2DZVA

Structure of mutant tryptophan synthase alpha-subunit (d146a) from a hyperthermophile, pyrococcus furiosus
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
248
structure length
244
Chain Sequence
MFKDGSLIPYLTAGDPDKQSTLNFLLALDEYAGAIELGIPFSDPIADGKTIQESHYRALKNGFKLREAFWIVKEFRRHSSTPIVLMTYYNPIYRAGVRNFLAEAKASGVDGILVVDLPVFHAKEFTEIAREEGIKTVFLAAPNTPAERLKVIDDMTTGFVYLVSLYGTEEIPKTAYDLLRRAKRICRNKVAVGFGVSKREHVVSLLKEGANGVVVGSALVKIIGEKGREATEFLKKKVEELLGI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of mutant tryptophan synthase alpha-subunits from a hyperthermophile, Pyrococcus furiosus
rcsb
molecule tags Lyase
source organism Pyrococcus furiosus
molecule keywords Tryptophan synthase alpha chain
total genus 95
structure length 244
sequence length 248
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date 2006-09-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00290 Trp_syntA Tryptophan synthase alpha chain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2dzvA00
4RZ5A 3W86A 4DF2A 2A1YA 1NSJA 2E5BA 4WJEA 4ZL1A 4RZ4A 1ZALA 1FXPA 4HNUA 2NX9A 3W85A 3KVLA 1H51A 3NAVA 4AB4A 1WXJA 1JUKA 1Q6LA 1SSDA 3ZWTA 3JS3A 3TSBA 3TK7A 3W7LA 1SO4A 3PR2A 3LCHA 3FA5A 4UMBA 3W1XA 5E93A 2VFGA 3DFOA 3W3OA 4I7VA 3L5MA 1P4CA 4FIQA 2QUTA 5AHNA 4GXMA 5AB3A 3ABRA 5FF2A 3W70A 3G0SA 2A6LA 4O57A 1ZAIA 2G95A 3SECA 3SW6A 3L9CA 2WSRA 5BW6A 3QH2A 4MVAA 1H5YA 3IGUA 4XUGA 3C2OA 3G24A 3NPWA 1NVMA 3AO0A 4M6QA 1YPFA 3P80A 3RLUA 4ONVA 1RD5A 2GVLA 2J88A 5GVJA 3UXDA 3W83A 1WDWA 1RVGA 3QPYA 4AWTA 4UTTA 1E51A 1PHWA 3TJXA 4LY8A 1GVSA 3LOTA 3PBYA 1DVJA 4Z1CA 3E0IA 5BMWA 4AWUA 2EGZA 3KOFA 2JGYA 4MYXA 2VEKA 2W79A 3M1ZA 4Q4KA 2ISWA 5K3VA 6TIMA 3MI3A 3E9AA 4GFSA 1UB3A 2X1RA 4NUWA 1THFD 3NQVA 3FYOA 1XI3A 3DGRA 3NQMA 1OF8A 2B7QA 3S8HA 2OMAA 1WX0A 3GLCA 2QJHA 1T0OA 4I7WA 1OFPA 1LRNA 4AXKA 2DZPA 1U5JA 3HGOA 4CNOA 1EUAA 4JTKA 4AHPA 1W3IA 1BWKA 2ZBTA 4FNUA 2C16A 1I2OA 1LROA 4WQ6A 1WQ5A 3MHUA 1YXDA 3NQGA 1LYXA 3WK0A 4IUOA 3DHFA 4K38A 1OFDA 2E1DA 3PG9A 2NV1A 3GB6A 4X2RA 3DH7A 1Z44A 3CHVA 3TROA 3QYQA 3VFLA 5LNUA 1OFBA 1Q6QA 3DZ1A 