2DEPA

Crystal structure of xylanase b from clostridium stercorarium f9
Total Genus 129
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
129
sequence length
340
structure length
340
Chain Sequence
DIPSLAEAFRDYFPIGAAIEPGYTTGQIAELYKKHVNMLVAENAMKPASLQPTEGNFQWADADRIVQFAKENGMELRFHTLVWHNQTPDWFFLDKEGKPMVEETDPQKREENRKLLLQRLENYIRAVVLRYKDDIKSWDVVNEVIEPNDPGGMRNSPWYQITGTEYIEVAFRATREAGGSDIKLYINDYNTDDPVKRDILYELVKNLLEKGVPIDGVGHQTHIDIYNPPVERIIESIKKFAGLGLDNIITELDMSIYSWNDRSDYGDSIPDYILTLQAKRYQELFDALKENKDIVSAVVFWGISDKYSWLNGFPVKRTNAPLLFDRNFMPKPAFWAIVDP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular anatomy of the alkaliphilic xylanase from Bacillus halodurans C-125
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium stercorarium
molecule keywords Thermostable celloxylanase
total genus 129
structure length 340
sequence length 340
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.4: Cellulase.
pdb deposition date 2006-02-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2depA00
4NI3A 2OLHA 3RO8A 5CGMA 3CZGA 1OD8A 2AAAA 2GJXA 3BMWA 2HISA 3SCTA 3AROA 1VFUA 1JYWA 3ZT7A 1VBRA 4HMEA 3AZRA 2D20A 1UZ1A 3WDRA 2DT0A 4CD8A 2WMIA 2TAAA 4AYSA 2A3EA 3RPMA 3WQ8A 3WEOA 1NARA 2ZX9A 1BHGA 4LYQA 3TTSA 1NP2A 1DWGM 5I23A 3VPLA 4JL2A 3WDIA 2VUYA 1BPLB 3PZVA 4J3SA 3ZOAA 3VO0A 3N11A 2UY3A 4L4OA 3PZMA 1UR2A 1E6RA 1UD4A 4ATLA 1E6NA 4E8DA 1CNVA 4HMCA 1E55A 1PBGA 1CXLA 3W28A 3SUTA 3VIIA 4F9JA 3SCRA 2A3HA 3GH4A 2VZUA 3SIMA 1BGGA 1UKQA 3AJ7A 4MAVA 5AY7A 4NZCA 5CLWA 4B15A 3DYMA 4PMNA 1BTCA 2WAGA 2YA1A 3QHOA 3EDDA 1O6IA 2DGAA 4D6FA 3G6LA 3BXWA 1EHNA 2BY1A 2VVNA 9CGTA 3N13A 2EBNA 5LA2A 3VTRA 1CGVA 3AMDA 3GYCA 3WNLA 4IPLA 5DT7A 1E1EA 3MO4A 4WIWA 4FLOA 2VCCA 4D71A 1QNQA 1E6SM 1HJUA 3UETA 1XD1A 1OBAA 4JFVA 3N1AA 3W82A 1VENA 3ZR6A 3AIVA 2FH6A 1AQHA 3ARWA 1VEPA 2WPGA 4M24A 2D3NA 4E8CA 2YL8A 2ZXQA 3OGRA 3LMYA 2W4XA 4P7LA 4UQBA 