2CLOA

Tryptophan synthase (external aldimine state) in complex with (naphthalene-2'-sulfonyl)-2-amino-1-ethylphosphate (f19)
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
266
structure length
257
Chain Sequence
ERYENLFAQLNDRREGAFVPFVTLGDPGIEQSLKIIDTLIDAGADALELGVPFSDPLADGPTIQNANLRAFAAGVTPAQCFEMLALIREKHPTIPIGLLMYANLVFNNGIDAFYARCEQVGVDSVLVADVPVEESAPFRQAALRHNIAPIFICPPNADDDLLRQVASYGRGYTYLLSRSGVTGHHLIEKLKEYHAAPALQGFGISSPEQVSAAVRAGAAGAISGSAIVKIIEKNLASPKQMLAELRSFVSAMKAASR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Allosteric Regulation of Substrate Channeling in Tryptophan Synthase: Modulation of the L-Serine Reaction in Stage I of the Beta-Reaction by Alpha-Site Ligands.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords TRYPTOPHAN SYNTHASE ALPHA CHAIN
total genus 102
structure length 257
sequence length 266
ec nomenclature ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date 2006-04-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00290 Trp_syntA Tryptophan synthase alpha chain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2cloA00
1R2SA 3FFSA 5AHIA 2O7QA 4EVZA 3UWQA 1EP3A 1KA9F 4FXSA 3C0JA 4JTIA 1OFDA 2JGQA 2VXNA 1QCWA 2GVGA 1I45A 3W7NA 3P61A 2Q3RA 4M6PA 3ELFA 3W1XA 1JCJA 4U4MA 2DZVA 4JN6A 3E49A 3VE7A 1KBJA 5I3JA 2BWGA 3GKAA 3NPXA 2J9ZA 3GK0A 1GWJA 4ZQNA 1M5WA 3N2MA 4OV9A 5G2HA 1VH7A 3CM4A 3HJZA 5ABTA 3MBFA 3QSRA 3THQA 3W71A 2NV2A 2TYSA 3THAA 4UTWC 1K03A 2DZUA 1RQBA 3QMSA 5L6UA 1TPH1 4FNTA 1VLWA 5EY5A 2H8ZA 3DFNA 2C0AA 3WJSA 3TKFA 5HUOA 3VNDA 3HG5A 1SW7A 3QMTA 1ZY9A 5T26A 3GDKA 4LVBA 1VJIA 1WYIA 4B5NA 3NYZA 4TU1A 2WO5A 1A50A 2QAPA 3LERA 1J4EA 1FXPA 2ZBTA 1FCUA 2ISVA 3L67A 2BSLA 3KRSA 3EX1A 1NF0A 4FNRA 3TNOA 4YMZA 1K8ZA 4ONVA 1LLWA 3QRHA 3RFAA 3GZ3A 3NPVA 4NNBA 2QUTA 3C52A 3FS2A 3O63A 4S1FA 1KW1A 3WK3A 3L5LA 1QO5A 2ZZ4A 4AB4A 3VKJA 2GJLA 1H7PA 1K8YA 3AJXA 4RZ5A 3WJXA 