2ZRXA

Crystal structure of sulfolobus shibatae isopentenyl diphosphate isomerase in complex with fmn and dmapp.
Total Genus 147
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
147
sequence length
364
structure length
364
Chain Sequence
DIVNRKVEHVEIAAFENVDGLSSSTFLNDVILVHQGFPGISFSEINTKTKFFRKEISVPVMVTGMTGGRNELGRINKIIAEVAEKFGIPMGVGSQRVAIEKAEARESFAIVRKVAPTIPIIANLGMPQLVKGYGLKEFQDAIQMIEADAIAVHLNPAQEVFQPEGEPEYQIYALEKLRDISKELSVPIIVKESGNGISMETAKLLYSYGIKNFDTSGQGGTNWIAIEMIRDIRRGNWKAESAKNFLDWGVPTAASIMEVRYSVPDSFLVGSGGIRSGLDAAKAIALGADIAGMALPVLKSAIEGKESLEQFFRKIIFELKAAMMLTGSKDVDALKKTSIVILGKLKEWAEYRGINLSIYEKVRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title New role of flavin as a general acid-base catalyst with no redox function in type 2 isopentenyl-diphosphate isomerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
molecule tags Isomerase
source organism Sulfolobus shibatae
total genus 147
structure length 364
sequence length 364
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 5.3.3.2: Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase.
pdb deposition date 2008-09-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01070 FMN_dh FMN-dependent dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2zrxA00
3TSBA 2B0MA 4O1CA 4XUGA 3TFCA 1AW1A 2PCQA 4TU1A 1EP2A 2ZZ2A 4B5NA 5F2MA 1QAPA 3DFSA 1OFRA 2YGYA 2ISVA 5K7JA 2CLOA 2ABBA 3PWAA 3GDKA 5FEZA 4N2YA 3C61A 1FCQA 2A5HA 3BW4A 3O8AA 4JN6A 3TC7A 1XBVA 3GKAA 3KVLA 2X16A 4JEQA 3RLUA 5KZEA 1OABA 2QCEA 3S1UA 1QPNA 3T40A 2WNZA 4N4PA 3R12A 1I2PA 2NZLA 3PBYA 4ICNA 1DVJA 5CKSA 4JICA 3STEA 4OGZA 1KFJA 4YLWA 3C52A 3KHJA 5LNSA 5G2IA 3NAVA 3HGJA 1EIXA 3DAQA 3P62A 4GUFA 4O11A 1DV7A 4DO4A 4JDBA 3SSJA 3HGRA 3MO7A 3H54A 3EX1A 2XN0A 1SFJA 1DKWA 4CQ9A 4FIQA 1ZALA 3TNOA 2GJLA 3QMTA 3P8IA 3SY5A 4H6KA 1QNVA 4AHQA 3IIXA 1TV8A 3IEBA 1K7FA 4GJ1A 4IX0A 2YSWA 3YPIA 1KFEA 3E9AA 1XBYA 1JUKA 4UFJA 3NEVA 1WOBA 1KM0A 5A5WA 3QFEA 5KINA 3NA8A 2V8ZA 3QRHA 2NWSA 4ZMGA 3PAJA 3FFSA 1ALDA 1TIMA 3PY2A 3Q2DA 5CZ0A 3ABQA 2CZDA 1JULA 1X6UA 3EWYA 4ZQMA 5C54A 3CIXA 3PSVA 2E6DA 3G0XA 2YPIA 1OX6A 3LHYA 1SW0A 3G1YA 2D73A 4R7JA 3N3MA 