2Z1B | Genus

Total Genus 73

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	73
sequence length	326
structure length	290
Chain Sequence	HQSVLHSGYFHPLLRSWQTAASTVSASNLIYPIFVTDVPDDVQPIASLPGVARYGVNQLEEMLRPLVEAGLRCVLIFGVPSRDSEDSPTIEAVRLLRKTFPSLLVACDVCLCPLSEESRQRLAEVALAYAKAGCQVVAPSDMMDGRVEAIKAALLKHGLGNRVSVMSYSAKFASCFYGPFRDAAQYQLPPGARGLALRAVARDIQEGADMLMVKPGLPYLDMVREVKDKHPELPLAVYQVSGEFAMLWHGAQAGAFDLRTAVLETMTAFRRAGADIIITYFAPQLLKWLK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__9436293855452247__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__9436293855452247__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2Z1B/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__9436293855452247__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"9436293855452247","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2Z1B/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__9436293855452247__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfe1670ea47fee5c0c305ca/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfe1670ea47fee5c0c305ca/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfe1670ea47fee5c0c305ca/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfe1670ea47fee5c0c305ca/pdb.gz): 1259 ms

reading 290 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

290 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 34 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:289});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Mus musculus
publication title	Crystal Structure of 5-aminolevulinic acid dehydratase (ALAD) from Mus musculs rcsb
molecule keywords	Delta-aminolevulinic acid dehydratase
total genus	73
structure length	290
sequence length	326
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.2.1.24: Porphobilinogen synthase.
pdb deposition date	2007-05-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00490	ALAD	Delta-aminolevulinic acid dehydratase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2z1bA00

