2CKR | Genus

Total Genus 134

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	134
sequence length	305
structure length	305
Chain Sequence	GTPVERYGKVQVCGTQLCDEHGNPVQLRGMSTHGIQWFDHCLTDSSLDALAYDWKADIIRLSMYIQEDGYETNPRGFTDRMHQLIDMATARGLYVIVDWHILTPGDPHYNLDRAKTFFAEIAQRHASKTNVLYEIANEPNGVSWASIKSYAEEVIPVIRQRDPDSVIIVGTRGWSSLGVSEGSGPAEIAANPVNASNIMYAFHFYAASHRDNYLNALREASELFPVFVTQFGTETYTGDGANDFQMADRYIDLMAERKIGWTKWNYSDDFRSGAVFQPGTCASGGPWSGSSLKASGQWVRSKLQS

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	The Crystal Structure of the Catalytic Domain of Thermobifida Fusca Endoglucanase Cel5A in Complex with Cellotetraose rcsb
molecule keywords	ENDOGLUCANASE E-5
molecule tags	Hydrolase
source organism	Thermobifida fusca
total genus	134
structure length	305
sequence length	305
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.4: Cellulase.
pdb deposition date	2006-04-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00150	Cellulase	Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2ckrA00

3WH7A 1XSJA 4HOXA 3FAWA 2OSWA 1VB9A 3L4ZA 2WC3A 4UFIA 1KBBA 5EBAA 1M7XA 3NSXA 2WVVA 2YA1A 1R8LA 3U7BA 3WF1A 3ZT6A 3AHTA 1HVXA 5I77A 4PTWA 3SCVA 4IM4A 4MB5A 4PMNA 1V0KA 2ZXDA 2CBUA 4M80A 4M24A 1TE1A 1J12A 2YDSA 3GXMA 4LXFA 2WWDA 1K9DA 4BQ3A 2PWFA 1BYAA 2VZVA 1BLIA 4UQEA 2XIIA 1W1PA 3KE0A 1QNSA 1HJVA 4LX4A 1VEPA 1GONA 4D6CA 1V6YA 2JF6A 3BSGA 4BQ2A 3CO4A 1Q6EA 2VJXA 5HPOA 1DP0A 1FH9A 2G3IA 4WJXA 2UY5A 1QHPA 1SR0A 3SCUA 2WHJA 1C8XA 2VRJA 2ZXBA 3WF4A 4AWEA 6A3HA 4EAMA 4JFUA 4D6GA 1MW3A 2GSJA 1KQYA 1NOWA 1BYDA 4HOWA 1VFFA 3WNMA 5BXRA 4WKHA 4Z2KA 4UQDA 4AD3A 4PMZA 1LWHA 3AICA 2OWCA 1UWUA 1TA3B 1VF8A 3CUIA 4X0NA 5CLWA 5M3WA 1LLOA 1NH6A 1UA7A 3W53A 4MJ2A 1XSKA 2WKGA 2A3BA 5IFTA 1QOXA 3OGSA 1J0KA 2ZX8A 1U30A 2BY2A 1V02A 2J75A 2X05A 1L0PA 3ZJ8A 4EE9A 1UR2A 2GJPA 1DWHM 2WCGA 4MB4A 1M53A 2PWGA 3CZKA 2FDMA 4JCLA 