2ZRYA

Crystal structure of sulfolobus shibatae isopentenyl diphosphate isomerase in complex with reduced fmn and ipp.
Total Genus 144
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
144
sequence length
364
structure length
364
Chain Sequence
DIVNRKVEHVEIAAFENVDGLSSSTFLNDVILVHQGFPGISFSEINTKTKFFRKEISVPVMVTGMTGGRNELGRINKIIAEVAEKFGIPMGVGSQRVAIEKAEARESFAIVRKVAPTIPIIANLGMPQLVKGYGLKEFQDAIQMIEADAIAVHLNPAQEVFQPEGEPEYQIYALEKLRDISKELSVPIIVKESGNGISMETAKLLYSYGIKNFDTSGQGGTNWIAIEMIRDIRRGNWKAESAKNFLDWGVPTAASIMEVRYSVPDSFLVGSGGIRSGLDAAKAIALGADIAGMALPVLKSAIEGKESLEQFFRKIIFELKAAMMLTGSKDVDALKKTSIVILGKLKEWAEYRGINLSIYEKVRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title New role of flavin as a general acid-base catalyst with no redox function in type 2 isopentenyl-diphosphate isomerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
molecule tags Isomerase
source organism Sulfolobus shibatae
total genus 144
structure length 364
sequence length 364
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 5.3.3.2: Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase.
pdb deposition date 2008-09-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01070 FMN_dh FMN-dependent dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2zryA00
2Q8ZA 5DBTA 2VELA 4O15A 2CZFA 1F6KA 2GPTA 2VENA 2BWGA 4N02A 1VLIA 3BVJA 4ZQNA 3O06A 1ZENA 5AHEA 1XC4A 2CFFA 2EF9A 4QAIA 4RCXA 3N34A 1KM1A 1W3IA 2QDHA 4NU7A 4O1BA 1G4PA 3N19B 4C1LA 1F05A 1FWRA 4GFSA 3C2VA 1JVNA 2OX1A 2YX0A 3LHUA 3PBUA 5D32A 3TUUA 2HS6A 3ATZA 1G7UA 2ZRXA 2TMDA 2E5BA 3BGJA 3KAOA 1KM3A 3MO7A 4FNQA 2X2GA 3EXTA 3LHTA 1TV8A 4MLJA 1VYRA 4LS2A 5BNKA 3W7QA 4A22A 2WJZA 3A23A 1WOBA 4O1CA 4FNUA 5FF4A 3LRKA 4H3DA 2YYUA 4N4PA 3S5ZA 1O5KA 4M6QA 4OHQA 5G4EA 4AB4A 1KTBA 4LY8A 4OGZA 4R34A 2BSLA 3NPWA 1GTEA 4PL1A 3C8FA 5DLCA 4K36A 3PG9A 1KBIA 2G95A 3FFSA 1TPVA 1G4EA 3CC1A 2ZRVA 2WPBA 4WZHA 5K4ZA 1TIMA 4FNRA 4L4LA 5IM51 2GJLA 4O0KA 4UCGA 2O7QA 4FXSA 3M16A 1LLWA 2FQIA 3B8DA 1IF2A 3BG9A 5LNVA 2QAFA 2YZRA 3TSMA 1OVDA 1JRBA 3IIXA 5I3HA 4QSHA 3MBDA 3WJYA 3EXSA 4JDYA 2YPIA 4FO4A 2OZ0A 3NQ6A 2Y63A 2PURA 3LV5A 4K8EA 3TJXA 2A4AA 2VXNA 