2BTMA

Does the his12-lys13 pair play a role in the adaptation of thermophilic tims to high temperatures?
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
250
structure length
250
Chain Sequence
RKPIIAGNWKMNGTLAEAVQFVEDVKGHVPPADEVISVVCAPFLFLDRLVQAADGTDLKIGAQTMHFADQGAYTGEVSPVMLKDLGVTYVILGHSERRQMFAETDETVNKKVLAAFTRGLIPIICCGESLEEREAGQTNAVVASQVEKALAGLTPEQVKQAVIAYEPIWAIGTGKSSTPEDANSVCGHIRSVVSRLFGPEAAEAIRIQYGGSVKPDNIRDFLAQQQIDGALVGGASLEPASFLQLVEAGR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Lys13 plays a crucial role in the functional adaptation of the thermophilic triose-phosphate isomerase from Bacillus stearothermophilus to high temperatures.
pubmed doi rcsb
molecule tags Isomerase
source organism Geobacillus stearothermophilus
molecule keywords PROTEIN (TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE)
total genus 88
structure length 250
sequence length 250
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 1999-01-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2btmA00
3TFXA 3UXAA 1XUZA 3P61A 4CCEA 4MZYA 1IF2A 4IXXA 1KFEA 1S3HA 2CLHA 1FCQA 3GAYA 3OIXA 3TIMA 1T8XA 2Y6ZA 3TMLA 3NQEA 4ZMGA 3KXQA 4M7SA 3MO7A 1FUYA 1SSDA 3TX9A 1ZFJA 4GC4A 1YADA 1SU5A 1H7PA 3L68A 1AW1A 1SUXA 3BGJA 1IIGA 1EP2A 1KFBA 3EWUA 2H6RA 5K9XA 4Y8FA 3HF3A 2DU2A 4FF7A 2C18A 3LXCA 1DV7A 3A22A 4JS3A 2ZA3A 2JKAA 1H5YA 2Y7DA 4O0KA 4A2RA 2PRLA 3N73A 3TR2A 1GVRA 3LXBA 2VOMA 5G5IA 3HOJA 3T4CA 3W83A 3HB9A 3W1XA 1LYXA 2VEPA 5GVJA 3P81A 3UQNA 2PC4A 5LHFA 3IRDA 2Z1BA 1YYAA 4NX0A 4AMAA 2QCCA 4MY9A 3QMSA 3CQ0A 3W1LA 1X8FA 4X9SA 4UC5A 3HQ1A 1I2NA 5G4WA 3SY5A 1LDCA 2VC6A 4GBUA 4DPPA 3W7EA 4C1KA 4K7VA 1KM4A 4E38A 1MO0A 4UTJA 3TFCA 4JTJA 3B05A 2GVGA 2E6AA 2I9EA 3GB6A 4O11A 1OYBA 1VR6A 3PBWA 1N8FA 3QW3A 5F2GA 3LCXA 4NNCA 3EKLA 2PCQA 2LLEA 3L0NA 1XL9A 1QO2A 2XN0A 3IGUA 3PBVA 4DO6A 4LWWA 4DQWA 3JS3A 2VEKA 1JCXA 1XBYA 2E1DA 5U4NA 1KA9F 2QCMA 5HINA 4JTEA 3TAKA 3R89A 5C5YA 2WSRA 2FB3A 5EY5A 3PC0A 2Q8ZA 1WXJA 3ZWSA 3W73A 5LNWA 1LOQA 1Z42A 1I2RA 2X1UA 3LBCA 1L6WA 4R33A 3ZWTA 4N4PA 3I7SA 3GDMA 1VYRA 3NQVA 4UTMA 4Z0JA 