2CLKA

Tryptophan synthase in complex with d-glyceraldehyde 3-phosphate (g3p)
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
267
structure length
267
Chain Sequence
MERYENLFAQLNDRREGAFVPFVTLGDPGIEQSLKIIDTLIDAGADALELGVPFSDPLADGPTIQNANLRAFAAGVTPAQCFEMLAIIREKHPTIPIGLLMYANLVFNNGIDAFYARCEQVGVDSVLVADVPVEESAPFRQAALRHNIAPIFICPPNADDDLLRQVASYGRGYTYLLSRSGVTGAENRGALPLHHLIEKLKEYHAAPALQGFGISSPEQVSAAVRAGAAGAISGSAIVKIIEKNLASPKQMLAELRSFVSAMKAASR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Synthesis and Characterization of Allosteric Probes of Substrate Channeling in the Tryptophan Synthase Bienzyme Complex.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords TRYPTOPHAN SYNTHASE ALPHA CHAIN
total genus 101
structure length 267
sequence length 267
ec nomenclature ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date 2006-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00290 Trp_syntA Tryptophan synthase alpha chain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2clkA00
3DFSA 3M47A 3STEA 4O28A 4WY0B 2JGQA 1S3HA 4XTIA 4LS2A 4LOCA 5FEXA 2NX3A 4JN6A 4CCCA 3W76A 3CWOX 5AB3A 1TTIA 1XXXA 4UTHA 4NJHA 4NX0A 4DO6A 1DV7A 3HPXA 4O8RA 2DZSA 1FBAA 3N9SA 3GNDA 1V5XA 3L68A 3W2KA 4NNAA 2XN1A 4K6AA 4HT3A 1J5TA 2X30A 1QOQA 2ZA3A 5F2LA 1BEUA 3TNOA 1H7NA 1ZENA 2NUYA 1KM2A 4JTUA 5E0KA 1LRQA 4M5PA 3TW7A 3W7DA 2DZWA 1PV8A 1JR1A 5ABTA 1FDJA 1PL9A 3HGOA 3TU9A 1KM4A 1T96A 3G3MA 2R91A 1BWLA 4FX6M 4HNUA 3I68A 1UBSA 5H2ZA 4XKYA 3FFSA 1FCVA 3GB6A 3GDMA 4O1DA 1SW0A 1JQXA 1O95A 4S2BA 4K36A 1O60A 1H50A 5D2XA 3W84A 3TFCA 1KV5A 5HUPA 3EWZA 4Z0SA 3W1XA 3G0UA 4MVAA 1O5KA 2OZ0A 3C4UA 4JTEA 4CQ8A 3HGJA 3F4WA 3WK0A 3O1NA 3GKFA 1WOBA 3BW4A 3EWWA 3NQ7A 3QW3A 1CI1A 3HOJA 1I2RA 1OG0A 2NUXA 3PF3A 1VYSX 3R12A 2FTPA 5EL1A 1KBJA 2A6LA 1XBZA 3T7VA 2QF7A 3TKFA 3B4UA 1TRIA 2J6XA 1VQTA 3VKJA 2VKZG 2GQ8A 3DFPA 3TUUA 2NZLA 