1BGAA 3EBVA 1O7AA 3QR3A 2ZWYA 1VAHA 4OOUA 4Z2IA 1ESWA 2J7FA 4FLRA 5A6MA 3RM9A 4D71A 3A6OA 1JZ7A 5ECUA 1HJWA 3VOCA 5AC4A 1WZKA 1Q6FA 1B31A 3BAIA 2WHKA 2YL9A 1LQ0A 1XYZA 3MUAA 1MFVA 5HDRA 5A3HA 3MMWA 3VDHA 2YA0A 1DWJM 5LA2A 8A3HA 5A6JA 1E4MM 2BXYA 5JBFA 3I3EA 3QHNA 1SFSA 4HU0A 4FLOA 4KMQA 3AS0A 4P7LA 3GXDA 2BNJA 4PUDA 3OBAA 4QCEA 3W37A 4PMYA 3AYSA 4P7OA 3U5YA 1WCGA 2WSPA 4W85A 1D2KA 1UH4A 3SIMA 1LL7A 1JFXA 4JHOA 4U3CA 2GK1B 4P8XA 3ZT5A 3BAYA 4PMUA 4AIOA 3SCOA 3WELA 2VZTA 1BQCA 2WCSA 3W24A 3PZGA 3WUBA 2JEPA 3A3HA 1KGUA 3MU7A 2ZWZA 4AD0A 4CCEA 4DWSB 1HF6A 2Q8XA 5C71A 3KL0A 4PBGA 2EPOA 1JAKA 2VL4A 2G3NA 1Q6DA 4RE3A 1US2A 3ARXA 1OD8A 3W28A 1NM9A 1XHGA 2O9TA 3N18A 3MSGA 1HJSA 1KFWA 5DT5A 4F9JA 3BAKA 1QNOA 5A8PA 5BRPA 4BF7A 1JZ2A 1EDGA 2E4TA 5FIPA 3UCQA 4AZCB 3BXWA 6TAAA 1KCKA 1VEOA 1E5JA 1C7TA 1D3CA 1VFUA 4KGJA 1OCQA 4Z2LA 2NT0A 3L2LA 1KGWA 4JFVA 1EO7A 1QW8A 5CZKA 3K1DA 2Z1KA 4P7RA 3VD4A 1V0NA 3WF2A 3I3BA 3AQUA 1B90A 2CYGA 5E09A 3IK2A 2D3LA 1J0HA 4UZSA 1JYWA 2JIEA 2DPEA 2Y4SA 4D6JA 1W3KA 3SUVA 3ARVA 2FH8A 1UQZA 1XD1A 3AI0A 3IAPA 2E9MA 3W38A 4S3JA 3VIGA 4FLQA 4PSPA 4UFMA 2J25A 1CGUA 1HKKA 1VBUA 4E8CA 1ISYA 3OLEA 3AYRA 3II1A 5A95A 4C7GA 1HJQA 5D9MA 3ZM8A 1JIBA 3PZOA 1SYTA 3K4AA 3WF0A 5I23A 1EA9C 5E9AA 2YDQA 2VX7A 3CUHA 1E72M 4JL1A 3DYOA 4U2YA 2WVVB 3WQWA 2WMFA 2QMJA 1J0YA 2WZIA 1X6NA 2WCAA 2VRQA 2J7HA 2BHYA 2CKRA 1BG4A 2DT2A 4GO9A 1GW1A 4F9DA 2AOSA 1F4HA 3N13A 4FLSA 3RIKA 3UETA 2VURA 3A4WA 3BMVA 5ABGA 1KWGA 2IXVA 3RM4A 5AYIA 3SCRA 3WDHA 3WFZA 2X09A 1JD9A 2WB5A 4JIEA 1VFMA 2FGLA 3CMJA 2E9LA 1MW0A 2NSXA 4AZGA 1UD4A 3EYPA 3RDKA 4F66A 3ARYA 1G94A 4J27A 4V2XA 5FCZA 4CN6A 4XB3A 1E1EA 5A8OA 2F61A 3WDRA 2ZUMA 1HN1A 2J79A 3TTOA 1MW1A 3NSNA 2XG9A 4HZ6A 3ZR6A 1TA3A 2XFYA 3VIFA 2YIHA 3CZ8A 4MB3A 3NYDA 1G9HA 1BF2A 2XM2A 2XM1A 5E6YA 1XSIA 5A8MA 2VVNA 1QNRA 4OBRA 2OWXA 3WH6A 2UWFA 3VIKA 2VX6A 3THDA 3VGDA 5DEZA 1VEMA 