2ZZ4A

Covalent complex of orotidine monophosphate decarboxylase d75n mutant from m. thermoautotrophicum with 6-cyano-ump
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
215
structure length
215
Chain Sequence
VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVANIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural characterization of the molecular events during a slow substrate-product transition in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 84
structure length 215
sequence length 215
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2009-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2zz4A00
3UWVA 5LNWA 1ZAHA 2VELA 1FCBA 4N4QA 4RX0A 4A2SA 3W7QA 1PVNA 3LI0A 3MMTA 1TPDA 3KOFA 2YCEA 3P5ZA 5T26A 4YXGA 3SR7A 2BWGA 1IXQA 4MY8A 3HJZA 3EWZA 1OJXA 2CLOA 4OGZA 2QR6A 2ISVA 2QJIA 1H62A 2ZA1A 3V75A 4RXGA 3LBMA 5K9DA 2BZNA 1TTIA 1EUAA 2GQAA 2BX7A 2QCMA 4JYFA 1PCWA 3CM4A 3NA8A 1XC4A 2WSQA 4XUGA 2ZRZA 1TREA 4I7WA 2XN1A 3TCEA 1KBIA 2ZZ5A 3R13A 3G8RA 5LNRA 1DOSA 3LRLA 3EWYA 1YDVA 4K7VA 2Q3RA 1W8SA 1GZGA 3FOKA 3W7JA 1H1YA 1KM6A 3W84A 4IUOA 3W6YA 3LTSA 1R30A 3BO9A 3TSBA 4YWIA 1C8VA 1OK4A 3BW3A 1YADA 4DQWA 5FF0A 2DZVA 3LCXA 4N02A 5AOUA 4MY9A 1K03A 1TSIA 1O5XA 4LV9A 4BR1A 3LCIA 1XM3A 4O53A 1ML1A 3RK8A 3T78A 1S5VA 3GAKA 4TO8A 3M1ZA 3KVMA 1YXCA 1H5YA 1W5QA 5G2WA 1SU5A 3T44A 2FDSA 3EX6A 1A5BA 2PC4A 1A5CA 2VFDA 3P74A 3HG4A 4HSOA 3NEVA 3NQVA 4ICNA 2E68A 5LNVA 5I3GA 3S1WA 3MWAA 2ZQ0A 3OG3A 5L6UA 3QW3A 2DZTA 4PA8A 3E12A 5AHNA 4AHPA 2GPTA 3CIWA 4M6QA 1XDMA 3QH2A 5I3HA 4KFNA 3DBPA 4JICA 1OF6A 5F2LA 3NXFA 3S8HA 3UY7A 1KM3A 3G1HA 1VR6A 1Z41A 4KFPA 1XL9A 4LTSA 1KTCA 4ZQOA 5A5WA 3IGSA 3JR2A 4PH6A 4BI6A 1UJPA 3W1LA 5DBTA 4E38A 3OVQA 5CPOA 1BWKA 4S2BA 3C61A 4QITA 2DZXA 3WK2A 4ZZ9A 3EX3A 3W72A 2H8ZA 4LC6A 1G7VA 1F74A 1SO5A 