2CLHA

Tryptophan synthase in complex with (naphthalene-2'-sulfonyl)-2-amino- 1-ethylphosphate (f19)
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
267
structure length
258
Chain Sequence
MERYENLFAQLNDRREGAFVPFVTLGDPGIEQSLKIIDTLIDAGADALELGVPFSDPLADGPTIQNANLRAFAAGVTPAQCFEMLALIREKHPTIPIGLLMYANLVFNNGIDAFYARCEQVGVDSVLVADVPVEESAPFRQAALRHNIAPIFICPPNADDDLLRQVASYGRGYTYLLSRSGVTGHHLIEKLKEYHAAPALQGFGISSPEQVSAAVRAGAAGAISGSAIVKIIEKNLASPKQMLAELRSFVSAMKAASR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Synthesis and characterization of allosteric probes of substrate channeling in the tryptophan synthase bienzyme complex.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords Tryptophan synthase alpha chain
total genus 102
structure length 258
sequence length 267
ec nomenclature ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date 2006-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00290 Trp_syntA Tryptophan synthase alpha chain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2clhA00
4LVFA 1UJPA 1NF0A 4MZ8A 1P1XA 2C13A 3G8EA 3BG9A 2OT1A 4MIMA 2LLEA 4MVAA 3INPA 2JGYA 5HWJA 2C19A 4JEQA 4M5PA 5AHMA 1GVFA 3PAJA 1B4EA 4ZQRA 1EUAA 4DQWA 1O4UA 2NZLA 2VFHA 3PM6A 4OV9A 2QCDB 5LGXA 1LYXA 4GUHA 5EMUA 2OJPA 4R53A 3L5AA 3GR8A 4YWIA 1W37A 4PODA 1ZNNA 3IV3A 2ISSA 3PUOA 2WPBA 3LV6A 4JYFA 4OQVA 5BMXA 1G6CA 4QSHA 4HNVA 3LGEA 1OFEA 4AEOA 1I8JA 3K30A 3CHVA 4YLWA 4XBSA 4TX9A 3DFTA 2B7OA 3TX9A 3NPWA 3HG3A 4JDYA 4Q32A 4P2VA 3OA3A 1J5TA 3G1VA 4NJIA 3B0VC 2YFNA 5K4XA 3EWBX 3R13A 1YXDA 1Q3NA 3KHJA 1QPOA 2QUTA 1FCBA 3UPBA 4LRSA 1K3UA 3EXTA 3HOJA 2HS8A 1VCVA 3HG2A 5G2IA 2C18A 3SR7A 5G1YA 2C0AA 4BK9A 4BI7A 3B04A 3CPRA 4BR1A 1HUVA 2C6QA 2HS6A 1JQVA 3LHWA 4UMAA 5EA9A 3UWYA 5EYWA 2ZBTA 2VFEA 1OYBA 2VELA 3P81A 4A2SA 1ME8A 4RCXA 4AVFA 2YCEA 2EKCA 3IIZA 2FQIA 3T55A 4DPQA 4LU0A 1JUEA 3HF3A 3QZEA 1ICSA 3QSRA 3QF0A 3NAVA 