2ZRV | Genus

Total Genus 134

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	134
sequence length	361
structure length	361
Chain Sequence	RKVEHVEIAAFENVDGLSSSTFLNDVILVHQGFPGISFSEINTKTKFFRKEISVPVMVTGMTGGRNELGRINKIIAEVAEKFGIPMGVGSQRVAIEKAEARESFAIVRKVAPTIPIIANLGMPQLVKGYGLKEFQDAIQMIEADAIAVHLNPAQEVFQPEGEPEYQIYALEKLRDISKELSVPIIVKESGNGISMETAKLLYSYGIKNFDTSGQGGTNWIAIEMIRDIRRGNWKAESAKNFLDWGVPTAASIMEVRYSVPDSFLVGSGGIRSGLDAAKAIALGADIAGMALPVLKSAIEGKESLEQFFRKIIFELKAAMMLTGSKDVDALKKTSIVILGKLKEWAEYRGINLSIYEKVRKR

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__169399375226992__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__169399375226992__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2ZRV/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__169399375226992__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"169399375226992","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2ZRV/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__169399375226992__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfe23fc37f5b8feda809bea/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfe23fc37f5b8feda809bea/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfe23fc37f5b8feda809bea/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfe23fc37f5b8feda809bea/pdb.gz): 64 ms

reading 361 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

361 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 26 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:360});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Sulfolobus shibatae
publication title	New role of flavin as a general acid-base catalyst with no redox function in type 2 isopentenyl-diphosphate isomerase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
total genus	134
structure length	361
sequence length	361
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 5.3.3.2: Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase.
pdb deposition date	2008-09-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01070	FMN_dh	FMN-dependent dehydrogenase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2zrvA00