1OYBA 1O95A 1VPXA 2EAWA 4IGHA 3C0JA 3FA5A 1UUOA 5AN7A 5AC7A 4IXHA 3TJLA 2QEZA 2A2IA 3TSMA 3VI2A 3GVGA 3VE9A 5HMSA 1JCMP 1O5XA 4HKPA 4A21A 2YYTA 1H63A 3HGOA 4UTWA 3W75A 3LB0A 5T26A 3L67A 3JS3A 2V81A 2E6YA 2Y62A 4PA8A 1LBFA 4O57A 4HPXA 3LCHA 3C2RA 5DXXA 3FIGA 5H91A 1JCXA 4QNWA 1TRDA 1KM6A 4GUJA 4CNPA 3TIMA 1TJRA 4CCDA 3MI3A 3MUXA 4CNOA 3CEUA 1RD5A 1BWKA 2A0NA 2YZRA 1Z42A 2YDAA 1O4UA 3W74A 2Y63A 2UV8G 1U5JA 3EWWA 4N9DA 4GE8A 1VCFA 4N9EA 3P80A 1AW2A 1IF2A 1P0KA 1G4SA 1ZJIA 1ZAIA 4RV8A 1JVNA 3G0SA 3NQ2A 2VELA 4IMFA 5TQLA 3STGA 5CGQA 3FJLA 3LX9A 4JTIA 1HG3A 4MY1A 5U7SA 2CLHA 4NNAA 1Q6LA 3UPBA 1KBIA 3TCEA 4N6FA 2YW4A 4ML9A 1HO4A 4C1KA 3LXBA 4RXGA 3VCRA 5D33A 4AH7A 4UR8A 2WV8A 4AF0A 4UNLA 2NUYA 1V5XA 2G95A 1FQ0A 4PCFA 4M19A 1G7VA 1KM4A 3LLFA 3WK1A 3BLEA 3UWWA 3NZRA 2P10A 1TPVA 3L2IA 1NSJA 4HPJA 4N6EA 1BWLA 4DBDA 2CLMA 3O6YX 3DI0A 2I9EA 1GVRA 3INPA 2YFNA 1FDYA 1X7FA 4LU0A 1JRCA 4JTGA 4EVZA 5LNUA 2V9DA 3W1AA 1WOAA 2B7PA 5HNRA 4X22A 1KLZA 1OYCA 5G2WA 2ZZ7A 5MHBA 3LXAA 3L5LA 2YXGA 1JCLA 2V82A 4YL2A 2W0UA 4ADTA 2E6FA 2FDSA 1LZOA 2HSAA 2OX1A 4JTLA 2E77A 3LHVA 1I2RA 3NR0A 4HNTA 2CLIA 4Q32A 3WK0A 4QSHA 1VJIA 3TR2A 1EEPA 3M5ZA 2ZDRA 1TSIA 2ZA3A 3BGGA 3O1NA 3NQ6A 1D3HA 3IVSA 5CSSA 3W76A 4MLRA 4ZQCA 4RR4A 3RMJA 3H53A 4BWLA 4LS2A 2PURA 4JTSA 2R8WA 1PS9A 4DPPA 1ZAJA 2AQWA 3SGZA 3W1NA 1VZWA 4JS3A 2NUXA 4PL1A 1VYPX 4MZ8A 1MEIA 1LRQA 1H7OA 3G22A 1LM1A 4JYFA 5J5RA 3M7WA 4UFHA 2A85A 1ME8A 2WSYA 3QZEA 4N9BA 2VC6A 3CT7A 3TXZA 4MLJA 3PC0A 3TW6A 5AHFA 3GAKA 3B05A 2EKCA 4KFPA 4XBSA 1MO0A 1EWDA 2X30A 3ZR4A 4DQWA 3LRLA 1OFAA 4LRSA 1GPWA 3TJXA 5BMWA 3HIJA 4UTWC 2CFFA 1QCWA 1GZGA 1ONRA 1I45A 3M1ZA 4JGDA 4FX8A 5CPMA 4CNNA 3UQNA 5AFDA 3KOFA 1TQXA 5KZDA 1W37A 3QM3A 4UTTA 2Y7FA 4HNUA 1TPFA 2JBMA 5HR6A 1K7XA 3P7YA 2ZZ5A 1Q6QA 3W7DA 3HPZA 4O10A 1F5ZA 4UTUA 4MPQA 3TK7A 1SPQA 4NJGA 3TQKA 4N4QA 3TA6A 1TV5A 2B4GA 3UXDA 2P0OA 1TRIA 3I6RA 1NAL1 3MBDA 1LBLA 3F4NA 3PBWA 3G1XA 2EGZA 5D09A 3CHVA 4MFDA 2CZEA 3G1FA 4RK8A 3OVPA 5DXYA 1P4CA 2NV2A 3W2MA 3W7HA 3CU2A 3W7OA 2QCDA 3BLIA 3DKJA 2J6XA 3EWBX 3GDLA 1KBJA 5BNKA 2TSYA 1XCFA 2Y7EA 4LVFA 4JNMA 3TUUA 4WXZA 1OFPA 4I7WA 1FDZA 1XM3A 3RF9A 3B04A 