2Z1SA

Beta-glucosidase b from paenibacillus polymyxa complexed with cellotetraose
Total Genus 164
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
164
sequence length
445
structure length
445
Chain Sequence
NTFIFPATFMWGTSTSSYQIEGGTDEGGRTPSIWDTFCQIPGKVIGGDCGDVACDHFHHFKEDVQLMKQLGFLHYRFSVAWPRIMPAAGIINEEGLLFYEHLLDEIELAGLIPMLTLYHWDLPQWIEDEGGWTQRETIQHFKTYASVIMDRFGERINWWNTINEPYCASILGYGTGEHAPGHENWREAFTAAHHILMCHGIASNLHKEKGLTGKIGITLNMEHVDAASERPEDVAAAIRRDGFINRWFAEPLFNGKYPEDMVEWYGTYLNGLDFVQPGDMELIQQPGDFLGINYYTRSIIRSTNDASLLQVEQVHMEEPVTDMGWEIHPESFYKLLTRIEKDFSKGLPILITENGAAMRDELVNGQIEDTGRQRYIEEHLKACHRFIEEGGQLKGYFVWSFLDNFEWAWGYSKRFGIVHINYETQERTPKQSALWFKQMMAKNGF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structures of Paenibacillus polymyxa beta-Glucosidase B Complexes Reveal the Molecular Basis of Substrate Specificity and Give New Insights into the Catalytic Machinery of Family I Glycosidases
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-glucosidase B
molecule tags Hydrolase
source organism Paenibacillus polymyxa
total genus 164
structure length 445
sequence length 445
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2007-05-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2z1sA00
1B3YA 1J10A 3AIQA 4MNLA 2EEXA 1C8YA 4WLCA 4CD6A 2CKSA 2ZUUA 1M01A 4YHEA 2WPGA 4PCTA 2GSJA 2BY2A 3WF1A 4DUXA 3EDKA 1QI3A 4AEEA 4F9DA 2YLLA 1JI2A 2W92A 4DM1A 3LPFA 2XWDA 4W88A 1V3LA 1OGGA 1JD7A 1MW2A 2DGAA 2J7HA 1V3KA 3TTSA 3VINA 3WNNA 4ATLA 1OM0A 3WDQA 4GO8A 3I3DA 4ZXLA 1MYRA 3ARPA 3IAPA 2J79A 3MS8A 5HPOA 1OD0A 3U5UA 5EFFA 1ESWA 4CN6A 4PMZA 4K68A 3NSNA 5BXSA 2G8ZA 4L4PA 1AQMA 4NRSA 3SCTA 3WY1A 5BROA 3KL3A 3M07A 1LWJA 2WMHA 1E6RA 4FLSA 3N04A 1ODUA 1TZ7A 4QFUA 3PZNA 3L4ZA 3VGFA 1B30A 4JAWA 1Y7VA 1PIFA 2J62A 