2YXGA

Crystal structure of dihyrodipicolinate synthase (dapa)
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
289
structure length
289
Chain Sequence
MFKGVYPAIITPFKNKEVDFDGLEENINFLIENGVSGIVAVGTTGESPTLSHEEHKKVIEKVVDVVNGRVQVIAGAGSNCTEEAIELSVFAEDVGADAVLSITPYYNKPTQEGLRKHFGKVAESINLPIVLYNVPSRTAVNLEPKTVKLLAEEYSNISAVKEANPNLSQVSELIHDAKITVLSGNDELTLPIIALGGKGVISVVANIVPKEFVEMVNYALEGDFEKAREIHYKLFPLMKAMFIETNPIPVKTALNMMGRPAGELRLPLCEMSEEHKKILENVLKDLGLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of dihydrodipicolinate synthase from Methanocaldococcus jannaschii.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
molecule tags Lyase
source organism Methanocaldococcus jannaschii dsm 2661
total genus 107
structure length 289
sequence length 289
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date 2007-04-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2yxgA00
5L6UA 3VFLA 1RR2A 3UWUA 3M6YA 3PSWA 3B4UA 5CZJA 3W1QA 3CEUA 1T96A 2J27A 1I45A 1OABA 3RU6A 1A5AA 1F74A 3GXTA 3IIOA 1O4UA 1LOQA 5KINA 3G1VA 3NA8A 3TMLA 4ZL1A 1TTJA 4XTIA 3LXCA 1MEHA 4MPQA 3TXZA 4N4QA 5AC6A 4LW7A 3LX9A 2Y7FA 3HPSA 3W87A 1HFBA 2WNZA 1GZGA 2TYSA 4DXVA 3ABRA 2Q8ZA 3PM6A 3DI1A 3U6WA 4Q33A 4MY9A 4UMAA 1B57A 4IMGA 4O17A 3EX4A 3M5ZA 3PBWA 4O18A 2D73A 4HSNA 1L6YA 4JEQA 3T44A 3O05A 4CNPA 2GVGA 3QPZA 4O19A 4EIVA 4MOZA 3M44A 1HO1A 4JR5A 1AL7A 4ALDA 1CX9A 1TV8A 5C55A 4MY1A 4TMCA 1R2RA 3HG3A 4IMDA 4JTSA 4O57A 5A5WA 5LNUA 1EP2A 1XBZA 1XXXA 3BARA 1WV2A 2Y7DA 3R12A 5I3IA 1C29A 4G1KA 1QMLA 2QJIA 1WYIA 1VYSX 1OHLA 1V7YA 2YPIA 2ZRUA 3GKAA 3C6CA 3C61A 2NUWA 5BW6A 3W7PA 3R5EA 4JIPA 4K8EA 4Y96A 2GVJA 5I3FA 3BPWA 3QMRA 3C2OA 4RXFA 2ZRXA 3LCHA 3LHYA 4GUIA 3LGEA 3HG5A 1W54A 3L5MA 2WO5A 1I2OA 3LCWA 2G5WA 1EUNA 5IBXA 3GKFA 3DH7A 4K7YA 2QCDB 3GNDA 4TX9A 2NWRA 1OX5A 3MI2A 1H7WA 3G0UA 5G2IA 1W3TA 5EY5A 5KZDA 4HHPA 3LTSA 1N55A 3JRKA 2J24A 3DKJA 3LCXA 4UFMA 2PRHA 1G4PA 5AC7A 4EVZA 5CGQA 4IXHA 2W0UA 3G1AA 5H2ZA 5U4NA 3HGSA 3NO5A 1EEPA 4GBUA 5AFDA 1H51A 4DELA 2QCDA 2B4GA 2XFWA 4ADUA 3A21A 1LRNA 4GUHA 5AYZA 1EA0A 