3L0GA 1EP2A 1S5TA 3QPZA 3TKFA 2A0NA 3DZ1A 1TJPA 3KRSA 2XFWA 5SWUA 3F4WA 2V2CA 2FB2A 1M7OA 3QZEA 1G6CA 2CWNA 3HGSA 1FWNA 5FF0A 1W56A 3PBYA 4GUJA 4O16A 3UNDA 4D2JA 3NXFA 2A7RA 5AC7A 1EB3A 4ALDA 4Z0SA 4NXSA 2Y7DA 1SO6A 5CZ0A 4BF9A 1X8FA 1QOQA 2VEPA 3PVFA 5KITA 3W7GA 4O12A 3LRMA 2H6RA 4DPQA 3GDTA 2ZTKA 1F74A 4RXGA 1FY6A 3ZR4A 1R46A 3TROA 2AGKA 3EX1A 5FESA 4UNKA 1TTQA 2JKEA 1K7XA 1TPDA 4YL2A 5C55A 3SGUA 4HHPA 2OT1A 1DJNA 1YDNA 3NL5A 3QH2A 3RF9A 3VE9A 2X1SA 5J5DA 1LROA 4JS3A 3KFTA 1FXPA 4AEOA 4O54A 2FPTA 1H7PA 1IGSA 2QCGA 4HIBA 2DZUA 1WOAA 3DAQA 2DP3A 2V9DA 2ZZ2A 3O05A 4DXVA 1W5QA 4EOUA 3W2UA 4DPPA 5EY5A 5EYWA 2J27A 4MYXA 1KM4A 4LW7A 3QQ0A 1T99A 3C6CA 4A2SA 2ZZ3A 3QPYA 4UTTC 1TPB1 4TO8A 1KM0A 5KZEA 3W72A 3LTSA 4AXKA 4PEKA 1YDOA 4I7UA 4M5PA 3STCA 3CB8A 4NJGA 3E49A 1SW0A 3PG8A 3NVTA 5A5WA 1FBAA 1KM6A 2HMCA 2DU2A 3TAKA 2C18A 3DFPA 1VCVA 2V8ZA 1Z42A 4IUOA 3OBKA 1GVFA 3NO5A 5CPLA 3UWUA 2JKPA 5AHLA 3NQEA 5E93A 3L0KA 4IMCA 3S6DA 1LRQA 3G1XA 3UD6A 3IRDA 3A22A 2ZZ4A 3MP5A 1SR9A 2BXVA 1R2SA 3FJLA 3N9SA 3QYQA 5ABTA 3LXBA 1LORA 1W8SA 4JTTA 3GXPA 5F2LA 3TDFA 1VGAA 4LU0A 2EPHA 3GKAA 2V30A 4MVAA 1QPOA 1M6JA 3DKLA 1H7WA 1P0NA 4WUIA 4M7TA 3O6DA 4JX5A 4N2YA 1JCNA 2JGYA 2Y7EA 3L5MA 3R5EA 4AHOA 4ADTA 3N2XA 2E6DA 3HMJG 3M41A 3ZS4A 3PB0A 2Q8LA 3HGRA 4UFMA 3FEMA 4JN6A 1GYNA 2ZA1A 3TW7A 3MP4A 4IX2A 3W22A 2RFGA 4CNOA 5AFDA 4JYFA 3TCEA 2BX7A 3HG2A 3NGJA 1OYAA 3CPRA 4O11A 4NUWA 5DN1A 2RDUA 1L2UA 3BARA 3TX9A 5F4SA 3EX2A 3LERA 2WV8A 1YADA 4LV4A 3A24A 3GIYA 2QCDB 1OHLA 1DHPA 5LSMA 1SZNA 4XTIA 4FX6M 5HUOA 1EWDA 4NZFA 4ZZ9A 4IJBA 3C2OA 1UB3A 2FB3A 3IIPA 1TRDA 2A6NA 5C2XA 4IMFA 2ZQ0A 1DOSA 4RX0A 3NOEA 2C15A 2PC4A 3T44A 3E0IA 1VS1A 4MFDA 3W83A 3C2EA 1SZFA 4NX5A 4X2RA 3A21A 1F76A 3RMJA 3RK8A 1JCLA 5TIMA 2C14A 4MZ1A 4O19A 4Y9AA 1TPC1 3T7VA 4JTIA 5BRBA 1YTDA 1OFBA 4UTJA 3W73A 3W71A 3KRUA 4MZ8A 3E02A 4BWLA 1NFBA 3QMTA 4IXHA 3BK0A 4LVDA 2ISWA 3OVPA 5DY2A 4OU1A 3EWUA 3GDLA 1TO3A 2Z0IA 4WX2A 1LRNA 1YXDA 2DZVA 3PB2A 3LI1A 3MBFA 3TXVA 4HNUA 3STFA 3IGXA 3HPZA 3PUDA 5CZTA 1GJPA 4L4MA 2J9ZA 3MI6A 3NZRA 1MEHA 3CHVA 5LKYA 4IQLA 1QWGA 4PODA 2ZFAA 4FEZA 2I9EA 5AN7A 1GVOA 1X6UA 4OWGA 4IXXA 1UJPA 1AW1A 