2YYUA

Crystal structure of uncharacterized conserved protein from geobacillus kaustophilus
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
232
structure length
225
Chain Sequence
TPFIVALDFPSKQEVERFLRPFAGTPLFVKVGMELYYQEGPAIVAFLKEQGHAVFLDLKLHDIPNTVKQAMKGLARVGADLVNVHAAGGRRMMEAAIEGLDAGTPSGRMRPRCIAVTQLTSTDERMLHEELWISRPLVETVAHYAALAKESGLDGVVCSANEAAFIKERCGASFLAVTPGIRFADRVVTPRKARALGSDYIVIGRSLTRAADPLRTYARLQHEWN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of uncharacterized conserved protein from Geobacillus kaustophilus
rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Geobacillus kaustophilus
total genus 74
structure length 225
sequence length 232
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2007-05-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2yyuA00
1XKYA 3CHVA 3GIYA 4CQ9A 4X2RA 5EYWA 1SFLA 3NPXA 3TFCA 1EUNA 1VR6A 5U7SA 3NO5A 1SZNA 3W1UA 3F4WA 2CLOA 3UXAA 2ZZ3A 4IMGA 1OX6A 1VYRA 3E02A 3HIJA 2WPBA 3I68A 1OF8A 2I14A 4CLMA 4AXKA 5LNVA 3P61A 2YR1A 3LOTA 2A6NA 2Y88A 2H8XA 3RK8A 1AL8A 3E12A 3W7JA 4AHPA 2NZLA 2NUYA 3VE7A 2X1UA 3MMTA 1JRCA 3UWZA 2YX0A 3NQEA 3HPSA 4XQ6A 3WFAA 4MIMA 4UCGA 3Q58A 1H7WA 2NV2A 1DKWA 1AW2A 1R30A 3M7WA 3W1NA 4HNUA 3CLMA 5D33A 3HGSA 5FF2A 1KM0A 2YW4A 2FPYA 2ZRWA 4NT0A 1OHLA 3DU0A 4ADTA 1HUVA 5H91A 3BGGA 1H5YA 5HUPA 4TO8A 3O07A 1GVQA 3UYCA 5I3FA 3LLDA 3P74A 1YDVA 1PIIA 3UWQA 4OU1A 2NUWA 5D2XA 2AQWA 4E38A 1I4NA 3HF3A 4A21A 1TQXA 2ZRUA 4RCXA 3IVTA 3LCIA 1PCKA 1N8FA 2ZZ6A 3A24A 4NQ1A 1ME7A 2ZCGA 3VNDA 2VXNA 4NUWA 3LHTA 3SECA 2JK2A 3QPZA 2O7QA 3FYPA 2WNZA 4Z0SA 2FIQA 3UD6A 5IBXA 4O17A 4FNPA 5MHBA 5DCEA 4AAJA 4IMDA 1QAPA 4X9SA 1CX9A 1DQWA 1PHQA 1FXQA 3DKLA 4IQLA 2WOQA 4JDBA 3OBKA 1FCBA 3KOFA 3PB2A 5AN7A 2Z6IA 3L67A 4O16A 1PE1A 2BLEA 4LNYA 4O53A 1FY6A 1NVMA 3C61A 5BW6A 1LROA 2CLMA 3C56A 1GVFA 1TTQA 4E0CA 1T96A 3W3OA 