4P61A 3QF0A 2GOUA 1I2NA 3WJYA 1FWRA 3P81A 1JRCA 5D03A 3CT7A 2NXGA 4DQWA 4NJHA 3LM7A 2V81A 3I6RA 3VE7A 4CQ9A 2I9EA 4GUFA 2E1DA 1H62A 4KFOA 1SO3A 3S5ZA 3LLDA 4UIOA 3P82A 1VGAA 4UCGA 1DJQA 1TTQA 3HQ1A 1PV8A 1SSGA 2DZXA 2J9YA 3B0VC 1I2QA 3OBKA 5D2YA 4M7SA 1E51A 2UV8G 1Q6OA 4TR9A 5HR7A 2YXGA 5F1UA 1A5CA 4K38A 4O16A 1G4EA 3MI6A 1JUEA 3W1LA 5SWUA 3T40A 5F1VA 4MLJA 4NVTA 2FPYA 1TPFA 3FJ6A 4UMBA 1LM1A 1OJXA 3NVTA 1SPQA 4QITA 1FWWA 3NQDA 4FXRA 1WBJA 2Y7GA 4IUOA 4LS0A 5CPNA 3FKKA 1K3UA 2V82A 3QRHA 3EX2A 3MWAA 2A85A 4M6PA 2QCFA 2FPTA 2TMDA 3TFCA 3NM1A 3LBMA 1B4KA 4GRSA 4MIMA 4O4VA 3QH2A 3NOEA 1FCUA 3STCA 2WSQA 1FUYA 2QF7A 4ADSA 1IXPA 3LRMA 3L67A 1B3OA 2QR6A 4JX4A 1RVGA 1F6PA 1H63A 3LI0A 2FFCA 2Z1BA 5HULA 3W86A 1NAL1 3ELFA 1A50A 4NZFA 3F1QA 1EWDA 4GUGA 5DXXA 1PL9A 1JQXA 4Z1DA 3N2MA 4PEKA 5D2TA 4XZ9A 3PAJA 3PS7A 4OQVA 5KITA 5AHLA 3BG9A 5H91A 3B0UX 5CZSA 4FNRA 3O6DA 5KZEA 3C52A 4HNTA 4XKYB 3DFQA 1LZOA 4QAIA 4OHQA 3LHZA 1KFCA 1GJPA 3L68A 4QIUA 3NZRA 1XKYA 2V5LA 2ABBA 2QCEA 2Z6JA 5BNKA 3EKZA 5AHNA 1T0OA 1YDVA 4HNUA 5K7JA 3Q58A 3W84A 4NJIA 3LCGA 2PE4A 1MSSA 3LV6A 3L5LA 5BOOA 1B4EA 1EP1A 4IXXA 2E68A 2HS6A 3LLFA 1QO2A 1XFBA 5FF7A 1PCWA 1LLWA 3MUXA 3W70A 1FBAA 3G1YA 4MZYA 5HUPA 5K4ZA 4RZ6A 4O14A 1J5TA 4OV4A 3W7DA 3PY2A 1QOQA 1GT8A 2ZZ4A 1Z41A 5CZTA 1W31A 3ZWSA 4RXGA 5DBUA 3LTYA 3KRUA 1KV5A 3G0SA 3INPA 3M7WA 3EXRA 3USBA 3TA6A 4DPQA 2FJKA 3PB0A 1QO5A 4AVFA 1JCNA 1KFJA 4LVGA 1GVSA 3RFAA 3G22A 3FA5A 1IXQA 3DFOA 3P80A 1FDYA 4HPJA 2C19A 1OK6A 5GVJA 3LTPA 2ZBTA 1W5NA 4LVDA 4N9CA 1DOSA 2TRSA 3G1FA 1GTEA 4MUZA 1RQBA 5C6MA 1C8VA 3NR0A 3CEPA 3MO7A 2Y85A 4GXMA 3ANYA 1AW5A 3TW6A 4MZ8A 2GJNA 2ZZ6A 3W23A 1VRDA 4WJEA 2NX3A 4NZJA 3NQCA 1SW7A 1YPIA 1K02A 3GX9A 3FYPA 5DCDA 4IGHA 3HPZA 4LVBA 4UTHA 3TJLA 2E6AA 4H4IA 2BX7A 1QPNA 5F2GA 1OFPA 4CCCA 2CZFA 3S9YA 2WNNA 3MHUA 1VYRA 3EWXA 1DV7A 4OGZA 4DBDA 4AHQA 2PCQA 1WOBA 5A8GA 3B04A 2EHHA 3LHVA 1KBIA 3OVQA 4FNQA 4JYFA 3CHVA 3E0IA 3EX6A 1PHWA 4U28A 1OYCA 3MBDA 3U2OA 4IPJA 2DP3A 3W1NA 1LBFA 4XTDA 3QPYA 3S1VA 1GEQA 4LC6A 3TCEA 2V2CA 3TW7A 4UTTC 7TIMA 3M16A 