2QCNA 2TYSA 2OT0A 3TC7A 3SW6A 4FNPA 3IIOA 1F76A 3LI1A 2E6FA 1I2NA 2X1SA 3THQA 3HQ1A 3PUOA 1NF0A 3HIJA 1CI1A 1H7RA 1I2RA 5LNSA 1R2TA 1LRTA 3PAJA 4P61A 3STEA 5AHLA 4O54A 5KITA 3EWUA 3HB9A 2DZVA 1SU5A 1A5SA 5LNVA 3PG8A 4LV4A 2V2DA 2PRMA 2B7PA 1LROA 1TCDA 3MYOA 3NPWA 2F84A 5G2HA 1E51A 3UXDA 4N9DA 2Q3OA 3W7QA 3LTPA 1A50A 2F7FA 1FX6A 4L4LA 4TMBA 5FF3A 4FX7A 2RH9A 4I7VA 2ABBA 4O0ZA 4N6EA 3E0IA 4WJEA 4C1LA 1O5KA 4MJZA 3NG3A 3H54A 1NF7A 3CWOX 3DBPA 5BMWA 1LP6A 1K7EA 3N9RA 1K8ZA 4RK8A 3VNDA 1OK4A 4IQLA 4JTSA 4NX5A 1U5JA 3LRKA 1OJXA 2WJZA 3UWQA 2NXGA 3O63A 1DOSA 1TJRA 3NQ2A 3LRMA 4S2CA 3EKZA 5H2ZA 4UTLA 3I7SA 2QR6A 3G0SA 4ORIA 4FXRA 1BEUA 5CZJA 1QNVA 3VE9A 5HWNA 1DQWA 3P5ZA 1QDSA 1T99A 1M7PA 2HSAA 1PCWA 4IXHA 2YXGA 1SZNA 4Y6GA 3PVFA 2E6YA 1W8SA 1DJNA 5DBUA 2ZYFA 2ZRZA 1S5WA 3N2MA 1ONRA 4I9AA 3FLUA 3UWZA 5HMSA 2OZ0A 4K36A 1TJPA 3C0JA 1OFEA 3G8RA 5DY2A 1JCJA 1P4CA 2ISWA 1XUUA 3GX9A 2YSWA 4LUJA 5AC6A 3C4UA 2E77A 3PSWA 4LS2A 1GVOA 5CKSA 3G1VA 4O10A 1YPFA 1X8FA 4RCXA 2I9EA 4E2DA 3TMQA 2Z0IA 3W75A 1A5CA 2JK2A 4KKXA 4O28A 3R89A 8TIMA 3W88A 2EKCA 5HWJA 3W7PA 4IX2A 3P84A 2QKFA 1TPWA 3S1WA 4FHAA 2ABAA 4RR4A 2VELA 4MYXA 5E93A 4JY9A 1AW1A 3STCA 3S0CA 3LX9A 5I3JA 3Q37A 3EB2A 3W1AA 1GZGA 3LGEA 3P82A 1G7VA 5TBOA 2H90A 1TV7A 3HG2A 1OFRA 1W31A 4EOUA 3FYOA 3MI6A 1UB3A 4LVFA 2X1RA 3JS3A 3VI2A 5K9DA 4O4WA 2AGKA 4MZYA 3W71A 1NAL1 3F4NA 1DV7A 3S1UA 3TV8A 1ALDA 4IX0A 5HWMA 3C52A 4NU7A 5J5DA 4O16A 5LNRA 2YPIA 2YW3A 5L6UA 3SR7A 1VHCA 2Y7GA 3NQFA 5HUOA 1HFBA 3FYPA 4K8HA 4ZVJA 1DKWA 4XQ6A 2V30A 4FX8A 3PF3A 3DZ1A 2DORA 3W23A 1KM3A 1LM1A 3K30A 3NQCA 4DO4A 2TMDA 3QQ1A 1KFKA 1H7PA 3STGA 4DEFA 4MOZA 2QCGA 4XKYA 1SZEA 4BR1A 2YCEA 3W7IA 3ATYA 3CEPA 4AH7A 4JGDA 2J9XA 2VKZG 2DJLA 2Q8LA 3O05A 3KRUA 2JKPA 3PUDA 3DU0A 3M5VA 3ABRA 1XUZA 1KV8A 3LCWA 3GB6A 2V5LA 3M5XA 1W54A 4LVBA 3V1PA 5G2IA 2OJPA 1VS1A 3S9YA 4A22A 5D09A 5DXXA 1EWEA 1F05A 3L5AA 4IMCA 1A5BA 2A6NA 2Y62A 3RNDA 1GOXA 1M5WA 2QEZA 4HSNA 4JTUA 4NQ1A 1FUYA 5AHMA 3GZ3A 3OIXA 3QSTA 1T8XA 4O8RA 3FOKA 4GUGA 3KVMA 4WXZA 4YCPA 1LCOA 2W6RA 2NXIA 3P67A 2A2IA 4UIOA 4UFKA 4PL2A 3P8JA 1DBTA 4JTTA 3NL3A 4UR7A 4JR5A 4N9BA 3RU6A 2NWRA 3W7GA 3BG3A 