2F8Q | Genus

Total Genus 139

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	139
sequence length	353
structure length	353
Chain Sequence	QPFAWQVASLADRYEESFDIGAAVEPHQLNGRQGKVLKHHYNSIVAENAMKPISLQPEEGVFTWDGADAIVEFARKNNMNLRFHTLVWHNQVPDWFFLDEEGNPMVEETNEAKRQANKELLLERLETHIKTVVERYKDDVTAWDVVNEVVDDGTPNERGLRESVWYQITGDEYIRVAFETARKYAGEDAKLFINDYNTEVTPKRDHLYNLVQDLLADGVPIDGVGHQAHIQIDWPTIDEIRTSMEMFAGLGLDNQVTELDVSLYGWPPRPAFPTYDAIPQERFQAQADRYNQLFELYEELDADLSSVTFWGIADNHTWLDDRAREYNDGVGKDAPFVFDPNYRVKPAFWRIID

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structures of native and xylosaccharide-bound alkali thermostable xylanase from an alkalophilic Bacillus sp. NG-27: structural insights into alkalophilicity and implications for adaptation to polyextreme conditions. pubmed doi rcsb
molecule tags	Hydrolase
molecule keywords	alkaline thermostable endoxylanase
total genus	139
structure length	353
sequence length	353
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	2005-12-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2f8qA00

3UESA 5IFTA 4H2CA 4LXFA 1HXJA 5JBEA 1NWTA 1DWHM 1UD5A 2OYLA 4ACZB 3FAXA 4DM1A 3ZJ7A 2CESA 1E4IA 4H8HA 5A6KA 2VQUA 3AHYA 1V3LA 1BHGA 2WHLA 5I0DA 5AYIA 3WH7A 1UUQA 2WWDA 1HP5A 4AIOA 3G6MA 2X05A 6CGTA 4W93A 2VUYA 4WKFA 5ABFB 1O7AA 1MVYA 2Y5EA 5CG0A 4Z2IA 1KWKA 2WMJA 1HKKA 1ZL1A 3MO4A 2D22A 1J01A 3CUGA 5IDIA 2OWWA 3RDKA 3WKZA 1WZKA 2BXYA 2PWEA 4D6GA 1ISVA 1KXHA 1OSEA 3ARUA 1BLIA 1UKSA 1WP6A 1JZ6A 2J8FA 1EXPA 3I3BA 2BVYA 1R8LA 1CTNA 1QHZA 3GXMA 2D24A 4H04A 1J0KA 4FF5A 4BQ4A 1GONA 4GO8A 1JZ8A 1E6XM 1OT2A 4KRUA 4PMXA 1JYWA 3EMQA 3MUIA 2CBJA 2ZXAA 4PMZA 2ZX6A 1TUXA 1XHGA 1UHVA 3QHOA 2J7FA 5GNYA 3ARQA 5LA1A 1M03A 2OYKA 2IXVA 5F7UA 3WFZA 4XV0A 2G3IA 1TZ7A 1GCYA 4NRRA 2VRQA 2EPNA 1W3HA 3BMWA 1E71M 1LLOA 3JUGA 4DWSD 2VO5A 2XFRA 4M29A 4D1IA 2VR4A 4FMVA 1GNXA 3CHEA 2VCBA 1G94A 2WHMA 4W8LA 2G3MA 5E6ZA 2QV4A 4U33A 3VDCA 3AIRA 2IUZA 1Q6DA 1ISXA 3AHXA 3WDJA 1QNOA 3FW6A 3PZVA 3M7SA 3EDJA 3GTNA 4TVUA 1CGYA 4NRSA 3NSNA 3B9DA 3SCQA 5ECUA 1JYNA 