5F2MA 4R7JA 4CNOA 4A2RA 1NF0A 3HG5A 3OEXA 3VI2A 3N73A 4MYXA 4H6KA 3SI9A 1GZGA 3R13A 4NX5A 3DI1A 5DN1A 2VENA 2YGYA 3L2IA 1SSDA 4GRSA 3BPWA 3W07A 3HPXA 3BK0A 3E49A 5K4XA 5DELA 3W1AA 3ABSA 4GUIA 5KINA 3NZRA 3QSTA 3W7PA 4Q32A 4OV9A 3O06A 5DXXA 5KZEA 5IM51 3DFQA 3NEVA 4O57A 1LOSA 3EXRA 1KLYA 1MZHA 3TH6A 3NQMA 2A1YA 4XTIA 4K7YA 1G67A 1WA3A 1OYBA 4P2VA 3N9SA 5KSWA 3R5EA 3MBDA 1LOQA 1GTEA 2J88A 3L21A 3O6CA 3TJLA 3IVUA 4YXGA 3QJAA 2NX1A 1J5TA 4Z1AA 5C5YA 4LT9A 2A7PA 4OWGA 4UTKA 1TJRA 2YPIA 2V9DA 5G5IA 3W75A 4KFNA 2R8WA 3S6DA 3C6CA 1PS9A 2B7PA 2DZTA 1H7RA 1RPXA 4JTLA 3ZR4A 1OFDA 3BW2A 3QEZA 2QCGA 5BMWA 3S5YA 1NEYA 4UFMA 3TSDA 3G0XA 4EF9A 4ZL1A 2CWNA 1OABA 3UWVA 1W1ZA 1X1ZA 4LUJA 3BVJA 3HJZA 4LS1A 4K8HA 1DORA 5G2HA 1JUKA 1WX0A 2EHHA 1M7OA 3KFTA 3NQDA 2WSQA 1KW1A 4DF2A 5GVJA 1HTIA 2CZDA 3G1FA 1OFQA 3TXZA 4UTLA 4O1AA 4IPIA 4O14A 1PV8A 2J9YA 3NA8A 2ZRYA 3W6YA 3QZEA 1WOBA 5G4EA 4O0ZA 1OYCA 2BWGA 4KFPA 4DO6A 4UTHA 1TRIA 2DJXA 1A5AA 3G8RA 5K9DA 1QPQA 3LLFA 3W2JA 3L5MA 3P62A 3UWYA 3HBLA 1YTEA 2VELA 3WJZA 5D03A 1QPOA 2J24A 4X3ZA 1TRDA 3W71A 4JTEA 4RKAA 4NU7A 5CSSA 3HGRA 4WQ6A 4WY0B 5HWNA 3HOJA 1YXCA 3MHFA 2ZBTA 1TPUA 2Y89A 4B5NA 5HMSA 2CZFA 2E5DA 3KVKA 4ZVJA 2VOMA 3CWNA 3PBVA 1EWEA 2Y7EA 2H3DA 3O63A 3FLUA 3W7IA 4ZQPA 1G4TA 1F5ZA 1VLWA 2DP3A 3KX6A 5I3IA 3NYZA 1KA9F 1JQXA 2C19A 3G1SA 5D2YA 3WJYA 1L6YA 2A7RA 3B8DA 3PM6A 1W37A 2QCMA 1W5PA 1KFEA 1NAL1 4OT7A 3A22A 5I3KA 3LHYA 1W54A 2RHGA 2LLEA 2E1DA 3KVLA 2OJPA 4NNAA 4DBEA 3C52A 2H90A 1M7PA 1Z44A 2HS8A 2CFFA 1YXYA 3NQ2A 1QO2A 1XBYA 4JICA 1H60A 1ME9A 3L66A 4BWLC 4CNPA 2J6XA 3W7EA 4E2DA 4ZZ9A 2JBMA 1ML1A 4BF9A 1UCWA 1VLIA 1YDOA 1SO5A 3LRKA 4JY9A 4UR7A 1IIGA 4GUFA 3G8EA 2Y7GA 3C2FA 2UV8G 3QMRA 2GJLA 2ZRVA 2G97A 3L5AA 4Y6GA 2A7NA 3P5YA 4WOQA 2Y63A 1I45A 3W7HA 3WJWA 4KFOA 4N9CA 1TPEA 1XUZA 4PL1A 3I7SA 4XBSA 2B7QA 2GUUA 3FS2A 3I65A 5CZSA 