4M19A 4NZFA 4BI5A 3L68A 1W5PA 2FPYA 2CLLA 2ZZ5A 4UIOA 3THQA 3LHYA 4IMFA 5A5WA 1OFOA 2CLFA 2X1UA 4UCGA 4EF8A 4Q32A 1ALDA 4KKXA 3GVGA 3W1TA 3W84A 1ZJIA 4ICNA 5FESA 2CLMA 1KTBA 2FPTA 4CQ8A 3NL5A 4MY8A 1BKSA 1ADOA 1SZNA 3M7WA 4AH7A 2P0OA 2YFOA 2GJLA 4HNTA 3BG9A 2Y89A 1DHPA 2GUUA 3EX4A 4QISA 1LRTA 1PHQA 4ZZ9A 3P61A 4IMCA 3M5YA 5AC7A 2RDWA 4LV4A 3R2GA 1TCDA 5D38A 5HUOA 3QW3A 5E1QA 3LRKA 3NVTA 1YADA 5LNWA 1U83A 1F73A 5D03A 1DQXA 3ZR4A 4HT3A 3SIZA 2ZZ6A 3W75A 2HMCA 4O4VA 2DU2A 2A0NA 2ZZ3A 1WA3A 4QITA 1ME7A 3W7GA 1IXOA 2QUUA 3G3DA 1NFBA 4XKYA 2VFEA 1JCMP 2XFWA 2FTPA 5FEWA 4Q33A 3P81A 5LNVA 5DY2A 2ZTKA 2QAPA 1H7XA 1EUNA 2DZUA 3GDLA 2QJIA 3W72A 5U4NA 1KBJA 3QSRA 4N4QA 3B0UX 3LGEA 2LLEA 3IIPA 3GDMA 4TMBA 1XDLA 3R5EA 4G1KA 4JN6A 1QO5A 1GYLA 3MUXA 3W7EA 1SQ7A 1OF6A 2YXGA 2X1TA 4Z1BA 3VE7A 3CWOX 2Z6IA 4K8HA 2ATSA 3TMLA 4O14A 4K36A 5HQEA 2QF7A 4O15A 2P1FA 4BI7A 2ISSA 4NXKA 3PUEA 1ZAHA 5IBXC 3F4WA 3MYPA 2OJPA 3KRZA 3LCGA 4UFJA 1OYCA 3NZRA 3UWVA 3TIMA 2Z2UA 3IIXA 1FY6A 3B0PA 3CC1A 3W1AA 2YX0A 4NT0A 2TSYA 1BWLA 4JTUA 2QAFA 3I68A 3GYEA 1MZHA 3RK8A 1JCLA 3W1LA 2WV8A 3NQ6A 4LUIA 1FWWA 3PSWA 1VH7A 4DPPA 5G2HA 1LLWA 1YPIA 3WK3A 1VJIA 4N9BA 1BEUA 2WSYA 1MEHA 4O12A 3GKFA 3GAKA 3OVRA 3B04A 1HG3A 1V7YA 2EKCA 4OHQA 3NL6A 1IIGA 4AWSA 5AHIA 1B9BA 1X1OA 1W37A 1LM1A 4IX0A 3PG8A 4K37A 1SW3A 2H3BA 1JR1A 4NNBA 2YFNA 3G1FA 4K8EA 4UFLA 1FCVA 1B4KA 3LCFA 2DZXA 3W9ZA 1ICSA 1ML1A 3TXVA 3CT7A 1YDOA 2ZA3A 3EB2A 3LBCA 4K7VA 2B7PA 5G4WA 2V8ZA 2Z0IA 1FWNA 3I65A 1KM1A 1FBAA 3C4UA 3DU0A 4JTSA 2ZRZA 3C2VA 1GJPA 3O07A 1I2NA 4EVZA 3NQCA 3C8FA 3N14A 3W7KA 3S5OA 1GOXA 4K7YA 3C52A 3G1XA 3M5XA 1I2PA 3R12A 1RPXA 3P82A 1L2UA 2QDHA 2Q8LA 3F1QA 4IPIA 3W7NA 2ZRXA 4YLWA 4O8RA 1F74A 2GVGA 3NPVA 3P67A 3A22A 3OBKA 2BZNA 3QMSA 1JCXA 2J27A 4YCOA 2ZCGA 4DELA 2NUWA 1MEWA 1F6PA 1TYGA 1F5ZA 5I3IA 2WNQA 4HIBA 4LT9A 5I3JA 3W7PA 1N8FA 3NPXA 5HMSA 3M5VA 3FKRA 4ADUA 3GDRA 2CZEA 3DKLA 3PWAA 4O17A 3IVTA 4JTIA 2A5HA 5HR6A 1W0MA 2RKXA 4ZMGA 1LDCA 3LERA 4UTUA 5K9CA 4XTDA 3T7VA 3PBWA 1DL3A 2V9DA 2QDGA 2PRLA 1V5XA 3HG4A 4ORIA 2C14A 3W1UA 1M7PA 1K03A 3WK2A 