4J3TA 1HL8A 2JALA 2YA0A 2CIPA 2VL4A 2WW5A 2FGLA 3N9KA 2FH8A 3IJ8A 1EDTA 5TD4A 2OYMA 3ZJ8A 1NOUA 1XCXA 2ZUUA 1PZ2A 4X9YA 3K8MA 1V02A 4C7FA 4PSPA 3VVGA 1H0GA 2J7GA 3EBVA 1E15A 4A4AA 4QLLA 2YOCA 4QCFA 5FIPA 3RM9A 2J7FA 2WCGA 3RJXA 4AWEA 5EB8A 4ZFMA 1MVYA 3AIBA 4B3LA 3CUIA 5HDRA 1W91A 1KB3A 1Q6CA 1XRVA 3OGVA 2F8QA 3PZQA 3VMOA 1WKYA 1QI0A 2DEPA 1UD6A 3WEZA 2QMKA 3WDJA 1E5NA 5A8QA 1HXJA 1W9VA 1YHTA 1EIBA 3AMKA 4UOJA 3ZMRA 1DEDA 1E73M 1WZKA 1ZU8A 3EDEA 2XJ7A 4EK7A 2J8GA 2W5FA 1HJWA 1FFQA 3EDJA 2PB1A 3CIVA 1EO7A 4CGTA 1HJSA 4CU6A 1IT0A 2AOSA 1HNYA 1B31A 3VIHA 2GDVA 1I1XA 2PF0A 4P7QA 3W37A 1NWTA 2V5DA 2DSKA 5I77A 2RGLA 1DHKA 4MNKA 2ZX5A 4GINA 4PN2A 2WMGA 4HOWA 1MW3A 5A95A 2XIIA 2V3FA 3RMEA 3FW6A 1E0XA 1UZ4A 2G3IA 5IFTA 3W27A 3BSHA 1WO2A 4DM1A 2EPNA 4GIAA 5I5RA 1XGZA 3VD7A 3WUGA 1E70M 3ARVA 2NW0A 4UFJA 4PMDA 5CG0A 3MKKA 1LQ0A 1TR1A 3E1F1 5LA1A 1ZBKA 1S46A 1G9HA 2ZXDA 5D9MA 1JNEA 1SMDA 3SCNA 4BQ4A 3WNNA 3FNDA 5F7UA 3VOCA 5D9OA 2DH3A 2D22A 3IANA 4MAZA 2J4GA 4PEEA 1FHDA 4M82A 1RPKA 1KCKA 1RH9A 5I6SA 4QDMA 5M3WA 1X6LA 2O9OA 4TX8A 4CD6A 3PZNA 1XH0A 4AISA 3ARXA 1PEZA 2J7EA 3CHCA 5E6ZA 3DHPA 1QPKA 1PPIA 2VTFA 5E0CA 3CO4A 4W5ZA 2B31A 1OGSA 4TTGA 4AC1X 4GZJA 4Z2HA 1QI5A 4D72A 3AYSA 5C70A 5GQBA 3AMCA 3BLKA 1B1YA 1H41A 3WF4A 5JBDA 5M5DA 1K9EA 3CPUA 1HKIA 2XWDA 1EDGA 3VIKA 3ZSSA 1V3JA 2XGIA 4UNIA 2CERA 1VFFA 3GZAA 3W24A 3EMCA 3PZTA 2VURA 1JG9A 1V0MA 4UFLA 4WJXA 1OSEA 2PWFA 3WNMA 4R5EA 4PCTA 3LPPA 1C7TA 1UR9A 1QHOA 3WF3A 4JCLA 2XVGA 4P7RA 5FOOA 1XH2A 1VF8A 1XCWA 1O7AA 4D1IA 1NWUA 3WD4A 1GOMA 4JIEA 1E72M 3II1A 3L4TA 1QBBA 3T09A 2PWDA 2X09A 4S3KA 1W9PA 2WZIA 4LGXA 1DWFM 2BVYA 1FH9A 4AW7A 1UWTA 3IK2A 1UR8A 3THCA 3VNZA 1JXKA 3SCVA 3UG4A 3VIFA 3WKZA 4FF5A 4QLJA 5C71A 3UCQA 1U30A 3RIKA 2XUCA 1JFHA 5D9PA 1XV8A 3VGDA 1ISZA 4CU8A 2BNJA 4CU7A 4H8HA 3OGSA 1FOBA 3K4AA 4PUDA 1E9LA 2VQTA 1TFVA 2VNCA 2D23A 3WUBA 3GNRA 3W81A 3TOPA 