2BVD | Genus

Total Genus 113

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	113
sequence length	276
structure length	276
Chain Sequence	GLKIGAWVGTQPSESAIKSFQELQGRKLDIVHQFINWSTDFSWVRPYADAVYNNGSILMITWEPWEYNTVDIKNGKADAYITRMAQDMKAYGKEIWLRPLHEANGDWYPWAIGYSSRVNTNETYIAAFRHIVDIFRANGATNVKWVFNVNCDNVGNGTSYLGHYPGDNYVDYTSIDGYNWGTTQSWGSQWQSFDQVFSRAYQALASINKPIIIAEFASAEIGGNKARWITEAYNSIRTSYNKVIAAVWFHENKETDWRINSSPEALAAYREAIGAL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	How Family 26 Glycoside Hydrolases Orchestrate Catalysis on Different Polysaccharides: Structure and Activity of a Clostridium Thermocellum Lichenase, Ctlic26A. pubmed doi rcsb
molecule keywords	ENDOGLUCANASE H
molecule tags	Hydrolase
source organism	Clostridium thermocellum
total genus	113
structure length	276
sequence length	276
ec nomenclature	ec 3.2.1.4: Cellulase.
pdb deposition date	2005-06-27

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02156	Glyco_hydro_26	Glycosyl hydrolase family 26

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2bvdA00

2NT1A 4D1JA 5CXPA 1U2YA 2CHOA 4M80A 1R86A 1WE5A 4HP5A 2VMFA 2WBGA 5A8MA 2VZVA 3RCNA 3WFLA 4M82A 4QLJA 1B3ZA 2E9MA 3CZEA 3DYOA 2BXZA 1ZBCA 2VVNA 1QI4A 4WK9A 3N9KA 3ZT5A 2CBJA 1GQJA 4F8XA 4IUGA 1BF2A 4U2YA 1DWJM 2F8QA 1WZAA 5JIWA 3VO0A 4TX8A 1KWKA 1US2A 4ATDA 4CKQA 4H04A 1EOKA 4TOQA 3WNMA 3KL5A 2CPUA 2PWGA 3MMDA 4J3WA 4TTGA 4Z2KA 1E1EA 1PIFA 3RPMA 4HOZA 1W9VA 2WCGA 5E9AA 4PTXA 4UQDA 2QHAA 2VUYA 2VZOA 2ZXQA 2O9RA 4P8VA 2E8YA 4CUCA 2VVSA 1R85A 2DT0A 1BFNA 2NSXA 3WIJA 1XD1A 4TX6A 5CJ5A 1E5NA 1VAHA 2WVSA 3CZLA 3VM5A 3VTRA 4GXPA 2AAAA 1XHGA 1AQHA 3W27A 1O6IA 2WCAA 1GHRA 4L4PA 2Y8VA 3WELA 1HIZA 5A8OA 3VGFA 1JG9A 3WF0A 5IXEA 2Y2WA 2FHBA 3L4XA 5D8ZA 2O9TA 2CEQA 3L4YA 4PMRA 3N15A 1QHPA 3AQUA 3WUGA 1E40A 5HNNA 1G5AA 3AHTA 1UHVA 5JBFA 2W91A 1WZKA 3THDA 1XCWA 1UD4A 5A6LA 5KZ6A 3KZSA 