2ZZ1A

Snapshot of the reaction from 6-cn-ump to bmp catalyzed by orotidine monophosphate deacarboxylase from m. thermoautotrophicum
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
215
structure length
215
Chain Sequence
VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural characterization of the molecular events during a slow substrate-product transition in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 84
structure length 215
sequence length 215
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2009-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2zz1A00
3S5OA 1QR7A 1SQ7A 3KHJA 5DCDA 2C3ZA 1GTHA 4UTJA 3W1MA 3L5LA 3IVUA 1DV7A 1TSIA 2QR6A 3NPWA 3EWXA 5EYWA 1SR9A 5H2ZA 2WSQA 3W72A 4ADUA 1D9EA 1GTEA 3IVTA 4MJMA 5DELA 1UB3A 3FYPA 4GE8A 3MW7A 3FKRA 5F2IA 1JRBA 2P1FA 1TV7A 1Q6QA 1IIHA 4TMCA 1PV8A 1O60A 1B4KA 1FXPA 3NAVA 2FB2A 3UXAA 4UFKA 3W87A 3LCFA 4HIBA 1UCWA 3C52A 4ZZ9A 5LNRA 5EMUA 1KBIA 5HR6A 3STGA 1K8XA 3M5ZA 2ATSA 1JUBA 4MFEA 2VFFA 4L4MA 3VE9A 3EWBX 1LOSA 2Y7EA 3Q2DA 5KMYA 1I4NA 3R13A 2BWGA 3G1VA 3P62A 4GXMA 2Q8ZA 5LGZA 3MBFA 2QCGA 3PBWA 4M6VA 4LS2A 4AXKA 3PR2A 4NJIA 1K7XA 3IIOA 5I3HA 2W6RA 3C2EA 4XZ9A 2G96A 1OHLA 4TX9A 3QSRA 3TROA 2H6RA 4CNOA 4AF0B 1EWDA 3LX9A 4HNNA 1TQXA 3ZS4A 3S1VA 5D2TA 3DGRA 4QNEA 1XC4A 1KFLA 1TJPA 5C54A 5HJLA 5HUPA 1KM2A 1JCMP 4FHAA 2NXHA 3TQVA 4DF1A 1NF7A 3W1AA 3PS7A 4MPQA 4O54A 3I7RA 4NVTA 4O8RA 4X22A 4Q33A 2P0OA 2QDHA 3WJZA 1JUKA 2NUWA 3KVKA 3DFNA 1I2PA 2A2IA 2QJIA 4JY8A 4IX2A 4I9AA 1K03A 2Y62A 1ICPA 3E12A 5A8GA 3LCLA 3THAA 1W31A 4QM1A 3SGZA 3GAYA 1H7WA 3PVFA 1IXQA 1LM1A 4O4WA 1SW3A 1W5QA 4CCDA 1YPFA 1QPOA 3IRDA 4IWWA 2CU0A 1JVNA 2DZUA 4XTDA 1RQBA 1EP3A 1FWRA 5G2WA 3LCIA 4BK9A 1OX5A 3C56A 3ATZA 5AHNA 1FY6A 5K7JA 1R47A 1GJPA 1FX6A 3DI1A 3TA6A 4N6FA 1AG1O 1SPQA 4NNAA 5CPOA 1FCBA 3TQKA 5G2HA 4Z0SA 3NL5A 4IUOA 1Q3NA 3NQGA 2VC6A 3HB9A 4GRSA 2QJHA 4UCGA 2PRHA 1MZHA 5AHMA 4ORMA 1YDVA 3QMTA 5KITA 1R2TA 2R14A 4DO4A 1TTJA 3TJLA 3A5FA 3QYQA 