2ZRXA

Crystal structure of sulfolobus shibatae isopentenyl diphosphate isomerase in complex with fmn and dmapp.
Total Genus 147
50100150200250300350020406080100120140
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
147
sequence length
364
structure length
364
Chain Sequence
DIVNRKVEHVEIAAFENVDGLSSSTFLNDVILVHQGFPGISFSEINTKTKFFRKEISVPVMVTGMTGGRNELGRINKIIAEVAEKFGIPMGVGSQRVAIEKAEARESFAIVRKVAPTIPIIANLGMPQLVKGYGLKEFQDAIQMIEADAIAVHLNPAQEVFQPEGEPEYQIYALEKLRDISKELSVPIIVKESGNGISMETAKLLYSYGIKNFDTSGQGGTNWIAIEMIRDIRRGNWKAESAKNFLDWGVPTAASIMEVRYSVPDSFLVGSGGIRSGLDAAKAIALGADIAGMALPVLKSAIEGKESLEQFFRKIIFELKAAMMLTGSKDVDALKKTSIVILGKLKEWAEYRGINLSIYEKVRK
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH1 (3-17)TI2 (164-167)EMPTYTIV3 (273-276)TII1 (20-23)3H1 (29-31)S12 (341-343)AH17 (345-354)AH13 (279-288)S1 (32-34)AH16 (333-338)S2 (51-53)TII'1 (53-56)S11 (292-295)S4 (62-64)AH2 (72-88)AH4 (107-116)AH15 (307-327)S6 (122-127)AH3 (97-102)TI1 (117-120)TIV1 (149-152)AH5 (128-133)S7 (151-155)O1 (168-170)AH10 (225-236)AH7 (158-163)AH8 (173-185)S8 (190-193)TI3 (247-250)TIV2 (194-197)AH12 (254-264)AH9 (201-210)TI4 (265-268)AH11 (239-246)TVIII2 (290-293)S10 (269-273)AH14 (297-305)AH18 (358-365)S3 (56-58)S5 (92-93)3H3 (104-106)AH6 (137-146)S9 (214-216)TII2 (22-25)3H2 (44-46)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Isomerase
source organism Sulfolobus shibatae
publication title New role of flavin as a general acid-base catalyst with no redox function in type 2 isopentenyl-diphosphate isomerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
total genus 147
structure length 364
sequence length 364
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 5.3.3.2: Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase.
