2ZRU | Genus

Total Genus 135

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	135
sequence length	359
structure length	356
Chain Sequence	VEHVEIAAFENVDGLSSSTFLNDVILVHQGFPGISFSEINTKTKFFRKEISVPVMVTGMTNELGRINKIIAEVAEKFGIPMGVGSQRVAIEKAEARESFAIVRKVAPTIPIIANLGMPQLVKGYGLKEFQDAIQMIEADAIAVHLNPAQEVFQPEGEPEYQIYALEKLRDISKELSVPIIVKESGNGISMETAKLLYSYGIKNFDTSGQGGTNWIAIEMIRDIRRGNWKAESAKNFLDWGVPTAASIMEVRYSVPDSFLVGSGGIRSGLDAAKAIALGADIAGMALPVLKSAIEGKESLEQFFRKIIFELKAAMMLTGSKDVDALKKTSIVILGKLKEWAEYRGINLSIYEKVRKR

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__262548367411494__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__262548367411494__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2ZRU/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__262548367411494__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"262548367411494","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2ZRU/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__262548367411494__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Sulfolobus shibatae
publication title	New role of flavin as a general acid-base catalyst with no redox function in type 2 isopentenyl-diphosphate isomerase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
total genus	135
structure length	356
sequence length	359
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 5.3.3.2: Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase.
pdb deposition date	2008-09-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01070	FMN_dh	FMN-dependent dehydrogenase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2zruA00

4JTEA 5BOOA 1LM1A 4ZQOA 1DKWA 2P10A 1Q6LA 1Q6RA 1I8JA 2Q8ZA 3E96A 3N3MA 3DBPA 1WQ5A 3PY2A 3M41A 4M6QA 4XTIA 3PB0A 1OF6A 1YTKA 2C1HA 3LCGA 1TQXA 1B57A 4UTHA 2EAWA 2RDUA 3BW2A 1WOBA 3B0VC 1NF7A 3LXAA 1C29A 1LRTA 1VH7A 2ZA1A 3A5VA 4FB7A 1TPH1 1W37A 1FXPA 2WPBA 2C13A 2HTMA 1KFLA 3EXRA 4BI6A 1VJIA 1J2WA 3UWYA 4FO4A 3G0XA 3GXPA 2QCFA 2EF9A 