1TPH1 4QNEA 3W3OA 1PCWA 3DFNA 3P5YA 1VLIA 4O0ZA 4OWGA 1MSSA 3W2KA 1LOLA 3WJYA 2WOQA 1H7WA 4NU7A 3USBA 1W5PA 3SFKA 3WFAA 3I68A 4CQ9A 3RMJA 2DZUA 5LSMA 3P8IA 4K36A 1ZAIA 3NEVA 3TE9A 4JDBA 1VYPX 4MY8A 4DEFA 5KSWA 1WAUA 3UWWA 3I7QA 3L65A 3LERA 3MP4A 3PB2A 1EEPA 3W2NA 2JKEA 3LBCA 1KFJA 3N9RA 3ATZA 2ZRYA 3BO9A 4WZHA 1IXPA 2FPYA 4ADTA 1L2UA 2QCFA 4TR9A 3EKZA 3MHUA 2FPVA 2J9XA 5F1UA 5HWNA 1ZCOA 4O8RA 3LM7A 1K7FA 3R2GA 1I2PA 5FEZA 5L9FA 1KLZA 1VYSX 3M1ZA 4PEKA 1V5XA 2H8ZA 2ZYFA 3AJXA 3CLMA 3PS7A 3CIXA 3B05A 3A5FA 2YXGA 4MKNA 1EWEA 4Z08A 4TMBA 2PRHA 1HO1A 2E1DA 5IBXA 1QOQA 3MMTA 2BSLA 4R34A 1GWJA 4JTFA 3C4UA 2DZTA 1YTDA 5AYYA 5LNRA 2GQ9A 3W73A 2CW6A 4PFMA 3FKRA 3WJWA 4HNUA 3EWYA 1QAPA 3O07A 2VENA 2QUVA 4AF0B 3C2FA 1IIHA 4O10A 3DFQA 3BW2A 3SIZA 3W7GA 3W7EA 1A53A 1G67A 3CT7A 4FXSA 2TYSA 2H3DA 4LS2A 3B06A 4E0CA 3QMSA 1OX4A 3S5YA 1OG0A 3LDVA 4NVTA 4ZMGA 1GVRA 3D0CA 1A50A 4M19A 2E6AA 2QCLA 3IVTA 4RLIA 2Y70A 3QPYA 4K6AA 4EOUA 1F76A 5FI8A 1H7RA 4MYAA 4Y6GA 4UMCA 1C8VA 3W2MA 4GNJA 2P10A 3JS3A 5F4WA 4ML9A 5HUOA 4LS0A 1DV7A 3A9IA 3IIXA 1ZFJA 1OFDA 2G5WA 4ZZ9A 2NWSA 4UR7A 2Y7GA 1F2JA 1XDMA 2X1RA 3L21A 4IWWA 4O1BA 3FEMA 2CLFA 8TIMA 1SZEA 3W7DA 4DELA 4O19A 3WK3A 3FS2A 5FEXA 1OK6A 4YCPA 3MI3A 1AW2A 1SW7A 1H1YA 4UIOA 3IGSA 1OF8A 3HGRA 4GC4A 3C2RA 2E5BA 3N19B 4NNBA 2RHGA 5D2VA 1TO3A 2J9ZA 4O11A 3P8JA 1TPDA 2X2GA 5LNVA 5EL1A 3L2IA 1R30A 4DXVA 3NG3A 4AHPA 4LY8A 3RNDA 3LI0A 3E12A 3W7NA 4FX7A 1DOSA 3EWUA 1P0NA 1VC4A 3LXCA 4RK8A 3IIOA 1YDOA 4YMZA 3C56A 1ALDA 3UWQA 1UUMA 3LCHA 4UFHA 1W8SA 3HGJA 1R2TA 4GRSA 5DCBA 3S42A 1H60A 2RDWA 3GVGA 3TQ0A 1DBTA 3M5VA 4GFSA 2FDSA 3MI6A 3CTLA 1FCUA 3IEBA 3HBLA 1KW1A 4GUJA 1F6PA 2YYTA 3I7SA 1OFQA 3B0PA 4QJ1A 2UV8G 3NQEA 3DFPA 3JRKA 3I6RA 1MXSA 3HO8A 3MYOA 5TQLA 1X1OA 1QPQA 3NQDA 2CWNA 2WNQA 4JTHA 3LTSA 1GPWA 1LROA 5HMSA 5HR7A 4GUFA 4UFMA 1XBVA 5C2XA 2X16A 1OK4A 1SO5A 1AL8A 3IRDA 1IIGA 5KINA 1X6UA 