1QR7A 1W56A 1HO4A 3WJYA 1TMHA 1TRIA 2QCMA 1IGSA 2NXHA 3RU6A 4DXVA 1GVQA 2NWRA 5CPLA 4OBTA 3G0UA 1LTDA 3W2KA 1DJQA 2ZDRA 4WY0F 3GYEA 5F1UA 2ZA1A 4AVFA 1AG1O 3C6CA 1E51A 3L68A 3CLMA 2VFIA 5BMWA 2ZCGA 3NQDA 3FEMA 4AHOA 4TX9A 1GPWA 2YW3A 3VE9A 1TPEA 2V5BA 1VPXA 3FLUA 5HR7A 3DFTA 3W1QA 1DVJA 4TIMA 1X8FA 3LCXA 3A21A 1D3HA 2DZTA 2NWSA 2EHHA 1UASA 5C6MA 3CIWA 3MI6A 1WA3A 3TC6A 1XDMA 4R53A 4LVDA 1BEUA 3OVRA 1IIGA 4N6FA 1GTHA 3KHJA 1LM1A 2E6YA 3KRZA 5H91A 4MVAA 1H7XA 3IIZA 3GXTA 1XUUA 3VCRA 2PRMA 5AC8A 2XN0A 4TO8A 2E6AA 4OU1A 1VYSX 5KZEA 2YCEA 3HGJA 1R47A 1MXSA 3HG4A 1OX6A 4OT7A 3BPWA 1W8SA 3C4UA 4GJ1A 3NQVA 4NNAA 4Z0SA 4YCOA 2NXGA 1JJKA 2Q8LA 4IPIA 3LI0A 4PA8A 3DKJA 1SQ7A 3P8JA 5FEPA 6ALDA 1JCYA 2R91A 3PB2A 1OF6A 1TV5A 3O6DA 3E12A 5HQEA 5D09A 2QCDB 4DELA 1TTIA 5HINA 1ME9A 4D2JA 2OT1A 1EIXA 4NXKA 4BI7A 3GB6A 5TBOA 5GVJA 1MEIA 1SR9A 3TK7A 5SWUA 5DN1A 5HR6A 1A5AA 1O60A 5EYWA 1CW2A 4JIQA 3W2NA 5F2GA 1IF2A 2WJZA 2JKEA 3F1QA 2ZYFA 4O14A 3UD6A 2CLHA 4DO4A 1YLVA 3PS7A 5DY2A 3M5YA 3GKFA 1DHPA 4WOZA 3TXVA 4JTJA 3DXIA 2NV1A 3W6YA 3NL5A 4MFDA 4UIOA 4OE7A 2GQAA 4MJZA 1X1OA 2QCHA 3IEBA 2QCCA 2QAFA 4M19A 4ZZ9A 2A5HA 2KZHA 3G22A 1I8JA 1RQHA 4A29A 1AW2A 3RMJA 1TV8A 5LNWA 4UMCA 2NX9A 3BW3A 5LNVA 2A7RA 3LTSA 2J9XA 2FB3A 2PRHA 3NQEA 3CEPA 5K4XA 2PRLA 3BW2A 3L65A 3PG9A 4RCXA 4WUIA 3M47A 3NQ2A 1W3TA 1O5XA 4FF7A 5G4WA 3TQVA 1H7OA 2ZZ3A 3IV3A 1M7PA 4UXDA 1KM2A 3G0XA 3M1ZA 5FI8A 1LOQA 1LORA 1DV7A 3EXTA 4JTKA 4IMFA 3ABRA 3W72A 5CZ0A 2EAWA 1Q6LA 4OWGA 4EOUA 4LV9A 1KM3A 3ABQA 2HS6A 1PCKA 1IXPA 4O18A 3L21A 1GVRA 4RKAA 3QFEA 4O54A 1KM4A 2OCZA 3FKKA 4JEQA 4DF1A 2QCLA 4O53A 2VEKA 3KVJA 3O07A 3W2LA 4HNNA 5FF0A 4K39A 2A1YA 1WDWA 4CNOA 4GFSA 2C18A 3WJZA 1BWLA 4UNLA 3BG9A 3U6WA 1TTQA 1UCWA 3MP4A 3W84A 4OV4A 4RLIA 5FEZA 1OFOA 2G96A 2GQ9A 2AQWA 3B03A 4IQLA 4LW7A 3TSDA 5AC7A 3DFPA 2QR6A 3ATZA 4XKYB 4JTTA 3W1TA 2X30A 1H50A 1S5VA 4JYEA 1SFJA 1KV8A 3DFQA 