2YXG | Genus

Total Genus 107

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	107
sequence length	289
structure length	289
Chain Sequence	MFKGVYPAIITPFKNKEVDFDGLEENINFLIENGVSGIVAVGTTGESPTLSHEEHKKVIEKVVDVVNGRVQVIAGAGSNCTEEAIELSVFAEDVGADAVLSITPYYNKPTQEGLRKHFGKVAESINLPIVLYNVPSRTAVNLEPKTVKLLAEEYSNISAVKEANPNLSQVSELIHDAKITVLSGNDELTLPIIALGGKGVISVVANIVPKEFVEMVNYALEGDFEKAREIHYKLFPLMKAMFIETNPIPVKTALNMMGRPAGELRLPLCEMSEEHKKILENVLKDLGLI

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__475913183729435__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__475913183729435__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2YXG/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__475913183729435__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"475913183729435","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2YXG/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__475913183729435__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Methanocaldococcus jannaschii dsm 2661
publication title	Structure of dihydrodipicolinate synthase from Methanocaldococcus jannaschii. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Dihydrodipicolinate synthase
total genus	107
structure length	289
sequence length	289
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date	2007-04-26

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2yxgA00

2E5BA 3S9YA 4JX6A 6ALDA 2DORA 5D2XA 2J9ZA 3H53A 4N6FA 5FI8A 3SI9A 2NV1A 3O8AA 1RQHA 3LI0A 3BV4A 3RMJA 3SW6A 4A29A 4AHQA 1BWLA 2Y61A 1QPNA 5CKSA 4K39A 2ZA1A 2CLOA 1QPRA 3EKZA 4FF7A 4BWLA 2X1TA 2WOQA 4ZQMA 1XUUA 1G69A 4O13A 2E5CA 1SR9A 3C4UA 1W1ZA 5G1YA 5KITA 4UFMA 2W79A 3NL2A 4JY9A 3HJZA 4GUGA 3LXCA 5F2IA 2I1OA 3W1AA 3HG2A 3M43A 3TU9A 3AJXA 1ZCOA 3S42A 4ZVJA 4O1AA 2A7RA 2X1RA 3QRHA 4N9EA 3TC7A 3LHUA 4HSOA 4RK8A 2QCNA 4TIMA 4ZQOA 3C56A 5BNKA 3VFLA 3W74A 3NYZA 1VH7A 2YX0A 3C2RA 3MHGA 1JRCA 5BMXA 1ZNNA 1W5MA 3MJYA 1IF2A 4AWTA 3THAA 4UNKA 5U4NA 2YYTA 3TH6A 3CPRA 1JCLA 1TPH1 4NNBA 3T4CA 4O28A 3LCIA 3O1NA 1ALDA 4JTEA 1UUOA 2TPSA 2H90A 3FIGA 2YPIA 2Y7DA 4RXGA 4HIBA 5HWJA 3OVPA 3SJ3A 1XBZA 4GWEA 3IGUA 3MI6A 3N14A 3G0SA 3KAOA 5K7JA 1T8XA 1WAUA 2VKZG 3EWBX 4CNPA 3TFCA 1QOQA 3W7QA 3IIOA 1HUVA 3LTYA 2CLKA 3NOEA 1A5AA 4MJMA 3VE7A 3G1DA 3BGJA 4NJGA 5E1QA 2DZTA 4KFPA 3A22A 3ABSA 3U2OA 1B3OA 4I7UA 4K8HA 3O6CA 1H7OA 3I68A 4M7SA 1BEUA 2GJLA 