5C6MA 1VYRA 1NF7A 4MY9A 3QMSA 1LROA 4KWWA 1DQXA 3STFA 4NZJA 1H50A 1NEYA 4CCEA 2DZTA 3W2LA 3C56A 1J5TA 2X2GA 3QSTA 3PUEA 4H4IA 3NQVA 4IQLA 3BW2A 1Q6RA 1I2OA 5L9FA 1K8YA 1QO5A 3G1AA 5LHFA 3TXVA 2GQ8A 3W88A 3CPRA 3SECA 2Q3RA 1JQXA 3TDFA 3SR7A 1BKSA 4MFEA 1MSSA 1LORA 3FKRA 4NT0A 3T7VA 5FEWA 3G8EA 3ATYA 3C8FA 3GXNA 3GYEA 4O12A 3GLCA 3A9IA 2Y70A 3C2VA 1FBAA 2B7NA 1FXPA 2V30A 3IRDA 2BTMA 4S1FA 3LHWA 2WSRA 4XBKA 5KITA 4ZL1A 2HS8A 4A2SA 4BWLC 4IMGA 2W79A 3G3DA 4LRTA 3L68A 1H7WA 3QQ0A 1J2WA 2ZA2A 3PBUA 3O07A 3O06A 3EX3A 1OFOA 5CPNA 5K9DA 3I65A 1ICQA 5AOUA 2Y85A 3QJAA 3TQ0A 2QR6A 3KRUA 3W7QA 2ISSA 1ICSA 1TPDA 2VFGA 3FS2A 2R94A 4ADSA 1VR6A 3N34A 4JX6A 3DHDA 1X8FA 4KWVA 4IJBA 5G1TA 3PM6A 1V7YA 2X1SA 4UFLA 4RKAA 1OG0A 1KM3A 1K03A 4FF7A 1X1OA 1YTKA 4N9CA 5F2GA 3GR8A 4PL2A 3S0CA 1M6JA 1JUEA 4UTTC 5IBXC 2BXVA 2Z2UA 3GXTA 1H51A 3MP5A 1K7EA 3IVTA 1G4PA 4HT3A 4GUGA 2CLFA 4JTTA 4O28A 5FF3A 4AHOA 1QWGA 4AMAA 3M43A 2DORA 2VEMA 4UTIA 4XKYA 3HGSA 4LUJA 3MWAA 5D2XA 3GXPA 3RLVA 3G1VA 4IUOA 5HQEA 3N9RA 4A29A 3A23A 1NF0A 1SU5A 1ZAHA 4JY9A 3TW7A 4CQAA 5EMUA 3WJXA 4S2BA 3K30A 5FF4A 3DBPA 4TMCA 1VH7A 1MEHA 1R2TA 3G8RA 4UMBA 3RFAA 3OBKA 5K2ZA 1RR2A 1ME7A 3HBLA 3SGUA 1WV2A 1J4EA 4LVDA 4BK9A 4PH6A 3TKFA 3FEMA 1YXCA 4AAJA 2FLIA 1TB3A 3DFPA 3R13A 4DF1A 2E5BA 1VRDA 4XTIA 5IM51 3VE7A 1DHPA 1IGSA 5AHMA 4AXKA 4KKXA 2QAPA 1R2RA 1WYIA 4K8HA 4MIMA 1D3GA 2QCHA 3NQGA 3P8JA 2ZRYA 1FCVA 1YYAA 2NXIA 3W6YA 1ML1A 4Y90A 2H3BA 4LWWA 4GWEA 4JY8A 4JYDA 3QMRA 4PEKA 3OA3A 3CEPA 1VHNA 4JTUA 3ATZA 4Z1CA 5F4WA 4XWUA 3B06A 3MP4A 3UWQA 4MJMA 5I3JA 4GC4A 2DZVA 1Z41A 1Q45A 4LY8A 3HB9A 3LLDA 1XBZA 3TV8A 4JDYA 3GNDA 1R2SA 2NLIA 1L2UA 4HNVA 2GQAA 3QSRA 1OHLA 1AG1O 2NV1A 3EKZA 1A53A 3B03A 1P5BA 1K8XA 5AC6A 1LLZA 2DZSA 4FIRA 5I3FA 4PC8A 1W3IA 1HFBA 3I7QA 1R47A 2RDUA 3IGXA 3HPXA 1TTJA 4M7TA 1HUVA 3GR7A 4MZYA 4EOUA 3O05A 1WBJA 3ZFHA 3DENA 1AK5A 4KFNA 2RH9A 5F2IA 5LNRA 4TMBA 3AO0A 3THQA 3FJ6A 5LGXA 4CCCA 1WAUA 3CTLA 3T78A 4WY0B 3NQEA 4H3DA 4ONVA 2QUVA 4NJJA 2VEPA 1X1ZA 1FCBA 1XBXA 1YTDA 5HULA 3W73A 3IVUA 2Q8LA 4GXMA 3SI9A 2VOMA 3M5VA 3ABSA 3GDMA 4K37A 1I2NA 4QM1A 4HSNA 1L9WA 1OFDA 3FYOA 1TPUA 4WQ6A 5L6UA 3TU9A 5LZLA 