4D2JA 3EEGA 4XWUA 4PC8A 3W74A 4UTWC 4PFMA 4QJ1A 1WXJA 4JTJA 1SQ7A 2NXHA 3W7CA 3NQ7A 1W5OA 3PG9A 3L9CA 5LGXA 1I2RA 4H6KA 3TQ0A 1K8XA 3O1NA 2A4AA 3LI1A 5TBOA 1X7FA 3HB9A 3EWYA 1GTHA 2PRMA 3DHFA 3FOKA 5K3VA 1H7PA 3Q37A 2EKCA 4M6VA 3R89A 1ZY9A 3CIXA 3GR7A 4AHOA 3EWWA 3NL6A 3BW2A 1BWKA 1WOAA 4GWEA 1DKWA 3UQNA 3DKLA 1V5XA 1KLYA 3PBVA 3NL3A 4O0KA 5EBUA 1VS1A 3OEXA 5K4XA 1EPXA 1FWTA 5D2VA 1UBSA 5D02A 1C9DA 2BLEA 1H1YA 3I7RA 5DCBA 1K8ZA 3S5NA 4N4PA 1TPB1 3QMSA 3CLMA 3W71A 3Q94A 2VENA 3QQ1A 3PR2A 2QJGA 2V8ZA 4WY0B 1H5YA 3VCRA 4JGDA 4JTKA 2A7NA 4UR8A 4NJGA 5LHFA 3TAKA 4ADTA 3W2UA 1KLZA 1OFAA 4O4WA 5AN7A 1PIIA 1RV8A 4HKPA 2Y88A 3EWUA 4MFEA 4NNBA 1L6SA 1D3GA 4JTTA 3UXDA 1QDSA 3HIJA 3FKRA 4P2VA 4PTNA 3W7KA 2VFDA 4CNNA 5I3GA 1G4TA 4AWTA 1TYGA 1BKSA 4JTHA 5TIMA 1F05A 4MZ1A 1YXCA 3DHDA 3UWWA 1Z48A 1QPOA 2NUYA 3SECA 1XBYA 2A6LA 2WOQA 4PL1A 3W1MA 4JY8A 5LNVA 1VYPX 4IX2A 3RK8A 3GVGA 1H60A 3C2EA 1B9BA 1MXSA 1X1ZA 1QFEA 4TMBA 4A2RA 3TUUA 3CTLA 1LROA 2Y7EA 3DAQA 4ORIA 5DLCA 5EL1A 4ZQCA 3LBCA 3W9ZA 4DEFA 1FWSA 3LCIA 2Z0IA 3DBPA 3PF3A 4LVFA 3P8JA 3SGUA 2QCGA 4AWSA 3N2XA 1RQHA 4MJMA 4BWLA 4PODA 5C2XA 1JVNA 1H7OA 4JTUA 4K7VA 5LKYA 1Y0EA 2YW3A 3HBLA 2ZDRA 2ATMA 4A3UA 3W83A 4C1LA 1W3NA 5BMXA 1K7EA 4NJKA 4JN6A 1OFOA 3M9YA 4E2DA 4RZ5A 2RHGA 2C1HA 1HUVA 4IPIA 1KBJA 3NAVA 3UZ5A 2B0MA 3DGRA 3S5YA 4UXDA 1FWNA 4A22A 4OBTA 2JK2A 3BK0A 1JCMP 2JGYA 4YWIA 3G3DA 3M1ZA 1VCVA 1WAUA 4JYDA 4CNOA 1W5MA 3VE9A 4L4MA 3W7RA 1R30A 1FCVA 1WX0A 4CQAA 3KVKA 1QWGA 4XBSA 4WXYA 4IMCA 3VKJA 1XDLA 4O1DA 4JDBA 1QR7A 3NQ2A 3LCLA 3NEVA 6ALDA 3QJAA 4FNUA 2WSRA 4O11A 4YL2A 3E12A 1ZAJA 2ZFAA 3F03K 3UWQA 4O12A 1F76A 3S5OA 3GDRA 4UFLA 3WK3A 3BLFA 4OE7A 3TQVA 2JGQA 3R13A 5EMUA 5CSRA 3THQA 2CZDA 3W7IA 2YW4A 2FB2A 2EGZA 3W3OA 3A5VA 3K30A 4HN4A 1F73A 4LUJA 2JKEA 4XQ6A 4FNPA 4RCXA 2RFGA 2C14A 3LB0A 1XL9A 4YXGA 5AHMA 2J9XA 1SSDA 4LTSA 1GYNA 2DORA 1H7RA 1I4NA 5C5YA 3W1PA 3HJZA 3GIYA 1IIGA 1TQXA 2WSYA 4NT0A 1ONRA 3CC1A 1DQXA 2FPVA 3BG5A 1PS9A 4A29A 2X1SA 1W1ZA 4BI7A 4NJJA 2DZPA 1P1XA 1K8YA 3O63A 4FXSA 3DFPA 2Q8LA 3LDVA 1FCBA 