4RZ5A 3DI0A 3G1HA 3NGJA 3P82A 5G1TA 3ZWSA 1Q3NA 4K7VA 2CLHA 4KFNA 2RHGA 1LTDA 2QUVA 1U83A 5F1VA 3L2IA 3NZRA 4N02A 2PC4A 1GG0A 4Z08A 1QPQA 1FWTA 4JIQA 3W88A 2GQ8A 1DHPA 2VELA 3N2XA 5CG7A 1W54A 5DXYA 4QAIA 1AMKA 3G24A 5CGQA 1H7XA 4AH7A 1H5YA 5U7SA 1YLVA 1TRDA 4OV4A 4UTUA 3BK0A 4MY9A 3STGA 5D2WA 1P0NA 1VLWA 4AHOA 1OFDA 1F7BA 3TX9A 3BLEA 3DZ1A 1K8YA 3TUUA 3PULA 4YWIA 1K3UA 4HSNA 3M5XA 1OX4B 3MHFA 5D02A 1P0KA 1O94A 1KM0A 3P67A 4AWUA 3O07A 3WJXA 2ZRZA 4FIQA 1FWRA 3DXIA 4O1BA 1WYIA 1EWDA 3GDLA 3EWZA 3WFAA 1F76A 4NT0A 3TQKA 2GVLA 4JR5A 4EOUA 2QF7A 2VFDA 2NX3A 4K38A 3BGGA 1OK6A 1PHWA 3G0UA 4UXDA 3A9IA 3UWWA 3PBUA 2G95A 3QJAA 3OVQA 1FDYA 3N73A 1DOSA 3R12A 3QPZA 3LI1A 2YGYA 2E1DA 2Y70A 1TSIA 1DQWA 3HB9A 3PBWA 3HBLA 3A5FA 3NM1A 1KFJA 2PRLA 3UWYA 1GZGA 4EF9A 2HMCA 3CWNA 2Z6JA 1T99A 1YXDA 1BTMA 4JTKA 4JX5A 3M47A 1OJXA 1ONRA 3EXRA 3ABQA 4R33A 4O17A 4PA8A 2J24A 1IXPA 4O0ZA 4O54A 4ORIA 4OV9A 5CZTA 5F2LA 3UPWA 4O15A 3WJSA 2DZPA 3N2MA 1Q45A 3LBMA 1L6YA 1VLIA 1W56A 1P5BA 2VFEA 2ZTKA 2Y88A 3LDVA 2W6RA 5I3GA 2QCLA 2Y63A 2P10A 2V81A 3M44A 5LNUA 4LVDA 4WXZA 3NL6A 5C2XA 3TDFA 3TKFA 1P1XA 4RZ4A 4XKYB 4N6EA 3M0ZA 3C2FA 2QAPA 4NJJA 1XI3A 5LNSA 2QAFA 1I4NA 3NQ8A 1G4PA 3UPBA 3S5YA 4OE7A 2R8WA 4X22A 3EX3A 2IQTA 3P61A 4TU1A 1KM1A 2VFIA 3AO0A 3BPWA 1EUAA 3FFSA 3HG3A 3E02A 1VYSX 1YYAA 4N4PA 4OQVA 1W31A 2YFOA 2FPTA 1EP3A 3GK0A 3LHTA 3M7WA 1GVQA 4G1KA 4LVGA 4NNCA 3C52A 1K03A 1H51A 1ADOA 5KTLA 4MLJA 2QUTA 3BW2A 4UTTC 4E2BA 1TPC1 4O4WA 5LHEA 5HR7A 3MHUA 1KM5A 2PRMA 2R91A 1LROA 2V2HA 4JYDA 3WJWA 1SW7A 5D05A 4P61A 4IPJA 4OBTA 3W22A 2VFFA 3EX6A 1FXQA 1WBJA 1OYAA 1K8XA 5BMWA 4IGHA 2DZVA 2BWGA 3W7RA 1LOQA 1OFEA 3RF9A 4ORMA 1SQ7A 1TREA 3OEXA 1N55A 4DBEA 4HT3A 1G4SA 1TQJA 3G1AA 4RZ6A 3NNTA 4IJBA 5FF4A 4HNVA 2QJHA 2X2GA 1GYLA 4LRSA 1I2NA 2NWRA 4MYXA 5C54A 3NG3A 4KWVA 1OF8A 2OMAA 4NU7A 2NV2A 3LHZA 2H3DA 3W7LA 3MBFA 2ZZ2A 2ZZ3A 4ZL1A 1QCWA 1TPB1 5TIMA 2HTMA 1G7VA 4O18A 1GQNA 1GTEA 3DKLA 1G4TA 4DQWA 1KV8A 3NQMA 5DY2A 4X9SA 3M5ZA 1PV8A 1J5TA 4IX0A 3I7RA 4YLWA 2ZRXA 3NQ6A 4MOZA 1TRIA 3KX6A 3W85A 5T26A 3TA6A 3T40A 3W1TA 3NQEA 2BSLA 5MHBA 1KLYA 3PWAA 3LCLA 3B8DA 3FJ6A 3MUXA 1DORA 2V82A 5DBUA 2CU0A 4MFDA 1SO6A 5G2HA 2E77A 3LXBA 4M19A 4E0CA 4UR8A 1FY6A 1XBVA 1FWNA 3PG9A 3S5NA 1LORA 1X8FA 3L5MA 1VR6A 3EX1A 4IMDA 5DBTA 4WOQA 1ZAIA 1QMLA 4QISA 4ADTA 1MSSA 3QH2A 1DL3A 1ZJIA 1Q6OA 2E68A 1GT8A 2Z1BA 1SUXA 4POCA 4Z1BA 3FYOA 