1WOAA 4M6PA 4UFJA 4N6EA 4N02A 3W9ZA 3LHZA 3GZ3A 3O63A 1G4TA 1BKSA 1LRQA 1YDOA 2H3DA 1W5QA 5IBXC 2WSRA 2ZRVA 5G4EA 2H90A 3SIZA 4BR1A 4RXGA 5AC7A 2B7QA 1M7OA 1CI1A 1KM1A 2CFFA 2GJNA 1EWDA 1SQ7A 2ABAA 3PVFA 5CG7A 1OX4A 5AHFA 3STEA 3R89A 1I8JA 4KFPA 3O15A 4HIBA 3L65A 4O4WA 3EWWA 4EOUA 2O7SA 7TIMA 5G2WA 2TSYA 3PR2A 3TXVA 3W7RA 2NXIA 1WQ5A 1CX9A 2G95A 3O6YX 5D37A 3WK2A 4E0CA 1GZGA 3GX9A 5I3FA 1PS9A 4IWWA 3FYOA 1QR7A 3W2MA 8TIMA 2Z0IA 3RK8A 1O94A 2DORA 3L66A 1OG0A 5HUOA 2ABBA 4MZYA 2GVLA 1A5SA 2QF7A 4FXRA 1GYLA 4NNBA 4Y9AA 3S42A 3QQ0A 1FX6A 4E38A 3EX4A 1XM3A 3IEBA 4RJEA 3ABSA 1O60A 1DVJA 2PRMA 2BTMA 4O15A 2CLIA 2J9XA 1TB3A 2YDAA 4RCXA 1KM0A 1GVOA 1V5XA 4JDBA 3EX6A 1GVFA 3ZWTA 4QQ3A 3NA8A 4MFEA 3KXQA 1GG0A 1ICSA 5DY2A 2VOMA 5KTLA 5DLCA 3A24A 3W6YA 1I2OA 1KFEA 1ZFJA 1A5AA 1VZWA 3GR7A 1YDNA 3TNOA 3EB2A 3NNTA 3RLVA 5K9DA 3PF3A 1F76A 3BG3A 5HWNA 3MHUA 2CZEA 3GK0A 5I3KA 1UJPA 4UR7A 3G1AA 1TCDA 3P61A 4HPJA 2W0UA 1G7VA 1P0NA 3GNNA 3UZ5A 4MJMA 3PWAA 3TV8A 1M7PA 4IX0A 2Y89A 4ZQRA 1O5XA 4NNCA 4O18A 3QW4B 4AXKA 3M16A 1O4UA 3O8AA 4EWND 4QIUA 1ZJIA 1O95A 5FF7A 3NGJA 3GXPA 1LRNA 4DF1A 4X9SA 3ZWSA 3P7YA 2V0TA 3NL6A 4JTIA 4OHQA 3TSBA 1L6SA 2AGKA 2Z2UA 1DQWA 4GUFA 3L0GA 2Y7EA 2HS8A 2E77A 2PRLA 3FYPA 3N19B 2QCNA 1W5PA 4E2BA 4BI6A 5L6UA 3NOEA 1TQJA 2X2GA 3STCA 3L9CA 4HKPA 2E68A 2J88A 1HL2A 2RDTA 4NX5A 3O6DA 4DF2A 3G24A 1Y0EA 3BPWA 3HPSA 4ZQMA 3L0KA 2J27A 3E9AA 3PY2A 4MY9A 3W7JA 3W76A 3TR2A 2V5BA 1H60A 2Y70A 1W0MA 2V82A 3IGSA 1QPQA 1Q3NA 4UTHA 3INPA 3NYZA 4ADTA 4ADUA 4LC8A 2UV8G 1LM1A 2B7OA 4HNTA 2C15A 1QOQA 1KLZA 1PCWA 1XBXA 3OEXA 4U4MA 1NSJA 5I3GA 4X22A 4LRSA 3A5VA 3LTYA 2F7FA 4TMCA 2EHHA 4FIRA 4HNNA 1SUXA 5D02A 4UNKA 4LC6A 4CQ8A 1IIGA 4FB7A 2Y85A 1XUUA 4YWIA 4TIMA 5ABTA 4JTKA 3TJXA 3W72A 3CEUA 3N14A 2ISVA 5AC8A 1SO6A 2ZBTA 3GXTA 3HQ1A 3PM6A 3W2UA 2BZNA 4S1FA 3UD6A 3EX1A 1VCGA 4L4MA 3LHVA 4FHAA 4KWWA 3DKJA 1QCWA 1XCFA 5AOUA 1FCBA 4K7VA 4M6VA 4WZHA 1KTNA 4UMAA 4HNVA 3VE9A 4O57A 4I7VA 4R33A 3CIXA 1KTBA 4OU1A 2JKEA 4O1AA 3TQKA 1DOSA 1VYRA 3M7WA 1AW5A 3DH7A 3NEVA 4C1LA 4IMDA 1H5YA 1K8ZA 3UXDA 3M5ZA 2A4AA 4WY0A 2P10A 1F6KA 1G6CA 4LT9A 5EMUA 2EAWA 4XTDA 4S2CA 3M1ZA 4JXCA 2VFIA 3DXIA 5F2IA 1IGSA 4LRTA 1JUKA 4Z1DA 2G5WA 1K8YA 3NQAA 4GBUA 4DF0A 1H7WA 1JCLA 4PCFA 2PC4A 3GDKA 1MEHA 3G3DA 3WJYA 1E51A 1PCKA 2NXGA 2FTPA 1OJXA 3B03A 1K7EA 1TJPA 3N9RA 3W2KA 4MY1A 5DXXA 3G1VA 2E5DA 4DO4A 1GOXA 3L5LA 1VLWA 4AB4A 4X3ZA 1HO1A 4KWVA 4M19A 