3LXAA 5C6MA 1SO6A 4UTJA 2P10A 1FXPA 4PA8A 3P8JA 1S5TA 5CGQA 2A7RA 2G5WA 3EX1A 3IRDA 1B4EA 5TBOA 5C2XA 1H7WA 3M5VA 4Y8FA 3TV8A 4MYAA 3BG3A 1GG0A 3H53A 2QCEA 4O0ZA 2CLKA 1P5BA 3UY7A 1W31A 2R14A 4MFDA 3LCWA 2E5CA 4MY8A 4ORMA 1F7BA 3TXVA 3PULA 5LNRA 2QR6A 1EUNA 1GVQA 2VEPA 1OX5A 2GVLA 3IEBA 3CPRA 3C8FA 3HG2A 3W1TA 4E2BA 1JUBA 4H4IA 3P8IA 3W6YA 3S42A 4UR8A 3MP5A 1H60A 5G2WA 3SR7A 3N3MA 3VNDA 4FX8A 2RKXA 3M43A 1GYLA 3SSJA 5AYYA 3JR2A 1DQXA 1TPH1 1Z44A 3BW3A 2HS6A 3CIXA 1KTNA 2DZPA 2QDHA 1EB3A 1T0OA 3E96A 3LHVA 3LXBA 3LOTA 4K8HA 3CT7A 1HG3A 2J88A 4A2SA 4N6EA 1TQJA 3GYEA 1UUMA 3LV5A 3TE9A 5BOOA 2J9XA 3F1QA 1IGSA 1EIXA 1LROA 5MHBA 1QPRA 1VYPX 1SUXA 3QZEA 1XC4A 1B4KA 1SW7A 1GYNA 1GTEA 1GVOA 4JTIA 4A2RA 4ZMGA 1VC4A 5AC7A 1H1ZA 4R53A 3LBCA 3MBDA 3CB8A 4JR5A 3NPWA 4D2JA 3RF9A 5HNRA 1SO3A 3BW2A 3I7RA 2ZDRA 4UFHA 3ZWSA 2Y6ZA 3T44A 3CU2A 1R30A 3W1RA 1OK6A 3W9ZA 4O15A 1QFEA 3AJXA 3CHVA 3W2MA 2QJIA 1FWRA 4O11A 5FESA 5LHEA 3QRHA 2E68A 3W85A 4I7UA 3OEXA 5AYXA 2ZRZA 2E5BA 3BARA 4FX7A 3CIWA 3W7HA 1XM3A 3PC0A 1KFLA 2O7QA 4PL1A 1Y0EA 2RHGA 5K4XA 2DORA 2GQ9A 4XUGA 3LTSA 3W73A 3S0CA 2VXNA 1WQ5A 3VI2A 4K7VA 4JY8A 3BPWA 5CKSA 1M7OA 5EMUA 3LERA 2BWGA 1AK5A 1HUVA 5KZEA 2B7PA 3R2GA 4ORIA 5KMYA 5D32A 3PBWA 1RD5A 4M19A 3CQ0A 3FKKA 1KM3A 1XBYA 3NQCA 2FB3A 3G1YA 1KFCA 2QCGA 2YFNA 1YLVA 1QO2A 4OHQA 3W70A 4JICA 4JTFA 1KFKA 1KM5A 4WXZA 3MYOA 4N9DA 3WK3A 1K8XA 3TR2A 4S2CA 1D9EA 2Y7FA 3HPZA 2H3BA 3R89A 4TMBA 4CNNA 1H61A 3I6RA 4Y6GA 3DFQA 2ZZ7A 3T55A 2WSYA 1KV8A 4O50A 4DQWA 1R46A 4QAIA 3EXTA 2AQWA 2B7OA 3LDVA 1DJQA 4S1FA 2BSLA 1QR7A 4NJJA 2WNQA 3W1UA 4KKXA 1FY6A 3L2IA 1LDCA 2E6YA 1OFPA 3KAOA 4GXMA 3L5LA 4YXGA 3P60A 1I2QA 3L0NA 3SGUA 4I9AA 1DL3A 2EKCA 1YADA 5AHLA 2PRLA 2Y88A 1LBMA 4ICNA 3STCA 4ZQNA 4RZ6A 4Q33A 3W7LA 3FYPA 4HNVA 1U83A 3W7NA 4RK8A 2Y7DA 3LI0A 3W07A 2C13A 2BZNA 3CTLA 5BNKA 3GR7A 4YCPA 1O5XA 1K3UA 1THFD 3OG3A 4FNTA 