2OYMA 1DWIM 4J3WA 3VTRA 1WKYA 5FD0A 1UR4A 2CBIA 2ZUSA 3NDZA 4CCCA 1UWIA 4JFSA 5GNYA 1GPFA 4KRTA 1E73M 2WMHA 2C0HA 2WBKA 2J78A 1ISWA 2DGAA 1NWTA 5BXPA 1WZLA 1ZJBA 1W3LA 2OSYA 2E3ZA 2XUCA 3QHMA 3CLWA 3AMDA 1GQJA 2WHLA 1B30A 1EH9A 1K9FA 1FOBA 2B31A 2BHZA 5A6AA 4TVCA 2W4XA 3AMLA 1QW9A 1J10A 1V3IA 1PIFA 4CU7A 1W1VA 4GXPA 2GVYA 2YL6A 2VO5A 1ZBKA 3EMCA 1R7AA 2GDUA 4IUGA 3VKKA 2WLZA 4CD6A 4RE4A 3ZSTA 3N1AA 2DT3A 2PWEA 2VOTA 1JL8A 1KBKA 5A69A 3ARTA 3WQ5A 2UY4A 2VX5A 4B16A 4EANA 3KL3A 3WQVA 1C7SA 2DQXA 1HKMA 3VNZA 3L4YA 4H8VA 5LYRA 4OKDA 2ZE0A 4Q22A 4D6HA 3QOKA 3MMDA 1CLVA 3GYCA 3WUGA 1YQ2A 1E71M 2A3AA 3GBEA 4KGLA 4W89A 1JYNA 3HMCA 4IISA 1ISZA 1XYFA 2D1ZA 3EMQA 4NRRA 2J7CA 4U33A 2YLLA 4QLJA 5BCAA 3TTYA 1FHLA 1ISVA 1CPUA 1EQPA 3TONA 4Q7NA 4H04A 1BTCA 1BVZA 2RGLA 4CD4A 3G6LA 1ITCA 3SCNA 4AY1A 4B15A 1VBRA 1B3YA 3FN9A 2WWCA 2VTFA 3APGA 1CXIA 1HP5A 1KR1A 4AZCA 1B3XA 2QHAA 5EFFA 2VI0A 3BCDA 3DYPA 3WNNA 1GVYA 1HX0A 2DSUA 4ACYA 5I79A 4F79A 4MADA 1ZBWA 3WBAA 3ZT7A 2W67A 3AXXA 1UA3A 3PTMA 1E0XA 4GO8A 1V3MA 1W3JA 1Q6CA 1XRVA 2J47A 1EHAA 1V0LA 1HJUA 4MTVA 1W1TA 1TUXA 1EDQA 2PB1A 2EEXA 1CDGA 1H4PA 1FH7A 3GH5A 4AD2A 1HXJA 1GOKA 1NOUA 3WH8A 4ATDA 1MQQA 1O6IA 3WD2A 1E5NA 1UWTA 1H1NA 2WMKA 3CGTA 4D72A 1JZ8A 3SCPA 3PZVA 1R85A 2IUZA 1W9BM 4DUVA 2V3DA 4GINA 2X8RA 4NSBA 4W93A 4UQBA 1PX8A 1E4NA 3ARZA 4W84A 4AD1A 1JI1A 2VT0A 2EBNA 1E0WA 4D6DA 3W25A 1JF5A 1HP4A 1J01A 3VO0A 3JUGA 3M7SA 3T0DA 3HU7A 5ABFB 4PCTA 4YHGA 1H11A 3EDKA 1OD0A 1U33A 3OB8A 1R87A 4J3VA 4M1RA 4H8UA 1V08A 4NRSA 3ARPA 5CQ1A 1H5VA 4LQ1A 1V3HA 3OG2A 1UR9A 4CN4A 3W82A 5HXMA 2JFEX 3WNLA 2MANA 3FY1A 2EO7A 3WD3A 2GJXB 2FHBA 1E4LA 1GOOA 3VMPA 1JDAA 4D6FA 4WKFA 5F7UA 5A94A 3ALGA 2QPUA 4ZXLA 3LPFA 3KL5A 3WQ6A 3WNOA 3VDCA 3MKKA 4PMXA 4HU8A 1M03A 1SMAA 1H41A 1OT2A 1TFVA 3CBWA 1UR1A 1VRXA 3GH7A 3SUWA 3PHAA 2ZX9A 4UOQA 1OIMA 2E9BA 2PC8A 4HPHA 1KXTA 4HZ8A 1HT6A 3EDFA 