2Z2UA

Crystal structure of archaeal tyw1
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
311
structure length
279
Chain Sequence
MIPEEIYKILRKQRYQIDGHTAVKLCGWVRKKMLEDKNCYKSKFYGIETHRCIQCTPSVIWCQQNSQIKEPKWEEPEVVYEKILAMHKRIIMGYAGVLDRVGEKKFKEALEPKHVAISLSGEPTLYPYLDELIKIFHKNGFTTFVVSNGILTDVIEKIEPTQLYISLDAYDLDSYGGKKEYWESILNTLDILKEKKRTCIRTTLIRGYNDDILKFVELYERADVHFIELKSYMDMLQHDEILKLAKMLDENSSYKLIDDSEDSRVALLQNENRKINPKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of the Radical SAM Enzyme Catalyzing Tricyclic Modified Base Formation in tRNA
pubmed doi rcsb
molecule keywords UPF0026 protein MJ0257
molecule tags Metal binding protein
source organism Methanocaldococcus jannaschii
total genus 103
structure length 279
sequence length 311
ec nomenclature ec 4.1.3.44: tRNA 4-demethylwyosine synthase (AdoMet-dependent).
pdb deposition date 2007-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04055 Radical_SAM Radical SAM superfamily
A PF08608 Wyosine_form Wyosine base formation
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2z2uA00
4YCOA 1PCKA 2G95A 2QCDB 4NX5A 3PF3A 1V7YA 1JCMP 4UR7A 1TPEA 1JULA 3W7CA 3CQ0A 3EX6A 3L0KA 3RMJA 3ZS4A 3W7PA 4HSNA 3SJ3A 1LRTA 1H7WA 4Z1BA 2TYSA 2E09A 3WK3A 5F4XA 2PCQA 4A22A 2EGZA 2NXIA 1A5BA 3SGUA 2HSAA 3NDOA 2TSYA 1KBIA 1OF8A 1LBFA 2VXNA 2ZRXA 3I7QA 2QF7A 3ZR4A 3G1VA 3C2VA 1Y0EA 1VGAA 4UCGA 2ALDA 3GB6A 4JGDA 3GX9A 1YTEA 1H5YA 1LRNA 4GE8A 1TIMA 5CSSA 2YR1A 3ABQA 2DZXA 4NVTA 3RNDA 4LC8A 1W31A 3I7SA 2B0MA 5DY2A 1B3OA 2DP3A 4XWUA 3B04A 4HKPA 5IBXA 3BO9A 4Y9AA 3SIZA 4O0ZA 2Y89A 3SZ8A 3TJXA 2YCEA 4HSOA 1SQ7A 3PUDA 8TIMA 1S5WA 3FJLA 3LERA 3FKRA 2QUTA 2ISWA 4WXYA 1TPVA 3I65A 3KOFA 2FPVA 4MKNA 3PBUA 3E0IA 4UTTC 4ONVA 4O18A 1OG0A 2PURA 4AWSA 1XBXA 1N7KA 1K3UA 2VFHA 5G1TA 1KW1A 4MYAA 2D73A 4AHOA 3IEBA 1W56A 1BKSA 1F5ZA 1QPQA 3W71A 1GWJA 1NFBA 3CIXA 3DXIA 3PBVA 5HQEA 2RFGA 4NJHA 3C2EA 1ME9A 4RK8A 3OVRA 4OHQA 3NYZA 4ADSA 5D38A 3P74A 3H54A 1OFDA 1I4NA 1MEHA 1Z41A 2E6YA 3SI9A 3DAQA 3G0XA 4DO4A 2ZZ3A 5TIMA 4IMFA 2ZYFA 4I7WA 3HMJG 5CPNA 1FWRA 2C18A 3QSTA 3WK2A 3P80A 1EIXA 5DBTA 1EWEA 