1SZGA 4PA8A 2V81A 2X1UA 2CLEA 5G2WA 4KKXA 1W5OA 4U28A 1LOQA 3ANYA 2IQTA 1JVNA 2QEZA 4PL2A 1G4EA 5L6UA 2FB2A 1VCGA 1IXNA 1Y0EA 1IF2A 1SO3A 3ZR4A 3BPWA 3OEXA 5AC7A 3W75A 3W7KA 5I3IA 1S5TA 2Z1BA 2ABBA 3KAOA 1MEWA 2A7RA 3LCIA 1PVNA 4N4PA 4XTDA 2V8ZA 3S5NA 1OFPA 1KM2A 3GAYA 3R8RA 2EAWA 6TIMA 3HIJA 4UTJA 3TIMA 3MW7A 3RU6A 1ML1A 1TRDA 4BWLC 1I2OA 5D2YA 1FBAA 2PC4A 2QAPA 1H7PA 4TIMA 5AYXA 2J6XA 1F73A 5DLCA 3HG4A 4I7WA 1O95A 2WSQA 4O13A 4DBEA 2I9EA 4UTTC 1ONRA 1AL7A 2FJKA 4W9TA 3W7LA 5EPDA 3W1NA 4GBUA 1FCQA 4PH6A 1CX9A 3P7YA 1BTMA 1B9BA 2DJXA 4O52A 4H3DA 2EGZA 5J5RA 1FWNA 1KV8A 1JRCA 4QM1A 4MY9A 3W7PA 4K7YA 4O50A 4FHAA 3RF9A 5D33A 2JKPA 3NQFA 2NX3A 4JX6A 2CU0A 3SJ3A 2PCQA 1GYNA 5BRBA 1B4KA 4D2JA 5F4SA 5C54A 2YX0A 1RV8A 4BI5A 2NXHA 4FX8A 3AO0A 1KFLA 4S2CA 5CKSA 1G4PA 1H61A 3QW4B 1H50A 2A6NA 2XFWA 4IOTA 3GXTA 1ME9A 2TPSA 3OG3A 4BFAA 3W7HA 1IXOA 4YCOA 1VPXA 1RQEA 2ZA3A 4ZVJA 4WOQA 3KOFA 2J27A 2ZZ2A 3W7JA 3SGZA 4PCFA 2E68A 2ZRUA 2BX7A 4HT3A 3EWZA 1LLWA 1A5SA 1GZGA 2WNNA 4XTIA 1WBHA 1RQBA 4CCEA 1GVOA 2ZZ4A 4I7VA 2YYUA 3TXVA 2GPTA 4MYXA 7TIMA 1T0OA 4NZJA 1DKWA 2C14A 1OX5A 4MFDA 2V0TA 1RVGA 5AOUA 1G4SA 2V5BA 1EP3A 4M6PA 5CZTA 2Q8LA 1KA9F 4N9EA 5AHLA 4H6KA 5D2WA 4UNKA 3YPIA 3DBPA 3UYCA 1AMKA 2V2CA 4O1DA 4EVZA 3NVTA 4LWWA 3W1AA 1YDNA 2JGQA 2VFIA 4M6VA 1I45A 3PY2A 4AWTA 3UWUA 1TPUA 2QCGA 1EP1A 4GUIA 5D04C 1PE1A 4AHOA 2H3BA 4Z0SA 3KRZA 3GNDA 3LHTA 1D9EA 3FJLA 3W2LA 5LNUA 3C3NA 4CQ8A 4FNQA 1DL3A 1GEQA 3OIXA 4DBDA 4FNTA 1J2WA 4UTHA 3QPZA 5G2HA 1JJKA 1NSJA 2GVGA 3M7WA 4S2BA 2G96A 4YXGA 1W1ZA 4K7VA 2Z0IA 4Z1CA 5KZEA 1PL9A 2XN0A 2ZZ7A 3S1UA 3W1UA 1YXCA 1FY6A 5AN7A 2VKZG 4ZQPA 1I2NA 3NQCA 3W85A 4FNRA 2CLHA 2ZRVA 3DU0A 1KBIA 1WQ5A 3P61A 1JUBA 1L6YA 3O6DA 3PUDA 5LZLA 3KFTA 3FIGA 1M6JA 4KFNA 1YTEA 4WQ6A 1N7KA 2G95A 4M7TA 1XL9A 2ZZ3A 1TTPA 4UTWA 1VGAA 1FQ0A 3CU2A 3W9ZA 4MUZA 1QR7A 1WBJA 2A1YA 2XN2A 5EY5A 3DI0A 4N9CA 4XKYA 1FXQA 