1I75A 1JNDA 2XTKA 1HN1A 3PTKA 2WBKA 5FL0A 2GVYA 1DWHM 1M53A 4MNLA 1VRXA 2XG9A 3DYPA 4PMOA 5CXPA 3WELA 3AISA 5IHRA 1B9ZA 1QW9A 1XYFA 5A94A 1CLXA 3PZIA 2OSXA 1G94A 2WCSA 4CCCA 2DSUA 5LYRA 1J0KA 1UKSA 3VILA 2W66A 1FHLA 5ABGA 1OINA 4HPHA 2V3EA 4AIUA 3D3AA 5BCAA 2WSKA 1CECA 2Q8XA 2YBTA 1KR0A 4U3AA 1XHGA 2DT1A 2JFEX 4PMUA 4H04A 1LL4A 3T2OA 3NJ3A 2G8ZA 3WQ4A 1CYGA 3BCFA 1J11A 4PSRA 4PBGA 2WCAA 6A3HA 5A6BD 1MYRA 3AS0A 1J0JA 4WKFA 3WNPA 1Z32X 4KGLA 8A3HA 2XVPA 2BHZA 2HVMA 4HA3A 2PBOA 4URIA 2OYKA 2WMKA 3AIQA 3RJYA 3VD4A 1GHRA 5CSUA 1X6NA 2Y8VA 3ARYA 3AICA 1GVYA 3AMLA 4W7VA 4XV0A 1BQCA 1KBBA 4AZCA 3A6OA 1W9DM 1VIWA 3UERA 1OT2A 1UH4A 3MUY1 4JKMA 3FAWA 3OZOA 5AYBA 3WD0A 1UQZA 1J0HA 3K8KA 2FGZA 3CUFA 4RE3A 1GOOA 3W26A 1UKTA 1HX0A 2WHMA 2J79A 2WYSA 4LPCA 2VRKA 2OYLA 1EGZA 5ABFB 5HBFA 3A3HA 2EPMX 1CBGA 2O92A 1RD6A 4YHEA 3RDKA 5FD0A 2VZSA 2ZWYA 3GBEA 4UOZA 2YIHA 4JL1A 4PYSA 2G3MA 3F4VA 1TVNA 3KE0A 4Z2JA 3VGFA 3WBAA 2J75A 4W7UA 4Z2KA 2WSPA 1EOMA 4MDPA 3WD1A 4M29A 1PAMA 2D1ZA 1TA3A 4GZIA 2XGBA 3QGVA 3UG3A 2X05A 3GM8A 3ZR5A 2VO5A 1UH2A 5LA0A 2GK1B 3ECQA 4YPJA 1JF5A 1OIFA 3VM7A 3ALFA 2IUZA 1CTNA 2A3CA 3VX1A 3OLGA 1D2KA 1ZJAA 1CWYA 4AIEA 2MANA 3L4YA 3K46A 1CXIA 1UA7A 5E6YA 4FMVA 1PX4A 2IXUA 1EH9A 4OZOA 1HJXA 2YBUA 4CCDA 2D24A 2QLYA 1WDPA 4WSKA 1VBUA 3GH5A 4M81A 4U5KA 2ZUTA 2VCAA 4JZ5A 3RM8A 2WC7A 1MFUA 1TZ7A 2ZXAA 3CLWA 3GDBA 4H8VA 4Z2GA 2Y2WA 1QW8A 4TVCA 3EDKA 1E6PA 1R85A 4WSJA 2J7CA 4EKJA 1C91A 3PZ9A 2J8FA 3U7VA 2VQUA 2W92A 4W88A 1GOIA 3AQUA 4XZWA 4AXNA 4HOXA 4U33A 4QFUA 2F2HA 3CUGA 4MB3A 2JE8A 1JI1A 1M7XA 1BVZA 1HKMA 1GCYA 2CBJA 3BC9A 1WDQA 1BG9A 5E70A 1CXKA 2EO7A 3UEQA 1ISXA 3L4XA 3AIEA 5E09A 5I2UA 3W38A 5I78A 1SYTA 1K6AA 4GI9A 1CGTA 3ARPA 2CBIA 1GZJA 5ECUA 2V3GA 4GQQA 4LXFA 3K8LA 4UQ9A 1GOWA 1QI4A 1CGXA 5A8MA 3ZIZA 3ARTA 2YL6A 2BVTA 1M04A 3TTOA 4UTFA 3TONA 1V6UA 3VX0A 4YHGA 4GI6A 3OA5A 4PMXA 1HIZA 2ZE0A 3S6TA 2XSAA 