2YW4 | Genus

Total Genus 65

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	65
sequence length	200
structure length	200
Chain Sequence	MDPLAVLAESRLLPLLTVRGGEDLLGLARVLEEEGVGALEITLRTEKGLEALKALRKSGLLLGAGTVRSPKEAEAALEAGAAFLVSPGLLEEVAALAQARGVPYLPGVLTPTEVERALALGLSALKFFPAEPFQGVRVLRAYAEVFPEVRFLPTGGIKEEHLPHYAALPNLLAVGGSWLLQGNLEAVRAKVRAAKALLSP

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__32799661072689__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__32799661072689__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2YW4/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__32799661072689__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"32799661072689","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2YW4/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__32799661072689__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfe14b1b86e53f05baf2afe/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfe14b1b86e53f05baf2afe/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfe14b1b86e53f05baf2afe/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfe14b1b86e53f05baf2afe/pdb.gz): 82 ms

reading 200 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

200 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 21 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:199});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Thermus thermophilus
publication title	Crystal Structure Analysis of the 4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase/2-deydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase from TTHB1 rcsb
molecule keywords	4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase/2-deydro-3-deoxyphosphoglu
total genus	65
structure length	200
sequence length	200
ec nomenclature	ec 4.1.2.14: 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase.
pdb deposition date	2007-04-19

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01081	Aldolase	KDPG and KHG aldolase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2yw4A00

