2ZZ1A

Snapshot of the reaction from 6-cn-ump to bmp catalyzed by orotidine monophosphate deacarboxylase from m. thermoautotrophicum
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
215
structure length
215
Chain Sequence
VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural characterization of the molecular events during a slow substrate-product transition in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 84
structure length 215
sequence length 215
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2009-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2zz1A00
4CQAA 3L5LA 5DBTA 2X1UA 1QPRA 3M5VA 2VKZG 4IMDA 3EXRA 3O06A 3LHVA 4XZ9A 1H1ZA 4ZQRA 3C2FA 2DZWA 3NQGA 1DOSA 4BK9A 1W5QA 2Y7FA 3ZFHA 3W75A 3NR0A 3ATZA 1IIHA 4CNOA 1WX0A 3GAYA 5LGXA 5AYXA 3R5EA 1A5AA 1X6UA 4MLJA 2YR1A 3RLVA 4DPPA 4AAJA 1EUAA 5DBUA 4FXRA 1FXPA 1K02A 5FF0A 3TX9A 2ZRXA 5C6MA 3TSBA 2EKCA 2QCEA 1MO0A 1EEPA 2A5HA 3P82A 4NJIA 3DENA 1QPQA 3DI1A 3TFXA 1GYNA 3W73A 4NJHA 2OX1A 4RKAA 5D2WA 1H61A 1M6JA 4UNLA 3TCEA 1VS1A 3WJZA 4CLMA 1EP1A 1S5TA 3PY2A 4ORIA 1HL2A 4UTTC 4UTLA 1C29A 3HJZA 3VCRA 5D02A 3W7GA 4U28A 4TMBA 4C1KA 1WDWA 2AGKA 1JUKA 3B04A 3S5YA 3P7YA 4HHPA 1OFEA 5G1YA 3NQFA 1JCNA 2H8ZA 5A5WA 1H1YA 4AWTA 1R47A 4LT9A 2FJKA 1A5CA 4R53A 5D09A 3PBWA 3P5YA 2X1SA 3S5OA 4NVTA 2W79A 1SU5A 2GVLA 1W5NA 1DQWA 3B03A 4FNSA 3BLEA 3CQ0A 4WY0B 1M7PA 1VJIA 1VLWA 1VH7A 2YGYA 3LX9A 3LXBA 5LNWA 1K7XA 1ICSA 2ALDA 4UMCA 3R89A 5FF2A 4EF9A 2NXGA 2EHHA 1ZNNA 3B0UX 3IVUA 1DJNA 1GT8A 5H2ZA 3FLUA 3NZRA 3P8JA 5I3IA 1KM4A 3BG9A 4NNCA 3SJ3A 2B7QA 4UR8A 1D3HA 1KM0A 3W7NA 2VEKA 1GVSA 1LROA 2Z1BA 2DJXA 4OQVA 4O53A 2VENA 3SY5A 3A9IA 4IJBA 4JR5A 1U83A 3C2EA 3TC6A 1PS9A 2HSAA 3LB0A 1B4EA 5BRBA 1F6PA 5EYWA 3TDFA 3TR2A 4WD0A 4N2YA 5G4WA 3UWVA 1EP2A 4OV4A 3KAOA 3BPWA 2J88A 1TPUA 1HTIA 2HMCA 2WSRA 1L9WA 4Z0SA 4Y90A 4Z1AA 5F2MA 1IXNA 3RNDA 3TFCA 3Q94A 2V2DA 5AC7A 3M1ZA 3W7MA 5U7SA 4QQ3A 2J6XA 3MI2A 3F4NA 1C9DA 6ALDA 1JCLA 3UWWA 3CHVA 1WOBA 