2H6R | Genus

Total Genus 59

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	59
sequence length	217
structure length	203
Chain Sequence	MVIVINYKTYNESIGNRGLEIAKIAEKVSEESGITIGVAPQFVDLRMIVENVNIPVYAQHIDNINPGSHTGHILAEAIKDCGCKGTLINHSEKRMLLADIEAVINKCKNLGLETIVCTNNINTSKAVAALSPDCIAVEPPEVVEGTVRAVKEINKDVKVLCGAGISKGEDVKAALDLGAEGVLLASGVVKAKNVEEAIRELIK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structure of triosephosphate isomerase (TIM) from Methanocaldococcus jannaschii pubmed doi rcsb
molecule tags	Isomerase
source organism	Methanocaldococcus jannaschii
molecule keywords	Triosephosphate isomerase
total genus	59
structure length	203
sequence length	217
chains with identical sequence	B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2006-06-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2h6rA00

2QCGA 3DFQA 5G2WA 1SUXA 2QDGA 2WSRA 1GVSA 3N9RA 1P5BA 1W1ZA 3BW4A 4GWEA 2YYTA 4UTKA 4WD0A 1L6YA 2YGYA 3UXDA 4JTFA 1OX5A 2PURA 1DL3A 2YCEA 3O16A 3QMTA 4LC6A 1FY6A 2ZZ3A 1QNVA 3W85A 3ABSA 4K8EA 2DZUA 3FJLA 3TE9A 4HHPA 2Z2UA 2X16A 1TB3A 4AH7A 3Q2DA 3NQAA 3PVFA 3KVJA 3MMTA 3EXTA 1TRIA 3YPIA 4TU1A 3KVKA 3W22A 3EX6A 1KBIA 3S1UA 5L9FA 2BLEA 4KKXA 4QIUA 4FNPA 2VENA 4O18A 2QJHA 3SECA 2Y7EA 4EVZA 3W7PA 2R94A 3TQKA 1KFKA 3B0UX 3B06A 5D05A 3HGRA 3PUOA 4GFSA 4PC8A 2A6NA 4ZL1A 1XM3A 4LUJA 4HPXA 1VQTA 3O05A 3LTSA 4QISA 3H53A 1G69A 3LHYA 4IWWA 2FB2A 3R8RA 4ML9A 4IXXA 1KFEA 4ZQOA 1VRDA 3CEPA 2QJGA 1VJIA 3TW6A 3CWOX 3G1DA 3MHGA 4AF0A 5K9XA 1VR6A 2QCDA 1AW1A 1LBLA 1T8XA 2LLEA 2AQWA 1F5ZA 3Q94A 1UJPA 3Q37A 5EA9A 3EWWA 2C1HA 1HTIA 3PF3A 1W0MA 3HF3A 4O8RA 2EGZA 4RCXA 4ADUA 1JUEA 3PUEA 4DPQA 3GX9A 1JRCA 3LHWA 1PCWA 2ZYFA 1KLZA 2HS6A 2VFHA 3DENA 3LRMA 1PL9A 4JTUA 3DHDA 3NA8A 4WXYA 3IGSA 3W73A 4ZMGA 3B4UA 5F1UA 3CT7A 1JUBA 3RK8A 1JCLA 2E77A 1EX5A 2Y70A 3ABOA 1G4TA 5BNKA 1SO4A 3N19B 4TO8A 3L68A 5HUPA 2C6QA 4LRSA 5K4ZA 4JS3A 3QMSA 1GZGA 2CZEA 1S5TA 2J24A 3LTYA 3TFCA 3LX9A 1SO6A 4A2RA 4NX0A 3DFNA 5KZEA 2Q3OA 1H5YA 1ZAJA 3OA3A 4PODA 1PE1A 3TU9A 1OFDA 3PM6A 3QEZA 1O5XA 4O13A 4N4PA 3S6DA 1Q45A 3G24A 