2ZZ1 | Genus

Total Genus 84

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	84
sequence length	215
structure length	215
Chain Sequence	VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__671402127206499__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__671402127206499__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2ZZ1/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__671402127206499__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"671402127206499","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2ZZ1/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__671402127206499__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfe28f737f5b8feda809ccf/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfe28f737f5b8feda809ccf/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfe28f737f5b8feda809ccf/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfe28f737f5b8feda809ccf/pdb.gz): 99 ms

reading 215 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

215 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 21 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:214});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
publication title	Structural characterization of the molecular events during a slow substrate-product transition in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase pubmed doi rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	84
structure length	215
sequence length	215
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2009-02-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2zz1A00

3NL5A 5EMUA 5D09A 3GXPA 4GE8A 3TSMA 1HTIA 3QPZA 4BR1A 1XDMA 4FIRA 3Q94A 4EVZA 3BPWA 1CI1A 4DPQA 4WZHA 3NQ2A 3L5MA 4XUGA 5E93A 3RFAA 1S5TA 1QFEA 2Y6ZA 1JUBA 2R94A 2ZA3A 2B7OA 4O1AA 3S8HA 3GDMA 3W1PA 3LHWA 3BVJA 4O19A 3HPSA 5AFDA 4WQ6A 4IPJA 5TBOA 3F4WA 2QKFA 4QQ3A 1V5XA 3FS2A 1SFLA 3G1DA 2W0UA 2NUXA 1EEPA 5AHNA 2Y7DA 3UPWA 2FPTA 4LWWA 1IGSA 3P60A 3B8DA 3LDVA 2ZZ4A 3W1RA 3M9YA 4AXKA 1R2SA 1VC4A 4UR8A 3LRMA 1JVNA 5DY2A 3LX9A 5EPDA 1H63A 1GOXA 2G95A 1OX5A 5HQEA 4XTIA 3DKLA 5DCDA 3W2MA 3G3DA 1AK5A 1PHWA 