4TU1A 4ZQPA 2CLEA 4K39A 2Q8LA 3UPWA 3H55A 2NV2A 1XDLA 1HO4A 3VE9A 5I3JA 4NNBA 1UB3A 1EUAA 3D0CA 4K38A 1LORA 3QQ1A 3CLMA 2H90A 3P84A 1LYXA 2WJZA 3DKLA 4TR9A 5CPNA 4DPQA 2W0UA 1AL7A 4N6FA 2GVJA 5EPDA 1X1OA 2ABAA 4XBSA 5I3IA 2JBMA 3G1DA 3HJZA 1SO4A 2V2CA 1TCDA 1QOPA 3M0ZA 1IF2A 4Y90A 1JULA 4QIUA 1PHWA 1UJPA 2Z2UA 3GXTA 4N02A 3QSRA 5KINA 3AO0A 4CQ9A 3M5ZA 4WXYA 5BW6A 4Z08A 1WDWA 4CNPA 1H7RA 4KFOA 2C14A 3TJLA 5KTLA 3NQVA 4O13A 1NVMA 4E2DA 4LU0A 2PRHA 1TQXA 4R7JA 2C16A 3GDKA 2TYSA 3K30A 1WAUA 2PURA 2G95A 4YMZA 4EVZA 1TV5A 1G67A 2RFGA 4N9EA 3SIZA 3SZ8A 3BLEA 3C3NA 4WY0F 1I4NA 1TREA 4JGDA 1LLZA 1SSGA 1LLWA 3BO9A 3G3DA 2ZA1A 1PHQA 3BVJA 2A4AA 4O53A 4XTDA 4LS1A 4JX4A 4O1CA 1W3IA 4MY9A 2NWSA 2H3DA 2WKJA 3KVKA 1SPQA 4PC8A 5K9DA 5FF7A 3DHDA 4BR1A 4MLRA 4JXCA 5F1UA 1FUYA 4LVGA 4UTTC 2Y85A 2YYTA 2WO5A 4UXDA 3P7YA 3DI0A 2HS8A 3CWNA 5CPLA 3W2UA 1WBHA 4OBTA 1W5PA 4UFIA 3TK7A 3N2XA 1GZGA 3B06A 1VGAA 5LHFA 3W22A 1L9WA 2QCDB 4KWWA 4LUJA 2C19A 3LM7A 4NT0A 1F5ZA 4Y9AA 2TMDA 2XFWA 3IIXA 2PE4A 3DHFA 3W7RA 1TB3A 3PG8A 3IIPA 3TAOA 1XBXA 3W7GA 1JQVA 1YDVA 1ZALA 4N2YA 2QEZA 2VFHA 4FNUA 1XDMA 3A21A 3WJSA 3USBA 3GXNA 3NZ1A 3QW4B 1I2PA 1KLYA 4AF0B 5CPMA 1ZAIA 3ZWTA 1NAL1 4WZHA 1QAPA 5HMSA 1AW2A 2VFIA 3W7PA 1AG1O 3W71A 2OT1A 3OVPA 4HKPA 4DEFA 1VR6A 3B0PA 3M5YA 5DBUA 3BG5A 2ATSA 1M5WA 3LCHA 4LV9A 4NU7A 4WD0A 1SSDA 1P0KA 1JCNA 3IIVA 5D04C 4ADTA 1YXDA 1K03A 1MO0A 3NPXA 1LOQA 2ZZ2A 1F73A 1XKYA 2WQPA 1QPQA 3HO8A 3WJZA 3A22A 2V0TA 2YGYA 3OBKA 3O8AA 1KW1A 5F2GA 3LCXA 4JTLA 4QM1A 1TV7A 4FIQA 1DORA 4UFJA 2H8ZA 3HGRA 5J5RA 1FDZA 3TC6A 4XQ6A 1NSJA 3TAKA 2X1RA 5AHFA 3NYZA 2ABBA 4BWLA 2ZA2A 3YPIA 3NQFA 3EKLA 3QYQA 3HG5A 1FWWA 3MBFA 5DELA 2QDGA 1F76A 5G2IA 4O54A 1Q6LA 1LTDA 2V5LA 4QITA 1QO5A 3UNDA 2V2DA 2GPTA 4PCFA 2NLIA 1G6CA 1EEPA 3NM1A 4DBDA 1OX4A 4JEQA 1K7XA 4IMDA 2ZZ1A 4JTSA 2GQAA 2B7QA 1IXQA 3TMQA 4TMCA 2YR1A 5GVJA 4IPIA 5K2ZA 