3V75A 1YADA 4Y96A 4TMBA 3TU9A 2YGYA 3E02A 4TMCA 4IWWA 4ZMGA 4M7TA 3MWAA 3FIGA 4JY9A 5D2VA 1UJPA 1VYPX 3GR8A 3NZ1A 3W83A 3LBMA 4NZFA 3IRDA 5LNRA 2CZFA 2X2GA 3OVPA 4AAJA 5KZDA 4IOTA 2UV8G 3AO0A 4YXGA 4FIQA 5D02A 4ZQCA 5D03A 1XKYA 5L9FA 1GJPA 4NT0A 4YWIA 4AF0B 1C29A 4LC6A 5HJLA 4Y90A 1H1YA 4DQWA 3G1YA 1VLIA 1Q45A 3DHFA 2OMAA 1FXQA 3LCWA 2DU2A 4OHQA 5EA9A 3EWXA 2P1FA 5AYZA 4JX4A 1WQ5A 3W7DA 4E2BA 4DPQA 5D30A 1SZNA 1A53A 4DO5A 5BNKA 5HWNA 1ZNNA 1MZHA 2Y63A 2ZRWA 3BARA 2QUVA 4O15A 3HQ1A 3CQ0A 3C2EA 4K38A 2P0OA 5DELA 3PUOA 5HUPA 3W75A 3BGGA 3MMTA 3S1VA 3M44A 2QDGA 4RXFA 1H63A 3GAYA 1I4NA 5E0KA 4ZQMA 3FKRA 2J24A 4AF0A 1I2QA 4JTUA 4JTLA 1K8XA 5AC6A 4GUFA 3IGUA 2DJXA 3GR7A 4PL1A 3C2VA 1PHQA 3I65A 3QYQA 5AOUA 1SZGA 3PSVA 3S1WA 2H3DA 5KZMA 1LROA 1SSDA 4UTHA 4GRSA 1KTCA 4YCPA 2V82A 3W7MA 1L6WA 4IMEA 2JK2A 4Y6GA 4AHQA 2CLFA 1GVOA 3BLIA 3DHDA 5CGQA 4N4PA 1GVSA 1HL2A 3JR2A 5HWMA 2ABAA 4NJJA 3W7EA 5D05A 4CCCA 3LHYA 3QM3A 5C55A 1A5SA 1OFBA 5FF4A 2CZ5A 4MZ8A 3NL6A 4K8EA 5C2XA 3OHIA 4IXXA 5LNUA 1M6JA 1QOQA 3KFTA 1W5PA 3TW6A 5KSWA 3EX6A 3KRUA 5EBUA 3UWYA 2G5WA 5G1YA 3DZ1A 4PFMA 3STEA 3SSJA 1QAPA 4M7SA 1XBXA 3ANYA 4UTTA 4UFMA 1EPXA 3W7RA 2NUWA 2A2IA 2OJPA 1G4SA 2A0NA 1YDOA 4PODA 4KWVA 1XM3A 2HSAA 1JVNA 2Y7GA 1VGAA 1OVDA 1WOAA 3EB2A 4G1KA 5DY3A 4BFAA 4E2DA 5EKYA 4DEFA 1RPXA 4BR1A 3ABSA 4O4VA 1GYNA 2ZRXA 5CZJA 5DXYA 1O95A 1H51A 4S2BA 4AEOA 3LB0A 1LRTA 2I14A 1OX4A 3R5EA 1QNVA 3TJLA 4ZVJA 1C8VA 5BW6A 2HMCA 3TX9A 3VFLA 3P60A 3UYCA 3CWNA 4R7JA 3RNDA 4WX2A 1WXJA 5F4XA 2CFFA 3N19B 2AGKA 3HG3A 4O50A 1UUMA 8TIMA 2QEZA 3DU0A 2Z6JA 3W74A 5J5DA 1DOSA 2ALDA 2HTMA 5F1VA 3UPBA 1OJXA 1PS9A 2RH9A 2PC4A 3PBYA 1QPOA 1JCNA 4TR9A 3A5FA 3IVTA 2O7SA 2EKCA 1D3GA 2W79A 5LHEA 4UNKA 1QPRA 1IXNA 1JUKA 1PIIA 3QH2A 1W0MA 2PURA 3M7WA 2B7NA 3E0IA 2C1HA 4CCEA 1KLZA 3NDOA 4KWWA 5H2ZA 3N3MA 5LGZA 1T96A 1W37A 3QJAA 4JX5A 4MY1A 4N4QA 3I6RA 5F4SA 2X1SA 1GTEA 