2DZPA

Structure of mutant tryptophan synthase alpha-subunit (d17n) from a hyperthermophile, pyrococcus furiosus
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
248
structure length
244
Chain Sequence
MFKDGSLIPYLTAGDPNKQSTLNFLLALDEYAGAIELGIPFSDPIADGKTIQESHYRALKNGFKLREAFWIVKEFRRHSSTPIVLMTYYNPIYRAGVRNFLAEAKASGVDGILVVDLPVFHAKEFTEIAREEGIKTVFLAAPNTPDERLKVIDDMTTGFVYLVSLYGTEEIPKTAYDLLRRAKRICRNKVAVGFGVSKREHVVSLLKEGANGVVVGSALVKIIGEKGREATEFLKKKVEELLGI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of mutant tryptophan synthase alpha-subunits from a hyperthermophile, Pyrococcus furiosus
rcsb
molecule tags Lyase
source organism Pyrococcus furiosus
molecule keywords Tryptophan synthase alpha chain
total genus 86
structure length 244
sequence length 248
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date 2006-09-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00290 Trp_syntA Tryptophan synthase alpha chain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2dzpA00
2E77A 3NL2A 4UR8A 2RDUA 3QFEA 4HSOA 2V2CA 1FCVA 1VGAA 1WDWA 3G1FA 1T99A 3W7QA 2VEMA 1DHPA 5G2WA 3M5ZA 2PRHA 1TMHA 4NXSA 2QR6A 4LNYA 4HNTA 3TR2A 4EF9A 1FDYA 3BLEA 3G8EA 3KFTA 3W73A 3HF3A 3UNDA 2DZSA 1SO4A 3S0CA 1X7FA 3RMJA 5MHBA 2DJXA 3NQEA 3G0SA 4CQ8A 4O53A 5CG7A 4CCCA 2YYTA 4EOUA 3GIYA 1VYPX 3ELFA 1H7OA 4JX5A 4BWLA 1VPXA 4FX6M 4RXFA 2B7QA 4FNTA 3SGZA 3W7EA 4JS3A 3HGSA 4IX2A 3W1QA 4IWWA 1P0NA 4XWUA 5FF0A 5F2GA 4LU0A 4ZMGA 1OK4A 1W37A 4O1BA 4OBTA 1EUNA 1G6CA 4Y8FA 3FFSA 3G1SA 2QCDA 2F7FA 1IXNA 3M5YA 1TJPA 3I65A 3TXZA 5I3HA 4BI7A 3W6YA 5FESA 3SGUA 4Y9AA 2NZLA 3FJ6A 4C1LA 4ADSA 5G4EA 1I45A 3GR8A 2RDWA 4S2BA 3UD6A 1HG3A 3STCA 3SW6A 4K38A 2ZRWA 3MI3A 4J9JA 3O16A 2Q3RA 4ZZ9A 3LTSA 5EL1A 1I4NA 1JUEA 2DZPA 3ATYA 3LLFA 5CGQA 5FI8A 1EX5A 3EX2A 1L9WA 2E5BA 1M5WA 4O0KA 2Y70A 3GKFA 3LX9A 5LSMA 3FA5A 1PCWA 3W84A 4WY0A 3G0UA 1I2QA 4UFIA 1KV5A 2OCZA 3BGGA 4UFJA 3MHUA 4QJ1A 5A8GA 1L2UA 4DQWA 3HMJG 1WA3A 2WKJA 4NZJA 4WOZA 4KKXA 3R13A 4RK8A 4G1KA 2CZEA 4AF0B 2BX7A 1GVQA 3Q58A 3PB2A 4MVAA 5ABTA 1FUYA 2V9DA 4BWLC 2HTMA 3OHIA 3FKRA 