4ZXOA 1LWHA 4CD5A 1Q6DA 4MB1A 1V03A 4TOQA 2YJQA 4PMZA 4TX6A 4W89A 1R7AA 4HZ8A 1KFWA 3AI0A 1UD8A 4ACZA 1E6QM 2DDXA 6TAAA 1GQLA 5D9NA 3CZ8A 1JL8A 5A8PA 3AHYA 1XSKA 1CENA 4J3VA 1UD3A 5BXRA 1V3LA 2VX6A 4U31A 1E1FA 5CZKA 4PCSA 3WQ5A 1UD5A 1JYVA 1ITCA 3SCUA 3PHAA 4HA4A 3TTYA 1VFOA 4RE2A 1OWQA 3PTQA 3WMCA 4UCFA 5IDIA 1BG4A 1EA9C 4HP5A 1BYAA 5A2BA 3BSGA 2GJXB 4HU8A 4EE9A 4F9DA 2YLLA 4F79A 3CH9A 2PWHA 2WMIB 2CBVA 2CKRA 2GFTA 3GXIA 2ZUSA 2CCRA 3L4WA 3WBEA 1KQZA 4R27A 2E4TA 3F5JA 1GORA 4LQ1A 1PX8A 2DT2A 1Q4NX 7TAAA 4MB4A 4ZEPA 3WMSA 4OBSA 4WK9A 1FP8A 4ATDA 4PMYA 3O2LA 4CN4A 1VEMA 2YDSA 1J0IA 3EYPA 2XYLA 2ESCA 3M07A 3WL0A 1ISVA 3ZT6A 5AC4A 3ZSTA 3AFBA 3OB8A 5BYWA 2CNCA 2WLZA 2D0HA 5FL1A 2CBUA 1Q6EA 3N17A 4OOZA 4U2YA 1OM0A 2BXYA 4J3UA 5BROA 2VR4A 4ML4A 3MANA 2Y5EA 3WQ6A 4A3YA 3BAIA 1NOFA 1KXHA 1B3XA 2WXDM 5FKYA 4UQDA 3VDHA 4ZE5A 4HZ6A 3MU7A 4DWSA 2WZHA 4QCEA 4BZYA 7CGTA 1H1NA 1W1TA 1QNSA 1IZKA 2FDMA 4PMVA 4UQAA 1C92A 3NDZA 4PMRA 5A2CA 7A3HA 1BLIA 1K9FA 1C3FA 4AEEA 3ZO9A 4JFUA 1AMYA 1JDDA 1PZ3A 2VOTA 3A4AA 5BXSA 5AC5A 4P8VA 1L0PA 3BAWA 1GQIA 3WNKA 2CYGA 2FHBA 1KR1A 2ZX8A 1V0KA 1HL9A 2E8YA 4U3CA 1GW1A 4EANA 1JYXA 4JCMA 2JEPA 1W9UA 2ZUWA 3CHFA 4FLSA 4D6JA 3BGAA 2XWEA 1ISYA 4W84A 5EBAA 3MSDA 4IISA 2X1IA 2GSJA 2V5CA 1W32A 1B0IA 3SUUA 2F61A 3IJ9A 5A6KA 3PZGA 3G6MA 3BAYA 3QOMA 4LX4A 3KZSA 3WH9A 1TE1A 1V02E 1NH6A 4JKKA 1KXVA 1GNXA 1KGUA 4GO9A 1JXJA 3FN9A 2BY2A 4OJYA 2PI6A 1FFRA 4AZ6A 5ABHA 4CVWA 4BQ2A 1C8XA 5I24A 3WY1A 4BQ5A 2W91A 2ZOXA 1E4LA 2EEXA 2C8NA 3GNOA 1ZL1A 1BF2A 2C7FA 3WDHA 1WDSA 2WVVA 4ZENA 3RCNA 1QBAA 3WD3A 3OZPA 2WK2A 1US2A 3WH6A 1PIGA 5JBEA 4L4PA 5IHSA 1CPUA 5CPTA 3M6DA 2DIJA 1R87A 1NM9A 2Y24A 2J7HA 4JFSA 4AD5A 1LJYA 4MDOA 4A3HA 1XD0A 1UWIA 1CDGA 3HU7A 4H8UA 2EQDA 1PX3A 2WVTA 5AYIA 1C7SA 1V6XA 3GXFA 2G3NA 2EPOA 4DWSB 5BRPA 1KGWA 3N18A 1J0YA 2WHKA 5CPQA 3SCQA 4EAMA 4MADA 3QHNA 1ESWA 2VX4A 3AIWA 1ZB5A 