3NQVA 3LI0A 1MZHA 2ATMA 1L9WA 3O6YX 2NX9A 2FPVA 3VKJA 1K7FA 4WY0B 4TU1A 4EF9A 3GLCA 3G24A 4UUIA 3TXZA 5K2ZA 1TIMA 2W0UA 4DF1A 3LLFA 1SO4A 2E5CA 3P62A 3W7KA 1TPFA 1K8XA 3O6DA 5G2WA 5D38A 1X1ZA 1ZALA 3I65A 2RHGA 4M7SA 2PE4A 2QCMA 3N19B 2QJHA 2WNZA 1KV5A 3HBLA 3KXQA 3L0KA 5KZDA 3A22A 4O52A 1HTIA 4UTTA 2Y61A 1H62A 4Q33A 1EIXA 4FEZA 1VJIA 1LRNA 1ZHAA 4JYEA 1MEIA 1HG3A 4O1CA 2EPHA 4UC5A 4QNEA 1TPUA 3QM3A 3T4CA 1EWDA 1P0NA 1EB3A 1B9BA 4AWTA 3G1YA 3FS2A 1FWSA 1H7WA 1BWKA 3FJLA 2E68A 4X3ZA 3NM3A 4MVAA 3WJWA 3PBWA 3TIMA 2QCDB 1JULA 2V82A 5TIMA 2LLEA 4YCOA 1LTDA 3UD6A 1H7XA 3MO7A 1R47A 5AYYA 7TIMA 3EKLA 2Y7DA 3W76A 1LBMA 4C1KA 2QDHA 4MZ8A 1W0MA 4OV9A 3DXIA 4JTJA 4AHPA 4QNWA 3TFXA 1KM5A 1JUKA 4ADUA 4EF8A 3PG9A 3IVSA 2C18A 5FESA 4IPIA 3MHFA 3QJAA 5DN1A 3G0XA 1GVSA 4GWEA 1TPEA 3EWYA 3M47A 5K9CA 3GIYA 1VGAA 3W2UA 3W22A 2QUUA 2CZFA 3NL6A 4LT9A 3WJXA 1MEHA 2QCHA 3W70A 2A1YA 2ZRUA 4BI7A 2NXHA 3EXSA 3W9ZA 3R12A 1JRBA 2FLIA 3B03A 5SWUA 5DCDA 1L6YA 3OHIA 1Z48A 3BV4A 4UMCA 1AW5A 1CX9A 2C6QA 3EX3A 3PBUA 5TQLA 4NNBA 1UCWA 1KM4A 3P61A 1U83A 4DPPA 2E5DA 1KTCA 5AYZA 5EYWA 3EWXA 5DCBA 2ISVA 2J6XA 1XM3A 1KTBA 2FFCA 3FIGA 1F7BA 3NZRA 4QM1A 5AN7A 4N2YA 1W5PA 3CWNA 4JYFA 5DELA 2TPSA 4DBDA 5C55A 4IOTA 4JTHA 3UWWA 4Y96A 3BG9A 3P7YA 3UZ5A 2RDTA 3QW4B 4HNTA 2QDGA 4MFEA 1KBIA 3NVTA 1DORA 3W72A 3U2OA 3HGJA 3LV5A 4H6KA 5EA9A 4NJIA 4Q32A 3RLUA 4E38A 1N8FA 5KZMA 2CLFA 3TXVA 2O7SA 1A53A 3MYPA 1G7UA 2VFDA 1WQ5A 1FDJA 3F03K 3FEMA 1D3GA 4CNPA 5EL1A 3PUEA 3DFNA 2E5BA 5A8GA 3TH6A 2CLLA 4BWLC 2QCEA 1KM2A 3O16A 4UMBA 1GVRA 2ZZ3A 3PM6A 2ZZ7A 5DLCA 3LHUA 3N34A 4AAJA 3S5OA 2AQWA 4LS0A 2P10A 2RDWA 2WSQA 3GYEA 2UV8G 3SFKA 4BI6A 2A21A 2BZNA 4DO6A 1SSDA 4HNUA 1KLYA 3GXNA 1VYRA 2WQPA 3IGUA 3MP4A 4HNVA 3ZFHA 2DZTA 4LY8A 1O95A 4OWGA 4U4MA 4H4IA 4PEKA 1PE1A 1RZMA 2G97A 2NV2A 1RQHA 2ZQ0A 3LM7A 2ZA2A 3TUUA 2Z6JA 3W2KA 3GKAA 3W07A 4NJHA 3A9IA 4PODA 5CSRA 4MKNA 3BW4A 1QPQA 4UTJA 2O7QA 3TNOA 3RLVA 2A6LA 2FPTA 3CLMA 3NR0A 3PBYA 3EX4A 4TR9A 3QH2A 4AB4A 3LTYA 3QC3A 5D2WA 4NXSA 1TPC1 3HGOA 4GUJA 5CG7A 4I7UA 3LBCA 1W1ZA 3GK0A 3L65A 1SW3A 3NQDA 1G4PA 3LCFA 4XTDA 3KVJA 