2J9XA

Tryptophan synthase in complex with gp, alpha-d,l-glycerol-phosphate, cs, ph6.5 - alpha aminoacrylate form - (gp)e(a-a)
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
266
structure length
263
Chain Sequence
ERYENLFAQLNDRREGAFVPFVTLGDPGIEQSLKIIDTLIDAGADALELGVPFSDPLADGPTIQNANLRAFAAGVTPAQCFEMLALIREKHPTIPIGLLMYANLVFNNGIDAFYARCEQVGVDSVLVADVPVEESAPFRQAALRHNIAPIFICPPNADDDLLRQVASYGRGYTYLLSRSGVTGAENRGLHHLIEKLKEYHAAPALQGFGISSPEQVSAAVRAGAAGAISGSAIVKIIEKNLASPKQMLAELRSFVSAMKAASR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Allosteric Regulation of Substrate Channeling in Tryptophan Synthase: Modulation of the L-Serine Reaction in Stage I of the Beta-Reaction by Alpha-Site Ligands.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords TRYPTOPHAN SYNTHASE ALPHA CHAIN
total genus 102
structure length 263
sequence length 266
ec nomenclature ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date 2006-11-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00290 Trp_syntA Tryptophan synthase alpha chain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2j9xA00
4UC5A 4R34A 4IMDA 2Y63A 2GQ8A 2FPVA 1RPXA 3PG9A 3TDFA 4ZMGA 1OFQA 2Q3OA 4UCGA 1OX5A 2VEIA 3OVPA 2Y88A 1KV5A 1GYLA 2BLEA 5C54A 1GTEA 2XN1A 3W88A 1KFBA 1MXSA 5DCBA 2HS6A 5A5WA 2FLIA 2QJGA 4JXCA 4M7SA 3LI1A 2GQAA 5C2XA 3PAJA 1QMLA 4GUIA 3U6WA 1MSSA 1NSJA 4PCFA 5I3IA 1QOQA 1RZMA 3QPYA 1VR6A 2A2IA 1OABA 4W9TA 1B3OA 1P4CA 2DORA 4DXVA 1SO5A 4FO4A 3TXZA 2G5WA 2ZRZA 2RDUA 4TU1A 3GDMA 1W56A 3LRMA 4MY9A 1TQJA 4LC6A 3I6RA 3S42A 3GR8A 5AC8A 5I3GA 4HPJA 3BPWA 4MIMA 5HWMA 2WQPA 3G3DA 5LGXA 3EX2A 1ICQA 3GAYA 4N9DA 2J88A 3L67A 2ABBA 3B8DA 4RKAA 2QCDB 4FIQA 1L2UA 2ZTJA 3IVSA 3W2LA 4QNEA 4K37A 4O1BA 3R13A 1ZY9A 3V75A 1J2WA 1EP2A 3DFPA 3R2GA 4OV4A 1LORA 4UTMA 3W2KA 3IEBA 4PTNA 1KLZA 2Q8ZA 4POCA 3VNDA 1TRDA 4LU0A 2CU0A 3EXRA 2NXIA 3IIOA 3L68A 1MZHA 4LRSA 3M47A 4UTJA 4LS2A 1U5JA 3MP4A 1H62A 3W75A 2FJKA 4LWWA 3LRKA 5CZ0A 4JIQA 1W5PA 3E12A 5AN7A 5FI8A 3NEVA 1XKYA 4Y8FA 1DOSA 3A23A 3LTSA 4I7VA 1TPEA 3ATYA 3U8GA 1W8SA 2H90A 3W1TA 1KBJA 1JULA 5E0KA 5HUOA 3TX9A 4AWTA 