3QMTA 3TIMA 1H63A 4JD4A 3F4NA 4ORMA 1FWNA 1P1XA 2X1SA 1TMHA 3NO5A 1KFEA 3M9YA 3NPUA 4OV4A 1YXDA 1GZGA 1G4EA 3IIVA 1YYAA 1R30A 1A50A 3NXFA 1NF0A 1LLZA 2BWGA 3LB0A 3HGJA 4O50A 1FQ0A 4UR8A 1OYBA 1VYRA 1T8XA 3NYZA 1KFCA 1Z41A 3QJAA 3LI0A 1TJPA 3A9IA 2ISSA 3W2UA 4N9CA 3HPSA 4EVZA 1WOAA 1LCOA 1PIIA 2ZZ6A 4WX2A 2RH9A 4N4PA 5FEWA 4LU0A 3DGRA 1G6CA 5FF3A 3VFLA 1UCWA 3KRUA 1SU5A 2YFNA 2FLIA 4NU7A 1N8FA 3GIYA 4FXSA 4XTIA 3MYPA 4NJKA 1EB3A 1FWTA 4JX5A 4JTSA 3A5FA 3GAKA 5D02A 5K2ZA 5F2IA 1TPUA 4P61A 2VENA 1MO0A 3W7RA 3O05A 5FF2A 3GNDA 3W7OA 3EXRA 4BWLA 4ALDA 3TXVA 2QDGA 4O0KA 3PBWA 1H7RA 1XL9A 5I3JA 2E1DA 3QPZA 1LRQA 1AL7A 4HNVA 4GFSA 3W71A 1S5VA 3W6YA 2CLFA 1R46A 3KFTA 3UQNA 1W31A 2Z1BA 2YSWA 3B0PA 2J9ZA 1ICQA 1OX4B 4DF2A 3PUOA 2I1OA 1HL2A 2Y7GA 4GNJA 4UNLA 4O4WA 3WJWA 1W5MA 1T0OA 5DCEA 2CLLA 4CQ8A 4UFJA 3MMTA 2ZQ0A 3RU6A 4GUHA 1VZWA 1HO4A 2C6QA 2RKXA 4WQ6A 4JX4A 4B5NA 1GVFA 2PC4A 1X7FA 3CWOX 1VCFA 5KZEA 4WJEA 2XN2A 4M6QA 4A22A 1YXCA 3O8AA 1F7BA 4IMDA 2EAWA 1QNVA 3LBMA 3W2NA 1XXXA 2B7NA 4Y6GA 3S5YA 1YTEA 1C9DA 1EEPA 1I8JA 1VHNA 2JK2A 2H8ZA 3C2EA 3DU0A 4G1KA 4C1KA 3ABQA 4MYXA 4NQ1A 5CGQA 3NGJA 1VH7A 4IMEA 3TAOA 5D09A 1YTKA 1WXJA 2C16A 3GXNA 1TPVA 3S8HA 3W1RA 3BG3A 3BGJA 4NZFA 1QWGA 3BLFA 1SO5A 2FB2A 2FPTA 3HB9A 4UTUA 5G1YA 3OVQA 3T40A 3I7RA 4Q4KA 1OF6A 5CSSA 2BZNA 5EKYA 3L0NA 3W7KA 4KFOA 3NM1A 4XZ9A 2H6RA 5D2VA 3G1YA 1MSSA 2FIQA 3DFSA 1M7PA 3EWBX 1I2PA 4AEOA 3TQ0A 3EX2A 1UUMA 1WOBA 1GT8A 1TV8A 1LDCA 1X1OA 2VELA 2WSYA 3CPRA 2FJKA 4RK8A 2C14A 1LBLA 3QPYA 1OX6A 3O1NA 2G95A 4DPPA 3LDVA 1SZNA 1Q6RA 4HN4A 1BKSA 4WUIA 1I2QA 1KW1A 3BO9A 2I14A 4KKXA 4UTJA 2ZCGA 1LYXA 2VFIA 5CZTA 3BVJA 1ZHAA 5LNRA 4ML9A 4QAIA 1XBXA 4LV4A 3PBVA 2VXNA 4AB4A 2CLEA 5FEZA 3F03K 3UD6A 1ICSA 4FNPA 3NQCA 4O15A 1J2WA 1R47A 2CFFA 2E5CA 3QRHA 3U2OA 4UFKA 2DU2A 3C3NA 3W2KA 5KZMA 3HG3A 1F6KA 4FX8A 1Q3NA 1P0NA 1XBZA 3NVTA 2GOUA 1OFEA 1ZJIA 4ZVJA 1EP3A 4TMCA 1HUVA 1QAPA 2C3ZA 2RDUA 3ZWSA 1WBJA 4RCXA 1JQXA 1SFLA 2J88A 4WY0F 2FTPA 4AF0A 3MHFA 3OVRA 3NG3A 1ZY9A 3S42A 4BI5A 1GJPA 3GR7A 2B4GA 1OFDA 4JTJA 5TIMA 5HNRA 3SSJA 3STFA 3SR7A 3PB0A 4RX0A 1G67A 1KFJA 1MZHA 3THQA 