1SZGA 3HQ1A 3W7GA 3IGUA 4UFJA 1F2JA 1L6YA 3MO7A 1IXOA 1LCOA 1OFBA 2H3BA 4O13A 3UWQA 4L4MA 3DKJA 2A7PA 1AW1A 3O6CA 3NQGA 2G96A 2OJPA 1FDZA 3GX9A 2X16A 4JTEA 3KVKA 1G4EA 2YFNA 1LZOA 5K9XA 5CGQA 4D2JA 4Z08A 5DXXA 5HNRA 5D2TA 3NQ7A 4DO4A 3BW2A 4AMAA 3HPSA 3IIZA 4NZJA 4UTWA 2OT0A 4HSNA 4IGHA 5TBOA 4DO5A 3ZFHA 2E5CA 2QCCA 2FLIA 3B05A 4GUJA 1VS1A 3STGA 2Y7DA 5D30A 2X2GA 2C0AA 4PEKA 4UR8A 2UV8G 3MW7A 2YZRA 3S5OA 3LLFA 2C16A 4G1KA 3QJAA 2ATMA 3M6YA 4YMZA 2V82A 3C2RA 3W1PA 1I2PA 5AC7A 1WQ5A 1D3HA 3STEA 1HUVA 4XBSA 3F4WA 5AC8A 1GG1A 4GUHA 3W2JA 4UFHA 3EKLA 3SFKA 3T40A 2BTMA 3G0UA 1W5OA 3UNDA 3FYOA 4GUFA 5HUPA 1B9BA 3P8IA 3SY5A 3CHVA 2CZDA 1FDJA 1G69A 4LUJA 4MZ8A 3PULA 5AHFA 3UZJA 3UD6A 1ZNNA 3ZR4A 2Y7FA 3TXZA 4TX9A 2TPSA 1C29A 3QM3A 4FIQA 3IIVA 4O18A 5J5DA 4HNTA 3KFTA 3GKAA 3CB8A 3TAKA 5FEWA 3W7RA 5EPDA 3FKKA 4RCXA 1I4NA 3S0CA 4NNCA 1FXPA 1AL7A 1TPH1 4IXXA 1KFLA 2G95A 1OFQA 3M5VA 2DJXA 3RF9A 1SSGA 3A24A 5D2XA 1FBAA 3IGXA 2W79A 2XN2A 5C2XA 1JQVA 1UUMA 1HL2A 2EGZA 5EA9A 4ADTA 1DQXA 3LXCA 4LUIA 4FB7A 4M7SA 5KINA 4OT7A 4UTTC 1WBJA 1VPXA 1KV8A 1IIHA 2Q8ZA 4R33A 3LOTA 3W7NA 5F2MA 1TJPA 1G67A 3UWWA 3TSMA 3NM3A 5AHEA 4O28A 2J24A 3W76A 3P82A 4X2RA 1UASA 3HG5A 5G4WA 3TJLA 1F73A 1ME9A 3A5VA 5I3JA 3L68A 2X30A 2YYUA 1K8XA 2R94A 4EWND 3TIMA 2QAPA 1GT8A 1GVFA 5G5IA 2Z0IA 3YPIA 1TPVA 3TMLA 1TO3A 2NWSA 4ZMGA 3ELFA 3GZ3A 2VFGA 3EXRA 1JCNA 1UB3A 2I1OA 2NV2A 1WAUA 1X6UA 5A8GA 1PE1A 4UTLA 3N34A 3G1YA 1DJQA 3QRHA 4XKYB 1P0KA 3W73A 1GVOA 1TPEA 1P1XA 4UCGA 1MEHA 3G8EA 4E2BA 1ZHAA 3MHUA 3QSTA 3UQNA 4CCEA 3CT7A 5DN1A 2CLKA 4HKPA 3GXTA 3QPYA 4CCDA 1W0MA 1HO1A 2GQ8A 2WJZA 4Z1AA 1D9EA 3HG3A 1GG0A 5AB3A 3MI3A 1GYLA 3GAYA 3DGRA 4RKAA 3F03K 5F1UA 5IM51 1OFRA 3CWNA 3O16A 3ZWTA 1VC4A 4LVDA 4DF1A 4K37A 2E6DA 1J2WA 2HS8A 3STCA 2GVJA 2GOUA 2ISWA 4NU7A 4FNUA 1QOQA 3CIXA 1HO4A 