1SZEA 3PSWA 2KZHA 4LV4A 2ZBTA 3WK0A 5HWNA 1AL8A 2YPIA 4UUIA 3S1UA 3TXZA 3GYEA 1YPIA 2EPHA 2IQTA 1NSJA 4IXHA 1O95A 2FB3A 3BV4A 1DQXA 4YCPA 1BKSA 5E0KA 3QMSA 2ZZ5A 2Y7FA 4UXDA 1I2OA 4Y6GA 1WAUA 1OX4B 4NQ1A 3CQ0A 3Q58A 3KRZA 3V1PA 3C4UA 4UFJA 1QDSA 2ZA2A 4AHOA 4NJHA 4BI5A 3R5EA 3B4UA 3BW4A 3W07A 3P67A 3G3MA 3CEPA 5LHEA 3P82A 1UASA 1V7YA 3HIJA 3TV8A 5AHFA 2A6LA 3GKFA 2B7NA 1DJNA 3LB0A 4XKYA 4M6QA 2ZRYA 3MWAA 4POCA 5KSWA 4WOQA 3TSBA 4YCOA 1SUXA 4MJZA 2QUTA 4UTWA 2GVJA 2AGKA 3LRKA 3NQEA 1TQJA 4NX5A 5D38A 2X1UA 1S5VA 3IIPA 1MEIA 3PBVA 2Y61A 2G95A 3DKJA 3EKLA 4UTUA 3N19B 3S5NA 3STFA 1Q6LA 1SZNA 1YADA 3IIZA 3SSJA 4RLIA 3HMJG 1KM6A 3E49A 5KZEA 1X8FA 3NQVA 3OA3A 3G1XA 4DF0A 1QAPA 1WBJA 2Y7GA 3N9RA 1BEUA 2VFIA 1LCOA 1A5AA 2A85A 2ZYFA 1FWNA 2QCMA 3HG3A 3BARA 5AC6A 1TIMA 1VQTA 2X1TA 3ZWSA 4WQ6A 3EWUA 4NJKA 1GZGA 4Z1CA 3KFTA 4ZQOA 3NQ6A 5D02A 2ALDA 1U83A 3W1UA 1W8SA 3SIZA 1B4EA 2YZRA 4GUIA 1OABA 2OMAA 2TYSA 2B7PA 3G1AA 5HWJA 1ICSA 4XBSA 4NJJA 3LGEA 2EKCA 2I9EA 3ABQA 4O18A 5CGQA 3W7KA 2QCNA 3EXTA 4DBEA 4JTGA 3TW7A 4FIQA 4Y9AA 4JTHA 1NF0A 3GKAA 1T96A 2Q3OA 4DQWA 1JCNA 3CWOX 1U5JA 1MEWA 1TPDA 3TKFA 2NX9A 5IM51 4O1CA 2EAWA 4AVFA 3WK2A 3O63A 2A4AA 3QC3A 3FJ6A 5HWMA 4QSHA 1OFQA 5HNRA 2RH9A 1JQXA 5DY3A 3DFTA 4OU1A 4YL2A 2ZA1A 3TU9A 3NQFA 2A0NA 2H3BA 1WV2A 4N9BA 2V30A 3TJXA 4AF0A 1V5XA 1MXSA 1Z48A 1WDWA 2QAFA 1SFLA 2TSYA 4Q4KA 3W7NA 3ELFA 4OGZA 3B05A 1XDLA 2XN0A 4A2RA 1L9WA 1DORA 2OJPA 3LTPA 2J6XA 2QCFA 3S5YA 3W1NA 4TMBA 1KW1A 2TMDA 4UTLA 1X1OA 3SR7A 2YFNA 3LCHA 5D2VA 3UYCA 4RR4A 3B03A 4FEZA 3G1SA 2QCDA 2VFEA 2EGZA 4QISA 1PIIA 3B0VC 1F7BA 3ZWTA 3G3DA 5K9CA 4OV4A 1EP2A 1VLWA 3U8GA 4A29A 2GJNA 3KAOA 3G24A 5U4NA 4WXYA 5G1YA 1AK5A 5D2WA 3LBCA 1RPXA 3CT7A 3GDKA 3NXFA 1L6YA 5F4XA 3W86A 1OFBA 1WOBA 4JXCA 4JX4A 3UWYA 1OF8A 2B7OA 1W3IA 4PODA 5FI8A 3QFEA 5FF7A 3OIXA 3PY2A 3EWZA 4ZVJA 3W84A 3BG9A 3TIMA 4MUZA 1XDMA 1AW5A 2X1SA 4Q32A 3L65A 3MYOA 2GPTA 4HPJA 1EEPA 3W7QA 2ZZ6A 4MOZA 3W1QA 4GBUA 5FF2A 3W7PA 2BSLA 5LZLA 5I3FA 