3M1ZA 4JTKA 4R7JA 3I6RA 2QCCA 5AC6A 3HGJA 4FNUA 3NZ1A 1ZY9A 1YDOA 1SR9A 4WOQA 4MJZA 3M7WA 1UCWA 1RR2A 2Y89A 4RJEA 1THFD 4LV4A 4RV8A 1TPC1 4FNTA 1I2PA 4IUOA 3QF0A 5FEXA 4O18A 1WBHA 1FCUA 2E5BA 3BG9A 1XBXA 2ZRZA 3G1SA 4Q32A 4LVGA 4Z1CA 1VCVA 1TPB1 4FNPA 3V75A 1LRQA 5D2VA 5I3KA 3QRHA 1YTDA 5FEZA 1ZALA 3TJXA 4OV4A 3W7CA 2QCLA 4FEZA 4MPQA 4Z1DA 5J5RA 4R34A 1S5WA 4R33A 1SO3A 1ADOA 4RXFA 1YXDA 1AK5A 1JULA 4I7UA 4TO8A 1W5OA 3WK0A 4NT0A 3E9AA 1XXXA 1XBYA 1X1ZA 3LHYA 3G1HA 4O28A 4UNLA 4UR7A 3LHWA 2ISSA 2RDWA 3W2JA 5K2ZA 1PVNA 4TIMA 2X30A 5LHFA 4GBUA 3NR0A 3KHJA 4RXGA 3C2OA 3DXIA 3IIZA 1RQBA 3R13A 1LBMA 1OJXA 3TIMA 2XN2A 3PBUA 1VYPX 4WY0F 3G0SA 3HF3A 1TJPA 3L65A 3GX9A 3S8HA 3FS2A 1BKSA 3PG8A 3QQ0A 4OU1A 1SZEA 3NGJA 3B0PA 4KFPA 1KLYA 3G22A 3L66A 4QJ1A 1LTDA 3A21A 3HGRA 3NXFA 2CZ5A 3A5FA 3L0KA 3LLFA 1GVFA 4CCDA 4RCXA 4LC8A 3I7RA 1MEIA 4IMEA 2NUYA 1H7RA 4JIPA 1QPQA 4JX6A 4K39A 2AGKA 4JYEA 5K4ZA 3O05A 1PV8A 5D30A 2J9XA 3ZFHA 1GTEA 1SW7A 2ZRUA 4JY8A 4NNAA 1ICSA 5EY5A 3HO8A 1L6SA 1O5KA 3NL2A 4LWWA 5AHNA 3NPXA 4UFMA 3T44A 2CLHA 5AC8A 3TQ0A 3PAJA 1DV7A 1QOQA 2QEZA 4K37A 1ONRA 3HPXA 2EGZA 2B7NA 1NF0A 5HUPA 3LHUA 3F03K 3C61A 3P62A 1K03A 1JJKA 3MHFA 3GKFA 4EVZA 1KBJA 2AAMA 1LOQA 3YPIA 5HNRA 4LT9A 3QYQA 2B7OA 2C14A 5D04C 2OMAA 3STFA 3C2RA 1OF8A 5LGZA 4IWWA 1IGSA 3W1LA 4QIUA 3PBWA 2ALDA 4BI5A 3VNDA 3C56A 4IMFA 5AHEA 5BMWA 3W9ZA 1TPUA 2FFCA 5G2IA 2YW4A 4RK8A 1TMHA 4XBKA 3MP3A 4XWUA 3FJ6A 4GFSA 1GZGA 1SZFA 3LXCA 4NVTA 2IQTA 3GYEA 1G4SA 3O6YX 4OWGA 5F2IA 4IMGA 3WK2A 4H6KA 1OABA 3BGJA 1QMLA 4K7YA 2J24A 4CNOA 4JX5A 1YLVA 4YWIA 3Q58A 4DO6A 1W3TA 1ZFJA 1ZCOA 4PCFA 4O8RA 1A5SA 5CZ0A 3SW6A 2ZDRA 2ZRVA 5TBOA 2ZZ2A 4A21A 1H7PA 1F73A 1UBSA 1WA3A 3UY8A 3W1RA 4DXVA 3TQVA 4FX6M 1H5YA 2A7RA 1PIIA 4IGHA 3B06A 2DZPA 4PC8A 3DKJA 2JGQA 5DY2A 3M9YA 3S5NA 4AHQA 2WSRA 5D2XA 3UQNA 2A6LA 1FDJA 3M6YA 3BVJA 3SR7A 3HG3A 1Q45A 4JN6A 1ZENA 2I9EA 4MYAA 1GG1A 2A5HA 1SW0A 1WXJA 1QWGA 4M5PA 1O4UA 4UC5A 4C1KA 5FEWA 3NL6A 3HPSA 3C8FA 4A29A 6TIMA 3GR7A 2EHHA 