3BK0A 4O1BA 1ZCOA 1K7EA 1J2WA 5EBUA 3QFEA 5DY2A 1H7OA 2A5HA 4O14A 4U28A 3W7IA 4A22A 3LX9A 2D73A 2CLHA 3VE7A 3PUDA 1IXNA 3C61A 2FPVA 3NO5A 2V30A 2X16A 4ONVA 3QSTA 1GWJA 4JTGA 2Y63A 1L6SA 2W6RA 3PB2A 4OE7A 1LM1A 3A23A 5DCBA 3QEZA 4NNCA 1X1ZA 1L2UA 4AHQA 3L65A 5F4SA 1FCQA 3A5FA 3QMSA 4AWTA 1LOLA 3LGEA 4GE8A 1YYAA 5KITA 3UWYA 2FFCA 1TTJA 3GVGA 1AMKA 1TTQA 1OYBA 2J9YA 2VOMA 2X1SA 4RXGA 2GJNA 5DXYA 3PBYA 1V7YA 3W7KA 1Z48A 4AH7A 3ZR4A 3N34A 5A8GA 1Z41A 2A7NA 3ANYA 4IMCA 5U7SA 3E0IA 1JCLA 4GJ1A 4MIMA 1VLIA 5LNWA 3LHTA 3C2RA 2Q8ZA 3NEVA 3WJYA 1NEYA 2ISWA 5LNVA 1TPB1 3DENA 4GBUA 3QQ0A 2DZTA 3MHFA 3M5XA 3LHUA 3NOEA 3W23A 4JTTA 3LV6A 4IPJA 3HBLA 4A3UA 1QDSA 3S9YA 3L5MA 2XN0A 1FWNA 2GUUA 3WK1A 3NQ6A 4GFSA 1KM6A 1KTCA 1OFQA 4KFNA 5D03A 1RQBA 4IMFA 1VCVA 4MZYA 3GKAA 5LKYA 1JJKA 1N7KA 4AXKA 5I3HA 1JRBA 3M7WA 3G1SA 4UC5A 2E6DA 3C2EA 4WJEA 4UTUA 1H7XA 1IXOA 5E93A 3FEMA 3M44A 1GOXA 3F03K 4LRTA 1L6WA 4PL2A 1WBJA 2ZRVA 1TPEA 1N8FA 3G1HA 2Z0IA 4MLJA 5L6UA 4NJGA 4QNEA 1I2OA 1W8SA 3ABOA 3GXPA 4ZVJA 4NVTA 4JD4A 1YXCA 4IXXA 1TPDA 2RDTA 3G1FA 4B5NA 1IXPA 1I8JA 1LP6A 2Z6IA 4X3ZA 2WSRA 2NXIA 2HTMA 4OV9A 5HR6A 2WNNA 3QJAA 3DH7A 2Z1BA 3MW7A 3QF0A 3R13A 4LC6A 1CX9A 2TSYA 3Q2DA 3IGSA 3OVRA 2DJLA 2C18A 4DPPA 1SZEA 3EX6A 4MJMA 4YLWA 3T4CA 1GEQA 2CZFA 4YCOA 4NUWA 4OGZA 5DCDA 2YCEA 4IMGA 1W0MA 2NWRA 2V82A 3NGJA 1VYRA 2CLOA 3FOKA 1YDNA 3TMLA 4XWUA 5D33A 1G69A 1TO3A 2JKPA 3GDLA 3G1VA 2ZZ6A 2KZHA 2WV8A 2VFEA 2PRMA 5FEPA 1K7FA 1G4PA 4IMEA 5DXXA 2HSAA 3S1WA 5C55A 3MI6A 3GDRA 4PH6A 2LLEA 4BFAA 3W3OA 2OT0A 2VFDA 5L9FA 3TSDA 4I7WA 1C29A 3C2OA 4NQ1A 4M7TA 1ML1A 4HN4A 1ZFJA 4ZZ9A 3BGGA 1D3GA 1FDYA 1GG1A 1C9DA 3FJ6A 4OU1A 1W1ZA 1X6UA 1OYCA 4OQVA 1OFOA 1FWSA 2AAMA 1Q45A 1WOAA 2R94A 3W7OA 2YX0A 5CG7A 3O6CA 3KRSA 3DXIA 2DZUA 3GIYA 1G4EA 3I7QA 4EF8A 4P2VA 1G7VA 4FXSA 4RX0A 3EWXA 4M6VA 1C8VA 1VCFA 4ADUA 3EKZA 1TIMA 5AN7A 4LW7A 3F4NA 