4BF7A 2YL6A 3L2LA 3VGDA 3RM9A 8A3HA 3SCNA 4U3AA 2O92A 1FP8A 4WSJA 4UQCA 2JALA 3WENA 4CD5A 4E4PA 4LPCA 3AS3A 4W7VA 4QLLA 1XSKA 4U2YA 2QLYA 3MSDA 1C7SA 5CGMA 1BLIA 4J3WA 2CKRA 2AMGA 2ZX8A 4YN5A 3N15A 1BG9A 2EPMX 3ARZA 1BYCA 2BY3A 3QOMA 1CENA 3CHFA 3UERA 5A95A 2DT3A 4B9YA 4HOXA 2WK2A 4HOZA 3CHEA 1KQYA 1EGZA 6A3HA 1BGGA 1VENA 4JCMA 1TMQA 2VZSA 2A3CA 2YL9A 4B3KA 1EA9C 1JZ3A 3BAKA 4MJ2A 3UEQA 1HKKA 2PWEA 3BAWA 3AIRA 3M6DA 4GO9A 2E9LA 1WPCA 3RJYA 2DSWA 1EQPA 2IXUA 3OZOA 3NSXA 5GPRA 1J0YA 2OYMA 4RE4A 3WQ4A 1US3A 1CECA 1V0NA 2DSKA 3W82A 4HZ6A 1DWJM 3MU7A 2PWHA 1J18A 4FLQA 5CGTA 1WB0A 1B90A 5FOOA 1XH0A 3KEHA 3UESA 3VIFA 1ZS2A 1GOQA 1UG6A 1JZ5A 4W5UA 3WQVA 2XWEA 1WZLA 2BVYA 5CLWA 1CIUA 1PZ3A 5AYBA 4YPJA 2GJXB 4HPGA 1KFWA 1VRXA 3BSHA 2RGLA 2X09A 1E40A 1ITXA 3CLWA 2WSPA 2X1IA 3VD4A 1HP4A 4HU8A 3BC9A 3KL5A 1WO2A 1JZ6A 1VEOA 2FDMA 1UR2A 2CBUA 5D4YA 4E8CA 1JXKA 1ITCA 1GQIA 1J9YA 3PZGA 1VAHA 1E15A 5D9PA 3VIOA 2W5FA 3SCQA 3WIJA 1MQRA 2BY1A 3L4VA 3THDA 4AW7A 1OCQA 5A6BD 2Y2WA 1J11A 1OIMA 4D6CA 1WP6A 1KBBA 1EQCA 5BXPA 4GXPA 3G6LA 4BQ2A 1QI0A 1HP5A 1TE1A 4H7VA 1G9HA 1HKJA 3CMJA 1NH6A 1NP0A 3WELA 2YDSA 3O9NA 1KR0A 1J0IA 1W9DM 1B3ZA 3TOPA 2YDQA 3IK2A 3CUFA 1XYZA 5CPSA 5D8WA 3OLIA 3N18A 5FCZA 3OBAA 3VIHA 1KBKA 1GHRA 4JFUA 4UQBA 6TAAA 3BAYA 5A94A 3IAQA 1CXFA 1FP9A 4J3SA 1B3WA 1QHPA 3VD3A 1CLVA 2VZOA 1G0CA 4OOZA 4CU7A 4A3YA 1SMDA 4AD2A 3OGVA 3QHNA 1W9XA 3T0BA 3OZPA 4P7RA 3ZM8A 4HA4A 5IXEA 3ZMRA 1UA3A 4KMQA 5FL0A 1JF6A 3WQ5A 1PX8A 5FL1A 3SCPA 3TA9A 4M82A 3ZT6A 3RPMA 2QF8A 1CXIA 2OYKA 3AS0A 3N9KA 5BCAA 3AZRA 3SCSA 5FIPA 2O9RA 2A3EA 4JKLA 2CHOA 1HKIA 4JFSA 4JFWA 3W28A 1KCLA 3ZJ8A 4AMCA 2C7FA 4TX8A 4KGLA 1QI2A 2BVDA 4L4OA 2YL5A 1QNQA 1YHTA 1E4NA 3BGAA 3PTQA 2YOCA 1WDPA 1D3CA 1C8XA 2EPLX 3HN3A 4J27A 1MWOA 4E8DA 3W6LA 1PPIA 5A6BA 