2ZRXA

Crystal structure of sulfolobus shibatae isopentenyl diphosphate isomerase in complex with fmn and dmapp.
Total Genus 147
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
147
sequence length
364
structure length
364
Chain Sequence
DIVNRKVEHVEIAAFENVDGLSSSTFLNDVILVHQGFPGISFSEINTKTKFFRKEISVPVMVTGMTGGRNELGRINKIIAEVAEKFGIPMGVGSQRVAIEKAEARESFAIVRKVAPTIPIIANLGMPQLVKGYGLKEFQDAIQMIEADAIAVHLNPAQEVFQPEGEPEYQIYALEKLRDISKELSVPIIVKESGNGISMETAKLLYSYGIKNFDTSGQGGTNWIAIEMIRDIRRGNWKAESAKNFLDWGVPTAASIMEVRYSVPDSFLVGSGGIRSGLDAAKAIALGADIAGMALPVLKSAIEGKESLEQFFRKIIFELKAAMMLTGSKDVDALKKTSIVILGKLKEWAEYRGINLSIYEKVRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title New role of flavin as a general acid-base catalyst with no redox function in type 2 isopentenyl-diphosphate isomerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
molecule tags Isomerase
source organism Sulfolobus shibatae
total genus 147
structure length 364
sequence length 364
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 5.3.3.2: Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase.
pdb deposition date 2008-09-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01070 FMN_dh FMN-dependent dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2zrxA00
1AK5A 4MIMA 3TE9A 5U7SA 1I2OA 2J24A 4BF9A 3LBMA 3FFSA 2DZVA 1P0NA 3OHIA 2XN1A 4ORIA 3NQ8A 3NQ6A 1TSIA 4LRSA 2FPVA 1LRNA 1H51A 5KZMA 1LRTA 4UTLA 2YW3A 1Q6RA 2Z2UA 2X2GA 3TR2A 3UY7A 4JICA 5F2IA 1F2JA 1LM1A 3OVPA 4ADTA 2CFFA 3U2OA 3DFPA 4ZL1A 4FNRA 2NXHA 1LP6A 3NYZA 2E6AA 5G5IA 3BGJA 4Q32A 5DLCA 4WZHA 2Y7DA 2QEZA 4UFLA 3O06A 2V2CA 3LTPA 4JX4A 4ADSA 2G97A 1R2TA 5E1QA 3W1AA 3BW3A 4GJ1A 3TFCA 1XBZA 2ZA1A 3E49A 2X1TA 3EWXA 1U83A 1TMHA 3M5XA 1A5AA 1QPOA 3KRUA 3F4NA 4JGDA 1DOSA 3DZ1A 2W6RA 3UWQA 1FCBA 2NWRA 1K8YA 1VZWA 4RKAA 1JUBA 3N14A 1J4EA 1OFAA 4XUGA 1LOQA 1CI1A 3LTSA 2O7SA 4FEZA 3DFNA 1W5QA 1FWTA 2VFDA 2YCEA 1ICSA 1YDVA 4CCCA 5DN1A 1ICPA 3I7SA 4PODA 1Y0EA 4IGHA 1A5BA 4HNVA 3STCA 4O53A 3A5FA 4GNJA 3P60A 3LCWA 3W2NA 4JY9A 3UWWA 1TPEA 2DJXA 3LXCA 4XZ9A 3GNNA 1GVFA 4H3DA 2J27A 3HGJA 2NX9A 3S5YA 2E1DA 3BV4A 4UTJA 3P8JA 4D2JA 1QPRA 3I7RA 