1C8YA 2OWWA 1H4PA 1BSIA 4BA0A 1BYAA 3BLPX 4ZXLA 2VO5A 3PTMA 5E0CA 4UFLA 4DWSC 4GKLA 4CCDA 1A3HA 4AZIA 1VEPA 1XRVA 1NWSA 1LL6A 1L0PA 3VPLA 4QCFA 3GBEA 3ZJ6A 3OLIA 5CSYA 1ZJAA 4K68A 3FAWA 2X1IA 5AC4A 5A2AA 4KH2A 4MJ2A 4GQRA 1E70M 1WDQA 2G3MA 1DHKA 1WZMA 3PZUA 3CZ8A 4AMCA 2D3LA 2YA0A 2IUZA 1E3XA 4X0NA 1RPKA 2BVYA 2A3CA 3LPPA 1ZJBA 3T09A 1UA3A 3HU7A 3AHYA 3EMZA 1NOFA 2BHYA 3RM4A 1V08A 1CECA 5EFFA 2BY3A 5CG0A 3T08A 3EDFA 4JFVA 3UESA 3U5UA 3FHQA 1GOOA 1JI1A 3AS1A 1CLVA 4X0VA 2YA2A 3W0KA 1MW3A 1XGZA 3SCNA 3UG4A 1CGYA 4D6HA 2WVVA 1DWFM 2VZSA 4QDMA 1UR1A 1J0YA 3B8SA 4W7VA 5EFDA 5CZKA 1IZKA 3AI0A 3ZSTA 3SIMA 2ZICA 2EXOA 3A4XA 1JDCA 3L2LA 1R7AA 1VF8A 4R27A 1H0GA 4ZE5A 4IPLA 1TZ7A 5HPCA 4D1IA 3RM8A 4ZXOA 3CUIA 3VINA 3AZRA 1MVYA 1QNRA 5CSUA 4PYSA 4B15A 3L4TA 3WEZA 1V3MA 3BAKA 1V6YA 2VL4A 3L4WA 3ARUA 5I2UA 3DYPA 2FDMA 3OA5A 1I1WA 1LQ0A 1VENA 1HF6A 3WD3A 1Z32X 3VGEA 2JEPA 3AXIA 3W6MA 1UKTA 4EANA 3QOKA 2UY4A 3A4WA 4R5EA 3SCWA 5CGTA 1OGBA 4J28A 2XTKA 1QBBA 1KQZA 3VU2A 4RE3A 3SEPA 3BAWA 3W4RA 4DWSB 5I5RA 2VRKA 3WFZA 4GO9A 1Y7VA 1WZLA 3CZJA 2DH2A 1KR1A 4DUWA 1B31A 4TVUA 4GINA 1JD9A 3U7BA 3SCUA 2WCSA 2XIBA 6CGTA 2IXUA 1HJUA 4J7RA 4Q22A 2WHLA 1B2YA 1VJZA 3WDJA 3AZTA 3VVGA 4GIAA 3NIYA 2OYKA 1KCKA 3WH7A 3WH5A 1BG4A 1B9ZA 1RD6A 1EXPA 1W1TA 2G3IA 1BPLB 2A3EA 3W82A 3S6TA 2ZXAA 1MQPA 3B9EA 3FXYA 4AZ6A 3EDKA 2X8RA 3J7HA 3PZVA 2XFFA 1NH6A 2GFTA 4W85A 4CU8A 4HMEA 3UETA 3NSXA 1WO2A 2X09A 1RP9A 4HMCA 4F9JA 1PIGA 2FH8A 1PPIA 2CBUA 2EPKX 4QLLA 3U5YA 4EAMA 1AMYA 3CHEA 5A6KA 1UWTA 2G4FA 1D7FA 4HU0A 1WKYA 3AOFA 3TTYA 3NJ3A 4XB3A 2GDUA 3GTNA 1RH9A 3QOMA 2DDXA 2TAAA 3UERA 3AMGA 4E8CA 2G3JA 1B3YA 4W5UA 9CGTA 3U7VA 4J3TA 1HKIA 4CD8A 4W5ZA 5A94A 1CXKA 4MB5A 1H49A 1UD3A 3W37A 3IJ9A 3AS0A 4QLKA 1Q6EA 4ZEPA 4P8XA 4AIEA 4PBGA 1CIUA 2J78A 2JEQA 2WMGA 4M56A 3EYPA 4QFUA 3CHDA 1DEDA 1E4MM 1TA3A 4V27A 4NRRA 1LG2A 2WBKA 2VX6A 1C90A 1VBRA 1KQYA 1PJ9A 