3C0JA 1H51A 1ICPA 4JYFA 4A29A 3TSMA 1EA0A 1GT8A 2YYUA 4GUIA 1SZGA 1R47A 1R2RA 4QNWA 3RK8A 1MZHA 3DKJA 6TIMA 1MEIA 1OFDA 1H63A 4O19A 5D09A 5I3KA 3IIOA 3G22A 4JYEA 5HWNA 3PWAA 3SI9A 3A5VA 2NXGA 4GUGA 1WYIA 3THAA 3O6YX 2CLFA 1YTKA 2QCDA 4UMCA 5J5DA 2QUVA 3LTPA 5F2MA 3L5AA 1H62A 2NUWA 2A0NA 4H6KA 1YPFA 3P5YA 3MUXA 4I7VA 4N4PA 4QISA 3TA6A 4RXFA 1ME7A 1K8ZA 3W2NA 3UPBA 3E02A 3JS3A 2FQIA 4GUJA 1QWGA 4DO5A 2NX1A 4AF0A 4OV4A 3QPZA 4TO8A 2G96A 1LRNA 1OJXA 3INPA 4JTKA 1DVJA 3NL6A 4NJKA 1Q6RA 4O17A 3TXZA 5KZMA 1OFAA 2CFFA 4LTSA 3M9YA 4MOZA 2I14A 1B3OA 3HG3A 1ZAHA 3DFNA 3PSWA 1OX6A 4MZ1A 3E12A 4Y96A 5EY5A 4LNYA 2DZXA 5FEZA 3IIZA 4O57A 2B0MA 3FIGA 3UZ5A 2EHHA 5IM51 1F6PA 3CC1A 2Q3RA 4WY0A 3TQ0A 3C6CA 5K4ZA 1VLWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3DFS A;  3STE A;  1UD6 A;  4IPP A;  1BGG A;  5FEX A;  2NX3 A;  4CCC A;  3CWO X;  2J74 A;  1RHC A;  3PTD A;  5AB3 A;  2PU0 A;  3RIK A;  1TTI A;  4UTH A;  1GOI A;  4MSS A;  3AZS A;  4O8R A;  2DZS A;  3EPO A;  1XLM A;  4IIS A;  3L68 A;  3DG6 A;  3W2K A;  3WUF A;  3GW0 A;  5LIW X;  3TEV A;  3S9Z A;  1T8Q A;  1J5T A;  3GSM A;  1BEU A;  3S9I A;  4DUV A;  5E0K A;  4WVX A;  1LRQ A;  1UD8 A;  4IF2 A;  1ITC A;  3W7D A;  2DZW A;  4K8G A;  1PV8 A;  4FPS A;  1FDJ A;  4C60 A;  1WB0 A;  1T96 A;  3VD9 A;  2R91 A;  4FX6 M;  1UBS A;  3FFS A;  1UD2 A;  1UR4 A;  4C6E A;  2XFY A;  3G2G A;  1Z69 A;  3URN A;  4JCM A;  2VC7 A;  2DDX A;  1Q2S A;  3OLD A;  4XD4 A;  2IKI A;  3W84 A;  4Q8U A;  5HUP A;  2R6O A;  4JTE A;  2W62 A;  3DOP A;  3HQO A;  1L8P A;  3HGJ A;  3DN5 A;  4HU3 A;  3CMG A;  1GW9 A;  4IQJ A;  3M0X A;  3QW3 A;  1OG0 A;  3PF3 A;  2C0H A;  2X0S A;  1C90 A;  5GNX A;  3F2D A;  2A6L A;  1PKM A;  3TKF A;  3VDB A;  4DIA A;  2GQ8 A;  1ISW A;  3U9I A;  1UH4 A;  5C9R A;  1LUC A;  1IQ8 A;  3F4V A;  4B5T A;  3EX1 A; 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