2ZZ1A

Snapshot of the reaction from 6-cn-ump to bmp catalyzed by orotidine monophosphate deacarboxylase from m. thermoautotrophicum
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
215
structure length
215
Chain Sequence
VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural characterization of the molecular events during a slow substrate-product transition in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 84
structure length 215
sequence length 215
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2009-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2zz1A00
2X1TA 4EF8A 1D3GA 4NU7A 2QCMA 3W1XA 2VEKA 2Z6IA 4IUOA 2HTMA 3QFEA 1WOAA 1EX5A 5TBOA 3P74A 2BX7A 5EY5A 5I3KA 3C6CA 4R53A 4Z1BA 2NUWA 4QNWA 1H51A 2YSWA 3LX9A 3G3MA 1IIHA 1PL9A 3SGZA 1H7WA 1P0KA 2ZZ3A 1UJPA 4LVGA 4JTHA 4EVZA 1QPQA 3RLUA 1QPOA 3MMTA 3ATZA 4LNYA 1TJPA 2CLHA 3PY2A 1AW2A 3HJZA 3F4NA 1W5NA 1FDZA 3NO5A 1TSIA 2WQPA 3IEBA 3WK2A 4UFMA 4PC8A 3GNNA 1W1ZA 4AVFA 3VE9A 5HQEA 3HPXA 4UFHA 2ZTKA 2CW6A 4A21A 5J5DA 4Z0JA 3S5YA 3NZRA 4GUJA 5G1YA 2GUUA 3FS2A 3AJXA 2ZA3A 3GB6A 4GFSA 3A23A 3NGJA 1Q6LA 4PH6A 1KA9F 2GPTA 5LKYA 4Z0SA 3QJAA 1AW5A 1AMKA 3RMJA 1FXPA 1GOXA 1M5WA 3GZ3A 4YWIA 3UQNA 3WK1A 3L0GA 1XBZA 3TXZA 4K36A 4W9TA 3TSBA 3CHVA 2XN2A 1M7PA 2XN1A 1EEPA 3M6YA 1XBYA 4M6VA 3G1YA 3TMLA 1WV2A 2GQ9A 3TW7A 4MLJA 1W37A 5AHEA 1LDCA 4LC6A 4NJKA 2RDUA 3SECA 4PTNA 3BARA 5EBUA 3W2JA 4CQAA 4DELA 2QCLA 3MHUA 3EWZA 3LV5A 4UR7A 5G2IA 1A53A 4IPJA 3A24A 1FWWA 3HMJG 4WXYA 1FWSA 3W7QA 3DXIA 1SO4A 2ISSA 1C29A 2A6LA 4ZVJA 4IMDA 4OGZA 5AC6A 3FEMA 3BGGA 2DORA 1ZENA 1LOLA 4O54A 4LW7A 1VGAA 3D0CA 3PWAA 3BG9A 2OX1A 3TV8A 1K02A 2RDWA 3NQAA 1MSSA 3I68A 2QCEA 3VE7A 3S6DA 3Q58A 3TIMA 3IVTA 2UV8G 4NXKA 3BLIA 4NJGA 4UTTA 4IPIA 1HO1A 2C18A 3TFCA 3BV4A 3G1DA 4GNJA 1ICQA 4DO4A 