1KM2A 2R8WA 3IV3A 4M5PA 2ZA2A 1R2RA 3S6DA 4ALDA 3HGSA 3PUDA 3LI1A 3W1XA 4JGDA 3W1UA 3O06A 1QR7A 3G1DA 3LHZA 1W54A 1WOAA 4AAJA 3A23A 3MI6A 2V2HA 4M6PA 4FX6M 5F4SA 2FTPA 3CWOX 1F05A 1TPWA 3N9SA 3O1NA 2RKXA 2GQ9A 4O12A 1KBJA 3S42A 4WX2A 3INPA 1IXPA 3NAVA 4UFMA 3PBWA 3F1QA 3PF3A 1BKSA 3W88A 3QPZA 2OMAA 3U8GA 5K7JA 1T96A 4LVAA 5KSWA 2QAFA 1KTBA 1A50A 2ZRYA 4JIQA 3CQ0A 3LHUA 3HO8A 1GWJA 3LHYA 4AVFA 3LTPA 5D32A 5D2WA 1BTMA 4WJEA 1TPB1 5D09A 3CPRA 3QSRA 3UXDA 1RZMA 2B7OA 2PURA 1VYRA 4O8RA 4QISA 4LV4A 2QCDA 3EB2A 5AHMA 3L5AA 4UR7A 3G1FA 4X9SA 4JTFA 2Y62A 3NQAA 1EP2A 3LBCA 3B0UX 3P62A 1YTEA 3STFA 3H54A 3TW6A 4N4PA 1QDSA 3M0ZA 3MJYA 4QJ1A 5CKSA 3VCRA 3KRSA 5F4WA 2WSYA 3PUOA 4UTTA 3PSWA 2NZLA 2VKZG 3W7HA 2A7RA 4S1FA 3FJLA 1N55A 3DAQA 3L5LA 2C18A 4HNNA 2YR1A 4MZYA 2QEZA 3HGOA 3Q58A 1YDNA 3O6DA 3PUEA 3NQ6A 3O07A 3P80A 4O10A 2YYTA 1SPQA 2V2DA 2CZEA 4BF9A 4MFEA 3B06A 1OFAA 1SZFA 5LSMA 4RV8A 3WJXA 4S2CA 3TFCA 1OX4B 1YTDA 1RQBA 3I68A 4IX2A 1MXSA 4XTIA 2A7NA 5D05A 4ORMA 3IIPA 4NNBA 1OHLA 3VE9A 2B7QA 3N19B 3TNOA 2CLMA 3GIYA 5BOOA 4JTTA 1SR9A 2O7QA 4MY1A 3UWYA 4O4WA 3PVFA 2QF7A 3W86A 4Y90A 1PV8A 4FXSA 5EBUA 2DZWA 2PRMA 4N9DA 4JDYA 3NR0A 3TC7A 3NNTA 1Q6RA 1G6CA 2C15A 4Y6GA 2VENA 1BWLA 3USBA 6ALDA 4JEQA 4R53A 2CLHA 3B0VC 2QUUA 2R14A 4CCCA 3SECA 1QO5A 4LOCA 1FWTA 1OFDA 5H91A 1OFPA 1SZEA 2ISSA 1H7OA 3SGZA 4L4LA 5TQLA 2CWNA 4LT9A 1Q6LA 1Z48A 5G2IA 2E77A 1G4PA 1VYPX 3NQDA 4RZ4A 2YPIA 1DV7A 3LHTA 3R12A 1OFEA 1K8ZA 2GUUA 1L9WA 2E6FA 4HN4A 3LCFA 4ZQRA 3V1PA 5CSRA 4WD0A 4JYEA 2JKEA 3MP3A 4LNYA 2VFIA 3GDMA 4UFIA 4AF0B 1QPNA 1N7KA 3PB0A 1SFLA 3MHGA 5EY5A 5HWMA 2C13A 3TQ0A 3NM1A 4OBTA 3B8DA 5LZLA 4QQ3A 4WY0A 4IMGA 2VOMA 3QF0A 3W3OA 1DHPA 1R2SA 3C6CA 4AHQA 2X1RA 1XBXA 1FWSA 3FEMA 3PB2A 1CI1A 3ABSA 3NQFA 3Q37A 3WK0A 2J88A 4JX5A 2NXGA 2DU2A 3QMSA 1SQ7A 2F84A 