1SO5A 4UIOA 2JKPA 1M7OA 3VNDA 3LXCA 1OK4A 1RV8A 4R34A 3NQMA 5FI8A 2QUTA 3G18A 3W3OA 1G6CA 4OT7A 4BR1A 5LNWA 3KFTA 3L0GA 3QPZA 4YCPA 1K3UA 3NQ7A 5TBOA 2QCGA 4Z08A 1L6YA 3ZS4A 1LP6A 3QC3A 4IWWA 4ORIA 1EUAA 3FOKA 3UD6A 3ANYA 1KM1A 4YXGA 2RDTA 3W87A 3MHFA 3SFKA 4JXCA 3PULA 4ZQOA 3ABRA 1XUZA 4ALDA 1SO4A 3Q94A 4NJIA 1K02A 2VFHA 4W9TA 2VEKA 1FWNA 3NVTA 3G1HA 1QOPA 3WJSA 4KFOA 1R30A 3GIYA 2V2HA 3HG5A 4O19A 3CLMA 2J9ZA 3B8DA 4J9JA 3TX9A 2G96A 3TAOA 2Z6JA 4BF9A 5K9CA 1TMHA 3BGJA 3SJ3A 3UY8A 3IIOA 2G97A 3W7GA 5BRBA 3THAA 4YCOA 4O16A 1SZNA 2ZRVA 1O94A 1I4NA 3DH7A 2A7NA 3LRKA 4M6QA 1W1ZA 1F74A 1YPIA 2JGQA 3U2OA 1H7XA 4DXVA 4DF0A 5HWNA 3G1SA 4K8EA 3G0UA 4LTSA 1YDNA 4JYEA 4UFIA 2BLEA 1GTEA 7TIMA 2VFDA 3GAYA 5AHEA 3F1QA 4HN4A 5EBUA 4AWTA 4I7UA 1XL9A 4IOTA 1F7BA 3EXSA 3BG9A 4K7YA 4O17A 1M5WA 3L0KA 3LCFA 1B4KA 4O18A 3STCA 3O15A 2OCZA 1M7PA 1OX4B 2NX3A 3TFXA 2ZRWA 2QKFA 2VFEA 4LC8A 4XQ6A 4A3UA 2QCLA 5E0KA 1DORA 1IIHA 5D2WA 2C13A 4BFAA 5AYYA 2BSLA 2YFOA 4LW7A 2C1HA 1LDCA 4RZ6A 2G5WA 4Z1DA 3PUOA 2WKJA 2V5BA 1F6PA 1P1XA 2RFGA 3R89A 3LI1A 3BK0A 2GPTA 2XFWA 1QPOA 2A6NA 2CWNA 2H8ZA 4P61A 3BO9A 1JR1A 1KV5A 3TSDA 1TPC1 1O60A 4WJEA 3PBVA 4JR5A 3OEXA 1U83A 4WXYA 3IIZA 5DBUA 2FIQA 3W7NA 1H7RA 1GYNA 5E1QA 3TE9A 1VLWA 1YXYA 2C19A 3E96A 2RDWA 4FB7A 1TYGA 3N19B 3OIXA 5CPLA 1OFQA 3WJYA 3S5YA 3LDVA 4O15A 1PCKA 1LTDA 4Z1AA 1SUXA 3F4WA 1W3TA 1G7UA 4UFKA 4GUIA 3W7KA 5D05A 4NX0A 1F73A 1G4TA 3UXAA 1KM2A 2AGKA 3QEZA 2WPBA 3M44A 1TO3A 2H3DA 3PVFA 3W7IA 2C16A 1WX0A 5IBXA 3UYCA 1AMKA 1XUUA 2FB2A 3GDRA 1KA9F 4I7VA 1VCVA 3N14A 3QQ1A 4QQ3A 4O52A 3S42A 4JTFA 3TMLA 3S1VA 3L66A 5J5DA 1GTHA 5DCEA 5CZTA 5FEPA 2ALDA 1FWSA 1H1ZA 4FHAA 3EWUA 3W9ZA 3P81A 5F1VA 2P1FA 3KRSA 1OFEA 4JTHA 4MYAA 3BW3A 2DZWA 4ZZ9A 2A1YA 1LLWA 1R46A 4FXSA 1H1YA 5D32A 3SIZA 3GZ3A 2TYSA 1IIGA 3IIPA 4JX5A 5DY2A 1SQ7A 2RHGA 3BLFA 1RQHA 4BI5A 4O53A 3EX6A 4DPQA 1IXPA 1F76A 1QO2A 3R2GA 2E5DA 1ICPA 4NJKA 3WK2A 5K4ZA 1G4EA 4TR9A 1LBMA 3P84A 4FNUA 3LI0A 3N9SA 3W72A 4UXDA 4UMAA 3S1XA 2AAMA 3DZ1A 3BPWA 1SZGA 3TH6A 1N8FA 2H8XA 3EKLA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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