5DBUA 4FNUA 5F1VA 4LUIA 2GQ9A 4BI6A 2OZ0A 3M41A 3W1NA 2ZRWA 5I3FA 5LNUA 3CIXA 4CNPA 3LM7A 1KM3A 3G24A 1B4EA 5I3KA 3H53A 5LNVA 1OFPA 5D09A 2A21A 4Q32A 2GOUA 3PG9A 2WKJA 1AL8A 4BWLA 4L4MA 4PA8A 5CZTA 1YXYA 2P1FA 1ICPA 4JX5A 2XN1A 3FYPA 2H3DA 2QCHA 4LC6A 3E49A 1XDMA 2ATMA 3LCGA 3TNOA 5F4WA 3S9YA 1PHQA 2PRHA 1K7FA 1V7YA 1VGAA 3KVKA 3W70A 3VNDA 2C3ZA 3O6YX 1QWGA 3IEBA 3GKAA 4L4LA 5HUOA 4FNPA 3VKJA 1H50A 2H8XA 2FFCA 1AK5A 3O1NA 5FF0A 2YR1A 5D04C 3G0UA 4IOTA 4K6AA 1YDVA 5H91A 1CI1A 4AAJA 3B0UX 3QEZA 5AFDA 1YXDA 3ELFA 3C2VA 1A53A 3L5MA 1L2UA 1MEIA 6ALDA 3GXTA 1UUOA 2QCLA 4LVDA 2X16A 3W1PA 1G67A 2V5LA 2NX9A 3M5XA 3HG4A 3TSMA 2E5CA 1BKSA 4Y90A 1TPEA 1FDJA 3IIPA 3GNNA 3UWZA 3GLCA 6TIMA 3G8EA 3C8FA 4R7JA 1X1ZA 4UIOA 1G6CA 2CW6A 1OF8A 3ATYA 3W7JA 3TK7A 2NUWA 3FJLA 3RNDA 4YCOA 3TMQA 3GKFA 5HWJA 5LSMA 1FWRA 3UY7A 5AOUA 3M47A 1AMKA 3G22A 4IMGA 4S2CA 5FF4A 3OVPA 3BV4A 1D3GA 1UASA 4O15A 5I3IA 1OX6A 3GR7A 3DBPA 2V2HA 2X30A 1ZY9A 3T78A 3TW7A 4TU1A 2J24A 1VLWA 4ZQOA 1TPH1 3MUXA 4YCPA 1JQXA 4O1DA 4YXGA 4GJ1A 2FB2A 1DHPA 2BWGA 1AL7A 3W84A 2QJGA 3FKKA 2CLIA 3IIOA 1LRTA 3TSBA 2X1TA 2TPSA 1YDNA 4N9CA 3W7NA 2Y62A 4O54A 2ZRVA 1KM5A 3NL2A 1ZALA 1FDYA 1HL2A 4M19A 3LI0A 3PULA 4QAIA 1ZNNA 4ZVJA 3R2GA 2ABBA 4N9DA 1FCBA 3S1VA 4O1AA 3V1PA 2OCZA 2GQ8A 1RV8A 2QCFA 5K4ZA 1WBHA 2FTPA 3DXIA 5CGQA 2JKPA 4UTWA 4D2JA 2Q3OA 2CWNA 1OX4A 4HNTA 1GYNA 4EF9A 3KAOA 3QC3A 5BW6A 3THQA 1EA0A 4BFAA 4GUIA 5HWNA 1OX4B 5U7SA 3QYQA 1A5AA 3UZJA 1YTDA 3A9IA 1DL3A 3MHGA 3MYOA 4KKXA 3DFOA 3QW4B 1TQXA 5LGZA 2WNZA 5AYXA 3E12A 1D3HA 3LDVA 4JY9A 3HJZA 3NM3A 1RQHA 3UWWA 3W7DA 5K9CA 4TO8A 1QR7A 3D0CA 2OMAA 3RFAA 2O7SA 3GK0A 2QUUA 1ZCOA 3TCEA 3LCIA 2ZBTA 4WZHA 1A50A 3NQGA 4JTLA 4NXSA 1RPXA 2CLOA 5D33A 3R13A 5HUPA 2X1RA 3DH7A 3HG5A 4NJGA 3WK0A 3CLMA 2QUTA 3S1UA 2J6XA 1OX5A 5DY3A 3UZ5A 5T26A 2TRSA 2RKXA 4LUJA 3LHZA 1KFJA 3P82A 4AEOA 3NL3A 1JRCA 3STEA 4HN4A 3L9CA 4JICA 5D2WA 4IPIA 1LOSA 4JEQA 2VEIA 4IMFA 1K8YA 4FXRA 5TQLA 3OHIA 1O5XA 3NDOA 4ICNA 1IXNA 2WNNA 4MYXA 3O8AA 5F2MA 3QFEA 5KZMA 5C55A 1KTNA 4UUIA 1N55A 3DHFA 4O17A 3TH6A 1R47A 3NZRA 4PH6A 4K8EA 3P84A 