1FBAA 2TSYA 4LV4A 2CZDA 2QEZA 4K8EA 3GIYA 1DQXA 2A0NA 3IGXA 3L0GA 3A21A 3C3NA 4XBKA 1UBSA 3DHDA 4OV9A 5D03A 3U2OA 1NF0A 2QDGA 3AJXA 3O6YX 4GUHA 3GNDA 1LZOA 1TJPA 5I3FA 2Y7GA 3N73A 4FXSA 1D3GA 3BVJA 2VOMA 4K7VA 2C3ZA 3W84A 2JK2A 3WK1A 4Y96A 3OEXA 1QO2A 4NZJA 4RK8A 1LOQA 1VGAA 1GPWA 1WAUA 4NQ1A 2FPVA 2CZFA 4O13A 1XBVA 2C14A 3SR7A 3NL5A 2KZHA 3UD6A 3W2KA 1P1XA 3GB6A 3G18A 3JRKA 2QCGA 1JVNA 3MHFA 3ZR4A 5FF7A 3PSVA 1OF6A 2VELA 4GUJA 1G4EA 1V5XA 4DO6A 2A21A 3BLIA 2YPIA 1WBJA 3G3MA 1SFJA 4MPQA 1F7BA 1RPXA 3N14A 3VFLA 1JCXA 1TPC1 1FWNA 2D73A 3PUDA 1H63A 2BWGA 4JDYA 1DKWA 3W7CA 1OX5A 2DZXA 4KFPA 3NQ6A 1TJRA 3T44A 4UTUA 1H7PA 3IVSA 4LS0A 1BTMA 2CLHA 1Q6RA 1TTJA 1WA3A 1XFBA 4GBUA 3MHGA 1DORA 2PE4A 2G96A 2E5BA 2YDAA 1U5JA 3LRMA 2UV8G 1B4KA 1SSGA 4PA8A 3NPVA 3VI2A 2GJNA 3M7WA 1D9EA 1PV8A 4N6EA 5KZEA 1OK4A 3W7QA 2WNQA 3SGZA 1SW3A 4JTLA 2YX0A 3BG5A 4BWLA 3PG8A 4DXVA 2EGZA 2YW4A 1H7OA 5BMWA 5HR7A 1VHNA 4NJKA 2Q8ZA 3NL6A 4TMCA 3P84A 4M6PA 3M43A 2OMAA 1UJPA 4FNTA 3NM1A 1NF7A 4MIMA 5IBXA 4XBSA 2YYTA 4MJMA 2Z6JA 2FPTA 4NJGA 3W72A 3O1NA 4DO4A 4QSHA 3M5XA 1L6SA 1TPVA 3PR2A 4IMGA 3S5ZA 1GZGA 5D04C 1HG3A 2R14A 1XCFA 3NOEA 4LVGA 1FDZA 1H60A 1VYRA 4K39A 2H8XA 3KHJA 5K7JA 2G97A 1RD5A 4AHOA 1EUNA 3DXIA 3W7IA 2E6AA 3M44A 3GDLA 4FHAA 1JRBA 3HGRA 1AK5A 1QDSA 1FX6A 3MMTA 4LU0A 3NPUA 4UFKA 3SI9A 4X9SA 3FA5A 2C19A 3EWYA 1MEIA 1ADOA 3OIXA 1PHWA 3HGSA 4PCFA 2DP3A 4GXMA 2YCEA 3GX9A 3IVTA 1VYPX 4FIRA 3ABQA 1YTDA 1I2PA 2B7OA 4Q32A 1XI3A 5AHEA 1THFD 3EX1A 4UTJA 3BW4A 3G8RA 5EBUA 1RZMA 3L66A 4I9AA 4Z1DA 1I2NA 3AO0A 3P8IA 3PVFA 2CLFA 3UWYA 1QMLA 5BMXA 1TV5A 4XKYB 2VFEA 1K8ZA 3BLFA 3SZ8A 1LYXA 1AG1O 3RK8A 2X1TA 1YDNA 1V7YA 1QCWA 4MYAA 4UFIA 2Y62A 3HIJA 4RXGA 1NSJA 3LOTA 4CCEA 1DJQA 3LCFA 4IX0A 4TR9A 4JXCA 3M16A 3NQ2A 2YZRA 1A5SA 1GOXA 1FCVA 1ME7A 2A6NA 1ML1A 4M7TA 5CGQA 5C55A 2I9EA 4Z1CA 2E5DA 3EEGA 5U4NA 4K8HA 1GEQA 2P0OA 4ZQNA 3T7VA 4M6QA 3H53A 1RVGA 4N4QA 1JQXA 1A53A 4GC4A 3ZS4A 3FKRA 1H7XA 5CSRA 2IQTA 5CZTA 4I7VA 1G4PA 4EIVA 