1F6PA 3W7NA 3MP4A 4IQLA 2C3ZA 4EF9A 1OF6A 5E1QA 3SI9A 1FXQA 4DF1A 1KTNA 3KOFA 3PB0A 1VCFA 1TREA 3NPXA 3GAKA 3MP3A 2YGYA 4K37A 5CPNA 4NNCA 4MOZA 3AO0A 3LHUA 1ME9A 5G4EA 4UFIA 4MY1A 4UIOA 3RF9A 1JCXA 2ISVA 1KM2A 1W8SA 3E12A 1FDYA 2CLKA 2CLLA 4Q4KA 5IBXC 3UWVA 3HG5A 1NF0A 3TU9A 3U2OA 1AW1A 1W3TA 4TU1A 3W2KA 2C0AA 3FKKA 5D2XA 3NVTA 4L4LA 3S5NA 3SGUA 3M43A 2AAMA 1TIMA 3G1VA 4O28A 1LRNA 3QMTA 2Q8LA 1NVMA 4DBDA 1VYPX 3UZJA 4YXGA 1RZMA 5BMWA 1QNVA 1IXPA 3PUEA 1Y0EA 1F2JA 1WA3A 3W23A 2R14A 2HSAA 4R33A 3O06A 1VPXA 2QF7A 1VH7A 4ZQCA 3TSMA 3IRDA 5T26A 5K9CA 3HB9A 5FF3A 4O57A 3M5ZA 4CNOA 5KZEA 3F1QA 3TE9A 1OX4A 4U4MA 2AQWA 2A2IA 3WK3A 3E0IA 3DFQA 1ZY9A 1HG3A 2A7NA 2H8XA 3SR7A 2X1RA 1YDVA 1MEHA 1TPUA 4RKAA 4M5PA 3W1LA 3B06A 5K7JA 3QMRA 4GUHA 4JDYA 3R13A 3DFTA 1XCFA 2C19A 3V1PA 4UTWA 3STEA 1X7FA 2DJXA 3TAKA 3W6YA 3UWWA 4TX9A 4O19A 2CLEA 1YTKA 2ZZ4A 1MXSA 3EXSA 3P61A 4O0ZA 3CT7A 5KZMA 3BG5A 1Z42A 1K8ZA 4TO8A 4HPJA 1BWLA 3WJWA 2PRMA 1ME8A 2QJIA 3T44A 1TCDA 4IX0A 1GZGA 3IIPA 3A5VA 3KHJA 4DF2A 1J5TA 4JY9A 6TIMA 5CPOA 2V9DA 5HUPA 4LRSA 2I9EA 3EWUA 1K3UA 3B0PA 3L9CA 3DI1A 4PL1A 1KV5A 3IIVA 1GPWA 1Q45A 2CFFA 3UWZA 1YXDA 1ZFJA 4M19A 4HNUA 2E6AA 4GRSA 1FUYA 1G7UA 4JICA 3SIZA 1QMLA 2VEMA 2CLIA 4IOTA 3TH6A 3GNDA 2NWSA 1GVQA 3N2XA 1I4NA 1OFOA 1WXJA 5D2TA 5G2WA 1KFCA 3IGUA 3DKLA 3NA8A 2Y61A 3LHTA 1WX0A 4TIMA 4JTLA 4PL2A 4FX8A 1G67A 2E6YA 2BZNA 2HMCA 3PULA 4UFJA 3CC1A 4KWWA 1VHNA 5FEXA 3W7OA 3R89A 2GQAA 2VXNA 5G5IA 5HWNA 1MEWA 3NQ7A 3UZ5A 3N2MA 3Q37A 5EPDA 4RXGA 3P82A 3EEGA 5I3HA 3ABOA 4NXSA 4O52A 4FNSA 2PCQA 2NV2A 3CLMA 4A29A 3BLFA 3O05A 3PM6A 1W5MA 5TIMA 2D73A 3MHGA 3BVJA 1TB3A 1VS1A 3LI0A 3LHZA 1E51A 1IF2A 3DFSA 3A22A 1VLWA 1H61A 4QITA 4JYEA 2WNQA 2GJNA 3NQEA 4WJEA 3C56A 1KFLA 1K7EA 1M7OA 3TJLA 3GXPA 1VC4A 3TQKA 4LC8A 1LBMA 3NL2A 1XDMA 