3BG3A 3FYOA 2FLIA 3MBDA 1KV5A 3PUDA 3M5XA 2C15A 3NPWA 4ALDA 1OG0A 3GDLA 2CZDA 4POCA 4K6AA 4ORIA 2B7PA 3PWAA 1K7EA 1BWKA 3S5YA 4DPPA 3T55A 2E77A 3IVSA 4JS3A 1L6YA 1ML1A 1PCWA 4ZQOA 1GEQA 4LY8A 2LLEA 1I2OA 4MFEA 2YX0A 2YZRA 4DF2A 3W23A 1GZGA 2FPVA 1ZJIA 1AW1A 3L0GA 1V5XA 1Q6OA 4AMAA 2Y89A 1NF7A 3CU2A 4Y8FA 3NPUA 3NGJA 3C3NA 4NJHA 2A7NA 4Q4KA 2DZXA 3FOKA 4CCDA 3MHUA 3SW6A 2BXVA 1MEHA 3G1VA 2B7OA 4MJMA 2CWNA 4IXHA 1T8XA 2VEIA 4NJGA 4QQ3A 4BI5A 4GUGA 3LM7A 4LS1A 3UNDA 2FQIA 4OGZA 3QPYA 2YSWA 1VQTA 3MUXA 2E5BA 2EGZA 4MLJA 2WV8A 3W1NA 4FNQA 4Z1AA 2C13A 3SJ3A 4E0CA 4MY9A 1ME8A 3LRLA 2ZRUA 4M6QA 1JUEA 2FB2A 1EX5A 5HNRA 3TCEA 3T7VA 2ZTKA 2ATMA 5C5YA 5DXXA 1IIHA 3PVFA 3RF9A 2C14A 4NNCA 3C2RA 4GUHA 3HG2A 3NQFA 3OEXA 4QNWA 4AXKA 4Y9AA 3STCA 3OBKA 3A9IA 4AWSA 4JDBA 4XZ9A 2YYUA 2QJIA 1S3HA 4X22A 3G1XA 1B9BA 1UB3A 4LU0A 2DZPA 3N9SA 2P10A 4LNYA 3RLVA 1U83A 4UR8A 1P5BA 3HPZA 1SFLA 4FX8A 3LXBA 2TSYA 2QJGA 1LRNA 4ADUA 4O52A 2TMDA 3CT7A 1CI1A 3SR7A 3B06A 3N14A 1P4CA 1EUAA 5LNSA 1SO5A 1B4KA 3PB0A 4LVAA 3L9CA 4WJEA 1SO3A 1DBTA 1TYGA 1GG1A 4UTWA 2VEMA 4WD0A 3DFOA 4AWTA 4CNNA 1YXCA 2NZLA 2J6XA 5CZSA 4YLWA 4RZ4A 3TA6A 4O16A 3EX4A 1ZALA 4N6EA 1Z48A 1T99A 3MYPA 7TIMA 1PVNA 4A3UA 4JY8A 2NUXA 5KITA 1KFJA 1W3NA 1YDNA 2QJHA 1SZEA 1A5BA 2R8WA 1AK5A 2F7FA 1I2PA 3QQ1A 4RK8A 1TREA 3NNTA 3NZRA 3TE9A 4O19A 2H90A 4A22A 2DZWA 4M6VA 3KOFA 4QJ1A 2QDHA 3UWZA 3HO8A 3LV6A 1OFRA 3BV4A 1GT8A 1OYCA 1QMLA 1KM6A 1K7XA 2ISWA 3MI2A 1HUVA 3HGOA 2J27A 1TPDA 4Q33A 5D2WA 4O4WA 3TSBA 1M7OA 3NVTA 4ADTA 2ZRVA 2YFNA 1DJNA 3P8IA 2ZZ6A 5C54A 3CB8A 3OIXA 1LBMA 3B0PA 2VFDA 1LCOA 5E93A 5EMUA 1XBYA 3JRKA 3U2OA 4CQ8A 4DBDA 3TQKA 2VFFA 4JYFA 4K7VA 5I3IA 5FESA 3CTLA 4QM1A 1KTBA 3I7SA 3LCFA 3GLCA 5F2IA 2E5CA 4JYDA 4UTIA 3RLUA 4UFKA 5CKSA 2QCGA 5FF3A 3IIVA 4UC5A 5D38A 3HOJA 4JGDA 1H61A 1OFAA 1TPVA 3O6YX 4H6KA 4UFIA 4K37A 5A8GA 1RD5A 1JCMP 1FCBA 3F4WA 1WBJA 3INPA 3P62A 4FIRA 