pdb deposition date 2008-09-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01070 FMN_dh FMN-dependent dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2zrxA00
1H63A 3O07A 2ZRZA 1I2OA 5D2TA 4M7TA 3UWUA 3W2LA 4OT7A 3INPA 5AHMA 5LNRA 3GAKA 1NF0A 4GUGA 4RJEA 1OFRA 1Z44A 4QM1A 4UFHA 3S1WA 3W7DA 1FBAA 4MZ1A 1VYRA 4XBSA 1F5ZA 5F2MA 1LLWA 4Z0JA 1GPWA 1VR6A 2X1SA 1W54A 3QPZA 5DCDA 1VS1A 1LOLA 1WOAA 4HSOA 4XTIA 5G2IA 4WX2A 2WQPA 3EWXA 5D30A 2X2GA 4CNNA 4AMAA 1Z48A 3BGGA 1EP3A 4MYXA 5G5IA 3A5FA 4LU0A 3W7KA 3LHWA 3W7QA 2WSYA 1KV8A 1B9BA 5EKYA 1VLWA 2QKFA 3WK0A 4ZQNA 4O0KA 5DN1A 1XBVA 4UMBA 1K7XA 3W6YA 2PRLA 3HPZA 4R53A 4X3ZA 2VEPA 1IF2A 4O53A 1QPNA 3R2GA 4RZ4A 1VJIA 3N9RA 4FEZA 4K6AA 2FPYA 1TCDA 4JTKA 1ZJIA 4WQ6A 5HULA 4MFEA 8TIMA 4TO8A 4JTEA 4NJHA 1OJXA 3GR7A 3MHFA 3W75A 4K39A 1L6SA 3E0IA 4Y9AA 3QSTA 1G69A 4XKYA 1EUNA 4FX6M 4S1FA 5H2ZA 1B4EA 3RLUA 1H60A 4JX6A 3UXDA 3LV5A 1VHNA 2B0MA 5HJLA 1H7WA 3FYPA 1V7YA 4Q32A 4YCPA 1H7OA 2V5LA 2V9DA 3EX4A 3MUXA 1GTEA 3C8FA 5AHFA 4UNKA 2VFIA 5I3GA 4JX4A 1O4UA 1M7OA 1OFQA 5BMXA 1OX4B 3W7MA 2E6DA 4WJEA 3FLUA 1GJPA 2QCMA 3SFKA 5L9FA 4TR9A 4R7JA 3G1YA 1LBLA 2YPIA 1KTBA 3FIGA 3O1NA 4WY0F 1EWEA 3HG2A 1LBFA 3RNDA 4DF2A 3KOFA 1QDSA 3M5YA 4QQ3A 1P1XA 3W86A 5J5RA 3EWWA 1K8ZA 5AYYA 1EP1A 3M5VA 2H8ZA 1G7UA 2CLOA 4QNEA 5AHEA 3LHTA 3MW7A 4A21A 1R2SA 1NVMA 3QH2A 4IPIA 2FTPA 3FOKA 1MZHA 4TU1A 5AC6A 4IX0A 5CSRA 3CC1A 3HG3A 2Z2UA 1GQNA 1LYXA 2OMAA 4JD4A 4Z1BA 1PL9A 3HF3A 2ZRYA 1TTQA 2RDUA 1NAL1 5FESA 3N14A 3LLFA 4YCOA 5HUOA 1ZAIA 4K8EA 3TXVA 2DZSA 2ZRXA 1DJNA 4RX0A 4FX8A 1E51A 3G0SA 3QF0A 1BWKA 2OJPA 3L5MA 1SR9A 2G97A 4NUWA 1OF8A 1W5NA 5FEWA 4GUFA 1JVNA 3IRDA 4MJMA 4OV4A 4UFKA 4JYFA 4ZQPA 4RR4A 4I9AA 4JYEA 1UUOA 2WNZA 2ZFAA 4DBDA 2VOMA 1G4TA 3GDLA 4Z1CA 5K9DA 5TIMA 4IMCA 1Q6QA 5IM51 3O06A 4LUIA 1SZGA 3A24A 2B7NA 4R34A 4EF9A 3EX1A 3NPVA 2GQAA 2GUUA 4ADTA 2QCHA 3DFNA 4UTHA 1TJPA 3T78A 2TPSA 1M6JA 1JUEA 3BGJA 