2ZZ7 | Genus

Total Genus 84

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	84
sequence length	215
structure length	215
Chain Sequence	VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFAVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__292646601151877__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__292646601151877__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2ZZ7/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__292646601151877__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"292646601151877","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2ZZ7/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__292646601151877__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
publication title	Structural characterization of the molecular events during a slow substrate-product transition in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase pubmed doi rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	84
structure length	215
sequence length	215
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2009-02-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2zz7A00

1WOBA 5FEXA 5F2MA 1A5CA 3DHFA 1OX5A 1AW1A 3W6YA 1A5SA 3HPXA 1LOLA 5K2ZA 4FIRA 4B5NA 3O8AA 3G18A 1EB3A 5EMUA 4HNTA 1GVSA 4PEKA 3LOTA 1YTKA 2YCEA 2YX0A 2BTMA 2JKEA 3STFA 3MUXA 3PSVA 4JYDA 5EL1A 3W70A 4WXZA 4ZQPA 2ISVA 5C55A 3MBDA 3OIXA 3SJ3A 4P61A 4PL1A 1EUNA 3W86A 1ME8A 2V81A 3RLUA 4RXFA 4FX6M 3L21A 3LCHA 1PIIA 3DFOA 1FDZA 4XKYA 1TRIA 1J4EA 4NX0A 2FPVA 4XZ9A 3NL3A 1A5AA 1HTIA 3ELFA 3IIPA 3LX9A 3S1WA 1TTIA 2Q3RA 1EEPA 4BK9A 4HNUA 1FWTA 2VEPA 3NQ8A 1WXJA 3GDMA 3EWUA 2YZRA 3MBFA 3LV6A 4N9EA 3UNDA 2CLMA 3NZ1A 3IGSA 1F73A 4N9CA 4CLMA 5KZMA 1YXDA 3Q58A 2ATSA 3BW3A 3NM3A 4OBTA 3TIMA 4LTSA 4G1KA 3W71A 1FDYA 1JCXA 3W2NA 2ZRVA 3FKRA 2QR6A 4R7JA 3P81A 5FEPA 4IMFA 3DI1A 3KFTA 3NQAA 3P61A 3W1PA 1QR7A 4JTEA 4Z08A 1R46A 4E0CA 4O1DA 3V75A 2BZNA 3UXAA 2A6NA 1KLYA 3DBPA 3B05A 3DKJA 3G1YA 2V9DA 5DBTA 5KTLA 3UPBA 1SO3A 5HULA 4ADTA 3EXTA 4DO4A 1SFJA 1YADA 1XDMA 3PBUA 3W23A 4O18A 3QSRA 4O1CA 1QWGA 3CEUA 4U4MA 4O15A 2WNNA 3BGGA 3BW4A 1OYAA 5A8GA 5HR6A 4AHPA 5J5RA 2XN2A 3STCA 3TSDA 2EPHA 1O94A 2NX1A 4K8HA 3HGRA 3MP4A 3S5OA 3GKAA 5CZSA 2R91A 1B57A 3LDVA 5I3GA 3NYZA 1X1OA 2H8XA 5I3KA 1ZENA 1TCDA 2CLIA 2PRHA 