2CLLA 1P0KA 5FF7A 3R8RA 1GG0A 2CLEA 5BRBA 2JKAA 3NL2A 1WV2A 3I7RA 5I3HA 4JICA 1F76A 2NX3A 2ZZ7A 3M5ZA 3A24A 3G18A 1XC4A 1KBIA 3SZ8A 1XBZA 3CC1A 3KVMA 3MYOA 2OT0A 2Y70A 1AL7A 1G4TA 5DBTA 3NQMA 4N9DA 3EWBX 3MP5A 1G7UA 3W7QA 1RZMA 4FX7A 3E96A 5D37A 3L0NA 3BK0A 1GYLA 3MHFA 3P80A 1FY6A 1Z41A 2FPTA 2I9EA 1WOBA 1EUNA 1YTDA 1TRDA 4XWUA 4JTSA 2E68A 3E9AA 3QPZA 3TIMA 3H54A 3YPIA 4JNMA 1Z42A 3HGRA 3TROA 3HPXA 3R13A 4LWWA 4IPJA 1G6CA 3UWWA 4Z1BA 4BK9A 3TUUA 3P5ZA 3GDTA 2YR1A 4JTGA 4UFJA 3G1DA 3W7IA 1ME7A 3NM3A 3ZFHA 2WSQA 1PE1A 3TSMA 1RQEA 3IIPA 5D2YA 2Y61A 3GNNA 2WSRA 4FEZA 1XXXA 3QSTA 1SSGA 1FCVA 3KVLA 3QW4B 3UY8A 3NM1A 5G2IA 2DP3A 4O8RA 1X1ZA 2E5DA 4JTHA 1ICSA 4IUOA 3O16A 4UCGA 2QF7A 3S5OA 1F7BA 4GC4A 3SFKA 4O28A 1VS1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2WCG A;  4Y2W A;  1F07 A;  4CEX C;  4CCZ A;  5AHI A;  4L9Z A;  3BUR A;  4QEE A;  3V5O A;  1BQC A;  1OFD A;  1I45 A;  3W7N A;  4KMQ A;  4WKF A;  1EA9 C;  4OUE A;  2DZV A;  4JN6 A;  1XYA A;  4MG4 A;  3E49 A;  2CHN A;  1BSL A;  4TX8 A;  1RAK A;  4Y9N A;  5A6B D;  2NV2 A;  3THA A;  1WAW A;  2G3J A;  2DZU A;  4XIS A;  2ZAD A;  3H70 A;  2ACQ A;  1O1H A;  1EOM A;  2H8Z A;  1QJW A;  1X97 A;  3DBN A;  3TKF A;  2J79 A;  1CLK A;  2PDW A;  5T26 A;  3VGD A;  1QUM A;  1VJI A;  4B5N A;  4L65 A;  4L1G A;  2WO5 A;  2Y24 A;  3RJY A;  2QAP A;  1FXP A;  1PB0 A;  2ZBT A;  1FCU A;  3TJI A;  4GVI A;  4O1F A;  1G1Y A;  2BSL A;  5E09 A;  3REQ A;  2PFH A;  4Z2K A;  1UH2 A;  3LD5 A;  2VQT A;  3RRA A;  1RCQ A;  2INZ A;  3RFA A;  2XIM A;  4US5 D;  3GZ3 A;  4FLS A;  3TVA A;  3NPV A;  4Q7N A;  5M03 A;  2QUT A;  3C52 A;  2VGG A;  3QY6 A;  2QGY A;  1QO5 A;  4AB4 A;  2QJM A;  1QR7 A;  1W56 A;  5J04 A;  3WJY A;  5AZ1 A;  4LUS A;  4GYJ A;  1FWC C;  1IGS A;  3KTC A;  1OC6 A;  1BFN A;  1W1Y A;  1DWA M;  3ART A;  4CN1 A;  1HL9 A; 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