3VNYA 1ITCA 1PX3A 1IZJA 1J0JA 1BLIA 3UR8A 2W67A 4V2XA 1VFMA 1E4LA 3GXDA 4F79A 1HXJA 2DSUA 2A3AA 2RGMA 2WHMA 3SCPA 3MMUA 1HL8A 4ZE4A 4AZ7A 3D3AA 1Q4NX 3BCFA 5I79A 3CH9A 1NWUA 1UKPA 3ARWA 4OUEA 4CVUA 2J62A 1KXQA 4YPJA 4H2CA 4RL3A 4U33A 1PZ2A 5JBDA 1HVXA 1CXFA 1PEZA 2UY3A 4MAVA 1E73M 1JGIA 4LQ1A 3A6OA 2JFEX 1FH8A 3EMQA 3IANA 1E4NA 4CN6A 2Z1SA 2Y24A 1E56A 1QPKA 1UR2A 2XSAA 2XJ7A 4AY1A 2BY1A 3VUPA 2EPLX 2WHKA 4UQCA 3W6LA 1ZU8A 2XG9A 3MU7A 4JCLA 4J3XA 1J0HA 2BY2A 2XWEA 3CZGA 2X2YA 4B9ZA 3L4ZA 4WJXA 3VIOA 5A8NA 3ARYA 4MDOA 4OOUA 1OIFA 2WMIA 4AD5A 2YDRA 1VFOA 1QNOA 3B9AA 1FFRA 2ZE0A 4BF7A 4C7DA 5E6YA 3QHMA 4E8DA 1J0IA 1PZ3A 4H8HA 3M6DA 1K9FA 4MB1A 2JF7A 3ARQA 3VIGA 4D72A 2CXGA 1QI3A 4WKFA 5IFTA 5FCZA 1CDGA 1NOWA 2WVUA 3T0AA 1Q6CA 3VDHA 1N82A 4ATWA 1ISWA 3NCOA 1Q6DA 3ZSSA 1V0NA 4AZBA 4PSPA 4E4PA 1KR0A 2EO7A 4MNLA 4GQQA 2HVMA 1V3HA 3W29A 5DT7A 4CD5A 3TTQA 1JZ2A 3VGBA 1MWOA 2Y5EA 2YIHA 1C92A 5M5DA 5LA2A 1H0IA 4OIFA 1V6WA 3O2LA 4M81A 5A6AA 1M7XA 3WH8A 3N1AA 1GQLA 4GO8A 3WF4A 1S46A 2VZUA 4UOZA 1JAEA 3AIBA 4RE4A 4W93A 4W8LA 2DT1A 1HVQA 3GNRA 1E4IA 1E6RA 1OIMA 3WH6A 1FHDA 4AYSA 3NDYA 3VMPA 1WDRA 3VX0A 2PC8A 1LJYA 1UKOA 3ZT7A 5GNZA 4N0RA 7CGTA 1JF6A 1XD0A 4XUYA 3ZR5A 3VOCA 4UR9A 2YKKA 5D9OA 1B3WA 1GW1A 3DECA 5LYRA 2V3FA 3ARZA 1ZB5A 1C7SA 2QF8A 3S2CA 4HA1A 1GCYA 1PX4A 1P6WA 1W32A 2VQUA 2YLLA 3L4UA 3WEOA 3PN8A 4LPCA 1FP8A 2GSJA 7TAAA 1JNDA 2EPNA 3II1A 5IFPA 5IHSA 2QPSA 3MV01 4OZOA 3MUAA 4J3VA 1B3VA 3BCDA 5M03A 3OBAA 1XC6A 1HP5A 4B9YA 4KGJA 1E0WA 4MTVA 1E6PA 3KWXA 1U33A 2ZXDA 1JYNA 1OSEA 3VDCA 5M17A 5FOOA 1E55A 1WAWA 3B9DA 3PZMA 4HZ6A 3OLDA 3WDRA 2PWEA 1CXEA 4UFJA 1G9HA 1UKQA 1CEOA 5FD0A 1H11A 3WL0A 2G3NA 5D8WA 4HA4A 3PZIA 2CBVA 4PUDA 2YL6A 2QV4A 3W38A 4ACZA 2WMFA 3WNKA 1QHZA 5E70A 3WMSA 4AIOA 3OB8A 3FW6A 1E6NA 1SFSA 3VIIA 3QHOA 4PTWA 5HPOA 2WNWA 2BHZA 3U57A 3T2OA 3TONA 3PZ9A 1H41A 1M04A 3ZQ9A 2E9LA 4NI3A 3AHXA 