3WJZA 3EEGA 5EL1A 3SI9A 4B5NA 1M7PA 5AC6A 3TUUA 2NUYA 2P1FA 5SWUA 1QAPA 3E0IA 5DCBA 3ABRA 2TSYA 3L9CA 5EYWA 1FX6A 3TSDA 2Y89A 3N9RA 2BXVA 4Z1BA 1LM1A 4NX5A 5K3VA 3R5EA 1TCDA 3NL3A 4JD4A 1H7XA 4LS1A 3SJ3A 1OG0A 3S1UA 4O4VA 1AL8A 5MHBA 4H3DA 1PIIA 5TIMA 1H7RA 1FWWA 5D33A 4A21A 3ZWSA 1QNVA 5EMUA 3TKFA 3W1RA 4IX0A 4UMAA 2WKJA 3NYZA 4JIPA 3TROA 2YW4A 1H1ZA 3LHWA 1NFBA 3PM6A 4KFOA 4WQ6A 3PG8A 1TMHA 4W9TA 4O57A 4Q4KA 4OU1A 2NV1A 1VCFA 2RH9A 5G2HA 3L0KA 3W7KA 3W74A 4E2DA 3W1QA 3W7LA 1NF0A 4UFLA 1LDCA 2A0NA 2OX1A 3OBKA 2X1TA 4MJMA 3W2UA 5C54A 4UTIA 1TTJA 4UTHA 1OK6A 1QMLA 4E0CA 3RU6A 1L6SA 1LOQA 2Y7EA 3UXAA 4BWLC 2Q8LA 3RLUA 3HG2A 1ZENA 3EXSA 1XFBA 4PTNA 3W7DA 1OVDA 5D38A 1KM0A 2H8XA 4HHPA 2QJGA 3BLIA 4TU1A 2QCNA 1SW3A 2QDHA 1SSDA 3UWUA 3KRUA 3NOEA 4LVGA 5BNKA 3A9IA 3WFAA 3S1XA 3N2MA 4PFMA 4CQ8A 2RDUA 2ZRVA 1NSJA 3TJXA 2VEKA 4UNLA 3NQCA 4X3ZA 3NPVA 2A5HA 4QSHA 8TIMA 1WA3A 2DJLA 3DH7A 4HT3A 1W3IA 1WDWA 4IQLA 5CZ0A 1L2UA 4JYDA 3W23A 4GUGA 4Y9AA 2FB3A 3B4UA 4WOZA 5D04C 4MLRA 3SZ8A 1F76A 5AHLA 2WPBA 2H90A 4ZVJA 1WXJA 3G24A 2WNQA 3DI0A 3W2NA 2Y7GA 2C14A 1P4CA 1IIGA 1TJRA 5AN7A 2H6RA 3NPWA 2A6LA 4LVFA 3WJYA 4FX8A 3GNNA 1NAL1 1K02A 3MUXA 4MVAA 1PHWA 2ZRXA 3DHFA 4BFAA 2V81A 1GTEA 3WJSA 3E96A 3HGRA 4O15A 3QW4B 1GQNA 1OYAA 4O19A 4AWSA 4K7YA 3NPUA 4YLWA 4JTUA 4UNKA 3C52A 2DORA 3LHVA 3O63A 2GJLA 3AJXA 2WSRA 5H2ZA 1TPC1 1QCWA 1U83A 3PAJA 3P8JA 1DKWA 4NJKA 3RMJA 2FB2A 3TA6A 3TV8A 1TIMA 2YDAA 4TMCA 3FA5A 3C2OA 3C0JA 2JKPA 3L0GA 1G4SA 3GNDA 4HPJA 2A21A 3TU9A 4NJGA 1QO2A 4PC8A 4O0KA 3BGJA 3B0PA 3OHIA 1O4UA 2QCLA 3ATYA 2NX3A 4AWUA 2EHHA 4WUIA 4A2RA 2HSAA 5HQEA 3ATZA 4KWWA 1AW5A 1SO3A 3GXPA 4O1DA 4XBKA 2VFHA 3HB9A 3BGGA 4JTJA 4WZHA 3EWBX 2QCFA 2A1YA 3P60A 4P2VA 1XXXA 3GVGA 2CLFA 4IMEA 5HJLA 3W7EA 1EA0A 3W9ZA 1GVRA 3MBFA 3M5YA 1GJPA 5AYZA 4LW7A 2CZ5A 