1Z41A 1KTCA 1KM3A 4KKXA 2RKXA 4JICA 2A1YA 3W2MA 2ABBA 1ICPA 3IIVA 1U5JA 1ZALA 4BFAA 3CTLA 5K4XA 3TXZA 1N7KA 2W0UA 4XBKA 1R2RA 3PAJA 4RCXA 2TRSA 4BR1A 7TIMA 3LV5A 2TSYA 3P81A 4JTUA 5LZLA 2FTPA 3W1NA 5DCBA 4LV4A 4ADUA 1OABA 3LTPA 1GVSA 5I3KA 1I2RA 5L6UA 4CCEA 4QNEA 4OHQA 4AMAA 3UWQA 5H91A 3RFAA 4DO4A 1OFOA 5D38A 1UBSA 5CSSA 1RZMA 3CM4A 3DAQA 5FF3A 5DCDA 3TW7A 5AHFA 1WA3A 3KHJA 3O05A 3W1UA 3UXAA 1TV8A 4K6AA 3W72A 4XTDA 4GC4A 1JR1A 3OVRA 3M5VA 4Q33A 3O16A 1SW0A 2FB2A 3PY2A 4MY1A 3GLCA 5A8GA 1D9EA 1KA9F 6TIMA 3SIZA 1FX6A 2FDSA 3RU6A 4JX4A 2FJKA 3KVJA 3NPVA 1HG3A 2VEMA 4Y9AA 3P84A 2B7OA 1NVMA 4ALDA 4LVFA 2VFGA 4O11A 1R47A 2Z2UA 2QCCA 4FNQA 1DJNA 4ZQNA 1W5PA 3CIWA 4A21A 4DBDA 3PSWA 3JRKA 1THFD 1NF0A 3UY7A 2VOMA 3W73A 2C0AA 1EB3A 3SFKA 3GVGA 5HWMA 3E9AA 3TW6A 4JYEA 3N3MA 3HF3A 2ZZ7A 1NFBA 4TMCA 3M16A 2NUWA 1B57A 1W8SA 4FNRA 2ZZ4A 3HPSA 3HIJA 5DXXA 1WOAA 1ZHAA 1I45A 1GJPA 2ALDA 2Z6IA 4MUZA 3LCXA 3CQ0A 1FXPA 1HFBA 3LLDA 3L5AA 1W5OA 3O06A 2VEKA 1RD5A 4WY0A 3W71A 3KRUA 3VE9A 4E2DA 2QR6A 3LRKA 2OT0A 4I7VA 5HJLA 4LS2A 1FCQA 2F7FA 2V9DA 4O57A 2H6RA 4Q4KA 5AN7A 1OFQA 4AHPA 2FFCA 3GDMA 2D73A 5AOUA 5G2WA 1PL9A 5LGXA 3IV3A 3TJXA 1AG1O 2C16A 3CHVA 3NPXA 1VQTA 2DP3A 1JULA 2PRHA 5D2TA 3JR2A 2GJNA 2BLEA 5AB3A 1JCJA 3EB2A 2E5DA 3T7VA 4K36A 1ICSA 4X2RA 2VXNA 3T55A 1LRNA 3HG4A 5EPDA 3NL3A 1H7WA 4QSHA 1CW2A 2WPBA 4WD0A 4UFKA 1S5WA 3PBVA 1VS1A 2J88A 3TMLA 4JYFA 1KLZA 1FWWA 3FS2A 3INPA 1SZGA 4IMEA 5D32A 4AXKA 3H55A 5LHFA 3FOKA 2Z0IA 2ABAA 3UYCA 3W84A 2NLIA 4OWGA 5K2ZA 1TO3A 3A21A 1MEHA 4HHPA 1SO3A 5AHLA 1KBIA 3TSBA 4Z0JA 1R30A 3UD6A 3G1FA 4LS0A 3DI1A 5EYWA 3DKJA 4S1FA 3S0CA 1SFLA 3PS7A 2ZZ1A 2VC6A 1W0MA 5AYYA 5DN1A 3E0IA 3MBDA 1H1YA 1X1ZA 3I7SA 4U28A 4A2RA 3PUDA 2ZZ6A 2WO5A 3L5LA 1C29A 2QCDB 2TMDA 4NX0A 3TSMA 4RKAA 1PE1A 3S6DA 3C2OA 4YMZA 5C6MA 4WY0F 3TR2A 5TBOA 3W83A 3LCWA 3LM7A 4KWWA 3W6YA 1TTQA 4WX2A 1H50A 3BW3A 5HUPA 2ZYFA 5F2GA 4DF1A 3NL5A 1RV8A 3QQ0A 3M9YA 4FNTA 3GB6A 4FXSA 3G1YA 3S1WA 3SZ8A 4HNTA 2DZWA 4WUIA 1PCWA 3C3NA 4IWWA 4UTKA 5CZJA 3DGRA 5HQEA 2QEZA 4UFLA 5EMUA 3BG9A 3NQAA 4H3DA 4M6PA 2AGKA 1CI1A 2J9XA 1IXNA 4DXVA 4WZHA 5AYXA 2R94A 4YCOA 1H63A 1NEYA 4HPXA 4NXSA 4OU1A 4O52A 2G96A 1YTEA 2X1UA 1SPQA 1FCBA 3NDOA 4JTSA 3LXAA 2G5WA 1IXQA 5I3JA 3IVTA 2CLEA 1WBHA 3QZEA 2A85A 4P2VA 4Y96A 3DFNA 1XXXA 4FB7A 4HN4A 4UFIA 1SFJA 4FNUA 3ATYA 4JEQA 2J9YA 3W1LA 5EY5A 4N2YA 2CLIA 1F73A 4O53A 3ZFHA 