3FNDA 3ZO9A 2WZHA 3BSHA 4M8UA 3VD5A 4W8BA 3ARUA 3BGAA 3SCQA 1Q4NX 3SUUA 1EOKA 2JEQA 1CTNA 1K6AA 1V03A 4LGXA 1WDRA 4NI3A 5D4YA 4QDMA 3TTQA 1GJWA 3N15A 5BXSA 2VR4A 2NT1A 1CXEA 3ARQA 1ODUA 1ZU8A 4L4OA 4GQQA 4BQ5A 2VZOA 4HPGA 3TA9A 1E6SM 4Z2GA 4DM1A 4RE2A 2VQUA 2J62A 2YBTA 1C8YA 3VGFA 4IPLA 4HOZA 2O9RA 4WSKA 3VIHA 4AD5A 4ZEPA 3WH9A 3CMGA 2A3HA 3PTKA 4GZIA 5CLTA 1CLXA 4JKLA 4K68A 2E0PA 3W6LA 1H0IA 3OZOA 4W8LA 3WDPP 2J77A 3K8KA 1J11A 1TMQA 2ZUNA 2VNCA 3VD3A 1UKQA 1QBBA 3AHYA 1OGSA 5EMYA 3BAWA 5JUVA 1UYQA 3WQ8A 3ZOAA 1OBAA 2PF0A 1WPCA 2PWDA 2WHMA 4S3KA 4BQ4A 1E6XM 2BY0A 2CXGA 1BAGA 3VGEA 1IZKA 4EK7A 2W63A 4C7FA 5D9PA 4BCEA 2W62A 4TTGA 4QLLA 1GORA 3VX0A 4M56A 1JNDA 3IAQA 5HPCA 2WMJA 1Y7VA 3CUFA 1GZJA 3M46A 1GQLA 2ZICA 1YHTA 3NJ3A 4Y7EA 3BCFA 2YDRA 5E6ZA 2DH3A 4KWUA 4ZE5A 3O9NA 2G3JA 4DWSC 4WF7A 2CBVA 4HA4A 4ML4A 1BVNP 2W91A 2EPKX 2YL5A 1JZ4A 1PEZA 3FHAA 1ODZA 4A3YA 2YL8A 1RH9A 3M07A 5I78A 1FHDA 4L4PA 4QLKA 5DMYA 2BY3A 4YPJA 3NIYA 3VD7A 3FAXA 1JZ3A 3G6MA 4CU8A 2ZUVA 3UEQA 4TX6A 5JBDA 4WIWA 3IJ8A 4UOJA 2YLAA 1HNYA 3OLDA 4PN2A 2BY1A 4P7NA 3CHFA 1E56A 3CTTA 4TVDA 4TTUA 1H3GA 1GUVA 5IDIA 1GOQA 5EFDA 4HA3A 4J28A 2D22A 2AMGA 1CIUA 3EDJA 3OA5A 4FK9A 5KEZA 1V3LA 3ZIZA 1TZ7A 4J3SA 5EB8A 2OWWA 2ZX7A 5I24A 4OOZA 4MPKA 2F8QA 4NF7A 1BYBA 2BS9A 5CJ5A 4W88A 5CSYA 3MMUA 2CNCA 3HN3A 5ABFA 1KR0A 3BAJA 3MV11 4AIUA 4P8WA 4W7WA 4AYSA 5CG0A 3AZSA 2HVMA 4FF5A 1W9VA 1GJUA 3VVGA 3GNPA 3VD9A 2O92A 1JF6A 3ZMRA 1UG6A 4PYSA 4WSJA 4MJ4A 2XWEA 1NARA 1E40A 2FHCA 4ATWA 4JZ5A 3VPLA 1V6XA 3BLPX 3MV01 4JCMA 3F5KA 5A2AA 3ZR5A 3W81A 3VGHA 1W91A 4E2OA 4DUWA 1E6QM 5HNNA 3ALFA 3UG4A 1XV8A 4AZBA 3VIOA 3WF3A 1CZ1A 3K4DA 3SCSA 2GJXA 3GM8A 4UQCA 3AXHA 4ATLA 4AZ6A 2W92A 3U7VA 4W86A 1E1FA 1X6LA 2WVSA 1I1XA 2F2HA 3CIVA 5CPSA 1JGIA 2JALA 3VGGA 3UR8A 3SUSA 4AZ7A 2X0YA 1EO5A 3L4TA 5FOOA 1G1YA 2ZOXA 3WH5A 2JE8A 1A3HA 1EIBA 3BC9A 4UZUA 1MFUA 1BPLB 1B3WA 