3WJWA 3G18A 1G69A 3HGSA 1GT8A 1EB3A 3SGUA 1P0NA 4JNMA 4DF1A 3PY2A 3MI6A 4UTTA 4LVAA 4RK8A 1I2OA 2BX7A 4M6QA 1TYGA 5D2TA 3NO5A 1IXOA 3BG3A 5F1UA 1I2PA 2VKZG 3HPSA 3PSVA 1H51A 1HTIA 3C52A 3R12A 3W3OA 5KINA 4FNQA 5KZEA 3E9AA 3M5VA 4UTHA 3NQ8A 2VFDA 3A5VA 3ABOA 5HWMA 1Z41A 2DZPA 4GXMA 2FQIA 1YDOA 3WK2A 2A2IA 4WD0A 3W7KA 1RVGA 1L6SA 4O8RA 4LRSA 1F6PA 1L6YA 3N2MA 4UFJA 3W1QA 4FIQA 4WOQA 4UTIA 3U2OA 1W5OA 3B0VC 3PSWA 3T40A 3GXPA 1LRNA 3LBMA 1N7KA 4B5NA 1QCWA 5KTLA 1SW7A 3TU9A 3GAKA 5EKYA 2QEZA 2Q8LA 5CSSA 1H1YA 2GVJA 1DORA 5E1QA 1IIHA 1TTQA 1JR1A 3KVLA 1LP6A 5J5DA 2QCDA 3L65A 2XN2A 3UXDA 3NAVA 2ZRZA 4NZFA 1FXPA 2W6RA 2B7PA 3NZ1A 3YPIA 4KFOA 5AHLA 1DJQA 1XKYA 5LZLA 3N19B 4DF0A 4BR1A 1V5XA 2EPHA 1B9BA 4IGHA 4RJEA 4IQLA 2Y70A 5HMSA 1F73A 3O6CA 1KTCA 1ME8A 3PG8A 5MHBA 1WX0A 2ZZ2A 1SW0A 3CTLA 3G1AA 5SWUA 1JVNA 5AHMA 3HPXA 4FEZA 3RU6A 3O05A 4JR5A 1WV2A 1TV8A 3GDRA 3S1XA 1ZAJA 5TIMA 8TIMA 1GG0A 4S2BA 1HO1A 3LERA 3ZS4A 3DI1A 1NF7A 4HKPA 3UPWA 4JTKA 2J27A 2OT0A 1ZJIA 4ORIA 1LBMA 1NFBA 5D32A 5HULA 3W7HA 3BW3A 1P4CA 2TSYA 2EGZA 4RLIA 4UMCA 1W0MA 4NU7A 4N9BA 4JX4A 2ZZ6A 3A5FA 1XI3A 4O4WA 3PWAA 1DJNA 3W1MA 3EXTA 2ZDRA 3V75A 5C54A 4LS2A 1ME9A 1TIMA 1G4SA 3VI2A 4HT3A 1O94A 2A4AA 2YXGA 1XUUA 2A85A 3W76A 4FXSA 1AW2A 5LKYA 5I3GA 1FBAA 3QZEA 1XDLA 2Y7EA 5HJLA 4JIQA 4O1BA 4R53A 2CFFA 3NXFA 3LTSA 2ZQ0A 3DU0A 3KRSA 3EWYA 5A5WA 1SO3A 1OFDA 1VH7A 3CU2A 1VCGA 5BOOA 3N3MA 3OVQA 5EMUA 3QMRA 5F4XA 2DZWA 1Q6RA 1QOQA 4I7VA 2ALDA 1QPOA 4NJIA 3NQ2A 3B04A 1H7OA 3S8HA 3NPWA 1LLWA 1VLIA 1W1ZA 2DZUA 3TJLA 4MJMA 5FF3A 4RZ6A 3MP5A 4QSHA 3GX9A 5AHNA 3TDFA 3W07A 2CLLA 4JY8A 5AYYA 1W3IA 2CZFA 1F7BA 3OEXA 2GPTA 2C1HA 4GUJA 4IMDA 4WY0A 4CQ9A 1A5BA 2CU0A 1EP3A 3DFQA 3GZ3A 1TRIA 3TQVA 3CEPA 4XBSA 3DI0A 3R8RA 4FIRA 1WDWA 2QUVA 5CZSA 4ZL1A 4AWTA 2ZZ1A 4M6VA 4H3DA 3W7IA 4FNTA 4WUIA 1P0KA 3DFPA 3MW7A 4GNJA 4RZ4A 2C19A 2BZNA 4ZQCA 3CB8A 1EWDA 1R46A 4DO4A 1YTEA 4O53A 3ATZA 2Z6JA 1OFOA 3LRLA 3MHUA 3NA8A 3DFTA 3W1RA 3PUEA 5AHIA 4RCXA 4AHPA 5D30A 1THFD 3W2NA 1W37A 1KM2A 2ISWA 3NPXA 4Z1DA 2VFGA 3P5YA 3SI9A 3NL5A 2NXHA 3NOEA 1VYPX 3CWOX 3MBDA 4O57A 