3YPIA 3UPBA 3TW7A 4JTTA 3P62A 3EWWA 4JY8A 1WV2A 3MJYA 4K7VA 3P5ZA 4YMZA 3WK0A 2RDTA 1TPEA 2X1RA 3P8JA 2CLKA 3WJSA 1DKWA 3VNDA 1OF8A 2NWRA 2OT0A 5D37A 5AN7A 4HHPA 1SO6A 2J24A 1OFOA 2Y89A 3N34A 1KM4A 4K8EA 4CNPA 3B4UA 1OYAA 3HF3A 3PF3A 1K02A 3Q94A 3RLUA 4JTKA 2EHHA 3BK0A 2Y7EA 5BRBA 4O1BA 5DY3A 4IUOA 2H3DA 1T96A 1YADA 3W85A 2ZRZA 1TYGA 1F6PA 3HPXA 1JR1A 4ZQPA 3N14A 2E09A 1K03A 4FNSA 4JYEA 4O52A 3QMSA 1H50A 3LHVA 2QR6A 5FESA 3FFSA 3G1DA 4ONVA 1TTQA 1RZMA 5HUOA 3WFAA 2FPYA 1H7PA 1GEQA 4M5PA 5LNSA 4OBTA 3BG5A 4JIPA 3W7MA 3FIGA 4IGHA 1TPC1 5H91A 1Z48A 5AFDA 1F5ZA 1RVGA 4GWEA 1B4EA 1IIHA 2R14A 2NUXA 5AHEA 1Q6QA 4ZQRA 2ZA3A 4ZQCA 3HGSA 3M44A 3MI2A 3QQ0A 3E9AA 3NPWA 1NF7A 2WPBA 3S9YA 3UWYA 3HG5A 4O10A 1YXYA 1SSGA 5CZJA 3TE9A 2JBMA 3W3OA 3LCHA 4K39A 3QW4B 4PC8A 1RQEA 3RK8A 4Z08A 1ZAHA 4WXZA 2ZZ3A 2VFEA 1GOXA 3LRMA 4M6PA 3NQVA 2PRHA 3WJXA 3CWNA 2G97A 2BTMA 3O6YX 2NLIA 4WY0A 3PSVA 5G5IA 1I2OA 4XBKA 3C2RA 3SECA 3W2LA 2R91A 5CZ0A 3S5OA 3N3MA 4MY9A 4NJJA 1YLVA 3JS3A 1MEIA 2JKAA 2QDHA 1X1ZA 4JS3A 2YPIA 4JIQA 1ME7A 3L9CA 1KBJA 2GQ9A 2QEZA 3IGSA 2B7OA 4JR5A 4WOQA 3KRSA 4M7SA 3IGXA 2B7PA 3W22A 1WQ5A 3C4UA 5E1QA 2QCHA 4TR9A 3W75A 5U4NA 3MW7A 3KVJA 5DXYA 5BMWA 2P1FA 1LZOA 4NT0A 4GXMA 2EPHA 4N6FA 2TPSA 3E96A 3PSWA 4NXSA 1L9WA 2Y7FA 1JULA 4NX5A 4PL1A 1DJQA 5F4XA 2V5BA 3O6DA 1GYNA 3TUUA 1I2RA 2QJIA 3LXBA 4UUIA 3C61A 2ZRWA 1P0KA 3C56A 3BARA 3TSBA 3LRKA 1W8SA 1FDYA 4O18A 5I3GA 3LHTA 2E6FA 3WK3A 1O94A 2CZDA 3NEVA 3S0CA 3STCA 2ATMA 5D30A 4DELA 4AHPA 1A5AA 5LHFA 2WSRA 3C2VA 3G8RA 3LXAA 4XKYA 4LC8A 3W1TA 2QCMA 1EP2A 1IXQA 1OX5A 2DP3A 2C19A 5EMUA 3G0SA 4IXHA 4OWGA 1JCJA 4RJEA 3FYPA 3PG8A 3IRDA 2C13A 4FNQA 2LLEA 1W5OA 1TRIA 5KSWA 2D73A 5AB3A 3TSMA 3NQ7A 4BR1A 1H60A 3DI0A 1L6SA 3GB6A 4N4QA 1XDLA 2DJLA 4S2BA 3GYEA 4S1FA 1OJXA 3QYQA 4GUGA 4HT3A 3H55A 1BWKA 3DI1A 3R5EA 3M0ZA 3HOJA 3LHZA 3CEUA 2QCNA 1TPDA 4QQ3A 3LOTA 3UXDA 2DZSA 3O63A 1FXQA 4MY1A 3P81A 3PG9A 1H7WA 3GNNA 3USBA 1KM6A 3W7CA 5CPNA 1ZAIA 3VI2A 1Z44A 1JCYA 3LV6A 5K9DA 1HG3A 1ZNNA 2ZDRA 4OU1A 3W2JA 2C18A 1DL3A 3RLVA 3W74A 4UTWA 3R13A 3T44A 3E02A 1A5BA 5EYWA 4A29A 3QF0A 3UYCA 1OVDA 3MP4A 