1W3IA 3GNDA 3O6CA 5G5IA 4JX5A 5GVJA 3W2LA 3PSVA 4NJIA 4IUOA 3MP4A 5HWNA 4MFDA 2WJZA 5D05A 2RKXA 2H8ZA 3IIVA 2X1RA 4NXSA 4WUIA 3O06A 3PR2A 4ZVJA 2FPTA 1VYRA 3WJYA 3O1NA 3QM3A 2CLLA 1SO6A 4EWND 4FHAA 5BRBA 1IIHA 1SW0A 2VFFA 3KVLA 3NQ6A 3WJWA 1OABA 1TPFA 2R14A 3W7LA 1U83A 1VHNA 3PG8A 1L6SA 4WY0F 4DQWA 3GR7A 4X22A 2WO5A 3EXSA 4FNTA 1JUKA 2DZUA 1QCWA 3TMQA 3N34A 4GUIA 3LHYA 1VCFA 2ZZ2A 3G1XA 4UXDA 4HPJA 1AMKA 2NV2A 3ABSA 3QF0A 3QMTA 3T4CA 2I14A 3TW6A 4ZQCA 3TNOA 5BNKA 2QJHA 4GNJA 1LTDA 3RLVA 3P62A 3IIXA 1VCGA 3EEGA 2I9EA 4DF0A 4RXGA 3DKJA 5AHLA 5G2HA 4M6PA 5AN7A 4LS0A 3TSDA 1Z44A 2YYTA 4JIPA 1EWDA 4HT3A 1FWNA 5KZEA 1PS9A 3HG2A 4M7TA 4HNTA 4UTWA 5LZLA 3IVTA 3IIOA 2NWSA 2OMAA 1WXJA 1F2JA 5I3KA 4ML9A 4MLJA 4RZ4A 2QCLA 4OGZA 5D30A 1AL7A 5EPDA 5KZDA 1FCUA 2BXVA 3TQKA 1TV8A 1TQXA 3FA5A 3LTYA 4CNNA 4Q4KA 1SO3A 3DI1A 1TJPA 1U5JA 3STCA 3KHJA 4R7JA 3LCLA 3W2NA 3QYQA 3IGXA 3I68A 2V9DA 5CZSA 4A2RA 3LM7A 2VFEA 3M44A 3UPBA 3HJZA 3LV5A 1VR6A 1O5XA 3W76A 4NXKA 1OJXA 2QCHA 2H90A 3GNNA 4KFOA 4JTLA 3LI0A 4R33A 3W87A 2YFOA 1EX5A 4CNPA 1WOAA 4TX9A 1P1XA 1KLZA 1SZFA 1W3NA 2H3DA 5TBOA 4IPIA 2Y85A 1L2UA 4O1AA 2E6FA 2FDSA 3BG9A 3DFNA 1FCVA 5CKSA 3DZ1A 5DN1A 2CLFA 1TTPA 4GC4A 1YADA 2AQWA 1JCJA 1ZAIA 3GKFA 3G1FA 3EX3A 1O5KA 4IWWA 1WAUA 3UPWA 3N19B 2QCNA 4WXZA 2YSWA 4QITA 3DH7A 2PRHA 4FO4A 3KRZA 4Y8FA 3W2KA 4ALDA 4C1KA 3VKJA 3VNDA 1QO5A 1JCYA 3LLFA 1K03A 3DBPA 2A5HA 3O6YX 3NAVA 1HL2A 2WNZA 5I3HA 2V2DA 3V75A 3P7YA 2WOQA 1F7BA 1HFBA 4JTFA 4LU0A 2B7NA 4ZQOA 3A21A 4A21A 1T8XA 1SFJA 3WFAA 5I3GA 3ABOA 4UFKA 3B0PA 3BARA 5FF3A 1G4EA 4D2JA 5K9DA 3UNDA 2ATSA 4AHPA 5HNRA 3OVPA 4Z1CA 2XN0A 3LHVA 4FNRA 2WSYA 1EUAA 1H60A 1R47A 1PHWA 4UR8A 3DFOA 3TE9A 4DPPA 4NQ1A 3PM6A 1VYSX 1RQHA 3HO8A 1ME8A 2JKAA 4FX8A 3NQ8A 4LRSA 5K9XA 4S1FA 3NPUA 5EKYA 2TPSA 5HWMA 3JS3A 4AWUA 2YPIA 1VHCA 4UTKA 2YGYA 1IGSA 4M6VA 3FJ6A 4W9TA 2J6XA 3W74A 3NQVA 5FF0A 1AG1O 2QUUA 2JGQA 3ATZA 3YPIA 1P4CA 3DHFA 1B57A 1YPIA 3RLUA 3C61A 4TMCA 4N4PA 1R2TA 4GUHA 4NUWA 2NZLA 4JTHA 5AHEA 4JTSA 1G69A 1JR1A 1LOQA 1QPNA 2DU2A 3KVMA 5G1YA 1K7FA 4E38A 1ML1A 1L6YA 3QW4B 2EPHA 2OZ0A 4ZQPA 