1VC4A 2ALDA 1X7FA 3NVTA 2B7QA 1FQ0A 3M6YA 1GTHA 3T4CA 3UZJA 5HNRA 3DFSA 5G4EA 5FEZA 1AMKA 4UMAA 2Q8LA 3QSRA 4BK9A 3VKJA 4O57A 3BG5A 2E09A 2AAMA 3VCRA 4PTNA 3UNDA 4B5NA 3OVPA 3DH7A 3MP4A 1Q6RA 3PS7A 2X1UA 1B4KA 1RR2A 3PAJA 3B05A 3BLIA 2CW6A 3W1XA 3LTYA 3B06A 2DJXA 1FWTA 1LLZA 3ANYA 3DI0A 2NXHA 3GIYA 3FYOA 4ADUA 4Y90A 2RDTA 2FPTA 2QDHA 1KM0A 2PURA 1RPXA 2YCEA 4WY0B 3TCEA 1AG1O 4FNRA 2YZRA 4AWSA 1OF6A 4MY9A 3IV3A 3TSBA 1SZFA 3CQ0A 5F2GA 3GK0A 5DXYA 2A7PA 2QJGA 1SW3A 5CZ0A 3E49A 2KZHA 5D09A 4FXSA 1WAUA 2Q3OA 4OE7A 4OQVA 2C19A 3PG8A 2WOQA 4O4VA 1XUUA 1KFLA 3GB6A 4H6KA 3KHJA 3QFEA 2C13A 2HMCA 1I8JA 5HWJA 2OZ0A 5G1TA 3NM3A 3NA8A 1X6UA 4JX5A 4NXKA 3NO5A 3L9CA 4C1LA 1DQWA 1IXPA 2Y70A 2BTMA 3PUOA 1VCFA 4AWUA 5AB3A 1I2QA 3TX9A 3LCXA 3GAYA 1D3GA 1W8SA 1SFLA 4LRTA 2ZQ0A 2J9ZA 3PC0A 1EX5A 2YW4A 4M7SA 2VC6A 3PUEA 3W71A 4HPJA 3DFPA 3Q58A 4LC6A 2YFOA 3ABSA 3QM3A 3G3MA 4NU7A 5I3IA 4ZVJA 1HL2A 2ZZ1A 3CLMA 1W1ZA 3M0ZA 3G1XA 4KKXA 5D38A 3HIJA 1EIXA 4LTSA 3NQDA 4ZQMA 2BZNA 1P0NA 1R46A 3TW6A 1OK6A 5AYXA 4A2RA 1AW2A 4P61A 3BW2A 4AWTA 4MLRA 1YLVA 4O52A 4ALDA 3M16A 5KZEA 4JTJA 1MO0A 2QR6A 2B4GA 2IQTA 2EAWA 1BKSA 2G96A 4MZ8A 3G0UA 3CU2A 1LZOA 4HIBA 4JN6A 3TFCA 1UCWA 5D03A 5LNSA 2Y6ZA 3S5NA 1KFJA 1G4SA 2BXVA 1SSGA 3MYOA 1H61A 1TTPA 3NYZA 3FKRA 4RZ6A 2Y7FA 1YTEA 1Z42A 4O14A 2ZRWA 1K03A 2C14A 1BEUA 1WX0A 2CU0A 1I2RA 3LHZA 4MOZA 4N9BA 1TSIA 3H54A 5BRBA 3B0UX 3STGA 4O16A 4M5PA 3P82A 1HO4A 1YPFA 3DZ1A 3TJXA 4AVFA 3HG5A 4YXGA 4FHAA 1JQVA 3NL3A 2BX7A 1KM3A 4UMCA 1WBJA 2FFCA 4PCFA 4FNPA 5E1QA 4GNJA 4S2CA 4S2BA 4OU1A 3W1PA 4ZZ9A 1ZY9A 2ZA3A 1OFAA 3P74A 3GDMA 4EF8A 1T99A 3SJ3A 3W83A 4JNMA 2ATSA 2JGYA 1IIGA 1B3OA 2EGZA 2V5BA 4LV9A 1PS9A 1IIHA 1Q6LA 1PHWA 2QAFA 1RQBA 3EXTA 1TREA 4JICA 1G6CA 1XM3A 5DXXA 3ABQA 4AH7A 3WK3A 1JR1A 2ZZ5A 1N55A 1TQJA 1J2WA 1I4NA 3FKKA 3MHUA 3QW3A 1VPXA 3YPIA 1OG0A 3A23A 4WUIA 1DL3A 