1JD9A 2EXOA 3GYCA 1EHNA 1QW8A 4BF7A 2F61A 1KBKA 4KH2A 1EDQA 1BAGA 1UD3A 3WEOA 1UWTA 3VD4A 3RCNA 3U5YA 3CTTA 1WZMA 2J7EA 2X0HA 1XSJA 5C71A 3K46A 4F79A 4TXEA 4YPJA 1E72M 3AS1A 1E43A 2CPUA 3LMYA 4UZSA 1M53A 3VM7A 1VAHA 1P6WA 2A3CA 1K9TA 2YIHA 4GI8A 4IPNB 4J3SA 4JL2A 5BWFA 4QDMA 1C7TA 4A4AA 1OT1A 1JI1A 3AIEA 3II1A 4QLJA 4PTMA 3MV11 4JCLA 4PMQA 5HPCA 3NSMA 3B9AA 1Q6FA 4PN2A 1NM9A 3AYSA 2CCRA 3KE0A 2JIWA 1NP0A 5GQBA 3HU7A 3VIOA 4LGXA 2XGBA 3ZM8A 2W67A 4PRWA 4IISA 2HISA 1B2YA 2W61A 3NJ3A 2UY3A 4B15A 2ESCA 5FOOA 4AWEA 3VTRA 5A6JA 3MUZ1 3VUPA 2OSYA 4M80A 5E9AA 1MXGA 4ML4A 1WDQA 1E5JA 2EPOA 4NSBA 2ZWZA 1QI5A 4W5ZA 4IPLA 4J3XA 1HT6A 2A3HA 3CZEA 4MB1A 4UQBA 2CHOA 5I2UA 3CZGA 1QNQA 2VVSA 7CGTA 2WYSA 5DT5A 3SCWA 2XHYA 4ACZA 5A8MA 4WIWA 3AIUA 1NWSA 4JAWA 3M6DA 2YBUA 4Z2HA 5FL0A 1OGGA 4XB3A 1KQYA 5BROA 1VJSA 4AIEA 4EANA 1WCGA 3VIPA 1DWFM 2YDQA 2BXZA 4MADA 1GOOA 4AEFA 4KWUA 1CENA 2YDSA 3CIVA 4HOZA 3GH4A 1ZJAA 3RM4A 1XRVA 1K9FA 3ZMRA 1W1VA 3UG5A 1H0IA 1U2YA 3AMCA 1QHOA 2J75A 4QLKA 2DT2A 1GPFA 1FP8A 2WBKA 1GQJA 3W81A 3PTMA 3AHTA 1WPCA 1KCLA 4H8VA 1HJWA 3CHDA 4QCFA 3OGRA 5D9MA 3SCNA 1LL7A 2WANA 3SCOA 4MB4A 3VDHA 1HJXA 2WSKA 3F5JA 4GI9A 4GO9A 3K8MA 1VJZA 2V5DA 3PN8A 4AISA 4HU8A 3AI0A 3MMUA 3W4RA 2VZSA 3L4TA 1QBBA 4JKMA 3UG4A 5A3HA 3MMDA 1WZAA 2CKRA 3WD4A 5LA0A 3VGGA 1DHKA 4M81A 5DFAA 1JXJA 2ZUMA 2FGLA 2XSAA 3ZJKA 5A8OA 1CXEA 2PC8A 1WE5A 4JCMA 1GORA 2J8GA 2VZOA 3W25A 1Q6CA 2XG9A 3AICA 1K9DA 4ATLA 1JF5A 1HJUA 2VTFA 4W88A 1HNYA 4NZCA 3N13A 3ZR6A 4D6JA 1PAMA 2JF7A 1FOBA 1E55A 4TTGA 1CZ1A 4W87A 3IAQA 2WMKA 3VD9A 1ZBVA 1V3KA 4LYRA 3MV01 5BXSA 2XTKA 1W3KA 3QOMA 4XUYA 2EPLX 1ZBKA 4CN1A 4P7NA 1J0JA 2X8RA 4AYSA 2WCGA 3AMKA 3IJ7A 3S6TA 4LX4A 1J9YA 1I1XA 5BCAA 1UR4A 4OBSA 3UETA 1WDPA 5GNXA 2UWFA 1KXVA 4CCDA 1FFQA 1ZBWA 4U5KA 1G9HA 4UQAA 3GH5A 1RD6A 3VX0A 1TCMA 1GQKA 5I5RA 2NT1A 1J0IA 1H3GA 2V5CA 2IXUA 5E0CA 4D71A 1GOWA 3AS0A 3OBAA 2WSPA 4D1JA 5HPOA 2DQXA 4H41A 1WKYA 2D23A 4P7OA 3SCTA 1B3YA 2DSZA 3K8LA 3CHFA 1TA3B 3RILA 1RP9A 1W9DM 3N11A 3AHZA 1JZ3A 2XJ7A 2WLZA 5A8PA 2VOTA 2WMIB 