2ZA2A

Crystal structure of the apo-form of orotidine-5'-monophosphate decarboxylase from p.falciparum
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
318
structure length
306
Chain Sequence
MGFKVKLEKRRNAINTCLCIGLDPDEKDIENFMKNEKENNYNNIKKNLKEKYINNVSIKKDILLKAPDNKSEEFFYFFNHFCFYIINETNKYALTFKMNFAFYIPYGSVGIDVLKNVFDYLYELNIPTILDMKINDIGNTVKNYRKFIFEYLKSDSCTVNIYMGTNMLKDICYDEEKNKYYSAFVLVKTTNPDSAIFQKNLSLDNKQAYVIMAQEALNMSSYLNLEQNNEFIGFVVGANSYDEMNYIRTYFPNCYILSPGIGKTLTNGYHKSYEKILINIGRAITKNPYPQKAAQMYYDQINAILK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Basis for the Decarboxylation of Orotidine 5'-Monophosphate (OMP) by Plasmodium Falciparum OMP Decarboxylase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Plasmodium falciparum
total genus 102
structure length 306
sequence length 318
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2007-09-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2za2A00
1AL8A 2ABAA 2ZZ1A 3QEZA 2GOUA 5AC7A 4WD0A 2Y63A 3B05A 4CNNA 1LTDA 1W0MA 1FWNA 3UD6A 3BLEA 1T96A 2FQIA 4RLIA 3S1VA 2CLEA 3PF3A 1TPEA 1EP3A 3P82A 1H1YA 5CPOA 1MEWA 2YW4A 4AHOA 1M6JA 4GWEA 1AW1A 2QR6A 1FWTA 2VEPA 1TTJA 3QM3A 1RQHA 4GUJA 5FF7A 3H54A 3RF9A 5BNKA 1OF6A 3W7JA 4N9EA 1LP6A 2GQ9A 1H7XA 5AYZA 4DPPA 3PWAA 3NPWA 4OE7A 1R2SA 4ZMGA 2G95A 2VEIA 1KBIA 5D32A 3VE7A 2GPTA 4DF0A 1KM1A 2A6LA 2DJLA 1C8VA 5IBXA 2X2GA 4AWSA 1VLWA 2AGKA 1I2OA 2WNQA 3P74A 3W83A 3BV4A 5A5WA 1KM6A 3MJYA 4JX4A 2BXVA 5CPLA 3FEMA 3W84A 3NQAA 3L5AA 4FX7A 3LCIA 5D2WA 1SSGA 3B04A 2YDAA 1J2WA 4UR7A 3G1YA 2ZRXA 4UNKA 2VKZG 4O4WA 5DY3A 4FNQA 3OVPA 4NJKA 4FNRA 3G1DA 2ZZ7A 1M7PA 2FIQA 3W7NA 4O52A 3LLDA 4JNMA 3LXBA 4PL1A 3GR8A 1WAUA 2ZCGA 1ZAJA 4UTTC 1DL3A 2CLLA 3M16A 3KRUA 3WFAA 1XBZA 3C2RA 4ZZ9A 1FWRA 1WOBA 1TMHA 4QNWA 3WJXA 1FUYA 2OZ0A 5DCEA 3IIVA 3O06A 1OJXA 1T8XA 2V2DA 3GNDA 5HULA 5L9FA 3M5XA 3OG3A 1XUUA 1M7OA 1K02A 4GUGA 3PBVA 4LOCA 4JTGA 2A0NA 3QQ1A 3GLCA 4JX5A 3Q94A 3W74A 2JKPA 4QNEA 2ZTJA 1OX4B 3B0UX 3OEXA 1YTEA 1T99A 1QOQA 3TMLA 5F4WA 5KTLA 3TU9A 1JJKA 3DAQA 4MYAA 4RV8A 3C56A 3M41A 5GVJA 4AWUA 