3BG9A 3PB0A 4UTJA 1FDZA 4IJBA 3MP5A 4CCDA 5EYWA 4IXXA 2GVJA 3W74A 3ZS4A 1XFBA 2OT0A 4GJ1A 5CPMA 1TTJA 3TDFA 2C1HA 4BWLC 3WJYA 4OGZA 3RF9A 3UWZA 2E1DA 3PG9A 3C0JA 3E12A 4W9TA 3PM6A 1NSJA 1EWDA 1ICPA 1O60A 1BTMA 2Y63A 3KRZA 2YXGA 3A22A 2ZTKA 2E6AA 3N34A 3LXAA 3QC3A 2E6FA 3FA5A 1EA0A 1UBSA 4N9DA 1KM4A 2PRMA 2R94A 3ZR4A 1KFKA 3OG3A 1ICQA 1ZALA 1W3TA 3W7CA 3QJAA 3TXZA 4NZFA 3UPWA 1XCFA 4D2JA 4FIQA 4L4LA 5DY3A 4JYDA 2JGQA 5HWMA 5LSMA 3EB2A 4O1AA 3RU6A 5A8GA 2FJKA 2E68A 3B0VC 1TMHA 1CX9A 2QAPA 1T0OA 3TQKA 4I7UA 3GKAA 2YW3A 5BW6A 4ONVA 4UR8A 3C2FA 4U4MA 1W56A 5IBXA 5K9CA 1IXQA 3NQGA 4IUOA 1NF7A 2DU2A 3HGSA 1GEQA 1GZGA 5TBOA 2QCEA 2V8ZA 5D32A 5K7JA 1P4CA 3ABRA 3C2OA 3MP3A 1JCJA 3KVKA 5AC8A 2R14A 3BV4A 4R33A 1DVJA 4JDYA 1WQ5A 2J27A 3LB0A 1JULA 5I3KA 1THFD 5D04C 3TMQA 3NNTA 1A5SA 2VFGA 3B03A 5T26A 4UTTA 2VXNA 3FEMA 4LUJA 3C2EA 1S5VA 3G0XA 3QYQA 3LCLA 3LERA 4N4QA 1VCVA 3BO9A 3C61A 3BVJA 3TQVA 4JXCA 4CQAA 4AHPA 3W72A 2BSLA 4WXYA 5KMYA 4OBTA 1VRDA 1W5QA 3BLEA 2NV2A 4DO4A 3EWYA 2ISVA 2WV8A 5G1YA 2E5CA 2FIQA 3EWUA 1SZEA 4AHQA 5BOOA 1ZFJA 4XUGA 2DZUA 2X1TA 2ISSA 3NL5A 3TR2A 4PL2A 3AO0A 1ZAHA 2ZYFA 3QZEA 3EKZA 3C4UA 1H50A 3LCGA 3GZ3A 2DZTA 1SO4A 2ZBTA 4G1KA 3NQ6A 3L21A 1UASA 3OIXA 2QCGA 4CLMA 1OYCA 3MWAA 4ICNA 2YR1A 2OT1A 2XN0A 5EBUA 1Q6OA 5HWNA 3O63A 4UNLA 2Y62A 3BARA 4RZ5A 3W1RA 4DEFA 5HINA 5FF0A 1JUKA 5F1UA 2V82A 4ZQCA 2ZA1A 3OVRA 3VNDA 1JJKA 4HNTA 3CM4A 4NJKA 5FF2A 3C6CA 3WJWA 3TROA 5E93A 4HT3A 1KTNA 1UJPA 4EOUA 3L2IA 4FNUA 3PR2A 1ALDA 5CZTA 5LZLA 1SSDA 1OFBA 3LXBA 3W2NA 1TV7A 3N9SA 4MY8A 1PIIA 1KBJA 3U8GA 5DELA 3NL6A 1QWGA 4AHOA 3GXPA 2C18A 2GPTA 4ADSA 4UFIA 1H7NA 5H91A 1AW1A 3ZFHA 1V5XA 3G8RA 2RDWA 5D2XA 3M9YA 3O16A 1Z41A 3UD6A 1H1ZA 1A50A 4RLIA 1I2PA 4O1DA 1X1ZA 1GVOA 1VHCA 1R47A 1QMLA 4Z0SA 4UUIA 2JBMA 2NUYA 3M43A 2JKPA 4LW7A 3FJ6A 2ZRVA 1FCBA 3LXCA 4MZYA 4UFJA 3C2RA 4FB7A 