3BARA 3M5YA 3ABSA 5FESA 5MHBA 3QM3A 3M44A 4HHPA 5LNSA 3UQNA 3A5VA 3TUUA 4OHQA 1TMHA 4AAJA 2YZRA 1RZMA 3P74A 2B0MA 2VFGA 4FXRA 5ABTA 2QUUA 1JCLA 1YPFA 3PULA 3PSWA 4J9JA 2E5CA 4JX5A 4UMBA 4N6EA 3RK8A 1CW2A 3LXBA 1I4NA 3S8HA 3O06A 4C1KA 1SW3A 4IMEA 1E51A 5F4XA 3CWNA 4JICA 4Z1BA 1K8ZA 3E02A 1G4TA 2QAFA 1DJNA 1OF6A 1W54A 4UTTA 4YL2A 3DHFA 4C1LA 5DCEA 3O8AA 1KFCA 1TQXA 2B7PA 3HPXA 3P60A 4UTIA 2WV8A 3NOEA 3RFAA 3G1SA 2G97A 3GZ3A 3QEZA 5G5IA 5I3GA 4O54A 4UFJA 1W5MA 1VH7A 4E2BA 1QO2A 3CEUA 2J88A 2VXNA 4DF2A 4A22A 3W1XA 3LBMA 3CQ0A 2F7FA 4R7JA 4Y9AA 2NWRA 3N2MA 4IJBA 2A4AA 4FB7A 4NJGA 3W1QA 3O6YX 2H8XA 3PBUA 1W5QA 3HGSA 4DF0A 3TAKA 4IUOA 3W72A 4UR8A 4Q4KA 3RLUA 2GOUA 3TK7A 2J9YA 4AHQA 1LTDA 1TJPA 5D2TA 4GWEA 3FOKA 5TIMA 3NM3A 4K8HA 1TB3A 3W7OA 3TQKA 2CLMA 4LUJA 3B0UX 3PBWA 3THAA 1PS9A 2WJZA 4IPJA 1SZFA 2OCZA 3GYEA 3WK1A 4JGDA 4RZ5A 4Z0JA 5E0KA 4AWSA 1FUYA 3UWVA 3EWXA 1YDVA 1FWTA 5KZDA 2YSWA 3G22A 3C2OA 3W7QA 4JXCA 4TU1A 1M5WA 3I7RA 2E09A 5TBOA 3GKAA 3W1PA 4MPQA 3SI9A 1HG3A 3A22A 1GTHA 4IPIA 3T44A 4FO4A 3Q37A 2A7PA 3LX9A 3DKLA 2DZWA 3BV4A 1Z41A 1AW5A 1R2SA 3WK2A 2FPTA 4QISA 5F1VA 3L68A 2ZA2A 1H62A 3IIPA 1ME7A 3F4WA 1Q6LA 1UB3A 1R47A 2PE4A 5G4WA 3CEPA 4R33A 2DJLA 1SU5A 4WXZA 1Q6QA 2ZTJA 1FDZA 4KFPA 5K2ZA 1SUXA 4CQAA 1MEHA 2Z6JA 2C16A 2NXGA 2E6DA 3ABQA 2O7SA 1I2RA 2ABAA 3Q94A 1JCXA 5I3FA 4RKAA 4MLRA 2B4GA 2A21A 4N02A 4PC8A 2QCDA 1X7FA 2Y63A 1L9WA 3B4UA 4X9SA 2Y88A 2Q3OA 5FF3A 3UPWA 1MEIA 3A24A 3LCXA 2ATMA 2Y6ZA 2R91A 1FWSA 3VFLA 2TSYA 1RPXA 1VLWA 5CZ0A 5CSRA 4NXKA 2EHHA 4M7SA 2ZTKA 5K7JA 4LOCA 3SW6A 1PIIA 3DGRA 4AXKA 2VEPA 4WXYA 1FDYA 3IGUA 3CWOX 5D2XA 1TIMA 4NX5A 1YADA 2FB3A 1FCVA 1ZAHA 1ADOA 1KM0A 3DFSA 4IMCA 5CPMA 3UD6A 1W56A 3NM1A 3S9YA 1G69A 3KX6A 3QC3A 2FTPA 2DZXA 1WX0A 3NA8A 3M5ZA 1FWRA 1EIXA 3BLIA 3TSBA 5KITA 3BW3A 3W1RA 1U83A 3OVPA 3W87A 2ZDRA 1SO6A 3W7MA 5DXYA 1LZOA 3BGGA 4LNYA 5A8GA 1QFEA 2QJHA 3LRMA 