5I0DA 4GI9A 4UR9A 1GHSA 1FP9A 4MNLA 3FW6A 1JG9A 4UFKA 3L2MA 5CSUA 1LF1A 4EKJA 3AIVA 1HVQA 1UD3A 1ZS2A 1KWKA 3PZ9A 3CHCA 3FHQA 3D3AA 5A6KA 4CVWA 3AIBA 4CKQA 4MDOA 1E6ZA 1XH0A 2JIWA 1CWYA 4UTFA 1KB3A 4PMRA 1EOMA 3L4VA 3EDDA 3CHEA 4AW7A 3MANA 2BV9A 1M04A 2G41A 1JDDA 1IZJA 1CNVA 1WNOA 2PBGA 1CXFA 1JXJA 4E8DA 5M5DA 1MYRA 5CPTA 1K9TA 4AZIA 1Q6GA 1CEOA 3SCWA 1AVAA 4U5IA 4AMCA 1IV8A 2ZUTA 3BLKA 1I1WA 1W32A 3GNRA 1JZ6A 1HKIA 5D8WA 1UZ1A 1HL8A 3WD1A 3UG5A 4AISA 3EMZA 2QLYA 1LL4A 3MUZ1 1CGVA 2GFTA 2YBUA 2DDXA 4UQAA 4AC1X 4U2ZA 1MXDA 4BA0A 4WK9A 5BROA 2DT0A 4J3UA 2EQDA 1E6NA 4UFJA 1W9XA 1G0CA 3UESA 5A8QA 1QI5A 3LPPA 3VM7A 4ZE4A 4CGTA 1D7FA 1LL6A 3AIQA 1WZAA 1C3FA 1E0VA 3ECQA 1GNXA 3POHA 2VR5A 1U2YA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2QV4 A;  4B3K A;  3T08 A;  2Y8V A;  2XPK A;  2VMF A;  8CGT A;  4NZC A;  2ZUW A;  2J8F A;  4TOQ A;  1GHR A;  4XZW A;  5A6S A;  1CXL A;  1BYC A;  1WDP A;  1UWQ A;  4AZ5 A;  4CD5 A;  5A2B A;  1DHK A;  3N04 A;  3THC A;  3PZI A;  3L4W A;  3AZT A;  1OB0 A;  1HL9 A;  1PAM A;  3GDB A;  2ZID A;  3WL0 A;  3AHX A;  4WKA A;  3OGV A;  3FXY A;  1CYG A;  1V6V A;  4AZH A;  2PWH A;  2DH2 A;  3AXI A;  4R27 A;  3AS2 A;  4H7V A;  4HA1 A;  2D0H A;  4AD4 A;  1KXV A;  2A3E A;  4MNM A;  2NW0 A;  5HBF A;  4XV0 A;  3TTS A;  4B3L A;  3IJ7 A;  1NP2 A;  2XSA A;  3WDQ A;  4PMQ A;  3DEC A;  3UR7 A;  3VIL A;  4QP0 A;  1MWO A;  1UUQ A;  3WD4 A;  5A1A A;  3NCO A;  1E6P A;  4V28 A;  4MAV A;  3CZJ A;  3MS8 A;  7CGT A;  3SCT A;  4HP5 A;  3GTN A;  3QGV A;  3U57 A;  4OJY A;  3WNK A;  1MW2 A;  3WMC A;  2WNW A;  3PZQ A;  5A6B D;  3VDA A;  4TVU A;  1JAE A;  2GK1 A;  1DTU A;  5HOS A;  1KXH A;  1KQZ A;  4ACZ B;  1J18 A;  2VQT A;  3J7H A;  5M17 A;  1GOM A;  3LPG A;  1E15 A;  3RJX A;  3W27 A;  1W9P A;  2UY2 A;  3WKZ A;  4KH2 A;  4DWS A;  3ZJ6 A;  3K8M A;  1J0Z A;  1IT0 A;  4XZB A;  3IJ9 A;  3F5L A;  