1BYAA 1GOIA 1V6XA 2CYGA 2XGBA 5I77A 4IUGA 3T2QA 2W91A 4EE9A 1C91A 4LGXA 3T08A 3VMPA 4KGJA 4Z2LA 3ZQ9A 2FGZA 1MXGA 4W8BA 4GIAA 1W9UA 3DC0A 1SR0A 3OGSA 2WVVB 4AZ6A 3WNOA 1GZJA 2GUYA 2OWCA 3CGTA 5LA2A 4GQRA 2ZX7A 3BSGA 4OIFA 2VX4A 1NP2A 1KGUA 4DWSD 3LPGA 5CZKA 1MW3A 3ZR6A 2C0HA 4BCEA 5FD0A 4H41A 4PUDA 4ZXOA 3WNLA 3WDIA 1TR1A 4GZIA 5TD4A 1QNOA 5DFAA 2GVYA 2WVTA 1CGXA 5E09A 1V6VA 1JDDA 2W66A 3N17A 3VD9A 1XGZA 4X0VA 4PSPA 5C71A 2ZUMA 3BCFA 1KB3A 2JEPA 3IJ8A 3PZQA 2OLHA 4PMVA 4NF7A 5FKYA 2J8GA 3WUEA 1BAGA 5D8ZA 1C7TA 1UWSA 3W24A 2E0PA 2J7CA 4P7LA 3WL1A 5A6KA 4AD5A 5M17A 1JI1A 2JFEX 2VCCA 1E72M 3U5YA 1JGIA 2EBNA 1BTCA 2F2HA 4W93A 1E1EA 2NSXA 1F4HA 3WQ6A 3APGA 4KRTA 3SUVA 3ARSA 7A3HA 2DIEA 2WAGA 2X8RA 1JAKA 1E3ZA 3EMCA 3UETA 3MUAA 2WHMA 2WANA 1E6XM 4WKFA 1KGXA 1UD8A 1VBUA 1XD0A 4D6FA 5JIPA 6CGTA 3SEPA 4TTUA 5I2UA 1XHGA 1E0WA 3ZJ7A 4C7FA 1C92A 2QMKA 3W53A 2NT1A 3FN9A 3U57A 3CZJA 3AHZA 1JZ7A 2QPUA 4AYSA 4YHGA 1JF5A 4AISA 4QCFA 3VIKA 1B31A 3AOFA 1E6QM 2J25A 4D1JA 4MADA 1VEMA 2VQUA 4DWSA 1GJWA 1H11A 4ML4A 1GQKA 5DT7A 1BPLB 4EANA 2VR5A 2XJ7A 3OA5A 3ZSTA 1UZ4A 1H2JA 1VFMA 2WC3A 5CQ1A 5EFDA 3VM5A 2WW5A 4HA1A 4AZHA 4QLJA 3WF0A 4UFMA 4V28A 2EXOA 4C7DA 2GJPA 1LQ0A 5BRQA 2JE8A 3FHAA 3T2OA 4U2ZA 1GOKA 1GUVA 1UR1A 4CCDA 4FF5A 1BSIA 2WMKA 3MMDA 3AIVA 2BXYA 1FOBA 1LF1A 1JNEA 1ZU8A 1NQ6A 4GZEA 4XUYA 2ZICA 3WD1A 1DWAM 3BMWA 1I1XA 3SIMA 3PZVA 4Z2KA 3WF4A 1TA3B 2OWXA 3CZGA 3MUY1 5A8PA 1H4PA 4R5EA 1E4LA 4HMDA 5HXMA 1JYWA 1KXQA 2PC8A 4A4AA 3PZ9A 5EMYA 3VDCA 3VILA 1DHKA 3RIKA 5EB8A 5I0DA 3WDPP 5IHSA 5A6AA 1UA7A 1K9EA 2GK1B 2V3FA 1NOFA 2VZUA 3VVGA 1HXJA 3M46A 5ABFB 3GXIA 1R8LA 2J8FA 1FH8A 3BAIA 3OLGA 4W86A 5I6SA 3AHXA 2EO7A 3ZSSA 1QOXA 2CEQA 3CIVA 2VTFA 4QLKA 5JBEA 5GQBA 3DECA 1PAMA 4IISA 3IANA 5BYWA 1C8QA 1HVQA 4UR9A 4NSBA 