5I3IA 3W2MA 3UXAA 1LBFA 5IBXC 1GZGA 4P61A 5LNWA 1JULA 4N9BA 3NXFA 4XTDA 4MZ8A 1I45A 1JCNA 3WJYA 2QDGA 3NDOA 1GG1A 3S5NA 3NO5A 3W85A 3NQGA 3W87A 4DPQA 1DVJA 4RX0A 1W37A 4DEFA 1ICSA 1TPDA 4FXSA 2NWSA 3EX3A 5BOOA 3GYEA 2G97A 4A2SA 1F76A 2P0OA 3I6RA 2NXGA 1LBMA 2WV8A 1A53A 3W7MA 3S0CA 1U5JA 3G1AA 1JRCA 2Z0IA 4FNUA 3MHGA 4UNLA 3GB6A 4CNOA 3V1PA 1ZAHA 3PSVA 4Z1BA 1YDVA 3B4UA 4CCCA 1XBYA 3EXSA 3HGRA 4EOUA 3SIZA 3I68A 4GBUA 1HFBA 4RJEA 4LTSA 3GDRA 2BSLA 4BWLA 2VOMA 1FXPA 2QUTA 3IV3A 1LLWA 3INPA 1SO5A 1VS1A 1R46A 4UCGA 3W1NA 2V2HA 1FXQA 4KFOA 4MLJA 5TQLA 1KM4A 4ZQOA 1MEIA 2QCDB 2BTMA 3I7RA 1OVDA 3S9YA 3CT7A 1AW5A 1B57A 3SSJA 2H90A 5I3KA 4LC6A 2B7QA 2Q8ZA 4MZYA 4O12A 2E6DA 3LCWA 3G3MA 1GT8A 2VEKA 5FEZA 3O63A 3VCRA 3LHUA 1ZENA 2QCEA 3SGUA 4DF1A 3WJZA 1B9BA 1YADA 5F4SA 1FBAA 1YLVA 4JYFA 4N6EA 1RD5A 1K8XA 2YSWA 4I7VA 3MYPA 2G5WA 3AO0A 4OGZA 1L6SA 5K3VA 4WY0A 4DO4A 2C3ZA 3L21A 5AN7A 3LCHA 5MHBA 3TDFA 3HMJG 1GVSA 1H7NA 2EAWA 2NWRA 5ABTA 3LM7A 3IIZA 4KFNA 3TAOA 2Y85A 1SSDA 1VYRA 3E12A 4IX0A 1VC4A 2C13A 3TR2A 2H8XA 1KM0A 2NX9A 3A5VA 3NR0A 1IIGA 4UIOA 4M7TA 3C3NA 1H50A 3L67A 4GNJA 1JCYA 1F05A 1O4UA 1R47A 1DKWA 1ML1A 2A1YA 3R8RA 1SZGA 1DQWA 1KV5A 3E0IA 1RPXA 4AH7A 4O50A 1H51A 3E02A 3C8FA 4HIBA 2R94A 2FPVA 4HNVA 2YXGA 3EWBX 4UMAA 4WOQA 1TV8A 1J5TA 4YWIA 3O6DA 4HPJA 2VFGA 1QPOA 3O1NA 2V5LA 5KITA 1WDWA 3EWUA 5HWJA 3DFNA 1YDOA 2EGZA 4PA8A 4JS3A 4HT3A 4CCEA 5HWNA 1OX5A 3S8HA 1QOPA 3NL5A 4HNNA 3PVFA 4R34A 5EY5A 2H6RA 1LRTA 1SO6A 2ZA3A 2Z1BA 3CB8A 1JQVA 1DJNA 2ZFAA 3UWYA 3OVQA 1FCQA 3S1UA 3BVJA 3NYZA 1G4TA 2E5CA 4MY9A 4AXKA 3W7CA 3A24A 3LCLA 3PG8A 5D04C 2X1TA 3R12A 5AYXA 3R5EA 3QRHA 3RFAA 3HG4A 3WK0A 3PM6A 4Y90A 2DZXA 1V5XA 2XN0A 1UB3A 2YGYA 3TFCA 3W2LA 2ZDRA 3L66A 5CZTA 2EHHA 3W1RA 2QJGA 3DH7A 3FLUA 3LX9A 2C1HA 1ZJIA 5FF2A 3HQ1A 3CC1A 3NQDA 3MBFA 2V9DA 1KW1A 1HUVA 3KAOA 3P5ZA 1G4PA 4Z0JA 3LRKA 4O57A 2QCLA 2CU0A 3GDMA 4DXVA 1OFQA 3N9RA 4UUIA 2Y7FA 3MI6A 3IEBA 1KTCA 3F03K 3ABQA 1N55A 4MJMA 5I3HA 1VCGA 1F6PA 3M0ZA 2NX1A 1SUXA 4HNTA 4NQ1A 4ZQNA 1RQBA 2CLFA 4K38A 4IMFA 1NF7A 3W70A 1BWLA 1OFEA 