1YPFA 1JCLA 1IXPA 1XI3A 2Y6ZA 5DCDA 1JUKA 3GNNA 2A85A 5CPLA 1JQXA 2VFDA 1Q6OA 2QCGA 3W7KA 3LRLA 5DLCA 1FCQA 3C2EA 2V82A 3I7QA 1G4PA 2Y7EA 3VFLA 1JR1A 3FOKA 2Y7GA 4LUIA 5AYZA 4UUIA 2PRMA 2QJHA 2VEPA 3HGRA 4GJ1A 4XUGA 1ML1A 1CX9A 4B5NA 2VEMA 1A5SA 3CPRA 5D33A 4L4MA 1LOQA 3DBPA 3QH2A 4O0KA 2G95A 3W2UA 3N9SA 3NZ1A 1LLZA 5K9DA 1NAL1 3PB2A 3NO5A 4O50A 1LTDA 3NQ6A 2J9YA 4BK9A 4XTIA 5CSRA 3FEMA 4FNSA 1OFEA 2X1SA 4FEZA 3UWVA 1W5QA 2ISWA 3PUDA 3TSBA 3OVQA 3WK2A 1JCXA 4MPQA 3MI6A 3TAKA 4ORIA 2ZRXA 1W3NA 4PH6A 3RMJA 4A2RA 3W1PA 1IF2A 3UWYA 1TV5A 3P81A 1H60A 2JKEA 1NFBA 2BX7A 4O1DA 3TQVA 2B7OA 3EEGA 3UPWA 4QM1A 1LROA 1B4KA 3V1PA 4NZFA 3QFEA 3NR0A 3UZJA 2ATSA 4Z1DA 4DQWA 5SWUA 4PODA 3UD6A 1VYPX 3L9CA 3NNTA 4NJKA 3TC7A 1NF0A 2ZA2A 4K7YA 4RZ5A 5A8GA 2VKZG 3M43A 3NL2A 1XBXA 5D2WA 4BFAA 3C4UA 3QZEA 3M5XA 4RK8A 2Q8LA 1KM1A 2G96A 2GVGA 4NJHA 4O53A 1RQBA 1M5WA 4XQ6A 4PA8A 3ABQA 5FEXA 2YW4A 2CLIA 5F1VA 2FIQA 2CLKA 4OHQA 3CEPA 1H5YA 3F4WA 4Z0JA 2OT1A 2C6QA 1X1ZA 3NQVA 4OE7A 1YTEA 5CZTA 4MUZA 2VFIA 2P0OA 3G8RA 3WK3A 1LM1A 4IMFA 5CPMA 2A7RA 3SGUA 4K38A 5CG7A 1R47A 4N4PA 3HG4A 1KA9F 1UUMA 3QQ0A 1WBHA 5LNVA 3B03A 4JY8A 4TX9A 5E1QA 2A0NA 2QCMA 1YXYA 5KZDA 3N2MA 3QRHA 3MWAA 1EPXA 3DHFA 4Q4KA 4Z0SA 1OF6A 4S1FA 2P10A 3W7CA 4O57A 1EP1A 1N8FA 1ME9A 3QEZA 5H91A 3NVTA 5TBOA 3W22A 2R14A 1THFD 4WOQA 5BOOA 5BMXA 3L0NA 1OFOA 1QAPA 3O63A 1BWLA 1J5TA 1G4TA 3M5VA 2Y7DA 3IRDA 4LNYA 3LCHA 1IXNA 1TJRA 1R30A 1PHWA 3UNDA 3W7MA 3THQA 1LP6A 2W6RA 1NVMA 2ZZ7A 4IUOA 5CGQA 5F2GA 1G4EA 1KTNA 3G1SA 1OK4A 3RF9A 5CPNA 3UXDA 1T0OA 2NZLA 3C2VA 3W83A 5HMSA 4ZL1A 3BW4A 4MJZA 2F7FA 4WXZA 3ZS4A 4CQ8A 5DCEA 2CLFA 4AWUA 4AHPA 4MZ8A 3LHZA 3PWAA 1XBYA 3W23A 4MYAA 1KLYA 4ZQRA 1UBSA 1ZALA 3G1DA 1OJXA 2VFFA 3LB0A 1H63A 3STEA 4O28A 4JIPA 1EX5A 3GDTA 3MJYA 3E9AA 1K03A 1ZCOA 5D04C 4JTJA 1UCWA 4WXYA 1TYGA 1DHPA 1W1ZA 5I3JA 3IVUA 1S5VA 3MYOA 2R91A 3P61A 3LHVA 3RK8A 1J4EA 3HPZA 4O15A 4L4LA 3STGA 3LCGA 1SO3A 4RR4A 4LOCA 3W7OA 3HF3A 2EGZA 5AYXA 3N9RA 5D05A 3VE9A 1GG0A 2VXNA 3TROA 3MBDA 1LBMA 4H4IA 3T40A 3M44A 3DHDA 3TMLA 3LBCA 4PC8A 2Y70A 1FXPA 2BXVA 4KFOA 3W84A 1I4NA 4XKYA 3TSMA 