3ARYA 2WKLA 3PN8A 4JHOA 2OWWA 3S2CA 3VU2A 4M29A 4R27A 4UFLA 3VOCA 4FLRA 3VPLA 2XFFA 2WZEA 1EO7A 3KE0A 3U7BA 4U31A 1CEOA 4D6HA 3WF3A 5AC5A 1XSIA 3L4WA 4P7QA 1UD6A 3CUIA 3GH7A 2J7BA 3QHMA 4UOZA 4EK7A 1OBAA 2YBUA 1ZBWA 5A1AA 5HPCA 2WSKA 4U5KA 4GPNA 4HZ8A 1UUQA 4LYQA 1VF8A 2WHKA 1H41A 2Y8VA 3WL0A 1QPKA 4UNIA 4B15A 1FHDA 1UWRA 4PYSA 1QW8A 1ODZA 2XGIA 1QBAA 1GPFA 4U33A 1UH4A 1E4MM 1H1NA 2A3HA 3NIYA 1WCGA 3ZIZA 3N13A 2WMGA 5DO8A 5C8BB 4AC1X 3K4DA 1E56A 2WVSA 3WEOA 3W0KA 1XH1A 4PUEA 1KXVA 4TOQA 3A4WA 2WM0A 1CDGA 1BYDA 1UQYA 4S3KA 4ACZB 3SCWA 4HU0A 2ZUNA 2W62A 4UQ9A 1J0JA 4PMUA 1RP9A 1AMYA 2CNCA 5GNYA 5BXRA 4TVUA 3AZSA 2UY4A 4CD7A 5JBFA 4HA3A 3DHUA 2YKKA 4AIOA 4J3UA 1CZ1A 4PMQA 1MFVA 4BS0A 4H8VA 5HNNA 2DSUA 4W89A 1E4IA 3L4XA 4HMCA 4CD8A 4M81A 1JDCA 1WKYA 3WF2A 3ZJ6A 4AD3A 2WMIA 4UOQA 1QI4A 3WH9A 5CG0A 1IZKA 4MDOA 4TX6A 1MW0A 1V3HA 3WMBA 1CXLA 3MUIA 1KWGA 3GDBA 2XTKA 1EHAA 1FHLA 3VTRA 1ZBKA 1M53A 4KRUA 4GKLA 2G41A 4W8LA 3WEZA 1J01A 2FHBA 1EOMA 3A47A 4HOWA 4UCFA 2YA0A 4HMEA 1UH2A 4ZEPA 1Q6DA 3LPPA 1VFOA 5LA1A 1E73M 3K8KA 1LWHA 1O7AA 4C7GA 1W2VA 1WZKA 2CETA 3ARUA 1W91A 1HIZA 1D7FA 1WE5A 1CTNA 2J7GA 3W27A 2YL8A 1R86A 2YJQA 1NWUA 1NWTA 1JYXA 1JZ2A 1V3IA 4AD4A 2ZIDA 5EBAA 3LMYA 3N11A 3NDZA 4MAZA 1K6AA 2QMJA 4AZCA 2CBIA 4BZYA 1PZ2A 2BHUA 1R7OA 1W3HA 3T2PA 5DF0A 4KH2A 3PTKA 2B31A 2UY5A 2ZWYA 1JL8A 2PB1A 3SURA 2O9PA 1JD9A 1W3LA 3A3HA 3WH5A 3HMCA 3WH6A 2VQTA 4GZJA 1QNPA 1KGWA 3AHVA 2WBKA 3GBDA 4JCLA 1RD6A 2WKGA 3WD2A 2PWDA 4HZ7A 3VX1A 2YDRA 3AI0A 1UWQA 1WZAA 3OGRA 1Q6FA 3UG4A 3GH4A 1C3FA 3B9EA 1BQCA 2CHNA 2FGLA 1NOUA 1DWFM 1XV8A 4LX4A 2D0GA 1UHVA 1HJSA 2VX7A 2XVKA 3J7HA 5CXPA 2DPEA 4UTFA 3CZLA 2ZUVA 1NM9A 3WMCA 5ABEA 1QVBA 1MQPA 4P8UA 1V6UA 2WYSA 3K8MA 3WSUA 1A3HA 1B0IA 2GJRA 1UWIA 1ZBCA 4J3TA 3UG5A 2WCAA 3SUUA 3AROA 