1W8SA 4JX4A 5K9DA 1XI3A 3U6WA 1YXYA 1WBHA 1ICQA 4CCCA 5AHNA 1IXPA 4RXGA 3THAA 2R8WA 4I7UA 2NV1A 3CU2A 3ZWTA 4AWUA 1W5OA 2Y7EA 1ME7A 3O6YX 3M47A 4MUZA 3W76A 2Q8LA 3W7OA 1LBLA 4NNAA 2EHHA 1TV8A 1QNVA 4IUOA 4ONVA 3GDRA 4FEZA 4UR7A 5G4WA 1W56A 4A29A 4OT7A 2HSAA 5TBOA 3WJXA 4JYEA 2BSLA 1W5QA 4K8EA 1ZHAA 2CLEA 4AF0B 2GVJA 2X16A 5AYYA 1GZGA 1R2SA 3SI9A 3W2MA 2JBMA 2KZHA 1LM1A 3FOKA 4PFMA 4WX2A 1WAUA 1QFEA 1W3NA 3R2GA 1DBTA 4CNPA 3TFXA 5L6UA 1GWJA 3W1MA 3QF0A 5DY2A 2E6DA 2P10A 2NXIA 3SZ8A 2WPBA 3EWXA 1QO2A 1OFBA 2I1OA 2YYUA 4MZYA 4OHQA 1PCWA 3LCIA 5E93A 4UTTC 3N2XA 1B4EA 3JR2A 4Y90A 4MFDA 1JCYA 4ICNA 3VE9A 3W75A 3PG9A 3C3NA 1FUYA 1HFBA 3KVJA 4E2DA 5LNWA 3I6RA 3HQ1A 3OVRA 4IMDA 3TJXA 3HB9A 3OEXA 3TUUA 3A24A 5D05A 2YW4A 2CZDA 2CZEA 4N4QA 5IBXC 4LC8A 1VQTA 4O19A 3BG3A 1OFQA 4BWLA 4EOUA 3NPVA 3A23A 2XN0A 2P1FA 1LOQA 1RQBA 3ABOA 2QCGA 4JTHA 4UTWA 1D9EA 2E09A 3W7GA 3PS7A 3WJWA 3GR8A 4UTUA 3G0XA 2F7FA 2V0TA 3BLEA 5I3IA 4H6KA 4IXXA 2DP3A 5AC6A 1FX6A 3GDTA 3N3MA 2WJZA 2V8ZA 1R2RA 2GQ9A 5D2YA 3LXAA 3B06A 3GK0A 3KRZA 1LLZA 1TTQA 4JICA 4JTLA 4O57A 1W54A 3E9AA 1K8YA 3DHDA 5A5WA 4NZFA 4TMCA 3O6CA 3N19B 3L68A 1F7BA 2G95A 3NPXA 1DV7A 1R47A 3TV8A 3DI0A 3SGZA 5LHFA 1GQNA 1GVFA 1S3HA 3M6YA 3ZFHA 3W1TA 2RHGA 1KW1A 1NVMA 2A2IA 3Q37A 5AYZA 3S1UA 1AG1O 1YDVA 4FB7A 1IIGA 3F03K 3TJLA 3H53A 2Y63A 2QAFA 3QC3A 3G1FA 3DENA 2RDWA 2E77A 5D37A 4JXCA 3TFCA 3SIZA 3VCRA 4DBEA 3HIJA 1LBFA 1AL7A 4DXVA 1OYBA 4O52A 2QCDB 1Y0EA 2QCDA 5LZLA 2ISSA 1GVOA 4UC5A 5CPOA 1TJPA 4FO4A 5AC8A 4AMAA 4RCXA 4YCOA 2ALDA 1VS1A 3W87A 1TJRA 3EX6A 3QJAA 1DVJA 1XBVA 2J27A 4JEQA 4M6QA 1O95A 2E6AA 1LORA 3I7RA 2ZZ5A 4UFLA 1ZALA 3IIOA 3LXBA 3QW3A 4TX9A 3I68A 1TPVA 1G6CA 1KM4A 1W31A 1YLVA 2JKPA 5HWMA 3P7YA 4LVDA 2ZTKA 4JD4A 3PY2A 1PCKA 1QCWA 2DJXA 4FNSA 2QCFA 5HINA 3W1XA 1NFBA 5EKYA 3VE7A 3QPZA 4WJEA 2NLIA 5CSRA 4O1AA 4DPQA 1TMHA 1SZNA 2VFEA 2VXNA 1KTCA 3PB2A 3CIWA 3UWVA 2VEMA 2O7SA 3IGUA 4MYAA 2CW6A 3C2OA 3QW4B 1GEQA 3TW7A 2CU0A 1ICPA 1LLWA 1ZJIA 2QJGA 4JX6A 4FX7A 4YCPA 4M7TA 1GPWA 2YXGA 4HSNA 5AYXA 2YW3A 1AL8A 4QNWA 3L5MA 4BFAA 1JUEA 1TPFA 1W3IA 2ABAA 2OCZA 1Z42A 4GUGA 4LV9A 1JUKA 3LBMA 1Q6LA 1XBYA 1OFRA 1TPB1 4UTJA 3CWOX 1W5NA 2Y89A 3F4NA 2Y61A 1LRNA 2GQAA 3FEMA 2NX3A 5CZTA 1VYSX 1G4PA 3OVQA 3BG9A 2DJLA 2J6XA 2YSWA 5FF3A 3M7WA 3HG2A 3I7QA 1TV7A 3SECA 4QISA 1C8VA 