1V3IA 4J3WA 5M17A 4W86A 5CQ1A 4GI8A 1ZJBA 1ECEA 5IFPA 1UHVA 2VZOA 3CBWA 4H7VA 1D7FA 4KGJA 4ACYA 3WH8A 3MSGA 1V3MA 4B16A 2WMHA 2QV4A 3VD3A 2W62A 1E4IA 1E3ZA 2VZTA 3I3EA 3OG2A 3I3BA 4AIOA 5HPOA 1WP6A 5CJ5A 4OOUA 5EFFA 4DUVA 3GTNA 3MMDA 4CD4A 1VJZA 1HVQA 3OIHA 3F5KA 2XVLA 4N42A 2WVSA 1I1WA 3WQVA 1XC6A 4WLCA 3IAQA 2DIEA 3NIYA 1HP4A 2EJ1A 4AEFA 3MMWA 2QHAA 1EOKA 4PTXA 4V2XA 2RGMA 4W8LA 2O9RA 1BGAA 1UWQA 3CZKA 4M8UA 1JYNA 1TG7A 2JF7A 3N15A 2VC9A 2FHFA 4D1JA 5HPCA 5EMYA 3W29A 3A4XA 3ARZA 2E9MA 2J7BA 3VIJA 4AY1A 8CGTA 1FA2A 1UH3A 2J78A 3IJ7A 3T0BA 3VGEA 2BFGA 3FY1A 3ZJ7A 5A3HA 5FCZA 4WKAA 1AQMA 1B3VA 1J10A 3WSUA 1X1NA 1UR0A 3SUWA 4W7WA 2ZUMA 2GDUA 1V08A 1B3YA 1H4PA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4NI3 A;  2OLH A;  3RO8 A;  5CGM A;  3CZG A;  1OD8 A;  2AAA A;  2GJX A;  3BMW A;  2HIS A;  3SCT A;  3ARO A;  1VFU A;  1JYW A;  3ZT7 A;  1VBR A;  4HME A;  3AZR A;  2D20 A;  1UZ1 A;  3WDR A;  2DT0 A;  4CD8 A;  2WMI A;  2TAA A;  4AYS A;  2A3E A;  3RPM A;  3WQ8 A;  3WEO A;  1NAR A;  2ZX9 A;  1BHG A;  4LYQ A;  3TTS A;  1NP2 A;  1DWG M;  5I23 A;  3VPL A;  4JL2 A;  3WDI A;  2VUY A;  1BPL B;  3PZV A;  4J3S A;  3ZOA A;  3VO0 A;  3N11 A;  2UY3 A;  4L4O A;  3PZM A;  1UR2 A;  1E6R A;  1UD4 A;  4ATL A;  1E6N A;  4E8D A;  1CNV A;  4HMC A;  1E55 A;  1PBG A;  1CXL A;  3W28 A;  3SUT A;  3VII A;  4F9J A;  3SCR A;  2A3H A;  3GH4 A;  2VZU A;  3SIM A;  1BGG A;  1UKQ A;  3AJ7 A;  4MAV A;  5AY7 A;  4NZC A;  5CLW A;  4B15 A;  3DYM A;  4PMN A;  1BTC A;  2WAG A;  2YA1 A;  3QHO A;  3EDD A;  1O6I A;  2DGA A;  4D6F A;  3G6L A;  3BXW A;  1EHN A;  2BY1 A;  2VVN A;  9CGT A;  3N13 A;  2EBN A;  5LA2 A;  3VTR A;  1CGV A;  3AMD A;  3GYC A;  3WNL A;  4IPL A;  5DT7 A;  1E1E A;  3MO4 A;  4WIW A;  4FLO A;  2VCC A;  4D71 A;  1QNQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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