1ZY9A 4FX7A 3O6YX 1SO5A 4QIUA 3NQ7A 4JGDA 2NXIA 2YZRA 3KVMA 2NXHA 5I3HA 3UZJA 4A21A 4GUHA 3UY7A 4JYDA 1AK5A 3NDOA 3TXZA 4IOTA 4X22A 4IGHA 3CEUA 5EPDA 1W5NA 3EWYA 1OYAA 4NQ1A 2JK2A 4BR1A 1K8XA 5LSMA 3FEMA 2V2CA 1LP6A 3E49A 2Z6JA 1OX4A 2WSQA 4UNLA 3BGGA 1LBMA 3ATZA 4O18A 4JY9A 3LHWA 3PB0A 4Y90A 1C9DA 3C2FA 1VYRA 1W56A 1J5TA 4LS0A 4N4PA 2PURA 1I2QA 4IPJA 4RX0A 1PIIA 3GDKA 3STCA 1S5WA 2JBMA 5TIMA 2TMDA 3DI0A 5CPOA 5KINA 1DBTA 5D32A 2XN2A 1W3NA 3D0CA 2CLEA 4NZJA 1HUVA 1TPWA 4QQ3A 1XCFA 2FQIA 4P2VA 5TQLA 1H1YA 4OWGA 5F4SA 2JKEA 3EEGA 4O1CA 5EY5A 3M6YA 5D09A 1O94A 3MYOA 5CG7A 1NF0A 3MP5A 1KLYA 5EA9A 3RLVA 2G97A 3C0JA 1TO3A 1P1XA 1H7PA 1VQTA 1SFJA 2F84A 1T99A 5F1UA 1L9WA 2J9XA 3O06A 1CX9A 1QPOA 4MIMA 1Z48A 5DY3A 3S1VA 5C5YA 3TQKA 5C55A 3P7YA 1UBSA 2YDAA 3G1SA 1Z42A 4LUJA 1ZCOA 5HWMA 3M43A 4FEZA 2F7FA 2NX1A 4R53A 3W74A 2DZWA 3ABQA 4X3ZA 1VPXA 1L6SA 3LTYA 5CPNA 4JX4A 3NGJA 3S5ZA 4RLIA 2V0TA 1P5BA 4XWUA 3KX6A 5HNRA 3FJ6A 1YTKA 4PTNA 4I7UA 4NXSA 2H90A 3DAQA 4ZQOA 2UV8G 3HIJA 5A8GA 1TTQA 2IQTA 3UWWA 4MZ1A 4OV4A 5F4WA 3N9RA 1SU5A 3TV8A 4OV9A 4EIVA 1LOQA 1G4EA 1LOLA 4FO4A 3STEA 1M6JA 2V82A 1OFRA 3FKKA 3O6DA 4N9CA 4PFMA 3O05A 3IVUA 4MLJA 4MYAA 4UMAA 4XBKA 1KM4A 2CLOA 2A2IA 4HHPA 3W23A 4AEOA 3DFSA 1A5SA 3B06A 2VELA 3WJYA 2E6YA 3MHGA 2B0MA 3Q2DA 5AHFA 3QJAA 3P62A 2QCEA 2YCEA 5LGZA 3O16A 4LW7A 3ABOA 2QCDA 3QPZA 4BF9A 3CWNA 1UCWA 2VEIA 1TTPA 4DQWA 3SGUA 3TDFA 1TPB1 4UTWC 5FF7A 4GRSA 4HSOA 4IXXA 5K2ZA 1KFBA 4ZQRA 4DPQA 3MI6A 3LDVA 1FCQA 5T26A 3S0CA 2DZTA 3H54A 2RFGA 4M7SA 2ZDRA 3UY8A 4JX5A 3F4NA 5DXXA 1VHNA 4HPXA 2VFDA 1GG0A 1ICPA 1H50A 3QRHA 3MBFA 3PF3A 3GK0A 1VZWA 4AMAA 3LCIA 3TR2A 1XC4A 2GPTA 4ADSA 2Y63A 4H4IA 5K4XA 1KFCA 3L65A 6ALDA 5DCEA 4O50A 3GAYA 1JQXA 1N55A 1R30A 4JNMA 3PAJA 3P8JA 3LHUA 3LX9A 4TIMA 1OYBA 1W54A 1F76A 3PSVA 3I7QA 1TV5A 3KFTA 3IEBA 3A23A 5CPLA 4MOZA 4RXFA 5DLCA 3EX1A 3HJZA 3THAA 2BXVA 1RZMA 1AL8A 3OA3A 1JVNA 4O1BA 1HL2A 4JX6A 1YTDA 2ZA2A 3P8IA 3BVJA 2FLIA 3O63A 3VNDA 2Q3OA 4HNNA 2V5BA 1H7NA 1XDMA 1Q45A 2C6QA 2ZZ2A 2XN0A 3OEXA 1I8JA 2E77A 1SPQA 2YPIA 3KXQA 1TV7A 1I45A 3LLFA 4RR4A 