3WK0A 3THQA 4AEOA 4X22A 4ZQMA 4PA8A 2DZUA 3M5XA 5LZLA 4E38A 3O15A 1VLIA 1JCMP 3GXTA 1XFBA 4A2SA 4IGHA 3LCFA 2BSLA 2OCZA 4H4IA 3W87A 2R8WA 1SSDA 3CWOX 4JYFA 1VQTA 3C2RA 3LBCA 3LGEA 1K03A 1OX4B 2E5CA 1L9WA 1OFEA 2WNZA 2QDHA 5KSWA 1SU5A 2FLIA 1GG0A 1LTDA 2OJPA 3W88A 3NQCA 1R47A 4YCPA 1UASA 3M7WA 4ADTA 4BF9A 1Q3NA 1S5WA 4MFEA 5FEPA 5FF0A 3O16A 4WXZA 2TRSA 2CWNA 2RFGA 1LCOA 4O1AA 1VHCA 5D02A 5F2MA 4WX2A 4A3UA 1XC4A 1KW1A 2V30A 5LNWA 2QAFA 2X1SA 1U5JA 2C6QA 3ZFHA 3UXDA 4R34A 3KVKA 1TMHA 3M5VA 2VFIA 4LUJA 4OHQA 3DHFA 3W2UA 3MO7A 2YZRA 3W1PA 4HSOA 2WOQA 1SPQA 3LDVA 3I7RA 2YCEA 5J5RA 4A22A 3NXFA 2A6NA 3BPWA 4UTHA 5G1TA 4JTSA 4Z1AA 3W1MA 2G5WA 2V5LA 1DV7A 1F7BA 3N19B 4JS3A 5H2ZA 4FNPA 2DZPA 4IMEA 3GDRA 3S5OA 4UNLA 3GKFA 3LCGA 5D2WA 3A5FA 4MFDA 3L66A 1OVDA 4UUIA 4ADUA 4QQ3A 1XM3A 3MI6A 1SQ7A 4NUWA 1KLYA 3FIGA 3G1XA 1KFBA 4UMBA 2VEPA 2ZRXA 2HS6A 1GQNA 2CLOA 3MUXA 1EPXA 3NPVA 1O60A 2QUVA 3G8RA 4LY8A 3I6RA 2VEIA 3NL5A 5F4SA 5CSRA 3S1XA 1KFEA 4BWLA 2ZDRA 1DORA 2DZWA 1HL2A 4O1DA 4WZHA 2ZA1A 4Z1CA 4M7SA 1TV7A 3LXAA 1TPH1 1KM4A 3NAVA 2WSYA 3HGOA 3I7SA 4RXFA 3LXCA 3NOEA 2NX3A 4FEZA 1GEQA 1GYNA 4XBKA 2C15A 2BTMA 2QAPA 3TAOA 4JDBA 1AL7A 2FQIA 1PS9A 2W0UA 2FDSA 2GQ8A 1XI3A 3M0ZA 1OK4A 4CCCA 1L6SA 3S42A 4JTKA 3PBUA 3ELFA 4Y90A 1XKYA 3N9RA 1VYSX 4C1LA 2WPBA 3UWQA 2C13A 4JX5A 5LHFA 3EKLA 2JK2A 4JEQA 3TC6A 3B4UA 3DFPA 1SO6A 5C54A 3QC3A 4EWND 3ANYA 5A5WA 4DEFA 4Y96A 1B57A 5BW6A 3BW2A 5LNSA 1GTEA 4FNRA 5G4WA 3EWBX 5BRBA 4UFKA 3P7YA 2DZSA 3BGJA 1QOQA 4UFLA 4AAJA 2YPIA 4EIVA 5CZSA 3HG2A 3W76A 1TJRA 1V7YA 4CQ8A 5BMXA 2H6RA 1ZHAA 2NXHA 1W3NA 3FLUA 1EP3A 4GBUA 5LNVA 4NJHA 2I14A 1CI1A 2A7PA 2B7QA 2NXGA 2ZA2A 1Q6OA 1EA0A 1W31A 1GVSA 5AFDA 3KRUA 2OT0A 3GLCA 2X1UA 1FCBA 1FCQA 1O5XA 2QEZA 3LLDA 4KFPA 2TMDA 2FTPA 2IQTA 3ABRA 2WSRA 4BI7A 4JY8A 3TJXA 1OABA 