2QCMA 3MP5A 4QNWA 2TYSA 4LVDA 1K7EA 2WNNA 2DJLA 7TIMA 1TPVA 2ZZ7A 4Z1DA 2YR1A 3EX1A 5KINA 3A21A 2XFWA 3NQEA 5AC8A 1XUUA 5FF4A 5U4NA 3QSTA 4Z1AA 3UXDA 1EP2A 1V7YA 3SJ3A 1JCMP 3S1UA 3K30A 2ZZ3A 2VEMA 3FYOA 4IMDA 3ABRA 1VLIA 3IVUA 1UB3A 4OHQA 4E38A 6ALDA 3KVJA 1F5ZA 4LNYA 1KM5A 2VEPA 4O1DA 3W7CA 1VCFA 2CLIA 1QFEA 2B7OA 2CLLA 1FWRA 2V5BA 4HT3A 2E5DA 5CSRA 4Z1BA 2P10A 2WKJA 1XM3A 4OBTA 1VCGA 3ABOA 4WY0F 4O19A 3RNDA 3T78A 2PRMA 3PVFA 3UXAA 2O7QA 3NZRA 1ML1A 2W0UA 4NX5A 3DHFA 4YLWA 5HUPA 1B4EA 4HSOA 3NL6A 1EPXA 3DFQA 3N2XA 1G69A 3A9IA 3KFTA 2WV8A 1A5SA 3W1QA 3QF0A 4JS3A 2RH9A 3VNDA 5H2ZA 1W31A 2RDWA 5D2VA 5FF7A 2Y7FA 5LHEA 5K4XA 4JIQA 3G1XA 2E6FA 2ZQ0A 1K7FA 4NNBA 3MP3A 1KV5A 1SQ7A 4WJEA 1XDMA 4Y90A 3GIYA 5I3GA 3MMTA 2GJNA 4BWLC 4NZJA 5D02A 1W37A 1Z44A 3NQ2A 3SECA 1LROA 5KMYA 5HQEA 4O15A 3R8RA 3NL2A 3HG4A 4WUIA 4I7WA 2I9EA 2VENA 5D05A 4UTHA 1WX0A 3QC3A 1XBYA 1O94A 3PBYA 1W54A 1XKYA 4DPQA 5BW6A 1H7OA 4AVFA 3GXNA 5HNRA 3MP4A 2NUXA 4PEKA 3T40A 4O0ZA 1OJXA 4MYAA 2B7PA 3FJLA 3PBVA 5CPMA 3T4CA 2RHGA 1IXQA 3UZJA 1KV8A 4UFKA 2QJIA 1C8VA 3G0XA 1WBHA 2QCEA 1XUZA 4QIUA 1U5JA 4GUHA 3QW4B 3HGRA 3QMSA 3ABSA 2FIQA 2HS8A 2YYTA 3Q94A 3QQ1A 5F4WA 1LRQA 2DZSA 3FJ6A 1GYLA 3LXBA 4JDYA 1VPXA 1C29A 2CLFA 3LOTA 4A3UA 3U6WA 1YYAA 1GVSA 3DFOA 5LNRA 2CLEA 2ZYFA 4ZMGA 5AHFA 3TSBA 3ANYA 3W7MA 3TSMA 2YX0A 3GNDA 1KLYA 2Z0IA 3M44A 3L65A 3OG3A 3INPA 4AEOA 4HPJA 1I2RA 3VI2A 2OZ0A 2J88A 4WX2A 5F4SA 1R30A 1ZJIA 3RLVA 2V0TA 2VFHA 1YTDA 3EXSA 1IXOA 3NXFA 3UWVA 4MUZA 3FKKA 4MY9A 4OQVA 1TV7A 2FPTA 3DI0A 4X22A 4RZ6A 1S3HA 4UNLA 4ICNA 2QCNA 1LBFA 4WOQA 5G4EA 6TIMA 3CWNA 4JTFA 2ZTJA 3IEBA 5HULA 4N6EA 2VFIA 3PB2A 4OGZA 2FFCA 3FYPA 3BLIA 3NQMA 3E12A 4MZYA 1LBMA 2QUTA 1SUXA 1FWSA 1QR7A 3LBCA 4FNPA 4WY0A 1FX6A 3CEUA 2VOMA 5F2GA 2H3BA 2RDTA 3LM7A 4KWVA 5TIMA 4FO4A 4JTSA 1QO2A 1ZAIA 3EWZA 4N9BA 3ZWTA 1WDWA 4A21A 5G1TA 3BG5A 4RZ5A 3TROA 1N7KA 2GVJA 5F2MA 5HINA 1H1YA 3NZ1A 2YDAA 3L0NA 3TCEA 1SU5A 3C56A 1GG1A 2CLHA 4FXSA 4U4MA 4QSHA 2EPHA 3L67A 5I3IA 3BARA 5KITA 2V2DA 4MVAA 2ZFAA 2DZTA 3L66A 3DKJA 4ONVA 3A24A 2NUYA 4GUIA 4IMCA 4UR7A 1T8XA 2X16A 4L4MA 4LOCA 3MI2A 4HNUA 1H7WA 2NZLA 4DELA 3RU6A 1W3TA 