4OGZA 2NWRA 1N55A 4C1KA 4LVDA 1NF0A 2DJXA 3CU2A 1NEYA 1I2OA 2CLHA 3GLCA 3UXAA 4I9AA 1LTDA 5A5WA 3FJ6A 4DF2A 1JCMP 1QWGA 5EL1A 4MJMA 2C3ZA 2V8ZA 1G7VA 2VC6A 2X1RA 1GQNA 1TTIA 4EWND 3HGOA 1I8JA 2GVGA 3HGJA 4W9TA 1S5VA 2FPTA 3R89A 4OT7A 1G4SA 1IIHA 2QCEA 4M19A 3ABRA 1TV7A 2VXNA 1HL2A 1T0OA 4JIPA 1EUNA 4E0CA 2E5DA 1W56A 3RNDA 3QF0A 3MW7A 5CPOA 1Z41A 4K7VA 1GG0A 4K37A 1J5TA 1K7XA 4WY0A 1YXYA 3W72A 3BLFA 5MHBA 3HB9A 5I3GA 5DBUA 1HFBA 4OU1A 1SO5A 1NF7A 1X1ZA 1TJPA 3LXAA 5D02A 4DQWA 3PG8A 4XKYA 4AEOA 1GTEA 1GVRA 3LXBA 1WBJA 2CZ5A 3FLUA 1VCVA 4UR8A 1UUMA 5EYWA 3TIMA 1RD5A 3BV4A 3EX2A 4DPPA 4DO5A 1AW5A 2ZBTA 3W83A 2A6LA 5K9CA 3AJXA 3SGUA 1ZALA 5A8GA 1QOQA 5BW6A 1CW2A 4FNQA 3OHIA 4LT9A 1A5BA 1I2QA 4LS0A 2CLOA 3P8JA 2CLEA 3HG4A 1IXQA 4LV4A 4IGHA 7TIMA 3MWAA 5G1TA 4K8HA 1FCVA 4DXVA 1LM1A 3UY8A 4UTJA 4AWUA 1CI1A 3C61A 3L5MA 2ZA2A 1AL8A 2TYSA 5HNRA 5F4WA 3A21A 4XTIA 3TMLA 1Q6LA 3VNDA 3B8DA 3OIXA 3EWUA 4M6PA 3UPBA 4AF0B 4Z1DA 4K39A 4UTTA 3I6RA 4JTKA 2Q8LA 4JYDA 3UNDA 4CQ8A 2NUYA 4MY1A 3S1XA 1MEHA 1QDSA 4QITA 4QNWA 2DZVA 3TAKA 1TPB1 3TH6A 4MY9A 1H50A 1K7EA 2ABAA 3CC1A 1U5JA 3I65A 1XDLA 3UWZA 3W7NA 1YDVA 4DF1A 3NAVA 4RR4A 3ZWTA 1OG0A 2BWGA 5D04C 1YTDA 3A5VA 4EIVA 4A29A 1JCXA 3OVPA 3FEMA 1VHCA 5CZ0A 3W7CA 3S5YA 2DZSA 3NZRA 2I9EA 1ADOA 1WAUA 1FDYA 4MZ8A 3UZJA 2Q8ZA 3G1HA 4WUIA 3LCHA 3L5LA 1A50A 1TPEA 3TC6A 4NNBA 1OFPA 3G1AA 4Q32A 3T7VA 4BWLC 5DBTA 1B4KA 3DFSA 1OF8A 4JTIA 1VLWA 2QCNA 3MJYA 1KFBA 4QSHA 5FF0A 4O19A 3W2NA 2OMAA 1F05A 2ZZ5A 3S5NA 1S5WA 4R33A 2A5HA 1YXCA 3ATYA 3GXPA 2QCFA 1G67A 3F4NA 4O1CA 1OFEA 2PE4A 1K3UA 2A0NA 3W1NA 3CWNA 3TAOA 2WOQA 5I3JA 1GWJA 1KM5A 4P2VA 3EKZA 4N6FA 3GVGA 1WV2A 1GTHA 5CPLA 1TPUA 4IMCA 3M16A 4GXMA 1QPQA 2HMCA 3FKRA 2NXHA 3FYOA 3LRKA 3VFLA 4LVBA 4TR9A 5EMUA 1LOSA 1VZWA 2F84A 3A22A 4YL2A 5I3HA 3JRKA 2NV2A 4GUGA 5LNSA 4PL2A 4KFOA 2YXGA 2HS8A 3SR7A 1RV8A 5AHNA 3PS7A 2DORA 1SQ7A 4LY8A 1GYLA 4XKYB 3TKFA 5KINA 1ZY9A 4E38A 3S5ZA 1F7BA 2PCQA 3C52A 2CLMA 5LHEA 5HUOA 2H3BA 3IGUA 3F1QA 3W6YA 4CQAA 1KFCA 1KV8A 2ZA3A 4JN6A 5KSWA 3W1RA 4K7YA 1QPRA 1P1XA 3WJZA 3B05A 4UFMA 