5FEWA 3DKLA 1DQXA 4P61A 3T55A 3R5EA 3NQDA 1Z48A 2BZNA 4G1KA 3W76A 4PFMA 5CZSA 3DI1A 4ZQPA 3Q37A 2KZHA 2QEZA 4UFHA 1SZNA 2ZFAA 3NOEA 1W37A 4AVFA 2ZRUA 2TYSA 3HIJA 3LHUA 1LDCA 2YGYA 4A3UA 2YXGA 3ZWSA 1TCDA 3BARA 4BI6A 3GK0A 1F2JA 1LOSA 2PRLA 4NX5A 1SW0A 1TPVA 3MHGA 3W9ZA 3SFKA 1VQTA 4RV8A 2PRHA 4QJ1A 3N73A 2ZYFA 4RCXA 3EX1A 1VHNA 3HGOA 2ZDRA 5KZMA 4BI5A 1X8FA 5FF3A 3BO9A 5G2HA 5LHFA 3P60A 4A2SA 2CZ5A 3FKKA 4K39A 5LKYA 1F5ZA 4HN4A 1AMKA 1W31A 2CLEA 4TMBA 1LZOA 4NNAA 1A53A 4MKNA 5D2YA 1JUBA 3VI2A 3G1VA 1ME8A 3W7DA 2BSLA 3N14A 1LOLA 1GVFA 3IIPA 4C1LA 3G1FA 2PCQA 1RVGA 1LRNA 2GVJA 2W0UA 3CM4A 1GPWA 3TK7A 5KTLA 4WY0B 4LV9A 4ZQNA 2X1TA 1FCVA 4QAIA 2ALDA 2ZRYA 3NDOA 3O05A 2ATMA 1U83A 1FWSA 2DZUA 2WO5A 2NX1A 3KHJA 4NNCA 3T78A 2ZRWA 3W07A 1NEYA 1O5XA 3EXTA 3SSJA 4ZZ9A 1M6JA 3C52A 3INPA 3W7LA 2TPSA 4O8RA 1KM6A 1HTIA 4KFNA 5AC6A 4E0CA 4C1KA 1BKSA 2NV1A 3PS7A 4OGZA 1GVOA 4DELA 2QAPA 4MZ1A 5D2XA 3TSDA 4OT7A 5FF4A 4CCDA 4O10A 1X7FA 2J9XA 3R8RA 4GWEA 1W5NA 3EWXA 6TIMA 1OX6A 1W3IA 1VLWA 3KVKA 2V9DA 3QMSA 1KM3A 4FXRA 1PIIA 3WJWA 4QIUA 1FDZA 4HHPA 3JRKA 1RD5A 1FXQA 1YLVA 1SU5A 2C13A 1OYCA 2H3BA 1XFBA 2VFGA 5HR7A 1AW5A 3KRSA 3NL5A 5LHEA 4Q33A 2HSAA 5EL1A 2A5HA 2NWSA 4UIOA 3O1NA 2OZ0A 1HFBA 5E93A 3MI3A 3GDLA 1OYBA 2V5LA 4FNPA 4WX2A 5F2IA 4IXXA 3S1WA 3GDRA 4UFKA 3NPUA 5CZJA 5DBTA 3LV5A 4PL1A 4WOZA 4O18A 3UY7A 1G69A 3NL3A 3R89A 1OFRA 2WSYA 5EMUA 5K4XA 1F7BA 3EX6A 1QPOA 2QUUA 3OBKA 4O17A 3GXNA 3O6DA 2CZDA 5G4WA 3DFTA 3NQ2A 1UB3A 2EHHA 2ZZ4A 3DAQA 5H2ZA 3EWBX 4UNKA 4M19A 4EF8A 4LY8A 3G22A 3UWQA 2C0AA 3W86A 4DO6A 4LVFA 4DPPA 3B4UA 3FS2A 1SO4A 3W1RA 1KV8A 2W79A 3W1NA 2OT0A 3E96A 1DJNA 3C56A 3GKFA 4WY0F 5G1YA 3RNDA 4QSHA 3LCIA 3PC0A 1XDLA 4LVBA 2Y62A 2FDSA 5HUPA 4XWUA 3EB2A 3GNDA 1GYNA 1SZGA 1RV8A 2RFGA 3IV3A 3G1YA 3WJXA 2ZCGA 1EIXA 4GRSA 4IMEA 5LNUA 5D03A 2I1OA 1CW2A 4ZQCA 2FB3A 1ZNNA 3DXIA 4RXFA 1JVNA 1YXDA 7TIMA 2NXHA 1AL8A 2X16A 2ZTKA 3HPSA 3MP5A 4NJJA 4ZQMA 3VKJA 4LS1A 3U2OA 1UJPA 2EAWA 3FYOA 2E09A 3THAA 4FIRA 2PURA 4CQ9A 3PUOA 4OQVA 3W3OA 3KRUA 4EF9A 1R2RA 5J5RA 3OEXA 3M7WA 1PV8A 4DO4A 1O94A 5G4EA 2QCDA 2GJNA 3G8EA 3QF0A 5D38A 