CNPA 3GB6A 4UTWA 1W5NA 3HB9A 1JCNA 1FX6A 2RH9A 4K7VA 2ABAA 3DFQA 4WY0B 3HOJA 1TJPA 1G7UA 3L5LA 4DPPA 3BLFA 3UYCA 1HUVA 3L67A 2ZA1A 3DBPA 4AH7A 1I2RA 1OFEA 1KLYA 4IPJA 1MEIA 1NFBA 2QCEA 1LOQA 3G1YA 1H7XA 5CPMA 2YPIA 3RK8A 1G67A 4UMAA 1DORA 5D02A 2ISSA 2X1RA 2YXGA 1EP1A 1JRCA 3KFTA 2YW3A 1QAPA 3LHTA 2ABBA 1U5JA 3W7DA 3KVLA 1DKWA 2OCZA 3LCGA 1VGAA 4KWVA 3G3MA 5CSSA 4DXVA 4GWEA 4ZMGA 1XBYA 3PBVA 2OT0A 4UNKA 2OT1A 4A22A 1I4NA 4CCEA 5BOOA 1W3NA 3LX9A 1TPB1 2YYTA 1ZY9A 3FLUA 4ZQMA 4FNRA 3S8HA 1JUEA 4RZ4A 2DP3A 1SW3A 3OIXA 1KFJA 5AB3A 5G2IA 4NNBA 3ZWTA 4I7UA 3P74A 1QPQA 2PURA 4JXCA 3P84A 1TTQA 3B4UA 3HPXA 1TRIA 3W1XA 3TMQA 2I1OA 5EPDA 3T40A 3LTSA 4OQVA 1TPVA 4MOZA 2Y88A 1DL3A 3BW2A 3DFTA 1WYIA 2QCNA 2HS6A 2ISVA 3O6YX 2ZZ6A 5DY3A 3USBA 3KX6A 3G3DA 4Q33A 3LXCA 5CZTA 1P0KA 3NAVA 1DQXA 1VCVA 3LRKA 4NUWA 1MZHA 3E96A 5DN1A 5E1QA 2WSYA 1QMLA 4DQWA 4HT3A 3M5XA 1V7YA 2YR1A 1PV8A 2HS8A 5DCEA 2BTMA 1OVDA 3BO9A 3INPA 1YYAA 4NNCA 2Q8ZA 3N9SA 4JX6A 4MKNA 3UXAA 2CLIA 1EUAA 5AYXA 4QAIA 5F2IA 4UTIA 3MYPA 3LTYA 1UASA 2R14A 4O54A 4UC5A 1SW0A 1W1ZA 4LNYA 2YZRA 5CPLA 5BNKA 4Y90A 1KM4A 3CM4A 4CQAA 5H2ZA 3L2IA 1GJPA 1EA0A 2DJXA 4AMAA 3M16A 3NEVA 2NXIA 2QCDA 1AW2A 3B8DA 2E6DA 2H8XA 5G1YA 4NJJA 1H1YA 2ZFAA 1SZNA 5F4SA 1F5ZA 3W2LA 3W22A 1ME9A 3WK3A 3I68A 3GXTA 1YXCA 2Y62A 3EXTA 1QFEA 2FPYA 3L5MA 5J5RA 3PSVA 3A21A 1WOAA 3S1UA 2AGKA 3ZS4A 2Y85A 2QUUA 5F2LA 2GOUA 4GUIA 1TYGA 1RQHA 3MBFA 2DZPA 1H7OA 1S5WA 5KTLA 1OHLA 3WJZA 3T55A 5HQEA 1X1ZA 4O1DA 1P1XA 3L21A 2FB3A 4OBTA 1TSIA 3W1LA 3LOTA 4N4QA 4FEZA 2VFFA 1H7NA 4YWIA 3LBCA 4M6PA 3S1WA 4QSHA 3QSRA 3U8GA 1G69A 3C4UA 3Q58A 6TIMA 3GX9A 1KA9F 1SUXA 1TQJA 3DKJA 4I9AA 2FDSA 3FA5A 3DFOA 3KRZA 3O16A 1PHQA 5D2YA 1X8FA 4TMCA 4WJEA 4O0KA 5C6MA 1GQNA 3QJAA 4MYAA 3B0PA 2C16A 4IMFA 1XUUA 4UIOA 4B5NA 3M41A 1JULA 3AO0A 3PWAA 1MO0A 1O60A 2ZTJA 3W87A 1Z42A 2LLEA 4A21A 1C9DA 3IIVA 1T99A 4M6QA 2WNZA 1UJPA 1F6KA 4J9JA 2A21A 4NJGA 4Z0SA 3F4NA 4NXKA 1AMKA 1ICQA 4ALDA 1W3TA 3G0SA 2FQIA 2GVJA 4BF9A 3BV4A 4AHPA 2X1SA 5F2GA 2RKXA 3BLIA 3VE7A 3VE9A 4XBSA 2QCCA 1VLIA 2O7SA 1CI1A 2TRSA 4N9EA 5DLCA 4O4VA 1TPFA 2CWNA 3TX9A 1EEPA 2CLOA 1PIIA 3H53A 2QDHA 1SO5A 3I7QA 1GVFA 1K7XA 4D2JA 2QF7A 3N73A 