3P8IA 3QFEA 1TV7A 3OIXA 1C29A 3Q58A 3LI1A 1LOLA 4NNBA 5BMXA 2YFNA 6ALDA 4JXCA 4JTTA 3MJYA 3LOTA 2X16A 4UMAA 3EX4A 3GDKA 4JICA 4OQVA 4DF1A 2CZFA 3S1UA 3INPA 3U8GA 1ME7A 1EPXA 3UY7A 2GQ8A 3B0UX 2CZ5A 4DO6A 4PTNA 2TRSA 4FIRA 4LOCA 3NQFA 1YDOA 4LNYA 2PE4A 3P81A 1TPUA 4RZ5A 4TMBA 5CPOA 2BLEA 2GVLA 1TTIA 4YWIA 1R30A 4U4MA 5DELA 1WX0A 2NUYA 2C13A 3C8FA 4K6AA 3HGSA 4IMCA 3F4NA 2R8WA 5F1UA 2A7PA 4JY8A 1HUVA 4YMZA 5L6UA 4HNUA 5DCDA 2V5LA 2ABAA 2V0TA 2ISSA 1JCLA 1SW3A 4IOTA 1RR2A 1IF2A 3GDRA 4X3ZA 5K9CA 2Y6ZA 4JR5A 3TW7A 4DBEA 3NG3A 2QKFA 3W2UA 1KTCA 3NQGA 1LP6A 4RZ6A 3BG3A 3TU9A 5AC7A 4BK9A 5IBXC 3CEUA 3S1WA 2C1HA 1G4PA 2ZZ6A 3LCFA 1FWWA 4AWTA 2X30A 3P61A 1QR7A 2OX1A 5L9FA 5CZJA 3M5VA 1I2QA 5CPLA 1KFBA 1O60A 3N14A 5LSMA 4O8RA 4XBKA 4K7YA 3D0CA 2C6QA 3LLDA 1SZNA 2ZA1A 2E68A 4JTIA 3GZ3A 3S9YA 5HINA 3LCXA 4UNLA 2ZDRA 1QPOA 1SR9A 4MIMA 2ZRYA 3C6CA 3K30A 1IXOA 3QPYA 3EB2A 4UC5A 3LBCA 2Z2UA 1NF7A 1I8JA 3LGEA 2NV1A 4EOUA 3CC1A 3THAA 5HMSA 1B4EA 2FIQA 3C4UA 1W5QA 4UTIA 1SU5A 3A9IA 2GQ9A 4BI7A 4MOZA 2A0NA 3T55A 2RH9A 3TC6A 4QM1A 1W5PA 2ZZ4A 3GAKA 2C15A 4OT7A 3UWYA 5KINA 5DCEA 2ZRZA 3DFSA 3CM4A 4C1LA 3W6YA 1Q6QA 4UFIA 1JQVA 3NPXA 1CW2A 3QEZA 5HUPA 1SW7A 3Q94A 1MEWA 3WK0A 3NQ2A 2YW3A 4K7VA 5HR6A 1X8FA 3EWWA 4MLRA 1TPB1 3TKFA 1XC4A 3UY8A 1XM3A 3NGJA 1EEPA 3VI2A 1PL9A 2ZBTA 4RJEA 1TV5A 4QQ3A 1GZGA 1OX6A 4IX0A 1UUOA 5AHIA 2FLIA 3STEA 3WJSA 2QAPA 4O16A 3TMLA 3CIWA 3E49A 1OX4B 3BVJA 2Z0IA 4OWGA 3PAJA 4UFMA 1WOBA 4JYFA 3W7MA 3TV8A 3W1RA 1GVFA 1KM3A 3NR0A 5G4EA 4N9BA 5I3IA 4P2VA 1TYGA 1DOSA 4O12A 3LDVA 3MYPA 3LCWA 2YYUA 1TCDA 2JBMA 2FQIA 3OEXA 1OX5A 1GYNA 4P61A 1QOPA 4ORMA 4UTLA 4QJ1A 1YPFA 4DO5A 2A7NA 2NLIA 3F1QA 1FQ0A 4FF7A 3G0UA 5LNUA 4WZHA 3DKLA 2A7RA 1DQWA 3NEVA 5DXYA 1C8VA 2GVJA 4N4QA 1Q6LA 3KFTA 1K8XA 1KBJA 4O4VA 4B5NA 4MJMA 1F05A 1CI1A 2J88A 3O8AA 3EKLA 2ZRUA 3PVFA 1JUEA 1TB3A 4HNVA 4UTWC 2R91A 3C0JA 4O19A 3QSRA 1MEIA 1KV5A 2CLMA 3LV6A 4JYDA 3ZFHA 4ORIA 3DFQA 1YTKA 4IJBA 3W1PA 5D2XA 5KZMA 3FLUA 3NM1A 3A22A 5BW6A 3M5YA 4FX6M 3LHZA 3NL2A 1DQXA 1JUBA 3HOJA 2A4AA 5G4WA 2Y7GA 4QNWA 1X1ZA 3P5ZA 4NJGA 1P5BA 1W1ZA 2FFCA 4UFJA 