4TO8A 1GEQA 3KVMA 4N6FA 1H62A 1TJRA 1BKSA 4K36A 4MFEA 5LHFA 4ZQMA 5CG7A 1GTHA 4LUIA 4LV9A 3LGEA 5LNUA 2WSRA 1GVRA 2Q3OA 3MBDA 3MUXA 1IF2A 2I1OA 3E0IA 2GQ8A 3G18A 1NFBA 2V82A 3W85A 1PL9A 3PSWA 1YPIA 4IX2A 1OFRA 3FS2A 3SGUA 1OX4B 3KVKA 4MY8A 4EVZA 1VHNA 3C61A 3LI1A 1TTPA 3M5YA 4DF0A 2A7NA 3LCXA 5CKSA 4TMBA 2CLKA 2VEKA 3ZR4A 2Z6JA 4ZQRA 4DF1A 3DENA 3EX2A 2WQPA 3HG3A 4N9CA 1R47A 4Y6GA 3WK3A 3MI3A 3QPZA 3BG9A 4LS1A 3CIXA 4OU1A 3HG5A 4FX8A 2CZDA 2VEIA 2FJKA 5E93A 1TTQA 3W1RA 4XWUA 3UNDA 3GLCA 1BWKA 5G2IA 4ZQCA 1KFJA 1DBTA 1G4TA 5FEXA 3TV8A 4JDBA 2BLEA 1F73A 2ALDA 2H90A 4NVTA 4GUJA 3NA8A 3M5ZA 1M5WA 5F1UA 3N73A 3TW6A 3F03K 5L6UA 3G22A 1PIIA 1LTDA 1MEHA 4ZQNA 3E02A 1VRDA 4FX6M 4AF0A 3C2FA 4TX9A 3GKAA 4A2SA 1KM0A 1TPWA 3VE9A 1DQXA 3MBFA 4NNCA 3V75A 3KX6A 2BSLA 1PV8A 2Y62A 3W7GA 3OVRA 1KM4A 4Y8FA 3ABQA 4S2CA 3EX4A 5D04C 2WNQA 4XKYB 4LS2A 4AXKA 5LSMA 4K38A 4OT7A 1FUYA 4HKPA 4DBDA 4BK9A 3S1VA 2TRSA 4YXGA 2QJHA 4MLJA 4HN4A 1K8ZA 2FB3A 3TU9A 1EUAA 2JKEA 1TPC1 4O12A 2C13A 3WJXA 4MOZA 4IXXA 1Z41A 1NEYA 2RFGA 3GAKA 4PL1A 1J2WA 4BI6A 3M47A 3W2LA 3W73A 3S0CA 2QCDB 1IIHA 1OK6A 1QOQA 3N19B 1CW2A 3L5MA 3O1NA 1NVMA 4O57A 1XCFA 3W72A 1XXXA 4RZ4A 2ZBTA 3W7RA 5C54A 3MHGA 5AHEA 1JJKA 4NQ1A 2HS6A 3O8AA 3O16A 1T96A 1MO0A 3PM6A 1JRBA 3M9YA 3M16A 5I3JA 5CGQA 1UJPA 3C8FA 2A2IA 3G0UA 2E5BA 3TAOA 4M7TA 5G4WA 3TKFA 4NT0A 1VR6A 3NOEA 4O18A 1T99A 2Y63A 1F6KA 3EXTA 3P67A 4DEFA 1F7BA 3G1DA 3WJYA 3LERA 3W1UA 2QAPA 5L9FA 3ZWSA 3C2EA 4DPPA 3W6YA 5K3VA 4NJKA 1K02A 1WBJA 2PURA 1RQBA 1DVJA 4POCA 3UWYA 3NEVA 2YFOA 4Y96A 1XL9A 3ZFHA 1AW2A 3W7KA 3EKZA 1FQ0A 4M19A 2NLIA 2KZHA 2R91A 2C19A 1VGAA 3BG3A 2ZA3A 3IVSA 3EWBX 4GBUA 3TSDA 2ABBA 1QMLA 3UYCA 5C55A 3B4UA 2Z6IA 3T55A 3LCLA 3QEZA 1V5XA 3KAOA 4Q4KA 2ABAA 1H50A 2J9YA 4EIVA 4NZFA 4LVAA 4IMGA 4XTDA 4QAIA 2WSYA 2V9DA 1XDLA 3I7QA 1HFBA 1KFBA 4PA8A 4MKNA 4BFAA 5T26A 3JRKA 4LC8A 4DQWA 1KBJA 3G3DA 2R14A 1NSJA 1VQTA 4AHQA 1FDJA 1GQNA 3NQ7A 4Z0SA 3TH6A 3STEA 3W2KA 1QO5A 1S5WA 4O4VA 4CCDA 3USBA 1SW3A 3JR2A 3N34A 4FXRA 1DORA 3AO0A 4L4LA 4MPQA 1IXPA 5D2TA 2WPBA 4MLRA 3LXAA 4JR5A 4LV4A 5C5YA 1M7PA 3LCFA 2F7FA 1E51A 2Q8ZA 3AJXA 5IM51 4HSNA 1RVGA 1MXSA 1KM2A 