4FNTA 5DBTA 3IGUA 5MHBA 1SO6A 4O1BA 2C15A 4MUZA 5CPOA 2X1TA 5D2TA 5T26A 3W86A 4JYFA 4UCGA 1P4CA 1NF7A 5IM51 3I65A 3HG2A 1MSSA 4PH6A 5F1UA 3LTPA 4O13A 1EX5A 4QQ3A 2FLIA 1B4KA 1JCYA 2Y7GA 4A29A 5FEWA 3TW6A 4HPXA 1R46A 3O63A 1KLZA 3HO8A 2HSAA 3GIYA 3ABSA 4YXGA 5I3GA 5AFDA 5CG7A 4UFJA 2VEPA 4H3DA 3PG9A 3LLDA 3CB8A 3GXNA 4DELA 2H6RA 4FF7A 4CQ8A 2JK2A 2XFWA 5EKYA 2Y7FA 4JTFA 4Y6GA 4Z1DA 3TAOA 5I3IA 1FQ0A 3DHFA 1YDOA 4MLJA 1QO5A 5TIMA 1PS9A 2NUXA 1GYNA 4ICNA 4H6KA 3LV5A 3EB2A 4MJMA 3TFCA 1A5AA 3LRLA 3GLCA 3CEPA 3W1PA 3W74A 2V2HA 2Q8LA 3FEMA 4JY9A 3LCIA 4FX6M 3THQA 1KW1A 3DFNA 4NZJA 4JYEA 2CLMA 3IIPA 1VR6A 4O8RA 1ZFJA 1ZHAA 2GJNA 2A5HA 3IIZA 2FPVA 4RLIA 3TQKA 4WXZA 5AYZA 2VELA 1TPC1 3C2FA 3ELFA 1JRBA 2PE4A 2ATSA 4N9CA 4K37A 1TIMA 4RZ6A 2YX0A 3FYOA 3DAQA 2FTPA 2DZTA 4ZQRA 5TQLA 2ATMA 1GWJA 3G0UA 3M47A 4UXDA 3IGSA 4XZ9A 2A6LA 3E9AA 5BMWA 1OX4B 2J9ZA 3C8FA 5C2XA 2YSWA 3QMTA 3S5YA 5DCBA 4BI6A 4R33A 1EIXA 1F73A 4FIRA 4E38A 5A8GA 3MHGA 4XTIA 1EP3A 1K3UA 4ZQPA 1W37A 5HULA 3MBDA 3BPWA 3W7IA 4EF9A 2Y6ZA 3WK2A 4UNLA 1VCGA 4W9TA 1GG0A 4N6EA 1V5XA 3TFXA 3NQMA 5AC7A 1VHCA 1X7FA 3M6YA 4LRTA 4EWND 3W7NA 5L6UA 3W9ZA 5D33A 3Q2DA 1KM2A 1F7BA 4TX9A 1NAL1 3QMRA 2NZLA 2BSLA 3N2XA 3TE9A 2XN2A 1Z44A 2A7RA 3LCXA 3HQ1A 2CW6A 1LROA 4UTKA 1SU5A 2Y7DA 5H91A 2JKEA 2WQPA 1R2RA 1YPFA 3BG9A 3GDKA 3MP4A 3UWWA 3W7HA 1TB3A 3NL2A 1JJKA 4AXKA 5LNSA 3VI2A 4WZHA 2V0TA 4HKPA 1RD5A 3W70A 2WJZA 3D0CA 3NQFA 3UWZA 5DELA 4PL2A 2AAMA 1VCFA 3DFSA 2ZTKA 3E49A 4O50A 3EXRA 4JGDA 4QNEA 3B0UX 1L6YA 5AYYA 4RX0A 5C55A 3W7LA 3RFAA 3PUEA 2NWSA 1JQXA 1YADA 1LRQA 3PULA 1I2OA 3VFLA 3DU0A 1LBLA 3BG3A 3O07A 1JCJA 3FS2A 1FWSA 3R89A 3W7MA 1QCWA 3BW4A 3GAYA 3PVFA 2ZRUA 4OE7A 3I7RA 3QMSA 2ALDA 1Q45A 2X2GA 3TJXA 5AHLA 3TMLA 2VFDA 1LBFA 3TSMA 3QYQA 2P0OA 1CW2A 4Q32A 3H54A 1MXSA 3RMJA 3WJYA 1SZGA 2VOMA 3NYZA 4G1KA 4Z08A 3MW7A 5F4WA 1C8VA 1JUKA 1WQ5A 3SZ8A 5KINA 3PS7A 1W5PA 1PHWA 2VEIA 1OK4A 2Y7EA 3ZFHA 5CPNA 3MWAA 1HO1A 4PFMA 1ZENA 1OG0A 4RR4A 3L5AA 1TRDA 4Z1CA 1HFBA 3OG3A 3S9YA 4PC8A 5KZMA 3QPZA 3ZWSA 4RV8A 1KM6A 3G1AA 3W7GA 4UFHA 5DXXA 1SO3A 4RK8A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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