2DZWA 1LBMA 1GVQA 4LV9A 4UTHA 5FEXA 1P0NA 3DGRA 2GPTA 3L68A 3TH6A 3I6RA 4FX7A 1QO2A 3W70A 4HN4A 1MO0A 4RCXA 3L2IA 2CLIA 5C54A 2JKEA 4GXMA 3RU6A 1LYXA 3HGRA 3GIYA 1THFD 2ZA2A 1LORA 1LZOA 1ZJIA 3G3DA 3MWAA 4Y6GA 3C56A 4ZZ9A 2E5CA 1H51A 3MW7A 4RR4A 3G1AA 3W7DA 1H50A 4FNQA 3W3OA 5I3FA 1XDMA 2H3BA 2NX9A 4N9DA 5EYWA 3FYOA 3FYPA 3O16A 2RDWA 2ZCGA 2CLKA 3KRUA 4BF9A 1VLWA 1GOXA 3QJAA 1X1OA 4X2RA 1EA0A 3OVQA 3NZ1A 3VE7A 1Q6RA 2J9ZA 1GEQA 4EVZA 4Z1DA 4E0CA 1OX4A 4DEFA 1KLYA 3M47A 3VCRA 1DV7A 1NVMA 3MBDA 4ADUA 1VLIA 4O11A 2EAWA 3PB2A 4JTKA 5HJLA 1ZAJA 4WY0B 4Q33A 2ATMA 4CQ9A 1B9BA 1FDJA 5E1QA 4FEZA 1RPXA 1WBHA 1I2NA 3ELFA 3M5XA 4GUGA 1AW5A 1QWGA 2QCEA 1VRDA 3EWZA 1BWKA 5CZ0A 2V5BA 2ZRWA 3QQ1A 3WJXA 2CW6A 1RD5A 4O0KA 1ZALA 4EIVA 3BK0A 5HULA 2NUXA 2CLHA 4O13A 2FB2A 2HTMA 3TXZA 1ICPA 2C19A 4FNSA 3M0ZA 4LV4A 3MP3A 2E6DA 4PC8A 4GFSA 3W23A 2ZA3A 2WNQA 4LRTA 3L66A 2WPBA 4MY9A 1H61A 3SR7A 1GTEA 3DFTA 4GUJA 1AW1A 2G97A 4JDBA 4Z0SA 1OF6A 3L0NA 1RZMA 3LCHA 1FY6A 2XN1A 2QCGA 1H1ZA 4H6KA 2V81A 3LXBA 5K2ZA 3SGZA 1VPXA 5FF2A 2GJNA 2P10A 4CCDA 2RHGA 3MI2A 4N02A 4YCPA 4AHQA 4XTDA 4CCEA 3QMRA 4GUFA 1W5OA 1DBTA 3GDMA 5H2ZA 1W3TA 2E77A 2A6NA 1UJPA 4A3UA 3W7QA 4BWLA 4MZYA 1TPC1 3RFAA 2PRMA 1QNVA 3NA8A 1TSIA 2Q8ZA 3G1DA 3LXCA 3PSWA 3BG5A 1G6CA 1UASA 2PRLA 1PVNA 3MI6A 3B05A 5LNRA 3IIZA 3NVTA 1SO4A 5F2IA 1TO3A 3HG4A 4Y96A 4IMGA 3SW6A 4UIOA 1GT8A 3KVJA 2CLEA 5DCBA 2W79A 1XFBA 1H7PA 4JS3A 4QSHA 3TROA 3BLEA 1OYBA 2X1SA 3TQVA 4FXSA 3R5EA 1K7XA 3BW3A 2WV8A 1GVOA 4FNUA 2QCMA 1W37A 1YXYA 4IX2A 3S0CA 5AB3A 1LOSA 3T78A 1OFBA 5J5RA 4QIUA 5BMWA 5A5WA 4M5PA 4NNAA 4LVGA 1DKWA 3IV3A 3KAOA 1A50A 4WY0A 3QC3A 1HO1A 1Q3NA 3NQCA 5AC8A 1LDCA 2F84A 4K8EA 4MY1A 4KWVA 3NL5A 4LW7A 2KZHA 3MUXA 5LGXA 2BZNA 4Z1AA 4QISA 4PH6A 3B8DA 3LB0A 2V30A 2R94A 1QOQA 3PY2A 4UMBA 1YDVA 5DLCA 2VELA 3PS7A 5E93A 5D32A 2O7QA 3CEPA 4QAIA 4TU1A 4ZQNA 3NQEA 1VH7A 5H91A 1JCNA 1ICQA 1OFAA 2YZRA 4WD0A 2EKCA 5IM51 1UUMA 1QMLA 4L4MA 1R2RA 3UQNA 3W1AA 1XKYA 3I7RA 4IMEA 4J9JA 5F4SA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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