4JEQA 3L0GA 1JCMP 5LNUA 2VEMA 4QSHA 3QMTA 3KRUA 3EX2A 2YR1A 4H3DA 3LRMA 4IPJA 1SFJA 1FWSA 1T96A 1G4EA 1EWEA 2ZZ6A 2RHGA 2GJNA 3P82A 4MZYA 4RZ4A 5G1TA 3W7IA 2VEKA 1FDYA 3FKKA 3HG4A 1QCWA 2Y63A 4J9JA 4LVBA 3KRZA 2TYSA 3S1XA 2NXIA 2WSQA 1D9EA 1QPNA 1OX6A 1XL9A 1EA0A 3MHUA 2CLEA 3PBYA 2ZZ3A 3UWQA 8TIMA 1OFRA 4JICA 4GUHA 4UMBA 3GDMA 2ISVA 3LM7A 1ME8A 1F7BA 1TO3A 5F2LA 5I3HA 2A2IA 3L9CA 4ALDA 3WJXA 5D09A 1FWRA 5MHBA 3IGXA 4IX0A 4HT3A 2Q3OA 2DZWA 4WXYA 1IIHA 1Z42A 2VOMA 4FXRA 3O06A 1R47A 4Z1BA 5LGXA 5AHMA 4CNNA 3CWNA 3TKFA 3M5ZA 5DBTA 4ZZ9A 4JNMA 4MKNA 4ML9A 3Q37A 2QAPA 4NNBA 3W7OA 2E6DA 1G6CA 2ZCGA 3B0UX 4CQAA 5FF3A 3GLCA 3N9SA 3SI9A 3KVLA 4O1AA 3IGSA 1P0KA 3LHTA 2O7SA 3HOJA 3VCRA 1K02A 2DP3A 3LBCA 2G5WA 5CPLA 1TTQA 2P1FA 3B04A 3LCXA 4LVDA 3NG3A 3DFNA 4CCCA 3BK0A 3DI1A 3G1AA 1OFPA 3IIXA 1FCQA 4WJEA 4CCEA 5H2ZA 3WJSA 1UASA 4GC4A 4M7TA 3RU6A 5HWMA 5C6MA 2TRSA 2JBMA 5G5IA 5EL1A 3W7PA 1J5TA 1F2JA 4NJGA 3H54A 5AN7A 2QUUA 5FF0A 4AB4A 4MZ1A 3TSDA 2WNNA 2C18A 3O16A 2C0AA 2CZDA 4OV9A 3TCEA 2FIQA 2QCGA 1K7EA 4HIBA 2NXHA 1TJRA 1KM1A 2Q8LA 1K7FA 2YW3A 4JTFA 3V1PA 4S2CA 1EP3A 2Z1BA 3SIZA 4NJJA 3EXSA 3EEGA 4O53A 2V0TA 2FLIA 4ORIA 3GDLA 1UUMA 3GAYA 3U2OA 1XBVA 3W7LA 3L67A 1JUBA 4I7WA 4LS1A 2FTPA 3WK1A 4K38A 2RKXA 3P74A 3CWOX 5CPNA 2CU0A 4CNPA 1ZAHA 1AW5A 3NDOA 2F7FA 1X8FA 2XFWA 1GYNA 4UTTC 4FX7A 3N9RA 3SSJA 1LROA 3HBLA 2A1YA 1LCOA 3LRLA 3KAOA 3C52A 4AWSA 2PE4A 2C16A 4TU1A 1YPFA 4PH6A 3OEXA 1YADA 4TX9A 1KA9F 2ZZ5A 5CPMA 1XM3A 1GVSA 1KM4A 3T7VA 5DLCA 1TTJA 3GXNA 1W31A 1SUXA 4P2VA 5D05A 1ALDA 1H51A 4QITA 4Z0JA 2FB3A 4QM1A 3BARA 4KWWA 3INPA 3GK0A 3SZ8A 3ELFA 1B3OA 2QCDA 4KKXA 4O1BA 3S1VA 3LV6A 1DJQA 4O50A 4GWEA 4MLRA 3W75A 1RQEA 2CW6A 3FIGA 4YLWA 2FPYA 1CI1A 4MJMA 2VXNA 4DF0A 3W88A 4RX0A 5T26A 3W1PA 3W7QA 1N7KA 4MVAA 2XN1A 3PVFA 3MI2A 3QPYA 2HSAA 2NXGA 4AVFA 1JCNA 3G1YA 5HWNA 3S5YA 5G4EA 3G18A 2Y88A 3W83A 4FHAA 1JCYA 3A24A 4YCPA 5C54A 1X1OA 2BLEA 2PC4A 2WOQA 2BXVA 3FYOA 4Q33A 4M6PA 1KM6A 2YX0A 4O1DA 2NX9A 4DEFA 3MUXA 2E09A 3OVQA 