1BTMA 2EKCA 3T78A 2QUVA 2V8ZA 3DKJA 3SIZA 1YPFA 2V5LA 3DBPA 3G22A 1XUUA 4WY0A 2QUUA 3G24A 1QWGA 2ZYFA 2JKPA 3IGSA 4CCEA 2YDAA 5EL1A 1H51A 3BO9A 3Q2DA 1JUBA 1H1YA 5C54A 3PAJA 1Z42A 4JNMA 3P80A 2WNNA 3G3DA 1TQJA 3M43A 3GKAA 2JGQA 3ABOA 3PB0A 4EVZA 4FNSA 3EWWA 3DFPA 4HSNA 4I7UA 3S5OA 1O60A 3CU2A 1J2WA 2RKXA 2FPVA 3GDMA 2ZTJA 4G1KA 3W86A 5DBTA 2HTMA 1EA0A 4GFSA 4X22A 4AMAA 3PUOA 3BW3A 1H7NA 2OT0A 4RJEA 2CLEA 3ABRA 4LVAA 3UY7A 5AC6A 3NL5A 1ZAIA 2P0OA 2ABAA 3FEMA 3UY8A 5TQLA 1G4SA 4PA8A 2GOUA 1X1OA 3U2OA 3OVPA 1O4UA 1ZAJA 3B03A 2ZZ1A 3LXBA 3TV8A 2ZZ2A 1IGSA 4AWTA 2ZZ7A 3M44A 4LVFA 3QRHA 5KMYA 4WXZA 4MY1A 3DHDA 3P81A 4XWUA 4JYFA 4UTTA 3LXCA 3L65A 4GC4A 4HKPA 1K03A 5K9XA 4JIPA 1I2RA 5D09A 3S0CA 4S1FA 5FI8A 1CI1A 1FDYA 4O50A 3W73A 5AC7A 3DFOA 3M5ZA 3OVQA 4LRSA 2VKZG 2AGKA 1SW7A 3HPZA 1BWLA 2CU0A 1TTIA 2PC4A 3QMSA 3W88A 1LYXA 3UWWA 3M41A 2GVJA 1IXPA 3SR7A 5DY3A 2VFEA 1TV5A 5AOUA 3LERA 1SU5A 1MEHA 3FJLA 5D32A 1VZWA 4TX9A 1L9WA 3PUEA 4MPQA 2Q8LA 4BI6A 1TTPA 2NWRA 1K8ZA 4TMBA 3A9IA 4YWIA 1OX4B 1UB3A 3E9AA 1EIXA 3W1RA 1P1XA 2EF9A 3W9ZA 1TV7A 1W3IA 4A29A 1VYSX 4UC5A 1B9BA 1KM4A 2O7SA 3WJXA 2X1SA 4ADSA 4GBUA 3TDFA 4JS3A 3HB9A 4TIMA 4HIBA 1FXPA 1O95A 4GNJA 1LDCA 1W0MA 3NQ7A 1VRDA 3UPWA 3P82A 3EKZA 2CLFA 3TQKA 4DF0A 1FUYA 5CGQA 4RXGA 3G1DA 1TPB1 2DORA 3PULA 8TIMA 1LOLA 3EX6A 1OF6A 1R46A 2YCEA 1JCLA 5DBUA 5AC8A 3P8JA 2R94A 1FWSA 2DZXA 5LNSA 3C0JA 1XCFA 2CZ5A 2NV1A 4CCCA 5J5DA 3IGUA 1XBVA 1NF7A 1DVJA 5F4SA 1F76A 3FKKA 3S42A 2YFNA 1TJPA 2H3BA 4KKXA 3SY5A 3BLIA 4WY0F 3NGJA 2ZZ5A 4N4QA 5LZLA 3LHUA 1F7BA 4N6EA 3SGZA 1B4KA 5I3GA 4PTNA 3NG3A 3UNDA 2ATSA 1HL2A 2PRLA 3NDOA 2OMAA 3F03K 5K3VA 2Z1BA 2FLIA 3QYQA 1SQ7A 5LNUA 1EWDA 1IXOA 5LSMA 2VEKA 3W85A 3IIZA 4Z0JA 2NWSA 1VHCA 3MI2A 3JR2A 1H61A 4PH6A 3GDLA 4JX4A 2XN0A 3TQ0A 3O6YX 5HWMA 1VCFA 5D30A 1FCQA 2E6YA 1O5XA 5G4WA 3N9RA 4HNVA 