3NPUA 2E68A 3ABQA 1T96A 1EP1A 4WOZA 4LVFA 3PBUA 2W79A 2AAMA 4UMCA 3PR2A 4ICNA 4X2RA 4PTNA 1T99A 1YTEA 3WK3A 1FX6A 4UMAA 4FX8A 4H4IA 4K38A 3NPVA 1W5MA 2TRSA 3BGJA 4MIMA 1FDJA 3NQMA 3HBLA 4Z0JA 4LVGA 5LGZA 3D0CA 2V5BA 3C8FA 3S9YA 3LBMA 3W7MA 4NJHA 4POCA 1IIGA 3N2MA 2ZRXA 3ZR4A 3DAQA 4CNPA 4HNTA 4A3UA 3NL6A 2YX0A 5I3FA 4EF8A 1SO3A 4O12A 1LOQA 5G2HA 3L0KA 3TXVA 2ISWA 1FWNA 1TTJA 2QCHA 2ZTKA 5CSSA 3EB2A 1F2JA 2NX1A 4DBDA 1RPXA 3P82A 2FJKA 1TMHA 4MYAA 3SI9A 2JGQA 4UTHA 3KHJA 2QUVA 4Z1AA 3GNNA 5AB3A 3THAA 3MP3A 3A24A 2F7FA 3GDTA 5FF4A 5G4WA 3W07A 4QM1A 1LBMA 4Q4KA 3SY5A 2A4AA 2RDTA 3HG5A 4JX6A 1NSJA 1IF2A 2XN1A 1R2RA 3WK0A 3N9SA 1F6PA 4LC8A 5KMYA 3W1TA 5U7SA 4LRTA 3TROA 4N4QA 1SW3A 3SSJA 1SZFA 1RR2A 1V7YA 1VLIA 3SFKA 2B7PA 3L2IA 5D38A 1XL9A 3P62A 4JY8A 4WY0F 4Y6GA 1JR1A 4JX5A 2DU2A 4HT3A 1L9WA 3A9IA 4IMDA 2BZNA 4AMAA 2O7SA 4MLJA 2DJLA 3W7JA 1FXQA 3LGEA 5K3VA 3LB0A 3PG9A 2ZRUA 3EWXA 3EWYA 3C2FA 2Y89A 4N9BA 2Z6IA 1R46A 4GUJA 4UTTC 3U8GA 4FXSA 1SSGA 5K7JA 1GOXA 3L21A 4ZQRA 1JUKA 2YYUA 2YZRA 2G96A 1GYNA 3LHVA 1W31A 3NL5A 3W2JA 4KWWA 1NAL1 1JQVA 1SSDA 4HSNA 3NGJA 4IMEA 2J88A 4XZ9A 1ZHAA 3NQGA 3BARA 3R2GA 4X22A 4Y9AA 2OZ0A 4A22A 4ZQMA 1Q6QA 4GNJA 2B7OA 4MUZA 3HGSA 3C4UA 1HG3A 4Y96A 5DXYA 1OX4B 1KFJA 1NVMA 4FEZA 1KFLA 3OG3A 3G1SA 3W2LA 1ME7A 4UFIA 1EPXA 1TJRA 3SIZA 1H60A 1OVDA 3LCFA 3N2XA 2NZLA 3LCWA 4ZQCA 5AC7A 3T78A 5BRBA 1ICQA 3C2RA 4MKNA 4A21A 1J2WA 2QDHA 3HJZA 3P81A 4WX2A 4RZ6A 4CLMA 2R91A 2VOMA 3S1WA 3TSBA 2EPHA 5FF3A 3AO0A 2BXVA 4HIBA 4A2SA 3G0UA 1L2UA 1SR9A 3EXSA 1WDWA 3CPRA 5C54A 1UASA 4NZJA 4BWLA 4FHAA 1KW1A 3BO9A 5F4XA 3WJSA 4PH6A 1P0KA 1ZENA 3FFSA 2V9DA 1DOSA 2P10A 4GBUA 4PL1A 4AWSA 3ZFHA 3A5FA 3DFPA 4JGDA 2DP3A 3QFEA 2CLFA 2ZFAA 3NQVA 4ALDA 2Y61A 1DV7A 3VKJA 5FEXA 3A23A 1MZHA 5D03A 2FLIA 2Z6JA 3C56A 1EA0A 2WO5A 5T26A 5EBUA 3MYPA 3MUXA 3BLEA 3PY2A 4U28A 4O52A 1SFJA 4O54A 4I7VA 4R7JA 2WKJA 3MHFA 1VGAA 3EWBX 4ZQPA 2X1UA 4UTLA 4OBTA 2PC4A 3M9YA 4Z1CA 1KM2A 3HO8A 2YSWA 3PAJA 5H2ZA 4ZQNA 4UFJA 4H3DA 3FOKA 2ISSA 1PIIA 1QMLA 3GAKA 4DELA 5K9DA 1VHNA 2A21A 3RFAA 3EEGA 3EX4A 3E12A 