4NJHA 2DZSA 2NX3A 2NXHA 1Q45A 4XKYA 2QCMA 3I6RA 4XTIA 5BW6A 3C2FA 3LCLA 3HIJA 2VXNA 4OV4A 4AWTA 3ZS4A 3EXTA 1L6WA 2ZA2A 3LLDA 4WY0F 5G2IA 1F74A 2NWRA 1TPDA 4FNSA 4Y90A 3STGA 4RK8A 5AHMA 1QNVA 1FCQA 3MYPA 1A50A 4O14A 3CU2A 1DKWA 4UNLA 2V2HA 2NX9A 3C2VA 4QJ1A 1JRCA 4LU0A 3LCIA 3ABRA 1VCFA 2DZUA 3S1WA 1H7XA 5TIMA 4CCCA 4NVTA 3LBMA 1YXYA 4OWGA 3KVMA 3WJXA 3CQ0A 1K02A 3BW3A 2I14A 2X16A 3P5YA 1TPH1 4JTUA 3LDVA 3G1FA 2WJZA 5D2VA 3E02A 3IGXA 3KOFA 4O1DA 3H54A 3A21A 4IPIA 4MOZA 1ZAJA 3NPUA 4RZ6A 2TYSA 5D03A 2XN0A 2Z6IA 3EEGA 3T40A 1FXQA 2QJHA 3W2JA 2NX1A 4H4IA 2CLLA 4JR5A 5J5DA 5FF3A 1M6JA 1O5KA 3L67A 4DQWA 3HG3A 3OVQA 4IXXA 4CCEA 2BSLA 3LXBA 3S5YA 1KFBA 5DY3A 1EP2A 4JIQA 3NPWA 4HSNA 5LNSA 3BG9A 5D09A 5HULA 4FO4A 1NF7A 4NT0A 4EVZA 3UZJA 1XL9A 3GAYA 4CNOA 4ORMA 3W84A 4S2BA 3G1YA 2VFEA 5FEPA 5K2ZA 3GLCA 3KFTA 1VJIA 3HGRA 4Q32A 3W83A 1J4EA 2E09A 1ZHAA 1G69A 2ZRYA 3QSTA 1OK4A 4CQAA 2NV1A 1S5TA 3C3NA 1GTEA 2P0OA 1RQHA 2GQ9A 3NZ1A 4NU7A 3TE9A 4UFHA 4AWUA 3KRZA 5C55A 1KV8A 1LORA 2R14A 1H50A 2ZYFA 5LZLA 1C29A 1HFBA 2X1TA 1DL3A 4ZMGA 4JX6A 3E12A 3T4CA 1SSDA 4NZFA 3LHYA 3SSJA 1H51A 5C6MA 4O13A 2C14A 4N2YA 1B4EA 1ZY9A 1S5VA 1OYCA 2FDSA 4I9AA 3NL3A 3W7NA 4JTGA 4ONVA 2NV2A 3U6WA 1JCNA 1UCWA 5AYYA 4NNAA 3PSVA 1U83A 3UXAA 4PC8A 5G1YA 1JCJA 1LCOA 2G96A 2ZZ5A 4PFMA 1OFPA 1RV8A 1W37A 4QAIA 1XBYA 1F5ZA 3P84A 2Y61A 4IQLA 4JTHA 4K39A 4WOQA 2VEPA 4Y6GA 4N9EA 2PRHA 1ICPA 4JX5A 4UTWC 2B0MA 3MP5A 4XQ6A 3QFEA 1BWKA 5CZ0A 1EPXA 3FS2A 1Z44A 3FEMA 4WJEA 4BK9A 5DXYA 4BFAA 1H1ZA 1SFLA 3NM1A 1W3NA 4RLIA 4CQ9A 4JTTA 4CCDA 1M5WA 2QCDB 1OYAA 3W1NA 3CWNA 3U8GA 1G4PA 1DV7A 4HPXA 3PB0A 2OJPA 1OK6A 3W7MA 1F05A 3LV6A 3IRDA 2QR6A 3MJYA 3RNDA 3DENA 3SI9A 3RU6A 4CLMA 1W5MA 3SZ8A 3VE7A 1EIXA 1VH7A 3ATYA 1GVSA 1J2WA 4RX0A 4Q4KA 4UMBA 3M43A 4AHOA 1QDSA 1VCVA 1SSGA 4ORIA 3C4UA 3G8RA 5CPLA 3QM3A 3MUXA 3LRLA 4FXSA 5KZEA 1D3GA 1L2UA 2FFCA 1X1OA 2E5CA 3PBYA 1XKYA 4O17A 5AHEA 1EP1A 3EWYA 2FQIA 4IMEA 4N9DA 3LCGA 4H3DA 2V2CA 1TV7A 1WBJA 3LTPA 2G97A 3QYQA 3LLFA 3HG5A 1TREA 5HR7A 2A5HA 3QPYA 3F03K 4GUIA 1NEYA 4ZZ9A 2V30A 5FF2A 3UWQA 1P0KA 5LKYA 3F4NA 5F2MA 1R46A 3HF3A 2WNZA 3BLEA 3N2XA 3PUOA 3FLUA 3NL2A 4YCOA 5F4SA 2NUYA 3CTLA 4IOTA 1RR2A 4UFKA 5EA9A 4R7JA 4IXHA 4WX2A 1F7BA 3TW7A 5EY5A 3EKZA 3PG9A 1KBIA 1H61A 2WNNA 3IVTA 3D0CA 1TPWA 5HMSA 1H1YA 1VC4A 