3M1ZA 1O5KA 1YADA 3M9YA 3SI9A 4NQ1A 5BMWA 4O11A 2ZZ5A 1TMHA 2YCEA 4N2YA 2V30A 5HWJA 1H7RA 2X30A 1H1YA 3C2OA 3S6DA 4ZQOA 5AHIA 3TQ0A 3LCLA 4JN6A 2NLIA 2RDWA 3W1LA 2JK2A 4M6QA 4CQAA 4YLWA 5HULA 3PBWA 3MYPA 2LLEA 1DV7A 3EWUA 2YDAA 1WAUA 3DFQA 4EVZA 2DU2A 2VFEA 3M16A 3CC1A 4IX0A 5IBXC 3P7YA 2FTPA 1VJIA 4UMCA 4GC4A 4UNLA 2WNZA 4IX2A 1I2PA 3TXVA 5HR6A 4FX6M 1H7XA 4GUFA 3TIMA 4I7WA 3W7QA 1L6SA 5ABTA 1OX4A 1CI1A 1JRBA 1FUYA 4UXDA 5TQLA 3W7PA 3QYQA 3E02A 4ICNA 3L0GA 4JYFA 3ZFHA 2I9EA 4Y6GA 3PULA 3ANYA 6ALDA 2JBMA 2XN2A 4O13A 1FWTA 3BV4A 3TV8A 1HO1A 3T44A 4JTIA 2QUVA 2ZA1A 5DY2A 4IWWA 5MHBA 3S5ZA 4JTHA 1FCBA 1S5WA 2V5BA 4DO5A 2YPIA 3IVTA 3P84A 3ABOA 2E5DA 1GJPA 1KFLA 3WJZA 2QCHA 3L65A 2QDGA 3LXCA 5KINA 3MP3A 1AW2A 1VCFA 1FDJA 4O16A 1H61A 2O7QA 4PEKA 3TFCA 3AO0A 8TIMA 1YDNA 2YX0A 3MO7A 4WJEA 3WFAA 4EOUA 4JTKA 1SW3A 3O16A 1ZJIA 5C55A 4AEOA 3QJAA 3TW6A 2P1FA 1IXOA 1VYRA 2A6LA 2CLLA 3OA3A 1VRDA 4GUGA 4QNWA 5BRBA 3QM3A 1KM5A 1TO3A 1YXCA 3SJ3A 4IMCA 4RXGA 1LRQA 3A5FA 3NL6A 2EKCA 5DBUA 3PG8A 4N9BA 3LCXA 1TPWA 5G2WA 3E0IA 4NVTA 3JS3A 3TA6A 3NQFA 4FNRA 1EB3A 4Y9AA 3C8FA 4R33A 4AF0A 2FPTA 3KFTA 3A5VA 4MLJA 1K3UA 2J6XA 4MYXA 2ABAA 2E5BA 3LCWA 1TJPA 3N34A 1M7PA 3G1HA 3GZ3A 3QPZA 3W1QA 4AWSA 3RLUA 3CU2A 4HNUA 4H3DA 4X2RA 4FHAA 2G97A 4I7UA 5LZLA 3H53A 1ZAJA 3HGJA 1GWJA 1WXJA 3BVJA 3G1AA 4ADTA 1KFEA 2GPTA 2QJIA 3SIZA 3TKFA 3NQGA 2CLMA 3GYEA 1SW7A 2YZRA 4S2BA 5AHLA 3S1UA 4M5PA 3W7EA 3BGGA 5BNKA 1PCWA 3NQ7A 2V2HA 1L9WA 3G0UA 1TPH1 1YPIA 4BWLA 1SZEA 3N3MA 1O95A 4UMBA 3R12A 4JR5A 3LDVA 1XM3A 2V0TA 3IIXA 2E6FA 1JJKA 4JYDA 3IGUA 1ADOA 1FCUA 1GVQA 3K30A 5F1UA 1TQXA 2NX9A 5DY3A 2J9ZA 3L5LA 3QW3A 1I2RA 1UUOA 3H54A 1M7OA 4QISA 2WSQA 2DZWA 1QR7A 1I45A 3O07A 2XFWA 1FWRA 1C9DA 2CZEA 2ZZ2A 1GQNA 3N2XA 5DXXA 2VENA 4O1CA 2ZZ6A 3QMTA 4JX4A 4N02A 3DKJA 3L2IA 3Q2DA 2YFNA 4TR9A 3TE9A 3Q58A 3UQNA 2Z2UA 4N9EA 3L5MA 4BF9A 3L0KA 2GJLA 2UV8G 4UR7A 3EKLA 2QF7A 1RR2A 4MZYA 4X3ZA 4JNMA 1TV8A 4OU1A 2VFHA 3CT7A 4NNBA 1P5BA 1MEIA 5K7JA 4CNPA 4YWIA 3TQKA 2D73A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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