1XBZA 5G2IA 4UMAA 3W7CA 4CNPA 3TR2A 3TE9A 3PG8A 1SW7A 3W9ZA 2D73A 2Y63A 3DKLA 5AYZA 4WY0A 5EA9A 3BW2A 1K7EA 1UUMA 1JCXA 4AHPA 1HTIA 1QO2A 1S3HA 3L0NA 4UR8A 2PE4A 3THQA 3W73A 3N2XA 5GVJA 2OX1A 3BO9A 2Q3RA 4UTMA 5IBXA 1XBVA 3LLDA 2NZLA 1OX4A 1VZWA 4GWEA 2ZZ3A 3NGJA 5TBOA 1KM5A 1HO1A 3DFQA 5HMSA 3QQ1A 1LP6A 1N7KA 1PHQA 4RZ6A 3FKKA 3G1FA 4JNMA 1PHWA 4RXGA 3N73A 3UD6A 3CU2A 4R7JA 3W1LA 4X2RA 1G4TA 3PBUA 2NUXA 2R91A 1A50A 4FNUA 1VYPX 2ZRWA 4AWSA 3STCA 5CZSA 3O8AA 3UZJA 3GAKA 3O6YX 2E68A 3CHVA 3OVPA 4JTUA 4AAJA 4E2BA 5FEPA 4GUFA 1TPH1 4R34A 4WUIA 2BXVA 4ADSA 3W7HA 1TYGA 3LM7A 3L5MA 7TIMA 4MY1A 5D30A 4AEOA 1I2RA 1Q6OA 1GVQA 1L6SA 4Z1AA 2Z6JA 2VEKA 5CPNA 1YXYA 3SFKA 2CZ5A 3GZ3A 3P5YA 3HQ1A 3TAOA 2QCLA 4E38A 3S1XA 1EA0A 1XI3A 2QKFA 3LHUA 4LC6A 3QMRA 3ZFHA 3S9YA 5FF3A 4X9SA 4UTTA 3UZ5A 1XUUA 4C1KA 3DHDA 3C2FA 2R8WA 4GNJA 4N4PA 5FEXA 3W1PA 1JRCA 4JYEA 1G7VA 3AO0A 5CKSA 1TV8A 3FS2A 4M19A 2FPVA 3CM4A 2FQIA 5K9DA 2BLEA 3LOTA 1SZFA 3FLUA 3NYZA 3E96A 2FIQA 2A1YA 2X2GA 5G4EA 1WBHA 4LT9A 1TCDA 5CSSA 4JR5A 4JTFA 1HG3A 3MI2A 1XFBA 1QO5A 1VHCA 2J9YA 2W0UA 4MYXA 2V9DA 4UTHA 1G69A 4O52A 3R89A 4JGDA 4UFHA 2YR1A 2HS6A 4N9CA 4LY8A 2X16A 1JCYA 2PRLA 3A21A 2GQAA 5U7SA 1OK6A 6TIMA 1T0OA 2DZPA 3FJLA 4HPXA 3MBDA 4ML9A 1H61A 4MVAA 4MLJA 2XN1A 2P10A 3PWAA 3TCEA 3W1TA 1OYAA 1LZOA 2CLIA 1LTDA 3B0PA 1K3UA 3G8EA 5AYYA 3VE7A 2B0MA 5SWUA 1UJPA 4QNWA 3W2JA 3O07A 4Y96A 4A21A 4EIVA 5H91A 4IX0A 4JD4A 1TPWA 2G97A 2VXNA 1FCQA 2XN2A 1LRQA 4IXXA 1F2JA 3BPWA 4NU7A 2GVLA 3DI0A 1LLZA 4MZ8A 4O12A 1ADOA 5D04C 2Y7DA 1B3OA 1K8YA 3CB8A 3VFLA 3NL3A 1IXPA 3W3OA 4XWUA 2DZWA 3PUDA 1GVOA 3QSTA 3GDMA 1N8FA 3INPA 5AB3A 3O6CA 2CZFA 1GYLA 2DZSA 2OT1A 3PUOA 4ZQRA 3W7MA 3NVTA 1XBXA 1H50A 2C13A 5AHEA 5C2XA 3BGJA 4JTSA 1GEQA 1ZAHA 1LROA 4HSOA 3DFOA 3HGJA 3LXBA 1A5CA 3EXRA 1SU5A 4UFIA 1B9BA 5F1UA 1Z42A 3NQMA 1TPUA 1R2RA 1KFJA 3HO8A 4N02A 2QCDB 3PULA 3E9AA 2WO5A 3ABRA 5C6MA 4O19A 2ISWA 4ADTA 4I7UA 5AHIA 1RD5A 1RQHA 3TDFA 2E6DA 2I1OA 4O13A 4KFOA 2JKPA 