4MVAA 3M0ZA 5KSWA 5CSSA 1W1ZA 2A6NA 2QCCA 2VEIA 4M5PA 3W7HA 3GR8A 1EWEA 2JGQA 3I7QA 4JIPA 1XXXA 1MEIA 5KZDA 5TQLA 2BWGA 5D38A 1GT8A 2E6YA 4MLRA 1VYSX 1OF6A 3BV4A 5F2GA 5DELA 2OZ0A 3RF9A 4HHPA 3PG8A 1XC4A 4XZ9A 3W1QA 3M41A 5LNRA 1K03A 4BWLC 5CZJA 3LM7A 2DJLA 1KBJA 3W7OA 2HS6A 3QW3A 4EF9A 2VFFA 4UFLA 3QEZA 1OX4B 4A22A 2QUTA 1IXPA 2LLEA 2C18A 5F4WA 3EXSA 1LZOA 2C0AA 4FNPA 1X1ZA 1W8SA 3GKAA 3O16A 3N34A 4LTSA 3MBDA 4FNRA 1GVRA 1TRDA 4UUIA 3S5ZA 5SWUA 2EF9A 1GTHA 3DI0A 3RFAA 1CW2A 2ZRZA 1PIIA 3NPVA 1TTQA 4DO6A 2J9ZA 1ONRA 2V8ZA 2ZZ4A 1FDZA 3LBCA 1TTPA 2AQWA 2RDUA 1UBSA 3OIXA 1TQXA 3TSMA 1OABA 4I7WA 5F1UA 3WK3A 3E49A 2HSAA 2OT0A 3GXNA 5G5IA 5D33A 3L5AA 4P2VA 2YX0A 3Q94A 3BLFA 2XFWA 3DFQA 3SGUA 3LCWA 3NAVA 2Y6ZA 4DPPA 3EX2A 1JUBA 4JY8A 4JTFA 3PUDA 4NZJA 3G1XA 5A8GA 3G0SA 1A53A 4GNJA 1OVDA 3S1XA 2Q3RA 3W2LA 3O6CA 4O28A 4XWUA 4DBEA 3G1DA 4UR8A 1QWGA 1YYAA 3DKLA 5FI8A 2WKJA 2YCEA 3W1UA 1TO3A 1TV5A 3LOTA 3TC6A 2VKZG 3TA6A 2E1DA 3O07A 3N9SA 2R8WA 1SW3A 1W31A 1FWNA 3BK0A 3L68A 4LW7A 4PH6A 2WSQA 5BMWA 3TIMA 1DJQA 2ZZ7A 3TKFA 1Q6OA 3E96A 3LCHA 1UUMA 3MI6A 1XUZA 4A21A 5HNRA 4BI7A 5LHEA 2E6FA 3IIZA 3DI1A 4TR9A 5C54A 2Y7DA 1PV8A 2R94A 4UTTA 4IGHA 3EWZA 2ZDRA 1QMLA 5TBOA 5IBXA 4O54A 4ML9A 4RKAA 5K9XA 4MYAA 3W1LA 1JJKA 2VEMA 5AFDA 4MZ8A 5KZMA 3B05A 1LP6A 5D2WA 4IJBA 1G7UA 1JCXA 4A2RA 3W2NA 3PAJA 5K4XA 4R34A 2FJKA 1GEQA 5D05A 1DORA 1DBTA 5BNKA 2YR1A 4QITA 4XBSA 1K7FA 3A22A 5D2TA 1QPRA 1XBVA 5LHFA 4O52A 1JUEA 3TH6A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1YPF A;  4PTW A;  3GS6 A;  1S39 A;  3QZE A;  4BF7 A;  2OU4 A;  1NU5 A;  3WLP A;  5CC6 A;  5BXP A;  2OT1 A;  4EAM A;  3SY5 A;  1DWJ M;  4AAJ A;  2ZZ6 A;  3BLL A;  4NQ1 A;  3FST A;  3GDB A;  1VEM A;  1C8V A;  3N04 A;  2KAU C;  3XIS A;  2QV4 A;  1E0U A;  3O0F A;  3QOM A;  5AC4 A;  3MCM A;  3W1A A;  5LNV A;  4O50 A;  3AIQ A;  1W2V A;  4O0K A;  3CHV A;  4MKS A;  3TAK A;  5E70 A;  4FIQ A;  3GM8 A;  1MMF A;  1FHL A;  5ENL A;  2E5B A;  3LPO A;  3A3X A;  5CZS A;  2G50 A;  3DUG A;  4UTL A;  3T05 A;  1ZJB A;  1ONW A;  5E9A A;  4K8G A;  4P7N A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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2ZRVA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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