1ZFJA 1H5YA 3M0ZA 4X22A 1I45A 1VC4A 3P84A 2DJLA 1CI1A 1UUOA 2J24A 4AWSA 1QPRA 4K39A 1JCJA 4NQ1A 4Y8FA 5EBUA 1MEIA 3IVTA 4O4WA 4BWLC 1VR6A 3LXCA 4QM1A 5D02A 5HULA 3OA3A 3U2OA 5FEWA 5CZJA 5LHFA 1RQHA 4TIMA 4DO4A 3ABOA 5D2YA 3W7EA 1TPH1 2OJPA 5AYXA 4W9TA 4UFKA 1QNVA 1N7KA 3CEPA 4XBSA 3B0VC 2WQPA 1ZALA 4O18A 4MFEA 1B4EA 2ALDA 3FYOA 2C13A 5BOOA 2CW6A 4JYEA 1XCFA 4ZQCA 1RR2A 1GOXA 1LDCA 3HPXA 1SU5A 4TX9A 5DBUA 1VJIA 3G1VA 3LCFA 4NX0A 3SY5A 3FKRA 1D3HA 4GWEA 2QDGA 3TQVA 3KRZA 3B05A 6TIMA 5K9DA 1W3NA 4AF0B 3GLCA 2V82A 1YPFA 1I2RA 3UQNA 1FWTA 2GVLA 4POCA 1HUVA 1OABA 2NXHA 3Q37A 4FHAA 2VEMA 4MKNA 5LNSA 4BR1A 3FYPA 1QMLA 4JX4A 4YCPA 4JTFA 4RKAA 2QCNA 4K8HA 2NWRA 3S9YA 3W07A 3GNDA 3NPXA 3QMRA 3I7SA 4EWND 3W1LA 4J9JA 5LGZA 3EWZA 1Q45A 3G1FA 3W9ZA 4Y90A 2RDTA 1C29A 3TV8A 5AC6A 4UTMA 3S0CA 4UTUA 3GDMA 3LCHA 3THQA 4LV9A 2DORA 4XTDA 2QCLA 2B7NA 1VCGA 3N73A 3T40A 3NAVA 5FF7A 2WNQA 1AK5A 4JGDA 3B04A 5G2WA 1IIGA 2G5WA 5KTLA 4PFMA 3JRKA 2Z6JA 2F84A 1NAL1 4KFNA 3CIXA 1RQEA 2TPSA 2GQ9A 2C0AA 4CCEA 2ZRZA 3M1ZA 5K2ZA 3TC7A 2W6RA 3K30A 1QOPA 3OHIA 3SIZA 5I3GA 3IGSA 4XKYB 1OYCA 1OFOA 5D04C 5D33A 1OK4A 1HL2A 5TQLA 1J2WA 4UC5A 3W7KA 3SR7A 4UFIA 2PCQA 1QPQA 2VFIA 2ABAA 1R2RA 4FNTA 3LXAA 3QSTA 3E9AA 1W3TA 1QFEA 3NQAA 3PC0A 3G1DA 4GJ1A 1GVSA 1KBJA 1SFLA 1KLZA 4FIRA 2F7FA 2QCEA 4S2BA 5HINA 3HG5A 1X1OA 4CLMA 4JTGA 4OE7A 2DZSA 3WK1A 1H7RA 1BWLA 2QJGA 2B7QA 1M7PA 2YSWA 2QCHA 1CW2A 1XI3A 1N8FA 3LLDA 3HG4A 3ABRA 4O4VA 3FIGA 3KVKA 1LP6A 4UFJA 1PHWA 1W37A 1PV8A 1W5NA 4IGHA 3S8HA 1TPFA 1GQNA 3GVGA 1TJRA 5FI8A 1TPUA 3W1RA 1OK6A 3ZWSA 2Y88A 5HR6A 4UTHA 1MZHA 3BLIA 2E5DA 3H55A 2I1OA 1F7BA 1XBYA 4GUFA 4NNBA 3KVMA 3PUEA 3DGRA 3P8JA 5AHFA 4H4IA 4TU1A 1YDVA 4O50A 3EX6A 3KX6A 2C16A 2CLIA 3D0CA 3DI0A 2NX3A 2RHGA 3VFLA 1E51A 3MP3A 4LUJA 3PAJA 3G8RA 3W6YA 4HNVA 4ZQOA 3SI9A 1R47A 1LBLA 1KM2A 1H7XA 1W5MA 2GOUA 1YTKA 4HPJA 4O28A 2V2HA 1F2JA 3NQCA 3NR0A 3DHDA 3L66A 3Q58A 5HJLA 3UY8A 1X1ZA 2R94A 2C1HA 2CLMA 3PSWA 5CSRA 3LRLA 3S1XA 1LOQA 3W2KA 4I7VA 1P5BA 5KINA 4AVFA 3PULA 3LV6A 2H3DA 2YYTA 3G0XA 4P61A 4A29A 1LBMA 1GYLA 2X30A 3M5YA 4PTNA 1EUAA 4UFLA 4JTSA 4UTTA 3KXQA 5CKSA 3T55A 4Q33A 3I68A 2ZA2A 3GDKA 