3TXVA 1I2NA 2V30A 2QR6A 1ADOA 2YSWA 2WKJA 4QIUA 4JDYA 4A3UA 2D73A 3THAA 3NAVA 4DO5A 2HSAA 1QPNA 1DJQA 3C2EA 4MZ8A 3W74A 5J5RA 3WK3A 2RDUA 2B0MA 1KM2A 4CQ8A 3I7QA 4HPXA 1OFAA 4FX6M 4JGDA 4YL2A 4A2SA 2V0TA 1JCXA 3NQFA 3L68A 3TA6A 2NX9A 5HUOA 3TJXA 4AVFA 3VCRA 4JX5A 2A5HA 2Q3RA 2WSYA 1TMHA 2RDWA 3W7QA 5CZTA 3RNDA 2BX7A 3KRSA 3FFSA 4DQWA 3EX2A 4XUGA 3AO0A 3S1WA 1W5NA 5E93A 3W7LA 1ZNNA 2ZRXA 5HWJA 5U4NA 3O6DA 2VFFA 2QCCA 3C3NA 4N2YA 5L6UA 3MHGA 2GQ8A 4MLJA 4O19A 4POCA 3W7NA 3OIXA 3W76A 1LTDA 4GXMA 1W3NA 1P0NA 4JEQA 1Q45A 3B4UA 1WAUA 4UTWA 2ZTKA 1DBTA 4JYEA 1LCOA 2ISVA 3CWOX 4DBDA 2C14A 4HNNA 3TK7A 1VQTA 3GNDA 5AHFA 1F6PA 4K8EA 2CLIA 3W22A 1A5BA 1W8SA 3F1QA 1J4EA 1A5SA 4ZQMA 3TNOA 1OX5A 1KTNA 1OFEA 3N34A 1QFEA 3LCLA 4RXFA 3M9YA 3GXPA 3M1ZA 3UZJA 2VEPA 2QEZA 1I2QA 1S5WA 1ZFJA 5DY2A 3G1VA 1JULA 4FNRA 1ONRA 4O4WA 1C8VA 3PC0A 1H7PA 1W3TA 3RLUA 1SW3A 3IIOA 1H62A 5LGZA 3W2KA 1V5XA 4M6QA 4LOCA 1M6JA 1A5CA 1YTDA 1ICSA 3GVGA 1GVRA 1EB3A 1LP6A 4LVBA 1JCNA 1FDZA 3EWBX 5CPLA 3SFKA 4LY8A 4JD4A 2QCFA 4FO4A 4RLIA 2G96A 1F05A 2QCDB 1D3GA 2CLKA 4UTUA 4K38A 1Y0EA 2Y61A 1FWNA 4FHAA 3I7RA 4K39A 4NVTA 3H55A 3IV3A 5FEZA 1LRQA 4JTFA 4LVGA 3TMQA 5FEWA 1KBJA 3O16A 5F4XA 3STCA 1UUOA 3LV5A 1G4PA 4FNUA 4HNTA 3LX9A 2FB2A 1HO4A 3A5VA 4ORIA 1JCJA 3O15A 1NSJA 1XDMA 4MFDA 3OHIA 2X30A 3N2XA 1SO4A 1DQXA 1TREA 1Z48A 3KHJA 1I8JA 5DXYA 3MW7A 1YADA 3NVTA 3QQ1A 3EB2A 3DFSA 4HN4A 2NUXA 3TFXA 3R2GA 2HMCA 1GYNA 2ATMA 4AF0B 4TMCA 3DHFA 4L4LA 1L2UA 5HULA 1P5BA 2QJIA 4UTMA 3LDVA 3ELFA 3M0ZA 1KV5A 4DELA 1KFKA 5D2VA 1OK6A 4WX2A 3THQA 5LNWA 2A4AA 5KZMA 3B04A 3C2RA 4GE8A 4LUIA 3T44A 5D2WA 2Q3OA 1K7XA 2Y6ZA 3NL3A 4JR5A 4TU1A 4MFEA 4KWVA 4LC6A 1OFOA 1T99A 4IMCA 3L0GA 1D3HA 3SSJA 5E1QA 4MY9A 1FCVA 4LU0A 1DJNA 3TE9A 1JUEA 2Y70A 3EX3A 1GG1A 2I1OA 2ABBA 4CCDA 3NQAA 2EPHA 5AHMA 1S5TA 3BG3A 1XI3A 4AEOA 3W2MA 4E2BA 