3PWAA 2V2DA 3CEUA 1OFPA 3BO9A 1S3HA 4AVFA 2QJGA 4I7UA 1Q6LA 3UZJA 3LRMA 4HSNA 4NT0A 1TSIA 1X6UA 4RKAA 3BW3A 2ZRXA 1SO5A 5G1YA 2E5DA 2ZRUA 4UTHA 3EKLA 4PCFA 3P62A 3HPZA 4AHOA 5CZTA 1FDJA 3DHDA 4UFMA 3K30A 5LHFA 1G67A 3LB0A 2Z0IA 2ZZ3A 1KFBA 1EWDA 5DBUA 3CIXA 1N55A 1ALDA 4GBUA 3WK0A 4PL1A 2PCQA 5KSWA 1LOSA 2QEZA 3UYCA 1RD5A 1LRQA 3EX6A 3H53A 2JGYA 1JR1A 7TIMA 4KWVA 2GJNA 4TX9A 4A3UA 4MLRA 3G8RA 3QM3A 3N9RA 1YXCA 3E02A 4B5NA 3C2FA 1YADA 5AHEA 4UTJA 5SWUA 4AB4A 4AF0A 3G1AA 2NXHA 2DJLA 1EP1A 1EPXA 3LHZA 3NDOA 3I7RA 1C9DA 4NJKA 4UFKA 1NSJA 1TREA 2ZZ1A 1WOBA 2X1SA 3O1NA 1Z42A 3SFKA 3HBLA 3FS2A 3LI1A 1O5KA 5D2VA 2NX3A 1TRIA 4L4LA 1LLZA 3W7CA 4RZ4A 4Q4KA 4AHQA 5AB3A 2CLHA 1PHQA 3NM3A 1TPDA 2YPIA 1KTNA 2JKPA 1TPH1 2YXGA 5DN1A 3NNTA 3W2KA 4BR1A 4EF8A 4S2CA 3MWAA 2Y85A 2JK2A 2VENA 4DF0A 3KRZA 1NFBA 1W5OA 4N9CA 2FPTA 4NJIA 4LWWA 2RH9A 4WXZA 4GUHA 2G96A 1K8ZA 2ZZ6A 3N3MA 2QAFA 2R91A 1TO3A 3CT7A 3O6DA 5BNKA 1JRBA 1KA9F 4OT7A 1JQVA 4RR4A 2V5BA 4JIPA 3NL5A 1O60A 1NEYA 3DFTA 1SW7A 3IVTA 2VFEA 5LKYA 2DZTA 1MEIA 3TSMA 3M1ZA 2ATMA 1DORA 1QFEA 2QCHA 2BTMA 2Y89A 4LTSA 4LOCA 1OK6A 1NF0A 1YDNA 5TBOA 2R8WA 5D09A 3CIWA 5F4SA 5C6MA 4N9DA 5F2LA 4AHPA 2OZ0A 5HWJA 3M9YA 1VHCA 3CM4A 2RHGA 4CQAA 5D2YA 5CSRA 2C15A 3HIJA 1W54A 4M19A 4JYEA 1SO6A 1RVGA 1FCQA 5K4ZA 2EF9A 1OFAA 2XN1A 3W7NA 1F73A 1AW2A 1G7UA 3KOFA 4DO4A 5LNSA 4IQLA 1FWTA 2E5CA 5AHMA 1VYSX 3TH6A 2C16A 4M7TA 1GTHA 2ZRYA 3R5EA 4Z0SA 2BZNA 4O52A 1S5WA 3CU2A 5EPDA 3RLUA 3GAYA 3P81A 4O0ZA 5F2MA 1W5PA 3GXNA 1XBXA 1KBJA 2ZZ5A 3KVJA 3O8AA 3V75A 1EIXA 2ABBA 1QCWA 4IX0A 1LOQA 4DXVA 5BOOA 1DL3A 3W7LA 3B4UA 4K6AA 1UASA 4FHAA 4ICNA 3L2IA 3UXAA 2QJHA 2X2GA 3LM7A 1YDVA 3THQA 3N9SA 4XBSA 5K4XA 3P82A 3L65A 1JJKA 3W7GA 2E6AA 5DBTA 1B4KA 3TKFA 1OF8A 3DFSA 3U2OA 4QNEA 1F05A 3NYZA 3KVMA 3N34A 2QJIA 1VCFA 1SQ7A 3NL3A 4A29A 3NZRA 8TIMA 2A85A 4K36A 5AC6A 3M44A 1ICPA 2GVJA 6ALDA 2NX1A 1YDOA 3S8HA 4ZQPA 3GAKA 1W31A 3CQ0A 3CWNA 3A5FA 4I9AA 2C0AA 1JCMP 4FIRA 4RCXA 4HPXA 2A7NA 3S1WA 2TYSA 2FTPA 3W1MA 1W3TA 5C2XA 4MLJA 4XTIA 3E49A 1RZMA 4LC6A 1VLIA 4FF7A 4JIQA 5A5WA 2BWGA 3P67A 1HL2A 