5LZLA 3IGXA 1Z41A 2ZA2A 1ZNNA 3OHIA 2RKXA 1W5NA 4LRSA 2YZRA 1QDSA 3TFXA 1KBJA 4LV4A 2JGQA 2YFOA 3ZR4A 1W3IA 3TKFA 1KM3A 5G4WA 2E68A 3NOEA 1ZCOA 1N7KA 3EEGA 3W72A 1MEHA 3ANYA 1QCWA 1TPH1 1QPQA 3W7KA 1GJPA 2ISVA 3G0UA 3VKJA 2WOQA 3LI1A 2W6RA 4AHQA 3TK7A 3W22A 2QCHA 3OIXA 1QNVA 1TRIA 4LW7A 4DELA 5CPNA 3QFEA 1Q45A 1W8SA 3G8RA 1GVOA 1TQXA 3G1HA 5HUOA 3S5OA 3M7WA 1PE1A 3SECA 4WOZA 1OFRA 4K7YA 5AYYA 3M1ZA 1OYCA 1Q6OA 4XKYA 2Z2UA 3TW7A 3TSMA 2ZRYA 3BPWA 4O28A 1SZEA 1W5MA 2PURA 5F2LA 2A85A 3TCEA 3TIMA 2ZA1A 4E38A 1JUBA 5K9XA 4JTTA 3GAKA 1YTDA 1JCJA 1ONRA 2UV8G 1H7OA 3IVUA 3EWZA 3NEVA 3QW4B 4YLWA 1LORA 1G67A 3G18A 1TRDA 2VXNA 3N14A 3NZRA 3NQCA 1UASA 1I2QA 5H91A 1E51A 4IJBA 1SU5A 3TXZA 2CZEA 3MWAA 3NZ1A 4S2CA 1VYSX 2J88A 5EPDA 1IXQA 3NPXA 3PB0A 8TIMA 3BLFA 3ELFA 3GXPA 5DBUA 2C16A 4JD4A 3LCFA 1G4SA 1RQEA 3MW7A 3QSRA 3ZS4A 5C2XA 3LTSA 5AC8A 4GXMA 3V75A 1XKYA 2C15A 3P81A 4LS0A 3U6WA 5KSWA 1H62A 1HTIA 2CLOA 5CG7A 2P10A 4LC8A 3C52A 1K7FA 1TPUA 4PC8A 1XDMA 1EPXA 3C4UA 2OX1A 4WY0F 3THAA 4G1KA 3DFOA 3KRSA 3GK0A 4BI7A 3DI1A 2C19A 4JTSA 5HR7A 1UJPA 3A22A 2YR1A 3R2GA 2R14A 4PFMA 3W2UA 2J27A 2HMCA 2A7RA 2I14A 3IIPA 1U83A 2E6YA 1VQTA 2Y70A 4IGHA 3PG9A 5C5YA 1PHWA 4XBSA 3UZJA 1HL2A 5G1TA 5DN1A 1IIHA 3QJAA 1S5WA 2BX7A 1GTHA 4QJ1A 2ZZ3A 5DXYA 2YX0A 1ADOA 2F7FA 2WNZA 1F74A 5FESA 5C54A 4FNSA 1ZY9A 3N34A 5EYWA 3F1QA 3G1FA 4WY0B 1C9DA 3C2OA 1G7VA 1W54A 4PTNA 3G3DA 1FCVA 1XC4A 1PVNA 2A5HA 2WO5A 5I3FA 3WK2A 4ZQPA 5D33A 4AF0B 3CIWA 2H3BA 3VI2A 1Y0EA 3CEPA 4JTEA 3B03A 1LRNA 5D37A 3ATZA 4TIMA 5CZSA 5L6UA 1I2RA 5F4XA 1YXYA 3KVJA 3H53A 1YXCA 2YYTA 1OHLA 4ZQCA 5G2IA 1H7RA 1W31A 4UFHA 4UFMA 4IUOA 3PY2A 2RDTA 2NXHA 1G7UA 2RH9A 4NZJA 4D2JA 1KFKA 1XUZA 3OBKA 1W56A 4Q4KA 3PAJA 3DFTA 1TTIA 5H2ZA 3MBDA 1FWSA 1D3HA 1OFOA 2B4GA 3GDLA 3W86A 3KX6A 1VYPX 2BLEA 3T44A 3H55A 4JGDA 1EP1A 4LVFA 4JTKA 4O15A 5DLCA 2OJPA 4NNAA 2CLKA 3LXCA 1YXDA 3UWQA 4UXDA 1LM1A 4Z1AA 3W7PA 3TSBA 3KXQA 2QCCA 3L65A 4YCOA 1IXPA 4P2VA 3NQMA 2DZSA 1AW2A 3IVTA 1ZFJA 1EA0A 3Q37A 2ZQ0A 3HIJA 3TNOA 3HGJA 2VFHA 3PSWA 2FPYA 1QO5A 1K8YA 1OFDA 3P80A 