3TJLA 3C52A 1DHPA 3S1WA 4BF9A 4PODA 3QQ1A 4M19A 4FF7A 5J5DA 1X8FA 3BLIA 2F7FA 4DEFA 4NNBA 1LTDA 4JDYA 3PAJA 2VFDA 1QPOA 3NQ6A 2Z6JA 4RR4A 4O19A 1EUNA 3UZ5A 2ZBTA 4WOZA 1KV5A 1FBAA 3BLEA 4MZ8A 4GUIA 4JYDA 5MHBA 1JRBA 1DQXA 2V82A 1MEHA 3QMRA 3PUDA 1IIGA 3KOFA 1ALDA 3FOKA 3UY8A 1QO5A 3SY5A 1OX4A 3C2OA 3EX1A 3B03A 3NQDA 2QCFA 1IGSA 1GVSA 4N9BA 4O54A 4HPJA 4UNKA 4QSHA 2ISVA 4LVFA 3TCEA 4EIVA 2GJLA 3QFEA 3LCFA 1JCXA 1DVJA 4N2YA 4POCA 3R8RA 3C0JA 3PM6A 3LCXA 5CG7A 2V0TA 4XQ6A 3OEXA 2NV2A 5LGZA 3G1SA 2VFFA 3GDMA 3SGZA 3DKJA 3ZWTA 3TV8A 1YTDA 3ABOA 1THFD 3SFKA 4BFAA 3TJXA 1EIXA 4DQWA 4OE7A 3PC0A 5D04C 3W7QA 2A5HA 1U83A 4TMBA 1GTHA 4UMCA 2CU0A 3TFXA 1H1ZA 4OV9A 2V5LA 5IBXC 1GYLA 5HJLA 5G4WA 1ZFJA 3DFOA 1ZALA 4AHOA 4O1DA 1DV7A 2DZXA 3KAOA 5K4ZA 1DOSA 2EF9A 4DF1A 1FWSA 3M47A 3C8FA 4LVGA 1O4UA 2G5WA 2TYSA 2CZFA 4Z1DA 2HS6A 3LV5A 1G4PA 3GDRA 4EF9A 4RXGA 3TA6A 3TROA 4BI7A 4ZQMA 1FDZA 5LHEA 4IX0A 3LLDA 3HIJA 1R2RA 2QAFA 5CPLA 5D05A 3BW2A 3TNOA 1B4KA 3E49A 3FLUA 3I6RA 4HNUA 4MPQA 2NUYA 3W9ZA 3S1VA 1LOQA 5D2TA 1NSJA 1K8ZA 1J5TA 3EKLA 1K3UA 1KFKA 4MJMA 3EWZA 4S2CA 4JTIA 3GKAA 3L0GA 1LROA 3W1AA 2V30A 5C54A 4N9EA 3OVPA 4UTLA 1R2SA 5F4WA 1TTPA 4PH6A 1XDMA 3M5VA 5AHMA 3JR2A 2ISWA 1FDJA 3DFNA 4CCDA 5BMXA 7TIMA 1W5PA 2V8ZA 3EWXA 2VFGA 3LTSA 1OK6A 4FO4A 5EL1A 2NX3A 1RQHA 4IPIA 3W23A 4BWLC 4GRSA 1MEWA 3TW6A 1TO3A 4RZ5A 3W7EA 2WKJA 4LOCA 5FEXA 3RFAA 3L5MA 3W7NA 3ATZA 4AXKA 4FNUA 1Q6OA 3CIXA 4X9SA 4Z1CA 1GVRA 3MI6A 3F4WA 1XCFA 1YPFA 4Q33A 4X22A 3B04A 4WZHA 3UPWA 1XUUA 2AGKA 1UBSA 3RNDA 4OT7A 3HBLA 1UUOA 3NNTA 5C5YA 2VKZG 2ZRUA 4CQAA 1M7OA 3LCWA 3N73A 5BOOA 4K8HA 2A85A 3MHGA 3GXPA 1QO2A 5LNWA 2B0MA 1ME8A 3G3MA 3TR2A 4FIQA 2EGZA 2GJNA 3W70A 4CLMA 4UFIA 3ABSA 3VCRA 3S1XA 3O07A 4BI6A 2DZTA 4M6VA 4E2DA 1EP1A 3WJYA 4R7JA 3QSTA 1LORA 3IEBA 3OHIA 4LV9A 4ORIA 5EPDA 2ZRXA 2J9YA 2E5BA 1KBIA 3V1PA 4N6EA 2NXHA 3MBDA 2IQTA 4O17A 1KM3A 2ZZ1A 4O13A 3G24A 3EX3A 5DY2A 4O53A 1SO3A 1FWRA 2YYTA 4LS1A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2YW4A

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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