2V5DA 4JZ5A 1ISZA 1BYBA 3AXHA 1UOKA 4PMRA 1TG7A 5E70A 3GZAA 3L4YA 3MV01 2BHYA 3BLKA 4LYPA 2GDUA 2X0HA 2WVUA 4M56A 1NWRA 4QCEA 5GNZA 2G3JA 1BGAA 3AIWA 3T0AA 2CERA 2QV4A 3ALGA 5HOSA 2JEQA 2PWFA 3F5JA 4AY1A 1CBGA 2VL4A 3NUKA 4UFJA 9CGTA 1E1FA 5CLTA 3OLDA 3VGHA 3VD7A 1PEZA 3CHDA 1AQHA 2BFGA 3WD4A 3EMZA 1B1YA 3GH5A 5DT5A 1E55A 1JFHA 4QDMA 1ZJAA 2WCSA 2VOTA 1ZB5A 4RE3A 1HL9A 4UZUA 2VT0A 2XPKA 3NSMA 3E1F1 4J3VA 2EPOA 4J7RA 1UWUA 2YA1A 1E6NA 1ZJBA 3WBEA 1UD4A 1N82A 1EXPA 5KZ6A 3WNPA 1B3VA 1UZ1A 4E2OA 4CN4A 7CGTA 2IUZA 1TUXA 2G3IA 3PTMA 2UY3A 1EOKA 3D3AA 5BWFA 3AXIA 4UOJA 3MO4A 1C90A 1W3JA 3AYSA 4F66A 3FW6A 3SCVA 1V08A 1L0PA 1EIBA 1HX0A 3ZOAA 2XVNA 3U7VA 2Y5EA 4PMNA 1OD8A 4QP0A 2FHCA 2D2OA 2GFTA 3D5HA 3ARRA 2D24A 3F5LA 1G01A 3ARQA 4D6GA 3VIIA 4DUVA 4CGTA 3W29A 1DWHM 4PMDA 1JYNA 3VNZA 4MNMA 2DDXA 3EDDA 3POHA 3S6TA 2DIJA 4J3XA 4PSRA 7TAAA 3HJEA 2J75A 1JZ4A 1JNDA 5E6ZA 3CBWA 1H49A 2VRJA 5A6JA 2VZVA 1E0VA 1UKSA 3AISA 3MMUA 4A3HA 1KXTA 3N12A 1X1NA 3II1A 5I23A 1E71M 1BVZA 3ALFA 4OUEA 3WFLA 2ZXAA 4TXEA 3UCQA 4CCEA 2ESCA 4Z2IA 4B9ZA 2NT0A 3DYMA 3WH7A 3ARXA 1V3JA 3RCNA 2DH3A 4UFKA 3OB8A 4AZ7A 1WAWA 4BQ5A 5CPTA 3W6MA 3PZTA 3EDFA 2F61A 4ZE5A 4DM2A 2XFRA 4JFVA 1VIWA 3FNDA 2UY2A 3VDBA 3N1AA 3QHOA 4B16A 2V3EA 4UFHA 2WNWA 3KL0A 5JBDA 3GXDA 2ZX9A 2G3NA 2XFYA 2J7FA 1PBGA 2CESA 3WUFA 2HISA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1B3Y A;  1J10 A;  3AIQ A;  4MNL A;  2EEX A;  1C8Y A;  4WLC A;  4CD6 A;  2CKS A;  2ZUU A;  1M01 A;  4YHE A;  2WPG A;  4PCT A;  2GSJ A;  2BY2 A;  3WF1 A;  4DUX A;  3EDK A;  1QI3 A;  4AEE A;  4F9D A;  2YLL A;  1JI2 A;  2W92 A;  4DM1 A;  3LPF A;  2XWD A;  4W88 A;  1V3L A;  1OGG A;  1JD7 A;  1MW2 A;  2DGA A;  2J7H A;  1V3K A;  3TTS A;  3VIN A;  3WNN A;  4ATL A;  1OM0 A;  3WDQ A;  4GO8 A;  3I3D