4NUWA 4ADUA 3DZ1A 3Q2DA 1XI3A 3LERA 4NQ1A 3DFQA 4IMCA 3C2FA 2Q3OA 4N9CA 5E1QA 4EF9A 1U5JA 1F7BA 4HPXA 1D3GA 3WJWA 4JY8A 1CW2A 3HF3A 3UYCA 4OV9A 2C1HA 3LM7A 4NX0A 1JCJA 1VCGA 3PC0A 1W5MA 1K7EA 3LTYA 4MZ1A 4O54A 1ZALA 2AAMA 2EPHA 2Z6JA 1KFBA 3NDOA 1KM1A 4BWLA 4DBEA 2JBMA 4GE8A 3CEUA 3TMQA 3TW7A 4WY0F 3NQ8A 4RLIA 1TB3A 1SO4A 3KXQA 3LLDA 1XBZA 2P0OA 2ZZ1A 3KHJA 1AK5A 5LHEA 4R34A 4NJJA 4C1LA 3R2GA 3A21A 2J9ZA 5G1TA 4NT0A 5KZMA 1TQJA 3DFNA 3OVRA 5BMWA 3NPXA 2DP3A 1TPFA 3T55A 3TX9A 3W7PA 1TQXA 1F6PA 4GC4A 5CZTA 1Z44A 2ZCGA 4X22A 1JCMP 4YCPA 1W56A 1H51A 1GTHA 1KV5A 4ZQNA 2E1DA 2NXIA 2R91A 3U6WA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1CYG A;  3UWV A;  1OT2 A;  1WZM A;  3FXG A;  3F5L A;  4IP5 A;  1RA0 A;  1Z89 A;  4RX0 A;  1QW9 A;  4KIR A;  3W7Q A;  4LSB A;  2VEF A;  1YBQ A;  2O9P A;  1FRB A;  3TW9 A;  4I5X A;  2BWG A;  1BAG A;  2UWF A;  3ZLH A;  3GG8 A;  1PYM A;  3WD1 A;  2Z29 A;  4OGZ A;  2QR6 A;  2BVD A;  2ISV A;  1H62 A;  1KGX A;  3V75 A;  3VNZ A;  4C7F A;  4RXG A;  4MWA D;  2BZN A;  3WNN A;  1TTI A;  1JND A;  3NEH A;  2BX7 A;  2QCM A;  5I00 A;  4G5D A;  1SJB A;  1DE5 A;  2Y5E A;  4XUG A;  4I7W A;  5FD0 A;  1HP5 A;  3G8R A;  5LNR A;  1K9E A;  3EWY A;  3WFL A;  3TYA A;  2Q3R A;  2WCA A;  1W8S A;  3NQB A;  4ECL A;  2H9A B;  1GZG A;  3MPG A;  3VKB A;  3FOK A;  3DYO A;  2J62 A;  1W8G A;  1AUS L;  2WZM A;  3GUG A;  1QHO A;  3BW3 A;  4LAM A;  1AZ1 A;  1PX4 A;  4DQW A;  2DZV A;  3LCX A;  4UQD A;  3FN9 A;  2CET A;  4FR6 A;  2OQL A;  1UA7 A;  1XYB A;  1XM3 A;  2Y5S A;  2PDJ A;  5ABG A;  3D3F A;  2BOG X;  4XD6 A;  1S5V A;  3KVM A;  3FAX A;  1WP6 A;  1TX2 A;  4J3U A;  4ICN A;  3PTK A;  4J28 A;  1LLO A;  4DO7 A;  1GJU A;  5AHN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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