5I3HA 4LU0A 1J4EA 4WOZA 2JK2A 1Q6OA 2G96A 4N9EA 3NQFA 2RFGA 4UNKA 3PM6A 1EWEA 1SZNA 2C14A 3FEMA 1H7RA 3IV3A 1TPB1 1GVOA 1EP1A 1YTKA 2H3BA 2QAFA 2RH9A 1XBZA 1YPIA 3SW6A 1TCDA 1W5MA 5K9DA 1VHCA 1DQWA 1W5QA 4QITA 2Z2UA 2I14A 4CQAA 4WX2A 1I4NA 3JR2A 5HR7A 4UFMA 5AHEA 3LV6A 3G1SA 4EF8A 3LHVA 4OBTA 3M43A 1XM3A 4H6KA 1ADOA 1YXCA 2V8ZA 4J9JA 4QIUA 1O4UA 3ABRA 1H1ZA 2NX1A 5CPLA 3HBLA 4AF0A 3C3NA 3W71A 1OK4A 2A1YA 5EYWA 3USBA 4BK9A 5CSRA 1GYLA 1PIIA 4A29A 1KM6A 3W2KA 1SZFA 4IX0A 1ICSA 4OV4A 1TJRA 2X1SA 3QPZA 5FEWA 1DKWA 4A3UA 3NL6A 2NV1A 1FCUA 4QNEA 3TXVA 4PL2A 2Y85A 4Y96A 3RF9A 1VYSX 1VRDA 1WOAA 4HNNA 3LCWA 3S42A 4ADUA 2WPBA 2H90A 1UUMA 5DXXA 1G7VA 3PS7A 5CZJA 1ALDA 3LRMA 5K2ZA 1Y0EA 1GG1A 3P62A 5DLCA 3W88A 3ZFHA 3QMTA 3QQ0A 4AHOA 4NX5A 3W2LA 5C6MA 2TMDA 2Q3RA 3LHWA 1ONRA 3L5LA 4PTNA 1WBJA 4LOCA 2Y88A 2WO5A 1XFBA 1OFQA 2FDSA 1ZENA 4UCGA 4LW7A 4OGZA 4QISA 2F7FA 2E6YA 3NGJA 4K36A 4TX9A 2JBMA 4FX8A 1SFJA 4GRSA 2Y7GA 2RDUA 3TROA 4Z0SA 3MP3A 4XUGA 3PF3A 1F5ZA 2YFOA 4UFIA 4TR9A 3G8RA 5EBUA 3LHYA 4GUHA 1K7XA 3C6CA 3AO0A 1X1OA 4KWVA 2ZRYA 1W5PA 3M6YA 4Z1CA 1G4EA 3N9SA 3EWXA 1SZGA 2ZTKA 3M16A 1QAPA 2V9DA 1IGSA 1G4TA 4UMAA 3EB2A 1RQBA 2EKCA 4RKAA 4Z08A 3W2UA 4O52A 4JYFA 5G4EA 3W85A 1Q6QA 3PVFA 5FEPA 3SGZA 3G1YA 2V82A 4MLJA 3UYCA 2E6DA 3QJAA 4S1FA 4A21A 2WNQA 5KITA 3IIVA 2R14A 4FNRA 3IGSA 4BWLC 3GYEA 1AW5A 3CEUA 4LS0A 3FA5A 1KBIA 1FQ0A 3QM3A 4FX6M 4AVFA 3NQMA 2VFEA 4O28A 5CZ0A 3LHTA 4LV9A 3TXZA 4CNNA 4EWND 3S5OA 3LCLA 4RV8A 5EPDA 4JXCA 3RK8A 3NPVA 1NVMA 5D05A 3N14A 4IUOA 2JKEA 2O7QA 3B06A 3S5ZA 4ALDA 3W87A 1EPXA 1FWNA 1LM1A 1O95A 2Y89A 3TQ0A 4OHQA 2D73A 3P80A 4JGDA 4DPQA 1LBFA 3B8DA 4NUWA 1WQ5A 3G1FA 4O16A 1QO5A 3TAOA 3FYOA 4MLRA 4NJHA 3DENA 2ZZ7A 3PB0A 4EIVA 2B0MA 2I1OA 3EX1A 3T7VA 5D2VA 2QJIA 4XWUA 1RQEA 3SIZA 4CCCA 3CPRA 3UNDA 5IBXA 4FB7A 1PCKA 1R2TA 1TTPA 2NV2A 3GDTA 5FEZA 1H62A 3O16A 2PRMA 4JYDA 1FCVA 2WSYA 3G3DA 3P67A 4GFSA 4UXDA 1WAUA 4XKYA 5DCBA 5G1TA 1G7UA 1QFEA 1IXPA 3MMTA 4XKYB 2C13A 1NAL1 3B4UA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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