1LROA 3LV6A 1TCDA 3G8EA 5K4ZA 4E0CA 4A22A 3STCA 4C1LA 5HQEA 1EWEA 2H8ZA 1TPFA 3C2FA 2YCEA 3LCGA 3BARA 3HO8A 2QF7A 4KWWA 2QJIA 4X2RA 4OWGA 3LBCA 4RZ4A 5AB3A 1KA9F 1X1OA 4K37A 4BI6A 3N2MA 3WK1A 1L6YA 4EIVA 1FCBA 4LV9A 4OV4A 2QKFA 3TXVA 3I7SA 1L6WA 3NM1A 2NXIA 2V82A 3PUDA 1PHQA 5LNVA 2PRLA 3CEUA 2B7PA 4LT9A 1EP2A 2ABBA 4NX0A 1LRQA 1VR6A 3CM4A 4IPIA 4JN6A 1KLYA 4LVBA 4E2DA 3W7RA 2YW3A 3STEA 3FOKA 3VE9A 2V8ZA 3TQVA 4PL2A 4NJIA 4QITA 5HUPA 1PL9A 2FPTA 5D30A 3THQA 1Z42A 4N9DA 3IRDA 1P0NA 2W0UA 1RVGA 4CCDA 5A8GA 3PBUA 1QFEA 3TQ0A 1HO4A 2VFFA 3CLMA 4IOTA 4WXZA 3TQKA 4BFAA 3GNNA 1ZALA 2R8WA 3NQ7A 4NXKA 1DBTA 2GVJA 4A3UA 3G1VA 2VFDA 5EL1A 3NL2A 2PRHA 1S5VA 3O6CA 1SW0A 3PC0A 1LOQA 4HKPA 5CGQA 4O14A 5SWUA 4O1AA 5KZMA 4ZQMA 1LBLA 1ZAIA 2NUXA 2EPHA 5DXXA 1Q6LA 3PUOA 4IMDA 5F2MA 2Y89A 3L0NA 4RR4A 5KZDA 4MZ1A 3STGA 3UNDA 2YFNA 4UTHA 3L0GA 4LVDA 1R2TA 3PS7A 3IIOA 4XKYB 3NQ6A 4KFPA 1EWDA 2Q3RA 4AF0A 4XUGA 4I7WA 1ME8A 3HG5A 3KHJA 5FI8A 4W9TA 2BZNA 2JKAA 3HJZA 3S1WA 4O4VA 3JS3A 2FDSA 2ATSA 1OK6A 4A29A 5FEWA 1JUEA 1I4NA 5AHFA 2CZFA 1GPWA 3I65A 3EB2A 2A21A 1SQ7A 4DQWA 4FO4A 2V5BA 4EVZA 3VFLA 4UFLA 6TIMA 3GXTA 5AHMA 4TU1A 2ISSA 3P5YA 3W7GA 1BKSA 4POCA 1AK5A 2DZPA 1P1XA 5FF0A 3B06A 4GJ1A 3QZEA 1D9EA 4H6KA 1DJQA 1GVQA 4HPXA 2CLIA 1QO2A 2FJKA 3SGZA 5IM51 1KFEA 2WSQA 3CIXA 3U8GA 3P8IA 3HPSA 3C0JA 4BWLC 4NVTA 4O1BA 4YCPA 4N2YA 4NUWA 3LHZA 4MYXA 4O0ZA 5LNSA 2QDHA 3BO9A 4FF7A 4ADUA 2CZDA 4JDYA 4FNPA 4PEKA 1PCKA 3OVRA 2E1DA 5CSRA 1TJRA 4FNTA 4MY8A 4DBDA 4S1FA 1MSSA 1Q6RA 5KMYA 4FX8A 3L2IA 3NGJA 4JEQA 3QW3A 2NUYA 4MFDA 2G96A 3SW6A 1Q6QA 2V30A 3RMJA 4JX6A 2CLMA 3MHUA 3CU2A 5FEPA 5I3GA 1DOSA 4GFSA 3QPZA 1O5KA 4NZFA 4XTIA 1OF8A 1P5BA 2A7PA 5FF4A 4EF9A 1W3NA 4J9JA 1VJIA 1ME9A 5C6MA 4UFJA 4DO5A 1CW2A 5I3JA 1SW3A 3EXRA 3O07A 5K7JA 1VHCA 4MLRA 4UTLA 4ML9A 4LS1A 1Q3NA 1NEYA 4CQAA 5LNRA 3G1XA 1F73A 4HN4A 1MO0A 4JTHA 1MZHA 3MO7A 3W7LA 1FCUA 1L2UA 2C18A 5LSMA 1CX9A 3W76A 3SI9A 2X30A 3G0SA 1R2RA 1DQXA 1SW7A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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