1H7RA 3QW4B 4JYFA 3I7SA 1SQ7A 5K9DA 3RFAA 3CWOX 5HWMA 1PVNA 2FB3A 1JCJA 3QF0A 3QW3A 1ICQA 2HTMA 3E49A 3THAA 3LRLA 2GQ8A 3BG3A 4BI6A 2B4GA 3CWNA 1VCGA 5CZ0A 3W76A 4EF8A 4OWGA 4ZQMA 3UXAA 2DZUA 3R8RA 3V1PA 2FDSA 3Q2DA 1KBIA 3QYQA 3CC1A 1W5MA 4GNJA 4M5PA 3A5VA 2ZZ6A 1Z41A 4LY8A 5D05A 3W1XA 3QEZA 2RDTA 5CZSA 4WY0F 1OG0A 2AQWA 1FDJA 3KXQA 2BZNA 3LBCA 5K2ZA 3W7HA 4NNAA 1KM2A 1KV5A 1LOLA 3Q58A 3W1UA 4WJEA 3GYEA 4DO5A 4GUGA 1XUZA 1OFBA 3C2OA 3NNTA 1PIIA 3S9YA 1JQVA 1ZY9A 4JD4A 1KLYA 1F74A 1IXQA 4MY1A 4O1BA 2QUTA 2E09A 2Q8LA 5EMUA 5F1UA 3TV8A 3WJSA 5T26A 3E12A 4K38A 1TTQA 1R46A 4GE8A 3NA8A 4LV9A 1CX9A 1FCQA 1P0KA 3TKFA 4AVFA 1HUVA 4O18A 4EVZA 2NUYA 3MUXA 3TU9A 4YXGA 2CW6A 2Z2UA 1TPEA 2WNZA 3DBPA 2Y85A 1ZALA 4M7SA 5F2GA 4MFEA 1OVDA 3EWZA 2CLLA 1R30A 3MHUA 2ISVA 1XM3A 4UC5A 5K4ZA 4N02A 2NWSA 3KVMA 3NO5A 3B4UA 2H3DA 1M5WA 5G2WA 4LRTA 3KOFA 3L0NA 1OYCA 3VE9A 1MXSA 2H6RA 2V0TA 3LCLA 3NAVA 5AB3A 1OHLA 3THQA 4X2RA 3S5NA 2V2CA 4G1KA 4AF0B 2QCCA 3B0VC 1HFBA 3PC0A 5AC8A 3NM3A 1T96A 3M5YA 3KVKA 1LLZA 4LUIA 4LS2A 1T99A 1ZFJA 1H51A 4Y9AA 4S1FA 4FNUA 2VEIA 1XKYA 3NEVA 4S2BA 2VFFA 3WFAA 4DELA 2CLIA 3GXPA 3HPSA 4K37A 5DELA 4BI7A 1SW7A 3S1UA 1YTEA 1GG0A 1ICPA 1JRCA 1ALDA 1AW5A 2Y61A 2PCQA 1GTEA 3SIZA 5D2VA 3PSWA 2DZVA 2ZDRA 2I1OA 4MZ1A 2QCDB 3IIXA 4NX5A 5DCDA 1TYGA 1L6WA 5KZDA 3FKKA 2NX3A 1W5PA 4NU7A 3HB9A 3EWXA 4AMAA 1K7EA 1LBFA 4MVAA 1W1ZA 1YPFA 1TQJA 3DGRA 4A2SA 5K9CA 4E2DA 1ONRA 2CLEA 4AF0A 3C0JA 3B0PA 3UXDA 3LTSA 4O8RA 4KKXA 4HKPA 4QM1A 3MW7A 1Z48A 5IM51 1G4TA 1KM5A 3YPIA 1OYBA 1SZEA 3GR7A 2BSLA 3QM3A 3LERA 1ZAIA 3LGEA 4IOTA 4YCOA 3LTPA 3GR8A 3TXZA 1TSIA 3P80A 3R13A 4LVBA 3USBA 4RZ6A 5AHFA 5D37A 2BLEA 1ZCOA 1O4UA 3M41A 1LOSA 1LRNA 1WOAA 4KWWA 1EWEA 1YXCA 4AH7A 2QCDA 3CT7A 1Y0EA 1YDVA 4NX0A 5G2IA 2FB2A 3L0KA 1VLIA 4CCCA 1LRQA 3DKLA 4JEQA 3M6YA 4E38A 3W22A 1Q6QA 5A8GA 2YW3A 3G1HA 1J2WA 3STFA 1IGSA 1LTDA 2ZTJA 4O10A 4LTSA 3QPZA 5SWUA 4YCPA 1BEUA 3O6DA 2YYUA 3NDOA 5HINA 3C61A 1TQXA 1KTNA 1GYLA 1OFQA 2J9XA 