3OZOA 1QOXA 1ZBVA 4XX6A 3ZIZA 2VCAA 3WF2A 2D1ZA 2WC4A 1UZ1A 2CNCA 1EO5A 4PCTA 5AY7A 1KGUA 1C3FA 2XWDA 4HOXA 3I3DA 3L2MA 1IT0A 2ZWZA 2J8FA 2WK2A 3AICA 1TCMA 2GK1A 1XH2A 1JDDA 4UTFA 1CENA 3OG2A 3NDZA 1JZ3A 1PBGA 2XVLA 4MADA 4HTYA 6A3HA 5HDRA 4HU8A 1UZ4A 2WC3A 3LMYA 3ARVA 3VIJA 4CD6A 5A95A 3OGSA 2XVPA 1J12A 3IAQA 4UQ9A 4ATLA 2WSKA 4P7RA 2J7DA 3MS8A 1OCQA 3FN9A 3CUFA 2WMHA 3N18A 4OBSA 1JDAA 1UD2A 1NP0A 1UD5A 4U3CA 4W87A 5GNYA 2JIEA 4JL2A 3SUUA 1KGXA 3DHUA 1X6NA 4UCFA 1GQIA 1XYFA 1Q6FA 5A2CA 4PMOA 3SCTA 3VKKA 1UH2A 2VQTA 5D9NA 5BYWA 3GYCA 2WZIA 3FNDA 5I24A 4JZ5A 3WDHA 1XSJA 2GJRA 3UR7A 4F9DA 1MFVA 2ZX9A 4D6CA 1WCGA 2C8NA 5EMYA 1KBBA 4GPNA 1UR0A 1JFHA 2E0PA 5CPQA 2CIPA 1TG7A 2XVKA 3BAXA 4X9YA 1A47A 1EDGA 1OGGA 4AD4A 3MMWA 1C91A 3PTKA 2V3GA 1GHSA 4AEEA 4Z2GA 2CKSA 1JNEA 1ODZA 4PMDA 4U5IA 4M24A 3LPGA 1MQRA 4P8UA 1G1YA 1BVNP 1LF1A 3VILA 4NF7A 3TOPA 1E0XA 1QW8A 4HPHA 2IXVA 4UOQA 2C7FA 1W9UA 2BY0A 4EKJA 1BG9A 1TA3B 2XIIA 3WQ4A 5GNXA 2XYLA 4BS0A 1ESWA 4EE9A 2BFGA 3WKZA 4LGXA 3WNNA 3MKKA 3IJ7A 3ARTA 3N11A 3PZOA 2V3DA 2BVTA 2ZXBA 3AJ7A 1EDTA 4U31A 1W1YA 3UEQA 1V02A 1J0KA 1QHOA 2XFYA 2PWDA 5A69A 3E1F1 3THCA 1UYQA 4MDPA 3T2QA 3VD3A 2EPMX 2W61A 2VC9A 4BQ3A 3M46A 4TTUA 4N42A 4UZUA 3BGAA 1NWRA 3UG3A 2BV9A 1XH1A 1ZBKA 3ZMRA 4CGTA 2D0GA 2ZUSA 2A3HA 2WAGA 4JKMA 5JBEA 3DYMA 4UQEA 1R8LA 1ZS2A 1WDPA 1JIBA 2J79A 1EQPA 4Y7EA 1KXVA 4IPNB 2XPKA 2DEPA 5I6SA 2EJ1A 4P7NA 1BYCA 4XZBA 3NUKA 2PI6A 4AZCB 5GQBA 1EH9A 2VX7A 1U30A 4A3YA 1F4HA 2Z1KA 3GZAA 5A6BD 1UOKA 3EMCA 3HN3A 5CLWA 1CGUA 2DIJA 1V03A 2VTFA 5I78A 1V6UA 5F7UA 1OGSA 5BXSA 2DGAA 1VFFA 1I1XA 1UH4A 5ABEA 1W3HA 2XGBA 4KMQA 5CGMA 1VBUA 1DTUA 5A8PA 4D6EA 2O9OA 1MW0A 2XM1A 2J75A 3WN6A 3NSMA 4HOWA 3K1DA 2J7GA 1W9DM 1CXLA 1W3LA 1US3A 4GI6A 2ZUTA 3WDIA 4LYQA 7A3HA 1X1NA 1FP9A 4PTVA 3CHFA 1W1PA 1CYGA 1UUQA 3AIUA 5CPTA 2QLYA 4LYRA 3MUZ1 5A6BA 3RIKA 1TR1A 2GJPA 1VEMA 1DWIM 1E71M 1X6LA 