1HVXA 1NOWA 1YHTA 4P7RA 1NWRA 1CGVA 2O9TA 2Q8XA 3WELA 3NDYA 4AZ7A 2CKSA 1UZ1A 2VT0A 3EMCA 1XGZA 2WVTA 3SURA 4UOQA 5AY7A 2VCAA 1NQ6A 3VU2A 1LWJA 4GZIA 3N9KA 1NOUA 1ZB5A 2WC7A 2C7FA 2XYLA 1U30A 2W63A 1JDAA 5D4YA 2C8NA 3CH9A 4UFJA 1PZ2A 1CXKA 3RM9A 5I24A 1V6VA 3OGVA 1W9XA 2VVNA 2D0HA 2WB5A 3RIKA 4JZ5A 3RM8A 1PX8A 4YHEA 2BFGA 4E4PA 3AFBA 3CPUA 4UFKA 4ZFMA 3ZT5A 4FLOA 1VFFA 5EFFA 4GQQA 4K68A 4LQ1A 3ARVA 4C7FA 2ZICA 2OWCA 3OB8A 2VNCA 3CZKA 3D3AA 1OM0A 2AMGA 1N82A 4Y7EA 1KR0A 4CVWA 1MQRA 2ZUWA 3N15A 2GK1A 3A4AA 2ZX7A 1G1YA 4FLSA 4F9DA 4OOZA 2D3NA 2DT3A 4AD0A 3ECQA 1BFNA 3WF1A 1X6LA 3NSXA 3BAKA 3FHAA 5DMYA 1UR9A 1C93A 3TTYA 3VNYA 3L4ZA 3FHQA 4P8XA 1E3XA 4HMDA 2E9MA 1BYBA 3VNZA 4D6FA 4PTXA 3T0DA 4BQ2A 3UG3A 1SMAA 4UTFA 2FHFA 1M01A 3A6OA 1V6WA 3GXIA 4HMCA 3WQ5A 1JFHA 5CLTA 2J25A 3MMWA 2J77A 2VZUA 2DPEA 2YKKA 1E6PA 1KXQA 2E8ZA 1BYCA 1W1YA 2YOCA 3AIWA 3J7HA 3ALGA 5CPSA 1LG1A 1UR0A 2Y8KA 2PWFA 3AXHA 4QAWA 2G4FA 3CUJA 1TG7A 2WC4A 1UKTA 4MAVA 2BHUA 4GPNA 2JEPA 1E1EA 4HA4A 1E9LA 2VR5A 2WVVA 3DHPA 4AZIA 3CZJA 4NF7A 1GOKA 5HXMA 4U3AA 1GVYA 2VURA 4TUFA 5TD4A 3EDFA 4KGLA 3MKKA 4IM4A 5I77A 2V3FA 1E40A 1JZ7A 3OGSA 1C8QA 2VQTA 1VENA 4WF7A 4DWSB 4EAMA 5A6MA 3I3EA 3OLGA 3AJ7A 1B3VA 1W9UA 1GQLA 1VIWA 3W6LA 4CD6A 2ZUVA 1O6IA 2VX7A 4PUEA 3F5LA 3WD0A 2VZVA 2EJ1A 4A3YA 5HNNA 2X0YA 3CUFA 5A6LA 2YBTA 1B90A 4CD7A 3EDDA 3LPOA 3T09A 4N42A 1UWUA 4L4OA 3ZIZA 3ARPA 2A3AA 2WVSA 3WH6A 3W82A 2WK2A 1LL4A 1HIZA 1K9EA 4V28A 3BGAA 1V3MA 2F2HA 3K8KA 2D1ZA 4P8UA 3BC9A 4BA0A 3BAWA 1FH9A 1R85A 1H1NA 4Z2KA 2BY2A 1PEZA 3TTOA 1KWGA 3U57A 5BYWA 1QI3A 4BS0A 3KL5A 1XCXA 1AQ0A 1JDCA 3UR7A 1JF6A 1QVBA 1B30A 2ZX5A 1W9PA 2VL4A 4TX8A 1NWUA 3AXIA 3MU7A 2FGZA 3OLDA 4D6CA 2O9RA 1JYVA 5CPQA 1Z32X 4PTWA 2WMIA 2DSWA 3HN3A 4P8VA 3L2MA 2XWEA 1C8YA 4Z2LA 2XIIA 3BLKA 2PWGA 2E3ZA 2BY1A 1FA2A 8CGTA 1UD4A 1V02A 3WNNA 4LYPA 4U2YA 4J3TA 4E2OA 1JYXA 2YDRA 4WLCA 2AOSA 1VRXA 5KEZA 1FHDA 3WF0A 5A95A 3E1F1 5CGMA 5ABHA 4FLRA 5BRQA 1R7AA 1CGXA 3WBEA 1B31A 3WQWA 4OIFA 1E56A 4PSRA 5A6BD 3THCA 4HA1A 1VFOA 2G3NA 1WZLA 1V03A 3NDZA 