2XGB A;  1NWU A;  3B9D A;  3ZSS A;  2CER A;  1S46 A;  1K9E A;  1KCL A;  3N11 A;  3K46 A;  5CPQ A;  4GI8 A;  3UG3 A;  3W6M A;  5D9N A;  1CEC A;  3ARW A;  2W66 A;  2VZU A;  4UNI A;  5GPR A;  1R86 A;  2C8N A;  1BFN A;  3DHP A;  1HKJ A;  1OIN A;  2J7B A;  2W5F A;  5IHS A;  2E8Z A;  4JFW A;  3PZU A;  3GNO A;  5I3D A;  1EGZ A;  2BVT A;  3ZQ9 A;  1CEN A;  3SEP A;  3VIM A;  1PX3 A;  3LPO A;  1LG1 A;  4GIA A;  1WAW A;  3AIW A;  2BHU A;  3WEM A;  4Z2H A;  2WXD M;  3TOP A;  5TD4 A;  3RIL A;  3T0A A;  2CCR A;  4HMD A;  1US3 A;  2OLH A;  1UHV A;  1E3Z A;  4OZO A;  1WE5 A;  3ARR A;  1UKP A;  2DSV A;  1UR8 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2IMR A;  2WCG A;  1DV7 A;  1VGA A;  3KHJ A;  4FX7 A;  4I7V A;  4OOU A;  4S3A A;  1GYM A;  3SN0 A;  3E0F A;  4J2M A;  4N9B A;  4MUP A;  4BK9 A;  4FLR A;  5A6M A;  1MEW A;  3RM9 A;  4X2P A;  1JZ7 A;  3UZW A;  1OX5 A;  1VQT A;  1WOA A;  3O7U A;  3NYZ A;  2HNH A;  4IWW A;  5I7G A;  3TSM A;  1RBL A;  1DTN A;  4AWS A;  3R79 A;  1B31 A;  2WHK A;  3F03 K;  2OZT A;  1XYZ A;  2GOK A;  1VBJ A;  3MMW A;  1J5S A;  1T0O A;  2OO6 A;  3LHZ A;  2J27 A;  2PS2 A;  1Q2R A;  3M4H A;  2PDG A;  1JCM P;  5A6J A;  2OEK A;  4P7L A;  4ZL1 A;  2VC5 A;  4IIH A;  1WCG A;  2QXW A;  2WSP A;  4C90 A;  4I9M A;  1D2K A;  4FHA A;  5I3F A;  2QUN A;  1XIM A;  2ALR A;  1IIG A;  5FAC A;  3C2V A;  2Z0I A;  1LL7 A;  1QAT A;  4U3C A;  4P8X A;  4K37 A;  1QAS A;  3BAY A;  4WCJ A;  1K8Y A;  3W74 A;  2C6Q A;  3PZG A;  3WUB A;  3U4F A;  3AJX A;  4V15 A;  4CEX C;  5BMW A;  1EP2 A;  1NM9 A;  4PA8 A;  4MM1 A;  3BAK A;  2P76 A;  4BF7 A;  1JZ2 A;  1BTM A;  2E4T A;  1XM3 A;  3NUR A;  3UCQ A;  4AZC B;  2ZDS A;  4FXJ A;  1E5J A;  1LRQ A;  1PII A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2CKRA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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