3FHAA 4WLCA 1V3JA 1B30A 4W7UA 2WVTA 3W24A 1B90A 5CPSA 3AHVA 3WBEA 3SCQA 1R7OA 3TA9A 1O7AA 1MW2A 1WDSA 4FF5A 2UY2A 1E1FA 1ODUA 1HJQA 3ARRA 1UH3A 1GVYA 3K4AA 1XSKA 2WKLA 2VX5A 1OD0A 1H3GA 2HISA 3DC0A 1OT2A 4S3KA 3VNZA 1KWGA 3UCQA 3CPUA 3VGDA 2ZOXA 1QI2A 3VM7A 1QI5A 4CCCA 1CXIA 3CLWA 3EDJA 3GH5A 2ZUVA 3WUBA 2YDSA 2OWXA 4Q7NA 3EDEA 1J10A 3KEHA 1QBAA 3WUEA 3OLGA 1D3CA 2DPEA 2WZEA 2WSPA 4JFUA 1XSIA 1MXDA 3PZGA 2D24A 4NRSA 2J7CA 1HNYA 3AIWA 1LWJA 2CBIA 4DM2A 1MXGA 1UWQA 3VD5A 2J7FA 1C8QA 3L4VA 2XHYA 4AZHA 1UQYA 2D0HA 4B16A 4HPGA 2W63A 2FHFA 3RILA 2NT0A 3AYSA 4EK7A 2CYGA 1QVBA 4U3AA 2XM2A 2WXDM 3WD0A 3PHAA 1VIWA 3LPOA 5DF0A 3WMBA 3WD2A 2O92A 3LPFA 5A6SA 4AD1A 5GPRA 1J9YA 5IHRA 1M03A 3GXFA 1DWHM 1KB3A 2YLAA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2ZX6 A;  1AVA A;  2OSY A;  3BLK A;  3N12 A;  1JZ7 A;  3VD9 A;  1EIB A;  4PUE A;  1MFU A;  2AOS A;  2VR5 A;  1PX8 A;  1DWA M;  1YHT A;  4ACZ B;  2QPU A;  2D22 A;  3ARO A;  3DHP A;  3POH A;  3AIR A;  3CBW A;  3A4A A;  1TVP A;  3CMJ A;  4UOJ A;  3CIV A;  2C0H A;  1JYX A;  1UWR A;  4NZC A;  1G01 A;  2GJX B;  2XVG A;  3NSN A;  5I77 A;  2ZID A;  1AQ0 A;  3WD4 A;  5C70 A;  2YDQ A;  1VJS A;  4ACY A;  2CET A;  3VIP A;  1JZ8 A;  1VB9 A;  2XSB A;  1GNX A;  4CVW A;  2GK1 B;  3IAP A;  3VDA A;  3AMK A;  2YA1 A;  2CES A;  1CXH A;  3QR3 A;  4CD4 A;  3SUT A;  4AZC A;  2EEX A;  1TE1 A;  1UA7 A;  1W9B M;  1HKK A;  4IIS A;  4AEF A;  3AHZ A;  4U5K A;  5HOS A;  3VDB A;  3O6A A;  1E43 A;  1LL7 A;  1AQM A;  2E8Z A;  3BMV A;  1HL9 A;  2X0Y A;  1FH9 A;  1BQC A;  1LWH A;  4H7V A;  3A3H A;  4WIW A;  1CGT A;  1V3I A;  8CGT A;  3PZT A;  2XFR A;  2EQD A;  5BRP A;  1E6Z A;  3SUR A;  3BXW A;  4U2Z A;  4AD3 A;  1V02 E;  2PF0 A;  2VNC A;  4YHE A;  2X0H A;  4TVC A;  1XCX A;  4QCE A;  1BYD A;  2WWC A;  4OOZ A;  3AFB A;  5FIP A;  1VEO A;  3SCR A;  4KRU A;  1EO7 A;  1SYT A;  1BTC A;  