1Z44A 3C8FA 2TMDA 4QIUA 3GZ3A 3NGJA 1I2NA 1UUOA 1ADOA 1PVNA 2FB3A 2ZA2A 3B03A 3UPBA 4IPIA 1OFEA 3KRSA 4K7VA 3NQ2A 1I2PA 4K39A 1OJXA 1ZHAA 4YCPA 5CZSA 3F1QA 4WD0A 1K3UA 1XDLA 3QMTA 1EP2A 1DJQA 5HNRA 3FEMA 2CLOA 4GUJA 1VCGA 3Q37A 2H90A 2YW4A 3EB2A 1JUKA 4PODA 3ATZA 2Z6IA 5E1QA 4HNNA 4MPQA 3W23A 5DXXA 4JTFA 1YTDA 3NG3A 3P7YA 2QF7A 3EKZA 2DZXA 1TV8A 1R2TA 1A53A 1JCYA 5F1UA 3STEA 1CW2A 1T0OA 1Z48A 1QO2A 3QJAA 1PCKA 4Q33A 2GVGA 1KW1A 4O15A 3T44A 1SSDA 3NPWA 3OVPA 3VCRA 1GZGA 2V5LA 4U28A 1J5TA 1ONRA 1F6KA 2OJPA 4ZQCA 5DCBA 1JVNA 4RZ5A 2CZDA 1S5VA 5KTLA 1YPFA 2BXVA 4FXRA 2ZZ2A 2WNNA 1QOPA 3WK3A 3G0XA 2J88A 3N19B 3A24A 2J24A 3DGRA 3HGJA 4PH6A 3TC7A 2RFGA 1PV8A 4LT9A 1WQ5A 4WOQA 1KFLA 1TRDA 1PL9A 5K2ZA 2WSYA 1FWNA 1HTIA 3LV6A 5FEWA 2Y88A 4HT3A 1KFKA 1RQBA 4UNKA 1AK5A 3C61A 3LXCA 3W75A 4LS2A 1CI1A 1SR9A 3W7HA 5KZDA 5K9DA 2E68A 4XUGA 3AJXA 4IPJA 4U4MA 2DP3A 5AFDA 3ANYA 3BG5A 2E6DA 2CU0A 3WJXA 1U83A 1XBZA 3VNDA 1TTPA 2FIQA 2CLEA 3A23A 5D03A 3G1VA 3DENA 4DPQA 3DFOA 5AN7A 1TV5A 3QSTA 4JYDA 4GRSA 2Y63A 3EXTA 3HG3A 1QOQA 4GUIA 3EX3A 4JXCA 4O8RA 1OG0A 3NQDA 2X1UA 2JKEA 3DH7A 1IF2A 1EP3A 5K9CA 3GNDA 1AG1O 3PM6A 3L0KA 4OV4A 3OBKA 2TRSA 1TB3A 1KM5A 2AGKA 3C2RA 4EIVA 1KM0A 2JBMA 2DU2A 3GNNA 3PY2A 1K7FA 3UQNA 1H7PA 4UTMA 2H6RA 3PF3A 3W1UA 3PUOA 3W76A 3LHYA 1LRNA 3OVRA 3PSWA 3GXPA 3MO7A 4NJHA 3SZ8A 5AC7A 2X16A 4CQ9A 4AH7A 4WY0B 1VHNA 2GPTA 2NWSA 4O1AA 2FLIA 1A5SA 3ZR4A 3TQVA 4UUIA 4NVTA 4RV8A 3TU9A 2Y61A 3GXTA 4DO5A 1O95A 5FF7A 1G4PA 2IQTA 1CX9A 1ME8A 1LM1A 2YCEA 4IXHA 3O05A 3SI9A 2YR1A 3STFA 4NNCA 5DY2A 3W74A 4RJEA 2GJLA 4O50A 4IMFA 4ALDA 2ZRZA 3T55A 2YFNA 1HO1A 3HG2A 4IXXA 4N4QA 4LV4A 2RDTA 1MZHA 3LRKA 3UWUA 1TYGA 1TIMA 3JR2A 1OYCA 1SZFA 4YCOA 2H8ZA 4UTUA 3PS7A 3P8IA 1JUBA 4M6QA 4N02A 1W3NA 2BLEA 3HGOA 4OU1A 3TK7A 2FJKA 5H91A 3DAQA 3GB6A 3W7PA 3LBCA 1Y0EA 3A5VA 5D30A 1FQ0A 2ISVA 2Q8LA 3LXAA 4PL2A 2UV8G 4FO4A 3N2XA 1EWEA 2W79A 4UIOA 2FB2A 2BSLA 3W88A 3PVFA 2I9EA 4ZVJA 4UTTA 4MZYA 4BK9A 1H1YA 1YTEA 2EKCA 3BLFA 4Z1DA 1B9BA 3VFLA 3HGRA 1GYLA 2VOMA 3CHVA 3NPUA 4JNMA 1FX6A 4O12A 1W0MA 3B8DA 3FOKA 1A5CA 3RNDA 