4NU7A 1D3GA 3L5LA 1ME7A 3CEPA 3NVTA 4K8HA 4O57A 4LOCA 1N8FA 3W2KA 1G7UA 1KFCA 3NNTA 1D3HA 1ZNNA 4X3ZA 4Z1AA 4MY9A 5F1VA 2Y6ZA 5DCDA 1GTHA 1TPVA 3RLUA 4WOZA 3NQVA 3H55A 4WD0A 4B5NA 1XDLA 1E51A 3PULA 5CGQA 5AOUA 2JGYA 2ATSA 3TA6A 2GUUA 3VFLA 3TMQA 4HPXA 4UTTA 5D02A 2X16A 4MLJA 4AH7A 2QKFA 4KWVA 1YDVA 3TUUA 1Z48A 3DU0A 3PC0A 1M7PA 1LDCA 3MJYA 3L21A 1F76A 5CKSA 5FF7A 7TIMA 1KM5A 5FF2A 2E68A 3T40A 4CQ9A 2VELA 5G2WA 2WJZA 1OFAA 1PS9A 4DF2A 2ZZ1A 1JCJA 5CZTA 2G97A 4ICNA 4PEKA 1I2QA 4JTSA 3TSMA 4ZQRA 3NQGA 1TIMA 1NVMA 4O1CA 2B7PA 3S5ZA 4POCA 3A22A 4I7VA 4O4WA 1KFEA 3C0JA 2GQ8A 3PBVA 3SGZA 3W23A 4O15A 3SGUA 2R94A 2GQ9A 2DU2A 3C2VA 2XN0A 2F84A 1TREA 2BSLA 1VHCA 4DPPA 3QC3A 3CTLA 3H53A 2ZZ4A 2FDSA 4O14A 1GPWA 4HNUA 2V82A 3W22A 3TMLA 3AJXA 4C1LA 1ZJIA 5KSWA 5L6UA 3LX9A 1I2OA 1SSDA 1FUYA 4AHOA 3W7EA 1W5NA 4RR4A 3C2FA 1RQHA 5DY3A 3UWUA 4BF9A 2DZVA 4ZL1A 4HN4A 4UUIA 1QOPA 2C6QA 4BR1A 3S0CA 2EPHA 3O1NA 1KM3A 1HG3A 1TSIA 4JTHA 3W1AA 4WX2A 3O63A 1WV2A 3D0CA 1WBJA 3LV5A 3GDTA 3NQ7A 1M6JA 4FNQA 5D33A 1SSGA 1OFEA 4ZMGA 5CSRA 3O07A 3HIJA 5F2MA 1RPXA 3JR2A 3VI2A 3NA8A 1H7WA 4JY9A 2GVJA 3ATYA 3BLIA 3MP5A 3W3OA 4HNNA 3MI6A 5CSSA 2LLEA 4HNTA 3GNDA 1L6YA 3DI0A 3GZ3A 4HHPA 4GRSA 5I3JA 1GVOA 1LBLA 4IPIA 1KW1A 5U4NA 1JCXA 4FNRA 2A6NA 2DZUA 1SO5A 3UNDA 3KFTA 4NZFA 1P1XA 5K4XA 1F05A 1H7XA 3QZEA 3G8RA 3M5XA 1H1YA 4LNYA 2FJKA 1B9BA 3NQ2A 2OZ0A 4OQVA 4MZ8A 5AHIA 2QCMA 1K7XA 2CLKA 2CZEA 4UMAA 5HR7A 3I65A 4K6AA 3W1UA 1RD5A 3P8JA 4ZQNA 1FBAA 3F4WA 5DELA 4UFJA 3SECA 1O60A 3F4NA 2JKEA 2X1UA 3O6DA 3QFEA 5LNVA 5J5DA 2VFHA 5D2WA 4OGZA 1Z44A 1LYXA 5HINA 1XBZA 3LI1A 1TRDA 4DO5A 3M5VA 3W87A 4QQ3A 4LUIA 1M7OA 2G96A 3HMJG 5A5WA 2QF7A 4JTUA 3LTSA 1H61A 4FF7A 4L4LA 4ONVA 2KZHA 2NLIA 4W9TA 3LOTA 1P5BA 3B03A 4NJHA 5HQEA 1G7VA 2X2GA 1JUEA 2Z2UA 3QM3A 5KZDA 3CQ0A 2NV2A 3LTPA 3G0UA 5E0KA 3STGA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2ZRUA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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