1JCJA 4B5NA 1L2UA 2KZHA 2J88A 2QKFA 1QAPA 1P0NA 2Y6ZA 4E0CA 5D2YA 2Y7FA 4NNAA 3CPRA 3L5LA 4QM1A 1KTCA 2CZFA 3W1TA 2PC4A 1IXOA 3DAQA 2YW4A 4BI5A 4MY9A 3QF0A 5D32A 5FF4A 1VJIA 3LM7A 2V5BA 4N02A 1A5SA 4UTJA 4CCEA 3P8IA 4N9BA 1TPFA 3PSVA 5D2VA 5U4NA 4KKXA 3LI1A 4A2RA 4UCGA 4LVAA 4NNBA 3QM3A 3S9YA 2A5HA 3LCLA 3PUDA 5HR7A 3S1UA 5LGZA 4AXKA 2A7RA 1IXNA 2FB2A 4HT3A 5D38A 5DXXA 2ZFAA 3W7MA 3GYEA 1TPWA 2QCGA 1ALDA 1YADA 1X6UA 1DKWA 4MYXA 4OT7A 1NF7A 2E68A 3M16A 4XTIA 1G7VA 2EAWA 4UTTC 3TC7A 4H3DA 5D05A 2E5BA 1GG1A 3HIJA 2E09A 3HGSA 4CCDA 4QSHA 4K39A 3TUUA 3OVQA 2QCFA 4IXXA 3O8AA 3GDLA 2F7FA 3MYOA 5AHMA 4ORIA 5IBXA 1TPB1 3JRKA 4L4MA 3O07A 4DPPA 1C9DA 1W56A 2YFNA 4NJJA 4HIBA 4I7WA 2BXVA 5CZ0A 4BK9A 5AB3A 4O0KA 4WOZA 4WQ6A 4O4WA 5C5YA 4ZQPA 3R5EA 2FIQA 3DU0A 3RK8A 1P5BA 3OVPA 3W1UA 1F5ZA 2V0TA 4BFAA 4OBTA 4H6KA 3KVLA 4FO4A 2QUTA 2J9ZA 1H60A 1GJPA 3PS7A 1TTJA 2J9XA 5AN7A 3LTPA 4JTTA 3SSJA 3STGA 3P62A 1LZOA 2ATMA 4TMCA 3PSWA 4UTLA 5FF2A 3VI2A 1H50A 1JUBA 3W1AA 4X3ZA 1GYLA 3QPYA 4O18A 3M41A 3DH7A 5D09A 3EX3A 4LV9A 2V2CA 5C6MA 3TKFA 5IM51 4MZ8A 3DKJA 1DVJA 4DXVA 3NQGA 1RD5A 1ZNNA 1TTIA 2CU0A 3LRMA 3W7DA 1BWKA 2R94A 2VFGA 3S1VA 4RX0A 1LBLA 3Q2DA 2V8ZA 5FF7A 1UB3A 4NZJA 1UUMA 2YDAA 2Z2UA 3C4UA 3RLVA 3C8FA 1XXXA 2A85A 5L9FA 5D30A 3PF3A 1TPC1 2X30A 1QR7A 4Z08A 3W3OA 4YLWA 1J2WA 3QH2A 4LS0A 4AMAA 4KFNA 1A5BA 4MKNA 3UY7A 2XFWA 1KFJA 4UTWC 3W7GA 3IV3A 4JX6A 3EWWA 1I2NA 1W5QA 3HGRA 3C3NA 1FCUA 2CZ5A 4JX4A 1ADOA 2A1YA 3F4WA 3NNTA 3KRSA 1LOSA 2NV1A 4M7TA 1YPIA 4ONVA 4CQ9A 5DCEA 3CQ0A 3SJ3A 1EWDA 1F74A 2NUYA 1YDNA 1H7XA 4UMCA 5E93A 5CSSA 1X1OA 3M47A 2YYUA 3P8JA 5EYWA 3EX2A 4O13A 4JTGA 3G0XA 3VCRA 1LOQA 1WYIA 4N4PA 1RQBA 1DJQA 3NM1A 2DZXA 4D2JA 3FJ6A 2VFDA 1N55A 1T96A 3LERA 4AWTA 1SO3A 4M6QA 5CKSA 3QRHA 3G1HA 5AHLA 2G97A 4GUFA 4FB7A 3GKAA 3WFAA 