3WUGA 3WUEA 3BSGA 2XVPA 2WMGA 4EKJA 4MDPA 1OD8A 1X6NA 2CXGA 3O2LA 5DEZA 3ZR5A 2ZUNA 3ARXA 3VD7A 2VMFA 1XH2A 2XIBA 3GXFA 4E8CA 1W3JA 3VIMA 1UZ4A 3ZJ8A 1UH4A 3SUTA 4Q7NA 1E1FA 4GQRA 2PI6A 3ZOAA 3ARWA 1C91A 4HPGA 1JNDA 1HP4A 4MNJA 4PMYA 3AXXA 4UQDA 4PSPA 2DH2A 1UH3A 1R87A 3QHMA 3TTQA 1ISYA 2RGLA 3FN9A 3AIQA 1Q6EA 1OB0A 2CNCA 2O9OA 1HX0A 3AMDA 5D8ZA 4DWSC 2E0PA 2BHYA 2DIJA 4J28A 2JALA 1HN1A 4CN4A 1DP0A 4DUXA 3GXDA 2YA2A 3TONA 4CN6A 1XV8A 5FIPA 3VO0A 2X09A 3FNDA 3QOKA 1H4PA 2JEQA 1PBGA 5CJ5A 4M24A 3QHNA 1W2VA 3CMJA 4PMRA 3RPMA 2DT1A 5M5DA 1GOIA 4AC1X 2XWDA 1W32A 3WMCA 3CUHA 4U3CA 2DSUA 4AEEA 1E0WA 3LPFA 5FCZA 3RMEA 1E6NA 4EK7A 5E70A 2ZWYA 3ARZA 3W37A 1V0MA 4XX6A 4QLLA 4PMVA 5A2AA 2EO7A 3L4YA 1ITXA 5HOSA 4CCEA 2DT0A 1V02E 5M17A 2WNWA 2D20A 4H8UA 4CUCA 4KGJA 4D6HA 3KEHA 4RE4A 2VC9A 1B3WA 5CZKA 3GBEA 2G41A 4UFHA 1J0ZA 5BXRA 2EQDA 2CERA 1DWGM 3THDA 1BF2A 3WMBA 1OBAA 1XCWA 4MAZA 3DYMA 4DWSA 2ZE0A 3N1AA 2NT0A 2VZTA 4AIUA 5A8QA 1SMDA 1WO2A 1GHRA 1J10A 4BZYA 2GFTA 4ATWA 2VX6A 1R86A 1DWAM 4HU0A 1HKJA 5ABFA 5CPTA 3GNOA 5C70A 2CBIA 1MYRA 5EFDA 4AXNA 1EDGA 2J7HA 3WQ8A 1OWQA 6TAAA 3TOPA 1QOXA 2E8YA 1B3XA 3WQVA 2FDMA 1VFUA 4OOUA 1V3IA 3WD3A 2QLYA 4WKAA 4GXPA 1QI0A 5JUVA 1MW0A 2W66A 4B9YA 4W7UA 1IV8A 1RH9A 2Y4SA 1MQPA 4F66A 1CXFA 2XGIA 5E09A 3GBDA 4AZHA 3OLIA 2PBOA 3A3HA 4HZ8A 1QI4A 3WDPP 4MB5A 2W92A 1XSKA 1ESWA 1OD0A 3WY1A 4LYQA 1C8XA 4AD3A 2O9PA 2PWDA 1EDTA 3VIHA 4AZBA 3O6AA 1TFVA 3I3DA 1A3HA 2D0FA 2DEPA 2WMFA 3U7VA 3VD3A 1PZ3A 1PX4A 1JNEA 1UR1A 1E4NA 4C7DA 2ZOXA 4JFVA 4UFIA 4ZE5A 5I6SA 1BG9A 1IZJA 4JFUA 5E6YA 4MNKA 1HKMA 4HZ7A 4AZCB 3PTKA 2ZX9A 4JKLA 2OSWA 3ARRA 3ZQ9A 1BVZA 1FH7A 4BQ3A 4YN5A 4XZWA 2XVKA 3AYRA 3AIVA 3SCPA 4OJYA 3PZ9A 7A3HA 5I78A 1HJQA 3VDBA 2AAAA 5D9PA 2OWXA 4HMEA 3VMOA 2BVDA 2V3EA 3L4XA 3W0KA 3ZT6A 1JZ4A 3W6MA 3WNMA 1B1YA 4M8UA 5HDRA 1F4AA 1W91A 5AC5A 1W3LA 3ZJ6A 3NIYA 3PBGA 1XYZA 5JBFA 2CETA 5DO8A 4TVDA 4H7VA 3CBWA 2Z1SA 2WZIA 4CCCA 4J27A 1US2A 4AD5A 1W1PA 1V08A 1QNRA 3GH7A 2CBUA 1KB3A 1V0NA 3HJEA 4DM2A 4FLQA 3EDKA 3NCOA 2WHKA 4YHGA 1DEDA 3D5HA 