2WKJA 1KA9F 4JTEA 1GVFA 1VCVA 4O57A 3NQAA 3D0CA 4YL2A 2C15A 3UZ5A 4WX2A 2OZ0A 5BW6A 3C6CA 4OHQA 1WXJA 5AFDA 2HS8A 4HSNA 4WZHA 4K36A 4CCDA 4O4VA 3STEA 2XFWA 2NX1A 4O1CA 4UTMA 1KFCA 4WY0A 1B9BA 4O52A 3NPXA 2OT1A 2A7PA 1Q6OA 4JTTA 4UCGA 1R2RA 3B8DA 4XQ6A 5F2LA 2VXNA 4RCXA 1WV2A 3NQVA 3NVTA 4A2RA 3DFPA 3RLUA 5C2XA 3P5ZA 1W54A 4NZFA 4Z08A 1L6YA 1FY6A 1IXPA 5LHFA 3LDVA 4LWWA 2ZZ5A 5AHMA 1FCUA 1IXOA 3DI0A 5D38A 1KM3A 2E5CA 1UUMA 4BWLC 3TXVA 3HF3A 1P0NA 1GTHA 1SZNA 4TO8A 1R2SA 3FJ6A 2RKXA 2BTMA 2Y7DA 5FF3A 4JTUA 4BFAA 1SO3A 2HS6A 4ZMGA 5GVJA 3LCWA 2ZRZA 4IMFA 2A7RA 5FEXA 2ZA1A 1VPXA 2QAFA 4O11A 1GVOA 3KVLA 1XC4A 1AW2A 2E1DA 3QC3A 2QCFA 1ZENA 3IIZA 5IBXC 3EX3A 5F1VA 2A85A 1F76A 2X2GA 5H91A 2Y6ZA 3FIGA 2RH9A 2WV8A 1GG1A 2Q3RA 3HPXA 3GKAA 3NGJA 3EWBX 4IPJA 4ZZ9A 3W7LA 2QCNA 3GKFA 1Q6LA 1TIMA 2Y89A 4IX2A 4CNNA 3S6DA 3G1DA 3MP4A 1OK6A 2V2HA 3MYPA 4JYEA 3WJYA 4OGZA 3W1RA 3IGSA 3VNDA 3DFNA 3PBUA 3W87A 3IIVA 2JBMA 4DF0A 4UFLA 3IV3A 1TO3A 1W8SA 5HWJA 3UY8A 5DN1A 2CZEA 1LLWA 3GXTA 3W7RA 2Y70A 3O07A 1QWGA 3QJAA 1OFOA 1W3TA 4W9TA 3STCA 2RDUA 2C18A 2CWNA 2FTPA 4RZ5A 5KITA 2WPBA 3ABOA 5CG7A 4JTJA 3PWAA 4AHQA 4RV8A 3O16A 2J9YA 4AWSA 3TROA 3W1NA 3INPA 3W83A 3P62A 4PC8A 1OX4B 1JCMP 1K8XA 3P67A 1PHQA 3IGUA 4RJEA 4FNRA 3P81A 3MP3A 1VR6A 1SW0A 4QJ1A 2RHGA 1JULA 1J4EA 1SSDA 1UCWA 4S2CA 5DY3A 1G7VA 1LM1A 4TU1A 1JCYA 2QJGA 4XWUA 1M7OA 4RR4A 1DVJA 1MZHA 2NV1A 3DAQA 3GZ3A 3NQDA 1SZGA 1GVQA 1TV7A 4UFHA 3STGA 4Y8FA 3RMJA 4QISA 3G1XA 2WOQA 4HPJA 1YDOA 1OFDA 2QCMA 3UNDA 1N55A 2GQ9A 4JY8A 2FQIA 4RLIA 1SFLA 3QQ0A 4J9JA 3L2IA 4UMAA 1H50A 2V8ZA 4JX4A 2DORA 3FS2A 2X16A 3U6WA 4FF7A 1RQEA 3QRHA 4OBTA 2ZZ7A 5E1QA 4ML9A 4HNVA 1O60A 1OJXA 2TMDA 4O1AA 1C8VA 1ZAHA 3WK0A 1OX4A 2NXIA 1LDCA 5AYYA 3A5FA 4IMEA 5G4EA 2XN2A 3BGGA 5ABTA 1E51A 4FIQA 1GQNA 4IQLA 3C56A 2ZZ1A 2B0MA 4ZQCA 3CLMA 1SO4A 3K30A 2TRSA 3BW3A 3ZWTA 1FCBA 1P4CA 5FEPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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