2DZWA 5D05A 1JCYA 5C54A 5AOUA 4UTIA 5A8GA 3LCFA 4X22A 3EKZA 1F5ZA 4QAIA 3NQFA 4MOZA 2DZTA 1LBLA 5LNVA 2C19A 3OBKA 3THQA 3M41A 1GVQA 3EXSA 1TTIA 3HPZA 2CLIA 3A23A 3P84A 4A21A 1TB3A 4IXXA 3G0XA 3E9AA 3UPBA 2TMDA 3OVPA 3W1LA 3W76A 1CX9A 2Y7EA 2GPTA 2VKZG 1LOSA 3B04A 3S6DA 3EX4A 1YXCA 2Y7FA 1F74A 1OX6A 2CZFA 3L0KA 1QNVA 1VCGA 2OCZA 3W2JA 2EAWA 3OEXA 5EKYA 2IQTA 3TDFA 2B7QA 4ML9A 2E5BA 1G67A 3HGJA 2VC6A 3U8GA 1H7NA 2AQWA 1TJRA 1A5BA 2PRMA 5HWMA 1KV8A 2BLEA 4UTJA 4NX0A 3NQAA 3TAKA 5K4XA 3N9RA 3W2NA 4DELA 1JCJA 1QO5A 1SW0A 3W1MA 5A5WA 3TQVA 2VEMA 4CCDA 4UR7A 2QCGA 1LM1A 4MIMA 5D2YA 4Z0JA 3GXTA 3KAOA 4H4IA 1OX4A 3B4UA 4LT9A 2JK2A 1OF8A 3KX6A 3C2OA 1ICPA 4LRTA 5DY3A 3LTPA 5I3GA 3Q37A 2JKAA 4OGZA 4IQLA 5CKSA 3S5OA 4DF0A 1SZEA 3NQDA 3ABRA 2CLEA 2H6RA 3CM4A 2TRSA 5F4SA 3MP3A 4PTNA 2BWGA 4A2SA 4BI7A 4GWEA 5HNRA 2WV8A 1DHPA 2ZRWA 1QOPA 4R7JA 1K7XA 5HUOA 3UY8A 1NEYA 4LUIA 5D2WA 2E09A 3DFOA 4DPPA 3LERA 3JR2A 1LRNA 4LU0A 4YL2A 1YDOA 2A7PA 2JKEA 1SO3A 5BW6A 3M47A 3UWVA 1HO1A 3C8FA 5CSSA 4M19A 4RCXA 2J9YA 5LNRA 3DXIA 1L6WA 3GLCA 1A5AA 2NXGA 5AHIA 4DBDA 3HMJG 3F4NA 5G1TA 3HF3A 2ZQ0A 4JTIA 1L2UA 3IEBA 5FEWA 5L9FA 4KWVA 2WQPA 4TMCA 1UCWA 4UMAA 1KBIA 3IV3A 1ICSA 3BG9A 4I7UA 3TK7A 4HSNA 3NPWA 1WBJA 5CPNA 1VHCA 4MVAA 2J9ZA 3C3NA 4WY0F 1JRCA 3O6DA 2XFWA 1R2TA 2G97A 4MFEA 5E0KA 4N9DA 2QJHA 3G1YA 2YDAA 2OZ0A 1VLIA 1KFKA 2QCNA 5AC8A 1KTBA 1I45A 3M6YA 4AMAA 4FNTA 5I3FA 3P62A 3HOJA 4R34A 4ZQCA 1QO2A 4QITA 2QJGA 1UASA 3USBA 4FO4A 4BI5A 5C5YA 4RK8A 1K7EA 3NL6A 1THFD 4HNUA 5C55A 5LZLA 4K8EA 2ABAA 5FF3A 4ADUA 1OVDA 2VENA 2UV8G 4JYDA 2QCLA 1JCNA 3TR2A 2NV1A 3W22A 3WJYA 3MO7A 1H7OA 5E1QA 3T7VA 5I3JA 3N9SA 3OHIA 4JD4A 3P8JA 4O50A 1JJKA 1TTQA 4E2DA 4P2VA 2O7QA 3FYPA 2YYTA 1VZWA 2A7NA 3Q58A 3RMJA 4UC5A 1W3IA 1XCFA 1ZENA 1YXYA 1U5JA 4PL1A 4POCA 2Y89A 1G7VA 4CLMA 2FB2A 1Y0EA 3UQNA 5GVJA 1T99A 2NXIA 2A1YA 3GR8A 2ZRUA 4WXYA 3W1QA 6TIMA 1P0KA 5DLCA 1LOQA 3GDTA 3W1XA 4TMBA 1WA3A 2V30A 4IX2A 1MEIA 3W23A 5AYXA 3MYPA 4FNRA 3EWWA 2ZZ1A 1QOQA 4J9JA 1J5TA 5F4WA 4UTMA 1R2RA 1M7OA 3W1TA 1TREA 4JN6A 3GB6A 2A7RA 2ZBTA 2YW3A 4K37A 4N6EA 3CU2A 2Y70A 1ICQA 1DORA 1TV7A 1VR6A 4LVBA 2CLMA 3N73A 5DCEA 4ZQPA 3B0UX 2V82A 