4FIQA 3HBLA 3W7JA 4NU7A 4RZ4A 5G2HA 2D73A 3UZ5A 4JTGA 4IMGA 3UQNA 3IEBA 3HOJA 4MVAA 4NVTA 2I14A 4UTMA 1QPQA 5D2VA 3L66A 5CGQA 2NWSA 3DKLA 3G1VA 1O60A 2ZDRA 3S5YA 3W88A 3W7QA 4H3DA 1HO1A 3RMJA 3HGJA 3S1VA 1Z48A 2A21A 2CLFA 3N9SA 1H7XA 3FFSA 2WQPA 2CWNA 3EB2A 3DGRA 1UJPA 2H3DA 5AC7A 2F84A 3QSTA 3DFTA 3GNNA 4Z1DA 4FXRA 4D2JA 4AWSA 4ADSA 1GJPA 3PR2A 4HKPA 3WJZA 4MY9A 2Z6IA 1B4KA 4YMZA 3TSMA 2C16A 2BWGA 1SO6A 4LRSA 3RF9A 1GG0A 3SY5A 3LGEA 4ZQNA 3TX9A 1A50A 3HGOA 3TDFA 4LW7A 4UFKA 2Q3OA 1I8JA 3IVUA 3LTYA 3GAKA 1ZAIA 3LCGA 1QPOA 5CSSA 1SZEA 1DQXA 1OVDA 3Q94A 4LVAA 1HL2A 2NZLA 4Z1CA 4CNNA 3FS2A 3UWYA 1SQ7A 2ABBA 5CPNA 3ZS4A 3OBKA 1LOSA 1GVQA 4LS1A 3TSBA 4K7VA 1VYPX 1V5XA 3TKFA 3W7EA 1V7YA 2J9XA 3M41A 4LOCA 1F5ZA 2IQTA 1FCVA 1RZMA 3L0NA 4R33A 3GIYA 4FNRA 5FF7A 3MO7A 4N9BA 5FESA 2HS6A 4O4WA 2YDAA 1H61A 3DFQA 2FB2A 2Y7FA 4FX8A 6ALDA 4OE7A 3CWNA 3UWQA 2EAWA 5HUPA 3UXDA 3GX9A 3UWUA 3ATZA 1QOQA 2OT1A 1K3UA 3MI6A 2ZCGA 4NXSA 1Q45A 4O50A 5H91A 4XWUA 1G7UA 2QUUA 2C0AA 2C14A 1SUXA 2ZRZA 3R8RA 3DH7A 4XUGA 3U8GA 4ALDA 2QCCA 5EBUA 2VFIA 3KVMA 3W7MA 1L6SA 1VLIA 4WY0F 1ZAHA 5K3VA 4LS0A 3O63A 2X2GA 1KM6A 3G1AA 4RZ6A 3WFAA 4XTIA 2GPTA 4AHOA 4NJGA 3PF3A 1H63A 5J5DA 2EKCA 4A22A 3LM7A 3GR7A 4O0KA 3C52A 4XKYB 4TIMA 2Z1BA 2DZUA 2QDHA 1LYXA 3EX2A 4UTWC 3DU0A 4NJKA 2QCMA 3TXVA 1I2RA 2QUVA 1F6KA 3QM3A 1X1ZA 1ZCOA 4WOQA 1Z41A 2NUXA 3T4CA 4XQ6A 2X1SA 4E2BA 4K6AA 1FBAA 3OA3A 4NX5A 2ZRWA 3W73A 1VGAA 5CG7A 3G3DA 2R14A 3EX4A 4DO6A 1PVNA 2JGYA 1CI1A 3TROA 3W84A 4LC6A 1D3GA 3NM1A 3G8EA 4HNNA 1IXOA 3NVTA 1BKSA 2C6QA 3EKZA 3CB8A 2V2DA 1WDWA 4TMBA 3W7RA 1L2UA 3M5VA 2FB3A 1FWSA 4IPJA 3C0JA 4MY8A 4EVZA 1HG3A 2VOMA 4BI6A 2A7RA 2ZZ2A 1SU5A 3GXNA 1JVNA 5KZEA 1P0KA 1GYNA 3NQCA 2WNZA 2A4AA 2VENA 4IX2A 1DHPA 3PBYA 3I65A 3BV4A 1GG1A 4RX0A 2PRLA 1VH7A 1W37A 5CPLA 1XUZA 2VFDA 1LROA 1ZNNA 4NT0A 3R12A 5HMSA 1OFEA 4O53A 3W9ZA 3MHGA 4EIVA 3LCLA 5CZ0A 3HMJG 2FIQA 1Q6RA 3MHFA 1FXPA 3PUDA 3CQ0A 3ABQA 3LRMA 1RQEA 3NPWA 3UY7A 1F05A 2TSYA 2Z2UA 4O28A 1VPXA 3IIXA 3VNDA 3N73A 5E0KA 1GYLA 2B7QA 1VHCA 2C1HA 3QRHA 4MPQA 2NX9A 2E5BA 3P74A 3HF3A 2XFWA 4HNVA 1MO0A 2NWRA 1O5KA 3C2FA 2ZQ0A 1G4EA 2LLEA 3IVSA 3B8DA 4LU0A 1GVRA 4LNYA 1ICSA 2FTPA 2Z6JA 5F1VA 7TIMA 2VFGA 3CIXA 5D33A 5EPDA 3OHIA 3PUOA 1H62A 4N02A 4NJIA 1L9WA 2E6YA 5U7SA 3ZR4A 3EKLA 5D03A 2QJIA 1XBXA 