3POHA 4UOJA 3VGFA 1UD6A 4W86A 3CLWA 1H41A 4B9ZA 4L4PA 1I1WA 1JFXA 2D2OA 4XZBA 1AVAA 1BTCA 4B16A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4TTU A;  4W85 A;  2Y8V A;  5ABE A;  2YJQ A;  5IFP A;  1BYD A;  1EIB A;  3MAN A;  1V6X A;  2JF6 A;  3DYP A;  1CDG A;  4U5I A;  1GZJ A;  1E0X A;  4FK9 A;  1E4L A;  1UOK A;  3WSU A;  3VMN A;  2A3B A;  4W8B A;  5CXP A;  4AZ6 A;  3TP4 A;  3LPP A;  1LG2 A;  2JIE A;  2D3L A;  2GJX A;  3AOF A;  3UER A;  1BGA A;  2QF8 A;  1VEO A;  2X1I A;  1KGX A;  2YA1 A;  3KL3 A;  1XH0 A;  4W7V A;  1JD7 A;  4JHO A;  4CD8 A;  5EMY A;  4JFT A;  4U2Z A;  1B9Z A;  2XM2 A;  1TVP A;  1WB0 A;  1TE1 A;  3WBA A;  1W1T A;  1LWH A;  1DTU A;  5A6S A;  1KQZ A;  4CU7 A;  2X2Y A;  1EHA A;  4X0N A;  3WNL A;  3GNR A;  1UKO A;  4OZO A;  5KZ6 A;  1S46 A;  3L2L A;  3B9E A;  1EO7 A;  1PX3 A;  1BSI A;  3CUI A;  3UR8 A;  1AMY A;  3PZN A;  2E40 A;  3POC A;  3AIB A;  5LA2 A;  1EH9 A;  5CGT A;  1SR0 A;  4GI6 A;  4U31 A;  1E73 M;  4AZG A;  4ATD A;  2GUY A;  1UD8 A;  1E6Q M;  1VF8 A;  4C7G A;  2E9B A;  3WF3 A;  4PCS A;  3HMC A;  1EQP A;  2DGA A;  2CBV A;  3SIM A;  4QP0 A;  1V3H A;  1ISZ A;  4QFU A;  4JKK A;  3T0A A;  4V27 A;  1PIG A;  3AHV A;  1QW9 A;  1AQH A;  3NUK A;  1E15 A;  3WDH A;  4PUD A;  5CQ1 A;  2EEX A;  1H09 A;  1BVN P;  2DSV A;  3F5K A;  4MB3 A;  4V2X A;  4UQE A;  5A94 A;  2DSK A;  1JZ2 A;  1ECE A;  5A69 A;  2C0H A;  1J18 A;  2HVM A;  2JE8 A;  4LPC A;  2VRK A;  3RJY A;  5C8B B;  4J3W A;  3WN6 A;  3OZO A;  1R7O A;  2RGM A;  4P7Q A;  4WJX A;  3SUS A;  4MNL A;  1KBB A;  3PHA A;  1FHL A;  1LF1 A;  4HPH A;  4D72 A;  1JGI A;  4AZ5 A;  1HJV A;  4JFS A;  3BXW A;  1CGT A;  4W7W A;  3VIG A;  1CBG A;  1EOK A;  1X1N A;  4Q22 A;  4HOX A;  2GSJ A;  3MUA A;  2BV9 A;  4AY1 A;  3OIH A;  5IHS A;  4PMD A;  2ZXD A;  1KXT A;  2YLL A;  3L4V A;  1FP9 A;  1OGB A;  4URI A;  3PZQ A;  3WUB A;  3F4V A;  3IJ8 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2F8QA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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