2OSX A;  1ISY A;  2D23 A;  4W88 A;  3OLE A;  4W8A A;  2YL5 A;  1UG6 A;  1HKJ A;  2WKG A;  1FOB A;  2V5C A;  3VIK A;  2QMK A;  4FMV A;  2BVD A;  4W84 A;  2ESC A;  2WW5 A;  1SMD A;  4AZ5 A;  1GOR A;  5AYB A;  4GI8 A;  4J27 A;  2WWD A;  4PTM A;  4KGL A;  2DQX A;  6TAA A;  3ARX A;  3WNO A;  1GUV A;  4M8U A;  1GOM A;  1G0C A;  4JFS A;  4M1R A;  2YJQ A;  1JXJ A;  5ABG A;  3BAJ A;  3T0D A;  4BQ4 A;  4PN2 A;  2WLY A;  4CU7 A;  2PBG A;  4PMQ A;  3WSU A;  4PMX A;  2O9P A;  3VMN A;  4L4O A;  1EHN A;  1F4A A;  5EB8 A;  8A3H A;  2J7H A;  3N17 A;  1JD7 A;  1QNP A;  2AMG A;  1E6S M;  1L8N A;  4LXF A;  3N13 A;  4MNJ A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1ZUA X;  3TWB A;  4AX7 A;  3VPL A;  3GBE A;  2C79 A;  3ZJ6 A;  3RLU A;  1F61 A;  4L64 A;  4K68 A;  1GEQ A;  5A2A A;  2DOR A;  4GQR A;  3R2G A;  2FVL A;  2FZD A;  4FNU A;  3SM0 A;  1FDY A;  3CZ8 A;  1E3X A;  1QW7 A;  2EKC A;  4OGZ A;  1UA3 A;  4AHO A;  3HU7 A;  1QRQ A;  5FSD C;  1K8Z A;  2QV5 A;  1KRM A;  2BY3 A;  5CG0 A;  3H55 A;  3UES A;  1A5U A;  3FHQ A;  1DE6 A;  1J2W A;  2YA2 A;  5D02 A;  3UG4 A;  3A13 A;  4A8I A;  1OVD A;  1YBQ B;  2ON3 A;  4D6H A;  1TRI A;  4LAK A;  2CU0 A;  1SQ7 A;  3TNO A;  5EFD A;  5CZK A;  3S6O A;  4NAE A;  2OT1 A;  4Q8V A;  2P10 A;  4ZOC A;  1R30 A;  1NU5 A;  4R85 A;  2Z24 A;  4GC3 A;  2FKP A;  1Q6L A;  2ABA A;  4R27 A;  3TYZ A;  2V9D A;  3P0X A;  1H0G A;  2INE A;  4ZE5 A;  1PII A;  4D1I A;  1TWW A;  3VIN A;  1MVY A;  5CSU A;  1XID A;  4KFO A;  4NZ4 A;  3BAK A;  1TV7 A;  1V51 A;  4L65 A;  1DJW A;  4IQL A;  6XIM A;  3TQK A;  4Q8W A;  2QDH A;  1IIG A;  3WD3 A;  3W6M A;  2JEP A;  4DWD A;  1U1H A;  2W79 A;  3HGR A;  3CV2 A;  5BMW A;  1F6P A;  3SCW A;  5AVH A;  4NX5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2BVDA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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