1G6CA 5DCDA 1GVOA 6ALDA 1R47A 3PR2A 1ME8A 1IIHA 2XFWA 1HG3A 2V2HA 4O28A 2WJZA 1W5OA 2OZ0A 4QSHA 3N19B 3DENA 3M5YA 5HR6A 4ZQOA 3E0IA 3B0VC 3PBWA 4ONVA 2I9EA 3NM3A 5DLCA 2NXIA 1JR1A 4QNWA 4U28A 1JRBA 3ZS4A 1WBJA 3GYEA 1GJPA 4O4VA 3GXNA 1H7XA 3INPA 3V1PA 3MP3A 2B7NA 2YYUA 1XBXA 3G0SA 3SZ8A 1FBAA 1VYPX 5D05A 1UUMA 1RZMA 3NPUA 1X6UA 2VFHA 2QAPA 1EP1A 2DZUA 2X16A 4W9TA 5F2IA 4NJKA 4AF0A 4LC8A 5BOOA 4R33A 1PCWA 1T8XA 1OFBA 4XZ9A 1WBHA 3LHVA 2PRHA 5EY5A 1H50A 3ATYA 2DU2A 1W5MA 1XDLA 4EIVA 3KVJA 4IUOA 4IX2A 1T0OA 4N4PA 1VPXA 1QOPA 5A5WA 3GAKA 3DAQA 5F1UA 1LLWA 4PODA 4R34A 2W6RA 4EWND 4RV8A 3NL2A 3QW4B 1G7UA 3M47A 3UZ5A 3HG2A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1XKY A;  5D8Z A;  2WYS A;  1DTN A;  3GIY A;  1SZN A;  4W8A A;  1US3 A;  4XK2 A;  3ARO A;  4UQ9 A;  2CLO A;  3U4A A;  3UXA A;  1LL4 A;  1JPM A;  3VXG A;  3KL0 A;  4E8G A;  3HIJ A;  1K4H A;  5FKY A;  1UML A;  4PGL A;  2I14 A;  3S9I A;  4PCN A;  1QNP A;  3GIQ A;  2Y88 A;  4JKK A;  4MB4 A;  3RK8 A;  1E40 A;  1AL8 A;  4OFC A;  5LIW X;  2X1U A;  2J7E A;  2DUX A;  1LWH A;  2R9R A;  1VBG A;  3LGD A;  3TLL A;  4UCG A;  1H7W A;  1JDA A;  5D33 A;  3HGS A;  2W3Z A;  1DJI A;  1V3M A;  2WHM A;  3T42 A;  1JPK A;  1WUE A;  3A9B A;  1P43 A;  4ZO7 A;  5CGT A;  2C8N A;  2GSH A;  3BV7 A;  2PDI A;  3F2B A;  1HJW A;  4JN8 A;  2PLM A;  2BVW A;  1VPQ A;  1YDV A;  1PII A;  4E38 A;  4A21 A;  2ZRU A;  3C0Q A;  3IVT A;  3A24 A;  9XIA A;  1JNE A;  3VND A;  1DTU A;  1E0U A;  2DSK A;  3RAO A;  3VGB A;  3WL0 A;  2WNZ A;  4JII X;  1GQL A;  4IMD A;  4LBU A;  1PHQ A;  1FXQ A;  3DKL A;  5E9A A;  2XUC A;  2YLA A;  5REQ A;  3KOF A;  3OZP A;  3C0S A;  3L67 A;  4O16 A;  3VNK A;  3AS1 A;  2EO7 A;  4LNY A;  1XYB A;  3CJP A;  1V0N A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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