1OG0A 1H7WA 1FCQA 3STEA 3W1RA 1SSGA 4O13A 3CEPA 4ZMGA 3NQEA 1DJQA 1EP1A 4JTJA 2X30A 4XBKA 3E49A 2QCEA 3TMQA 2ZZ6A 1FWRA 3CTLA 1K8XA 4FXSA 2PRMA 3NGJA 2X1RA 1FWNA 2C18A 4HPXA 1LRTA 1HUVA 3NL5A 1TPDA 3W7KA 1LDCA 1M7PA 3LHYA 1TTPA 4EF8A 1H1ZA 4DQWA 3DAQA 3UY8A 2ZA1A 3LCWA 4CQ8A 3NL6A 1NF7A 2W79A 5D02A 3EWZA 3WJYA 1TYGA 1UCWA 3W85A 2A0NA 1KFLA 1OFPA 1BWLA 4RK8A 2VELA 3SFKA 4N9DA 1J5TA 1XFBA 4JDYA 3TC6A 5LGXA 3UPWA 3UYCA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4NIR A;  3ZR5 A;  4PUW A;  3B04 A;  2FFC A;  2GSE A;  3URN A;  2HNE A;  4ZB5 A;  4Z17 A;  3OZM A;  3NQD A;  1PHQ A;  4X22 A;  5FJR A;  3IJL A;  1B9B A;  2EXO A;  1N55 A;  2F6K A;  4KQN A;  2X0S A;  5REQ A;  3PWA A;  3N4A A;  5IOB A;  4KW2 A;  3VZZ A;  3W1Q A;  2OYK A;  1EGM A;  3ZLG A;  1IEV A;  3H55 A;  4W84 A;  5D9N A;  1I9C B;  1PDY A;  3W6L A;  3JUG A;  1EF3 A;  4OV4 A;  3G2G A;  4W87 A;  4K68 A;  3S8H A;  4X0N A;  3THQ A;  5LNV A;  4QFU A;  3WNN A;  2DH2 A;  3P0W A;  2WW5 A;  4WDU A;  1BYA A;  1TX2 A;  3N1A A;  3LQG A;  3HG3 A;  3VC6 A;  3SJN A;  3WQ8 A;  2BY1 A;  5AY7 A;  1EOK A;  2OWW A;  3NOY A;  2DEP A;  2BLE A;  4IMA A;  4ZOC A;  5G4E A;  1VJZ A;  4C6I A;  3AI0 A;  3L2L A;  5DMY A;  1F74 A;  1VB9 A;  3TC3 A;  2FHC A;  2D2O A;  1UKQ A;  3TYZ A;  3PBM A;  1RV8 A;  5HMF A;  3H2A A;  5AZ1 A;  4Q4P A;  3IJ8 A;  5IBX A;  1V08 A;  2DZP A;  4PTN A;  1WOA A;  1UD8 A;  1MVY A;  2OWX A;  2H8Z A;  3N2M A;  1K6W A;  4B2D D;  4H7V A;  4I9A A;  1XX1 A;  4F8X A;  5GQB A;  1MMF A;  3LSC A;  3TTQ A;  1T5A A;  1TWW A;  1R6W A;  1LG2 A;  3G1X A;  4LWW A;  2O4Q A;  4JY9 A;  9RUB A;  5TD4 A;  1R9X A;  3TR2 A;  4UIO A;  4B3K A;  2F9R A;  3LI1 A;  4GI9 A;  4O1B A;  4PGL A;  1OK6 A;  4RKA A;  1LL7 A;  3WK2 A;  3R43 A;  1UWI A;  4UB9 A;  2H90 A;  4AZC A;  2OFJ A;  3W2J A;  3LMY A;  3FYO A;  5AEC A;  2E8Z A;  4BCE A;  1PV8 A;  3M44 A;  1ADO A;  3GFY A;  3A22 A;  3AZR A;  3IUD A;  4OBR A;  4ZO6 A;  1EXB A;  2GOU A;  3UZJ A;  4NF7 A;  2CET A;  1F8I A;  2X05 A;  2GOK A;  4J3W A;  5C5Y A;  1Q6G A;  7TAA A;  1XLH A;  2B7N A;  3WQE A;  2ZOX A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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2ZZ7A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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