3G1HA 1HO4A 2ZTKA 1LLZA 4BWLA 1LBMA 2CWNA 5F1UA 4UTUA 2CZ5A 2EPHA 5DCBA 1LOLA 2V2HA 3QQ0A 4GJ1A 1W31A 3P8IA 3U6WA 3PSVA 2OMAA 5L6UA 4LVAA 3M7WA 2YFNA 1JCXA 3JS3A 2Q3OA 1IXOA 1TPWA 4PODA 1YPFA 4HNVA 3W71A 1IIHA 2XN1A 4O12A 1SW3A 2KZHA 4FX7A 4ORIA 4OBTA 2V2DA 2A2IA 3GYEA 4GUHA 4UTTA 1YPIA 2VOMA 2ZTJA 5AN7A 3E96A 2FB3A 4LC8A 1N8FA 2YCEA 3EWXA 5FF7A 5EBUA 1PS9A 3W73A 2E6DA 4N9CA 2Y61A 3I68A 1A53A 1F2JA 3BV4A 4CNOA 3W74A 3G8RA 3BG5A 4AWUA 5BMXA 3W7LA 1VQTA 3PUEA 3NPUA 3PG8A 5CZSA 1FXPA 1IXQA 4NJGA 3TC6A 4MUZA 2G96A 1WXJA 1VS1A 3HQ1A 3L66A 4MLRA 3GDLA 1FCBA 2QCFA 5KZDA 5TIMA 4O57A 3LI0A 1KFLA 3LTSA 1GEQA 1TRIA 3RLVA 2RDUA 1DKWA 2CLOA 2YFOA 3PR2A 3BLEA 3PG9A 5CZTA 4UFMA 3S5NA 1MZHA 2X2GA 2X16A 3P7YA 3WK2A 4JTLA 5AHLA 1P5BA 3GXNA 1DQWA 4LOCA 4XWUA 1K8YA 1OJXA 2GVGA 4JTKA 1BTMA 1LYXA 1KFEA 4K7VA 1DV7A 4WX2A 2C14A 3KRZA 5AB3A 3LCHA 4FXRA 4UMCA 3LXAA 5DXYA 1C8VA 2DU2A 3W2LA 3Q2DA 1FWRA 3PULA 3QSTA 1IF2A 1M7PA 2CLFA 3BLFA 3SECA 3TQ0A 5KZEA 5G2IA 4RKAA 5D33A 5K4ZA 3EX6A 5K7JA 4O4WA 3NXFA 4HT3A 3PUOA 1GVSA 4XQ6A 2BTMA 1SSDA 3LHUA 3ZWTA 3LM7A 3PY2A 3TSBA 4PH6A 2YW4A 3R8RA 1VHNA 3PB0A 3M5ZA 1RD5A 3DFNA 3M44A 1A5SA 3O6YX 3FEMA 1J2WA 1VYRA 1SZFA 2E5DA 3P74A 3WJXA 4ZVJA 1XBYA 3STFA 2VFDA 2ZA2A 4NJHA 2V81A 2QEZA 1HFBA 1JCMP 5KTLA 2ZZ3A 4QJ1A 3MP4A 4CQAA 5LGXA 4AEOA 4LS0A 2DP3A 3NQ6A 3PUDA 3W2KA 1GT8A 4KKXA 3CLMA 4AWSA 3CQ0A 4A2RA 3C2EA 1LLWA 3PAJA 3W3OA 5AC7A 4PFMA 1OABA 5FEXA 3C2FA 4WY0A 1FCUA 3UWQA 3QRHA 3WK3A 5CG7A 5D38A 3U2OA 3DFTA 4U4MA 4K39A 1RR2A 2JGYA 1I4NA 1F05A 4LC6A 3OVRA 3NOEA 1YTKA 4QNWA 1R30A 3NPVA 1W5OA 2YR1A 2QDHA 3EXTA 4M7SA 1F73A 3CEPA 4K38A 3T55A 3PVFA 1ADOA 3T78A 4EIVA 3R12A 2ZZ6A 1F6KA 4ZQOA 3DZ1A 4CCEA 5LSMA 1M6JA 2ALDA 5FEPA 1SSGA 3E02A 2NZLA 3DBPA 5C2XA 4Q33A 2TYSA 3N2MA 1I2QA 2CU0A 3QM3A 1H7PA 5AHFA 1BKSA 3SW6A 3E0IA 3FJLA 2WKJA 4GBUA 2A6LA 2AGKA 4N9EA 1G4SA 4Z0SA 4KFPA 4LS1A 4QSHA 5LNUA 1MXSA 2Z0IA 3BLIA 3JRKA 5D32A 4JEQA 2Z6IA 3OVQA 1NAL1 1TPFA 3G1AA 5BNKA 1VPXA 1K8ZA 3TU9A 3W7CA 2WNQA 4O1CA 3LI1A 4XBSA 1DBTA 2NWRA 2YXGA 3BW3A 3A9IA 3ATYA 2QUUA 3N2XA 1KM4A 4UTTC 1OHLA 3LCLA 2ATMA 5K9DA 2CLKA 2NX3A 3LLDA 3WJWA 3IIPA 1WAUA 3NO5A 3W72A 4IMDA 1OX4B 3GIYA 