3F1QA 4FX8A 5D09A 1BWLA 4LWWA 1M7PA 1PE1A 4DPQA 5K4XA 3M7WA 2H90A 3T4CA 1XL9A 4RV8A 3UY7A 1L2UA 3LTYA 2WPBA 2YDAA 5D03A 5C55A 1EX5A 2V5LA 1H7NA 2V5BA 1TPB1 2DJLA 3CC1A 2VOMA 1KLZA 3CEUA 4OV9A 3MI3A 1OFRA 3E0IA 4H4IA 4MY9A 3UWWA 3W7JA 4AMAA 3W22A 2BX7A 2ZZ1A 3R8RA 2E6AA 2ZQ0A 1VCFA 4Z1BA 4JIQA 1YXCA 3SW6A 1ZALA 4LS1A 2RDWA 5K4ZA 2VFDA 4AH7A 3N9SA 1HFBA 4J9JA 1ML1A 2GJLA 1GWJA 4IMCA 3TQ0A 3C0JA 1VCVA 3O6DA 5EPDA 5DN1A 1E51A 4WY0B 1RV8A 1ME7A 3HOJA 4LVBA 5BW6A 4FXSA 1VHNA 3EB2A 3DHFA 2WOQA 4O1BA 4GC4A 3W1RA 3NNTA 3TK7A 3TMQA 3M9YA 1SSGA 4X3ZA 3P7YA 2WNNA 3W2MA 4QAIA 1EUAA 4IPJA 5CZ0A 1QCWA 2JGQA 1S5TA 5F4SA 1OFPA 4RJEA 5F1VA 3K30A 2RDUA 4O10A 3W7GA 1SO4A 4EF8A 1GQNA 5L6UA 1QPRA 3TSDA 1W5OA 3HGSA 3M6YA 1H7XA 4P2VA 4LUJA 3UWVA 4FX6M 2HSAA 1F5ZA 2C1HA 3W7RA 2YCEA 4XUGA 3LRLA 3FIGA 1KFCA 2CZEA 3M16A 1OYBA 3VCRA 1W0MA 3TW6A 3OBKA 2QCHA 3C2VA 3N14A 3PB0A 5J5DA 3W88A 3PBYA 3NQAA 1AL7A 3N3MA 1G67A 2H8XA 5LNWA 3SY5A 4L4LA 3W2NA 4KFPA 1S5WA 2VELA 3A9IA 4QIUA 1TPVA 2OZ0A 1OYCA 3P61A 4EF9A 2C18A 2R94A 4PH6A 2YYTA 2CFFA 5BOOA 3S1WA 4MLRA 4LRTA 4RK8A 1PS9A 3MUXA 1DJQA 1D3HA 4MZ1A 3M43A 3MJYA 3PUEA 4WZHA 5K9XA 4UR7A 1QFEA 1H1YA 3R2GA 1XM3A 3EX1A 5EY5A 1OG0A 2QJGA 3BLEA 5E93A 4BI6A 5CPMA 1G4SA 4JX5A 4K6AA 1RVGA 1ZHAA 3Q94A 4RZ4A 1A53A 4IJBA 4IOTA 1F05A 4CQ9A 1X1ZA 1DKWA 4JYFA 1QPNA 4JTLA 1H51A 1AMKA 2JGYA 1H7OA 4KWVA 3LXCA 3P60A 1LRTA 1KFKA 2AAMA 2Z2UA 3WJXA 3KVLA 3OG3A 1DVJA 4HNUA 1EPXA 3EEGA 4K37A 1X6UA 3EXSA 3PM6A 4IPIA 3RFAA 3OVRA 1TMHA 2W79A 4IMDA 4WX2A 2ABBA 3QEZA 4NXKA 5DCEA 2VEIA 1FWSA 1FWTA 3ATYA 4FF7A 1TO3A 3NR0A 3EKZA 4QQ3A 3L68A 2HS8A 2J24A 3MP4A 2NV2A 3M47A 2NLIA 3GVGA 1B57A 4UTWC 1WYIA 3W23A 2WSYA 4FNTA 3CPRA 1JCLA 4O4VA 2YGYA 4A2SA 1FXQA 1HL2A 3CWNA 1FBAA 4FXRA 3QRHA 3S6DA 3SJ3A 1W3TA 1VCGA 3KRUA 3P84A 1VR6A 3P8IA 4K36A 4IQLA 3HG5A 5HUOA 4UNLA 1TTQA 4PEKA 4ORIA 3ZR4A 3C8FA 1VYSX 4HNTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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