4DBEA 4AHOA 2WOQA 4NJJA 3P80A 2ATMA 2TSYA 3CB8A 2DORA 1KBIA 4JX6A 1I45A 1OK4A 3NQVA 1YADA 1PHQA 3UPWA 3L2IA 3KHJA 3L0KA 4PH6A 2PRLA 3VKJA 2C16A 1KTNA 1I4NA 1ME9A 4JXCA 2QCCA 3G1FA 3JS3A 4MYXA 1Q6QA 4DO5A 5AOUA 3HF3A 4QM1A 4O17A 1TO3A 2QCLA 1L6WA 1TTIA 5DCDA 5FF2A 4LVGA 3B0UX 1H5YA 4MZ1A 1RZMA 4PCFA 4RXGA 3S1WA 2E6YA 2EGZA 3LRLA 2ZZ5A 1KTBA 2CLOA 1JCJA 3CHVA 2GOUA 3EWYA 3O07A 3QPYA 4J9JA 1K7XA 4X2RA 5D2XA 1FXPA 1W0MA 3G1VA 1W5MA 4OV9A 2X1UA 2YW4A 4AWSA 2A4AA 1XI3A 4XBKA 1ZAHA 3O6YX 1JCNA 3W75A 3TA6A 3LHZA 2QF7A 3M1ZA 2DZWA 3CQ0A 1G4EA 1W5OA 2NV1A 1DV7A 3P82A 3NL5A 1Q3NA 2WNZA 4WXZA 1TB3A 4NXKA 5AHIA 3OVQA 3Q37A 1ZFJA 3BW4A 4U28A 1VC4A 1RD5A 3R5EA 3DHDA 1GVQA 3W7LA 5D03A 2A5HA 1LOSA 1QPQA 3NL3A 1JCXA 2A6LA 5D09A 2Z1BA 4XQ6A 3B06A 4H6KA 2NX3A 5EL1A 2TPSA 3W1LA 4CQ8A 3OBKA 1X8FA 4R34A 4DO4A 4EOUA 5AHMA 3STFA 4RX0A 2PCQA 5FESA 1TTJA 1WYIA 3H53A 2E5CA 1B57A 5D2WA 3F4WA 3PC0A 1OVDA 1N8FA 1PCWA 2I14A 5GVJA 4P2VA 2ISWA 3HBLA 2EAWA 5DBUA 2VFGA 1JUEA 5CZJA 4O28A 5DY3A 1R46A 4JYEA 3TC6A 1EP3A 4JD4A 3RF9A 4JN6A 5D32A 1OX5A 4WD0A 3NQGA 2A7RA 5BRBA 3FKRA 3RLUA 5BMWA 2HSAA 2ISVA 2VFFA 4BR1A 1SO3A 3HIJA 2P1FA 2GVGA 3R12A 1JQXA 2FTPA 3MO7A 4O11A 2Y70A 1PS9A 2X30A 4ZQOA 1TPFA 4HPXA 4YCPA 3QMTA 4IXHA 3H54A 4KFNA 3W22A 1G7VA 3G3MA 4GC4A 2VFEA 5EPDA 5I3FA 3C52A 2JKPA 4JYFA 3EKLA 1I2NA 3N9SA 3TK7A 3W2UA 3DGRA 3QYQA 4WQ6A 1X1OA 4JX5A 4QQ3A 4IJBA 3FEMA 3EB2A 1SSDA 4LTSA 4CQ9A 2C18A 3LV5A 5EYWA 3W88A 1ONRA 2CZEA 5FF3A 4O14A 2V5LA 5C2XA 4WOZA 5HR6A 4FNTA 3B05A 3GKFA 2BWGA 3V1PA 3GXTA 5DELA 3W7EA 1CX9A 1VCVA 4O8RA 4H4IA 1LOLA 2B4GA 3B04A 5A8GA 4IUOA 1QNVA 1H1ZA 3UWZA 1ICQA 5TBOA 2E6DA 5G1YA 2GVLA 3W74A 1W8SA 2V2HA 3P81A 3IIVA 2NX1A 5AYZA 3TIMA 2F84A 3HJZA 3S5NA 3S1XA 1D3GA 2CW6A 3PY2A 4LW7A 3W1TA 2Y7GA 3BPWA 1LZOA 3TC7A 3C2VA 3SI9A 5EA9A 4O0KA 2Y89A 2G95A 3L21A 4OWGA 1O95A 1R2SA 3CU2A 1NF0A 2BZNA 4O1CA 3FOKA 3GR7A 3CT7A 3GR8A 4K39A 4UC5A 3N2MA 3EWWA 4PC8A 4LS0A 1DKWA 1OFPA 4IPJA 4A2RA 2DZUA 4UTWA 5K7JA 4OV4A 5KZEA 5CZ0A 4X9SA 1OX4A 1H7PA 1VLWA 1VHCA 1OYCA 4UMBA 5DCEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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