3GDLA 2GQ8A 1SO3A 1JJKA 1VCGA 3BGJA 3MI3A 5CSSA 1MO0A 1R30A 2OCZA 1B4EA 2V9DA 3L0NA 5K9XA 1RD5A 2X1UA 3QPZA 4OHQA 4YMZA 3S42A 3UWVA 1AG1O 2ZA1A 4QITA 4O17A 4M6PA 3W74A 3ZWTA 4LRTA 4XZ9A 3NQ7A 3OG3A 1C29A 2H3DA 3C2EA 2I14A 1NFBA 1NSJA 4M7TA 4LWWA 4NVTA 1YTEA 4JIPA 3DI0A 3SGZA 4JTIA 5CPNA 4ALDA 4Z1BA 3R5EA 3TJLA 3TJXA 5AC7A 4IMGA 1Q3NA 3W7NA 3P81A 5HR7A 2X30A 3TW7A 3M5YA 1W3TA 4AMAA 5LHEA 3IGSA 1HUVA 4RZ4A 3GKFA 1G4TA 1FCBA 3O15A 3VFLA 1K03A 3DFTA 5CZ0A 3CTLA 3T55A 1FWNA 1Q6QA 2H6RA 3LXCA 3W7OA 2ZZ2A 1QWGA 5AHIA 3NOEA 3LHYA 3IIZA 4PA8A 3LCGA 3TDFA 2QJGA 3LOTA 3WK0A 1OHLA 3HGRA 1G69A 4WY0F 1PIIA 3W2JA 1PV8A 2ZRWA 2V2CA 4ZQPA 3UWUA 3HMJG 4ADTA 3Q2DA 3O6CA 3CC1A 4O11A 1XBZA 4A29A 1OK6A 3HPXA 1PHQA 2ATSA 3F1QA 4UFHA 5K7JA 2NUXA 4U28A 3EWWA 4G1KA 4AF0B 4IMDA 1TTJA 4GE8A 3E02A 3BGGA 3PWAA 2DJXA 3GXTA 1KLZA 2FDSA 4JDBA 4FIRA 3O8AA 5F1VA 4FO4A 4NUWA 3WFAA 3MP3A 3HGSA 2B4GA 2Y88A 3T78A 3RMJA 1FQ0A 4ZMGA 1Q6RA 3T44A 4NJKA 4O13A 5U4NA 4S1FA 1GG0A 3W1NA 1AK5A 3MUXA 5CPLA 3TFCA 4UTIA 5EKYA 3W7DA 4NZJA 4N02A 1QFEA 2NX1A 1HL2A 5HNRA 3TMLA 3L9CA 1D3HA 2X16A 3DAQA 1H50A 2Z6IA 3CB8A 1L6WA 3LLDA 4FNSA 1F73A 3GNDA 5D2XA 1IIGA 5G1TA 3OVRA 1UASA 4YL2A 5D30A 3GDTA 4OGZA 4EIVA 3ELFA 3ATZA 1H63A 1Q6LA 3PB0A 1Z41A 3L66A 4K6AA 3BPWA 3OEXA 3PR2A 2BLEA 3W7CA 3IIVA 4R33A 1LBLA 3QF0A 4ML9A 5AC8A 4UFMA 4DF2A 4HNNA 1XL9A 3L0GA 3B06A 2YX0A 1TQXA 3JRKA 3W85A 1RV8A 4NZFA 3W7EA 1WOAA 2HS6A 4CNOA 3AO0A 4N9CA 4JX5A 4Z1DA 4I7WA 1JR1A 4LVAA 3EX1A 3L2IA 4JEQA 3C2FA 4WOQA 5G4EA 2DZXA 1EUNA 2B7OA 1SPQA 1TV8A 4TO8A 3CM4A 4S2BA 3R13A 1ZENA 3KX6A 4BF9A 1SQ7A 2YZRA 2NLIA 1J2WA 2HMCA 3G1SA 3KRZA 3SECA 4ZQOA 1GEQA 3TAOA 4AHOA 3PB2A 1VZWA 2CLOA 3QW3A 2VEPA 4ICNA 5GVJA 1ZY9A 2H8ZA 1A5AA 2VFHA 1YXYA 2JKAA 1ME9A 4RLIA 4GNJA 1DVJA 5HINA 3IIPA 4M19A 5U7SA 3SI9A 1S3HA 2C15A 5F1UA 1KM0A 3W2MA 1S5TA 3TX9A 3PULA 1LLWA 3UPBA 2Z1BA 4HT3A 5HR6A 3H53A 3RF9A 4N6FA 1KFCA 4LOCA 5LKYA 2JKEA 2A7PA 4QAIA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2Z1BA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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