1GTHA 3F1QA 4UTHA 4UFHA 1AL7A 4NQ1A 4GE8A 4AF0A 1O5KA 3UWZA 1WV2A 3NAVA 3I65A 1VPXA 4MLRA 3C61A 2Q8LA 1PCKA 4O1CA 1HTIA 3DHFA 2ZTJA 3DFOA 4Z1CA 3JS3A 3MI2A 1YXCA 1VJIA 3Q37A 1FDZA 1L9WA 1TV5A 2V2DA 3Q58A 2QUUA 2B4GA 2P1FA 4W9TA 3IIZA 4BWLC 2CLMA 1GOXA 1YTDA 1EP1A 3H54A 4GJ1A 1GPWA 3PUEA 1Z42A 4RLIA 3BO9A 2ZA2A 1KM4A 3W9ZA 2BTMA 1M5WA 1PIIA 2OJPA 5G4EA 2V0TA 1XM3A 2WNQA 4AVFA 2ISWA 2J27A 3LCFA 4QIUA 3C8FA 2ISSA 4BK9A 4WQ6A 4EVZA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1J9Y A;  1UD8 A;  4XO6 A;  1EC7 A;  4XIS A;  3FKR A;  1RQB A;  3EDD A;  3SO7 A;  4CU6 A;  1N82 A;  1PYF A;  1C7S A;  3LTS A;  2CZF A;  2E6A A;  2J7B A;  3TTE A;  3RIL A;  4QLL A;  5C70 A;  1TV2 A;  4ZO6 A;  1GWJ A;  1ZUA X;  1O60 A;  2RDT A;  3GVR A;  3UPM A;  4FOK A;  7XIM A;  4R88 A;  2WMI B;  4LEF A;  3EGJ A;  4E4P A;  3CT7 A;  5A6L A;  2PTZ A;  3CIX A;  5I3F A;  2J8F A;  2Z1X A;  3BH4 A;  5CZ0 A;  1KFC A;  3JVA A;  4NUW A;  3HA1 A;  1HJV A;  1K6W A;  1DXI A;  1M7X A;  3GUW A;  4UTF A;  4TUF A;  4F4R A;  4GHR A;  2WM1 A;  1UWU A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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 3OVP A;  3SJ3 A;  1XBZ A;  4GWE A;  3IGU A;  3MI6 A;  3N14 A;  3G0S A;  3KAO A;  5K7J A;  1T8X A;  1WAU A;  2VKZ G;  3EWB X;  4CNP A;  3TFC A;  1QOQ A;  3W7Q A;  3IIO A;  1HUV A;  3LTY A;  2CLK A;  3NOE A;  1A5A A;  4MJM A;  3VE7 A;  3G1D A;  3BGJ A;  4NJG A;  5E1Q A;  2DZT A;  4KFP A;  3A22 A;  3ABS A;  3U2O A;  1B3O A;  4I7U A;  4K8H A;  3O6C A;  1H7O A;  3I68 A;  4M7S A;  1BEU A;  2GJL A;  4RZ5 A;  3DI0 A;  3G1H A;  3NGJ A;  3P82 A;  5G1T A;  3ZWS A;  1Q3N A;  4K7V A;  2CLH A;  4KFN A;  2RHG A;  1LTD A;  2QUV A;  1U83 A;  5F1V A;  3L2I A;  3NZR A;  4N02 A;  2PC4 A;  1GG0 A;  4Z08 A;  1QPQ A;  1FWT A;  4JIQ A;  3W88 A;  2GQ8 A;  1DHP A;  2VEL A;  3N2X A;  5CG7 A;  1W54 A;  5DXY A;  4QAI A;  1AMK A;  3G24 A;  5CGQ A;  1H7X A;  4AH7 A;  1H5Y A;  5U7S A;  1YLV A;  1TRD A;  4OV4 A;  4UTU A;  3BK0 A;  4MY9 A;  3STG A;  5D2W A;  1P0N A;  1VLW A;  4AHO A;  1OFD A;  1F7B A;  3TX9 A;  3BLE A;  3DZ1 A;  1K8Y A;  3TUU A;  3PUL A;  4YWI A;  1K3U A;  4HSN A;  3M5X A;  1OX4 B;  3MHF A;  5D02 A;  1P0K A; 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2YXGA

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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