3VE9A 2W0UA 3FYOA 1OFBA 3R5EA 1GJPA 4DPPA 5GVJA 5K9DA 4EF9A 1N8FA 3P84A 2ZA1A 3C0JA 3GB6A 1W31A 2YR1A 3W22A 4DO5A 3UY8A 4WJEA 4JX4A 1C9DA 1GT8A 3HQ1A 4K37A 1TQJA 3VCRA 1TPC1 4LVBA 3LCFA 5KZMA 3C8FA 1F6KA 2FLIA 2QJIA 1S5WA 1RR2A 1NVMA 1SFJA 4KWWA 4LV9A 5BMWA 3G1AA 1XI3A 2Q8ZA 1W3IA 3EX2A 3IIVA 4ONVA 4L4MA 4JTTA 2ZRXA 2C3ZA 1NFBA 1T8XA 1MZHA 5C55A 1TV7A 3GXNA 2DZVA 1KBJA 3W84A 5DBTA 2AAMA 4MJZA 5AYZA 4EWND 3L0GA 1QPNA 3C61A 1X8FA 3W2JA 3MHGA 1EP2A 2X30A 2CZDA 1EB3A 3NQAA 3STEA 3ZWTA 2CZ5A 3TKFA 1XKYA 4RV8A 5I3KA 3HGOA 3E9AA 2VFFA 2A85A 3R89A 1H63A 3LV5A 2QKFA 1XXXA 3W23A 3QYQA 1Q6RA 4UNLA 3JR2A 2WQPA 3PBVA 5AHEA 1O60A 4O4VA 3G1DA 1O5XA 5LHFA 3TSMA 3HPZA 4JN6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4LVF A;  1VFT A;  1FRB A;  3PJT A;  3H2C A;  4YN5 A;  1WNO A;  2JGY A;  4JEQ A;  2VDG A;  4C6C A;  4RPP A;  3PAJ A;  1DYS A;  1EUA A;  3Q67 A;  3BOF A;  4W85 A;  1ZJH A;  3GXI A;  1IEI A;  1S1R A;  4MB5 A;  3NSX A;  2OU4 A;  3QY6 A;  4H00 A;  2QUL A;  5LXX A;  3A64 A;  2ISS A;  2W91 A;  3S6O A;  1ZRQ A;  3LV6 A;  3MKK A;  1G6C A;  2PDI A;  4HNL A;  3FXY A;  3LGE A;  3L4Y A;  1QI4 A;  1CNV A;  3KOW A;  4YLW A;  1EZ2 A;  4WDU A;  2GGJ A;  3HG3 A;  4JDY A;  4HMD A;  3OA3 A;  3PUG A;  3RME A;  4NJI A;  4XIA A;  1O68 A;  2PFH A;  1GOR A;  5BRO A;  1JDD A;  4PCP A;  1Q3N A;  2YCL B;  2W67 A;  4R5E A;  3OPS A;  2WM1 A;  3GG7 A;  5CPQ A;  4ICC X;  1WKE A;  3GR4 A;  4I5X A;  3VNI A;  1K3U A;  3HOJ A;  2HS8 A;  3MMD A;  3HG2 A;  1GON A;  4BI7 A;  4BR1 A;  2C6Q A;  2GK1 B;  5EA9 A;  3N1A A;  3E3H A;  1YQ2 A;  4INF A;  1EJR C;  2DW7 A;  2HPI A;  4CD8 A;  2FQI A;  1Q65 A;  1ICS A;  1SM9 A;  5AC4 A;  2WC3 A;  3NAV A;  4L6D A;  1ZBC A;  1AJ0 A;  3W3O A;  1G0C A;  3UWE A;  1E5J A;  2C1I A;  4O0Z A;  2CKS A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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