3HGJA 4MOZA 1JCMP 1IXNA 1LM1A 5CSSA 4XQ6A 3W1UA 4GNJA 1A5BA 8TIMA 3L21A 4JNMA 3P7YA 2G97A 1K7EA 2GQ8A 1R2TA 4M7SA 5U7SA 1PIIA 1QO2A 3W87A 3UZ5A 2PRHA 4XUGA 3WJXA 2FDSA 3VCRA 2NX9A 5LZLA 3DFOA 1IXPA 4LC8A 3MW7A 1DVJA 4H6KA 3UYCA 1QAPA 2WNNA 2OCZA 5D2VA 4BI6A 1P0KA 3C61A 2VFDA 1TSIA 4NJJA 2ZRWA 3HIJA 1OX5A 2GVJA 1Z41A 5AHMA 3W7PA 4NXKA 4DEFA 3A5VA 1CX9A 2CLKA 3PUOA 3F03K 3MHFA 4ZQPA 3W7OA 3LTPA 3DH7A 1WYIA 1LOLA 3QQ1A 2Y7GA 3V1PA 2YFOA 3LHZA 2WOQA 4WY0F 1NVMA 1DV7A 4ICNA 4QISA 4O1DA 1W5PA 4AMAA 3G3MA 3PF3A 1HO4A 2WSYA 4LUIA 3INPA 4ZVJA 3W7IA 1TV7A 2QJIA 3EWXA 3ATYA 1Q3NA 3PBWA 3GB6A 1S3HA 2VFGA 1U83A 4Z1DA 2A2IA 1H50A 4MJMA 5F2IA 4AWUA 1MEWA 2VOMA 1A53A 1EUNA 1V5XA 4CNPA 2YGYA 4ZL1A 2CLEA 3MHUA 5BMXA 1K8XA 3O16A 3S1WA 5AHNA 1Z48A 1ZAHA 3O1NA 3IIOA 4E0CA 1PCKA 1H62A 2PE4A 5E0KA 3GKFA 3S1VA 1XDMA 4QNEA 4MJZA 5DCEA 1PL9A 2A1YA 4RJEA 1UBSA 2FTPA 3NM1A 3TSBA 2Y61A 2NLIA 3G1AA 3H54A 4JTKA 4KWVA 2BZNA 3UWWA 1SO3A 4CCDA 5D09A 4RXFA 4JTJA 1GG0A 2VFHA 2NWSA 2H8ZA 2P1FA 1H61A 2QF7A 3TMLA 3GR7A 3DFQA 3ABQA 1YPIA 5KZMA 4NZJA 1MXSA 2BLEA 3DXIA 3P5YA 4N6EA 5TBOA 4LT9A 3GR8A 1FCVA 4FF7A 1WV2A 1I2PA 1TV5A 3GYEA 2E77A 1K03A 4LS0A 1W31A 1XM3A 1GT8A 4WXYA 3C3NA 3L65A 2IQTA 1H7NA 4LVFA 1YXYA 2BTMA 4FXRA 3WJZA 2VFFA 3P5ZA 3W23A 5DXYA 1F73A 3OEXA 2QCDA 3C2FA 5HUPA 4U28A 1FCQA 3NL2A 3NZ1A 2NUWA 1OFQA 1AL7A 3M5ZA 3P61A 3M43A 4JYDA 2Z2UA 1KTCA 1H63A 4O0ZA 4MY1A 1XBXA 4HKPA 1KFCA 3M5VA 4NJKA 1KA9F 4K37A 4ORIA 3RNDA 5F4WA 1J5TA 4UMBA 2Z6IA 1EX5A 2FLIA 1GZGA 1BTMA 3TFCA 3UWVA 3SFKA 3BO9A 1EA0A 3PS7A 4I9AA 5KMYA 3LCXA 3BW3A 4TMCA 3W2LA 3M44A 2W79A 3S42A 4BI5A 1VRDA 3M9YA 4FNPA 4N6FA 2B7PA 1ME7A 3DFSA 4WQ6A 5BMWA 1DL3A 3DI1A 2Y70A 3MWAA 4YWIA 1GPWA 4NNAA 5K4XA 1OYBA 3JR2A 4O57A 4DELA 3E96A 3G22A 2ZZ5A 3RFAA 3W7LA 2A7NA 3MI2A 1SZGA 5F1VA 1KV8A 3R2GA 2EHHA 4DQWA 2ZRUA 2XN1A 3NQDA 1VHCA 5I3FA 5F2MA 3G1YA 3MUXA 2WSRA 1QR7A 3B0PA 3VNDA 4HT3A 3W84A 1SO4A 1EPXA 4GUIA 2I14A 3EX4A 4UFHA 1FDZA 5HNRA 2CZ5A 1DQXA 3C2RA 3W85A 2JKAA 4IMDA 4WJEA 4A21A 3W1TA 3EXRA 4IMEA 5AHIA 5EMUA 3OVRA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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