A;  4ZXL A;  1MYR A;  3ARP A;  3IAP A;  2J79 A;  3MS8 A;  5HPO A;  1OD0 A;  3U5U A;  5EFF A;  1ESW A;  4CN6 A;  4PMZ A;  4K68 A;  3NSN A;  5BXS A;  2G8Z A;  4L4P A;  1AQM A;  4NRS A;  3SCT A;  3WY1 A;  5BRO A;  3KL3 A;  3M07 A;  1LWJ A;  2WMH A;  1E6R A;  4FLS A;  3N04 A;  1ODU A;  1TZ7 A;  4QFU A;  3PZN A;  3L4Z A;  3VGF A;  1B30 A;  4JAW A;  1Y7V A;  1PIF A;  2J62 A;  4BF7 A;  2YL6 A;  3L2L A;  3VGD A;  3RM9 A;  8A3H A;  3SCN A;  4U3A A;  2O92 A;  1FP8 A;  4WSJ A;  4UQC A;  2JAL A;  3WEN A;  4CD5 A;  4E4P A;  4LPC A;  3AS3 A;  4W7V A;  4QLL A;  1XSK A;  4U2Y A;  2QLY A;  3MSD A;  1C7S A;  5CGM A;  1BLI A;  4J3W A;  2CKR A;  2AMG A;  2ZX8 A;  4YN5 A;  3N15 A;  1BG9 A;  2EPM X;  3ARZ A;  1BYC A;  2BY3 A;  3QOM A;  1CEN A;  3CHF A;  3UER A;  5A95 A;  2DT3 A;  4B9Y A;  4HOX A;  2WK2 A;  4HOZ A;  3CHE A;  1KQY A;  1EGZ A;  6A3H A;  1BGG A;  1VEN A;  4JCM A;  1TMQ A;  2VZS A;  2A3C A;  2YL9 A;  4B3K A;  1EA9 C;  1JZ3 A;  3BAK A;  4MJ2 A;  3UEQ A;  1HKK A;  2PWE A;  3BAW A;  3AIR A;  3M6D A;  4GO9 A;  2E9L A;  1WPC A;  3RJY A;  2DSW A;  1EQP A;  2IXU A;  3OZO A;  3NSX A;  5GPR A;  1J0Y A;  2OYM A;  4RE4 A;  3WQ4 A;  1US3 A;  1CEC A;  1V0N A;  2DSK A;  3W82 A;  4HZ6 A;  1DWJ M;  3MU7 A;  2PWH A;  1J18 A;  4FLQ A;  5CGT A;  1WB0 A;  1B90 A;  5FOO A;  1XH0 A;  3KEH A;  3UES A;  3VIF A;  1ZS2 A;  1GOQ A;  1UG6 A;  1JZ5 A;  4W5U A;  3WQV A;  2XWE A;  1WZL A;  2BVY A;  5CLW A;  1CIU A;  1PZ3 A;  5AYB A;  4YPJ A;  2GJX B;  4HPG A;  1KFW A;  1VRX A;  3BSH A;  2RGL A;  2X09 A;  1E40 A;  1ITX A;  3CLW A;  2WSP A;  2X1I A;  3VD4 A;  1HP4 A;  4HU8 A;  3BC9 A;  3KL5 A;  1WO2 A;  1JZ6 A;  1VEO A;  2FDM A;  1UR2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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