4RX0A 1Q6RA 3VNDA 3UD6A 4ZL1A 3W70A 1OFAA 1N55A 2FTPA 1YTDA 3WJSA 1QCWA 3CB8A 1TJPA 4NZJA 1XKYA 3EB2A 1EUAA 1S5WA 2ABBA 5G2WA 3RLUA 3NEVA 3W07A 1ZFJA 2AAMA 4DQWA 4HPXA 5CPLA 3W9ZA 5EY5A 3E12A 3BARA 4O17A 2WSQA 1FDZA 2WJZA 5DBTA 4YCPA 1EPXA 4R53A 2XN2A 1TCDA 1F7BA 3DFSA 1RPXA 3VKJA 5IM51 5K9CA 1KW1A 2DZVA 1FDYA 5IBXA 1FUYA 1VLWA 5ABTA 4I9AA 2E68A 3FA5A 2ISVA 1RQHA 1OYAA 5CPOA 1K02A 4R33A 2ZA1A 3C52A 2QR6A 4AHPA 2J24A 1L6YA 1TPEA 1VCFA 5SWUA 1H7WA 1JQVA 3TMQA 1PCKA 3FKKA 3CEUA 2OJPA 5TQLA 1TV8A 4NXKA 3GDKA 4UFHA 1G69A 1K8XA 1KTNA 2P0OA 3ABOA 1WBHA 5LKYA 5H91A 2J27A 3TXZA 1QMLA 1NF7A 3A5FA 5F2LA 3C56A 4FNPA 4L4MA 1ME8A 3NG3A 1L6SA 5CSRA 1K3UA 1JRBA 3AJXA 4JTFA 1Z48A 1XXXA 3S1VA 2NV2A 3ELFA 2VXNA 4K36A 3EX1A 3FFSA 5FESA 4Z1CA 3QMSA 2NX9A 4FXSA 1O60A 5DELA 1ZY9A 1TV5A 2DJLA 3TJXA 4N4QA 4D2JA 1KFCA 5AHEA 4UFIA 1LRTA 3HIJA 1K7FA 4MFDA 3CWNA 1RVGA 3IIZA 5LGZA 1GZGA 1PVNA 3G3MA 1W1ZA 1EP2A 2HS6A 1AW5A 2DZSA 1QAPA 4RZ5A 4PL2A 3KRSA 2V2CA 1QR7A 1KBJA 2B0MA 4UNLA 4NUWA 3B05A 3KVKA 3I7QA 2V9DA 2BXVA 2CFFA 4QISA 1SW7A 2V5LA 4OWGA 3M0ZA 1W5QA 1LP6A 1B4EA 1T96A 1XFBA 1HL2A 4O8RA 2VFHA 4JIQA 1B57A 3P82A 3QEZA 3TKFA 4TX9A 4IXHA 1DQXA 1O95A 3R5EA 3PS7A 2A85A 4BF9A 3M16A 2PCQA 3TFCA 3PM6A 4M7TA 1ZJIA 3WK0A 1Z41A 4B5NA 1SO4A 4JR5A 3GX9A 3IIOA 4XBKA 1VCVA 3EWUA 3O6CA 3L0GA 3FIGA 3ABSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 7CGT A;  3TYD A;  4FNU A;  3C2Y A;  1F76 A;  2PAJ A;  3HGO A;  1RA0 A;  3NZP A;  2Z6J A;  3A24 A;  3HG3 A;  3ZZ1 A;  1WPC A;  5EMJ A;  1Q45 A;  3VDC A;  3NQB A;  4PRR A;  1J2B A;  4UIO A;  3AIQ A;  5IRP A;  1O12 A;  3T40 A;  4Q8W A;  1WUF A;  4MWA A;  1WDW A;  1OC7 A;  5XIN A;  3QTG A;  3T6C A;  2IPF A;  2YA1 A;  1BYD A;  1TWZ A;  3PBU A;  4NXS A;  1TV2 A;  3FKR A;  1S2T A;  2J66 A;  3CWO X;  4WXZ A;  1T7L A;  2C6Q A;  1HJQ A;  3VDA A;  1Q66 A;  4O52 A;  2ZRZ A;  3RCN A;  5M3W A;  2W79 A;  2YPI A;  3O7U A;  3PZ9 A;  3HB9 A;  1HJX A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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2ZZ1A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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