1NAL1 2OT1A 4I7VA 3L2IA 1S5TA 3L65A 1NSJA 4IX2A 3LBMA 5CZJA 3WJSA 3EX6A 2I1OA 2O7QA 1OFAA 1O5KA 1M6JA 2V82A 3F03K 3NEVA 2TSYA 3S8HA 1LRQA 3G3DA 4NJIA 1ZCOA 2WSQA 3OVRA 1C8VA 1RQEA 2NX9A 3LV6A 3PUOA 1L6YA 4IMFA 2P1FA 4O8RA 3QQ1A 1G4PA 1TPEA 4K38A 2A0NA 2Y7EA 1I8JA 4BR1A 4OV9A 4N9DA 3P81A 4I7UA 4RV8A 5HWMA 3PBVA 4K6AA 5CG7A 1I2OA 1PHQA 4TMBA 1K8YA 3ABQA 4YL2A 3UD6A 1SW0A 1OFDA 4ML9A 1OJXA 1EP1A 3NQMA 2ZZ7A 4ZL1A 3R8RA 2J9YA 3PBYA 3LHVA 1UBSA 3DI0A 3OA3A 4FIQA 4K8HA 3NL6A 4UMAA 3W70A 4RZ5A 4NVTA 3W75A 3PG8A 3MHFA 1OHLA 2RH9A 1JUEA 1LP6A 2Q3OA 2F84A 3W85A 1S5VA 1KLZA 4FXSA 1I2RA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2X1T A;  1IV8 A;  3W1X A;  2QCM A;  1R9X A;  2VEK A;  7ODC A;  1WOA A;  1H3G A;  5TBO A;  1OGG A;  4LUT A;  4B2D D;  5EY5 A;  5I3K A;  7XIM A;  4Z1B A;  1GOO A;  3XIN A;  3MZN A;  3W00 A;  1H51 A;  3OO2 A;  1JAK A;  3GNP A;  1KQZ A;  1FHD A;  3EOL A;  2WB5 A;  2ZZ3 A;  3ZXW A;  1A4M A;  2UY3 A;  4JTH A;  4XZN X;  2HXT A;  1QPQ A;  1GZJ A;  2QQ6 A;  3ATZ A;  3GY1 A;  1AW2 A;  3WQ4 A;  4PCN A;  1W5N A;  3OOD A;  1S5M A;  1QHO A;  4UFM A;  3ITX A;  3LQL A;  3SN4 A;  4ZFC A;  4ZBC A;  4A21 A;  1EQP A;  3H26 A;  4RW5 A;  4GUJ A;  2XSA A;  5G1Y A;  3W6M A;  2AQV A;  2ZA3 A;  5A6A A;  2OQY A;  4GFS A;  3NGJ A;  5BU9 A;  3QV8 A;  4LCQ A;  5M17 A;  3QJA A;  3RYS A;  2JE8 A;  1GOR A;  4YTQ A;  4R7O A;  1EDT A;  4XAF A;  4YWI A;  4L9Y A;  4W9T A;  3TYD A;  1IWB A;  3FV9 A;  1GOK A;  3CHV A;  2W27 A;  2XN1 A;  1Z8A A;  1WV2 A;  3TW7 A;  2XSB A;  1LDC A;  1CZ1 A;  3V5O A;  4YVV A;  1GOI A;  2QGY A;  3OQ8 A;  2Z26 A;  3BAR A;  3W2J A;  3SCR A;  2YIH A;  4CQA A;  2QCL A;  4DWS C;  3GC5 A;  4FLS A;  4UR7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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