3UYCA 3M41A 3P62A 4XBKA 1S3HA 3IIOA 3W2MA 2CWNA 2H3DA 5C2XA 4EWND 2ABBA 1VZWA 3IIXA 1D9EA 4NNBA 1K02A 1J5TA 2PC4A 4GFSA 3STEA 3PF3A 4IMDA 2VFFA 3NQAA 1OFDA 2J6XA 1HTIA 2GVLA 2ZTJA 5HUPA 3W3OA 5AC7A 2R8WA 1R2RA 3I7SA 4HHPA 1F76A 5GVJA 3HG4A 2CLHA 3DKLA 4M6QA 4ORIA 3B04A 3NPUA 1LRNA 4LVBA 2TMDA 2HS8A 3KX6A 1H7XA 4UFMA 3EX3A 4NX5A 5U7SA 5HR7A 1F05A 3UWVA 3SSJA 5K3VA 3UWWA 3EXRA 2YGYA 4O0ZA 3CEPA 1GYLA 4JTHA 3UY7A 3G1DA 2JKEA 2GJLA 1RVGA 3VI2A 1JCXA 4XKYB 3IEBA 1O5XA 3IGSA 2A7NA 3E9AA 4LS1A 1KM6A 3M5XA 5D2VA 1PCKA 4UR7A 4XQ6A 2WJZA 4O28A 1OFOA 1G4PA 2I1OA 3HPXA 4RXGA 5J5DA 2NX9A 2Y85A 5AHNA 4JY8A 3TC7A 4JTUA 2H3BA 1OABA 2Y7EA 4CNOA 3PULA 1JCNA 2YSWA 2I9EA 4MIMA 3W7LA 3ZWSA 3HMJG 2HSAA 1A5AA 5DCBA 4YWIA 3NQCA 1T8XA 1OFPA 1PE1A 5LNWA 2VFDA 3SECA 4JIPA 5FF4A 3QPYA 5EA9A 1YXCA 3PBVA 3W7OA 3BK0A 4NT0A 1XXXA 3F03K 1BWLA 2PCQA 3H53A 3KRUA 2ZZ6A 1IXNA 3OA3A 3LOTA 1SW0A 4Y6GA 1A5BA 4AF0A 3FFSA 4UTWA 1G7VA 1EPXA 1OK4A 4QITA 2E5DA 1LROA 2VKZG 1RV8A 1JCMP 1TRDA 3IVSA 4PEKA 4BI7A 2FLIA 1QCWA 5DLCA 1TYGA 3S5YA 4UC5A 4P2VA 4JTIA 4POCA 3NOEA 4RCXA 1EP2A 3ELFA 3C3NA 3PBWA 1PVNA 2E6YA 1TPUA 1ME9A 1QPOA 2NLIA 4ORMA 4EIVA 2O7SA 3K30A 2QF7A 5D37A 1HUVA 3L0NA 4AXKA 3CB8A 1ZHAA 3LHUA 1GWJA 4L4MA 3UY8A 3I7QA 5K9XA 5FF7A 3NDOA 3GLCA 3LCWA 3C56A 4YL2A 3W7PA 2NZLA 3SY5A 2PE4A 3R12A 4CQ8A 2XN1A 2E77A 2G95A 3THAA 3KAOA 1W37A 2P10A 3W1AA 2BLEA 2V2DA 4ZQOA 4E0CA 2WO5A 4MFDA 2G5WA 3EX2A 1K7FA 1KFCA 1Q3NA 3DKJA 3NZ1A 2NWSA 3EXSA 4E2BA 4OV9A 1OX6A 1MSSA 4IX2A 4IWWA 3P80A 3CIXA 1DKWA 1ADOA 3NQ2A 4LVFA 5K4XA 3G22A 4GUIA 3L0KA 1OYBA 4NQ1A 3D0CA 1G4EA 1AW5A 3IGXA 1KM5A 1W0MA 4Y8FA 2F7FA 2XFWA 4JEQA 3NPXA 4LNYA 3W84A 1J4EA 4N02A 1K8YA 5F4SA 3PY2A 4Z1DA 5CKSA 3LCHA 2H8XA 3CTLA 5LNVA 3WK1A 5E0KA 1UB3A 4TMBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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