4L4MA 1KM6A 1R2SA 3AJXA 3A9IA 4FF7A 2CZFA 3I7RA 5DN1A 4DF1A 1YLVA 5G2WA 3NQ8A 3SZ8A 3DENA 4ZQMA 3BG3A 1PE1A 4PCFA 3NEVA 2I14A 3MHFA 3BGJA 3W7JA 4YWIA 5AN7A 1L6WA 3DBPA 4LOCA 4UTWA 2C3ZA 4JTGA 3S42A 1K7FA 3CIWA 1H7RA 4Z1DA 4P61A 3W7MA 2DZVA 3NG3A 2WKJA 1KFEA 3G1VA 4JTFA 2BSLA 4XKYB 4Z0SA 4FIRA 4GUFA 1GT8A 5H91A 1QOPA 1GQNA 4NNAA 2VFHA 3CLMA 3IIVA 3FIGA 3FS2A 4K39A 1KA9F 2ZTJA 3QF0A 4D2JA 1GWJA 3TCEA 3F03K 2TRSA 3TNOA 3EWUA 3USBA 3KVKA 3C3NA 1SSGA 1LOSA 3UQNA 4LNYA 4A2SA 2Q3RA 2NX3A 5DBTA 5G4EA 2ZZ7A 3SI9A 2QCLA 1YXCA 3WJWA 1EP3A 5CZ0A 3CM4A 3UWYA 3M44A 2RDUA 1Q6RA 3O6CA 1TJRA 4Z1AA 1H60A 3LB0A 4WY0F 3TMQA 2CZDA 3NL3A 3W2JA 1GVFA 2ZRUA 3DI1A 3JR2A 4O1DA 3LCXA 1AW1A 2C13A 3DHDA 3A21A 3TAOA 3LXCA 2DORA 4RXGA 5AYZA 2DJLA 3FFSA 4EWND 3W1NA 1VCGA 3HG5A 4YXGA 3MWAA 4O16A 3PUDA 3W76A 3PULA 4JTHA 3CQ0A 4WD0A 1RV8A 3I7SA 5CKSA 2AQWA 3VCRA 4Y6GA 3W6YA 3ZWSA 3H55A 2A4AA 1CW2A 2W6RA 1EEPA 4O11A 3CIXA 5BNKA 1OFQA 3TFXA 3TSMA 4JD4A 1GTHA 5CZJA 2VC6A 4JYFA 4Z0JA 3GKAA 1ZNNA 3GXTA 3M5ZA 2BLEA 2GJNA 3LRMA 1SZFA 1RQEA 2QEZA 2C1HA 4MPQA 4OQVA 3CTLA 2R8WA 4LVBA 1IF2A 1FWSA 3INPA 5IM51 2E6FA 3NO5A 4JIPA 1I2RA 2Y85A 3NR0A 2WQPA 4C1KA 3G1YA 2W0UA 2HS6A 1DJNA 1VCVA 2R14A 5FEXA 3P60A 3HPZA 3EWXA 3EWWA 1XBXA 5FEPA 4DEFA 2A7PA 3W1QA 5KTLA 1WYIA 3Q37A 1FDZA 3TE9A 3PUOA 5EBUA 3G1AA 3SGZA 3M41A 5D33A 3R13A 2WJZA 1K7XA 1OVDA 3TC6A 5MHBA 3W7CA 1TRIA 1TSIA 2QCNA 2I1OA 4DO6A 1G4SA 4AHQA 4M6PA 4ORMA 1QAPA 4GUIA 3DFTA 1GVOA 3G0UA 1VHCA 2VFIA 3BARA 3GNNA 3MBDA 3KVJA 1XM3A 3LV5A 3M16A 1XUZA 1BTMA 1KM0A 1W3TA 3GNDA 2V2HA 5EYWA 1WBJA 1XXXA 3H53A 1JULA 3RMJA 1R47A 4XZ9A 2NV2A 2O7SA 3HG2A 1KTCA 3P84A 3GX9A 4XTIA 3R89A 4YMZA 4O10A 1I4NA 2G5WA 4O28A 2QCGA 2C15A 3UPBA 3NM3A 4O52A 4TR9A 4UC5A 1SW7A 2X30A 3MJYA 4R7JA 3TKFA 3UWUA 3VKJA 5ABTA 2EF9A 3W87A 4FB7A 3KAOA 1GVRA 5DCBA 3NQDA 1SZEA 1XUUA 2V30A 3UXAA 3G3MA 3MO7A 1Z41A 4FNPA 3IIZA 2QJGA 4U28A 3W1MA 4BK9A 2WO5A 1A5CA 4JY8A 1K02A 3NQ2A 1IXNA 3UWZA 4PL2A 4LRTA 4UR7A 4UTJA 4WX2A 2ISVA 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 1VC4 A;  1AL7 A;  5HIN A;  1P0N A;  