1NF7A 3GLCA 4BFAA 3M43A 3NQFA 3HGJA 4IMFA 2QCCA 1H7XA 3KVJA 2J88A 4Q4KA 1TB3A 4TU1A 3JR2A 5G1TA 2H3DA 4JDYA 4O50A 3BG3A 5LNWA 5KZMA 5D09A 4AF0A 2CLIA 3IVTA 3SIZA 3FJLA 1LP6A 1FX6A 2P0OA 5CPMA 1N7KA 4Z1BA 3ATYA 1MEWA 1QPRA 1MO0A 4UTIA 3GDMA 4RK8A 2JKAA 4PH6A 3P62A 1D3HA 2NLIA 2B7PA 3O07A 2ZZ1A 3B06A 4BF9A 5D2XA 3BW3A 2ZYFA 3L66A 1JJKA 3IIPA 5FEZA 4UNLA 1G7VA 4WZHA 1KTCA 3IVUA 2XN2A 1TRDA 2WV8A 3BLEA 1S5VA 1Z42A 4RLIA 5TQLA 2CLKA 3KAOA 1VH7A 1AW1A 4J9JA 2ZRWA 2YYUA 2F84A 4IJBA 2EAWA 2Y63A 1YYAA 2V2DA 2G97A 1LTDA 3H54A 2QUUA 1H1ZA 5AYXA 3WK0A 3NPXA 3IIZA 2QAFA 3UWVA 4Z1AA 5U7SA 5D38A 3PUDA 2QCMA 1A5BA 3S6DA 5F4XA 3W07A 4O52A 4M19A 1I2PA 1UB3A 1KFBA 1KFEA 8TIMA 2QCNA 1MEIA 4LVAA 1P4CA 1RPXA 3A5FA 3Q2DA 5AHFA 2FDSA 1QCWA 4UTTA 2Y89A 5I3KA 1AG1O 4H3DA 1VR6A 2FTPA 2WJZA 3W1RA 1DHPA 3V1PA 3I7QA 3KRSA 2JBMA 4K37A 4MYAA 3TK7A 3I68A 4IWWA 2VC6A 4GC4A 4UFKA 1UUMA 2CFFA 4JYEA 3P61A 4Y6GA 4NUWA 3CU2A 5D32A 3LXBA 4IMEA 2CLOA 1K7FA 3QYQA 1N8FA 3OA3A 4BI6A 1L6WA 1HG3A 5E0KA 1XC4A 3OIXA 3PBYA 1J2WA 5DN1A 2BSLA 2NWSA 3S8HA 1ZHAA 1XDMA 1IGSA 3AO0A 4N9EA 1TTPA 1ICSA 4KFPA 1FDZA 1TTIA 1AMKA 3G18A 3P84A 3AJXA 5CSSA 1QNVA 3TDFA 1QOPA 4O1BA 4ML9A 3TU9A 2RKXA 1SU5A 5HMSA 1K03A 4WQ6A 3GZ3A 3KHJA 4RX0A 4EWND 1LBMA 3QFEA 3IIVA 3W7HA 3NQVA 4BI5A 3ABOA 3D0CA 1GYLA 5CPOA 4M5PA 4MVAA 1H7NA 5G2WA 2V9DA 2C18A 5IBXC 3PUOA 2GJLA 3NL2A 1RZMA 1SW3A 2YDAA 3W6YA 4JTIA 4HNNA 3SJ3A 2XN0A 4HPXA 4UTUA 1UASA 3G1SA 1SO4A 1SZNA 1TJPA 4AMAA 3G8RA 3MW7A 1S3HA 5HWJA 4HSOA 3WK1A 1W8SA 3C3NA 1NFBA 3SSJA 3STFA 1EP3A 3NPVA 1YLVA 3L21A 1OYBA 3SR7A 2O7SA 2V2HA 2E5DA 2VFFA 3IEBA 1TIMA 5EPDA 3SY5A 3NQGA 2CLLA 4ZQOA 2KZHA 1ZJIA 3OG3A 3ATZA 3NQMA 1SZGA 3LOTA 4MJZA 1ZALA 4BK9A 1PVNA 1FQ0A 1TV5A 1VZWA 2YCEA 3GDKA 4QNWA 2BTMA 2RH9A 5FF0A 1KM4A 2ISVA 1VJIA 1LOSA 1WBHA 2X16A 3GXNA 5AHIA 3MBFA 2GPTA 1O94A 1JCXA 3NL5A 2HTMA 3L0KA 3HOJA 1BTMA 4ZQMA 4PCFA 3M5VA 4AXKA 1JUBA 3SGZA 1IXOA 2EPHA 4LRTA 4AH7A 4S2BA 1KV8A 2R94A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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