1LLZA 4WXZA 1FCBA 1I2PA 4CQ9A 2DZPA 5KZMA 1WXJA 3E02A 2NV1A 1X7FA 3UD6A 4JR5A 3C0JA 3NQDA 2QEZA 1FUYA 2RHGA 3MHUA 3NQ7A 4JDYA 1F6KA 4H6KA 3LERA 2E09A 3I7QA 1H7PA 3PSVA 4AHQA 4E2DA 3CLMA 1ZAIA 1KA9F 2JBMA 3FS2A 3W3OA 5BOOA 1S3HA 3BVJA 5H91A 4ZZ9A 1OFQA 1EUAA 4YMZA 2CW6A 2NUXA 1Q6OA 2RKXA 1RQBA 4IXHA 4WJEA 2RH9A 3NM1A 3MP5A 1DJQA 4JYEA 4FIQA 2V2DA 1BTMA 5BMXA 4UR7A 4RKAA 1W5NA 1GVFA 2QF7A 3UZ5A 2WSYA 4MYXA 3EWZA 1XC4A 1XDMA 2B7QA 3MYOA 2NXGA 3NQFA 4UFHA 3MBDA 1JCYA 1O60A 2ZRZA 5CGQA 3UWVA 4TIMA 4CCDA 2CU0A 1TV5A 3HIJA 3W88A 4O0KA 3NOEA 2TPSA 2WNNA 4JTSA 5FI8A 5D30A 3PUDA 5G2IA 1LDCA 5DCDA 1I2RA 5DY2A 1I45A 5CSRA 3B0PA 4U4MA 2IQTA 2YW3A 4FNSA 4OQVA 1TPFA 3P60A 4N9EA 3LRLA 3SGZA 4HNVA 3UWUA 4KWVA 1XI3A 2BX7A 4N9DA 3H55A 2ZA1A 4GUHA 3HQ1A 3GXNA 3NEVA 3GNDA 5D2TA 1W3NA 4BI5A 1L6SA 4UTIA 4KFPA 1QCWA 1TIMA 1OJXA 4YLWA 1H7XA 2NUWA 5HR7A 3GK0A 4O50A 4CCEA 4O1AA 2E5CA 2V2HA 2V5LA 3L0NA 3P61A 1DQWA 3B04A 3LM7A 4M5PA 4TMCA 5D2VA 3ZS4A 5DELA 5F2IA 1GEQA 2CLLA 3LCGA 4B5NA 3UWWA 2ZZ1A 4O14A 1X8FA 1X1OA 3TSMA 4TMBA 1H51A 3NM3A 1DKWA 4UXDA 4O15A 4O1DA 5J5RA 5K4XA 1TO3A 1N7KA 4GC4A 1PS9A 2QCDB 2VFEA 3M7WA 2H3DA 1F73A 2VEKA 3KVMA 3OVRA 4MZYA 3SZ8A 1SPQA 1TPDA 4JY9A 5HQEA 1RQHA 1TQJA 4XUGA 1Z48A 4X9SA 3QZEA 4HPJA 3UQNA 3PBVA 5CZSA 1EEPA 2Q3RA 3QJAA 3NNTA 2QKFA 2NXIA 3LHZA 2OX1A 3M5XA 1ZJIA 1CX9A 4M6QA 3QMRA 1ONRA 4UFKA 2VFFA 1XBVA 3FIGA 4AHPA 1K8XA 3IGXA 3NPWA 5G5IA 5BMWA 1ME9A 3W86A 4HSOA 3S8HA 2CWNA 1OYCA 1Y0EA 1EIXA 4NUWA 4O28A 3ATZA 3CHVA 5LNRA 5C2XA 1FWTA 3QPYA 6TIMA 3KX6A 1YDNA 1K8YA 3O63A 5E1QA 3G3MA 2BSLA 1KM0A 1IXPA 4CNOA 3P67A 4Z1BA 3LBCA 1W8SA 1G4PA 1W5OA 4QNEA 3P5ZA 1Z44A 4JDBA 2VFIA 3P7YA 4MY8A 1XXXA 2CZDA 4IUOA 1JVNA 2QAFA 2QUUA 4K36A 2J9XA 5HJLA 3QPZA 3DFOA 4UTMA 4LS2A 1H62A 1QO5A 3GR8A 4YCOA 1TREA 1TYGA 1XBYA 4N2YA 3NDOA 5CPNA 3DKJA 3PWAA 3PC0A 3DI0A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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2H6RA

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Chord Diagram

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