3W1XA 3B05A 3QMSA 5LNUA 1DBTA 4S1FA 3W2JA 3NQVA 3IVSA 3NR0A 2HSAA 3G3MA 1ZY9A 5EKYA 5G2IA 3HPXA 1W1ZA 1GYNA 1R30A 4CCEA 3ZS4A 2YYUA 1XBVA 4KWWA 5U7SA 1BKSA 3MP4A 3F4NA 4JTLA 2LLEA 2NV2A 5CPOA 1JULA 4Y6GA 2Z6JA 3GDLA 4JICA 5H2ZA 2R14A 4GJ1A 2YW3A 4TMCA 1TTJA 4TR9A 5KZMA 1K7XA 3SJ3A 3L66A 3W1TA 4IMGA 2V82A 2ZZ7A 4AWUA 3MUXA 5AYXA 1GTEA 2C14A 1XC4A 5EBUA 3UWYA 4IGHA 4XZ9A 1KBIA 3A9IA 4TO8A 3G1XA 2A21A 3P5ZA 3ABRA 1SO3A 3BGJA 2Y7GA 2CLMA 5F2IA 2H3BA 3SSJA 5KMYA 1ML1A 1VZWA 2ISSA 4UTTC 1X1OA 1N7KA 4RZ6A 3M47A 4UMBA 4ONVA 1KLZA 3NQ6A 3EEGA 3FYOA 4M6PA 1Q6RA 3IIPA 1V7YA 4N6EA 3S6DA 3UWZA 1GVOA 2X30A 5K9XA 2JGQA 3WK2A 3HJZA 2QDGA 3MBDA 3UXDA 3WJSA 1UJPA 4QSHA 3PB0A 2P10A 4WJEA 3P84A 4Q32A 4DBEA 4K8HA 5D2XA 3LOTA 3FKKA 1RQEA 3L5LA 5LGXA 2A6NA 1LROA 3LTPA 4RLIA 1JRCA 2QCMA 5FEPA 5LZLA 2GUUA 3C2OA 2ZA1A 1JCXA 5AHNA 3BW4A 4N6FA 4Z1CA 3TV8A 4FIQA 1P5BA 1A5AA 2WSRA 1LBFA 1WV2A 4LVGA 3INPA 5D2TA 1H51A 1O5XA 4NNBA 1THFD 4GUFA 1IIGA 1LBLA 2YGYA 1S5TA 4O14A 1DJNA 1B3OA 3C52A 3FJLA 2NUYA 1SW0A 3KAOA 1V5XA 3HB9A 2O7SA 1R47A 2OT0A 1VJIA 3PBVA 1M7PA 1JCLA 1IGSA 1LZOA 4JD4A 2A6LA 2Z2UA 5E93A 3QSRA 1P0KA 4N2YA 2CWNA 3RLVA 3TNOA 3D0CA 1KFJA 1UCWA 2E6FA 2CZFA 1TPVA 1WBJA 4OGZA 3TE9A 3Q94A 1YTKA 3QW4B 1ZENA 4NXKA 1PE1A 1VH7A 2V0TA 2Y7FA 4A2RA 4MOZA 3PBYA 4MIMA 3TSBA 1GG1A 3W9ZA 3IIZA 3I7QA 3USBA 3N2MA 4A2SA 5DLCA 5BRBA 3LHUA 4MY9A 4JTEA 2ALDA 1I8JA 3W7OA 3P60A 2PC4A 4FNRA 1DOSA 4XKYB 3QH2A 2NUXA 1SZNA 1D9EA 5I3GA 1XI3A 1ZAIA 3G24A 2YZRA 4LS1A 3E96A 1OABA 4WQ6A 1TPC1 4RXGA 3W7IA 4YMZA 3NQMA 3TW6A 3QYQA 5KINA 3TROA 4JX4A 3W1LA 5EMUA 1KFEA 1XCFA 1IIHA 3WJWA 4QQ3A 3NZ1A 3RFAA 1W5NA 3WK1A 4AWSA 5LGZA 5FF2A 1QR7A 3LCIA 4KFOA 3I68A 2X1TA 4Y90A 5D38A 4WXYA 4IOTA 5KITA 1M7OA 3S5NA 2W6RA 3PAJA 1SUXA 1T8XA 1Q45A 1UUMA 3TCEA 5D02A 3BG9A 1C8VA 5K7JA 2CLFA 3TFCA 4IMDA 4NJGA 3V1PA 2ZCGA 5IBXA 4FXSA 4IMCA 4XKYA 2HS6A 1YXDA 3G1YA 4H4IA 3HG5A 1TPUA 2WJZA 2A7PA 1R46A 1KM1A 4AEOA 3W1RA 1OFBA 2ISWA 5DCEA 3MHGA 5F1VA 4XTDA 3W7RA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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