2KZH A;  1R46 A;  2WNZ A;  2VEN A;  3SSJ A;  4RZ6 A;  1JCJ A;  2V5L A;  3GR7 A;  3W1R A;  1EP2 A;  1F6K A;  4CQ9 A;  4IXH A;  1PL9 A;  1FX6 A;  3LHT A;  2B4G A;  3LXA A;  4JEQ A;  2J6X A;  3RND A;  1UAS A;  2AGK A;  2FJK A;  5AHE A;  5D2X A;  4UNK A;  3SJ3 A;  1TPE A;  1XKY A;  1G4P A;  1B57 A;  2E6A A;  1RQH A;  3UYC A;  3ATY A;  2XN1 A;  1DV7 A;  2A85 A;  1Y0E A;  3EWZ A;  3IGS A;  4W9T A;  5F2G A;  1Q6O A;  3HB9 A;  3TW6 A;  5G1Y A;  3EKL A;  4IQL A;  3GZ3 A;  3TAK A;  1XBV A;  1HO1 A;  2Y7F A;  1FWT A;  1ONR A;  3G22 A;  3CB8 A;  3QW4 B;  1D3G A;  2B7N A;  2FIQ A;  3BW3 A;  4IX2 A;  4BWL A;  3S5N A;  3G8R A;  3S1X A;  1M5W A;  3SFK A;  5LNS A;  1AMK A;  3L67 A;  2NUY A;  2NLI A;  2PCQ A;  5G5I A;  4CCC A;  4UFI A;  3LLD A;  1YTE A;  2RDT A;  1AG1 O;  3FYP A;  2CZ5 A;  5E0K A;  3S6D A;  5AC6 A;  3QZE A;  4S2C A;  3ELF A;  1G69 A;  3HF3 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3WLP A;  4RNF A;  3R0U A;  3W86 A;  1V6V A;  2A1Y A;  1NSJ A;  2E5B A;  3DYP A;  1UA7 A;  2VWT A;  3AYR A;  3LEP A;  4HNU A;  2NX9 A;  3W85 A;  3KVL A;  3MUC A;  4XAG A;  3VIK A;  2AL2 B;  2OOG A;  3WLR A;  4JN7 A;  4LYP A;  5C9R A;  1EO7 A;  3W7L A;  2YZ5 A;  3BJF A;  4OOU A;  3GNR A;  3LCH A;  2VCA A;  1YE6 A;  1DWG M;  1DED A;  3DFO A;  4DI9 A;  5HDR A;  3EDF A;  1PTD A;  1REQ A;  4Y9N A;  2OQH A;  1K8C A;  3L5M A;  4FIQ A;  2EXO A;  5I24 A;  2F2H A;  1O1Z A;  5FF2 A;  1E4L A;  2A6L A;  3VNL A;  1S2C A;  3WQD A;  1ITQ A;  3T2P A;  1ZAI A;  3SW6 A;  4PB3 A;  3B9O A;  2Y8U A;  4MVA A;  4PGL A;  4X0V A;  3IGU A;  4XUG A;  3LQG A;  4WKF A;  3A4A A;  4M6Q A;  1ITC A;  2J88 A;  3BCF A;  3UXD A;  3G5E A;  3GHU A;  3EKG A;  4GQ0 A;  1HT6 A;  3H23 A;  1CXH A;  1RVG A;  4UTT A;  1XH1 A;  4R9X A;  1PO9 A;  3TJX A;  1VP5 A;  3LOT A;  3EOS A;  3PBY A;  3VNK A;  3T0B A;  1KQY A;  1CT5 A;  2JFE X;  2EGZ A;  3M0M A;  4Z2I A;  3CL7 A;  3VIM A;  3B8W A;  4Q4K A;  3RM4 A;  6TIM A;  1UB3 A;  4PZV A;  4NUW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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